a*****x
发帖数: 901 | 1 如果只是level变化加这些不完全的mechanism不够CNS。需要either phenotype or
thorough mechanism.个人认为phenotype（比如老鼠肿瘤抑制）机会更大一些。
line
后B
homolog |
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a*****x
发帖数: 901 | 2 如果没有mouse model的条件，至少要有human cancer cell line, 或者ex vivo tumor
model的phenotype，或者找合作者做mouse model。而且phenotype光用siRNA knock-
down是不可信的,要有resuce。
Mechanism指的是要完整的story。磷酸化位点是什么，突变以后就没有level变化了?磷
酸化以后为什么B的level会变低，影响了E3的结合？蛋白A是不是B直接的kinase，等等
。就是可以做出一个model的figure，而且主要的地方不需要加问号。更多的是Cell的
要求，如果Mechanism有big surprise的话可以try Nature/Science。
如果你老板很大，或者大家一直在找B的调控蛋白但是找不到的话，目前的数据试CNS也
未尝不可。不过一般情况下没有太大希望 -- it doesn't hurt to try. Science第一
轮不过的话一个星期就会通知你。 |
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T****i
发帖数: 15191 | 3 不说别的，ES cell clone screen, microinjection, 养老鼠，phenotyping，这些减
到一定程度成本不能再少。
还有，告诉你个秘密，就是C57BJ/6N 可能有重大问题，某些基因的mutation 导致的
phenotype 使得用B6N做的KO老鼠对某些领域的研究基本没用。不过我不能细说。NIH正
在研究这个问题，这两年你会看到文章的。以前某领域不少用B6N发的文章，基本都废
了。
至于多个基因协调，靠这类方法，还是只能找找correlation，看看表面现象。还有，
多个基因协调作用要看具体情况。Gene network这种概念非常笼统。你要找的话，很多
基因都可以联系到一起，用不同interaction，比如epistasis, physical interaction
，expression control，post transcriptional and postranslational regulation等
等。但如果不能定量或不把量化信息放进network，就没多少prediction power。比如
physical inte... 阅读全帖 |
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b******s
发帖数: 1089 | 4 好坑。
其实不说整个大的体系。就局部小体系而言，很多phenotypical的东西还处于描述阶段
或者非常简单的定量。50年前怎么定量，现在依旧是怎么定量。很少有PI愿意focus在
这上面。因为所有的好杂志都极端追求mechanism，导致做这些东西很难发好文章。一
方面是大通量的数据，另一方面phenotype的个体variation很大。很多PI为了发文章甚
至会有选择的择取符合hypothesis的个体或者数据。所以很多实验，甚至是big3上的都
难以重复。 |
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z****u
发帖数: 1007 | 5 筛选本来就不需要很确定的结果啊。肯定会是很多问题的，所以后来她仍然需要拿Tbx1
KO来研究phenotype. 这个screening 虽然是invitro,但是我觉得会是个很好的方法用
来做initial screening.
相比之下，Elaine Fuchs之前另外一篇拿lentivirus in utero injection来做
multiple gene shRNA mediated knockdown 我倒是觉得会有很多问题。 老鼠本来就对
haploefficiency耐受性很高，RNAi kockdown 能有多高效率？ 每次注射后tranegenic
位点肯定还会不同，这样出来的phenotype能有多好的重复性？ |
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n********k
发帖数: 2818 | 6 继承父母的性状: heredity.但是中文没有翻译，但是很多人也把这个叫遗传，但是跟
遗传学不同。严格意义上说，同性恋父母不能生育后代，所以同性恋这种表型没有
heredity（人工授精或者代孕的另说:
I am not sure I would agree...Not a geneticist, if I understand it correctly
, one most simple example to reject your point is carrier...Besides, the
heredity could refer to the gene pool in the populations too
BTW,to clarify a bit more:
1. No: there is no so called gay genes or disease genes whatsoever...
2. Yes: there are genetic bases for gay phenomena or diseases...
3. The gay issue is pur... 阅读全帖 |
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s******y
发帖数: 220 | 7 多谢指教！
其实我们最初的double mutant disease model 就是mixed 的， （主要是FVB/N）, 后
来又转了个C56BL/6的磷酸化基因。我的确发现在这个新的mixed的背景下，老鼠病的没
那么严重了，死的慢了不少，虽然还是有病。 更让我担心的是，的确有一部分老鼠，
好像都不怎么病，也不知道为什么 （比如 兄弟两老鼠，哥哥1个月就挂了，弟弟活了
一年多）。 不过在这样一个相似的大背景下，很明显triple mutant中有S_A mutation
heterozygous的死的更快。
所以我觉得很明显genetic background 有影响phenotype，但是并不至于dramatic到让
他消失，（只是让penetrance 或expressivity 变弱了）。
根据你第一段，我应该证明在一个pure的background 下，这老鼠有病，我们的model相
关的基因是重要的，
但是根据最后一段关于back cross的 理论，我要是把这老鼠们backcross了，性状可能
会变弱，或者丢失，我到底该怎么半呢？
如果出现了丢失的状况，是不是就证... 阅读全帖 |
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Z**********g
发帖数: 222 | 8 1.不能简单得认为DNA是上帝，主宰生命的一切。DNA得以可控的方式时空特异的表达成
蛋白，才有价值。Genotype完全不等于phenotype。这里面涉及到epigenetics，
microenviroment，还有gene expression noise。完全一样的Genotype，Epi-genotype
和microenviroment都会导致不一样的phenotype，可知noise也会对细胞命运起决定作
用。再联系到肿瘤，我们可以认为，一些重要的基因突变可能起始了肿瘤发生。但是这
过程中，epigenome重新洗牌，microenviroment重新洗牌，别忘了还有noise。等这些
重新洗牌之后，起始肿瘤的突变基因在肿瘤生长维持中作用还有那么大吗？想想
oncogene和tumor suppressor领域吧，几十年了，发现很多基因了，但真正革新了肿瘤
治疗吗？就说targeted therapy，真正有决定意义上疗效的有吗？大多数是无关痛痒的
一点改善而已。所以我们可能得换角度看肿瘤了。
2.关于druggability，很显然，很多非enzyme（尤其是kina... 阅读全帖 |
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a*****x
发帖数: 901 | 9 Pathways need to be put in the context of phenotypes. A and B could be in
the same network, but the question is whether they cause the phenotype
independently. |
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g*****n
发帖数: 241 | 10 谢谢诸位同僚的探讨，不是我不肯说细节，而是因为这个问题属于经典孟德尔遗传学里
面非常常见的双突变分析（不包括数量遗传学），属于generic question。即使我告诉
你们细节（比如我研究的phenotype属于cell migration defect），对于我问题的解答
帮助并不大。
我知道如何解释其中的一种情况，就是当两个hypomorph导致synergistic effect （
strong phenotype/penetrance），表示这两个基因在同一个pathway。
Ex: http://wormbook.org/chapters/www_geneticenhancers/geneticenhancersfig2.jpg
我这次问这个问题其实是想了解一下如果出现其他情况，该如何解读实验结果。
无论如何，还是很谢谢大家热心的讨论和建议。 |
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z*t
发帖数: 863 | 11 您为啥不target phenotype A(或者说 cancer stem cell phenotype)? 如果A不产生R,
R不能抗药或者直接加上对R有作用的药物不也是可以clear tumor?
还有老大怎么用modelling把占据population少数的细胞，比如cancer stem cell的突
变（或者expression change）拎出来？这种情况下会不会和测序错误混在一起？ |
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z*t
发帖数: 863 | 12 您为啥不target phenotype A(或者说 cancer stem cell phenotype)? 如果A不产生R,
R不能抗药或者直接加上对R有作用的药物不也是可以clear tumor?
