a***y
发帖数: 19743 | 1 这个问题很好啊
我以前做的试验都是biological replicates很多个，还有technical的，什么结果一般
也要重复三次如果都看到才认为是真实的。如果不稳定还要多重复。
现在的实验室，很重视实验设计，biological triplicates, technical duplicates
or triplicates，很看重。但是我看他们很多试验只做一次。当然，因为他们做起来周
期较长，需要很投入每天做（包括周末）做一两个月有时候甚至听说以前有人连续80天。
但是我很震惊的是老板认为我不懂replication的重要性。
其实我就是做实验的时候，有实验目的之外的一些观察，如果我觉得我看到有什么值得
report的现象，我就会拿出来说说。单老板就认为，你这个没有replication，不能做
任何结论。之后就反复和我强调replication的重要性。我比较吃惊，因为他们试验都
不重复的。而且我老板认为没有replication的试验结果(一些观察，不是试验要主要测
试的东西），即使是我反复多次试验里观察到，都不能信。
所以，这个问题，实在是看老板，看领域…… |
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t*d
发帖数: 1290 | 2 当我要在 RNA-SEQ 和 microarray 之间做一个选择是，这个technical replicates 的
指标还是很重要的。
烧，最好是都做，即sample prep也做technical replicates，然后到sequencing时，
对上面的两者分别再做technical replicates。不过据我的经验，technical
replicate现在已经意义不太大了，有这钱还不如多做几个biological replicate。 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 3 Sounds reasonable.
But key point is 让人怀疑作者检测到的human HBV infected cccDNA是否是真的
human HBV infected cccDNA?
details please refer
. 文章中用Southern blotting检测到了cccDNA的形成。cccDNA是HBV转录的膜板，被认
为是HBV持续感染的关键因素。从结果来看cccDNA的形成时间与HBV蛋白、RNA和DNA相比
比较早，尤其量很高。其实对于HBV来说哪怕是CMV启动的HBV（比如pCMV-HBV）cccDNA
的量都是很低的，更不要说是自身启动子启动的了。在NTCP介导的HBV复制水平整体很
低的情况下，具有高水平的cccDNA形成，让人怀疑作者检测到的cccDNA是否是真的
cccDNA，所以作者必须证明他们所指示的条带是真的是cccDNA，必须用EcoRI酶切（
cccDNA能被EcoRI线性化）和加热煮沸cccDNA（沸腾后不会被解成单链）来确证，同时
必须要有阳性对照。当然对于鸭乙肝病毒（DHBV）
http://blog.scien... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 4 Sounds reasonable.
But key point is 让人怀疑作者检测到的human HBV infected cccDNA是否是真的
human HBV infected cccDNA?
details please refer
. 文章中用Southern blotting检测到了cccDNA的形成。cccDNA是HBV转录的膜板，被认
为是HBV持续感染的关键因素。从结果来看cccDNA的形成时间与HBV蛋白、RNA和DNA相比
比较早，尤其量很高。其实对于HBV来说哪怕是CMV启动的HBV（比如pCMV-HBV）cccDNA
的量都是很低的，更不要说是自身启动子启动的了。在NTCP介导的HBV复制水平整体很
低的情况下，具有高水平的cccDNA形成，让人怀疑作者检测到的cccDNA是否是真的
cccDNA，所以作者必须证明他们所指示的条带是真的是cccDNA，必须用EcoRI酶切（
cccDNA能被EcoRI线性化）和加热煮沸cccDNA（沸腾后不会被解成单链）来确证，同时
必须要有阳性对照。当然对于鸭乙肝病毒（DHBV）
http://blog.scien... 阅读全帖 |
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j*p
发帖数: 411 | 5 1. 如果只想测量已知lncRNA的表达量差异，80M 101bp 应该够了，如果是human 样品。
2. 如果想发现新的lncRNA，200M 101bp比较合适（这也得看你做的体系是否比较特别
，如果是，那应该会有novel lncRNA）。
3. biological replicates比一个样品测得深来得重要。理由(a)transcriptome
assembly已经不是什么新闻，没有novelty；(b)有replicate才有statistics，forget
about cufflinks p-value with only one replicate；(3)如果细胞是in vivo 或者从
组织来，replicates' variation 会比你想象的大。
4. 如果是用ribo 0，reads打75折。
5. 如果是做strand specific library，不要用那种号称4小时就能做完的kit，我看过
不少于5个不同实验样品，很明显可以看到90%reads在正确的strand上，10%在错误的
strand 上（很难判断是在反链上还是由于反链没有除干净）... 阅读全帖 |
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s******9
发帖数: 283 | 6 http://www.cell.com/abstract/S0092-8674%2813%2900449-2
Researchers at the Harvard Stem Cell Institute (HSCI) have discovered a
hormone that holds promise for a dramatically more effective treatment of
type 2 diabetes, a metabolic illness afflicting an estimated 26 million
Americans. The researchers believe that the hormone might also have a role
in treating type 1, or juvenile, diabetes.
