e******z
发帖数: 1 | 1 Is there a database or a website that have those physical constants
of polymer like pKa, more specifically i would like to know the pKa
of PAA (Poly Acrylic Acid) 's pKa.
A specific handbook or paper is also ok. Thanks a lot! |
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j*******e
发帖数: 59 | 2 想看一下细胞里PKA的活性，打算选一两个蛋白的磷酸化作为readout。有没有已经广泛
被接受的PKA磷酸化的蛋白？目前我知道的是有VASP，但是貌似这个蛋白不在我的细胞
里表达。别的还有vimentin或者CREB，但是别的kinase也可以磷酸化它们，所以不那么
特异。不知道Glycogen synthase kinase-3beta （p-Ser9）是不是个好的候选呢？多
谢多谢！~ |
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x*****n
发帖数: 885 | 3 Hi, I am trying to repeat an experiment from a published paper, but I got
confused about one thing.
The process need a PH 3 solution with 8 M urea. The author adjusted the pH
by 0.1% acetic acid.
However, the PKa of acetic acid is 4.75. Should not the buffer always be
arround 4.75 no matter how much acetic acid I am adding?
In another word, what decides the final pH, the PKa or the concentration of
the acid?
Thanks!
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t**t
发帖数: 27760 | 4 pka是酸型
pka是6.5 PH是7
说明碱性比酸性多。
HA/A=1/3.16 |
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j*********5
发帖数: 6221 | 5 evans有个pka的sheet
evans2有个pka的shit |
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a********k
发帖数: 2273 | 6 是不是只有放射性标记ATP然后体外加纯化的蛋白和PKA这一个决定性实验啊？
基本没做过生化，要证明这样一个磷酸化位点从零开始要多久啊？
谢谢了 |
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a********k
发帖数: 2273 | 7 多谢。。。我还不知道这个位点是否可以磷酸化，估计没可能要钱去做个特意抗体吧。
不过其实钱不是问题，关键是怎么快点搞出结果。
可不可以转染细胞，然后抑制或者激活PKA，然后purify我的蛋白去MS？
thanks. |
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L*****t
发帖数: 56 | 8 问题先复制在这里：半胱氨酸（L-Cysteine）的-SH官能团的pKa是多少？
Google第一个结果是8.0, 觉得好像有点低，再往下看发现其他网页都说是8.5
看来Google是很不靠普的，那么我查一下更专业的Wolfram Alpha, 答案是8.18
还是不放心又找来两本有机试剂手册，结果分别是8.33和8.14
我只是想优化一下实验条件而已，难道这种基础信息还要自己动手来验证么... |
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O*R
发帖数: 609 | 9 both
pH=pKa+log([A]/[HA])
of |
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a********r
发帖数: 387 | 10 有点糊涂了现在，想半天也没想明白，特来请教。
已测得与基团A结合的H2O的Pka是6.5。那么在PH＝7的时候，溶液中的物种以A-OH和A-
H2O形式存在的浓度比到底是多少啊？ |
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s*******1
发帖数: 146 | 11 HA+H2O =H3O+ +A-; pKa =6.5
[H+][A-]/[HA]=10^-6.5
[H+]=10^-7
[A-]/[HA]=10^0.5
Why [A-OH]/[A-H20]? |
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a********r
发帖数: 387 | 12 以我的体系为例子：
可能的解离反应是：［A-H2O］ --》 ［A-OH-］ + ［H+］ ----（1）
解离常数Ka=［A-OH-］*［H+］/［A-H2O］ ----（2）
Pka=-logka=-log（［A-OH-］*［H+］/［A-H2O］） ----（3）
当PH=7的时候，体系的［H+］=10**（-7） ----（4）
把（4）代入（3），就可以得到［A-OH-］/［A-H2O］的值。
不知道这样解释清楚没有？ |
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c******m
发帖数: 884 | 13 orotic acid 有3个pKa, 分别是2.78， 9.45, >13.
