r**********e
发帖数: 587 | 1 WXS? whole exome?
是的我很赞同。我就是在找基于WGS成功寻找到疾病相关的CNV/SV的例子。
因为关于WGS的methodology已经发展了好多年了，估计从2009年到现在都五六年了，看
到一篇篇bioinformatics的方法学发的热火朝天。但却没看到什么在疾病里的运用，不
挺可笑么。另外，whole-genome seq到现在都没有普及么？比如测个20个WGS这个对于
一般lab都无法承受么？ |
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g*****n
发帖数: 241 | 2 请问我给线虫做了EMS screen之后能否直接把若干个mutant line直接做WGS，然后看哪
些基因有重复出现的突变，以此作为causal mutation的candidate？请问这样的做法是
否可行，价格是否会很贵？
谢谢
PS: 我的突变体因为reporter的原因，做back cross太费时，如果用Hawaiian杂交然后
WGS/SNP的话也不好做。所以考虑用直接WGS省时间。如果大家有其他mapping的方法的
话也请告知。谢谢 |
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u*********1
发帖数: 2518 | 3 拿到某疾病sample的whole-genome sequencing数据，鉴定出SNP；其实不仅SNP，各种
structural variants我也搞到了手上。
请问然后做什么呢？
和已经有的database比较挑出rare variants？
然后看这写variants影响了什么coding region？
甚至和DNAse 1 hypersensitivity或者eQTL比较来找影响到了什么noncoding region？
我感觉WGS之后的下游genetic basis分析然后来找什么致病位点挺傻的，大部分
noncoding region我们都搞不清楚是什么功能。然后作为bioinformatician能做的就这
么多了，不晓得在biology/medicine角度还有什么可以继续探究的思路？
另外，如果我拿到100个甚至500个WGS的data，又应该怎么做呢？做population
genetics？
请前辈高人指教！
谢谢 |
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s******s
发帖数: 13035 | 4 WGS比较贵，现在还是WXS比较多，很多disease可能就没做WGS。
不过慢慢会有的。其实做染色体易位，CNV和disease的那么多，后面
都可以看成SV相关啊 |
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s******s
发帖数: 13035 | 5 贵啊。不像exome现在都进clinical了，自然几千上万的测。
WGS这种，前两年还是太贵，做research只有玩玩。
1000 genome这种大project, 才敢做low-pass; TCGA这种超有钱的，只有
4000个，超过一半是low-pass. 现在大consortium做这个玩意儿还属于
pilot阶段，关键还是对治疗来说，WXS找到的东西actionable, WGS就算
找到也多半瞎瞪眼，这玩意现阶段只有小打小闹 |
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l****n
发帖数: 621 | 6 恩，换了一个。柜台的人说去任何一个WGS都可以换。 |
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D****a
发帖数: 725 | 7 请问这个现在wgs这周还可以吗？我只看到是上周flyer上有的deal |
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r**********e
发帖数: 587 | 8 看到一堆whole-genome sequencing寻找structural variation的文章，但大部分的都
是methodology；然后1000genome测了几千个正常人的SV
但我搜了半天都几乎没看到有什么具体的disease（貌似有几个cancer tumor的），说
某个病通过WGS寻找到新的SV的。（已知SV然后验证的不算）
或许是我搜索能力太差？
谢谢 |
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i*e
发帖数: 352 | 9 我们用WGS忽悠noncoding regulatory，然并卵 |
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s*******n
发帖数: 12995 | 10 ☆─────────────────────────────────────☆
sky (天) 于 (Fri Apr 20 02:17:29 2012, 美东) 提到:
1000个！ 真能挖啊！
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er (月光--每月钱花光光) 于 (Fri Apr 20 02:20:00 2012, 美东) 提到:
妈呀，你要不是在这挖坑的话，就是去挖CLAM祖坟的。
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Vestforever1 (厨房里的枪) 于 (Fri Apr 20 02:20:47 2012, 美东) 提到:
实话和经验告诉你，认罪给钱，你可以请律师上庭，你的那个Mason County我很了解，
因为以前去过，不要告诉我抓你的Ranger是个年轻人。
1000
15
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Winner2011 (小崔) 于 (Fri Apr 20 02:23:24 2012... 阅读全帖 |
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d*********e
发帖数: 52 | 11 从大约三年前开始， 笔者偶尔听到“世界金融集团”world financial group的名字（
以下简称WFG），知道它是一家关于金融保险类别的企业， 走的是多层次市场的行销模
式。 但是由于很少身旁亲友和熟人是WFG客户， 所以也没有多加留意。
但是近一年来， WFG却如同井喷般发展， 笔者许许多多朋友， 热衷于参加各种各样金
融培训和执照培训。 详加追问， 都和WFG各个社区办事处举办的活动有关。 不少熟人
， 因为我是财经报道背景出身， 也常常咨询：“最近出了一个新公司的新产品，据说
很多功能， 退休养老保险基金全包， 您帮我们看看？”，递过来的企划书和文案，
赫然也是WFG标志。 让我感觉的这个组织的庞大和无处不在。
笔者作为经济新闻写手， 收到越来越多保险从业人士和消费人士的内部消息和抱怨。
对这个横空出世，总部位于亚特兰大郊区的JOHNS CREEK, 号称挂钩保险从业人员高达
15万人的“多层次市场推销”（multi-level marketing network）组织产生了浓厚的
兴趣和疑问。
疑问最主要集中以下几点：
1 如此庞大的金融机构， 从业人员超过美国的... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 12 Bioinformatics lab http://jjwanglab.org at Mayo Clinic Arizona is recruiting outstanding
candidates for postdoc/staff positions in bioinformatics and computational
genomics. The lab is affiliated with Department of Health Sciences Research
and Center for Individualized Medicine, Mayo Clinic Arizona and Department
of Biomedical Informatics, Arizona State University.
We currently focus on two main areas:
1) integrative analysis of multi-dimensional OMICs data for gene regulatory
network inferenc... 阅读全帖 |
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l******a
发帖数: 16364 | 13 ☆─────────────────────────────────────☆
cocaok (jiejie) 于 (Sat Apr 21 02:14:33 2012, 美东) 提到:
自己是个全职妈妈，带着两个孩子。在我现在的学校，象我一样F2在家带孩子的很少，
女的techinician 的工作的特别多。大多都是父母过来帮忙。遇到一些事情，提醒一下
子女：
在图书馆：常常是爷爷姥姥什么的带着孙子互相吆喝的去听故事，常常大声地讲话，大
声地吆喝孩子，或者赶着给孩子喂吃的，讲故事的老师要求了好多次quiet，但是没有
老人听得懂，继续吵吵闹闹。很多人皱眉。子女真的有责任告之自己的父母一些公共场
合的行为规范。
在教会： 这里每个星期有教会的免费活动。老人们呆着孩子过去扎堆，活动不参加，
因为不懂英语，主要就是给孩子拿吃的，孩子弄得一地也不管。拿东西得时候，常常是
不排队，手长长的伸进去就拿。习惯性吼孩子的情况常常有。
在apartment 外面： 竟然看到有个姥姥让自己的孙子直接在草地上尿尿，半米之外就
是一群人躺在地上晒太阳，大家都惊得不知道怎么办好。自己多事提醒了一句，被... 阅读全帖 |
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u*********1
发帖数: 2518 | 14 你说的common SNP估计是GWAS的结果吧。
我才入行一年，正好碰到sequencing这个潮流，所以直接关注的都是rare mutation；
对于complex disease，基本上现在exome seq做的多的就是rare/de novo SNP，认为他
们有large effect size，可以解释autism这样幼儿疾病；这点我个人是很相信的。但
过去的GWAS所有的common SNP就都没意义吗？我觉得有些common SNP对于疾病的
susceptibility还是有贡献的，只不过是small effect size。。。所以我觉得如果有
足够多的样本，每个样本都有序列（目前当然不可能），完全可以做个sequencing-
based的association study。
其实我倒巴不得测序成本降低的慢点，这样做我们这行的就不会太吃力，有更多的时间
来“忽悠”。比如现在你要再起步做exome sequencing就都已经晚了，因为做的人已经
太多太多了。
但其实我个人觉得测序成本降低的很快，所以很快就可以做很多的whole genome
sequencing... 阅读全帖 |
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b****r