The work was published today by the journal Cell as an early online release.
It is scheduled for the May 9 pr... 阅读全帖 |
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s******9
发帖数: 283 | 7 http://www.cell.com/abstract/S0092-8674%2813%2900449-2
Researchers at the Harvard Stem Cell Institute (HSCI) have discovered a
hormone that holds promise for a dramatically more effective treatment of
type 2 diabetes, a metabolic illness afflicting an estimated 26 million
Americans. The researchers believe that the hormone might also have a role
in treating type 1, or juvenile, diabetes.
The work was published today by the journal Cell as an early online release.
It is scheduled for the May 9 pr... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 8 BMJ
Gut is not trash journal
this journal 2013 one review
web link:
http://gut.bmj.com/content/62/8/1093.extract
its pp1094 left column top
cited here stuff sentence,
>Surprisingly, Yan et al did not provide
>Southern blot data demonstrating accumulation
of HBV DNA replication intermediates,
as this electrophoretic pattern is
a signature of productive virus replication.
Only one subfigure shows some evidence
of cccDNA formation, which
defines a successful infection by HBV;
however, unlike HBV DN... 阅读全帖 |
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c********n
发帖数: 225 | 9 【记录历史】谁重复验证了NgAgo？
项目 结题
date： 2017年8月2日
updated: 2017年8月4日
Note2017080401: added a few notable reviews/summaries
---------------------------------------
- NBT retraction note：
http://www.nature.com/nbt/journal/v34/n7/full/nbt.3547.html#correction2
原文引用
“Retracted online 02 August 2017
We are retracting our study because of the continued inability of the
research community to replicate the key results in Figure 4, using the
protocols provided in our paper. In this figure we report that the
Natro... 阅读全帖 |
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l*****7
发帖数: 8463 | 10 http://www.reuters.com/article/2012/03/28/us-science-cancer-idU
(Reuters) - A former researcher at Amgen Inc has found that many basic
studies on cancer -- a high proportion of them from university labs -- are
unreliable, with grim consequences for producing new medicines in the future.
During a decade as head of global cancer research at Amgen, C. Glenn Begley
identified 53 "landmark" publications -- papers in top journals, from
reputable labs -- for his team to reproduce. Begley sought to doub... 阅读全帖 |
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C*I
发帖数: 4736 | 11 相比较而言，石正丽的《Bat origin of human coronaviruses/蝙蝠是人类冠状病毒的
来源》是扎扎实实的抓蝙蝠，解剖蝙蝠，分离病毒，对比DNA,RNA后得出得结论。
请lobbock读一读，说一说，走两步！
http://virologyj.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12985-015-0422-1
Review
Open Access
Published: 22 December 2015
Bat origin of human coronaviruses
Ben Hu, Xingyi Ge, Lin-Fa Wang & Zhengli Shi
Virology Journal volume 12, Article number: 221 (2015) Cite this article
Abstract
Bats have been recognized as the natural reservoirs of a large variety of
viruses. Special attention has ... 阅读全帖 |
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d*2
发帖数: 2053 | 12 https://www.yahoo.com/news/clinton-and-dnc-face-new-email-attacks-in-wake-of
-wikileaks-dump-200106265.html?soc_src=mail&soc_trk=ma
Clinton and DNC face new email attacks in wake of Wikileaks dump
John Podesta and Donna Brazile. (Photo illustration: Yahoo News, photos:
Andrew Harnick/AP, Paul Sancya/AP)
At 7:51 p.m. on Wednesday night, Democratic National Committee chair Donna
Brazile got an odd email from the Gmail account of Clinton campaign chair
John Podesta. “We have a problem,” read the su... 阅读全帖 |
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b*s
发帖数: 82482 | 13 去火星很难，找不到人去，可以用replicant，参见bladerunner
replicant有implanted memory，记得并不存在的往事
replicant有pre-programmed life span，四年左右
mix replicant with time travel,
go figure
所以林玥在结尾碰到的那个女生是羚妈，羚妈后来和林玥好了，不知道怎么怀孕了，回
自己星球生了羚，过了十多年，过了十多年又回去找林玥，估计没找到，羚来找妈妈，
碰到林玥了....... |
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z***y
发帖数: 7151 | 14 To warm up: what is inner join what is out join, and cross apply
what is the benefit using stored procedure.
