d*p
发帖数: 534 | 1 I guess you don't have much background of cell therapy. So far, only the
therapy with the Y-chain recovery in stem cell is oncogenic, and the main
reason is because strong signal of Y chain itself induces lymphoma instead
of the viral integration. For all the T cell or DC therapies which have been
in clinical for a long time, 0 case with lymphoma.
Well, I still agree with you on the concerns of using in stem cell
therapy. For my understanding, once the stem cell in the therapy will not
pro... 阅读全帖 |
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D***y
发帖数: 693 | 2 check this out:
Reprogramming of murine and human somatic cells. Bryce W. Careya,b, Styliani
Markoulakia, Jacob Hannaa, Kris Sahaa, Qing Gaoa, Maisam Mitalipovaa,1,
and Rudolf Jaenischa,b, PNAS 2008
using a single polycistronic vector |
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P****d
发帖数: 564 | 3 In a way, these are just a new form of genetic screens in place of classical
genetics that are not applicable to human or somatic mutations. Methods
are falling behind to make sense of the hits. |
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d*******j
发帖数: 64 | 4 首先，你需要matched normal，比如此病人的白细胞或正常组织DNA。如果你是给这个
病人服务，那你只要找到这个sample的somatic mutation就可以，有可能成为治疗的靶
或者检测病情的marker。如果你要研究这个rare cancer type，那至少需要8-10对样品
，找找有没有什么新的基因在多个样品中都有突变。genomic测序的话不需要那么高的
coverage，如果只是找突变的话做exome测序也可以。
义? |
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s******y
发帖数: 28562 | 5 呵呵呵，很多人发这些什么衰老的文章都是用来骗funding 的。
人类的衰老，我觉得本质上是个代谢问题，各种代谢废物（misfolded protein,
somatic mutant, oxidative stress, harmful matabolites, blah blah) 积累多了导
致的功能衰竭呗。
但是如果这么讲的话会骗不到funding, 所以大家都拼命的往分子机制上靠，个个都声
称他的那个pathway 是防止衰老的金钥匙。 |
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k*****d
发帖数: 12 | 6 参观回来汇报一下。
公司不大，一起去的同事数了一下椅子，有30把左右，还有空着的办公桌和椅子。
没有wet lab，一间大办公室加几个小会议室。
可以把你的DNA sample给他们，他们给你找测序公司去测序，我的印象是送到Illumina
还有BGI或者类似的地方。
Alignment和call variants这些步骤就是用open source的软件，比如BWA和GATK。他们
的主要工作是用他们的数据库帮你annotate你的sample的variants，比如是不是已知的
somatic mutation或某个GWAS study里发现的相关SNP，这部分叫knome variant。这个
数据库包括已经报道的variants, 比如cosmic，还有一些文献报道的数据，但他们没有
力量跟踪所有的pubmed的文章。这个数据库和它的客户端的程序都可以卖给你，数据库
是SQLite，就放在local hard disk上，你也可以自己写SQL statement。还有一部分叫
knome pathway，帮助分析你的那些variants有没有集中在某些pathway里。 |
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y******6
发帖数: 60 | 7 去年发在cell stem cell的文章用miRNA302/367cluster生成iPS, 号称效率提高100倍
，不知道版上有没有大牛有hand-on的经验可以如实告知效果到底如何？
谢谢
cell stem cell Volume 8, Issue 4, 8 April 2011, Pages 376–388
Highly Efficient miRNA-Mediated Reprogramming of Mouse and Human Somatic
Cells to Pluripotency
* Frederick Anokye-Danso1,
* Chinmay M. Trivedi2,
* Denise Juhr5,
* Mudit Gupta2,
* Zheng Cui1,
* Ying Tian1,
* Yuzhen Zhang1,
* Wenli Yang1, 4,
* Peter J. Gruber3, 4, 5,
* Jonathan A. Epstein1, 2, 3, 4,
... 阅读全帖 |
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s******y
发帖数: 28562 | 8 在我那个回复里的"they" 是指用NGS 作somatic mutation 的那些人，不是指
帖子标题相关的文章里的那些人。 |
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p*****m
发帖数: 7030 | 9 microarray时代大家对somatic mutation 和cancer的关系也是搞过不少研究的啊 我觉
得你说的这个样品量的问题不太成立 single cell microarray都做得了的 |
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V***b
发帖数: 3419 | 10 “其他的组织”也会有这个somatic mutation的。就算没有，这个mutation也不见得是
病因，各个组织的微环境/细胞群很不同。在这个问题上，没有perfect control。 |
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o********r
发帖数: 775 | 11 Then the mutation is called a "germline" mutation, not a "somatic" mutation.
