z******5
发帖数: 30 | 1 弱弱的问一下 从公司order的siRNA是双链还是单链？
是否可以从公司(如IDT)直接order RNA oligos 做siRNA用？
顺便问一下使用pLKO.1做knockdown时如果选择的shRNA序列少于21bp (如19bp)， 是否
work?有没有载体可以选择较短的shRNA？
多谢。 |
|
w********r
发帖数: 1431 | 2 双链。直接订RNA oligos可能不成，据说siRNA上面还会加有一些修饰，
siRNA末端不同的公司也会加两个dT还是dA什么的，可以参考各家公司订货的说明。
siRNA是否管用和长度没啥太大的关系，我们一般去Whitehead设计siRNA的网站上设计
三个，总有可以用的 |
|
g*********d
发帖数: 233 | 3 目前表观遗传学(Epigenetics)通常被定义为基因表达通过有丝分裂或减数分裂发生了
可遗传的改变, 而DNA 序列不发生改变[1, 2]。表观遗传学的机
制主要包括DNA 甲基化、组蛋白修饰及非编码RNA。DNA 甲基化(DNA methylation)是指
在DNA甲基转移酶(DNA-methyltransferases, DNMTs)的催化下, CpG 二核苷酸中的胞嘧
啶被选择性地添加甲基, 形成5-甲基胞嘧啶[3, 4]。DNA 甲基转移酶有两种, 其中
DNMT1 主要起维持甲基化的作用, 能使半甲基化的DNA 双链分子上与甲基胞嘧啶相对应
的胞嘧啶甲基化, 可参与DNA 复制双链中新合成链的甲基化[5]; 而DNMT3a 和DNMT3b
主要起形成甲基化的作用, 能在未发生甲基化的DNA 双链上进
行甲基化[6]。DNA 甲基化一般与基因的沉默相关,DNA 去甲基化则与基因的活化相关[7
~9]。
组蛋白修饰(Histone modifications) 是指组蛋白的基础氨基末端尾部突出于核小体,
常在转录后发生变化, 包括甲基化、乙酰化、磷酸化和泛素化等翻译后的修饰... 阅读全帖 |
|
g*********d
发帖数: 233 | 4 RNA干扰及其在动物繁殖中的应用
2009-12-28
RNA 干扰(RNA interference, RNAi)是生物进化过程中遗留下来的一种在转录后通
过 RNA 调控基因表达的机制, 它是指在真核细胞中引入双链 RNA分子从而导致具有序
列同源性的基因产生特异性基因沉默 (gene silencing)的现象 。由于 RNA干扰可以阻
断特定的基因表达, 具有超越疫苗和抗病毒药物的诸多优点, 因此在阐述基因功能以及
蛋白质相互作用等方面, 表现出诱人的前景。近年来随着分子生物学的发展, RNAi 的
机制也不断被阐明, 同时国内外研究也证实 RNAi 技术可以为动物繁殖过程中所涉及的
基因功能提供一条新的思路, 这在科研和生产实践上都具有重要的意义。
1 RNAi的发现
Matzke 等于 1989 年报道了启动子介导的序列同源性基因共转染烟草可引起转
基因表达发生沉默。 1990 年, Napoli 和 Van der Krol 等为了让矮牵牛花的颜色更
加鲜艳, 把与紫色相关的查尔酮(chalcone)基因转染到牵牛花内, 结果意外发现, 植物
体的颜色... 阅读全帖 |
|
b*********f
发帖数: 1585 | 5 合成的双链RNA进入肝细胞后，人体内的RNAi机制便会摧毁合成的RNA和任何与
之匹配的、与肿瘤生长相关的信使RNA，阻止蛋白质的继续产生，从而使肿瘤停止生长.
...
据美国媒体报道，美国阿尔尼拉姆生物技术公司日前宣布他们找到了一种能够
治愈所有癌症的新型药物，首批接受临床试验的19名晚期肝癌患者病情都有较大好转。
不仅如此，该公司称，假以时日，这种药物甚至有可能治愈一切疾病。
首批患者反应良好
今年4月，19名接受化疗但没有好转的肝癌病人开始服用这种名为ALN-VSP的新
型药物。服用第一剂后的数周内，药物就已经很明显地开始阻止肿瘤产生自身生长需要
的蛋白质。
到今年6月，阿尔尼拉姆公司称，通过“唤醒”人体自身的一种很少使用的免疫
防御系统，ALN-VSP成功切断肝癌患者体内肿瘤62%的血流量。在治疗肝癌时，传统药物
一般使用消除致病蛋白质的方法，而ALN-VSP则通过核糖核酸干扰(RNAi)疗法直接阻止
细胞生成致病蛋白质。
唤醒人体自身防御机制
科学家在研究中还发现核糖核酸(RNA)和脱氧核糖核酸(DNA)之... 阅读全帖 |
|
s********d
发帖数: 103 | 6 看看国内的宣传吧：
、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、
特大号外：美国公司宣布人类已经攻克癌症
合成的双链RNA进入肝细胞后，人体内的RNAi机制便会摧毁合成的RNA和任何与之匹配的
、与肿瘤生长相关的信使RNA，阻止蛋白质的继续产生，从而使肿瘤停止生长....
