B******n
发帖数: 1920 | 1 这是她提交病毒序列时留在NCBI的记录
FEATURES Location/Qualifiers
source 1..1278
/organism="Bat coronavirus"
/isolate="RaTG13"
/isolation_source="fecal swab"
/host="Rhinolophus affinis"
/db_xref="taxon:1508220"
/country="China"
/collection_date="24-Jul-2013" |
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B******n
发帖数: 1920 | 2 你找到石什么时候上传RaTG13的序列在GISAID库里了吗?时间点很重要! |
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C*I
发帖数: 4736 | 3 lubbock34，又名“胡汉三又回来了”，从名字判断，其年龄在53岁以上，职业应当是
个5毛。因为其马甲连续系列被多少穿戴使用，难说不是个5毛团伙。
最近这些天，lubbock一直拼命宣传病毒不是武汉所泄露出来的，明说暗示可能是美国
人投的毒。因此，刻意从bioRxiv上找来了一个matthew wong的未经正式发表preprint
的paper来佐证。说蝙蝠病毒不是新冠状病毒的initial病毒，穿山甲所带的冠状病毒才
是这次武汉病毒的原始宿主。为此，接二连三的在买买提开贴，带领一帮大小男女五毛
，乎着号子制造舆论风潮，误导视听，百般为病毒所解脱。
既然lubbock过来过去都是这个什么马来西亚人matthew wong的论文，那我们就看看这
matthew wong到底是个什么人物了。
按照bioRxiv的公开介绍，这watthew wong，只是一个大学本科/bs的学生，既没有硕士
学位，也不是phd candidate, 而是在 Alkek Center for Metagenomics and
Microbiome Research, Department of Mole... 阅读全帖 |
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C*I
发帖数: 4736 | 4 lubbock34，又名“胡汉三又回来了”，从名字判断，其年龄在53岁以上，职业应当是
个5毛。因为其马甲连续系列被多少穿戴使用，难说不是个5毛团伙。
最近这些天，lubbock一直拼命宣传病毒不是武汉所泄露出来的，明说暗示可能是美国
人投的毒。因此，刻意从bioRxiv上找来了一个matthew wong的未经正式发表preprint
的paper来佐证。说蝙蝠病毒不是新冠状病毒的initial病毒，穿山甲所带的冠状病毒才
是这次武汉病毒的原始宿主。为此，接二连三的在买买提开贴，带领一帮大小男女五毛
，乎着号子制造舆论风潮，误导视听，百般为病毒所解脱。
既然lubbock过来过去都是这个什么马来西亚人matthew wong的论文，那我们就看看这
matthew wong到底是个什么人物了。
按照bioRxiv的公开介绍，这watthew wong，只是一个大学本科/bs的学生，既没有硕士
学位，也不是phd candidate, 而是在 Alkek Center for Metagenomics and
Microbiome Research, Department of Mole... 阅读全帖 |
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S*******l
发帖数: 4637 | 5 华农要是测序完成了相似度比RatG13高，做几个细胞试验就够发了。石正丽那篇自然也
就那么点实验。 |
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S*******l
发帖数: 4637 | 6 还有一次重组event? 穿山甲和RatG13都没有furin cleavage site. |
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C*I
发帖数: 4736 | 7 lubbock34，又名“胡汉三又回来了”，从名字判断，其年龄在53岁以上，职业应当是
个5毛。因为其马甲连续系列被多少穿戴使用，难说不是个5毛团伙。
最近这些天，lubbock一直拼命宣传病毒不是武汉所泄露出来的，明说暗示可能是美国
人投的毒。因此，刻意从bioRxiv上找来了一个matthew wong的未经正式发表preprint
的paper来佐证。说蝙蝠病毒不是新冠状病毒的initial病毒，穿山甲所带的冠状病毒才
是这次武汉病毒的原始宿主。为此，接二连三的在买买提开贴，带领一帮大小男女五毛
，乎着号子制造舆论风潮，误导视听，百般为病毒所解脱。
既然lubbock过来过去都是这个什么马来西亚人matthew wong的论文，那我们就看看这
matthew wong到底是个什么人物了。
按照bioRxiv的公开介绍，这watthew wong，只是一个大学本科/bs的学生，既没有硕士
