c********r
发帖数: 189 | 1 They mentioned that "CLARITY also enables intact-tissue in situ
hybridization, immunohistochemistry with multiple rounds of staining and de-
staining in non-sectioned tissue, and antibody labelling throughout the
intact adult mouse brain. "
and actually they used anti-GFP antibody. |
|
l**********1
发帖数: 5204 | 2 Biology版 - 怎么检测Cre KO的效率/比例
htscorpion
2011-03-26 18:16:36
来自: 69.250.
1我有个Cre-induced tissue specific KO mouse model.
在mammary gland里, 有些细胞会表达Cre, 可能是epithelial cell. 有什么比较方便
的办法可以知道有多少细胞表达了Cre然后完成KO?
IHC for Cre and the KO gene?
or in situ hybridization for the KO gene?
谢谢.
－－－－－
chugol
2011-03-26 23:14:05
来自: 75.64.
9real-time PCR, calculate the combined / uncombined loxP, then you get the
ratio.
http://ipv6.weiming.info/zhuti/Biology/31495849/ |
|
l********n
发帖数: 260 | 3 揭露臧敬五在新闻媒体上的谎言——兼评其JCI论文
作者：胆大妄为
方舟子先生，
你好！本人注意到臧敬五在很多新闻媒体上对其作为通讯作者发表在JCI上
的论文加以宣传后，翻阅了这篇论文（1），发现臧敬五胆大妄为，编造谎言，
欺骗中国新闻媒体，应予以揭露。
先看二篇臧敬五在媒体上的宣传：
“骨桥蛋白”是引发类风湿性关节炎的顽凶
新华网上海３月２日电（胡德荣、仇逸）严重影响人类健康和生活质量的类
风湿性关节炎（注：rheumatoid arthritis，RA）研究获得重大突破性进展。我
国科研人员在国际上第一次阐明了骨桥蛋白（注：osteopontin ，OPN）在类风
湿性关节炎发病中的作用，发现“骨桥蛋白”是引发类风湿性关节炎的顽凶，为
治疗类风湿性关节炎找到了临床手段和药物靶点。……
http://www.stcsm.gov.cn/news/detail.asp?pid=64857
我专家突破类风湿关节炎治疗世界难题
上海分院
日前，中国科学院上海生命科学研究院健康科学中心主任臧敬五教授，带领
科研人员完成了“骨桥蛋白在类风湿性关节炎中的病理机制”研究，其论文已刊
登在3月2日出版的... 阅读全帖 |
|
n****x
发帖数: 11 | 4 Advanced Cell Diagnostics
www.acdbio.com |
|
|
y****6
发帖数: 196 | 6 Advanced Cell Diagnostics 说他们可以把信号放大很多倍，达到单分子成像。版上有
人了解吗？他们的技术是否可靠？ |
|
B******o
发帖数: 496 | 7 他家的kit质量不错，就是有点贵
敏感度不错，主要是通过oligo之间搭桥来放大信号
可以单分子成像，可不代表所有signal都是真的，这类放大信号的kit多多少少会有
nonspecific signal。你的control要做好 |
|
|
n*******t
发帖数: 58 | 9 Please send resume to s*******[email protected]. thanks.
Job Title: Research scientist at a Molecular Diagnostic Company in San
Francisco Bay area
Description
• Seeking a PhD degree in Genetics, Molecular and Cellular Biology
or related field to develop and validate nucleic acid based assays for life
research and molecular diagnostic platforms.
• Designed, validated, and optimized gene expression assays, qRT-
PCR assays, or similar assays for molecular diagnostic platforms.
Requireme... 阅读全帖 |
|
b*****n
发帖数: 1841 | 10 释放因子比如cytokine，wnt等在组织染色中由于弥散很难做定位。板上可有同学有成
功例子的？就是在组织中用抗体染释放因子。有什么诀窍可以分享吗？
还有一种间接的办法是做in-situ hybridization。有没有染色非常好的protocol或者
试剂盒？
谢谢！ |
|
m****e
发帖数: 489 | 11 1. Cancer Genet Cytogenet. 2007 Apr 15;174(2):121-6."Home-brew" FISH assay
shows higher efficiency than BCR-ABL dual color, dual fusion probe in
detecting microdeletions and complex rearrangements associated with t(9;22)
in chronic myeloid leukemia.Albano F, Anelli L, Zagaria A, Archidiacono N,
Liso V, Specchia G, Rocchi M.