还有老大怎么用modelling把占据population少数的细胞，比如cancer stem cell的突
变（或者expression change）拎出来？这种情况下会不会和测序错误混在一起？ |
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c*******0
发帖数: 190 | 13 我很同意您的说法。ENCODE里面表观遗传的信息解析还是有很大的应用价值的，特别是
对于将来的Environmental genetics来说，这个是能对医学起到巨大作用的。可能我对
基础生物学的见解还不够深，我的本意并不是否定ENCODE这个项目，它的存在确实有之
合理性。只是在我看来，对于phenotype的调控研究相较genotype层面的网络描绘更有
意义。ENCODE里太多关于基因层面的空间调控网络的描述，这些东西我想不管多高深的
计算模型都难以模拟，因为能trigger这些调控的外界因素太多太不可预测了，现在的
技术连72小时天气预报都很难准确预测，蝴蝶效应的reaction chain可以说短时间内无
解。我不是纯生物背景出身，本科上的医学院，10几年来国内的医学教材现在该出到第
7版了吧，遗传学的发展体现到疾病谱上的内容依然只限于开头的“致病原因可能与遗
传有关”而已。我想，如果花这2亿去构建一个足够详尽的数据库，关于各种不同内外
理化环境因素对phenotype改变的关联，真正发挥出epigenome的桥梁作用，可能会更有
指导性的价值。太多关注于基因层面的相互影响，... 阅读全帖 |
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A*****O
发帖数: 394 | 14 我想，如果花这2亿去构建一个足够详尽的数据库，关于各种不同内外理化环境因素对
phenotype改变的关联，真正发挥出epigenome的桥梁作用，可能会更有指导性的价值。
--- 在目前的认识框架里面，epigenome难道会处于更优先的（更底层的）位置吗？没
有对DNA sequence有一定认识，如何去研究“各种不同内外理化环境因素对phenotype
改变的关联”？ |
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l********n
发帖数: 260 | 15 paper wanted
Phenotypic Heterogeneity of Genomic Disorders and Rare Copy-Number Variants
S. Girirajan and Others
Most chromosomal deletions and duplications (copy-number variants) that are
associated with neurodevelopmental disorders are known to result in a wide
variation of clinical phenotypes. This study describes a genetic mechanism
for such variation.
please send paper to my email: a*************[email protected]. Thanks a lot!
Jiatian |
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l***y
发帖数: 4671 | 16 Actually I am working on an approach to address similar issues.
A friend of mine, who was a postdoc in my PhD lab, worked on FTIR-based
polymer composition assay. He developed a very simple spectrum-based math
method, and the performance was amazing.
I am applying the same idea and developing a spectrum mixture model to
decouple cell phenotypes and reveal the GE features of each phenotype. The
major limitation is the volume effects, and I have worked out a workaround
method.
If reviewers buy the... 阅读全帖 |
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P*******e
发帖数: 27 | 17 After reading the comments about NIH, it seems to me people here has a
misunderstanding about the drug discovery process. People seem to believe
the drug discovery has always progressed like this: target---pathway---
cellular model---animal model---human beings. Indeed this is the well
publicized model or paradigm. But years ago, people used a phenotypic
screening to search for drugs without knowing targets, often directly on
animals. For anti-cancer drugs, many old ones were discovered without
... 阅读全帖 |
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t**l
发帖数: 109 | 18 1. 如果用foxp3，纯度和准确度会大大提高，一般做Treg的LAB都有foxp3 reporter
mouse.
3. phenotype可能会改变，看你的culture condition了，因为Treg 也可以表达T-bet
RORgT.phenotype肯定会变的。 |
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a***y
发帖数: 19743 | 19 没看完。虽然理论可以自圆其说，但是不能排除penis size和别的什么phenotype是
associated的。Penis size在人类进化过程中也许是副产品，而不是直接选择penis
size来的。
比如，有可能帅的人更可能penis大。也有可能penis大的精子活性更高。也有可能
penis大的别的什么phenotype可以使mating机会增大，比如penis越大性欲越高。更有
可能penis越大，存活率越高。如果没有做这些研究，实在不能下决定这是女性直接按
照penis size大小选择进化出来的。
Attractive |
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p*****c
发帖数: 20445 | 20 Marc R. Freeman, Ph.D.
HHMI Early Career Scientist
University of Massachusetts Medical School
Neurons hog the attention, but our brains couldn’t operate without the
unassuming neural cells called glia. Marc Freeman is working to bring these
overlooked cells—which represent about 60 percent of brain cells—their
share of credit.
Freeman has been dissecting the role of glia in brain development, function,
and healing after injury, when glia hurry to the damaged area and devour
cellular debris to al... 阅读全帖 |
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t**l
发帖数: 109 | 21 还有就是你想研究epigenetic的哪个角度。
有的LAB就是从基础的yeast做起，或者用cell line，用化学，生化，遗传的方法解释
一个新epigenetic的机制。
有的LAB是利用已经建立好的epigenetic model，找disease phenotype. 这种LAB都不
是纯epigenetic的lab,但是他们的paper都是CNS，做一些有关epigenetic 的KO mouse,
找一个新的phenotype去解释，癌症，免疫，神经领域的关键问题，往往发在CNS,
nature medicine, cancer cell, cell stem cell,nature immunology这种高级子刊，
相反那种纯epigenetic的lab的paper,好的当然是CNS，不错的paper只能进mol cell.因
为没有和疾病联系在一起。
还有的LAB是做epigenetic结构的，从结构角度做起解释机理，我觉得这种方法比用遗
传手段要好。比如dinshaw patel
有的是做新方法的，比如现在最火的chuan he,刚HHMI,那就是化学出身成功转... 阅读全帖 |
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e*******n
发帖数: 2178 | 22 ".一个population变成了AAbb..."