发帖数: 17995 | 15 de novo SNP 是啥？既然叫做polymorphism，那人群里起码1%，de novo怎么可能有这
么高的频率
你说SNP有small effect，理论上当然可能性是存在，但是我刚说了，起码目前做了这
么多GWAS，重复性就是非常差，绝大部分在功能上也没能解释，这个是目前的事实
至于将来的发展，还是我前面说过的，没人能预料，最安全的搞法，只能不把自己钉死
，啥热就搞啥，还有就是和医生联系起来，最好自己能拿到标本。只能仰人鼻息
至于copy number，现在做的工作还是相当少的，远远不如GWAS那种水平，你不要急于
下结论。做法的话，如果你先想到的是NGS，显然你还相当不了解这个领域，这也从另
一个角度说明了这个领域还是比较有东西可挖的。用CMA或者SNP array都可以call
copy number variation,而且比NGS便宜太多了，分辨率也不是什么10M，现在几百K可
以说很容易call出来，几十K也是常有的事。当然，现在主要还是针对基因区域。我在
clinical lab，CMA发现基因缺失或者gain并能够解释病因的比例不能说低，加上便宜
，现在来个疑... 阅读全帖 |
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n******7
发帖数: 12463 | 16 谢谢详细解答，有些是我知道的，有些细节我确实不清楚
我之前就发现TCGA的CNA主要都是array平台来的，而且很多信息不是很清楚（比如有个
cnv/nocnv的注释，去年ACCR我问了TCGA的人，也没完全说明白）
我用TCGA的data matrix 入口download过所有的lv3 data和部分lv2 data
他们那个bulk download没搞清楚怎么用...
TCGA Assembler和firebrowse都没用过，annotation database也是第一次听说
TCGA把这么重要的东西藏这么深也太挫了，我现在文章都写好了。。
我决定先投了，reviewer让QC再QC吧，结果应该只会更好
我们需要WGS data, 在TCGA dcc 只有WES的data，WGS都在cgHub
但是我们不想自己从bam开始处理，想直接拿SNV/SV的calling，这个ICGC可以提供，所
以我们需要access
昨天我想要一个很简单的统计，比如每个cancer sample，整个genome上%多少的region
是double deletion, single dele... 阅读全帖 |
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l********2
发帖数: 945 | 17 本打算这周开始搞wgs，结果星期一去的时候早已没货。wgs的东西每样好少啊，不像
cvs，old spice好几排。看来还是乖乖的只搞cvs了！ |
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h***0
发帖数: 3032 | 18 多些2位
早知道今天再拿个便宜的candy 这样就可以把2元给用了只要付少少的
wgs 不好玩
好好玩cvs吧
学习wgs
哈哈 |
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l*h
发帖数: 4124 | 19 http://www.travelandleisure.com/articles/digital-maps-skewed-ch
Why You Can't Trust GPS in China
by Geoff Manaugh February 26, 2016
Beijing China Map
39°54'11.8"N 116°23'29.0"E in Beijing Google Maps
Flights
Origin city or airport
Destination city or airport
Depart
DepartMar11
Add return
Add return date
Hold shift while selecting to open the accessible calendar.
1
0
0
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50 Signs You're a New York City Douchebag
Thrillist
Cetaphil: Why The Popular Cleanser Isn’... 阅读全帖 |
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n********t
发帖数: 1079 | 20 不做WGS会好很多，俺们做WGS，现在的paper要求一般是20X的coverage在80%以上，结
果就是一个BAM200G+。。。 |
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u*********1
发帖数: 2518 | 21 关于whole exome sequencing和whole genome sequencing
exome sequencing已经做的如火如荼了；但纵然你去看NG paper，whole genome的还是
很少。
但是我在想，whole genome的优势/意义在哪里？
我能想到的就只是：可以观察到很多的noncoding region/regulatory region的
mutation，可以分析罕见的structural variants
大家觉得WGS还有什么别的意义么？
而其实大部分疾病还是SNP引起的，所以估计一般的思路还是先exome，如果实在找不到