It is impossible to identify driver mutations from bioinformatics alone
using a single patient. |
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o********r
发帖数: 775 | 12 For diseases not related to blood, blood cells are a good candidate for
germline sample.
How to use the WGS data is a big issue in this NGS era. One common strategy
used in paired tumor/germline analyses is to compare the mutation spectrum
across multiple patients (from the same cohort or at least same disease type
/subtype) to identify recurrent mutations, which provides leads to wet lab.
If you think bioinformatics alone can give you the definite answer for
driver mutations, probably you will... 阅读全帖 |
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s******y
发帖数: 28562 | 13 在我那个回复里的"they" 是指用NGS 作somatic mutation 的那些人，不是指
帖子标题相关的文章里的那些人。 |
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p*****m
发帖数: 7030 | 14 microarray时代大家对somatic mutation 和cancer的关系也是搞过不少研究的啊 我觉
得你说的这个样品量的问题不太成立 single cell microarray都做得了的 |
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V***b
发帖数: 3419 | 15 “其他的组织”也会有这个somatic mutation的。就算没有，这个mutation也不见得是
病因，各个组织的微环境/细胞群很不同。在这个问题上，没有perfect control。 |
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o********r
发帖数: 775 | 16 Then the mutation is called a "germline" mutation, not a "somatic" mutation.
It is impossible to identify driver mutations from bioinformatics alone
using a single patient. |
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o********r
发帖数: 775 | 17 For diseases not related to blood, blood cells are a good candidate for
germline sample.
How to use the WGS data is a big issue in this NGS era. One common strategy
used in paired tumor/germline analyses is to compare the mutation spectrum
across multiple patients (from the same cohort or at least same disease type
/subtype) to identify recurrent mutations, which provides leads to wet lab.
If you think bioinformatics alone can give you the definite answer for
driver mutations, probably you will... 阅读全帖 |
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s******y
发帖数: 28562 | 19 几乎没有可能。
最多是某些极端例子比方说somatic mutation。 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 20 please try direct micro injection donor mtDNA to your target organism.
please refer
Takeda K et al
Influence of Intergeneric/interspecies Mitochondrial Injection; Parthenogenetic Development of Bovine
Oocytes after Injection of Mitochondria Derived from Somatic Cells. (2012)
J Reprod Dev. 2012 Mar 9. [Epub ahead of print]
PubMed link:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22447326
Ps:
two us mentors of this aspect in Auburn University
College of Veterinary Medicine
Auburn, Alabama
a) MICHAEL H. IRWIN... 阅读全帖 |
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c********e
发帖数: 598 | 21
Even if you can detect thousands mutations from "溶解在血浆里的DNA",how to
distinguish cancer or somatic mutation due to aging? |
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Z**********g
发帖数: 222 | 22 大部分突变都是somatic或sporadic的，非familial/hereditary的，没有瘤子，怎么测
