f******k
发帖数: 856 | 1 我来亲身说一下吧，我的第一篇文章是跟我们实验室一老美共同第一作者的，我排在第
二，说实话，是很不爽，因为我做的实验比他多，而且他做的是phenotype，我是把
mechanism做出来了，老板因为这个还单独请我吃了顿饭，因为他没想到能把机理做出
来。但是他5年博士就这么一篇文章（准确说是半篇），老板跟我商量说我以后肯定会
再有文章出来的，让他名字排第一毕业就好了，因为他直接找了个teaching工作，连
postdoc都不想做。我当时是博士第三年，见老板这么说，也就没说什么。
但是后来看到别人引用我们这篇文章的时候，都是先引那个老美的名字然后et al.，心
里感觉真挺吃亏的，而且估计很多人看文章根本不会注意contribute equally to this
work这句话吧？所以如果能单独第一作者最好，共同第一作者的话，最好能弄到第一
个。 |
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n********k
发帖数: 2818 | 2 Joke of the day or what?
there is not a most shameless but more shameless!
Results: 33
1.
Viable fertile mice generated from fully pluripotent iPS cells derived from
adult somatic cells.
Zhao XY, Li W, Lv Z, Liu L, Tong M, Hai T, Hao J, Wang X, Wang L, Zeng F,
Zhou Q.
Stem Cell Rev. 2010 Sep;6(3):390-7.PMID: 20549390 [PubMed - in process]
Related citations
2.
Production of mice using iPS cells and tetraploid complementation.
Zhao XY, Lv Z, Li W, Zeng F, Zhou Q.
Nat Protoc. 2010;5(5):963-71. Epu... 阅读全帖 |
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D***a
发帖数: 516 | 3 谢谢。 我是想通过这个问题分析一下子代各个phenotype产生的几率。 |
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D*a
发帖数: 6830 | 4 不知道有几个copy ，一般copy都是一个连一个，一起插到一个位点，cre老鼠都是
hemizygote的，子代是一半一半。
但是一般跟子代phenotype没关系啊，你的意思是cre多少能影响ko的多少？我见过文章
看cre的copy数和KO的关系的，你可以问作者。 |
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w***a
发帖数: 4361 | 5 换几种不同的siRNA against同一个target，
然后看phenotype是否一致？
其实任何siRNA或多或少都有off target effect，特别是siRNA浓度大的时候。 |
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c******r
发帖数: 3778 | 6 不确定就分开三个试试好了，混一起有几个问题：
1. 增加了off target的机会。
2. 发paper的时候，如果是critical experiment还是需要证明单独的siRNA起效。
3. 混一起，如果virus的效率很高也就罢了。如果效率比较差，那么会有很多cell只感
染一个，两个的。你最后的phenotype就会比较moderate，以后的实验就比较麻烦。
这个跟pool的siRNA transfection一样。如果只是一个比如说pilot experiment，其实
倒是无所谓，混着就混着用好了。 |
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o********r
发帖数: 775 | 7 这么说吧，这篇文章从初稿到接受花了11个月，对于BMC bioinformatics而言绝对不是
正常的速度，估计很多时间是花在说服reviewer那个1-to-1 comparison上面。为啥说
他是垃圾？因为这个前提就是错的，生物试验中的replicate是为了去掉一些偶然因素
对试验结果的影响，你们现在这么搞是反其道行之。举个例子，如果某个gene set里的
基因都受某个蛋白直接调控（比如TF），他们的mRNA level和这个蛋白的活性或者浓度
成正比，而且fold change特别大，但是这个蛋白和phenotype没关系，他的活性在
replicate中随机波动。如果是unpaired group analysis，这个set不会显著，但是用
你们的1-to-1 comparison，大多数情况下这个set都是highly significant，估计最后
这个set within top 10，而且不管用啥不同的试验条件都是highly consistency（本
来这个蛋白就是indepent的）。
你们用consistency来说明自己的方法好，但是没有证明你们找... 阅读全帖 |
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r****q
发帖数: 22 | 8
I can’t agree with you at all on the performance validation. To be concise,
I followed the standard paradigm used in the community. You may only want
to challenge this, when (1) you prove concretely that this paradigm is wrong
; (2) you do not use this one in your own research. Your example on ‘RB1
related with RB’ is misleading and improper. One thing is sure here, a good
method has to be consistent, an inconsistent method is never a good method.