The hypothesis describes an outcome, but does not address the causes of the
outcome -- why & how "一个population变成了AAbb" -- the textbook answer is "
spontanenous(random) mutation", which is unprovable but taken as an agnostic
assumption. This is another limit of "evolution theory".
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（1）新的allele的产生和被fixed是可以在人的生命这个尺度可以被观察到的，有很多
文章和书籍都document了这个过程。所以说这个是客观存在的。这个客观存在的事实的
一个后果就是可能产生生殖隔离。
（2）新突变的产生是“随机”的，不是由环境需要而... 阅读全帖 |
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D*a
发帖数: 6830 | 23 你再读读。我说的是，infertility作为一种phenotype存在了已经几百万年了，仍然没
有被消灭。同性恋的phenotype会比infertility更不利于传播基因吗？
生物的行为和进化不是那么简单的。 |
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t**l
发帖数: 109 | 24 读了一下abstract，感觉啊。
做一个mir，找一个phenotype，这点应该没有什么大问题。
他非要说这个mir的机制是有关TET。 这明显就一个跳坑。TET火了几年了，以前研究
TET的手法都是很新颖的。现在TET也沦落到了MIR, EMT这种乱话题上。 一个TET可以有
那么多global的功能，非要说一个mir可以控制tet,然后另外一个基因的甲基化发生变
化，最后导致一个cancer phenotype. 我感觉对机制的解释不是那么完美。这也是mir
这个领域的弱点。 |
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u*********1
发帖数: 2518 | 25 既然你有了全基因组的序列，就赶紧在这些SNP上下功夫；先不说association的问题，
如果你的hypothesis是rare/novel variants导致这个phenotype（也就是上面说的
effect size很大），那么你的1500个SNPs完全可以那去和数据库的common variants做
比对，找出罕见的同时改变protein序列的missense mutation或者影响splicing的，甚
至miRNA target啥的，也就是annotation。我不是做线虫的，但我估计也肯定是有相关
的database的吧。这一步大家一般用annovar这个软件
如果你的phenotype是个罕见的missense mutation导致的，那么你的9个样本中哪怕出
现了2个都是很有意义的。当然我的这套办法都是对于human genome的，如果你寻找的
是common variants或者更复杂的epistasis啥的就当我上面的没说。
association study往往是对于comman variants的，最经典的就是用plink。不过plink
也是好复杂... 阅读全帖 |
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u*********1
发帖数: 2518 | 26 我是以一个线虫为基础，做了一些突变体，所以每个线虫都是有血缘关系的
这个在我眼里是多么求之不得的事情。这就好比你做tumor variants的分析，你有
tumor和control，那么这个control样本可以帮你排除掉ＮＮＮＮＮ多的noise；直接看
看mutant都出现了什么新的SNP所以导致了phenotype
这是做cancer genomics最爽的地方，因为有天然的control；而我们做一般complex
disease的就只能依靠common variants的数据库了。
不过我不太明白的是为什么A和Ｂ两个wildtype的phenotype如此不同；既然是wildtype
那genome难道会有很大差别么？（可能是很silly的问题因为我是外行）
anyway，先找到只在mut里产生的variants，做点annotation，或许你就已经找到了你
想要的东西，不用去care什么association power了 |
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A**r
发帖数: 43 | 27 除了repeat expansion之外，CNV也高频率的出现在ASD之类的neurological disorder
里面，不知道为什么。这些可能都是neurological disorder的特殊之处。
会不会是由于，神经系统之外的基因出现了repeat expansion，可能没啥显著
phenotype，或者直接致死？神经系统面对基因表达的变化，可能会出现不致死但是很
明显的phenotype。
repeat expansion对于人类大脑的进化，会不会有什么特殊意义？或者C9orf72是不是
本身进化就比较快？ |
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v*******n
发帖数: 8995 | 28 希望大家知道一点大米mirna事件的背景，小弟开喷了：
NBT你可以证伪，装b，做出再世基督，生物救世的样子。
可是你的反驳雄文就只有一个正文就一个figure，一个表格。supplemental figure 就
3-4张图。基本上是一个个耗子吃药，然后测序，blood work的流水线的实验。估计只
要一个人总共一周工时。（1）
nbt知道这种文章没有一点novelty，所以自己心虚的去发文解释越描越黑问道‘Do
replication studies belong in top-tier journals?’ 这种典型的假装可观洗脑方
式，和cnn是不是一个妈教的 该不该发？你不也已经发了吗，有什么好多问的？ 如果
重复实验不配发nbt， 你还发了，你要自宫给大家看吗？（2）
果然nbt最后花了2/3的篇幅来装逼，说这个结果多么重要， 可是你们编辑部怎么不发
老张的文章哪（2）？说重复多么重要，你有空怎么不把那你自己还有你老母nature上
重复不了的列个表格。自己就是这个sb科研体系的受益者，始作俑者,有摆出一福众人
皆醉，我独醒的样子。其心可诛。我说要解决生物实验重复性差的问... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 29 Pls check,
i) Trapnell C et al., (2012).