How to identify perf issue on stored procedure.
Have you use profiler to troubleshooting perf issue of stored procedure, if
so what are those events you monitored
explain me what is lock
explain me the overview of replication, (bonus: Do you know the difference b
/t eager replication and lazy replication?_
What is trigger, any special thing you need be aware of in replication
environment. |
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c*****d
发帖数: 6045 | 15 想问问zenny, jackrun, Assailant和其他sql server dba
在sql server中replication这么重要吗？
实际工作中有很多replication application吗？
我注意到zenny出的题都会问replication，并且比重较高
至少oracle里replication不是key question |
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g***l
发帖数: 18555 | 16 Sorry，只玩过8I，不知道有没有DECIMAL什么的，有的数据类型可能还不一样，不行就
搞个TESTDB先倒出来，然后再LOAD进TARGET DB，建个SSIS的PACKAGE， SCHEDULE个JOB
吧，REPLICATION好像理论上能做，没经验，看到一个这样做的
you can replicate datas from Oracle to MSSQL or SQL Server.
1) You can create triggers, so that the datas will be directly transferred
to MSSQL/SQL Server. Use ABDC (that is a package in Oracle). With ADBC you
are able to connect against the slaves and update/insert/delete the datas
directly.
That will be something like a just in time replication.
2) You can... 阅读全帖 |
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i****a
发帖数: 36252 | 17 真没 tricky questions. 通常我都问非常标准的技术问题, normalization, index,
truncate vs delete, troubleshooting skills 神马的
这次 interview, 因为是强力内推，加上 17年 DBA 经验, 我问都问没问入门级问题.
问的 high level 的比如, 熟不熟悉 replication 啊？ 回答说他们不用 replication
，因为它 buggy. 微软 SQL补丁总会补 replication，就知道它buggy了
我私底下想, 公司现有的 replication 以后就别指望他 on call support 了... |
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t*d
发帖数: 1290 | 18 看了几篇文献，没搞懂他们的technical replicates 是怎么定义的。
引用比较多的那篇“Marioni JC, Mason CE, Mane SM, Stephens M, Gilad Y: RNA-
seq: an assessment of technical reproducibility and comparison with gene
expression arrays. Genome Res 2008, 18:1509-1517.”他们的technical
replicates 是把构建好的短片段放在不同lanes，然后比较不同lane 出来的读数。
因为RNA-seq 很大一部分工作在如何构建最后测序的短片段库，而且这个建库的过程相
当繁琐，可能会带来很多的variation。我觉得更严格的technical replicates 应该从
RNA 抽提开始。比如，一份细胞分两管，分别进行建库和测序，然后再比较读数，看看
varation 有多大。
那位同学能不能推荐几篇比较这种更严格的 technical replicates 的文章？多谢了先！ |
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m***T
发帖数: 11058 | 19 因为在每个环节上都有出问题的可能性，所以文章里和你提到的都是可行的，但针对的
环节不同而已。文章中更侧重的是sequencing本身这个部分，你所说的则是sample
prep过程以及sequencing，但如果出问题不容易确定原因在哪个环节。所以如果有钱烧，最好是都做，即sample prep也做technical replicates，然后到sequencing时，对上面的两者分别再做technical replicates。不过据我的经验，technical replicate现在已经意义不太大了，有这钱还不如多做几个biological replicate。 |
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t*d
发帖数: 1290 | 20 biological replicates 不一定比 technical replicates 更有意义。有些时候我们就
是希望知道technical replicates 的variation。
比如有人想做基因表达普，找差异表达的基因。一般现在第一个问题就是用microarray
还是 RNA-seq。如果目的是找差异表达基因，那么variation between technical
replicates 直接影响到 statistical power。如果同样两份细胞，通过 RNA-seq 流程
做出来（包括建库）的variation 比通过 microarray 流程做出来的variation 大，那
就是用microarray 做更好了。
那种之比较不同 lane 之间的 variation 对生物学家来说，没有什么现实指导意义。
另外，现在不少人认为 RNA-seq 成本已经将下来，和microarray 差不多了。可是这个
成本的下降是通过barcode multiplex 来实现的的。所以要比较 RNA-seq 和
microarray，最好能在同成本的条件下比。 |
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c**y
发帖数: 127 | 21 No simple answer to Seq V array. It depends on many factors including your
biological questions, your budget and your experimental design for seq/array
etc.. The community awaits a systematic evaluation of cost-benefit trade-
off between seq and array platform for differential gene expression analysis
. Ideally, such evaluation would include an ultra-deep-sequenced RNA-seq
dataset(way deeper than the currently adopted depth) and microarray dataset
on the same set of biological replicates and a g... 阅读全帖 |
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w****2
发帖数: 2196 | 22 看看吧.