据美国媒体报道，美国阿尔尼拉姆生物技术公司日前宣布他们找到了一种能够治愈所有
癌症的新型药物，首批接受临床试验的19名晚期肝癌患者病情都有较大好转。不仅如此
，该公司称，假以时日，这种药物甚至有可能治愈一切疾病。
首批患者反应良好
今年4月，19名接受化疗但没有好转的肝癌病人开始服用这种名为ALN-VSP的新型药
物。服用第一剂后的数周内，药物就已经很明显地开始阻止肿瘤产生自身生长需要的蛋
白质。
到今年6月，阿尔尼拉姆公司称，通过“唤醒”人体自身的一种很少使用的免疫防御
系统，ALN-VSP成功切断肝癌患者体内肿瘤62%的血流量。在治疗肝癌时，传统药物一般
使用消除致病蛋白质的方法，而ALN-V... 阅读全帖 |
|
m****s
发帖数: 18160 | 7 2016年5月2日，英国《自然》杂志子刊《自然 生物技术》刊载了一篇有关"基因编辑工具"的论文，论文负责人的英文署名是"Chunyu Han"，这篇论文在华人生物界获得广泛赞誉。论文发表的第二天，韩春雨的名字和论文在一个名为"生物艺术全球生物医学交流"的微信群里得到了热烈讨论。生命体从受精卵开始，经过不断分裂，可分化出大约60兆亿个构建人类身体的细胞，每个细胞都含有全部生命遗传信息的基因组，所谓基因组编辑技术，就是人为来调整、改变、插入、去除、修改个体或物种的基因组序列。
http://tv.cctv.com/2017/05/20/VIDEBZRf7rQNg2Y1ExpBhpQM170520.shtml
一、学界和媒体的热议Mitbbs.com
一年前，英国《自然生物技术》杂志刊载了一篇有关"基因编辑工具"的论文。论文的负责人"一鸣惊人"，得到了学界和媒体给予的无限荣光。在《自然》杂志社的所属期刊上发表论文，通常表明，该科研成果走在了世界科学研究的最前沿，并有可能对未来科学的发展起到关键性作用。此消息一经媒体爆出，在站内引起站内相关专业人士的热议。
国内科研水平不得了了，河北科技大学在... 阅读全帖 |
|
m****s
发帖数: 18160 | 8 2016年5月2日，英国《自然》杂志子刊《自然 生物技术》刊载了一篇有关"基因编辑工具"的论文，论文负责人的英文署名是"Chunyu Han"，这篇论文在华人生物界获得广泛赞誉。论文发表的第二天，韩春雨的名字和论文在一个名为"生物艺术全球生物医学交流"的微信群里得到了热烈讨论。生命体从受精卵开始，经过不断分裂，可分化出大约60兆亿个构建人类身体的细胞，每个细胞都含有全部生命遗传信息的基因组，所谓基因组编辑技术，就是人为来调整、改变、插入、去除、修改个体或物种的基因组序列。
http://tv.cctv.com/2017/05/20/VIDEBZRf7rQNg2Y1ExpBhpQM170520.shtml
一、学界和媒体的热议Mitbbs.com
一年前，英国《自然生物技术》杂志刊载了一篇有关"基因编辑工具"的论文。论文的负责人"一鸣惊人"，得到了学界和媒体给予的无限荣光。在《自然》杂志社的所属期刊上发表论文，通常表明，该科研成果走在了世界科学研究的最前沿，并有可能对未来科学的发展起到关键性作用。此消息一经媒体爆出，在站内引起站内相关专业人士的热议。
国内科研水平不得了了，河北科技大学在... 阅读全帖 |
|
c******n
发帖数: 16666 | 9 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: mitbbs (未名空间), 信区: Biology
标 题: Mitbbs水平挺高的，纯从科学家角度质疑韩春雨
发信站: BBS 未名空间站 (Sun May 21 23:40:17 2017, 美东)
2016年5月2日，英国《自然》杂志子刊《自然 生物技术》刊载了一篇有关"基因编辑工具"的论文，论文负责人的英文署名是"Chunyu Han"，这篇论文在华人生物界获得广泛赞誉。论文发表的第二天，韩春雨的名字和论文在一个名为"生物艺术全球生物医学交流"的微信群里得到了热烈讨论。生命体从受精卵开始，经过不断分裂，可分化出大约60兆亿个构建人类身体的细胞，每个细胞都含有全部生命遗传信息的基因组，所谓基因组编辑技术，就是人为来调整、改变、插入、去除、修改个体或物种的基因组序列。
http://tv.cctv.com/2017/05/20/VIDEBZRf7rQNg2Y1ExpBhpQM170520.shtml
一、学界和媒体的热议Mitbbs.com
一年前，英国《自然生物技术》杂志刊载了一篇有关"基因编辑工具"的... 阅读全帖 |
|
发帖数: 1 | 10 #注明译者，请随便转载：）
CRISPR英雄谱
埃里克・兰德（Eric Lander）
小鹿／译
三年之前，科学家们宣布，CRISPR技术能够对真核活细胞进行精准与有效的基因组编辑
。自此，这项技术手段已然震撼了科学界，数以千计的实验室正在将其运用于从生物医
药到农业的各个领域。然而，从一种奇特的细菌重复序列现象的发现开始，到确认这种
现象为适应性免疫系统，进而对它的生物功能特性的了解，直至开发为一项基因工程的
技术，这此前二十载相关的研究历程却不为人所知。本文正是着眼于填补这段科学历史
的空白，它讲述的是观念的演化历史和先锋人物的传奇故事，并且从中获得关于支撑科
学发现的优秀科研环境的启迪。
前言
很难想起曾经有哪一次科学革命像CRISPR这般如此迅速地改变生物学界。仅仅三年之前
，科学家宣布，CRISPR系统，即细菌通过纪录和精准攻击入侵病毒的DNA序列而进行自
身防御的适应性免疫系统，可以利用转化为一项简单而有效的技术在哺乳动物和其它生
物体的活体细胞内进行基因组编辑。CRISPR即此被全球数以千计的实验室运用于广泛的
领域，如创建人类遗传疾病和癌症的复杂动物模型；... 阅读全帖 |