2. Cesare 11, 70124 BaSchweiz Med Wochenschr. 1996 May 18;126(20):855-63.
[Fluorescent in-situ hybridization technique (FISH) in the diagnosis of
Philadelphia translocation i... 阅读全帖 |
|
t**l
发帖数: 109 | 12 我想做个实验，实验组的结果是XIST down regulation，能用QPCR做XIST吗。还是需要
做RNA IN SITU？想找一个比较routine的方法测量XIST
male cell 会有XIST吗？还是说只有femail才有xist |
|
m******g
发帖数: 467 | 13 Science 14.03.21
推荐：
1. Highly Multiplexed Subcellular RNA Sequencing in Situ
稍微了解一下：
1. Epistasis and Allele Specificity in the Emergence of a Stable
Polymorphism in Escherichia coli
小知识：
1. From Parasitism to Mutualism: Unexpected Interactions Between a Cuckoo
and Its Host
Lower predation-induced falure due to repellent secretion by cuckoo chicks
2. Humans Can Discriminate More than 1 Trillion Olfactory Stimuli |
|
a*****n
发帖数: 2835 | 14 这个是荧光的吧？听过一次产品推广讲座，说很适合做定量，还可以做in situ
western，希望以后有机会用 |
|
n****x
发帖数: 11 | 15 Fresh PhD or less than 2 years of postdoc experience. No background
limitation. Sponsor H1B.
Please send resume to [email protected] with title "Application for Scientist
Position"
Thanks.
Job description listed below
Position Description
We seek a highly creative and energetic Scientist to join our R&D team. You
will work within a highly dynamic group to develop and optimize new assays
based on our RNAscope technology and work closely with our commercial team
to identify and support customer needs.... 阅读全帖 |
|
|
s********8
发帖数: 619 | 17 不是经常做frozen section,有个问题始终没搞清楚,就是切好的slides如果不是马上用
的话,是dry overnight以后再放到-80C,还是切好了直接放?是要做in situ用的,希望
RNA能保存时间长一点.请大牛指教. |
|
s********8
发帖数: 619 | 18 我们这里不做paraffin section的.我一直以为冷冻切片做in situ 比paraffin好,难道
不是吗?是OCT包埋的.
you |
|
d*********e
发帖数: 876 | 19 可以dry一会儿就直接放－80C，但是一定要注意把切片盒密封好，这样复温时就不会有
condensation把切片弄湿。
重要的切片我都是两张背靠背放到50ml的conical tube里盖紧，一周内做 in situ 的
话放四度冰箱都没问题。 |
|
w******e
发帖数: 1187 | 20 Am J Clin Pathol. 2013 Nov;140(5):736-46. doi: 10.1309/AJCPJTWK07FSABRJ.
Ultrasensitive RNA in situ hybridization for detection of restricted clonal
expression of low-abundance immunoglobulin light chain mRNA in B-cell
lymphoproliferative disorders.
Tubbs RR1, Wang H, Wang Z, Minca EC, Portier BP, Gruver AM, Lanigan C, Luo Y
, Cook JR, Ma XJ. |
|
T*****e
发帖数: 247 | 21 有几种办法：
1. in silico预测，我不知道你对这个基因了解多少，但你如果大概有点概念的话，几
个常见的信号通路你可以测试一下，筛一筛，运气好的话发现点什么，然后顺着这个信
号通路往下走，可能有几个转录因子，你就可以直接找它的
binding site了，然后你回来用实验验证：westernblot， immunostaining， q-PCR
， in situ hybridization等等
还有如果你那个细胞、组织已经有现成的chip-seq数据库，你也可以直接先找找看有没
有binding峰嘛
2. 构建reporter直接进行筛选，luciferase或荧光reporter都行，这个可以向1一样有
针对性的筛，也可以大规模的盲筛
3. yeast one hybridization 这个要看运气了
不知道大家有没有什么更好的办法，欢迎一起探讨 |
|
z****u
发帖数: 1007 | 22 你你的probe是conjugate的什么的，ALPase? biotin? HRP? fluorescence? 如果是
ALPase, 也许有内源性的ALPase. 这种情况你一样可以看到信号。但background会很
高。
ISH这技术相当tricky.事先的optimization极其重要，不然啥结果都有可能出来。我现