http://news.yahoo.com/cancer-science-many-discoveries-dont-hold
In cancer science, many 'discoveries' don't hold up
NEW YORK (Reuters) - A former researcher at Amgen Inc has found that many
basic studies on cancer -- a high proportion of them from university labs --
are unreliable, with grim consequences for producing new medicines in the
future.
During a decade as head of global cancer research at Amgen, C. Glenn Begley
identified 53 "landmark" publications -- papers in top journals, from
... 阅读全帖 |
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S*****a
发帖数: 63 | 23 In cancer science, many "discoveries" don't hold up
(Reuters) - A former researcher at Amgen Inc has found that many basic
studies on cancer -- a high proportion of them from university labs -- are
unreliable, with grim consequences for producing new medicines in the future.
During a decade as head of global cancer research at Amgen, C. Glenn Begley
identified 53 "landmark" publications -- papers in top journals, from
reputable labs -- for his team to reproduce. Begley sought to double-check
the... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 24 需要genome 生统的背景
比如 H 大 以下 两lab (NB: one now is at Stanford)
//biosun1.harvard.edu/complab/
的至少one first author a paper 那样的背景
sunny 再去修个MD 如何
one mentor:
//www.hsph.harvard.edu/faculty/frank-hu/
cited from last week Cell cover article:
pp393
>With respect to the first question, replication initiation occurs
>as DnaA protein monomers bind or unbind stochastically and
cooperatively to form a multimeric complex at the replication
origin (Figure 4B, top) (Browning et al., 2004). When the complex
is c... 阅读全帖 |
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v*******n
发帖数: 8995 | 25 希望大家知道一点大米mirna事件的背景，小弟开喷了：
NBT你可以证伪，装b，做出再世基督，生物救世的样子。
可是你的反驳雄文就只有一个正文就一个figure，一个表格。supplemental figure 就
3-4张图。基本上是一个个耗子吃药，然后测序，blood work的流水线的实验。估计只
要一个人总共一周工时。（1）
nbt知道这种文章没有一点novelty，所以自己心虚的去发文解释越描越黑问道‘Do
replication studies belong in top-tier journals?’ 这种典型的假装可观洗脑方
式，和cnn是不是一个妈教的 该不该发？你不也已经发了吗，有什么好多问的？ 如果
重复实验不配发nbt， 你还发了，你要自宫给大家看吗？（2）
果然nbt最后花了2/3的篇幅来装逼，说这个结果多么重要， 可是你们编辑部怎么不发
老张的文章哪（2）？说重复多么重要，你有空怎么不把那你自己还有你老母nature上
重复不了的列个表格。自己就是这个sb科研体系的受益者，始作俑者,有摆出一福众人
皆醉，我独醒的样子。其心可诛。我说要解决生物实验重复性差的问... 阅读全帖 |
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c****1
发帖数: 1095 | 26 不知你的replicates是怎么弄的，一般来说，对每一个反应，我是弄一个master mix
for 4.2~5 wells，然后充分混匀（这点很重要，我是用vortex），然后再aliquot到4
个孔里。重要原则就是要保证replicates都是一模一样的。我经常只弄2~3 replicates
。replicates的扩增曲线几乎完全重合。 |
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h*******o
发帖数: 4884 | 27 同一个dish里面的细胞，如果你load 三次，那是techinical replicates
三个不同dish的细胞，即使他们是同一个passage split出来的，一般也当做
biological replicates
这么说吧，如果你养细胞一个大的dish，你先做treatment，然后把细胞收下来分成三
份，那么那三份是technical replicates
如果你先把细胞split到三个dish，然后分别做treatment这个是biological
replicates
另外assume 一批细胞都一样经常会出问题，尤其是primary culture |
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发帖数: 1 | 28 自然 http://www.nature.com/news/go-forth-and-replicate-1.20473
To foster better behaviour, replication attempts must become more common. We
urge researchers to open their file drawers. We urge authors to cooperate
with reasonable requests for primary data, to assume good intent and to
write papers — and keep records — assuming that others will want to
replicate their work. We urge funders and publishers to support tools that
