Q**********r
发帖数: 214 | 1 Cold Spring Harb Protoc. 2010 Jun;2010(6)
Illumina sequencing library preparation for highly multiplexed target
capture and sequencing.
Meyer M, Kircher M
PMID 20516186
please send to a*************[email protected]
thanks a lot |
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S**********l
发帖数: 3835 | 2 你是说2000万reads？而且你这是什么逻辑啊。。。大多数reads都map到common gene上
了。那些少的还是很少。
俺上个月刚处理了所有的human和mouse的public RNAseq data，这个肯定是个问题。
quality也是问题，很多data都只能map 6,70%. 还有更低的，根本不能map的。也不知
道当初paper怎么发出来的。
我们自己做的seq，有一些只有一个read的gene，后来RTPCR发现是个significant
change candidate，按照一般处理的protocal都要去掉这些gene的（因为read太少）。
这个本来就是seq的缺陷。没办法啊。 |
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S***a
发帖数: 257 | 3 Curr Protoc Cell Biol. 2006 Apr;Chapter 3:Unit 3.22.
Isolation and characterization of exosomes from cell culture supernatants
and biological fluids.
Théry C, Amigorena S, Raposo G, Clayton A.
SourceInstitut Curie, Paris, France.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18228490 |
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y*******3
发帖数: 71 | 4 Nat Protoc. 2007;2(1):105-12.
A method to enable the investigation of murine bronchial immune cells, their
cytokines and mediators.
please send to me: c****[email protected]
Thanks a lot. |
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n***3
发帖数: 663 | 5 Curr Protoc Immunol. 2009 Aug;Chapter 9:Unit 9.8.
Phage display selection, analysis, and prediction of B cell epitopes.
Freund NT, Enshell-Seijffers D, Gershoni JM.
Please send the paper to e*********[email protected]
Thanks! |
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n***3
发帖数: 663 | 6 Curr Protoc Protein Sci. 2007 Feb;Chapter 17:Unit 17.9.
Crystallization of integral membrane proteins.
Barnard TJ, Wally JL, Buchanan SK.
Please send the paper to e*********[email protected]
Thanks!!! |
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l******g
发帖数: 1145 | 10 我先来～
首先是被老鼠咬。这个说起来真冤，因为我根本不做老鼠的实验。
但因为名字在protocal上，所以必须走下形式，接受animal training。结果很久没碰
老鼠，一个不小心就被小混蛋弯起身biaji咬了一口。
回去一看血都咬出来了，擦了擦酒精就晚回家了。第二天去职业健康部门报备了下，护
士问了是干净老鼠就放我回去了，也没啥处理。
然后是被喷灯的火烧到。有一次是真给烧到，手指起了个大泡，那个钻心的痛啊～
被火烧过，自然也被液氮浇过，我还好，也就手指木了一天。我同事比较倒霉，冻细胞
的小罐密封不好，液氮漏进去了。等一复苏，罐子就炸了，直接弹她眼睛上，吓死人了。
还有前两个月提RNA时，吹打太用力，trizol溅到了眼皮上，当时就痛的挑起来猛擦，
一变擦还一边担心把眼妆都搞花了。。。晚上回家卸了妆，发现眼皮上溅到的地方颜色
变深了，过了一个星期才淡下去。
平时沾到些有毒试剂啥的都是小意思，做生物的就是百毒不侵那～ |
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g**********y
发帖数: 423 | 11 有个勤奋的生物学家死后，上帝不想让他去天堂，就把他放到了地狱。
过了一周，阎王来找上帝：敬爱的上帝，麻烦你赶紧把那个生物学家给我弄走，我要恢
复地狱的秩序。现在地狱所有的鬼都在熬夜，加班加点的转质粒，做PCR，摇菌，提蛋
白，走柱子，跑胶，写protocal，攒paper，修改、回复审查意见等，忙得一团糟。小
鬼空闲时都在看paper和review、参加各种技术培训，跟师兄师姐们帮忙......
上帝无奈，把生物学家召回了天堂。
过了一个月，阎王来天宫办事，顺便问上帝：敬爱的上帝，那个生物学家还好吧？
上帝：首先我要说明一点，以后不要叫我上帝，要叫我Professor 耶。另外，我现在很
忙，没有时间回答你的问题，我刚刚接了5个project，马上要连夜开组会。明天一大早
我又要赶去和释迦牟尼谈funding，之前要查看天使们的考勤记录,有事请发电子邮件,
再见 。 |
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c**l
发帖数: 121 | 12 Nat Protoc. 2006;1(1):241-5.
Production and purification of lentiviral vectors.