这些突变？
， |
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D******9
发帖数: 2665 | 23 同意楼上的观点，对特异的肿瘤还是有通性， 并不是随机突变的。 Wnt通路研究了几
十年， 现在有一个能特异性的抑制该通路的药了吗？ 这些通路突变在中间， 最后都
是转录因子在核内调控。 确实很难弄？
而且真象大家说的这些突变几乎都是somatic cell mutation, 除了遗传突变外， 你也
不知道测哪个细胞的序列。 |
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i*********0
发帖数: 915 | 25 问问牛人：ES 细胞的transcriptome是不是比adult stem cell和somatic cell的
transcriptome更加的复杂，而且错误比较多（比如exon inclusion， etc）？
最近用ES 细胞来源的CDNA 做RT，发现扩增的gene 产物，很多奇怪的序列，大部分是
exon inclusion。 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 27 This Year Nobel prize original contribution Oxford defeated LMB MRC of
Cambridge
pls refer
Professor Sir John Gurdon, FRS, was educated at Eton, where he did Classics,
having been advised that he was unsuited for science. He was accepted at
Christ Church, Oxford on Classics entrance, but switched to Zoology (Head of
Department, Sir Alister Hardy). He did he Ph.D. with Michael Fischberg on
nuclear transplantation in Xenopus. He obtained the first clone of
genetically identical adult animals. He d... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 28 >ESC是一个动态变化的cell
population（或者说其heterogeneity非常大），即使subcloning以后，一个cell pool
里，各个细胞之间差别可能比我们想象的要大———无论是transcriptome水平，还是
epigenetic水平——但这一点，估计得靠singel cell analysis来验证的。
Sure
plus Monte Carlo Markov Chain Stochastic approch
pls refer
Hanna J et al. (2009)
Direct cell reprogramming is a stochastic process amenable to acceleration.
Nature. 462: 595-601.
link:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19898493
or
Max Flöttmann et al. (2012)
A Stochastic Model of Epigenetic Dynamics in Somatic Cell R... 阅读全帖 |
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a*******a
发帖数: 4233 | 29 额， 我是听shi 实验室的人说的。
我听到的版本是，当时不是发现了tet1， 是通过薄层层析发现了有一个莫名的blot，
当时不知道这个点是hmc。 后来不知为何没有做下去。后来那个薄厚跳到rao那里。 一
作是不是他我没有细查， 想当然了不好意思。shi的cell res确实是跟风。
我不认为文章的思路和做的顺序就是一致的。
可能是先发现了有hmc存在， 然后通过blast找可能包括这些function domain的蛋白，
然后再反过头来做function loss。
zhang yi那篇的后半部分是有问题的， 当时大家都在诧异，别人ko mouse都出来了，
他的knockdown怎么会让es分化的那么厉害。。
至于后面的。。
我们实验室也在做tets， 很早就观察到雌雄原核的现象了。。。。 因为种种原因最后
没做。。。 当时做hmc在肿瘤样本中的组化，有明显的预后差异。我做的是tet1在
somatic里的功能， 坑的要死。。 做了两年都不做了。想想胸闷啊。
随手写了点表达不清， 不好意思。
research |
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p*****h
发帖数: 36 | 30 我3个月前用cbio portal分析一个基因，同一个氨基酸位点在好几个病人中重复出现。
但
是，这个月发现TCGA data更新了，这个突变不见了。。。 大家觉得是之前的somatic
mutation caller出错了，但是现在的把这个突变过滤掉了哦。。。 是不是需要分析
raw data? |
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N******n
发帖数: 3003 | 31 The somatic mutation data is provisional in TGCA, may changed after confirm. |
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a**m
发帖数: 184 | 32 难道call出来以后不去验证call的对不对么？benchmark不说，最起码去看一眼原始测
序文件啊
somatic |
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d****n
发帖数: 1637 | 33 Is it different from CNVs(copy number variants),
or just synonymous?
these two terms confused me.
anyone can guide me though a little bit?
thanks |
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d****n
发帖数: 1637 | 34 got it thanks.