在是能不做ISH就不做。tissue的ISH对我们来说是标准. 看起来你做得是cell. |
|
r*********n
发帖数: 8 | 23 不是ISH大牛。我猜一下原因：有没有可能在转染的细胞上面，anti-sense杂上的是
mRNA和质粒模板，而sense杂上的只是质粒模板？所以sense信号略弱
在组织切片上两个都有信号是否可能是probe太长了导致非特异结合？或者probe加的有
点多，洗的不干净？
至于不同组织的差异，我暂时想不到合理的解释。是否可以做个RT-PCR啥的实验确定组
织表达的pattern? |
|
g*****n
发帖数: 250 | 24 There is nothing unusual if both anti-sense and sense probes light up. Some
genes do get transcribed from both strands. The sense and anti-sense
transcripts can be in the same tissue, but may or may be in the same cell. |
|
s****9
发帖数: 932 | 25 你能够举个例子吗？
什么基因可以同时2个方向被transcribe
谢谢
Some
|
|
|
|
T*G
发帖数: 600 | 28 without consent 是说一作不同意，明显知道啊，这是撤稿的通用稿 |
|
D***1
发帖数: 200 | 29 我觉得明显是后面两个作者在黑Chunhui Luo，因为Chunhui Luo跳到了对手公司里了。 |
|
b*****n
发帖数: 1841 | 30 本来文章就是蛋白免疫荧光，一reviewer要求做原位杂交，但是这个技术活没学精。能
不能在修回前跟editor argue说做这个实验不解决问题，所以不做？
谢谢！ |
|
|
|
N*********6
发帖数: 2302 | 33 懂你的意思。
但是我这生物bench出生的人，我就是无法想象，没有bench work的验证，没有clinic
trial,,,这simulate出来的东西怎么靠谱。。。
我可能比较narrow minded, 听说in situ 现在是机器做？？读片子也机器人么？
你说，我们当时无法想象农民不用下田。。。我们的生物会和农业的变格那么历害么？
老鼠总是要养的（农民的地总是在吧）。。。
我和我师兄是这么看的，所以我们当时选择了纯生物。。不过，我们都穷。。面对财米
油盐和一日三餐，真的羡慕妒忌恨那些bioinformatics 的，只能默默地骂自己傻逼，
1000次。。
世界很操蛋，我们被轮奸几百回了，一点儿没有反抗能力，只能当键盘俠。。 |
|
j*****u
发帖数: 285 | 34 Allen Brain Atlas上有in situ可以知道大概表达情况，想用来justify为什么选了那
个基因来做，文章里说一下就可以了吗?然后refer到网页?
我老板好像要我把data放进supplemental figure 中，这样有版权问题吧？
多谢！ |
|
f***e
发帖数: 332 | 35 http://www.jianshu.com/p/baa30697fc6a
什么是2015年最受科学界关注的新技术？
图片来自：nature.com
导语：
每年的岁末年初，《自然》杂志旗下子刊《自然·方法》（Nature Methods）都会盘点
当年的年度科学技术。2015年最受关注的技术为冷冻电镜技术（cryo-EM），此前呼声
很高的CRISPR/Cas9基因编辑技术未能折桂。
在冷冻电镜的这场技术革命中，华人科学家功不可没，在某些方面甚至独领风骚，做出
了诸多重大成果。
文 |张凯（剑桥大学MRC分子生物学实验室博士）
●●●
细胞里面的生命活动井然有序，每一个部分都有其特定的结构，承担不同的功能。生物
大分子则是一切生命活动的最终执行者，它们主要是核酸和蛋白。核酸携带了生命体的
遗传信息，而蛋白是生命活动的主要执行者。自现代分子生物学诞生以来的半个世纪里
，解析和分析生物大分子的结构、进而阐释其功能机制一直都是现代生命科学的核心问
题之一。
事实上，一切自然科学都涉及物质结构及结构间的相互作用为核心的研究方向，天文学
研究宇宙、星体等的结构及其相互作用，粒子物理研究物质世界... 阅读全帖 |
|
c*********r
发帖数: 1312 | 36 “particularly these in the noncoding regulatory regions. ”
有意思！
看了实验室网页，有几个问题想请教一下，
1. 关于TFBS和promoter的预测，在人和老鼠以及不同的TF，预测的准确率大概在什么
范围？
2. 你们的预测算法和软件，可以应用在其它生物里吗？比如说海胆。。。。
3. 之所以提海胆是因为 1）海胆里的gene regulatory network（GRN）研究其实很有
历史也很详尽，尤其是早期胚胎发育的TF和signaling对基因表达的调控，但是大多数
做人和老鼠的对这个领域可能不了解。比如Eric Davidson的这些成果：
http://sugp.caltech.edu/endomes/
和一般的GRN研究不同，链接里每个网络的每条线一般都是有严格的实验证据支持的，
比如knockdown，over-expression，cis-regulatory analysis之后的in situ
hybridization, QPCR等等。而不是预测的结果。
还有2）海胆胚胎是经典动物模型，三个胚层分化很简单... 阅读全帖 |
|
c*********r
发帖数: 1312 | 37 受益颇多！
我也是最近分析自己的RNA-seq数据，想到TFBS这个问题。
我得到很多基因可能是被wnt/beta-catenin激活的。beta-catenin不是直接的TF，只是
co-factor，结合了TCF/LEF之后才激活下游基因表达。所以接下来很自然的发现，在随
机检查过的十多个基因第一个exon的上游，有很多predicted TCF binding site。我看
了上游3K的样子，没有海胆的TFBS预测软件，只好纯人工找。。。
然后我就在想那么control是什么？那些下调的或者其它细胞里没有被上调的基因？结
果我又手动检查了十个左右基因，我了个去，同样也有类似水平的TCF binding site。