再WGS；或者压根也没钱做whole genome |
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y***i
发帖数: 11639 | 22 common SNP也许能在提供disease related gene方面提供些线索？如果能这样也是很
有用了。“临床应用”SNP大概不可能吧。
WGS对cancer应该是很有用。
你说的copy number是指什么？WGS代替copy number arry? (我没做过NGS) |
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u*********1
发帖数: 2518 | 23 WGS对cancer应该是很有用
我觉得可能是cancer里有很多的chromosomal translocation，必须要WGS才能精确检测
的到。
但neurological disease呢？倒是很多的repeat expansion，可以NGS对repeat非常的
无力。。。 |
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发帖数: 1 | 24 恩，我感觉挺像的。。
看上了几个老板，其中一个做human genetics的是个MD，自己有病人样品，主要做
exome和WGS，后续做mouse model实验，paper档次应该更高一些
一个做cancer genomics的是个PhD，主要是做血液病和breast cancer的WGS， 好像实
验做
得少些。 paper也不错，稍微弱一些 |
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c*********r
发帖数: 1312 | 25 膜拜一下大牛~
前年有幸在Broad Aviv实验室做了一个月数据分析，感觉Broad真是做事情的好地方，
各种硬件、软件、合作、资源都是太好了！羡慕~
顺便请教一个问题，如果我的reads和reference的variation > 5%，建议用什么
aligner或参数？我做海胆，野生的，genetic variation很大。2006 genome测序的文
章里提到：
It was known that single-copy DNA in the sea urchin varied by as much as 4
to 5% [single nucleotide polymorphism (SNP) plus insertion/deletion (indel)]
, which is much greater than human (～0.5%) (3). Moreover, alignment of WGS
reads to the early v 0.1 WGS assembly revealed at least one SNP per 100
bases, as we... 阅读全帖 |
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w******t
发帖数: 107 | 26 CO + H2O <--> CO2 + H2
在楼主提到的两个条件下，Water-Gas Shift (WGS) 反应会发生吗？这两个反应的产率
和选择性如何？好像听说Fe族元素会催化或影响WGS（在几百度吧） |
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G****r
发帖数: 5579 | 28 看官先去看看：
http://history.sina.com.cn/bk/wgs/2014-07-22/154795959.shtml
1957年， 被扩大化的反右中挨整靠边， 是是谁把反右扩大化的？
1958年，他批评省委带头搞浮夸，并指名道姓批评省委第一书记吴芝圃。张钦礼被押送
兰考接受群众的批斗，批斗八个月，戴上了“右倾 机会主义分子”的帽子，撤销党内
外一切职务，留党查看一年，降了三级，送农村劳动改造。
1960年10月28日， 张钦礼开始给周总理写信。大意是：我受委屈事小，为了党和人民
的利益，我不怕再遭横祸。他说“河南省委第一书记吴芝圃等省委领导压制民主，堵塞
言路，不让人讲话。许多抵制浮夸风、共产风的好干部好党员横遭批斗，开除党籍；好
多群众逃荒要饭，有的饿死。”这使他这个当县长的彻夜难眠。他指责“河南省委犯了
掠夺 农民的错误”，呼求总理快来救救河南人民
1960年12月9日上午10时， 张钦礼见到周总理。周总理先看到张钦礼的信，见到他的第
一句话就说：“你是全国两千多个县中，第一个向我反映真实情况的县长。” 。。。
。 到这时毛泽东和周恩来才知到河南真像 （刘邓... 阅读全帖 |
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c*********d
发帖数: 9770 | 30 http://history.sina.com.cn/bk/wgs/2015-05-04/1009119602.shtml
2015年05月04日10:09中国新闻周刊
与发展速度的损失相比，更令人遗憾的是擦身而过的发展机遇。20世纪50年代到70
年代，被国外经济学家视为自1820年以来世界经济发展的第二个黄金时期。
1975年，河南辉县化肥厂的领导和工人一起到工地劳动。
作者：罗平汉 卢毅 赵鹏
“文化大革命”是中国历史上的一幕巨大悲剧。对于“文革”给中国政治、思想和
文化所造成的严重危害，人们容易达成共识。但是，对于如何评价“文革”时期的经济
状况，特别是关于“‘文革’期间中国经济是否到了崩溃的边缘”这一问题，却争议很
大。
传统说法
一种常见的说法是：经过十年“文化大革命”，从总体上看，整个国民经济已“濒