|
y****m
发帖数: 37 | 11 首先要说明的是此文不针对任何个人，只对science。我真心希望韩的文章可以被重复
，而自己也在试着重复。
对于这片文章，我本人有一下几点疑问，看看那位高人能解答一下：
1.一般来说Ago蛋白C端加tag，无论是来自于那个物种，蛋白就没有活性了，主要由Ago
蛋白自身结构folding决定。文中用的几个construct，好像只有1-2个C端是没有tag的
。那么，用C端带tag的Ago作出的实验，是否有意义呢？当然，不能够排除NgAgo本身特
殊，能够tolerate C端tag，只是从预测的结构上讲，可能性很小。
2.Ago催化酶切的核心domain实际是一个RNaseH fold，催化cleavage时应该结合双链（
无论DNA或RNA），而双链其中一个是guide，另外一个是target。我无法想象gDNA
guided NgAgo是如何切割双链DNA的。文章开始用2个guide，也许还有些道理（说不定
细胞DNA会有瞬时的单链状态）；后来直接上一个guide也能行，确实比较神奇。当然，
不能够排除NgAgo本身特殊，就是能够切双链，只是从其类似蛋白结构上讲，可能性很
小。
3... 阅读全帖 |
|
发帖数: 1 | 12 楼主，我有一个不懂 的地方，可能是common sense，但是我正好不懂，不要见笑。
1.一般来说Ago蛋白C端加tag，无论是来自于那个物种，蛋白就没有活性了，主要由Ago
蛋白自身结构folding决定。文中用的几个construct，好像只有1-2个C端是没有tag的
。那么，用C端带tag的Ago作出的实验，是否有意义呢？当然，不能够排除NgAgo本身特
殊，能够tolerate C端tag，只是从预测的结构上讲，可能性很小。
有没有paper报道在Ago蛋白的C端加tag会使其活性消失或者降低？最好在这里列几篇参
考文献。因为我以前对于好几个蛋白质在C端加FLAG,GFP，都不会影响蛋白的功能，对
于Ago家族的蛋白，我不了解。
2.Ago催化酶切的核心domain实际是一个RNaseH fold，催化cleavage时应该结合双链（
无论DNA或RNA），而双链其中一个是guide，另外一个是target。我无法想象gDNA
guided NgAgo是如何切割双链DNA的。文章开始用2个guide，也许还有些道理（说不定
细胞DNA会有瞬时的单链状态）；后来直接上一个gu... 阅读全帖 |
|
y****m
发帖数: 37 | 13
楼主，我有一个不懂 的地方，可能是common sense，但是我正好不懂，不要见笑。
1.一般来说Ago蛋白C端加tag，无论是来自于那个物种，蛋白就没有活性了，主要由Ago
蛋白自身结构folding决定。文中用的几个construct，好像只有1-2个C端是没有tag的
。那么，用C端带tag的Ago作出的实验，是否有意义呢？当然，不能够排除NgAgo本身特
殊，能够tolerate C端tag，只是从预测的结构上讲，可能性很小。
有没有paper报道在Ago蛋白的C端加tag会使其活性消失或者降低？最好在这里列几篇参
考文献。因为我以前对于好几个蛋白质在C端加FLAG,GFP，都不会影响蛋白的功能，对
于Ago家族的蛋白，我不了解。
----见上
2.Ago催化酶切的核心domain实际是一个RNaseH fold，催化cleavage时应该结合双链（
无论DNA或RNA），而双链其中一个是guide，另外一个是target。我无法想象gDNA
guided NgAgo是如何切割双链DNA的。文章开始用2个guide，也许还有些道理（说不定
细胞DNA会有瞬时的单链状态）；后... 阅读全帖 |
|
t**m
发帖数: 158 | 14 13位科学家实名呼吁对韩春雨启动调查：为了中国学界的名声
澎湃新闻记者 王盈颖 康宁 王灿 虞涵棋
2016-10-10 23:17 来自 能见度
这是一场和时间的赛跑。这场赛跑赌上的，是中国学术界在国际上的名声。
一切源于2016年5月2日，河北科技大学副教授韩春雨课题组在国际顶级期刊《自然-生
物技术》上发表了NgAgo基因编辑技术的论文。刚发表时，NgAgo被认为是新一代基因编
辑工具，可媲美此前有“基因魔剪”美称的CRISPR技术，被国内部分媒体誉为“诺奖级
”学术成果。 然而，之后的故事急转直下，全球数百家实验室，历时5个月的时间，没
有一家宣布能重复成功。质疑声越来越大，韩春雨不作正面回应，却收获接连的荣誉：
河北科协副主席、美丽河北最美教师、100万元国家自然科学基金……受惠于NgAgo技术
，河北科大获得了河北发改委2.24亿元的财政拨款，用于建设河北科技大学基因编辑技
术研究中心。
“是时候了，”北京大学生命科学学院教授魏文胜对澎湃新闻（www.thepaper.com）、
中国青年报表示，科学家有必要站出来表达看法。“处理不好的话，会严重影响中国科
学家的声誉。”魏... 阅读全帖 |
|
m****s
发帖数: 18160 | 15 2016年5月2日，英国《自然》杂志子刊《自然 生物技术》刊载了一篇有关"基因编辑工具"的论文，论文负责人的英文署名是"Chunyu Han"，这篇论文在华人生物界获得广泛赞誉。论文发表的第二天，韩春雨的名字和论文在一个名为"生物艺术全球生物医学交流"的微信群里得到了热烈讨论。生命体从受精卵开始，经过不断分裂，可分化出大约60兆亿个构建人类身体的细胞，每个细胞都含有全部生命遗传信息的基因组，所谓基因组编辑技术，就是人为来调整、改变、插入、去除、修改个体或物种的基因组序列。
http://tv.cctv.com/2017/05/20/VIDEBZRf7rQNg2Y1ExpBhpQM170520.shtml