We can argue on this for days. But GAGE has bee... 阅读全帖 |
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o********r
发帖数: 775 | 9 I can’t agree with you at all on the performance validation. To be concise,
I followed the standard paradigm used in the community. You may only want to
challenge this, when (1) you prove concretely that this paradigm is wrong;
(2) you do not use this one in your own research. Your example on ‘RB1
related with RB’ is misleading and improper. One thing is sure here, a good
method has to be consistent, an inconsistent method is never a good method.
We can argue on this for days. But GAGE has been ... 阅读全帖 |
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o********r
发帖数: 775 | 10 我很理解你不同意我对GAGE的看法，我也没有准备说服你。
关于你说的consistency和biological relevance放一起的说法，嘿嘿，你认为我说的
RB1 gene和RB相关这个论述是缺乏consistency呢还是biological relevance？至于你
说不做实验验证的理由是不需要，这个说法是在让人失望。你说找不到人做实验都比这
个强无数，不需要实验验证说明啥？说明你们找到的所谓consistent and
biologically relevant的东西都是别人找到的。难道你向你的潜在用户推荐的时候说
，我的东西好，找到的东西都不需要实验验证，因为那些都有人发现了。。。话说我自
己用这种方法发文章的时候还是做出了新的预测，并且试图找人实验证实，只是最后未
果。这就是我说的证明你东西的办法：predict一个没有人预测过的东西，然后做实验
去证明。
最后，重申一下，我前面指出的场景是有可能出现的：通过clustering找到了一个co-
regulated set（实际和某TF活性相关），并且可能有biological relevance，自然就
成为一个... 阅读全帖 |
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w******a
发帖数: 1527 | 11 yes, murine MSC. It is said that they are from bone marrow.
I looked at the osteoblast marker such as osteocacin, cardiomyocytes marker
such as bMHC.
"TREAT" means I added differentiation medium onto the MSCs.
I can't see the phenotype under the microscope so I have to do the realtime
PCR...
Thanks for reply:) |
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p*****m
发帖数: 7030 | 13 不是很effective 至少在neuron里。所以才需要dicer
这个确实会raise些问题 比如offtarget 或者dicer generally disrupt normal siRNA
functioning.不过首先可以用表达dicer而不表达hpRNA作control,其次他们有两个独
立的hairpin有类似的phenotype，应该问题不会太大
done. |
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y******8
发帖数: 1764 | 14 是的。奥地利做了一万多个转基因RNAi lines。四年多前，这个stock center刚成型，我隔壁的一位PI说，如果他是postdoc，就跑到奥地利做上一年，把他想做的phenotype 筛一遍、 |
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f**u
发帖数: 346 | 15 他们做了不止一个library。
最初的是用P element把每个UAS-RNAi随机插到基因组里，
后来他们做了把所有UAS-RNAi都钉到同一个位置的library，
这样连position effect都免了。
，我隔壁的一位PI说，如果他是postdoc，就跑到奥地利做上一年，把他想做的
phenotype 筛一遍、 |
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f**u
发帖数: 346 | 16 他们做了不止一个库。
最初是用P element把UAS-RNAi随机插入基因组，
后来又作了个把所有UAS-RNAi都钉到同一个位置的库，连position effect都免了。
，我隔壁的一位PI说，如果他是postdoc，就跑到奥地利做上一年，把他想做的
phenotype 筛一遍、 |
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w******e
发帖数: 1187 | 17 this is the kind of cross over that convinces laymen like me the
significance
of model organism study hehe. thx for the interesting post.I feel amazed
that
they managed to arrive at some solid ground starting from a somewhat
arbitrary phenotype. |
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w******e
发帖数: 1187 | 18 I'm really curious how many man-hours it took to finish this paper.
a naive question: how do ppl screeen all those lines? test phenotype
manually for each line? any high-throughput possibility? |
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O******e
发帖数: 4845 | 19 很多文章都在宣称自动化分析phenotypes了，也确实有很多软件被开发出来帮助
分析各种数据。但俺非常小人地推测是，现在还是以人工手动跟踪分析为主。 |
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p*****m
发帖数: 7030 | 20 没那么夸张。。我们这的screen就是自动化的
不过这paper里的八成是人screen的 他们的phenotype其实非常简洁明了 |
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y******8
发帖数: 1764 | 21 I don't know the answer.