it is cancer sample. |
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i****g
发帖数: 3896 | 35 北大邓宏魁和汤超发的：
邓宏魁与汤超研究组在《细胞》（Cell）发表封面论文报道细胞重编程过程中的创新方
法和理论
日期： 2013-05-27 信息来源： 生命科学联合中心
北京大学生命科学院邓宏魁研究组和北京大学定量生物学中心汤超研究组合作，首次证
明小鼠体细胞重编程可由调控分化的基因完成，并在此基础上提出细胞命运转变的“跷
跷板模型”。2013年5月23日，该成果研究论文“Induction of pluripotency in
mouse somatic cells with lineage specifiers”于《细胞》（Cell）期刊以封面文
章形式在线发表。《细胞》同期还配发了希伯来大学Nissim Benvenisty教授对于该工
作的评论文章。
“Seesaw模型”的landscape图
细胞命运决定的“跷跷板模型”
2006年，日本科学家Shinya Yamanaka发现向小鼠体细胞转入胚胎干细胞特异因子（
OCT4, SOX2, KLF4, c-MYC）可以完成体细胞的重编程。在此之后，细胞重编程领域普
遍认为向目标细胞状态的转变需要靠在目标状态中特异高表达的... 阅读全帖 |
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i****g
发帖数: 3896 | 36 邓宏魁今年爆发了，又一篇Science：
《科学》（Science） 杂志发表北京大学邓宏魁团队的重大研究成果——使用小分子化
合物逆转“发育时钟”
日期： 2013-07-18 信息来源： 生命科学学院
7月18日，国际学术权威杂志Science杂志（Science Express）刊登了北京大学生命科
学学院邓宏魁教授和赵扬博士带领的研究团队在生命科学领域的一项革命性的研究成果
——用小分子化合物诱导体细胞重编程为多潜能干细胞。该成果开辟了一条全新的实现
体细胞重编程的途径，给未来应用再生医学治疗重大疾病带来了新的可能。
在这项研究中，邓宏魁团队仅使用四个小分子化合物的组合对体细胞进行处理就可以成
功地逆转其“发育时钟”，实现体细胞的“重编程”。使用这项技术，他们成功地将已
经特化的小鼠成体细胞诱导成为了可以重新分化发育为各种组织器官类型的“多潜能性
”细胞，并将其命名为“化学诱导的多潜能干细胞（CiPS细胞）”。
哺乳动物细胞只有在胚胎的早期发育阶段具有分化为各种类型组织和器官的“多潜能性
”，而随着生长发育成为成体细胞之后会逐渐丧失这一特性。人类一直在寻找方法让已
分化的成体... 阅读全帖 |
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C***2
发帖数: 62 | 37 http://www.nature.com/ncb/journal/vaop/ncurrent/full/ncb2765.ht
Sequential introduction of reprogramming factors reveals a time-sensitive
requirement for individual factors and a sequential EMT–MET mechanism for
optimal reprogramming
Abstract:
Present practices for reprogramming somatic cells to induced pluripotent
stem cells involve simultaneous introduction of reprogramming factors. Here
we report that a sequential introduction protocol (Oct4–Klf4 first, then c-
Myc and finally Sox2) outperfor... 阅读全帖 |
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s*****3
发帖数: 20 | 38 milandream82--Thank you for sharing information about Seqscape. Do you know
if the software works for somatic mutation analysis of Sanger sequencing?
I was wondering if it could automatically call mutations at 20% or lower
percentage (if so, what is the limit of detection?). Thanks in advance. |
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S*********s
发帖数: 304 | 39 Rudolf Jaenisch lab用T2A, P2A把四个ONSM是个factor放到了一个载体上同时表达四
个ORF.
Reprogramming of murine and human somatic cells using a single polycistronic
vector
Bryce W. Careya,b,
Styliani Markoulakia,
Jacob Hannaa,
Kris Sahaa,
Qing Gaoa,
Maisam Mitalipovaa,1, and
Rudolf Jaenischa,b,1
http://www.pnas.org/content/106/1/157.abstract |
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m*****7
发帖数: 366 | 40 我是做Pancreatic Cancer genetics方向的，包括像germline genetic variant/
mutation (GWAS和whole exome sequencing)，somatic genetic variants都有涉及，
欢迎也是做胰腺癌genetics一块的同行（包括population/clinic level或basic
science level）一起合作讨论。
多谢！ |
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l*******i
发帖数: 153 | 41 这确实是个突破，但是关键的问题还需要回答：这些小分子化合物的安全性如何？会不
会导致genome instability?