如果想让 orotic acid 最大程度溶于有机相 (neutralized)，在多大的 pH 值萃取比
较好？是越酸越好吗？
我现在做固相萃取（ion exchange column)，用 2%formic acid/water (pH=2) 洗固相
，结果洗下来许多orotic aicd, 是不是不够酸？还是 pKa2 和 pKa3 在起作用？
Thanks in advance! |
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c******m
发帖数: 884 | 14 Thank you for the reply. Do you mean triethylamine for TEA? If so, I didnot
use any TEA in the previous wash.
The ion exchange (IX) solid phase (SP) contains a linker-piperazine with pKa
of 6, so I load the orotic acid (ORA, pKa1=2.8) with a pH 4.4 (half of 2.8+
6) solution to make sure both SP and ORA are ionized. Then I use 2%Formic
Acid/water (pH=2) to wash (should not elute any ORA out), and then use NH4OH
in MeOH/ACN to elute ORA. But the result shows the acidic wash step elute a
lot ORA. S... 阅读全帖 |
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s****2
发帖数: 4569 | 15 overlodaing!?
didnot
pKa
8+
NH4OH
a |
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s**********6
发帖数: 15 | 16 简单查了下CRC 发现并不齐全， 最简单的 H2SO4的二级PKa值就没有，人比较懒。。
很多酸懒得一个一个的搜Literature了 不知道网上啥地方有，看了下置顶推荐的几个
网站 貌似全都打不开。。多谢大家了。。 |
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j*********5
发帖数: 6221 | 17 Evans不是有个PKa的sheet吗，放狗搜一下能搜到 |
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g********0
发帖数: 749 | 19 谁知道DIBAL-H的 pKa 值大约是多少？能有出处最好了
wiki上有一句话，关于DIBAL的：
Hydrides are small and, for aluminium derivatives, are highly basic,.... |
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y*****s
发帖数: 1047 | 20 it is basically an alkane pKa ~51 |
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g********0
发帖数: 749 | 21 谁知道DIBAL-H的 pKa 值大约是多少？能有出处最好了
wiki上有一句话，关于DIBAL的：
Hydrides are small and, for aluminium derivatives, are highly basic,.... |
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y*****s
发帖数: 1047 | 22 it is basically an alkane pKa ~51 |
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g********0
发帖数: 749 | 23 如果用这个pKa的话，就跟BuLi差不多了。。。
其实，想知道它能否拔malonate上的氢——如果不还原的话。
个人感觉可以拔氢，就是没有依据。 |
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y*****s
发帖数: 1047 | 24 You should check the pKa of H2 and malonate, if your question is can hydride
deprotonate malonate. |
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b****t
发帖数: 34 | 25 what is the value of PKa of PAA ?