学位，也不是phd candidate, 而是在 Alkek Center for Metagenomics and
Microbiome Research, Department of Mole... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 8 广东广西人民倒吸了一口冷气，庆幸不是他们吃出来的
穿山甲，是被非法买卖最严重的哺乳动物，它们即被用作食物，又被用作中药材。因此
，管轶团队从被走私的穿山甲中着手调查。
管轶团队收集了2017年8月至2018年1月期间广西海关在反走私行动中查获的18个冷冻穿
山甲的（肺，肠，血液）等43个组织样品。
令人惊讶的是，高通量测序显示在43个样本中的六个（两个肺，两个肠，一个肺肠混合
物，一个血液）存在冠状病毒。
接下来，研究团队对2018年5月至7月之间收集的另一批穿山甲样品进行了进一步的qPCR
检测。发现12只穿山甲的19个样本（九个肠组织，十个肺组织）中，三个肺组织样本呈
冠状病毒阳性。
然后，管轶团队联系了广州海关技术中心，中心重新检测了他们在三月份的反走私行动
中查获的五份存档的穿山甲样品，这些样本中同样发现了冠状病毒。
这些在穿山甲中发现的冠状病毒的基因组，与新型冠状病毒（SARS-CoV-2）基因组相似
率在85.5％—92.4％，并在系统进化树中代表了新冠病毒的两个亚型，其中之一（GD/
P1L和GD/P2S）与新冠病毒密切相关。
新型冠状病毒（SARS-CoV-2）属于β冠... 阅读全帖 |
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S*******l
发帖数: 4637 | 10 合理解释是RatG13和穿山甲冠状病毒都和新冠是远亲。
新冠和这俩进化树上分开很久了。
新冠的祖宗就有PRRA.不是近期重组或突变来的。
很多冠状病毒，包括SARS， MERS都有 furin cleavage site.
新冠更近的亲戚还没找到。 |
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S*******l
发帖数: 4637 | 11 我有个新解释。
RatG13和山甲冠状病毒本来有furin cleavage site,但是后来丢了。下面的文章能解释。
OURNAL OFVIROLOGY, June 2008, p. 6078–6083Vol. 82, No. 120022-538X/08/$08.
000 doi:10.1128/JVI.00074-08Copyright © 2008, American Society for
Microbiology.
Cleavage of Group 1 Coronavirus Spike Proteins: How Furin Cleavage Is Traded
Off against Heparan Sulfate Binding upon Cell Culture Adaptation
C. A. M. de Haan, B. J. Haijema, P. Schellen, P. Wichgers Schreur, E. te
Lintelo, H. Vennema, P. J. M. Rottier
A longstanding enigm... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 13 估计美国同行偷偷说让她听到了
一直不知道有啥用
忽然有了大发现
憋不住 |
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x********e
发帖数: 35261 | 15 妈呀，原来连山寨千老都算不上。blast不会看的，该算民科吧？再来个和bat RaTG13
的S gene序列比对，会看吗？ |
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S*******l
发帖数: 4637 | 17 一种可能性RatG13, 穿山甲Cov祖先和新冠都有PRRA， 后来蝙蝠和山甲把PRRA丢了,依
然保有infectivity。新冠一直没丢。
而且，可能这个PRRA对新冠致病性根本不重要。石正丽把这个敲掉去感染Hela
expressing hACE2看看就知道了。 |
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C*I
发帖数: 4736 | 18 别瞎扯了，别瞎几巴造谣了！indian tech 教授说的是3个片段，不是4个！ 他是说，
新冠状病毒有3个spike/s蛋白片段和HIV病毒完全相似，怀疑是被认为的插入了HIV病毒
片段。他哪里说新冠状病毒和RaTG13-CoV 100%一样了？ 如果一样，他不是自己打自己
的脸说3个HIV片段怀疑是插入的吗？
法国人说的更是扯鸡巴蛋！ 法国到现在都没有一例新冠状病毒发生，没有原体病毒可
供资检，瞎鸡巴google 扯蛋比对，和那个马来西亚本科学生说的一样，让你刻意
Google来误导试听和造谣诱导而已。 |