Possible explanation, fly system is in vivo. Any phenotypic screen should be
based on the robustness of biological systems. The robustness itself should
rely on the physiological conditions, which are usually screwed in cultured
cell lines.
Any other thoughts? |
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y***i
发帖数: 11639 | 22 因为现在的事实证明cell line screen 远远不如普通的genetic screen有效，我能想
到的可能的理由：
1。 readout: cell line pheontype远不如果蝇好观察。想象一下细胞少了1／3的触
足，也不如果蝇少了半个翅膀明显。
2。 question: 很多最有趣的生物问题 cell line screen很难做:细胞间通讯, 器官
发育，组织发育，病理，行为学等。
3. noise: 在能做的问题上，cell line screen的false positive太严重了。无论你
的phenotype想看细胞形态，表达，细胞数，核转运。。。。都有无数不相关的基因给
你大大的false positive。果蝇的screen做好的话，false positive 少得多了。
4. technique: cell line screen手段有限。果蝇则有很多手段去做 secondary
screen。
谁还能想出其他理由？
我知道这样的例子，CNS paper的screen，自己实验室都没人把任何一个基因做下去。
打击 |
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p*****m
发帖数: 7030 | 23 not necessarily.
Geneticists (esp. the old school ones) once tend to design simple and
qualitative (black and white) assays for screens. One major reason was
that they had to score the mutant phenotype manually-and human eye is
not good at identifying subtle quantitative changes. But simplicity also
came at the expense of being indirect. For example, fly people used eye
development to screen for RTK pathway genes, or used bristle numbers to
screen for notch/delta pathway genes, and they risked t... 阅读全帖 |
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f**u
发帖数: 346 | 24 能direct+quantitative当然是好，但问题是很多时候无法direct，
或者说如果要direct，工作量要大上很多很多，这时候indirect是很好的starting
point.
比如我听说过的一个挺精巧的screen目的是要找拟南芥线粒体上的protein channel
就是把nuclear encoding 的蛋白质转到线粒体里的那些冬冬。
他们就在植物里表达一个target到线粒体的自杀蛋白，但是这个东西如果在胞质里就没事
于是能活下来的就很可能有他们要的突变。
细节我不是很清楚，有可能有出入，但大体上是这样的。
这种东西你好像很难做到direct，而且他们是用survival这样的黄金phenotype
作为readout，应该是设计很不错的screen。
另外和你要address的问题有关，有些问题天生适合用genetic screen来搞定，
有些就很难做到specific。
比如果蝇里面用眼睛大小来screen tumor suppressor基本一晒一个准，
找大眼睛果蝇就是了，每个染色体晒几百万个没问题。
但如果你想用小眼睛晒oncogene就能得到... 阅读全帖 |
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k******y
发帖数: 236 | 25 亮点在mouse上痛觉phenotype的研究，以及和人的特殊表型的联系
果蝇screening、老鼠KO、人SNP都没意思，白痴都知道怎么做 |
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Z**********g
发帖数: 222 | 26 简单的说，把cancer cells移植在免疫缺陷的小鼠身上，能够:
1.Initiate and maintain a xenograft tumor for serial passages.
2.The xenograft tumor phenotypically recapitulates the original tumor (
maintaining hierarchy of the tumor).
该cancer cells就可以理解为cancer stem cells. |
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s******y
发帖数: 28562 | 27 听得我更糊涂了。
假如那个癌细胞在扩增的时候出现多种突变，导致后代有不同的
phenotype and genotype, 那么它还算不算癌症干细胞？ |
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a****d
发帖数: 1919 | 28 那就很难看到明显的phenotype了吧,免疫系统还是很强大的 |
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m*********n
发帖数: 215 | 29 我的理解是，如果把癌症细胞直接放到免疫完全的动物上，直接就被免疫排斥了。。。
细胞根本不会存活下来，更别说phenotype了。我的想法是能不能把正常组织放到异体
移植到小鼠上，然后诱导这些组织癌变这样就可以从tumorgenesis的start开始研究，
并且观察和免疫系统的相互作用。不过问题就是正常组织也要想办法先让免疫系统完善
的受体接受才行。。 |
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b*****l
发帖数: 9499 | 30 你们说，cancer stem cell 在 clonal evolution 里会是什么作用？
看到一篇文章，说，cancer stem cell 理应 evolve 得比其它细胞慢，所以呢，对 cl
onal evolution 贡献很少。
这么看来，用 cancer stem cell 无法很好解释为啥普通 cancer cell 也获得了 drug
resistance。
genotype改变了phenotype很可能随之改变.所以该细胞只符合我说的initiating标准,
而不符合我说的第二点标准. |
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a*********u
发帖数: 96 | 31 google字典翻译成疾病表型，读起来很拗口啊
还有对应的genotype
非医学专业毕业，不知道国内教科书上是不是有个专门的对应翻译？
还请生物或者医学的大侠赐教
谢谢啦 |
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p****z
发帖数: 31 | 33 恩，是啊，我原本的想法也是这样，但是phenotype重复不出来，还能继续做吗？ |
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e*****t
发帖数: 642 | 34 Clin Exp Hypertens. 1997 Jul-Aug;19(5-6):567-75.