一、学界和媒体的热议Mitbbs.com
一年前，英国《自然生物技术》杂志刊载了一篇有关"基因编辑工具"的论文。论文的负责人"一鸣惊人"，得到了学界和媒体给予的无限荣光。在《自然》杂志社的所属期刊上发表论文，通常表明，该科研成果走在了世界科学研究的最前沿，并有可能对未来科学的发展起到关键性作用。此消息一经媒体爆出，在站内引起站内相关专业人士的热议。
国内科研水平不得了了... 阅读全帖 |
|
y*****l
发帖数: 5997 | 16 据美国媒体8月24日报道，美国阿尔尼拉姆生物技术公司日前宣布他们找到了一种能够
治愈所有癌症的新型药物，首批接受临床试验的19名晚期肝癌患者病情都有较大好转。
不仅如此，该公司称，假以时日，这种药物甚至有可能治愈一切疾病。
首批患者反应良好
今年4月，19名接受化疗但没有好转的肝癌病人开始服用这种名为ALN-VSP的新型药
物。服用第一剂后的数周内，药物就已经很明显地开始阻止肿瘤产生自身生长需要的蛋
白质。
到今年6月，阿尔尼拉姆公司称，通过“唤醒”人体自身的一种很少使用的免疫防
御系统，ALN-VSP成功切断肝癌患者体内肿瘤62%的血流量。在治疗肝癌时，传统药物一
般使用消除致病蛋白质的方法，而ALN-VSP则通过核糖核酸干扰(RNAi)疗法直接阻止细
胞生成致病蛋白质。
唤醒人体自身防御机制
科学家在研究中还发现核糖核酸(RNA)和脱氧核糖核酸(DNA)之间一个奇妙的联系—
——如果说DNA对蛋白质来说是一张图纸，那么RNA就是能够下达指令的建筑商。RNA把
DNA上的基因复制成单链的信使RNA，再由它向细胞传递信息继而产生蛋白质。
1998年，科学家发现了核糖核酸干扰(RNAi)... 阅读全帖 |
|
x****6
发帖数: 4339 | 17 从编辑对DNA的效果来看，可以分为 敲除（knock-out）和 敲入（knock-in）。
敲除，故名思意就是让目标基因失去功能。这个相对容易实现。因为基因经过长期的进
化出来的精细结构，随机的删除或者添加几个碱基对(生物里的0 1）就能让目标基因
失效。
如何实现？CAS9或者其他的核酸酶，在破坏DNA双链以后，细胞会自动修复损伤。这个
修复的机制叫做非同源性末端连接（Non-homology end joining,NHEJ）。就是直接把
绳子断开的两端直接连接回去。但是这个过程不精确，大概率的会随机造成几个碱基对
的删除或者添加。那么正好就可以让基因失效。
这就是贺所采取的手段：基因敲除。
-------------------------------
第二种，敲入。和敲除相反，把一段给定的DNA序列精确的整合进入目标基因组位点。
精确是这里的关键词。敲入的结果就是编辑以后的目标基因的新序列和预先设计的要一
模一样，这就和 随机 的“敲除”形成鲜明对比。显然，敲入 要比敲除 更牛逼：你想
要什么就有什么，而不是靠运气。
如何实现？同样的，用CAS9或者其他的核酸酶切断DNA双链... 阅读全帖 |
|
w*********l
发帖数: 1337 | 18 没用双链表当然某些地方要付出代价。你想比如删除的时候，你一个delete(struct
node *node)对于双链表就够了。单链表说什么也得多传个参数吧？你单链表以某时间
代价能做的我双链表都能做，而且我还能某些情况做得比你快，我的代价就是多存了指
针，所谓以空间换时间。这题太形而上，属于比较insulting的问题，要是我我就直接
回到这个题侮辱我智商了。 |
|
Z*****l
发帖数: 14069 | 19 我国的刑法，对刑事责任年龄有如下分法：（1）不满14周岁的人，对任何犯罪都不负
刑事责任。（2）已满14周岁不满16周岁的人，犯故意杀人、故意伤害致人重伤或者死
亡、强奸、抢劫、贩卖毒品、放火、爆炸、投毒罪的，负刑事责任。除上述罪名外，不
予刑事处罚。（3）已满14周岁不满18周岁的人犯罪，从轻或者减轻处罚。（4）已满16
周岁的，犯任何罪，都负刑事责任。但犯罪时未满18周岁，不适用死刑。
另外，强奸罪中有述，与不满14周岁的女性发生性关系，无论是否自愿，均按强奸
罪论处。
既然有了这些法律规定，就涉及一个“法律年龄”的问题。随着户籍制度管理的严
格化，我们的身份证上的年龄都和生理年龄是吻合的。但是在一些边远地区或是因为一
些特殊缘故，还是有很多人的生理年龄和户籍年龄不符，也有一些没有经过户籍登记的
人口。如果这些人犯罪或者被强奸，他们的年龄该如何判断呢？法医“蜀黍”们因为此
需要，而发现了骨龄鉴定这项技术。
这项技术主要是根据人体骨骼发育中骨骺[注]愈合的程度来进行骨骼生理年龄的判
断。骨骺愈合时间自13岁开始自25岁完成，法医“蜀黍”们通过阅读各个年龄阶段人... 阅读全帖 |
|
W****C
发帖数: 1937 | 20
一般都是双链吧 可以直接定双链的， 比较贵， 或者自己定两个互补单链的， 然
后做成双链 |
|
A****A
发帖数: 16 | 21 目前的观点是，HR和NHEJ是在DNA双链断裂修复中互相竞争的pathways。如果能够有效
的抑制NHEJ,HR的频率有可能会有大幅度的提升。目前，一些labs主要通过knock out或
者knock down NHEJ中几个关键player， 比如，Ku70， Ku80 以及Ligase4，来进行验
证。比较convincing的data有Dana Carroll在果蝇的研究，以及Eric Hendrickson在
mammalian cell line中的研究。Paper 如下:
Proc Natl Acad Sci U S A. 2008 Jun 24;105(25):8703-8. Epub 2008 Jun 18.