另外，如果用造血干细胞，或神经干细胞等，小分子化合物的种类或许可减少至1-2种
即可产生iPS cell。两年前在某小杂志上有一篇文章比较了小鼠的各种somatic cell,
结果显示在Sox2，Klf4 and Myc高表达的细胞中，只需要用VPA刺激一段时间（不需要
任何外源性转录因子），iPS colony就会出现。 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 42 Don't sigh
within one dozen Ys,
some marine organism compounds might can replace Yamanaka S those key
factors even within human iPS reprogramming. Compare to land organism marine
source might be better to reverse programming to somatic cell to iPS
process. |
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E**********t
发帖数: 56 | 43 Xuebiao Yao, Dasheng Li and Gang Pei recently wrote an essay to Nature
Review in MCB Which is entitled “In focus: molecular and cell biology
research in China”. Here is the link: http://www.nature.com/nrm/journal/v14/n9/full/nrm3638.html In this article, they discussed the past, present and future of molecular and cell biology research in China. One part which interested me is the key MCB discoveries in China. Although most of the work are nice and likely solid work, few of them are breakthrough... 阅读全帖 |
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l****n
发帖数: 844 | 45 我很好奇现在有没有公认的说法,认为在cancer research和在临床上, SV/CNV和
somatic mutation 相比哪个用处更大或者更准确/更有临床价值
从技术应用来讲, array 用于SV/CNV也不见得比NGS差,但是rare mutation来说NGS明显
有前途,甚至比RT-PCR更有前途
,
might |
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h********8
发帖数: 49 | 46 索性把我最近看的文献的摘要发出来。有谁看到有趣的做癌症诊断的公司，麻烦告诉我
一声哈。谢谢！
约翰斯•霍普金斯大学Kimmel癌症中心
（文献1， 2012年11月） 不依赖于已知癌症基因组成而检查肿瘤DNA的方法。研究人员
从取自10位结肠癌和乳腺癌患者的血液标本里分离出DNA。然后，他们使用下一代DNA测
序技术读取了血液DNA中的全部基因组。结果显示，癌症患者的血液DNA都出现了染色体
拷贝变化和重排，而10个健康对照组成员的DNA没有异常。
癌症患者血液中来自肿瘤的DNA所占比例从1.4%到47.9%，差异很大。这种新检测法还可
能需要从肿瘤DNA低于0.1%的血液样本中检查出小的、可治愈的肿瘤。只需要做更多的
测序就能克服这些困难。这项实验有望在未来5到10年内用于临床
（文献2，2013年1月）利用常规巴氏检测（Pap test）获得的宫颈分泌物来检测卵巢癌
及子宫内膜癌。在一项初步研究中，研究人员采用这种命名为“PapGene”的测试方法
，依靠全基因组测序癌症特异性突变，检测出了全部24个子宫内膜癌，以及22个卵巢癌
其中的9个，准确率分别为100%和41%... 阅读全帖 |
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D*a
发帖数: 6830 | 47 Deterministic direct reprogramming of somatic cells to pluripotency
Yoach Rais1*, Asaf Zviran1*, Shay Geula1*, Ohad Gafni1, Elad Chomsky1,
Sergey Viukov1, Abed AlFatah Mansour1, Inbal Caspi1, Vladislav Krupalnik1,
Mirie Zerbib1, Itay Maza1, Nofar Mor1, Dror Baran1, Leehee Weinberger1,
Diego A. Jaitin2,
David Lara-Astiaso2, Ronnie Blecher-Gonen2, Zohar Shipony3,4, Zohar Mukamel3
,4, Tzachi Hagai5, Shlomit Gilad6,
Daniela Amann-Zalcenstein6, Amos Tanay3,4, Ido Amit2, Noa Novershtern1 &
Jacob H. Ha... 阅读全帖 |
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m******g
发帖数: 467 | 48 这期Nature好赞！
Nature 14.1.30
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1) Bidirecti... 阅读全帖 |
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m******g
发帖数: 467 | 49 这期Nature好赞！
Nature 14.1.30
非常推荐：
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m******g
发帖数: 467 | 50 PNAS 14.05.06
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