f*********e
发帖数: 24 | 1 Dependent on whether they have PolyA tails or not
lincRNA or small RNA |
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b******s
发帖数: 193 | 2 不知版上 有没有同修 做过 punch brain 特定的 region，然后做qPCR，有些问题请教
得到tissue之后，用什么kit 提取RNA 效果最好？我这里 一直没有拿到 很好的 260／
280 ratio
感激 |
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t*d
发帖数: 1290 | 3 当我要在 RNA-SEQ 和 microarray 之间做一个选择是，这个technical replicates 的
指标还是很重要的。
烧，最好是都做，即sample prep也做technical replicates，然后到sequencing时，
对上面的两者分别再做technical replicates。不过据我的经验，technical
replicate现在已经意义不太大了，有这钱还不如多做几个biological replicate。 |
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b****e
发帖数: 26 | 4
Treat with DNase... i cannot see why this is an issue...unless you have very
very small amount of sample and don't want to risk losing anything.
But if you want to get trustworthy results from RNA-seq,one thing to know is that DNA will screw you up for sure. |
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t****g
发帖数: 120 | 5 在做Agilent two-color gene expression microarray实验的时候，要放大reference
和sample RNA. 放大和label之后会测量，有一个指标叫specific activity，混合上板
的时候，是要用同样量(ng)的reference和samples。 这是在它们的specific activity
相近的前提下吗？ 如果specific activity相差比较多，要做相应的调整吗？ 我在
agilent的protocol上没有看到相关讨论，感觉这个应该会影响最后的结果吧。
谢谢！ |
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g******l
发帖数: 38 | 6 最近做了一个 -ssRNA病毒的nucleoprotein，EMSA的结果发现它和人工合成的一段RNA
没有binding，请问这个结果正常么？
关于病毒nucleoprotein，有好的review或书籍么？
不胜感激! |
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e***o
发帖数: 344 | 7 在弄一个construct，2个基因都比较大。不知道有什么办法能用一个promoter表达2段
RNA。
谢谢！ |
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C*********u
发帖数: 811 | 9 最近抽RNA用nanodrop测浓度，发现260/230ratio很不稳定，有时很好有时很低（～0.5
），而260/280 ratio却一直很好。
我已经用70%的ETOH洗两次了，而且在extraction的时候尽量避免protein和pheno污染
了，用的也是分装的nuclease free的水，实在是百思不得其解。
请问大家低260/230ratio会影响之后的RT和qPCR吗？
谢谢 |
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C*********u
发帖数: 811 | 10 谢谢你的suggestion
我就是按你这个做法的，在室温dry了差不多有15-20分钟了
我发现我的RNA sample浓度越低（20-50ng/ul），260/230 ratio也越低(0.4-0.6)。。。 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 11 RE LZ 我就是按你这个做法的，在室温dry了差不多有15-20分钟了
How to put your RNA extraction last process 1.5ml tube for drying?
I mean you put it likes a "U" or "upset U" or "C" or "left direction C"
and on what material? i mean lab tissue paper or not?
RNase free environment including atmosphere You Sure?
plus no proteins contamination You sure too?
htp://www.flychip.org.uk/protocols/gene_expression/rna_qc.pdf
。。 |
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n****0
发帖数: 696 | 12 我也是这种情况，不过好像没有关系，的确浓度越低ratio越不好，不知道为什么。不
是说不能晾太久么？否则溶不了么？我都是溶了又在60度加热10min，不知道这样是不
是不好。你用什么方法提RNA？
而且我觉得qPCR的误差特别大。相同样品每次做出来都不太一样，biological
replicates就更没准了，除非差异非常明显。不知道大家有没有同感，还是我个人的问
题？
.5 |
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n****0
发帖数: 696 | 13 做过了，三个在同一板上的technical replicates还可以，如果Ct能在30以下的话。不
过我的确发现有些边缘位置的孔总是和另两个不一样。但是biological replicates就
不行了，同样样品做两次也不一样。这次差5倍，下次差10倍 （relative fold change
），甚至有时趋势还不一样。可能是我提取RNA的问题。因为我要分离tissue，取样品
时间比较长，虽然我都是尽量快速的放到液氮里。几分钟的时间，转录水平会有很大变
化么？ |
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m******5
发帖数: 1383 | 14 我就是这个意思，不能用RNA later存着，等genotyping结果出来把genotype一样的
Pull到一起么？ |
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s******e
发帖数: 370 | 15 好像说到快速genotyping上来了
我们现在基本可以在2个小时做出genotyping，有一种enzyme可以15分钟digest tissue