Genetics of blood pressure and associated phenotypes in the Lyon rat.
Thanks a lot.
email: e******[email protected] |
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g*********d
发帖数: 233 | 35 发表在基因图谱年会的一项跨文化研究指出，东方人的发丝比西方人粗50％的现象
和一段EDAR
基因有关.
SAN DIEGO, CALIFORNIA--Whether you have a poker-straight black mane
or frizzy blond locks, your hair depends on your ancestry. Now
researchers have come closer to figuring out just how hair traits are
passed down. According to a talk presented here last week at the annual
meeting of the American Society of Human Genetics, a single genetic
variant may explain why East Asians have thicker hair fibers than other
populations. The discovery ... 阅读全帖 |
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h*******o
发帖数: 4884 | 36 There are a few possibilities, depends on your area of interest
For me, I would check their glucose level. As rodents reliy heavily on
ketone bodies rather than glucose during suckling stage, once they are weaned they would have to
convert to a glucose-dependent phenotype.
If somehow your KO mice have defect in glucose metabolism, they will die.
And they technically die of starvation.
Just a hypothesis. If that hits your case, it will be interesting. |
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b**j
发帖数: 415 | 37 first one should make sure you have observed a solid phenomena (or phenotype
changes) or made a novel finding, then you want to work on the mechanistic
detail to make a story. Otherwise consider to change project or quit lab. |
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h*******n
发帖数: 2052 | 38 I cannot agree more!
phenotype
mechanistic |
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j*****a
发帖数: 658 | 39 lz我很同情你。我也有类似的状况。之前作我这个project的人根本没有phd，是一个一
心想在美国
作residence的中东人。他甚至能一会儿申称自己有M.D，过一阵子又在ppt上写上MD,
PHD。这就
这么一个人，试验让学生做，我们实验室特别多MD学生，一般本科生，高中生，国际交
换生，etc。
这个中东人就让这些学生做。这样的实验结果，老板拿了Ro1，而且发了两篇文章。当
然这两篇文章
是在一个差的不能再差的杂志上发的，人杂志的主编估计和我们老板是穿一条裤子的。
因为这个杂志
所在的领域是我们老板的领域，而这两篇文章严格上并不是这个领域的。而且这两篇文
章还是base
on KO老鼠的数据。能发成这样。。
我就结了这么一个课题。我刚来我们实验室一个中国人就成天在我耳边吹风说这个课题
有多不靠普。
phenotype都是假的，之类之类的。所以我当初抱着赶快下贼船的心，一边做老板的，
一边做自己没
有别人做过的。想如果这个课题真的不work，我就告诉老板另外别的，这样我可以转课
题。
后来我发现，原来体外实验至少是可以看到类似现象的！当然这是我摸了很久很多条件
的结果。包括
各种... 阅读全帖 |
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w******y
发帖数: 8040 | 40 a solid novel observation is way much better than
a groundless mechanistic study
Biology is still in its infant stage and requiring a perfect beautiful story
to publish only can make things ugly.
Too many people have to make up the so-called mechanisms.
