n*****l
发帖数: 868 | 1 谢谢您的回复。
我也是看到说probe要100bp左右。但是也找到一个公司，EXIQON，online的软件给的
probe都只有20bp多，也只能带1个或者2个荧光基团.
想请教如果自己合成，是象合成引物那样，给序列公司合成后，自己用试剂盒label荧
光么？
还有就是你们为什么用石蜡的呢？他比冰冻切片更好么？因为以前我们做免疫荧光基本
都是用冰冻的，觉得石蜡步骤繁多，又爱脱片。
谢谢 |
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y****i
发帖数: 2194 | 2 神棍请自动绕道，只是和搞生物的同学分享一篇好文
转载：原文链接：http://www.douban.com/group/topic/33656795/?r=1
在以前本小组的讨论中，我曾提到 “比如你如果不理解所有生物共有的膜渗透能量供
应化学原理，你就根本无从评价任何生命起源的理论。”
**********************
一 直觉与反直觉
直觉（intuitive）和反直觉（counterintuitive）是科学讨论在描述一个科学理论或
者发现的时候，经常使用的二分法。这个叫法本身并不那么科学和严谨，但是其中的意
味却是无限深长的。
既然不严谨，我也不去定义它，只看范例：
最简单清楚的直觉理论，在古希腊科学有很多范例。比如“物体排开的水量等于它的体
积”。比如欧几里得平面几何中的公设和简单定理。“凡直角都相等”，“两点之间直
线最短”，初学几何的人，都会想这不是废话吗。等到用这些废话为基础武器，逐步分
解，证明了其他复杂得可怕的理论，我们才知道废话的精辟之处。这就是直觉理论最原
始的特征：不言而喻。然而，即使在这种萌芽时代的智慧中，也埋下了“反直觉”理论
的种子，比如仅仅... 阅读全帖 |
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s**********e
发帖数: 601 | 3 支持sunnyday。我的观点和sunnyda的完全相同。 就是这点：我本质上不反对转基因（
我从来都没有反对过转基因这个技术）。但是我反对在没有安全数据的前提下，把一个
含毒蛋白的东西当成主粮让人天天吃。我觉得这个太过分了。
希望那些急吼吼的让全中国的13亿人都食用不确定毒性的转基因基团的人，能用脑子想
清楚想明白。
反正美国和欧洲的政府是不会傻到在自己的国家大范围推广这种转基因的食物的， 只
有腐败愚昧的中国的专家和政府会干这个傻事。
咱们在这儿瞎着急，保不准很快中国的专家和官员就被收买，他们把自己的孩子后代送
到美国，而让国内的老百姓做试验品了。而中国的党喉媒体会吹嘘这个伟大的决策是利
于百姓的千秋大业，愚弄人民。 |
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m*********D
发帖数: 1727 | 4 这个可能得问有机专业的。我瞎说：
感觉是酸性条件下，酚苯环上的OH基团保持原状，在碱性条件下是O-。也就是说酸性条
件下，酚作溶剂的极性没有碱性条件下强。在有机分子里，氧是极性的标志，DNA和RNA
的差别是一个O的多少，也就是RNA极性大。另外，相对DNA的碱基C, RNA的U上面少一个
甲基，也有利RNA溶于极性溶剂。 |
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s******y
发帖数: 28562 | 5 你应该这么考虑，纯葡萄糖或者纯淀粉燃烧后至少会在短时间内增加溶液里面的CO2 含
量（因为CO2不会立刻离开体系,而是需要一个时间），会产生弱酸性。
至于柠檬什么的，因为水果里面的酸，比方说柠檬酸，其实一般不是以纯酸存在的，而
一般是柠檬酸二纳盐的形式存在的（柠檬酸总共有三个羧酸基团）。柠檬酸代谢之后会
产生６个CO2, 考虑到CO2离开体系需要的时间以及CO2 溶于水只能产生弱酸性，所以留
下的两个Na就会产生碱性。
另外，要指出的是，所谓的人体的酸性碱性变化，其实是非常小的范围的变动，大概也
就是在7.2 到7.4 之间变动而已。
如果人体体液变成pH 6.9, 用不了多久可能就要死了。 |
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s******y
发帖数: 28562 | 6 另外，对于DNA而言，即使不存在DNA酶，在有足够的二价金属离子的情况下，也是可以
导致水解的。
一般认为DNA酶的作用是把镁离子放在一个最有利的位置从而加快这个水解过程。如果
用一个比方的话，如果说DNA酶是枪，那么镁离子就是子弹。
其实从一个化学的角度来说，大部分酶的作用无非就是把氨基酸侧链上的基团（COOH,
SH, OH,NH3, etc.)或者蛋白结合上的小分子（离子或者有机小分子)放到合适的地方让