help researchers to thread the literature together. We welcome, and will ... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 29 自然 http://www.nature.com/news/go-forth-and-replicate-1.20473
To foster better behaviour, replication attempts must become more common. We
urge researchers to open their file drawers. We urge authors to cooperate
with reasonable requests for primary data, to assume good intent and to
write papers — and keep records — assuming that others will want to
replicate their work. We urge funders and publishers to support tools that
help researchers to thread the literature together. We welcome, and will ... 阅读全帖 |
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t******y
发帖数: 100 | 30 我认为如果整个实验用的只有同样两个replicates，那这两个replicates就可以算作
random effect,相当于在每个replicate上采集9个数据。一共18个数据。每个cell里一
个数据。如果replicates是九对不同的，那就是fixed effect model, 3*3 two way
anova |
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g**u
发帖数: 205 | 31 data a;
set b;
replication=1; crop=crop1;output;
replication=2; crop=crop2;output;
replication=3; corp=crop3;output;
replication=4; corp=crop4;output;
run;
like this?
Try if it works. |
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A****1
发帖数: 33 | 32 try this.hope it helps.
data one;
input y x1 x2 x3;
cards;
1 2 3 4
4 5 6 7
7 8 9 10
;
run;
data two;
set one(rename=(x1=x) in=a1) one(rename=(x2=x) in=a2) one(rename=(x3=x) in=
a3);
keep y replication x;
if a1 then replication=1;
if a2 then replication=2;
if a3 then replication=3;
run;
1- |
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f**d
发帖数: 768 | 33 这是一本计算神经科学的优秀著作，全文拷贝这里（图和公式缺），有兴趣的同学可以
阅读
如需要，我可以分享PDF文件（－－仅供个人学习，无商业用途）
From Computer to Brain
William W. Lytton
From Computer to Brain
Foundations of Computational Neuroscience
Springer
William W. Lytton, M.D.
Associate Professor, State University of New York, Downstato, Brooklyn, NY
Visiting Associate Professor, University of Wisconsin, Madison
Visiting Associate Professor, Polytechnic University, Brooklyn, NY
Staff Neurologist., Kings County Hospital, Brooklyn, NY
In From Computer to Brain: ... 阅读全帖 |
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r***y
发帖数: 25 | 34 :-) It's been THE debate ever since the simulation of neural network started
structure of the neural network in living creatures. Canonical AI people
said no, we just need to replicate the functions, which is faster but hard
to generalize. Neuroscience people said yes, we have to, otherwise we couldn
't replicate such complicated, decent, and flexible network, which makes the
question always stuck at the level of functioning units -- protein, synapse
, or single neuron? Any connection map seems ... 阅读全帖 |
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r***y
发帖数: 25 | 35 :-) It's been THE debate ever since the simulation of neural network started
structure of the neural network in living creatures. Canonical AI people
said no, we just need to replicate the functions, which is faster but hard
to generalize. Neuroscience people said yes, we have to, otherwise we couldn
't replicate such complicated, decent, and flexible network, which makes the
question always stuck at the level of functioning units -- protein, synapse
, or single neuron? Any connection map seems ... 阅读全帖 |
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w*******y
发帖数: 60932 | 36 Hello all! First good Deal Post here...