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发帖数: 1 | 19 文章里面写的还是potential，然后说可能是穿山甲冠状病毒和一个RaTG13样的蝙蝠来
源冠状病毒发生了重组。没有我们期待的99%的基因组同源性。并且从进化树上看，穿
山甲冠状病毒相对更古老。说穿山甲是中间宿主，很牵强，除非找到同源性更高的病毒
。 |
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x********e
发帖数: 35261 | 20 nCoV与穿山甲序列相似度高于RaTG13。我话刚说完华农就上证据了。纠结于PRRA说明水
平太低只能老实被吊打 |
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发帖数: 1 | 21 扯鸡巴蛋
根本没法解释插入的4个突变
洗涤水平太低
盹盹盹
RaTG13 |
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x********e
发帖数: 35261 | 22 并没有。华农文章只把最明显不同于蝙蝠的序列找到了，但RaTG13显然不是原始宿主。
从RNA序列看跟nCoV差别依旧不小。要去马拉西亚找蝙蝠 |
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发帖数: 1 | 23 基于全基因组数据解析新型冠状病毒的演化和传播
2019年12月在湖北武汉爆发了一种新型冠状病毒（SARS-CoV-2）所致的肺炎（现称
COVID-19），新型冠状病毒爆发已两个多月，确定华南海鲜市场是不是唯一的发源地，
对于寻找病毒的来源，以及确定中间宿主，对疫情的控制和避免再次爆发具有至关重要
的意义。中国科学院西双版纳热带植物园联合华南农业大学和北京脑科中心的科研人员
一起收集了全世界各领域共享到GISAID EpiFluTM数据库中覆盖了四大洲12个国家的93
个新型冠状病毒样本的基因组数据（截止2月12日），通过全基因组数据解析，追溯传
染源及扩散路径。研究发现，收到的93个样本包含58种单倍型，可以归纳为五组（图1
），包括3个古老超级传播者单倍型（H1, H3和H13）和2个新的超级传播者单倍型（H56
和mv2）；华南海鲜市场的新型冠状病毒是从其他地方传入进来，在市场中发生快速传
播蔓延到市场之外；同时，现扩散的病例至少来自于3个途径。新型冠状病毒在2月12日
之前发生过2次明显的种群扩张（分别是12月8日和1月6日）。
华南海鲜市场的新冠病... 阅读全帖 |
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a******g
发帖数: 13519 | 25 12个国家发布共享的92个新冠病毒样本基因组数据。93个样本包含58种单倍型
样本型号编号为H1~H58。这58型病毒都是来自病人采样。
假如这些病毒H1~H58, 只有人感染并在人身上衍化，没有动物寄宿和衍化，
那么，演化关系显示，时间顺序为：
蝙蝠冠状病毒RaTG13-(中间宿主或零号病人)->【1】H13和H38-->【2】H3-->【3】H1--
>H2, H8 ~ H12
【1】H13 来自深圳病人，H38来自美国华盛顿病人。
【2】H3 来自武汉病人，但与华南海鲜市场毫无关联。
【3】H1, H2, H8 ~ H12 来自华南海鲜市场密切相关病人。
H13(深圳病人）和H38(华盛顿病人)的旅行记录表明都是2019年12月底至2020年1月初在
武汉，于是之前大家以为这两个人是在武汉被感染的。
但是（关键点来了）
现有的武汉样本中没有检测到H13和H38单倍型。
再结合现在大家知道的，病毒潜伏期有20多天，甚至更长。
所以，武汉的病毒，是被从深圳和美国来的病毒携带者输入的，至少目前发现的源头是
这两个地方。
当然，可能还有更早的发源地，例如美国，香港或者台湾某地。 |
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a******g
发帖数: 13519 | 26 93个样本包含58种单倍型，演化关系显示，单倍型H13和H38是比较“古老的”单倍型，
通过一个中间载体(mv1，可能是祖先单倍型，也可能是来自中间宿主或“零号病人”)
与蝙蝠冠状病毒RaTG13关联，并通过单倍型H3衍生出单倍型H1。
与华南海鲜市场有关联的患者样品单倍型都是H1及其衍生单倍型H2，H8-H12，而一份武
汉样品单倍型H3与华南海鲜市场无关。可见，华南海鲜市场的新冠病毒是从其它地方传
入，再在市场发生快速传播并蔓延。另根据病患发病时间记录和种群扩张时间推断，也
印证了华南海鲜市场不是病毒发源地的推论。 |
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发帖数: 1 | 27 别人一搜原文你就露馅了
盹盹盹
http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2020/2/436077.shtm