他们进行水解或者合成（水解倒过来）反应而已。
比方说什么serine-protease, 无非就是用serine的侧链上的-OH来搞搞氢键什么的来促
进水解而已。 |
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s******y
发帖数: 28562 | 7 好像是Hypoxia 刚刚开始时以及结束时都会引起oxidative stress. 好像主要是因为线
粒体上的反应被打乱了，导致一些活性基团被直接释放。
stress |
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v*******e
发帖数: 11604 | 8
突变是相当于去掉这个蛋白的功能，但是基因表达并不应该就一定低，失去功能并不一
定是依靠表达低，也可以是因为蛋白的某些变化使得它的某些基团的功能丧失，比如磷
酸化和去磷酸化等。如果P53突变，但是它的promoter，regulator并没有突变，我们并
不能指望它的表达会降低。 |
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D*****y
发帖数: 95 | 9 请问各位
有没有做高通量药物筛选的
就是通过高通量筛选来找到指定靶蛋白的小分子抑制剂
或者通过修饰已知的小分子的某些基团来增加其活性
有这些背景的朋友请和我联系 有机会与你们合作 |
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m*********D
发帖数: 1727 | 10 HTS就是机器操作，很多大学有这样的center。你有特定的蛋白要target吗？有现存的
assay还是在assay develop阶段？我从assay development 到“手动”的HTS都作过，
倒没有作过Auto的。真正HTS直接送到center就可以了，倒是后面的数据处理会回到实
验室。
“修饰已知的小分子的某些基团来增加其活性”大多合成的，属于organic chemistry
的吧？作计算机结构模拟的，这个我不懂。我们这里如果HTS有了好的lead, 经常会去
网上search结构相似的chemical,要么找人合成，要么有些公司或NIH有，直接买或者要
过来，再测试。
你要有和好的合适HTS的assay,后面应该容易找到地方作。 |
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z*****g
发帖数: 2 | 11 如果是靶向一个酶的话，可以设计它底物的类似物，从而开发成底物竞争性的
inhibitor，像一些kinase的inhibitor都是ATP的类似物；即Mechanism-based
inhibition，共价和非共价结合的都有，academic groups 开发比较多。但这类
compounds选择性可能不好，对同类型的酶都或多或少有抑制作用。
另外，从已经报道的ligand去设计similar analogs，可能很难跳出别人compound的骨
架(scaffold)，发文章的novelty或专利申请受影响。
如果是靶向protein-protein interaction 的话，尤其是你知道它们的complex
structure，以其中一个为receptor，另一个的peptide为ligand，不断优化（突变和/
或改变长度）这个peptide，使其达到活性达到最优；并且可以再对这个peptide进行化
学modification，提高其透膜性或水溶性。
zjianyun (Four) 提到的假阳性结果，是指Pan Assay Interference Compounds
... 阅读全帖 |
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m*********D
发帖数: 1727 | 12 蛋白质的结构与功能的关系
要回答这个问题，先得从基本的蛋白质结构讲起。生物的进化，选择了DNA分子作为遗
传的载体，而细胞里真正运转的机器是蛋白质（近年的研究表明小分子的RNA也有这种
功能，不在这里讨论）。所以，了解蛋白质的结构是生物研究的重要一环。
蛋白质是20种氨基酸的聚合物。这20种氨基酸的共同点是大家都有一个胺基，一个羧基
。一个氨基酸的胺基和另一个氨基酸的羧基连在一起，就象孩子拿一根绳子把20种不同
颜色的珠子串一起一样。这串珠子可小可大。小的叫多肽，大的叫蛋白质。两者之间没
有一个严格的数量区分标准。如果以一个500个氨基酸组成的蛋白质来计算氨基酸可能
的排列组合，你知道那有20的500次方的可能性。这也是决定不同氨基酸排列组合而形
成的蛋白质可以有不同的功能的基础。一个特定蛋白质的氨基酸顺序在生物化学上称为
蛋白质的一级结构。