Ku70, an essential gene, modulates the frequency of rAAV-mediated gene
targeting in human somatic cells.
Fattah FJ, Lichter NF, Fattah KR, Oh S, Hendrickson EA.
Genetics. 2009 Jul;1... 阅读全帖 |
|
m******u
发帖数: 12400 | 22 RNA polymerase一般需要双链template---assume大家用的是T7或SP6的polymerase。你
200nt template指的是单链模板么？至少promoter区要双链的。
而PCR产物则是双链的，你的问题会不会是这个原因。
发信人: reallyloveme (ray), 信区: Biology
标 题: Re: in vitro transcription for short template
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Jun 20 12:46:24 2017, 美东)
很感激
我做了200nt oligo为template的IVT，压根不work
而PCR product作为template还可以
我不知道是我技术的问题，还是oligo本来就很难work呢？ |
|
m****g
发帖数: 530 | 23 最近，研究人员意外地发现了致死性黑素瘤（Melanoma）细胞的一个弱点，可以使
癌细胞转而攻击自己。这项研究结
果发布在8月份的《Cancer Cell》上。
这项研究为非传统的侵略性皮肤癌细胞清除疗法的研究提供了一个新靶标。
皮肤癌的主要特点是高转移率和治疗抑制。尽管做了相当大的努力来研究黑素
瘤化学和免疫抗药性的分子机制，但是
手术不能治愈转移的病人的平均生存率还是很小。
关于黑素瘤细胞的自我吞噬还没有深入研究过，之前的研究表明自我吞噬与癌
细胞的死亡和生存有关。对于未来的药
物研发来说，还不是很清楚是否这个过程是一个有效的靶标。所以，Soengas和他的同
事做了一系列研究来观察自我吞噬
和细胞死亡的相互关系。
研究发现，黑素瘤细胞能够保持对双链RNA（dsRNA）识别和应激的能力。双链
RNA位于细胞质内，大部分的动物细
胞含有单链RNA，所以似乎这是病毒特有的RNA。黑素瘤细胞对双链RNA伪装成聚肌苷酸
（polyinosine-polycytidylic
acid ，pIC）的活动产生免疫应答并导致自 |
|
T*******x
发帖数: 8565 | 24 《自然-生物技术》社论与韩春雨及同事的撤稿声明
原文以Time for the data to speak为标题
发布在2017年8月2日的《自然-生物技术》社论上
标题：是该数据说话的时候了
doi:10.1038/nbt.3938
一项宣称通过Argonaute酶实现基因编辑的研究被撤回，这显示了论文发表后的同行评
议在全天候媒体时代的重要性。
本期，韩春雨及同事撤回了发表于去年5月的一篇论文。该论文称，短5′磷酸化单链
DNA可引导格氏嗜盐碱杆菌核酸内切酶（NgAgo）产生双链断裂，实现对人类基因组的编
辑。论文一发表，便引起科研人员的极大兴趣和媒体的竞相报道。但是很快，在推特
、 博客和其它社交媒体的助燃之下，有关该研究可重复性的质疑开始迅速增多。去年
11月 ，本刊发表了“编辑部关注”（Editorial Expression of Concern），提醒科研
界留 意这些可重复性方面的担忧。为了最终解决这个争议，多个研究小组在数月里生
成了更 多的实验数据。如今尘埃落定，这也是世界各地的许多实验室为澄清NgAgo的功
能而付 出的大量时间、精力和资金的证明。
韩春雨的这篇论... 阅读全帖 |
|
发帖数: 1 | 25 一、舰炮系统
052D采用的130mm舰炮系统的非官方称称谓为PJ-38，由郑州机电工程研究所(郑州713研
究所)研制，内蒙第二机械制造厂（包头）生产。该系统采用单管布局，70倍口径，单
链路供弹，全自动装填，水冷却，采用玻璃钢隐身防盾；安装甲板下设置二层供弹系统
，一甲板为弹鼓转运间、二甲板为弹药舱及下扬弹机，此炮的工作方式为“中心”战斗
工作方式和“维修”工作方式。该系统包含一套带电视和电子瞄准装置的计算机控制系
统。火炮可由雷达控制系统控制实施全自动射击，也可在自主控制模式下由舰员使用炮
塔上的康丹瑟光学瞄准具实施射击，还可使用全手动模式射击。
052D的130mm舰炮系统在机械设计上基本沿袭了俄罗斯AK-130双管130毫米舰炮的设计，
机械部分技术相当成熟，主要改进为以下几点：
1、采用单炮管设计。优点：消除了原设计中因炮口激波相互干扰而导致的弹丸精度不
足问题；缺点：牺牲了射速，在保证了提高最佳射程的同时，射速有所降低，为40发/
分。