Differential gene and transcript expression analysis of RNA-seq experiments
with TopHat and Cufflinks.
Nat Protoc 7: 562–578.
ii) Li H et al., (2009).
The sequence alignment/Map format and SAMtools.
Bioinformatics 25: 2078–2079.
plus
Weikard R et al., (2013).
Identification of novel transcripts and noncoding RNAs in bovine skin by
deep next generation sequencing.
BMC Genomics. 14: 789. [Epub ahead of print]
>http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24225384
c... 阅读全帖 |
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S*********e
发帖数: 127 | 30 a mutant has been mapped to a gene ~9kb. need to do rescue experiment to
confirm the gene specificity of phenotype. RNA injection apparently not
doable since its easy degradation. DNA injection mosaicism is not penetrated
enough to recover the whole phenotype. any suggestions? |
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t**l
发帖数: 109 | 31 看你的实验目的了，如果你的实验结果是在293T上做，phenotype可以快速的看到，可
以不做筛选。但是这样的phenotype并不是KO.我觉得如果想快速的看看是否有作用，可
以。但是早晚还是要pick single cell clone. 来验证。要不是CRISPR这个技术就浪费
了。除非你是做screen. |
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s*****u
发帖数: 407 | 32 Applications are invited for Postdoctoral Researchers to join research group
in the Department of Biostatistics at the University of Michigan. Research
in the lab focuses on the development of statistical methods and
computational tools for the analysis of large-scale and high-dimensional
biological data from genetic association studies and functional genomic
sequencing studies. Recent work includes: Bayesian hierarchical models to
quantify genome-wide inheritance, Bayesian sparse regression mod... 阅读全帖 |
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l****y
发帖数: 486 | 33 Assume your knock-in here refers to mutating a site at the endogenous locus
(thus over expression-type approach, such as making transgenic mouse from
Rosa26 locus, will not be applied here).
Then the question is: you expect your mutation is a gain-of-function
mutation or loss-of-function mutation.