20种氨基酸的不同在于它们的支链。支链有大小的不同，有极性的不同。这种不同就导
致了在不同的蛋白质分子里可以形成不同的“结构小区”（可以用“物以类聚”来解释
，在蛋白质分子里可以理解为颜色相近的珠子/氨基酸结合在一起。），生物化学上叫
二级结构。... 阅读全帖 |
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f*******K
发帖数: 34 | 13 用于常规蛋白质组研究，QE HF的performance已经完全可以和fusion媲美了。fusion的
优势在于选择灵活性和MS3 or 4用于修饰基团分析，比如glycans等，我们实验室
Fusion主要用于method development |
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s*****r
发帖数: 34 | 14 http://blog.sciencenet.cn/blog-3032092-955617.html
523协作组获得泰最高医学奖的前前后后 精选
已有 3392 次阅读 2016-2-11 18:16 |系统分类:人物纪事
“中国抗疟药青蒿素及其衍生物研究协作组”（China Cooperative Research Group
on Qinghaosu and its Derivatives as Antimalarials）获得2003年度泰国玛希顿亲
王奖（Prince Mahidol Award in Medicine）的前前后后
去年年底在科学网上出现两文提及中国科研人员获2003年度泰国最高医学奖的往事。第
一篇是天津大学青年教师郭翔海撰文纪念最近辞世的老师沈家祥院士时提到“2004年初
，泰国以国王普密蓬·阿杜德的名义，为研制抗疟药物青蒿素的中国医药科技工作者颁
发了泰国最高医学奖－玛希顿亲王奖。很少有人知道，这个奖项原本的获奖人是沈家祥
。是在沈先生的婉拒和执意推荐下，该奖项最后授予了“中国青蒿素团体”。第二篇是
“北大教授披露屠呦呦早年轶事：曾‘被报’大奖”。今年... 阅读全帖 |
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f*******K
发帖数: 34 | 15 简单解释如下：
做过磷酸化蛋白质组学的应该都知道，TiO2针对磷酸化基团具有很高的亲和性和特异性
，因此TiO2被广泛应用于富集磷酸化肽段的磷酸化蛋白质组研究，以分析磷酸化介导的
信号通路.TiO2富集磷酸化peptide的方法由我博后老板Martin R. Larsen 2005年发表
于MCP,引用有大约1500多次，相关专利被Thermo收购。
在本工作中，我们通过化学合成一种phosphanate tag,该tag可以特异性与Cys的free
thiol group反应，从而用于标记Cys peptide,由于tag含有phosphanate group, 从而
标记的Cys peptide可以用TiO2富集，原理类似于富集磷酸化peptide。更进一步，我们
的方法可以从同一样品同时富集cys peptides和Phosphopeptides, 从而可用于研究两
种PTM的相互作用the cross-talk between Cys PTMs and phosphorylation。 |
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S**********e
发帖数: 620 | 16 赶紧，那些重复不出来的人们赶紧试试，听起来有些刺激，同时也不可想象，少一个磷
酸基团就能死死卡住？希望能重复出来，DNA的功能就拓宽了许多。难道韩春雨在导演
过山车，逗你们玩，女主角的小心脏会被玩死的。。。 |
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b**********a
发帖数: 930 | 17 这个化合物如果没有化合物本身化学结构的专利，其吸引力很小，建议你们队如下几个
方面进行专利相关的工作。
这样的化合物如果对体外的细胞株没有作用而在体内有作用，很可能是体内或组织的酶
参入代谢后的成分起作用，而这些酶在细胞株里面没有。
坦率的说需要注射到实体瘤的药物其应用范围很受影响，能够开打身体进行注射或使用
微创技术进行注射的应用范围还是有局限性，可以作为实体瘤的辅助治疗方法，例如在
手术切除后对周围创面进行清理的方式之一。
此化合物已有专利，但可以在这个化合物的基础上设计或增加一个或几个基团，而不影
响生物学活性，这样对后来加入的竞争者是一道屏障。
对工艺进行专利保护。
对制剂进行保护，注射剂，混悬剂等，也是专利屏障。
现在国内药厂对新的药物渴求很大，可以参加国内的新药展览，准备好所有数据。
找到新的药物非常难，希望早日楼主成功。 |