thanks |
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b*o
发帖数: 47 | 26 I remember it only because PAA was one of the only two polymers my graduate
school group working with - hearing its pKa almost everyday. |
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B********e
发帖数: 1199 | 27 ☆─────────────────────────────────────☆
pka (hehe) 于 (Thu Aug 4 03:00:43 2011, 美东) 提到:
搬家到同州另一城市，
车需做哪些变动？
换牌照／重新注册。。。？
谢谢
☆─────────────────────────────────────☆
alanjam (carfever) 于 (Thu Aug 4 03:04:03 2011, 美东) 提到:
同州的话， 牌照不用换吧， 重新注册也不一定要做吧，保险也许要更改一下地址（说
不定会更便宜， 赫赫）。
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pka (hehe) 于 (Thu Aug 4 03:05:35 2011, 美东) 提到:
谢了
似乎没一个肯定的。。。。
哈哈
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sandiego (秋去冬来) 于 (Thu Aug 4 03:07:08 2011, 美东) 提到:
改驾照和保险... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 28 回归与自然共存 德国农村的“田园”之美（图）
文/宇峰
在阔朗的乡间，田园成了主题曲，清风、绿野、牛儿吃草、马儿奔跑都成了悠扬的旋律。
德国农村由于画风太美，让人觉得还是用“田园”来称呼更为合适。其实田园风是整个
德国的基调，在大城市里田园只是小插曲，而在阔朗的乡间，田园成了主题曲，清风、
绿野、牛儿吃草、马儿奔跑都成了悠扬的旋律。
德国的城市与农村，并没有泾渭分明的界限，更没有贫富两极的分野。甚至德国农村的
高科技数字化管理、人与自然相融共生所形成的大气、高水准的环境，倒成了都市人的
向往。而成就和支撑这些高水准环境的则是可再生的发展理念、合理的规划和人们对大
自然的敬畏之心。
地方社团加入美化家园
二战之后，德国是个在废墟上重建的国家，重建速度之快、质量之高都成了国际样板。
在植栽和绿化这一部分，最初有很多地方社团自愿加入美化家园的工作；在“德国园艺
协会”加入后，逐渐拓展为农村社区美化项目。
20世纪60年代，德国联邦农业部将这一项目升级为全国性的农村竞赛，当年的主题是“
我们的农村应更美”；随着时代变迁，2001年，增加了“我们的农村有未来”作为副标
题；至2007年，则完全以... 阅读全帖 |
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a*******g
发帖数: 4872 | 29 ☆─────────────────────────────────────☆
pka (hehe) 于 (Mon Nov 24 23:55:45 2008) 提到:
发信人: pka (hehe), 信区: ZJU
标 题: 纽约的校友们
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Nov 24 23:53:13 2008)
我在纽约了，住法拉盛至30号。
有吃喝玩乐的好事，叫我，
呵呵
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watermoon (moon) 于 (Mon Nov 24 23:56:29 2008) 提到:
爽啊！
☆─────────────────────────────────────☆
mey (菩提) 于 (Mon Nov 24 23:58:54 2008) 提到:
这个hehe和那个hehe是一个人吗？
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pka (hehe) 于 (Tue Nov 25 00:00:20 2008) 提到:
呵呵， |
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z*f
发帖数: 27 | 30 等电点，顾名思义，就是正负电荷相等时的pH点。pH值低于等电点时会有更多的氨基酸
质子化。
赖氨酸和精氨酸sidechain的pKa>10，谷氨酸和天冬氨酸sidechain的pKa~4，所以在我
们常见的pH5-9之间，一般可以认为这些氨基酸总是带正电或负电，电荷变化主要发生
在组氨酸（pKa~6.0）。 |
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t*****m
发帖数: 73 | 31 很难找闪光点，有下面这些引用，不知道能怎么利用一下？还是只能算普通footnote而
已？
某paper的experimental part，"The amounts of XXX protein bound to the XXX
supports were measured using a Bradford assay (某常用测量方法）as mentioned
in refs. 5 and 6." 其中5是我的paper。
某paper，"XXX digestion (某常用生化反应）of complex protein mixture
containing A and B was prepared according to reported work (34，唯一文献，我