2、采用单链路供弹。在该系统的设计之初，是双链路供弹，定型时取消一路供弹链路
。优点：大大降低了系统重量（舰炮系统全重不低于50吨）；缺... 阅读全帖 |
|
s******y
发帖数: 28562 | 26 这个小编完全瞎编，整个新闻错误百出！
尤其是胡扯什么四类不同碱基，让人误以为DNA 复制不需要template直接就可以凭空变
出来一个新的链然后奇迹的和原来的template 完全互补。其实根本就不是这么回事！
这篇文章是关于先导链(leading strand)和滞后链(lagging strand)的
为什么会出现这两个概念的差别？因为DNA是一个螺旋双链，在复制的时候需要一个螺
旋酶/解螺旋酶(helicase)来把双链打开。然后两条单链上各有一个复制酶(polymerase
)来复制新的单链。
但是这样就会出现一个问题：因为复制酶是有方向性的，但是两条单链的方向正好
是相反的，这样，就会有一个复制酶的前进方向和螺旋酶/解螺旋酶的方向是相同
的（这个就是所谓的先导链，而另外一个复制酶的方向就是相反的（所谓的滞后链）。
那么在复制的时候如何协调这个问题？先导链上的复制会不会等滞后链上复制？这个就
是这个文章提出的数据所针对的问题。
以前的课本上，大家根据想像，以为那一群酶肯定有啥方法可以互相沟通，让先导链和
滞后链的复制基本上同时间完成。但是这个文章的数据表明，这两条单链上的复制... 阅读全帖 |
|
s*****r
发帖数: 11545 | 27 牛人给俺解惑一下吧。。。
复制酶是有方向性的这个俺可以理解，可是为啥细胞没有发展出一种35方向的酶？滞后
链那么多primers和片段，看着都蛋疼。
还有那个ozakari什么的是不是尼日利亚的科学家啊？这名字黑人味挺重的。
: 这个小编完全瞎编，整个新闻错误百出！
: 尤其是胡扯什么四类不同碱基，让人误以为DNA 复制不需要template直接就可以
凭空变
: 出来一个新的链然后奇迹的和原来的template 完全互补。其实根本就不是这么
回事！
: 这篇文章是关于先导链(leading strand)和滞后链(lagging strand)的
: 为什么会出现这两个概念的差别？因为DNA是一个螺旋双链，在复制的时候需要
一个螺
: 旋酶/解螺旋酶(helicase)来把双链打开。然后两条单链上各有一个复制酶(
polymerase
: )来复制新的单链。
: 但是这样就会出现一个问题：因为复制酶是有方向性的，但是两条单链的方向正好
: 是相反的，这样，就会有一个复制酶的前进方向和螺旋酶/解螺旋酶的方向是相同... 阅读全帖 |
|
c****x
发帖数: 6601 | 28 关键字: 韩春雨《Nature》论文《自然》
http://www.guancha.cn/culture/2017_08_03_421138_s.shtml
在国内外学者几番公开质疑其可重复性过去一年后，河北科技大学副教授韩春雨关于新
基因编辑技术NgAgo-gDNA的论文已由《自然-生物技术》撤回。
图自百度百科
据澎湃新闻8月3日报道，北京时间8月3日，《自然-生物技术》发表题为《是该数据说
话的时候了》社论，撤回韩春雨团队于2016年5月2日发表在该期刊的论文。澎湃新闻获
悉，论文撤回，是韩春雨主动申请撤回。《自然-生物技术》在社论中表示：“我们现
在确信韩春雨的撤稿决定是维护已发表科研记录完整性的最好做法。”
韩春雨出生于1974年，现为河北科技大学副教授，本科毕业于河北师范大学，硕士就读
于中国农业科学院，在中国协和医科大学取得博士学位。
在学术出版里，受到广泛质疑的论文在期刊的调查和协调下，往往由论文作者主动向期
刊申请撤稿，以减少对论文作者科学信誉的伤害，同时避免更多的科研工作者继续引用
该论文。
在前述社论中，《自然-生物技术》称：“我们也询问了论文作者是否可以解答科研... 阅读全帖 |
|
a****o
发帖数: 423 | 29 专家是傻逼
dna双链煮不断只能煮成单链
一退火马上又自动合成双链 |
|
发帖数: 1 | 30 当年鲍林发现了蛋白质的螺旋结构，想到双螺旋结构并不需要什么天才的设想，沃森的
书里面自己也承认当时业内人人都能想到双螺旋，鲍林甚至提出了三链结构。只是当时
蛋白质解结构还没有现在这么成熟，大部分生物学家不会X射线晶体学，所以他们要找
合作者。其实DNA的X射线试验是Rosalind Franklin做的，这个女科学家学问做的很扎
实，步步推进。沃森和克里克通过私人关系，偷看了一张Franklin的X射线照片。
“但最大的一个争议点，莫过于在1953年2月14日，在没有得到弗兰克林同意、她不知
情下、以及没有发表的情况下，威尔金斯对沃森出示了一幅弗兰克林于1951年11月获得
的B-型DNA清晰X射线衍射照片（图2）。这张著名的51号图片表明，DNA只能是双链结构
才能显示那样漂亮而清晰的X射线衍射图。沃森在他1968出的The Double Helix一书中