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g*********5
发帖数: 2533 | 18 可以rabbit ig fc 上个偶联不同的基团，小分子啊，检测这个东西不就行了吗 |
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m****c
发帖数: 2416 | 19 我最恨的就是，在scale up的时候换了一个不起眼的保护基团，结果想想这次就别试
1mg的反应了，扔一半几十毫克好了，结果就失败了，原料也没了
这种事情屡屡发生。。。 |
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x***9
发帖数: 49 | 20 我现在打算做一些单晶的有机电子材料，初步打算合成一些具有新的电学性能的有机化
合物，然后测一些电学性能，但是觉得这样的创新性不强，发高因子的期刊比较难。我
还有个想法就是做系列衍生物，以考虑不同取代的基团对电学性能的影响 |
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c******l
发帖数: 193 | 21 向大家请教一下这几个官能团所对应的形容词是什么，只知道对应的化合物的名词是：
urea, anthracene, anthene, furan, xanthene, 如果命名的时候换成形容词该怎么写
? |
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t******t
发帖数: 3045 | 22 这都是化合物 不是官能团啊
而且名词也可以做定语的啊 不是所有的名词都有对应的形容词的 |
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f********r
发帖数: 190 | 23 事情是这样的。我们有一个蛋白，功能研究表明它能结合长链疏水基团,而且我们
也做了蛋白结晶。晶体衍射图表明确实有一长链的东西跟它结合在一起，但看不清
是什么。于是我们就把这个东西抽提出来打质谱。但还是搞不清是什么。
最开始我们怀疑是Decanoic Acid，但它的 Calculated exact mass(172.15) 跟高分辨率质谱上
得到的数值(172.07)相差0.08。据说，这个差值非常大，因而被否决了。现在是心里一点谱都没
了。
那个MS/MS应该是低分辨率的。这种情况我不知道能不能做NMR。不知道NMR对量和纯度
有什么要求。
your |
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c********7
发帖数: 17 | 24 SH和NH2都会和AuNPs反应。虽然SH和金的作用比较强，但NH2也是很常用的attach
AuNPs的基团。所以估计这个ligand两端都可以连在AuNPs上，形成network，分散度会
很差，甚至连成一块。交换的话也难以避免这样的问题。
比较有效的办法是先找个别的反应将amino保护起来，然后attach ligand在AuNPs上，
随后将保护撤去，amino暴露出来，再进行后续反应。
一般在reduce HAuCl4时，为了保护thiol ligand的mercapto，要加一点acetic acid，
所以不存在你提到的问题。 |
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n*******n
发帖数: 12 | 25 最近做了一个boronic ester：3-methylester-2-nitro-phenyl pinacol boronic
ester. 可能是因为苯环上有两个强吸电子基团 （这个理论是我猜的），分子在柱子上
拖尾很严重。同时，这个化合物得UV特别弱（也可能是拖尾让我看不到分子到底在什么
地方）。
我今天早上尝试用acetonitrile重结晶，pinacol boronic ester 和我的分子一起结晶
出来。尝试了下一步反应，直接用crude没有反应，提纯以后的化合物（过一次柱子可
以拿到一些纯的）反应38%的产率，现在要optimize rxn，但是不能拿到足够的纯化合
物，很难办啊。
请问各位高人，有什么好办法提纯boronic ester吗？ |
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n******n
发帖数: 98 | 26 我暂时的目标是合成6～8肽，肽链中含有非天然氨基酸（支链上带有磷酸基团）。想批
量合成然后进行screening。我没有做过专门的peptide合成。最好是能有仪器帮忙。上
网大概看了一下，很多公司都有生产但是不知道哪些好，然后还能tolerate那个非天然
的氨基酸。