In a recent thread, you could purchase a 1TB HD for $2.50 after applying a
coupon: http:// />
If you missed out on that deal because your Staples didn't have the item in
stock, you may still have a change at a free hard drive! The hard drive
rings up as $14.50. There is a coupon floating around for $20 off of any
external hard drive. Before you ask, the overage on the coupon can't be
applied to other items you purchase. I tried that and it didn't go t... 阅读全帖 |
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t***h
发帖数: 5601 | 37 Nature Biotechnology | Editorial | doi:10.1038/nbt.3938
Time for the data to speak
Published online, 2 August 2017
http://www.nature.com/nbt/journal/vaop/ncurrent/full/nbt.3938.html
在社论中，一项宣称通过Argonaute酶实现基因编辑的研究被撤回，这显示了论文
发表后的同行评议在全天候媒体时代的重要性。
韩春雨的这篇论文自去年发表后所产生的影响力，再怎么夸张地说也不为过，尤其
是在论文的来源地中国。中国媒体纷纷进行报道，以大标题宣告一项全新基因编辑系统
的发现。这无疑是一篇中国去年被报道最多的论文；媒体监测公司融文（Meltwater）
的数据显示，仅在论文发表后的最初两个月，就有将近4000篇相关的中文新闻报道。
NgAgo的轰动之处集中在它有可能补充，甚至取代CRISPR/Cas9基因编辑系统之一点
上。NgAgo有望以一个目标序列进行基因编辑（Cas9不仅需要目标序列，还需要另外一
个附近... 阅读全帖 |
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C*I
发帖数: 4736 | 38 发信人: Huangchong (净坛使者), 信区: Joke
标 题: 石正丽2015论文
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Feb 6 19:21:33 2020, 美东)
摘要
sars和mers的出现表明跨物种传播病毒对人类具有威胁。
这里我们研究一种在中国马蹄蝙蝠里流行的SARS-相似病毒，SHC014。
使用SARS冠毒的反向遗传系统，我们把SHC014的spike蛋白装在了一个可以在老鼠里复
制的SARS病毒框架上，并对它进行了一些研究。这些结果显示，SHC014所属的2b类病毒
可以使用SARS的人类受体，ACE2。这种病毒可以在来自人的呼吸道的原代细胞里高效增
殖，达到跟SARS病毒类似的病毒滴度。而且，体内实验表明这个人工病毒可以在老鼠肺
里产生病理效果。
对现有的抗SARS免疫疗法和其他疗法的测试显示，这些方法都不太有效。抗SARS的单抗
没有中和病毒，抗SARS的疫苗没有产生有效的免疫效果。
（总结）我们造了一种全长的SHC014重组病毒，并证明它可以在老鼠体内和细胞培养的
条件下有效复制。我们的工作提示SARS有可能再次从蝙蝠病毒传到人类。
（说明... 阅读全帖 |
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C*I
发帖数: 4736 | 39 发信人: Huangchong (净坛使者), 信区: Joke
标 题: 石正丽2015论文
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Feb 6 19:21:33 2020, 美东)
摘要
sars和mers的出现表明跨物种传播病毒对人类具有威胁。
这里我们研究一种在中国马蹄蝙蝠里流行的SARS-相似病毒，SHC014。
使用SARS冠毒的反向遗传系统，我们把SHC014的spike蛋白装在了一个可以在老鼠里复
制的SARS病毒框架上，并对它进行了一些研究。这些结果显示，SHC014所属的2b类病毒
可以使用SARS的人类受体，ACE2。这种病毒可以在来自人的呼吸道的原代细胞里高效增
殖，达到跟SARS病毒类似的病毒滴度。而且，体内实验表明这个人工病毒可以在老鼠肺
里产生病理效果。
对现有的抗SARS免疫疗法和其他疗法的测试显示，这些方法都不太有效。抗SARS的单抗
没有中和病毒，抗SARS的疫苗没有产生有效的免疫效果。
（总结）我们造了一种全长的SHC014重组病毒，并证明它可以在老鼠体内和细胞培养的
条件下有效复制。我们的工作提示SARS有可能再次从蝙蝠病毒传到人类。
（说明... 阅读全帖 |
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C*I
发帖数: 4736 | 40 【 以下文字转载自 Joke 讨论区 】
发信人: Huangchong (净坛使者), 信区: Joke
标 题: 石正丽2015论文
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Feb 6 19:21:33 2020, 美东)
摘要
sars和mers的出现表明跨物种传播病毒对人类具有威胁。
这里我们研究一种在中国马蹄蝙蝠里流行的SARS-相似病毒，SHC014。
使用SARS冠毒的反向遗传系统，我们把SHC014的spike蛋白装在了一个可以在老鼠里复
制的SARS病毒框架上，并对它进行了一些研究。这些结果显示，SHC014所属的2b类病毒
可以使用SARS的人类受体，ACE2。这种病毒可以在来自人的呼吸道的原代细胞里高效增
殖，达到跟SARS病毒类似的病毒滴度。而且，体内实验表明这个人工病毒可以在老鼠肺
里产生病理效果。
对现有的抗SARS免疫疗法和其他疗法的测试显示，这些方法都不太有效。抗SARS的单抗
没有中和病毒，抗SARS的疫苗没有产生有效的免疫效果。