If your mutation is GOF mutation, it is easy, see Kras V12 KI strategy--
basically insert stopper element LSL before Kras V12 Exon. Note that the
allele LSL Kras V12 (before crossing with Cre) is a nul... 阅读全帖 |
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d*b
发帖数: 4184 | 34 【 以下文字转载自 Gay_Pathology_and_Therapy 俱乐部 】
发信人: dcb (奉钻风之命删除), 信区: Gay_Pathology_and_Therapy
标 题: gay基因如果存在，对女性也是有害的
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Jul 26 23:12:55 2015, 美东)
1993年，一个骗子提出gay基因的概念并将之定位在Xq28，后来无数学者都证明题其研
究是无法重复的，但gay基因的概念不断被无良政客用来欺骗就缺乏常识的民众。 稍微
有点遗传学常识的人都会有个疑问，在遗传上极其不利的gay基因如果存在也应该在进
化中被淘汰，于是其它骗子为了圆谎有抛出gay uncle 理论，即gay 基因会对女性携带
者繁衍有利所以能够通过女性隐性遗传。
本研究通过对gay的女性长辈（有gay 子/侄者，虚构的gay 基因携带者非发病者）研究
，得出其与非gay亲属女性的区别：
1. 较少妇科病
2. 较少复杂怀孕（多胞胎等）
3. 对生育不感兴趣（解释1）
4. 不太重视夫妻间浪漫的爱情
5，缺少社会生活
6. 家庭的稳定降低
7. 更外向（... 阅读全帖 |
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l*********i
发帖数: 332 | 35 多谢哥们点评。
扪心自问，去年的Dev Cell的工作在分子水平上我还是非常满意，后来adrian bird,
narry kim都在nature review里面专门放在figure里面点评了。
这个转基因猴子的工作历时漫长，本来就是09-10年赶鸭子上架，那时候年青人无知无
畏，到猴子11年出来以后势成骑虎，我一个做分子的硬起头皮做起各种猴子的行为学分
析，幸好有个硕士技术员听话，一般学生无法干这种无法预测啥时候能出文章的课题，
做了两年好像有点意思，投稿又历经波折，最后呢，其实并不是了不起的科学发现，只
是第一次把human autism gene转到猴子里面，确实有很强的autism phenotypes, 以至
于到第二代居然还具有autism-like phenotypes，所以以后为做autism brain imaging
提供了一个primate的model, 可以知道究竟autism gene-brain imaging的直接联系。
如果非要说一点意义，就这些吧。
我个人的兴趣并非是灵长类的神经生物学，不是做primate neurobiology的，我也不打
算改... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 36 For those who can not access the link
I copied the content here:
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
NgAgo
15 posts by 9 authors
Davide Seruggia
Jun 23
Hi,
I tried a couple of transfections with the NgAgo plasmid from Addgene and
the 5'P oligo against GFP from the paper, but I did not see a dramatic
reduction in GFP+ as seen using Cas9 and a GFP sgRNA.
Anybody tried as well and came to the same (dead) end?
Davide
k*****[email protected]
Jun 24
Hi, Davide,
I tried th... 阅读全帖 |
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m*******d
发帖数: 3 | 37 Ph.D. Positions at Computer Science & Engineering Department, University of
Connecticut, Storrs, CT
Research Focus: the application of Mathematical Programming, Machine
Learning or Data Mining approaches in emerging Health/Medical Informatics,
Drug Discovery, Bioinformatics and Medical Image Analysis
Applications are invited for 2-3 PhD scholarships in Health/Medical
Informatics group for the incoming Spring of 2011 or regular Fall Semester
recruiting in 2011. While completing the Ph.D. degree ... 阅读全帖 |
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m*******d
发帖数: 3 | 38 Ph.D. Positions at Computer Science & Engineering Department, University of
Connecticut, Storrs, CT
Research Focus: the application of Mathematical Programming, Machine
Learning or Data Mining approaches in emerging Health/Medical Informatics,
Drug Discovery, Bioinformatics and Medical Image Analysis
Applications are invited for 2-3 PhD scholarships in Health/Medical
Informatics group for the incoming Spring of 2011 or regular Fall Semester
recruiting in 2011. While completing the Ph.D. degree ... 阅读全帖 |
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e****0
发帖数: 678 | 39 Endometrial hyperplasia types. Risk of cancer treatment
simple 1% Cyclic progestin
complex 3% Cyclic progestin
Simple atypical 8% THA or progestins
Complex atypical 29% THA or progestins
• Prolatinoma and hypothyroidism galactorrhea
• Anesthesia can reduce uterine activity if in the latent phase
• Contraceptive for lactating mother
Progestin-only oral contraceptive
• Pregnancy luteoma
African-ameri... 阅读全帖 |
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p*******g
发帖数: 2976 | 40 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: albertsmwk (.)(.), 信区: Biology
标 题: 第一批“青年千人计划”生物类@publication列表@
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Aug 18 15:04:16 2011, 美东)
花了一个小时，深深的鄙视一下自己的无聊行径！！
125 蔡亮 男 1980年11月 复旦大学 生命
科学 2007年12月毕业于[美国]北卡大学 [美国]加州大学旧金山分校 博士后
Cai L, Mostov K. Polarity is destiny. Cell. 2009 Nov 13;139(4):660-2. PubMed
PMID: 19914162; PubMed Central PMCID: PMC2900917.
Cai L, Makhov AM, Schafer DA, Bear JE. Coronin 1B antagonizes cortactin and
remodels Arp2/3-containing actin branche... 阅读全帖 |
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x******m
发帖数: 736 | 41
我的phenotype是多少天大鼠得糖尿病，范围在１－２００天。如果有的大鼠２００天
内没有症状，就认为他们没有糖尿病。(kinda of right-cencored survival).