谁有经验的好心人推荐一下吧。多谢了先。 |
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w*****e
发帖数: 10 | 28
看来遇到高手了，经典！！！
不知大侠什么时候有空给发个详细的指点一下，这东西实在太有用了！不胜感激！！！！ |
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e****2
发帖数: 2723 | 29 紫外的能量让发色基团激发, 造成光吸收改变,自然变色. |
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O*******f
发帖数: 926 | 30 个人观点：
1。保护羧基（比如苄醇或者其他基团），溶于有机相，分液，去保护（氢解）得二酸。
2。如果二酸空间距离近，可以考虑脱水成酸酐，一般酸酐是可以溶在有机相中的，KCl
不溶，就可以分离了。然后纯粹水解酸酐得二酸。
3。用这个混合物继续下一步，再提纯。
DMF |
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a********r
发帖数: 387 | 31 有点糊涂了现在，想半天也没想明白，特来请教。
已测得与基团A结合的H2O的Pka是6.5。那么在PH＝7的时候，溶液中的物种以A-OH和A-
H2O形式存在的浓度比到底是多少啊？ |
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O*******f
发帖数: 926 | 32 ESI一般是软电离，除了叔丁基和几个个别的基团外，应该能够看到分子离子峰，碎片
很少。或者说，大多数情况下，当你看到碎片峰的时候，必然会看到明显的分子离子峰
。羧酸在ESI第一步丢水是可以的。
“然后再丢掉甲醛”，感觉理论上可能，比如 ArCHRCH2CO2H 结构。但ESI不应该那么
强悍吧。第二步常见的是直接脱羰。 |
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e****2
发帖数: 2723 | 34 一般地说N-甲级很难脱吧，没见过，属于无用的集团 |
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c******n
发帖数: 16403 | 35 试试 PhOCOCl/then 12M HCl, relux
或者Troc－Cl， Zn-HOAc. |
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y*******n
发帖数: 127 | 37 我还见过更严重的情况，比如羧基修饰的PS纳米粒子在pH8时还能吸附双链DNA。我猜是
因为纳米粒子表面的羧基密度不够高，虽然能够部分防止纳米粒子团聚，但是其表面还
是有很多疏水的区域，解决不了根本问题。而且羧基上连接的碳链太长的话，也不利于
其电离。纸上谈兵的说，提高纳米粒子表面羧基或者其他带电基团如磺酸基、磷酸基的
密度，肯定会提高其稳定性。比如，在纳米粒子表面长一层带负电或正电的聚合物刷，
将会极大的改善其稳定性，一个明显的例子是Invitrogen的CML latex的稳定性要比起
carboxyl latex要好得多，原因就是前者表面是聚电解质刷子。PEG改性的纳米粒子稳
定性普遍偏差，毕竟电荷排斥才是王道啊。 |
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x*****c
发帖数: 1005 | 38 问小分子有机物晶体的精修因子 R因子，大概要多少才能发表呢？
我设计合成了三种化合物，通过控制中间部分的不同，使分子内两个基团成不同的角度
。这也是
project的创新点
三个晶体都长出来了，但是其中的两个晶体的R因子都在0.2左右，技术员说在0.05一下
才能说是
结构确定的，这样，我这样的两个晶体不能定性说明化合物的结构呢？那岂不是我的
project的目
的就无法达到了？
此外，技术员说R因子无法精修是因为分子中含有氯仿这一溶剂，如果能把氯仿除掉，
才能精修成
功，
他的说法对么？ 我似乎看到过很多晶体都是含溶剂的啊
如果有晶体高手，能否把数据精修到0.05呢？
另外，是不是我必须得去换溶剂？ |
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s*******h
发帖数: 3731 | 39 老弟，第一你那个氨基保护基团就操蛋，然后又不想用稍微毒一点的东西，还要选择性
。。好事都被你占了，还留着广大千老做什么用。。。。 |
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n*****j