说：“The instant I saw the picture my mouth fell open and my pulse began to
race."1953年2月28日，沃森和克里克做出了正确的DNA双螺旋结构模型，并... 阅读全帖 |
|
s*****j
发帖数: 6435 | 31 "这张著名的51号图片表明，DNA只能是双链结构才能显示那样漂亮而清晰的X射线衍射
图。"
据说沃森一辈子也没搞明白为什么 "只能是双链结构才能显示那样漂亮而清晰的X射线
衍射图"
to |
|
发帖数: 1 | 32 一、舰炮系统
052D采用的130mm舰炮系统的非官方称称谓为PJ-38，由郑州机电工程研究所(郑州713研
究所)研制，内蒙第二机械制造厂（包头）生产。该系统采用单管布局，70倍口径，单
链路供弹，全自动装填，水冷却，采用玻璃钢隐身防盾；安装甲板下设置二层供弹系统
，一甲板为弹鼓转运间、二甲板为弹药舱及下扬弹机，此炮的工作方式为“中心”战斗
工作方式和“维修”工作方式。该系统包含一套带电视和电子瞄准装置的计算机控制系
统。火炮可由雷达控制系统控制实施全自动射击，也可在自主控制模式下由舰员使用炮
塔上的康丹瑟光学瞄准具实施射击，还可使用全手动模式射击。
052D的130mm舰炮系统在机械设计上基本沿袭了俄罗斯AK-130双管130毫米舰炮的设计，
机械部分技术相当成熟，主要改进为以下几点：
1、采用单炮管设计。优点：消除了原设计中因炮口激波相互干扰而导致的弹丸精度不
足问题；缺点：牺牲了射速，在保证了提高最佳射程的同时，射速有所降低，为40发/
分。
2、采用单链路供弹。在该系统的设计之初，是双链路供弹，定型时取消一路供弹链路
。优点：大大降低了系统重量（舰炮系统全重不低于50吨）；缺... 阅读全帖 |
|
发帖数: 1 | 33 一、舰炮系统
052D采用的130mm舰炮系统的非官方称称谓为PJ-38，由郑州机电工程研究所(郑州713研
究所)研制，内蒙第二机械制造厂（包头）生产。该系统采用单管布局，70倍口径，单
链路供弹，全自动装填，水冷却，采用玻璃钢隐身防盾；安装甲板下设置二层供弹系统
，一甲板为弹鼓转运间、二甲板为弹药舱及下扬弹机，此炮的工作方式为“中心”战斗
工作方式和“维修”工作方式。该系统包含一套带电视和电子瞄准装置的计算机控制系
统。火炮可由雷达控制系统控制实施全自动射击，也可在自主控制模式下由舰员使用炮
塔上的康丹瑟光学瞄准具实施射击，还可使用全手动模式射击。
052D的130mm舰炮系统在机械设计上基本沿袭了俄罗斯AK-130双管130毫米舰炮的设计，
机械部分技术相当成熟，主要改进为以下几点：
1、采用单炮管设计。优点：消除了原设计中因炮口激波相互干扰而导致的弹丸精度不
足问题；缺点：牺牲了射速，在保证了提高最佳射程的同时，射速有所降低，为40发/
分。
2、采用单链路供弹。在该系统的设计之初，是双链路供弹，定型时取消一路供弹链路
。优点：大大降低了系统重量（舰炮系统全重不低于50吨）；缺... 阅读全帖 |
|
m********n
发帖数: 4570 | 34 我没有网友。。。
就只有你和双链，双链还去生娃了 |
|
i***r
发帖数: 6012 | 35 啊，和双链差不多，说不定同一天生呢，赶紧结拜啊，双链是女的还是男的？ |
|
j**********1
发帖数: 77 | 36 先哭下，在inputking上辛辛苦苦敲的字，验证码没过，全没了。重新敲的。
1）coding问两个串，比较相同不，给了hashtable的方案，估计丫不喜欢
2）问了很多调试工具，call stack，没咋用过，扯类似的东西，丫不满意
3）问懂不懂javascript, css, html，扯以前做过的东西
4）单双链表区别，举例什么情况下用双链表。
5）概念题若干
今天知道fail le, move on.
大家找工作都不容易，互相勉励下，祝我们都好运!
btw,给个包子吧，新人，还没见过包子呢。 |
|
b******v
发帖数: 1493 | 37 来自主题: JobHunting版 - ms面试题 这题感觉是把一个BST变成balanced BST的逆操作
可以用递归来做
首先，对于特殊的BST，即root节点左右子树都是单链到底
如何把它转化为一个双链表。这个应该比较简单。
其次，对于一般的BST，可以用递归把左子树变成单链到底，
右子树变成单链到底，然后用第一步的函数合并成双链表。
具体如何实现估计还要想一想。
linked |
|
e****9
发帖数: 316 | 38 之前两轮phone screen都是常规题目.
这周一on site,昨天刚下飞机收到hr的voice message通知被拒,赞一下hr的效率
一面:BST到排序双链表.之前准备过,所以很快给了code. Follow up问题,排序双链表到
BST,只给了个大概的想法,code没搞出来. 然后是OOD问题,餐馆预定系统.