Tiscornia G, Singer O, Verma IM.
please send to c*****[email protected], thank you so much! |
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l**********1
发帖数: 5204 | 13 De rien.
plus
Bouvier J and Cheng JG.
Recombineering-based procedure for creating Cre/loxP conditional knockouts
in the mouse. (2009)
Curr Protoc Mol Biol. Chapter 23:Unit 23.13.
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19170029 |
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g***j
发帖数: 40861 | 14 Nat Protoc. 2006;1(1):153-61.
mini-Tn7 insertion in bacteria with single attTn7 sites: example Pseudomonas
aeruginosa.
s*****[email protected]
thanks |
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i***0
发帖数: 160 | 15 很喜欢BENCH WORK，尤其喜欢尝试没有做过的实验，研发新的方法，改进已有的
protocal。很喜欢仪器，显微镜，plate reader, spectrometer,HPLC, Mass-
spectrometer. 在一个大的试验室，有老板的资金支持，有足够的自由，有朋友同事的
帮助，我觉得自己每天都在玩，还有人付钱培训我，帮助我，出了东西，还可以发表。
当自己的独立想法，通过自己的双手得到验证，通过自己的演讲和写作得到同行的认可
，这真的是特别让我兴奋得事情。 |
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f*******o
发帖数: 150 | 16 Rank, Abbreviated Journal Title, ISSN, Total Cites, 2011 Impact Factor, 5-
Year Impact
Factor, Immediacy Index, Articles Cited Half-life, Eigenfactor® Score,
Article Influence® Score
1 CA-CANCER J CLIN 0007-9235 10976 101.780 67.410 21.263
19 3.8 0.04502 24.502
2 NEW ENGL J MED 0028-4793 232068 53.298 50.075 11.484
349 7.8 0.66466 21.293
3 ANNU REV IMMUNOL 0732-0582 15990 52.761 42.901 9.174
23 ... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 17 BTW LZ 5〜6年前的新技术论文了哈 光其PubMeb citation near 80:
Nelson JD et al. (2006)
Protocol for the fast chromatin immunoprecipitation (ChIP) method.
Nat Protoc. 1: 179-85.
link:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17406230 |
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f*******e
发帖数: 109 | 18 实验需要在酵母里做某个基因的knock in mutant，来验证我们结构和生化的结果，由
于从来没做过酵母，大家谁有一个现成的protocal吗？谢谢！ |
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l****j
发帖数: 70 | 19 还没看到需要静置扩散的paper。
建议参考下文，
我照着做过，分的很好。
Nat Protoc. 2009;4(11):1582-90. Epub 2009 Oct 8.
Isolation of mitochondria-associated membranes and mitochondria from animal
tissues and cells.
Wieckowski MR, Giorgi C, Lebiedzinska M, Duszynski J, Pinton P.
SourceDepartment of Biochemistry, Nencki Institute of Experimental Biology,
Warsaw, Poland. m**********[email protected] |
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b******i
发帖数: 287 | 20 谢谢回复啊！刚刚等了半天没人回复心里哇凉哇凉的。
看了一下RLM-RACE KIT的PROTOCAL，它好像并没有对3'RACE做出什么改进噢。貌似是针
对获得5'端序列的，或者针对扩增全长CDS的。而且大家貌似普片都认为3'RACE比5'
RACE简单容易，为啥我就做不出来呢。。。。
一直在用Roche的5/3RACE kit，也试过用GC RICH KIT （老板说AT RICH的SEQUENCE也
可以用GC RICH KIT，但是我没有做出来）。 |
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l****j
发帖数: 70 | 21 nuclear 没有分过，只有ER和mitochondria 的
cytoplasm 和nuclear 有kit可以用
Nat Protoc. 2009;4(11):1582-90. Epub 2009 Oct 8.
Isolation of mitochondria-associated membranes and mitochondria from animal
tissues and cells.
Wieckowski MR, Giorgi C, Lebiedzinska M, Duszynski J, Pinton P.
SourceDepartment of Biochemistry, Nencki Institute of Experimental Biology,
Warsaw, Poland. m**********[email protected]
PMID:19816421 |
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C********4
发帖数: 308 | 22 分化成神经不是最简单的吗
Bibel M, Richter J, Lacroix E, Barde Y-A (2007) Generation of a defined and
uniform population of CNS progenitors and neurons from mouse embryonic stem
cells. Nat Protoc 2: 1034–1043 |
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s**e
发帖数: 1523 | 23 标题：Generation and Imaging of Brainbow Mice
Tamily A. Weissman, Joshua R. Sanes, Jeff W. Lichtman, and Jean Livet
Cold Spring Harb Protoc; 2011; doi:10.1101/pdb.prot5632
有两篇相关论文，一篇的标题是：generation and imaging of multicolor Brainbow
mice，这个能下，可是另一篇protocol就要交钱了。有access的同学帮帮忙吧，谢谢啦
~！！ |
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c******a
发帖数: 267 | 24 Pls send to columxia at gmail.com
Thank you very much!