问题就在这个，现有package都要求phenotype是normal或者binary。即使有的能分析这
种数据，like R/qtl,或者是non-parametric,function也有限。不能作locus
interaction.
不知道有没有这方面的建议,many thanks |
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a***r
发帖数: 420 | 42 我有一个data file，1900*24的matrix，在R中名为“data”
这24列前面五列是基本信息，第六列是phenotype，categorical variable，0/1,后面是genotype dosage，categorical 0/1/2（就是一个pedigree file）
我做了phenotype和genotype的logistic regression
现在想知道这些genotype（SNP）之间pairwise的interaction，用LRT,于是写了如下code：
n=18
result <-matrix(0,ncol=n,nrow=n)
for (i in 1:n-1) {
for (j in i+1:n) {
logit1<-glm(data[,6]~data[,6+i]+data[,6+j],family=binomial(link="logit"),na.action=na.omit)
logit2<-glm(data[,6]~data[,6+i]+data[,6+j]+data[,6+i]*data[,6+j],
family=binomia |
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f**d
发帖数: 768 | 43 最新一期神经科学期刊
The Journal of Neuroscience DOI: 10.1523/?JNEUROSCI.0347-11.2011
译文转自 生物谷
Toronto大学的研究人员首次确定了与帕金森氏症和其他神经退行性疾病密切相关
的严重睡眠障碍的一个潜在病因。
该研究的主要作者，John Peever博士说：“我们的研究是第一次建立一个与人类
的REM睡眠行为障碍（RBD）的相关联的可能性，这很重要，因为60%至80%的诊断为
RBD的人随后进展为帕金森氏症或其他神经退行性疾病。”该研究发表在《The
Journal of Neuroscience》上。
快速动眼睡眠行为障碍（RBD）最常见的特征是在做梦睡眠（也称之为快速动眼睡
眠）中发生剧烈的运动。患有RBD的人不能体验正常的肌肉松弛，而这种肌肉松弛
可防止他们做梦，他们还经常由于快速的、强有力的运动伤害到自己或伤害到与他
们同床的配偶。在某些情况下，病人需要被固定在床上，以防止严重伤害他们自己
或他们同床的配偶。
Peever的团队重点研究了RBD的遗传的原因，因为这种疾病的根本原因是未知的。
有证据表明，减少... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 44 小弟我从生物信息phd想转到data science
自己做过的有NGS-genomics之类的研究
也做过基于clinical feature 用ML进行phenotype prediction的研究
熟悉linux/hpcc，R，尤其是python（Numpy, Scripy, Matplotlib, Pandas, Scikit-
learn）这一套
学习了bishop的PRML，当然也补课了multi calculus，和线性代数
也刷过一些kaggle
刷kaggle和自己的phenotype prediction的套路都是：
feature engineering, data cleaning, machine learning data training, test
prediction, data visulization
请问掌握这些我算是入门了吗？
如果入门了的话，如何进阶呢？
是继续加深我的machine learning/数学的基础知识，以及加强python coding能力 （
我的自学当然不能跟科班比）
还是继续学习新的东西，比如mapreduce，Hado... 阅读全帖 |
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m***d
发帖数: 1050 | 45 来个简单类比吧, 看过教父没有? ----- 黑社会的运作机制决定了其老大的phenotype,
与老大本身的genotype无关 |
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l********a
发帖数: 126 | 47 但Michael Corleone在杀了很多人之后把家族产业都带入了合法世界。
phenotype, |
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i***o
发帖数: 750 | 48 赞一下这个. 说起来还是自由世界的黑帮片比较揭示共产主义运动的规律
phenotype, |
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t*******3
发帖数: 2005 | 50 Chunfang "Amy" Jin (amy_jin at mckinsey.com), PhD 2004 (Marketing Specialist
, McKinsey & Co., Asia Pacific Marketing Practice, Shanghai, PR China)
``Contributions to the Design and Analysis of Quantitative Trait Loci
Experiments''. PhD Thesis.
Jin C, Fine J, Yandell B (2006) ``A unified semiparametric framework for QTL
analyses, with application to spike phenotypes.'' J Amer Statist Assoc (in
press)
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学统计的，04年博士毕业 |
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