（总结）我们造了一种全长的SHC014重组病毒，并证明它可以在老鼠体内和细胞培养的
条件下有效复制。我们的工作提示SA... 阅读全帖 |
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C******s
发帖数: 1282 | 41 来来来， 读读原文：
Using the SARS-CoV reverse genetics system2, we generated and characterized
a chimeric virus expressing the spike of bat coronavirus SHC014 in a mouse-
adapted SARS-CoV backbone. The results indicate that group 2b viruses
encoding the SHC014 spike in a wild-type backbone can efficiently use
multiple orthologs of the SARS receptor human angiotensin converting enzyme
II (ACE2), replicate efficiently in primary human airway cells and achieve
in vitro titers equivalent to epidemic strains... 阅读全帖 |
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E******k
发帖数: 389 | 42 【 以下文字转载自 Joke 讨论区 】
发信人: Huangchong (净坛使者), 信区: Joke
标 题: 石正丽2015论文
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Feb 6 19:21:33 2020, 美东)
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4797993/
摘要
sars和mers的出现表明跨物种传播病毒对人类具有威胁。
这里我们研究一种在中国马蹄蝙蝠里流行的SARS-相似病毒，SHC014。
使用SARS冠毒的反向遗传系统，我们把SHC014的spike蛋白装在了一个可以在老鼠里复
制的SARS病毒框架上，造了一个嵌合病毒，并对它进行了一些研究。这些结果显示，这
个嵌合病毒可以使用SARS的人类受体，ACE2。这个嵌合病毒可以在来自人的呼吸道的原
代细胞里高效增殖，达到跟SARS病毒类似的病毒滴度。而且，体内实验表明这个人工病
毒可以在老鼠肺里产生病理效果。
对现有的抗SARS免疫疗法和其他疗法的测试显示，这些方法都不太有效。抗SARS的单抗
没有中和病毒，抗SARS的疫苗没有产生有效的免疫效果。
在这... 阅读全帖 |
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C*I
发帖数: 4736 | 43 发信人: Huangchong (净坛使者), 信区: Joke
标 题: 石正丽2015论文
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Feb 6 19:21:33 2020, 美东)
摘要
sars和mers的出现表明跨物种传播病毒对人类具有威胁。
这里我们研究一种在中国马蹄蝙蝠里流行的SARS-相似病毒，SHC014。
使用SARS冠毒的反向遗传系统，我们把SHC014的spike蛋白装在了一个可以在老鼠里复
制的SARS病毒框架上，并对它进行了一些研究。这些结果显示，SHC014所属的2b类病毒
可以使用SARS的人类受体，ACE2。这种病毒可以在来自人的呼吸道的原代细胞里高效增
殖，达到跟SARS病毒类似的病毒滴度。而且，体内实验表明这个人工病毒可以在老鼠肺
里产生病理效果。
对现有的抗SARS免疫疗法和其他疗法的测试显示，这些方法都不太有效。抗SARS的单抗
没有中和病毒，抗SARS的疫苗没有产生有效的免疫效果。
（总结）我们造了一种全长的SHC014重组病毒，并证明它可以在老鼠体内和细胞培养的
条件下有效复制。我们的工作提示SARS有可能再次从蝙蝠病毒传到人类。
（说明... 阅读全帖 |
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C*I
发帖数: 4736 | 44 发信人: Huangchong (净坛使者), 信区: Joke
标 题: 石正丽2015论文
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Feb 6 19:21:33 2020, 美东)
摘要
sars和mers的出现表明跨物种传播病毒对人类具有威胁。
这里我们研究一种在中国马蹄蝙蝠里流行的SARS-相似病毒，SHC014。
使用SARS冠毒的反向遗传系统，我们把SHC014的spike蛋白装在了一个可以在老鼠里复
制的SARS病毒框架上，并对它进行了一些研究。这些结果显示，SHC014所属的2b类病毒
可以使用SARS的人类受体，ACE2。这种病毒可以在来自人的呼吸道的原代细胞里高效增
殖，达到跟SARS病毒类似的病毒滴度。而且，体内实验表明这个人工病毒可以在老鼠肺
里产生病理效果。
对现有的抗SARS免疫疗法和其他疗法的测试显示，这些方法都不太有效。抗SARS的单抗
没有中和病毒，抗SARS的疫苗没有产生有效的免疫效果。
（总结）我们造了一种全长的SHC014重组病毒，并证明它可以在老鼠体内和细胞培养的
条件下有效复制。我们的工作提示SARS有可能再次从蝙蝠病毒传到人类。
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C*I
发帖数: 4736 | 45 发信人: Huangchong (净坛使者), 信区: Joke
标 题: 石正丽2015论文
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Feb 6 19:21:33 2020, 美东)
摘要
sars和mers的出现表明跨物种传播病毒对人类具有威胁。
这里我们研究一种在中国马蹄蝙蝠里流行的SARS-相似病毒，SHC014。
使用SARS冠毒的反向遗传系统，我们把SHC014的spike蛋白装在了一个可以在老鼠里复