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研究收到的93个样本包含58种单倍型，单倍型演化关系显示，单倍型H13和H38是比较“
古老的”单倍型，通过一个中间载体（mv1，可能是一个祖先单倍型，可能是来自中间
宿主或者“零号病人”）与蝙蝠冠状病毒RaTG13关联，并通过单倍型H3衍生出了单倍型
H1。
与华南海鲜市场有关联的患者样品单倍型都是H1及其衍生的单倍型H2、H8-H12，而一份
武汉样品单倍型H3与华南海鲜市场无关。可见，华南海鲜市场的新型冠状病毒是从其他
地方传入进来，在市场中发生快速传播蔓延到市场之外。 |
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发帖数: 1 | 28 华南海鲜市场的新冠病毒来自其他地方，这个结论有了基于基因序列的证据。
中国科学院西双版纳热带植物园的研究人员在分析 93 个新型冠状病毒样本基因组数据
后发现，基于 120 个变异位点得到 58 种单倍型（基因类型）中，来自华南海鲜市场
患者样品单倍型与 H1 有关，而作为更古老的基因类型样本 H3、H13 和 H38 则来自华
南海鲜市场之外。这印证了华南海鲜市场不是病毒发源地的推论。
这个研究印证了此前 1 月 24 日发表在《柳叶刀》的研究结论，即追踪第一批 41 个
确诊病例发现，这批最早在 12 月 1 日报告的病例中，总共有 13 个病例与海鲜市场
无接触史。也就是说，病毒在进入海鲜市场之前就已经潜入武汉居民的生活中。
这个研究由中国科学院西双版纳热带植物园郁文彬联合华南农业大学和北京脑科中心的
科研人员进行，于 2 月 19 日发表在中国科学院科技论文预发布平台 ChinaXiv 上。
作者认为，确定海鲜市场是不是病毒发源地对于寻找病毒的来源，以及确定中间宿主，
对疫情的控制和避免再次爆发具有至关重要的意义。
郁文彬 解释说，这是一种基于种群遗传学的分析方法。一种基因型不... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 29 你研究方向错了
从头到尾就是人造的
RaTG13
★ 发自iPhone App: ChinaWeb 1.1.5 |
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n****4
发帖数: 12553 | 30 “新冠起源我”的最新研究成果 ？
RaTG13 |
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S*******l
发帖数: 4637 | 31 RatG13和pangolin_Cov和新冠相似度都不够，差太远。真的跳人前的病毒和宿主都未知
，要继续找。 |
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x********e
发帖数: 35261 | 32 s蛋白的插入相似度非常高。所以我说是RaTG13的亲戚跟pangolin-CoV重组。 |
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发帖数: 1 | 34 我对于你完全罔顾流行病研究中最重要的一环—-传染途径，以结果为导向的天马行空
能力，哭笑不得。
目前记录的首发病人，是12/1的一个瘫痪老人。他感染的病毒也应该是记录在案的最古
老病毒。
你能说说你的穿山甲如何绕过首发A，进行突变的吗？
你能解释这个足不出户的首发A是如何接触到穿山甲贩子的吗？
RaTG13 |
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S*E
发帖数: 3662 | 35 蝙蝠是云南的。穿山甲是马来西亚的。
RaTG13 |
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x********e
发帖数: 35261 | 36 H0/H1/H3的父子关系不需要假设。RaTG13和SARS-CoV都有NS1序列，H1只能是后来缺失
了。 |
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x********e
发帖数: 35261 | 37 目前最明显的组有三个，H0，H1和H3。H1和H3有不少兄弟子女是确定了，今天我发现H0
也不止是一根独苗。这三个古老型的区别不是突变，而是大片段缺失/插入。其中，H3
的头部跟RaTG13的头部序列基本上对得上。H0在H3的基础上多了一段序列，而H1在H0的
基础上缺失了两段序列。目前不好判断是H0缺失演变成H3还是H0与H3根本就是两个独立
的病毒株，由动物传给人。甚至三次动物传人都有可能。 |
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发帖数: 1 | 38 中国知名的<财新网>２月２６日爆料, 称新"病毒的出现时间可能在２０１９年９月
２３日至２０１９年１２月１５日之间。新冠病毒与基因序列最为相似的蝙蝠冠状病毒
RaTG13不存在时间进化关系"。而另一篇同日的<财新网>文章称, 早在１２月底"华大"