临崩溃的边缘”。颇具影响力的《“文化大革命”简史》一书就持这一观点。另一种观
点是，“文革”时期的国民经济虽然遭受了严重损失，但仍然有所发展。
“崩溃边缘说”最早见于1978年2月26日华国锋在五届全国人大一次会议上所作的
《政府工作报告》。《报告》说：“从一九七四年到一九七... 阅读全帖 |
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S******8
发帖数: 24594 | 31 中国：
2017-01-05 长3乙 通信技术实验2
2017-01-09 快舟1A 发射了3颗卫星
2017-03-02 长征11 天空1号
2017-04-12 长3乙 中星16
2017-04-20 长征7号 天宫2号
2017-06-15 长4乙 X射线太空望远镜
2017-06-18 长3乙 中星9A
2017-07-02 长征5号 实践18
2017-09-29 长2丙 遥感30
2017-10-09 长2丁 委内瑞拉遥感卫星
美国
2017-01-14 Falcon 9 Iridium NEXT
2017-01-21 Atlas 5 SBIRS GEO 3
2017-01-23 Falcon 9 CRS-10 Dragon spacecraft
2017-03-01 Atlas 5 NROL-79
2017-03-16 Falcon 9 Echostar 23
2017-03-19 Delta 4 WGS-9
2017-03-31 Falcon 9 SES 10
2017-04-18 Atlas 5 Cygnus OA-7
2017-05-01 Falcon 9 N... 阅读全帖 |
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f***y
发帖数: 4447 | 32 华大智造首席运营官蒋慧博士宣布华大智造国产基因测序仪全球装机量突破1000台，已
在全球16个国家获得使用，累计产生的运行数据达20Pb。
2019年1月6日，美国加州，China Focus @JP Morgan week，华大智造首席运营官蒋慧
博士宣布华大智造国产基因测序仪全球装机量突破1000台，已在全球16个国家获得使用
，累计产生的运行数据达20Pb。华大测序仪在全球基因测序行业发挥着越来越重要的作
用。
韩国LAS实验室主任金东浩博士从事着基因组学研究和基于NGS的临床诊断应用开发，日
前，他的实验室安装了华大智造的第1000台测序仪。金博士评价道：“MGISEQ-2000测
序仪是一个非常棒的选择，我们在MGISEQ-2000平台上进行了DNA和RNA测序，它操作友
好、测序精准度高，而且运行成本相对较低。”
注：LAS (Life is art of science Co.，Ltd .)是BMS的兄弟公司，是一家致力于韩国
基因组研究和基于ngs的临床诊断应用的公司。
“最近几周，MGISEQ-2000在中国、俄罗斯、墨西哥、日本等地同步装机。这一数字的
突破，离不开... 阅读全帖 |
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n*****0
发帖数: 13 | 34 刚刚把order那个leappad卖掉了，挣了20块钱。以后多来这边混了，比RA和wgs来钱快啊 |
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t******r
发帖数: 826 | 35 RA WGS 简单呀. 看不懂ebiz. 就看到吵闹的帖了.
快啊 |
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l*********e
发帖数: 7492 | 37 【 以下文字转载自 SellAbroad 讨论区 】
发信人: WGS (Kitty), 信区: SellAbroad
标 题: 大家在FedEx发货的时候请注意一下面子
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Dec 19 19:33:22 2012, 美东)
我经常在FedEx里面看到中国人在那里打包，看多了，说点问题：
1，不要以为FedEx里面的胶布是给你打包用的，特别是有好多箱的人，堆在那里撕别人
的胶布。实际上那个是候补的。按照规定需要打包好了才可以进去发货的。Walmart一
个大胶布$1,大家还是支付得起吧。
2，大家在家里不梳妆打扮情有可原，不过出门了，最好稍微收拾打扮一下。我经常看
到不要说打扮了，看上去早上起来还没有梳头刷牙的样子，有披头散发，最多扎一个马
尾的女同胞弯着腰撕人家的胶布打包。衣服也是那么土土地套上。。。
不多说了，大家扔砖吧。 |
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e*i
发帖数: 10288 | 38 Forward this post to your email--if you are using telnet
_=_
_=_ Part 001 of 001 of file 5_off_30_cpn.zip
_=_
begin 666 5_off_30_cpn.zip
M4$L#!!0````(`&!D_$)O_NPBKE```.-W```0````-5]O9F9?,S!?8W!N+G!D
M9NV]=5Q5V]8P#"B*I)2((FR1E-@==)=T2(@@M:6[0T5"!`D+#%04D!`%:02D
MI;M#NKN[O@7F$>X]]]SG?=_OGV?NW]YK[KGF&CW''&.N8E82E^2"
MZYI("%$@",C:P(R$GQ\L9VJ%U;
M!:!=#6A'PI!@:9`V"`I'HD`P.%1'4)`$:V6T!P9TL)`0NMAAK^]A0L))""'?