，然后用Kappa的fast PCR，30分钟作用完成PCR，再跑gel15分钟，不知道楼主敢不敢
等2小时再提RNA？
还有homogenizer最小的体积我用过1ml的，也许还有更小的尺寸。话说看tissue在homogenizer里面被粉碎是件很过瘾
的事…… |
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d***s
发帖数: 1062 | 16 RNA polymerase II下调是不是transcription就下调了，细胞内mRNA和microRNA的生成
就减少了？谢谢 |
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a***y
发帖数: 19743 | 17 请问，目前，为达到合理的coverage，Drosophila和mouse分别看，一个rep需要多少钱？
RNA-seq
Proteomics sequencing
都要是quantitative的，期望是能取代Microarray
谢谢！ |
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l**********1
发帖数: 5204 | 18 454 GS FLX+
● Up to 1000bp
● 99.997% accuracy
● 1M reads, 700bp
0.7 Gbase/day
● Homopolymer issue
● Cost ~$14K for run
● $500K instrument
$20K/Gbase
---
or soon later you can try:
Ion Torrent PGM
● Long Reads and Fast
● No optics, CMOS chip sensor
● Uses standard nucleotides
● Up to 300bp reads (going to 400bp)
● >99.5% raw
● >99.999% consensus
● 318 (11M wells) >1Gbase in 3 hours
● 8 Gbase/day possible
● Micron sized well, 22mmx22mm chip
moving to 1 Billion wells per chip
● $700 per run (1 Gbas... 阅读全帖 |
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x******m
发帖数: 736 | 19 最近rna extraction很不顺，260/230ratio很低，bioanalyzer中的RIN很低。
用乙醇洗过以后，有白色的沉淀。用buffer和水溶解以后，还是可以看见白色沉淀，有
点透明。有人说可能是盐，但是用isoproponal 和乙醇洗了几遍，还是有。 |
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x******m
发帖数: 736 | 21 最近rna extraction很不顺，260/230ratio很低，bioanalyzer中的RIN很低。
用乙醇洗过以后，有白色的沉淀。用buffer和水溶解以后，还是可以看见白色沉淀，有
点透明。有人说可能是盐，但是用isoproponal 和乙醇洗了几遍，还是有。 |
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I***a
发帖数: 13467 | 23 最近提老鼠组织RNA
260/230 数值都偏低，再clean up也不理想，想不到是哪里污染了，
用了几种试剂盒都不是很理想，有什么建议吗？ |
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I***a
发帖数: 13467 | 24 Yes,
用了RNA later，
其他的都不错，就是260/230不稳定，有的高，有的低 |
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r*********y
发帖数: 124 | 25 最近刚刚有这个想法，我们实验室刚买二代high seq,有好的方法从果蝇脑袋分离获得
单个活的神经元细胞。想做的单个或几个细胞RNA seq.大家说说可能性多大。 |
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c********r
发帖数: 189 | 26 当时我们journal club了还。。。我记得后来也有些follow up的文章，关于RNA
editing的 |
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m******t
发帖数: 109 | 27 i plan to purify dna and rna from minute tissue. please provide relevant
protocol or kit. thanks. |
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z***q
发帖数: 907 | 28 updated：I have booked the Kensington Court but I can cancel it if you have other reservations.
I am look for someone (female) who is also going to Ann Arbor for the RNA
society meeting 2012 to share a hotel room with me (I have not booked yet,
so if you have already booked, that is fine. Otherwise I can book or let you
do). Or if you will stay in Fairfield Inn, Courtyard by Marriott or
Kensington Court, and would like to rent a car to the campus, and could take
me together (I can not drive), I w... 阅读全帖 |
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w***y
发帖数: 493 | 29 Thanks, anybody tried Oligotex mRNA kit from Qiagen?
RNA
1328/language/en- |
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s******y
发帖数: 28562 | 30 在我的印象中，在in vitro情况下，在不改变糖基上的结构（就是是否脱氧核糖）的时
候，把U 换成 T 是可以的，大致结构还是能够维持的。
在体内情况下，如果DNA里出现U,会被糖基化酶把那个地方切掉（修复的第一步）。
在RNA 里如果出现T会怎么样？这个我还真的不知道。谁来讲讲？
从生化上来讲，U 不如T 稳定，而且C 有时候会脱氨而变成U, 所以在DNA 里选择用T而
不是U的话有利于在长期储存里保存信息的保真度。不知道这个是否进化压力选择了T作
为DNA单位的原因。 |
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a***r
发帖数: 58 | 31 多谢sunnyday!