的paepr）。"
同样这个工作的学生的Ph.D thesis也在同样实验上cite的唯一文献是我的这个paper（
类似描述）。
某paper，“The pKa values were obtained from the work by A et al, B et al
and C et al who hav... 阅读全帖 |
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M****s
发帖数: 693 | 32 我有时候经常会忍不住去买一些很有意思的小附件，价格不贵，大多也都很好玩。不过
总归业余时间有限，玩的机会不多，没能很好的实现他们的价值。
这次秀一下我的MACRO附件。这些附件均为副厂杂牌，不过功能可不弱。
从上面数，第一排，从左到有
1，Kenko 2X AF 增距镜 for Pentax。这个增距镜可以传递镜头电子信息，并有机械机构耦合机身和镜头的AF拨杆，可以对口径大于F4的AF镜头实现自动对焦，价格30欧元
2，Kiron 2X PKA 接口增距镜，for Pentax。这个增距镜跟KENKO AF那个相比，只是少了AF功能，其实跟KENKO的增距镜功能重复。买这个增距镜，本来是想拆了镜片当PKA口的近摄接圈的，但一直还没动手。。。入手价格：19欧元
3，HOYA HMC 62mm +4 近摄镜。一家摄影器材店倒闭，打折买的，10欧
第二排，Revue PK卡口近摄接圈一套三个，长度分别为31mm，21mm，13mm，入手价格8欧元
第三排：HAMA Auto Ring Flash通用型环形闪光灯，闪光指数为8，单触点，通用闪光热靴（不能用于MINOLTA/SONY AF相机） |
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k*********a
发帖数: 49 | 33 我以为是搞笑的，去官网看了，竟然是真的。
13亿T就不说了，下面这些，OMFG：
CN- ：氰
Tl： thallium，铊
Hg： 汞
O3：臭氧，强氧化剂
pKa不是用来做酸碱指标的，pH范围还尼玛有负值
磁场。于是，水分子中的氧的电负性迅速降到1以下，导致水分子之间氢键断裂，形成
小分子团水。在磁场作用下，空气中的O2迅速溶解，并转化为O3，进入人体后，产生大
量的自由基，有利于人体健康。此外，在磁场作用还能产生微量Sb3+,CN-,Tl3+,Hg2+等
许多对人体有益的矿物质。产生的Fe(CO)5甚至能治疗贫血。另外，据杨启彪博士测定
，水宜生制出的水pKa为-31.3，是真正的弱碱性。
分会专家委员会专家，中华宋庆龄国际基金会特聘专家。获华中师范大学理学硕士学位
，美国劳伦斯科技大学MBA，美国高登大学博士（在读）。杨启彪博士专注于健康领域
的研究，有着近20年的研究经验，已陆续获得多项研究成果，并获得四十余项国家专利
。发表学术论文五篇，专著两部。荣获全军科技进步二等奖一次，国家科技进步三等奖
一次，珠海市科技重奖一次。
题。只需将普通水倒入一个加有特殊材料的杯中，就能将... 阅读全帖 |
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o*****s
发帖数: 1445 | 34 发信人: piaobo21 (漂泊~~), 信区: Chemistry
标 题: Re: 分析化学phD面试都问什么啊
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Feb 2 19:41:50 2013, 美东)
what's relationship between pka of analyte and PH of mobile phase? if you
need to assay a basic organic compound.
how to make 1000ml buffer in water with PH=2, 4, 6, 10....? if i give you
pka and conc., and a calculator.. (do not use google.com)
What's meaning of validation? how to do a validation ( do you know how to
write an impurity method validation protocol? if i give you Label claim, ... 阅读全帖 |
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p*****m
发帖数: 7030 | 35 一个人发现了dopamine是neurotransmitter，顺带搞了点PD
一个人一直在做signal transduction （PKA pathway）
一个人玩海兔，建立了classical conditioning/memory的模型
三个人系统，工具，研究方法都不着边啊 当然了你可以非要往一起扯就是了，比如说G
reengard搞的PKA,Kandel也发现在海兔记忆里有用。问题是这样扯全世界的生物学家都
可以放到一个门类里
还不如说是三个人贡献都不够一个nobel,因此拉过来放一起，尤其是后两个人 |
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d****h
发帖数: 46 | 36 For rat neuron
GABRA1: (Neuron. 1989 Dec;3(6):745-53.A novel alpha subunit in rat brain
GABAA receptors.Khrestchatisky M, MacLennan AJ, Chiang MY, Xu WT, Jackson MB
, Brecha N, Sternini C, Olsen RW, Tobin AJ.)