二面:先谈一下过去的项目,技术上的难点.然后是code问题,字符表格找单词.
比如下面的3*3字符表格
1 2 3
4 5 6
7 8 9
每一个位置都是随机生成的char,给你一个字典然后找到表格里面所有可能的单词.
单词的定义是任意个连续字符组合,一个位置用过之后就不能再用.
比如14,214,159,153,1245,1457都是合法的组合.121是非法的.
这个题答得不好.想到了要用递归,但是后面code的时候有点乱.
经验教训,Amazon面试code题是逃不掉的,所以自我介绍和谈过去的项目都不要耽误太多
的时间,要不后面的code题就没时间了.
三面:hr
四面:要限制某个应用x的heap的内存使用,实现一个x_malloc和x_free |
|
p********7
发帖数: 549 | 39 给楼主补充几个题吧
BST转为双链表
双链表转为平衡BST
求leaf之间最大距离
由inorder和preorder的序列，重建BST |
|
h**6
发帖数: 4160 | 40 这题和文章里找单词的区别在于，不能用你上次说的哈希表与双链表方式来做。
因为文章中可以按照顺序阅读单词，生成双链表。但本题的数据是没有排序的。 |
|
q****x
发帖数: 7404 | 41 有没有可能inplace？
1. 利用二叉树指针空间，把二叉树转成两个排序双链表。
2. 合并两个链表。
3. 将排序双链表转成二叉树。
不过这样似乎很无聊。时间O(nlogn)空间O(1)，和一个个插入一回事。 |
|
i**********e
发帖数: 1145 | 42 来自主题: JobHunting版 - 上一道题吧 你是说实现双链表么，呵呵
双链表实现删除和插入的确麻烦。
不过思路方面应该跟你的一样。 |
|
i**********e
发帖数: 1145 | 43 来自主题: JobHunting版 - 上一道题吧 真的很难。
我昨晚利用想到的双链表那个思路写代码，思路很清晰，而且双链表都有自己写好的现
成class，照理说问题不大。
结果写着写着才发现非常不好写，漏掉了一些判定条件。
所以还是要多写多练习。 |
|
b*****u
发帖数: 648 | 44 是不是cc150还是哪儿有这个题？
一个vector，装空闲块地址，一个map，是用来映射内容编号对应的块地址，一个双链
表，用来把最近用过的块放到前头。之所以双链表是为了方便释放。
遇到oop的设计停车场我也这么套 :D |
|
x*********3
发帖数: 1438 | 45 这个得看你next怎么写的吧。我是用stack。然后给了若干方案，比如再加一个stack，
或者用双链表。
然后就让我用双链表重新写一下。 |
|
o*******y
发帖数: 362 | 46 Linkedlist就是双链表啊
[在 creation (努力自由泳50m/45sec !) 的大作中提到：]
：常见的那个LRU cache 用 treemap 做要比自己写双链表简单多了 |
|
s*k
发帖数: 144 | 47 请允许我这个半瓶醋插两句嘴:-)
大家知道在细菌里染色体是环形的,质粒也是环形的.
那么当它们复制的时候,到了最后关头,就会形成一种
两环互相套在一起的局面. (这个在数学上好象叫knot
我不大敢肯定,希望专家指正) 这时候,正是Topo II
挺身而出,解决了这一尴尬局面,将两个环彻底分离.
ATP若是参与到这个反应,没看文献,按照我的猜测可能
用于断开双链DNA,即形成一个dsDNA-->2ATP的中间体,
以打断DNA.当另一双链DNA穿过dsDNA的断端,酶再将
ATP水解会来,所以整个反应没有ATP的净消耗.
现在教主面临的问题是:
反应既然没有能量的消耗,为什么反应产物却不是处于
统计上的平均分布?
Roca 的工作从酶的作用机理和DNA的超螺旋性上这一
微观角度来解释这一问题.
而教主的工作是从热力学和分子动力学这一宏观角度
解释这一问题.
不知道以上我的这些说法是不是漏洞百出,还请专家斧正. |
|
s*****h
发帖数: 108 | 48 转到细胞双链DNA，我知道如果瞬时转染，DNA 将不能整合到基因组去，但是如何会有蛋白产生？ 非常疑惑 。
我不知道这一段DNA是如何进入细胞核的，进去了，一直处于游离状态，人家细胞自己
的DNA开始转录，可外来的DNA自己又没有promoter，怎么开始转录成RNA啊？
另外一个问题，是不是转染到细胞里，双链线性DNA，环状DNA，都可以？ 那单链DNA可以吗？
还有一个问题，我们平时摇菌，扩质粒，这些质粒都自己可以独立复制的吧，都是基本不整合到细菌基因组的吧。我们摇菌用的细菌自己有自己的质粒对不对？
分生非常差，不好意思，谢谢！ |
|
a******e
发帖数: 119 | 49 我在用Taq DNA ligase将两个富含GC的约70bp的单链DNA片段连接。 直接连，没连上。
又95度加热10分钟，cool down overnight，再连接，还是没连上。 请教各位有什么建
议么？
另外如果把单链变为双链后再连接，怎么由双链的DNA在获得单链。 Thanks |
|
e*******c
发帖数: 55 | 50 另一种替代剂叫Gel Red，也是一种红色的染料，出自美国Phenix Research公司，
Gel-Red也是无毒无害的红色染料试剂，作用也是能够整合到DNA双链.
整合到DNA双链.....是无毒无害?
这种脑残的文章也能在BBS发表？ |
|