That's why CELL editors really suck
phenotype
mechanistic |
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f**u
发帖数: 346 | 41 我只说我了解得比较详细的一个例子。
这个例子是关于遗传性的隐性的小脑症，英文好像叫microcephaly。
这个病人类遗传学已经map到了几个不同的基因，然后有人就做了KO小鼠。
对于其中一个基因的KO，纯合体有类似的小脑症状，分子机理是神经元非正常凋亡。
但有意思的是本来应该是黑毛的小鼠，如果是杂合体肚子上会有一大块白斑，
而且这个白斑phenotype好像很稳定。penetrance大概100%，expressivity也稳定。
我忘了他们有没有去解释为什么会有白斑，不过我猜是因为影响了neural crest。
于是他们就在这个白斑的基础上用ENU去筛选显性的modifiers，
readout就是白斑的大小位置什么的有变化的就统统都拿出来。
忘了他们的通量了，好像不是一千多就是一万多只，我觉得应该是一万多只。
还真筛出了不少个line，有的白斑变大了，有的变小了，还有的从一大块变成了斑点。
然后他们把这些新筛出来的东西分出来继续作characterization，有意思的再mapping。
起码有一个line如果是纯合体的话也会产生小脑症，其他的line我不清楚。
这个scr... 阅读全帖 |
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V*f
发帖数: 171 | 42 siRNA transfection only gives transient knockdown (3-7 days). If the
phenotype takes longer than 3-7 days to show, then siRNA hardly works.
Also some cell types are not easy to transfect.
Dharmacon and Ambion are good companies for siRNAs. |
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j********r
发帖数: 156 | 43 Thanks. So if I get very quick phenotypes in cultured cells using siRNA
transfection, will the data be convincing? Do I still need stable shRNA (
regular of conditionally if it is lethal) to confirm the results?
It seems there are also disadvantages of shRNA, such as in some cases
sequence-specific toxicity (probably due to overloading the RNAi machineary)
. But I am not sure about the down side of using siRNA. |
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l****n
发帖数: 3 | 44 I tried to study the function of a protein in cancer cells. And I
established both stable clones and a stable pool that overexpress this
protein. But I observed different phenotypes in stable clones and the stable
pool. Any explanations? Which one should I trust? |
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l****n
发帖数: 3 | 45 Then I have another question. What are the best controls for the stable
clones? Theoretically, it would be the stable clones with the empty vector.
But cancer cell lines are heterogeneous at the first place. After
antibiotics selection, I might end up having control clones with different
phenotypes. Which control clone(s) should I then use? |
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p*****m
发帖数: 7030 | 46 in vivo当然是巨大优点。但是drug screen的难关不在screen，而在下面干什么。如果
要找target,在fish里基本只有做affinity purification一条路（除非能猜出来），这
个难度不是一般的大，而在cell line里或者worm/fly里可以上RNAi screen找target。
如果不找target而是直接希望找到药，那就更悬乎了，现在用fish看Phenotype得到的m
olecule成千上万了吧，上了clinical trial的是不是就Zon lab的一个药？还不知道能
不能活到Phase III。
然后剩下的就是纯学术用途了。用已知target的library找相关pathway，或者干脆就是
screen到molecule用来替代GoF/LoF。这个市场就很小了。
我现在就是困惑出路到底在哪里。是应该大规模得上量寄希望于真的找到几个药，还是
要安心当成一个research tool就算。后者可没什么希望拿到太大笔的钱 呵呵 |
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f**u
发帖数: 346 | 47 不太了解药物筛选流程的细节，没太看明白你说的这种筛法。
难道不是先要从基础研究里面找到靶点，然后建立动物模型，然后再筛选化合物吗？
怎么会有靶点的问题？
你说得phenotype筛选，也就是用正常的鱼去筛，然后选想要的表型？
我的理解除了睡眠节律什么的，其他好像不好筛吧。
的m |
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c******m
发帖数: 884 | 48 一般是先把鱼搞得不正常（phenotype)，再拿去筛药，看哪个药能把鱼搞回正常。
靶点现在只能靠猜，就算猜出了pathway,可能的靶蛋白也至少有几百种，所以验证起来
问题很多,成本很高。 |
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p*****m
发帖数: 7030 | 49 我是两个意思，就是首先搞出靶点不容易，如果你想知道的话；
其次就是 如果直接用WT fish model然后筛药，这个成功概率是很低的，因为你不知道
target的话你就不太容易在更高级的动物模型上验证这个药的作用，毕竟不是什么动物
你都能搞出一个类似的model的。当然了，其实我自己是很喜欢这种phenotypic screen
的策略的，但是我也不是很确信这个成功率
了。 |
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m*p
发帖数: 226 | 50 痛恨做鱼的， 很多genes在老鼠里没有phenotype，但在鱼里有。不公平啊！ |
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