已完成多例病毒的DNA序列测定。特别强调在１月１日, "华大"收到湖北卫键委官员的
电话通知: 不能再检, 所有样本必须销毁, 不许对外透露任何信息和发表论文等。人
类幸运的是, 上海的张永振团队漏网。病毒的最高机密迅速传遍了全世界, 中共的超限
战彻底变成了自杀生存战 |
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发帖数: 1 | 39 不是这意思。是原始蝙蝠病毒共享了。米蒂也有RaTG13 CoV毒株。
人怀疑石ZL的时候，米蒂急吼吼地跑出来说是天然病毒！ |
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发帖数: 1 | 40 米蒂的逻辑不是这样的么，无论我如何如何，锅都是你土鳖的。
同样的逻辑反过来就不行？无论中国如何如何，毒就是你米蒂泄露的——你米蒂有
RaTG13，有马来西亚穿山甲病毒，有合成技术（NC），有解药和疫苗，还有P4实验室泄
露关门——为什么你不是嫌疑最大？ |
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发帖数: 1 | 41 米蒂的逻辑不是这样的么，无论我如何如何，锅都是你土鳖的。
同样的逻辑反过来就不行？无论中国如何如何，毒就是你米蒂泄露的——你米蒂有
RaTG13，有马来西亚穿山甲病毒，有合成技术（NC），有解药和疫苗，还有P4实验室泄
露关门——为什么你不是嫌疑最大？ |
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d*********o
发帖数: 6388 | 43 http://science.caixin.com/2020-03-10/101526576.html?originReferrer=weibo_caixinwang
bioRxiv论文的通讯作者之一、中国科学院西双版纳热带植物园副研究员Alice
Catherine Hughes对财新记者表示，“人工干预没有任何证据，这种病毒显然（
clearly）是从野生动物起源和进化而来的。”
研究认为，来自蝙蝠的冠状病毒可能提供了新冠病毒的基因骨架，与蝙蝠或其他野生动
物的进一步重组事件，则使它获得了S蛋白、RBD和多碱基剪切位点
【财新网】（实习记者 黄晏浩 记者 徐路易）新冠病毒又一项“特殊性”在自然界中
找到了类似物。3月6日，一篇发表在bioRxiv预印本网站的论文称，S蛋白两个亚基S1和
S2间的蛋白酶切位点有多个氨基酸插入，并非新冠病毒独有，一种新的蝙蝠冠状病毒
RmYN02的S蛋白同样存在类似插入。研究团队认为，这一结果有力证明了类似插入可以
自然发生，新冠病毒起源于蝙蝠和其他野生动物中存在病毒之间的多重自然重组。论文
尚未经过同行评议。
该论文题目为《一种新的蝙蝠冠状病毒揭示了... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 44
蝙蝠病毒RaTG13，鳖有，米帝也有（石正丽团队的贡献）
马来西亚穿山甲病毒，米蒂有，鳖没有 （但鳖后来广东查走私，也有了，就是有点晚）
最后的结论是，米帝合成了病毒。但鳖提供了素材，也是有罪的。 |
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d*********o
发帖数: 6388 | 45 http://science.caixin.com/2020-03-20/101531574.html
【财新网】（记者 杨睿）新冠病毒在繁殖倍增的过程中若发生了基因突变，会否影响
其感染能力？3月17日，论文预印平台bioRxiv上发表了一篇与新冠病毒的受体结合结构
域（RBD）突变有关的研究，称突变增强了新冠病毒表面刺突蛋白的结构稳定性，突变
病毒株与受体结合的亲和力显著增强。论文作者强调，病毒的传染性还受其他因素的影
响，尽管如此，传染性提高应该是大概率事件。
这篇题为《从流行的新冠病毒序列中发现的RBD突变会增强刺突蛋白结构稳定性及
传染性》的论文，由南方医科大学公共卫生学院教授张其威、暨南大学生命与健康工程
研究院张弓共同担任通讯作者。研究团队从公共数据库（NCBI GenBank和GISAID等）下
载了244条新冠病毒毒株的基因序列全长，并筛选出S蛋白及其RBD区域发生突变的序列
进行分析。从研究者绘制的毒株序列分布地图来看，现阶段这244个新冠病毒毒株中绝
大多数毒株的S蛋白受体结合结构域（RBD）没有发生突变。只有10条序列在RBD区域存
在氨基酸突变，它们分别采集自... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 46 【正式确定这是一种前所未有的新型冠状病毒。事后， 他们自称自己的这一研究过程
“是完美的工作"。】
好吧，来先解释解释RaTG13 肿么回事？13年就有了，一直所里保密着，难道是从2019-
nCoV变异出来的？
现在是明显想带节奏啊。
病毒所的研究员100%没说实话。因为病毒就是他们搞出来的，但是又不想背锅，想把锅
甩给野生动物。 |
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