。。后来老板提醒才想起来，TCF结合了起到抑制作用，后来beta-catenin结合上去了
才会有转录。所以真的就像你说的，binding不等于对基因有直接的调控啊！
这样看来，像我们海胆领域，每做一个TF的knockdown，overexpression都要做一大堆
in situ来看哪些基因真正受到调控，虽然费时费力，但是真的是最直接的证据。这点
上不得不佩服Er... 阅读全帖 |
|
b********g
发帖数: 46 | 38 接着讨论。
in situ chromatin 研究的局限性，in vitro reconstituted chromatin顶多能到30-
nm chromatin，higher order chromatin structure始终无法得到研究。我只好重新都
chris woodcock的文章，寻找突破口。我觉得突破口只能是chromatin extraction。无
法做到native,做到无损那是可以的。No MNase digestion, no sonication, no
centrifugation, no filtration, no glutaraldyhyde fixation。我提取的
chromatinc长达100 微米。AFM，TEM下，bead-on-a-string structure清晰可见。三维
重构后，30-nm double double helix structure清晰可见。总之，前人的研究结构，
我都看到了。
我观测到的chromatin structure在人的，老鼠的，健康的，癌细胞的种种条件下，都
可以反复验证。我能证明30-nm c... 阅读全帖 |
|
|
m*******s
发帖数: 3142 | 40 This article is unavailable on ScienceDirect at the moment. |
|
d********m
发帖数: 3662 | 41 这个通讯深得一公精髓，一大堆貌似访学共同一座堆出一篇cell Resource article。
都是类似的东西发cns，看看别人Nancy kleckner，job dekker，Erez liberman是怎么
做的。那些才是为了提供好的training，而不是就是纯粹堆出一篇牛文章。 |
|
|
|
s******y
发帖数: 17729 | 44 【 以下文字转载自 Military 讨论区 】
发信人: rbs (jay), 信区: Military
标 题: 诺委会太不像话了 (转载)
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Oct 4 10:58:51 2017, 美东)
发信人: rbs (jay), 信区: Joke
标 题: 诺委会太不像话了
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Oct 4 10:23:52 2017, 美东)
尼玛87篇参考文献就不能加一篇施教授或能教授的CNS？
References
1. Ruska, E., Nobel Lectures, Physics 1981-1990, Tore Frängsmyr and
Gösta Ekspong, Eds. (1993) World Scientific Publishing, Singapore
2. Marton, L. (1934) Electron microscopy of biological objects. Nature
133, 911-911
3. Althoff, T., Mi... 阅读全帖 |
|
c*********l
发帖数: 25 | 45 International Journal of Mineral Processing
Volume 26, Issues 3-4, July 1989, Pages 259-274
In-situ FTIR study of ethyl xanthate adsorption on sulfide minerals under
conditions of controlled potential
J.O. Leppinen, C.I. Basilio and R.H. Yoon |
|
m***c
发帖数: 637 | 46 招聘：世界500强上海研发中心诚聘以下物理化学生物医药海外留学人士。
If you are interested, please email your CV to d****[email protected] with the
position that you are applying as the title.
Assistant Research Scientist-Food Science
Assistant Research Scientist-Polymer
Assistant Research Scientist-Polymer
Assistant Research Scientist-Rheology in Deposition
Assistant Research Scientist-Water Purification
Assistant Research Scientist –Deposition
Product Development Technologist-Skin GDC护肤类产品开发研究(For Skin
Category)
Research Associate (Me... 阅读全帖 |
|
y*****r
发帖数: 208 | 47 Can any one suggest a mild reductive method to transform quinone to phenol
form? If the phenol can do alkylation in the same step that would be even
better. Thanks, |
|
s****y
发帖数: 4 | 48 it depends on your need and the reactivity of your quinone. in some cases, a
ortho-quinone can be reduced to a catechol by cyclohexadiene in mild
conditions. |
|
|
|