GABBR2:similar to GABRA1, highly neuron-specific
MAP2:(A Harada, J Teng, Y Takei, K Oguchi, N Hirokawa
MAP2 is required for dendrite elongation, PKA anchoring in dendrites, and
proper PKA signal transduction J Cell Biol, 158 (2002), pp. 541–549)
Tuj1: (J Neurobiol. 1995 May;27(1):26-43.Div... 阅读全帖 |
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s**********8
发帖数: 25265 | 37 it may due to pka issue. two ionic form. try pH two units away of two pka
2 |
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x****a
发帖数: 1041 | 38 pKa 和 pH 有点区别的。 pKa=pH - lg([B]/[BH]), [B]是共轭碱的浓度。google一下
，相关教程不少。 |
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y**x
发帖数: 3 | 39 谢谢你的解答。我找到一个公司的宣传品上和这相关的解释如下，我不太明白，望指点。
Note that the dissociation constant (pKa) of hydrogen peroxide is 11.62,
and hydrochlorous acid (HOCl) is 7.4, expressed in terms of pH. It then
becomes obvious that the peak activity of the E0 for hypochlorous acid is
very near the pH of the water being treated, and the H2O2 is considerably
higher. Thus, H2O2 would express a much lower ORP value at pH 7.4 than
would hypochlorous due to the vast difference in the pKa constant.
谢谢！ |
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i*******D
发帖数: 993 | 40 tris, boric acid, edta 配置出的tbe buffer。已知各个溶质的量。还有各个 pka,
pkb。该怎么求溶液中各种离子的浓度呢？就是求他们的分布系数对吧？那么是不是就
列几个质子平衡方程。貌似这个ph值我也不知道。
有一个文献 ionic effects on the equilibrium dynamics of dna confined in
nanoslits 里面测了不同浓度下这个buffer的离子强度。我的问题是，上述方法能算出
来吗？根据pka pkb那些算出的值跟实际相符得好吗？ |
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p******1
发帖数: 1388 | 41 what's relationship between pka of analyte and PH of mobile phase? if you
need to assay a basic organic compound.
how to make 1000ml buffer in water with PH=2, 4, 6, 10....? if i give you
pka and conc., and a calculator.. (do not use google.com)
What's meaning of validation? how to do a validation ( do you know how to
write an impurity method validation protocol? if i give you Label claim, and
impurity limit (%), plus some general "FDA laws"...)
what's main differences between assay, impurity, c... 阅读全帖 |
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z****l
发帖数: 97 | 42 well, if there is a shoulder with 0.1% TFA (pH ~2), I don't think that's a
pKa issue since the pKa is 8-9. |
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G*****o
发帖数: 315 | 43 Interesting question. I do not know the answer though.
Adding H+ can be a simple solution. If you know the pH value, and also the
pKa of the amino acids, then you can selectively add H to some amino acids.
But if the pKa value of an amino acid is about equal to the pH, then I am
not sure whether you should add H or not.
This paper may be helpful.
Multiple pH Regime Molecular Dynamics Simulation for pK Calculations
http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.p |
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G*****o
发帖数: 315 | 44 Interesting question. I do not know the answer though.
Adding H+ can be a simple solution. If you know the pH value, and also the
pKa of the amino acids, then you can selectively add H to some amino acids.
But if the pKa value of an amino acid is about equal to the pH, then I am
not sure whether you should add H or not.
This paper may be helpful.