Curr Protoc Toxicol. 2003 Aug;Chapter 13:Unit13.5.
In vivo assessment of prenatal developmental toxicity in rodents.
Narotsky MG, Kavlock RJ.
Source
U.S. Environmental Protection Agency, Research Triangle Park, North Carolina
. |
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g*********5
发帖数: 2533 | 25 In Situ Hybridization of Whole-Mount Mouse Embryos with RNA Probes:
Preparation of Embryos and Probes
Cold Spring Harb Protoc; 2007; doi:10.1101/pdb.prot4822 |
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p*****p
发帖数: 19331 | 27 in vivo labeling不麻烦，而且很便宜
关键是你实验室要有license,用磷32，能够看整体磷酸化水平。
phos-tag我接触过，光跑胶难度就不小，厂家的protocal都在变化。最后能达到的最理
想效果就是接近in vivo labeling的能力。
in vivo label之后，sample可以做磷酸化氨基酸分析，你就能知道是哪一种氨基酸磷
酸化了。然后可以用trypsin消化label的样品，做2D mapping......不过这一套做下来
也很费工夫。
搞research就是很费工夫。没有办法，光想没有用。
你还是先要免费抗体好了，要到几个是几个。打电话给这些公司，准备好fedex帐户，
大多数公司会免费送你一点，足够你做几次western的，但是肯定不会free shipping给
你。 |
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h****n
发帖数: 2552 | 28 Mapping networks of physical interactions between genomic elements using 5C
technology
Nat Protoc. 2007;2(4):988-1002.
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Please send to l***********[email protected]
多谢 |
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t*d
发帖数: 1290 | 30 Nat Protoc. 2011 Dec 15;7(1):45-61. doi: 10.1038/nprot.2011.420.
A computational pipeline for comparative ChIP-seq analyses.
Bardet AF, He Q, Zeitlinger J, Stark A. |
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f*******o
发帖数: 150 | 31 no problem, i will send you protocal next week. have a nice weekend, could
you give me you email address? |
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y******8
发帖数: 1764 | 33 Abbreviated Journal Title ISSN {2012} Total Cites Impact Factor
5-Year Impact Factor Immediacy Index {2012} Articles Cited Half-
Life Eigenfactor Score Article Influence Score
CA-CANCER J CLIN 0007-9235 13722 153.459 88.55 27.04 25
3.3 0.0517 29.478
NEW ENGL J MED 0028-4793 245605 51.658 50.807 12.667 360
8 0.65776 21.494
REV MOD PHYS 0034-6861 35720 44.982 51.882 6.478 46 10
0.13048 32.634... 阅读全帖 |
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c**l
发帖数: 121 | 35 Curr Protoc Pharmacol. 2013 Jun;Chapter 5:Unit5.65. doi: 10.1002/0471141755.
ph0565s61.
Models of depression: unpredictable chronic mild stress in mice.
Nollet M, Guisquet AM, Belzung C.
l******[email protected]
thanks a lot! |
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w******y
发帖数: 2504 | 36 Could any friend send me (p***********[email protected]) an electronic copy of
the following paper?
Curr Protoc Cell Biol. 2008 Mar;Chapter 6:Unit 6.10. doi: 10.1002/0471143030
.cb0610s38.
Two-dimensional blue native polyacrylamide gel electrophoresis.
Schamel WW.
Source
Max Planck-Institut für Immunbiologie und Universität Freiburg,
Biologie III, Freiburg, Germany.
Thanks a lot. |
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l**********1
发帖数: 5204 | 37 Pls check,
i) Trapnell C et al., (2012).
Differential gene and transcript expression analysis of RNA-seq experiments
with TopHat and Cufflinks.
Nat Protoc 7: 562–578.
ii) Li H et al., (2009).
The sequence alignment/Map format and SAMtools.
Bioinformatics 25: 2078–2079.
plus
Weikard R et al., (2013).
Identification of novel transcripts and noncoding RNAs in bovine skin by
deep next generation sequencing.