发帖数: 22 | 40 修饰工作确实就是在荧光基团上进行的，有什么普遍的规律来指导修饰的工作呢？ |
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a****n
发帖数: 53 | 41 羰基氧是有俩孤电子对，但都不能因共轭而分散到羰基连着的基团比如苯基上，因为那
俩电子对所处的方向是和双键轨道垂直的。 |
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x******i
发帖数: 146 | 42 如果functional group只有OH,
表面太亲水，
估计protein要特异性上去不太容易，
当然干在上面另当别论，
可以考虑搞点长碳链之类的憎水基团~ |
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n******t
发帖数: 1281 | 43 各位化学大牛你们好！
俺是搞生物的，想请教大家个问题：
4 - Nitrophenyl - β - D - cellobioside这个东东能不能自己合成啊？麻烦不？
具体就是如何把 4 - Nitrophenyl -基团加到 cellobioside上吧？
非常感谢！ |
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f*********2
发帖数: 156 | 44 题目是：
NO2 和NH2两个基团，前者的N跟electronegative很强的O相连，后者的N跟
electronegative很弱的H相连，可为何2个集团的electronegativity是一样的（都是3.
4）？大家知道如何解释么，很急，谢谢 |
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f*********2
发帖数: 156 | 45 谢谢，也就是说NO2中的O也为这个group贡献电负性了。 那为何2者一样的电负性呢，有相关的基团电负性计算公式么 |
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w****t
发帖数: 1849 | 46 You can try to google the formula.
，有相关的基团电负性计算公式么 |
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h********n
发帖数: 53 | 47 红外生色基团，比如carbonyl stretch of amide 1 band,的红外消光系数大概在什么
范围啊？在那里可以查的到？搜索了很久都没找到。。。谢谢大家。 |
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c******d
发帖数: 564 | 48 我是外行，有个关于荧光光谱的问题请教。 比如下面这大约十种荧光集团，单靠光谱
分析能分出来吗？
或者转化成另外一个问题，MAx EM 只差 5， 6 nm，这两个基团能靠光谱分析分开吗？
溶液环境一致但是较复杂，是PCR反应产物，里面有0.5mM MgCl2，0.05mM dNTP，DNA，
痕量protein等。
多谢指点
Dye Max. EX (nm) Max.EM (nm)
6-FAM 494 515
JOE™ 520 548 BHQ-1,
TET 521 536
Cal Fluor® Gold 5401 522 541
HEX2 535 555
Cal Fluor Orange 5602 540 561
TAMRA™ 555 576
Cy3® 550 570
Quasar® 5703 548 566
Cal Fluor Red 5904 565 588
ROX™ 573 602
Texas Red® 583 603
Cy5® 651 674
Quasar 6705 647 667
Cy5.5... 阅读全帖 |
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m****n
发帖数: 75 | 49 MAx EM 只差 5， 6 nm，这两个基团能靠光谱分析分开吗
单纯靠光谱分析不行 |
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b*****r
发帖数: 203 | 50 2. 如果你有很多acidic amino acid residue 或者别的酸性基团比如 sialic acid
modification, negative mode 可能更适合. 什么matrix 应该无所谓吧. |
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