查了一下,虽然细胞有uridine(U)和deoxy-uridine(dU)两种形式, 但却只有deoxy-
thymidine (dT)一种形式, 所以T不可能进入RNA. 从遗传信息的稳定性和精确性来说,
uracil的配对好像不够专一,A最好,但其它的也可以. |
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o********r
发帖数: 775 | 32 当时RNA editing那篇出来的时候，俺们JC，内部结论就是没啥实质内容，很搞巧的
paper。 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 33 Sure
进来有些纺锭饥不择食的 数学模型都敢造假喽
please refer:
Math paper retracted because it “contains no scientific content”
Written by ivanoransky
April 17, 2012
According to a retraction notice for “Computer application in mathematics,
” published in Computers & Mathematics with Applications: Read the rest of
this entry »
from
//retractionwatch.wordpress.com/2012/04/17/math-paper-retracted-because-it-
contains-no-scientific-content/#more-7311
更别说生物统计的麻醉学的193篇论文的撤稿的世界记录 可能不久就会被更新吧 Lol
193 papers could be ret... 阅读全帖 |
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b********w
发帖数: 334 | 34 RNA Editing 那篇是有serious flaw的。很多mapping的artifect都没有排除。 |
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h****k
发帖数: 182 | 35 起始浓度要调成一样吗？调RNA还是cDNA. 比较不同组织。 |
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l******g
发帖数: 1145 | 37 RNA调差不多点，出来内参应该很靠近，有时候样品出问题，内参会all over the
plate，之前调过浓度的话，很容易发现哪个样品出问题了。 |
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l********s
发帖数: 70 | 38 我觉得不会这么快，磷酸化带白还好说。RNA不是这么不稳定的 |
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g******a
发帖数: 63 | 39 RNA不至于这么快降解吧，觉得你操作没问题啊，我们有时候取组织种类比较多，还要
分别称重，十分钟一个老鼠还算快的，是不是后面抽提的问题或者trizol出问题了？X |
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v****e
发帖数: 131 | 40 是dorsal-lateral prostate!做regular qPCR没问题！可是做quality check for
microarray 说RNA有降解！ |
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n********k
发帖数: 2818 | 41 In principle, RNAlater will pretty much inhibit everything, so it shall be
good for protein, RNA and DNA...but I never tried on protein or DNA... |
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s**u
发帖数: 9035 | 42 不同的20个老鼠的RNA 不要混合 for microarray. |
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l**********1
发帖数: 5204 | 43 [回复] [回信给作者] [本篇全文] [本讨论区] [修改] [删除] [转寄] [转贴] [收藏]
[举报]
0
En 等 ManDate也去魔都开个千人级别以上的lab的时侯 两个可以好好切磋下RNA
later to be or not to be?
[ 14 ]
发信人: neverthink (nevernetbug), 信区: Biology
标 题: Re: 我的办法可能能帮你解决问题. 我反对用RNALater。
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Jun 16 17:52:42 2012, 美东)
不顶没天理呀！另外，你肯定是个好CO_WORKER!
不过，真的用的这样吗？我以前用了很多RNALATER提组织，从来没有出过什么问题，不
过我没用检查过RIN，也不是做去基因组的东西，你说的让我都想现在去提提试试，查
一下RIN；有没有谁用过RNALATER得到很好的RIN的冒个泡，或者是与LZ一样的，我有点
不敢相信的说
RIN |
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j***x
发帖数: 1469 | 44 我使用的是 topHat 和cufflinks 处理。 参考文献是 ：
nature protocols VOL.7 NO.3 | 2012
：Differential gene and transcript expression analysis of RNA-seq
experiments with TopHat and Cufflinks。
最后CummeRbund需要 R 环境，我安装了， 结果调用gfortran的时候找不到一个文件夹
， 我安装了gfortran，最新版。
错误信息如下：
[jokex@localhost download]$ R
/usr/lib64/R/bin/exec/R: error while loading shared libraries: libgfortran.
so.1: cannot open shared object file: No such file or directory
[jokex@localhost download]$ su --
Password:
[root@localhost download]# R
/usr... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 46 LZ please go to
//www.vanderbiltresearch.org/resource/view/id/823
bottom
Associated File (1)
Service_Price_Listing_GSR_Microarrays.xlsx - Added on January 17, 2012
click above XLS file link icon.
//array.mc.vanderbilt.edu/
for RNA-Seq assembly pls go to
//www.microarray.jhmi.edu/Analysis/cost.cgi
more pls refer
//www.microarray.jhmi.edu/links.cgi
those stuff pls click one by one. |
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m*****0
发帖数: 72 | 47 i need to isolate RNA from many different mouse tissues with homogenizer.
between samples, how to clean the homogenizer tips?
i roughly remember wash in 0.1N NaOH and then water, is that right?
or any suggestion if i stick to this metal homogenizer (can't change to
plasic tips)?
Thanks |
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A*******e
发帖数: 284 | 48 现在有RNA seq的data， 有一个比较好的reference genome sequence. 请问现在有什
么比较好的工具能快速的分析该数据， 要求map 然后定量分析。 硬件： 8GB 内存的
linux。 多谢。 |
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s******y
发帖数: 28562 | 49 If you know the sequence you can use a pair of primers and the taq PCR
polymerase. The taq polymerase does not use RNA as template in an usual PCR
condition.
determine |
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