BMC Genomics. 14: 789. [Epub ahead of print]
>http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24225384
c... 阅读全帖 |
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e******n
发帖数: 193 | 38 如题，
具体工作就是，
我们有自己生产的抗体和外购其他公司的
客户做不出来来投诉，需要及时回复并提出意见。量不多，一个礼拜2-3个。
主要有WB，IHC， IF
只要熟悉这块实验的，估计处理起来比较轻松，主要是review protocal， 回复邮件
感兴趣站内信吧 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 39 用GFP UV-corissing immunoprecipitated mRNAs assay
pls refer,
>
GFP-Based Method for Detection of mRNA-Protein Interactions
HeLa cells expressing N- or C-terminally EGFP/YFP-tagged proteins (Table S7)
were induced with tetracycline, irradiated with UV light, and lysed. GFP-
binding protein (GBP; GFP agarose trap, Chromotek)-immunoprecipitated mRNAs
were detected using an oligo(dT)25 probe fused to TRed dye (Sigma).
RNAs coimmunoprecipitated with GFP/YFP-tagged proteins were identified by
RNASeq. D... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 43 Pls check,
>This underlines the importance of identifying the presence and
understanding the function of these antisense non-coding RNAs. The
information concerning strand ori-gin is often lost during conventional RNA-
Seq; capturing this information would substantially increase the worth of
any RNA-Seq experiment. By manipulating the input cDNA during the template
preparation stage it is possible to retain this vital information. This
forms the basis of strand-specific RNA-Seq. With an ability ... 阅读全帖 |
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j******i
发帖数: 939 | 44 那个学生用的是一种没有报道过的细胞，所以即使成熟的protocal也不容易成功。我倒
觉得他把细胞扔下两周，medium的环境已经变成一种stress, 比如低ph. 诱导效率跟
nfkb关系大吗？用non-viral vector效率也很不错啊。 |
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t******7
发帖数: 318 | 46 支持谢晓亮！
另外，谢晓亮他们去年发Cell的时候，中央电视台新闻联播报过，当时在画面中看到好
友兼同学汤富酬。汤富酬北大毕业后在剑桥做5年博士后，期间以第一作者发一篇
Nature，一篇Genes Dev，3篇Nat Protoc，还有若干篇6、7点的文章，然后回北大谢晓
亮的中心任教授。去年那篇Cell，谢晓亮和汤富酬是共同通讯作者。这次总书记去北大
，又在画面上见到了汤富酬。为同学骄傲！ |
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s***a
发帖数: 43 | 47 【 以下文字转载自 Faculty 讨论区 】
发信人: SWJSJ (BC), 信区: Faculty
标 题: 调研了一下清华最近回去的PI
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Dec 15 16:27:25 2014, 美东)
云老师发了个贴说清华目前的找人标准，很多人不相信。特地调研了一下清华生命学院
最近回去的人的情况，如云老师所说，绝大多数都有2cns，如果只有一篇cns，那基本
上还有>2的子刊。这个不仅仅局限于胖老师经常说的结构生物学，而是所有方向都基本
如此。
当然这些新回去的绝大部分都是千青（有些不是的是因为回去那一年千青还没开始）。
网页上的Title有的是教授，有的是研究员，估计当时还没有统一。但校内一律都是副
教授，也就是相当于这边的AP。我还特地打听了一下，国内的TT制度好像没有Tenured
Associate这一档，清华5年考核通过了就是正经的full professor。
有些老师看不上国内的科研，我就仅列出两位回国后的publication，咱就不说颜宁等
这种Early T的个例了。说两个没太有名气的，还没有评上T的，各位老师可以参考一下
，... 阅读全帖 |
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n******7
发帖数: 12463 | 48 真的不是坑吗？
我们最近也想搞点学，可就是自己抽自己的，也要弄IRB protocal，麻烦死了
我倒是很愿意献血
行。 |
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v*******1
发帖数: 34 | 49 谢谢，我不是lz老板，不过也不是女的，这个账号好几个人用呢。
我就是纯看不惯lz这么藏着掖着，转cs很见不得人嘛？干嘛不帖子里说非发短信。怕别
人跟风转行抢你饭碗呐。
还有刚3个月，protocal熟了没有都不一定，就怪老板不给lead author。我比较想知道
之前做这个project的仁兄是怎么个想法 |
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b******n
发帖数: 4225 | 50 Curr Protoc Hum Genet. 2014 Jul 14;82:18.8.1-18.8.29. doi: 10.1002/
0471142905.hg1808s82.
Getting started with microbiome analysis: sample acquisition to
bioinformatics.
Kumar R1, Eipers P, Little RB, Crowley M, Crossman DK, Lefkowitz EJ, Morrow
CD.
Link: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25042718
email: [email protected]
/* */
Thanks a lot! |
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