制的SARS病毒框架上，并对它进行了一些研究。这些结果显示，SHC014所属的2b类病毒
可以使用SARS的人类受体，ACE2。这种病毒可以在来自人的呼吸道的原代细胞里高效增
殖，达到跟SARS病毒类似的病毒滴度。而且，体内实验表明这个人工病毒可以在老鼠肺
里产生病理效果。
对现有的抗SARS免疫疗法和其他疗法的测试显示，这些方法都不太有效。抗SARS的单抗
没有中和病毒，抗SARS的疫苗没有产生有效的免疫效果。
（总结）我们造了一种全长的SHC014重组病毒，并证明它可以在老鼠体内和细胞培养的
条件下有效复制。我们的工作提示SARS有可能再次从蝙蝠病毒传到人类。
（说明... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 46 A SARS-like cluster of circulating bat coronaviruses shows potential for
human emergence
https://www.nature.com/articles/nm.3985#article-info
The emergence of severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS-CoV)
and Middle East respiratory syndrome (MERS)-CoV underscores the threat of
cross-species transmission events leading to outbreaks in humans. Here we
examine the disease potential of a SARS-like virus, SHC014-CoV, which is
currently circulating in Chinese horseshoe bat populations1. Us... 阅读全帖 |
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h**********l
发帖数: 410 | 47 我其实不太确定oracle的这个职位到底做啥的。。。我当时选组interview的时候有点
焦躁（当时没想工作，recruiter给了17个组的description让选，看得的我都要晕死了
，为了减少到8个组，只选了santa clara的组。。。不过我当时确实不会数据库，也没
法去其他的组。。。。）所以我把做exadata的组过滤掉了（不在santa clara）。。。
错误啊。。。
大家帮我看看这个组的description吧，值不值的据掉apple ios flash storage
software engineer的offer。。。感觉其实也没有用很多distributed system，顶多用
用普通的synchronization，可是apple的工作也用普通的synchronization啊。。。。
Group: Oracle Storage Systems / ZFS File System and Data Replication Team
based in Santa Clara, CA (near San Francisco)
Introduction:
Wi... 阅读全帖 |
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h**********l
发帖数: 410 | 48 我其实不太确定oracle的这个职位到底做啥的。。。我当时选组interview的时候有点
焦躁（当时没想工作，recruiter给了17个组的description让选，看得的我都要晕死了
，为了减少到8个组，只选了santa clara的组。。。不过我当时确实不会数据库，也没
法去其他的组。。。。）所以我把做exadata的组过滤掉了（不在santa clara）。。。
错误啊。。。
大家帮我看看这个组的description吧，值不值的据掉apple ios flash storage
software engineer的offer （偏embedded system）。。。感觉其实也没有用很多
distributed system，也就用
用普通的synchronization，可是apple的工作也用普通的synchronization啊。。。。
lz是ee正在转cs的phd dropout。。。打算先工作，然后自学继续转。。。
待遇重新贴一下：apple：120k+105k RSU（4年）， oracle： 112k+2800 stock
options
Group: Or... 阅读全帖 |
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j****r
发帖数: 65 | 49 DBA
- Needs to understand how SQL Server replication works
o Can t-shoot and fix replication issues (transactional replication,
specifically)
- SQL Server specific Disaster Recovery Skills/Set up SQL Server
maintenance plans
o Backup and restoring dbs (FULL/DIFFERENTIAL/T-LOG)
o Know how to maintain clustered SQL Servers
T-shoot issues and fix them on a cluster
- Handling security/permissions
SystemAdmin-Test Lab set up and maintenance
- Windows Clustering
o N... 阅读全帖 |
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s**********o
发帖数: 14359 | 50 数据replicate到中国server不是COPY到中国的意思吧，
时时replicate数据库，一般需要数据库在一个DOMAIN里，
弄在CLOUD里SHARE可能比较好，为什么要跨国REPLICATE呢 |
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