Multiple pH Regime Molecular Dynamics Simulation for pK Calculations
http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.p |
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q********g
发帖数: 10694 | 45 Constant pH Simulation
First, check your assumptions. The ideal situation would be to have a
constant-pH algorithm to perform the MD simulations. However, conventional
explicit-solvent MD algorithms cannot do that, since they're constant-H+
algorithms. Furthermore, if you use a MM force field, you will never get
protonation/deprotonation of sites in your solute: free H+ will just wander
around, while titrable sites are stuck with their initial protonation states
; if you want to overcome this yo... 阅读全帖 |
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m**l
发帖数: 11854 | 46 【 以下文字转载自 Joke 讨论区 】
发信人: walks (踏实做事，诚恳做人), 信区: Joke
标 题: ZT水宜生水杯的强大功效
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Apr 3 14:13:53 2011, 美东)
水宜生中有一块用化学纯金属锑制成的常温超导体，能够产生高达13亿特斯拉的强大磁场。于是，水分子中的氧的电负性迅速降到1以下，导致水分子之间氢键断裂，形成小分子团水。在磁场作用下，空气中的O2迅速溶解，并转化为O3，进入人体后，产生大量的自由基，有利于人体健康。此外，在磁场作用还能产生微量Sb3+,CN-,Tl3+,Hg2+等许多对人体有益的矿物质。产生的Fe(CO)5甚至能治疗贫血。另外，据杨启彪博士测定，水宜生制出的水pKa为-31.3，是真正的弱碱性。
杨启彪，海外归来的功能水专家，加拿大普源科技研究所所长，中国保健协会功能水分会专家委员会专家，中华宋庆龄国际基金会特聘专家。获华中师范大学理学硕士学位，美国劳伦斯科技大学MBA，美国高登大学博士（在读）。杨启彪博士专注于健康领域的研究，有着近20年的研究经验，已陆续获得多项研究成果，并获得四十余项国... 阅读全帖 |
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h***e
发帖数: 20195 | 47 【 以下文字转载自 Detective 讨论区 】
发信人: mrvl (let freedom ring, let freedom win), 信区: Detective
标 题: ZT水宜生水杯的强大功效
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Apr 4 00:38:16 2011, 美东)
发信人: walks (踏实做事，诚恳做人), 信区: Joke
标 题: ZT水宜生水杯的强大功效
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Apr 3 14:13:53 2011, 美东)
水宜生中有一块用化学纯金属锑制成的常温超导体，能够产生高达13亿特斯拉的强大磁场。于是，水分子中的氧的电负性迅速降到1以下，导致水分子之间氢键断裂，形成小分子团水。在磁场作用下，空气中的O2迅速溶解，并转化为O3，进入人体后，产生大量的自由基，有利于人体健康。此外，在磁场作用还能产生微量Sb3+,CN-,Tl3+,Hg2+等许多对人体有益的矿物质。产生的Fe(CO)5甚至能治疗贫血。另外，据杨启彪博士测定，水宜生制出的水pKa为-31.3，是真正的弱碱性。
杨启彪，海外归来的功能水专家，加拿大普... 阅读全帖 |
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m********s
发帖数: 55301 | 48 你比较比较加了pkg的limit和不加任何pka的overland。
买大切，要么就买底配，要么就overland、summit。 |
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p*a
发帖数: 190 | 49 【 以下文字转载自 Visa 讨论区 】
发信人: pka (hehe), 信区: Visa
标 题: 与父母一起签证 一问
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Oct 9 01:10:21 2009, 美东)
我想回趟国，带上父母赴美住上半年，
不知签证面试时约在同一天还是分开签好。。。
请有经验的大虾指点，不胜感激
同一天好处：可以带上父母一起签，方便点。父母没啥文化，怕搞不清楚步骤。
不利之处：担心签证官想你既然已经回国与父母团聚了，似乎父母没有再出国的必要了
。父母签证会不过。。。
本人敏感专业，被check的可能性很高，不知对父母有没有影响。。 |
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p*a
发帖数: 190 | 50 【 以下文字转载自 Reunion 讨论区 】
发信人: pka (hehe), 信区: Reunion
标 题: 签证过期前几天入境有麻烦吗
发信站: BBS 未名空间站 (Tue May 11 18:20:36 2010, 美东)
父母b2签证，
有效期至10月底，
想让他们在过期前1周左右来美，
不知会不会有麻烦。。
谢谢 |
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