M"Q1`O%=`5C_:H$@,^D`;"H4XT(9!0/]L@\'0R`-M*!Z>/]O@4`C\... 阅读全帖 |
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s***n
发帖数: 552 | 39
^_^，我目前N号3包，一号10包，二号14包，三号16包，四号也有几包，
我觉得一号二号可能差不多，三号应该还不够吧，不过也不急了，之前看到deal就屯，现在还有一个月
就要生了，打算这个月把CVS和wgs的白条全部烧成尿布，想着万一多出来留着给老二好了，妈妈马上就
要来了要休战了，我屯的N到二号都是pamper swaddler老版，三号以上有pampers也有huggies
little mover的，据说walgreen自家的尿布不太好啊，又硬又不吸水，new born的时候还是不要
用了，等宝宝大一点可以尝试一下，皮厚实的话就省钱啦，呵呵 |
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f******t
发帖数: 2699 | 40 我怎么觉得你笑得这么垃圾呀，欺负人！欺负你的是那个下场，你要欺负人是不是也得
请君入瓮呀？？:D
Queens是长广告吗？我知道brooklyn也是短广告呢。
wgs好像和RA不一样，没有deal的地方，iac也不在系统里，是扫不过的。555，真的很
想买nivea呢。 |
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l*****j
发帖数: 4788 | 41 wgs有purex b1g1的ivc
不知道有没有mfc可以用了 |
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l*****j
发帖数: 4788 | 42 没有deal
应急可以去wgs purex bogo iac |
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M*********8
发帖数: 15312 | 43 来自主题: PennySaver版 - 第一次撞墙 几乎从来没去过wgs, 在板上学习良久
今天去撞墙结果还算满意，虽然没啥倒赚的。。。
手上没有啥coupon
第一单dove 4.33得4rr
第二单floss+cetaphil 2+7.99-5-4rr+tax=0.53得2rr
回来后得知dove自滚，俺妈想要那个dulcolax
第三但 dulcolax + salt*2-4-2rr=5得10rr
第四单 dove+sunday paper +kleenex*4=4+3(!!!!!)+2.29*2-10rr+tax=oop1.58得4rr
第五单 dove+kleenex*2=4+2.29-1.5-4rr+tax=0.85得4rr
第六单 dove 4-4rr=0得4rr（小二开始说用不成，需要商品价格大于coupon价格，不过
还是扫了，过了，他就没啥可说了）
这么多单，俺实在是很不好意思啊，换了两个店 |
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m*****u
发帖数: 3779 | 44 wgs 10RR 换成nasal mist+vitamin 7RR+3RR+3 dulcolax mfc 0 oop
7RR+3 mfc 换成 10RR dulcolax
……
加上dove self-rolling…… |
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m*****u
发帖数: 3779 | 45 哎，我没有选择的权利啊，虽然也讨厌分单结账，可是我这儿只有wgs |
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a****t
发帖数: 1532 | 46 是集中在一起放的么？找了一圈 just for men,
什么也没找到。 |
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j******u
发帖数: 41683 | 50 ☆─────────────────────────────────────☆
Mercury2008 (五好水银) 于 (Sun Mar 28 21:04:28 2010, 美东) 提到:
几乎从来没去过wgs, 在板上学习良久
今天去撞墙结果还算满意，虽然没啥倒赚的。。。
手上没有啥coupon
第一单dove 4.33得4rr
第二单floss+cetaphil 2+7.99-5-4rr+tax=0.53得2rr
回来后得知dove自滚，俺妈想要那个dulcolax
第三但 dulcolax + salt*2-4-2rr=5得10rr
第四单 dove+sunday paper +kleenex*4=4+3(!!!!!)+2.29*2-10rr+tax=oop1.58得4rr
第五单 dove+kleenex*2=4+2.29-1.5-4rr+tax=0.85得4rr
第六单 dove 4-4rr=0得4rr（小二开始说用不成，需要商品价格大于coupon价格，不过
还是扫了，过了，他就没啥可说了）
这么多单，俺实在是很不好意思啊，换了两个店
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