由买买提看人间百态

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全部话题 - 话题: 多态性
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t*******d
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1
来自主题: TrustInJesus版 - 科学家教导创造论抛弃进化论的视频
前两条我就不说了,因为确实有科学实验得出Y染色体“亚当”和线粒体“夏娃”,只
不过科学论文上没有说他们是唯一的。这一点这个网站的作者也承认了。
第三点是这个网站的作者的发明,说人的常染色体第2 染色体上有一段789个碱基序列
在全体球所有人身上是一样的,这可以证明有“唯一”的科学亚当和夏娃。这是他反驳
史上存在
那么我们来看看这一点有没有问题。人身上是有这段序列的,这是科学发现。但是更重
要的问题是作者这个这段789DNA字符在全世界所有人身上都一样的这个观点有没有科学
证明。因为如果这一段序列在全世界的人身上都不一样,那么作者的证明就没有了基础。
那么作者是怎么证明全世界的人身上的这段DNA序列都一样的呢?
想证明全世界的人身上这段序列都一样不是见简单的事,因为你显然没能力把全世界的
人身上这段序列都测一遍。那么是有实验测了几千人身上的这段序列都一样,然后推广
到全世界范围了么,作者也没有跟出这样的实验结果。
作者的推理方法如下。这出现在网站后边的一章里:下面是章节引用
“全世界人的2号常染色体上“第一标记”的789个DNA字符,是否都是相同的呢?这就
涉及到人类的常染色体有多大的差... 阅读全帖
n**y
发帖数: 860
2
东南大学医学院四项科技成果通过鉴定
近日,省科技厅分别组织了该四项成果的鉴定会。基础医学院黄
培林主持的“脂肪酸合酶抑制剂诱发大肠癌细胞凋亡及靶向治疗的研
究”成果达国内领先水平、部分工作达国际先进水平;基础医学院张
建琼主持的“抗丙型肝炎病毒人源基因工程抗体的研究”成果居国内
领先水平、达国际水平;公共卫生学院翟成凯主持的“中国菰米的食
用安全性、营养价值和资源状况的研究”成果填补了我国菰米研究的
国内外空白、达国内外领先水平;公共卫生学院尹立红主持的“烹调
油烟致肺癌危险性及肺癌易感基因的遗传多态性研究”成果处于国内
领先地位、国际先进水平,部分研究成果达国际领先。
s*****e
发帖数: 970
3
截至08年12月中旬,上海交大医学院附属国际和平妇幼保健院在今年的各类各级课题申
报中,在医院领导的直接领导和关心下,在各临床科室与职能科室的推动下,又有2项市
科委课题、5项市卫生局课题成功立项。
由于局级及以上各级课题均有申报数的限制,院内先进行了择优推送。通过遴选,3项
市科委课题的申报中有2项中标,8项市卫生局课题的申报中有5项中标,这是历年来这
两类级别的课题中标率和中标数量最高的一年,课题负责人的年龄近90%在45岁以下,
课题相关科室覆盖面更广,从而显示了我院科研实力正在全面提高,科研的后劲将会更
足。
分别是:
一、市科委课题:
1、张健《表达Toll样受体的CD4+CD5+调节性T淋巴细胞在沙眼衣原体性输卵管积
水不孕中的作用》
2、陈勤芳《药物终止中期妊娠引产方法的研究》
二、市卫生局课题:
1、黄勇《子宫内膜癌中Twist、PTEN的表达及EMT逆转的体外研究》
2、李路《FSH受体基因多态性与IVF中卵巢反应性关系的研究》
3、范建霞《生活方式干预疗法对多囊卵巢综合症患者妊娠结局影响的研究》
4、刘
v**o
发帖数: 64
4
来自主题: Java版 - 重锤痛击 Robocode!
有可能在闪躲炮弹和执行精确攻击的演练中学会继承、多态性、事件处理以及内部类这些
内容吗?Robocode 这个游戏即将为全世界的 Java 开发者实现这个愿望,它把游戏风潮
变成了教学工具,人们对它的上瘾程度令人吃惊。
Robocode 是一个很容易使用的机器人战斗仿真器,可以在所有支持 Java 2 的平台上运
行。您创建一个机器人,把它放到战场上,然后让它同其他开发者们创建的机器人对手拼
死战斗到底。Robocode 里有一些预先做好的机器人对手让你入门,但一旦您不再需要它
们,就可以把您自己创建的机器人加入到正在世界范围内形成的某个联盟里去和世界最强
手对阵。
官方地址:http://www.alphaworks.ibm.com/tech/robocode/
j****g
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5
来自主题: Java版 - 问个入门问题。
Which statement(s) are true? (Choose all that apply)
A. IS-A relationships always rely on inheritance.
B. IS-A relationships always rely on instance variables.
C. IS-A relationships always require at least two class types.
D. IS-A relationships always rely on polymorphism.
E. IS-A relationships are always tightly coupled.
答案是 A,C,D
A 简单。
我不明白另外两个
C 不一定非要class, 可以从一个接口继承阿。
D IS-A可以体现多态性,但是说always rely on好像太强了。
那位牛人指导一下?
c*****n
发帖数: 75
6
来自主题: Java版 - 封装
同意你的结论,但觉得例子有些勉强。 其实封装是一个很广泛的概念,不是OOP独有的
。 C也封装,在java里不用set/get的人在c里也不会用
static. 一切都global. 如果你用多态性做例子肯更让人信服。
中国的企业几乎在所有系统软件领域落败,和全民学java或C有关吗?学java的一定会
学OOP 吗?如果全民都C了, 并且把pointer搞得清清楚楚,
那中国早就是软件大国了。 问题时律师们和非律师们学的学的都是皮毛。中国的计算
机等级考试和现在的Java certification有本质区别吗?都是圈钱的把戏吧了。
java作为入门编程语言,没问题。 学不学OOP呢? 学不学J2EE 呢? 其实, 这些都超
出了语言(编译器)本身的范围, 而加入了库。而要搞清楚库,就涉及操作系统的东
西。学好了C和软件设计加上操作系统, 一样可以写出large scale的好code.
java的garbage collector正是为律师们和非律师们服务的。 和OOP 并无关系。
是的, legacy code大部分都是这种追逐效率而牺牲结构。 但如果说那些到处用
global ... 阅读全帖
f*******y
发帖数: 988
7
经典考点
对象数组不要用多态性
s*******d
发帖数: 59
8
来自主题: Programming版 - A C++ runtime type casting question
抄一段
http://blog.vckbase.com/bruceteen/archive/2004/09/13/811.aspx
问:在c++里怎么能知道一个变量的具体类型,如:c#里的typeof.还有我怎么知道一个
变量的类型是某个类型的子类,也就是实现关键字IS
答:
1。运行时获知变量类型名称,可以使用 typeid(变量).name,需要注意不是所有编译
器都输出"int"、"float"等之类的名称,对于这类的编译器可以这样使用:float f =
1.1f; if( typeid(f) == typeid(0.0f) ) ……
2。对于多态类实例,想得到实际的类名称,需要使用到RTTI,这需要在编译的时候加
上参数"/GR"。
3。对于普通变量,既然是自己写的,那当然也就应该知道它的类型,其实用不着运行
时获知;对于多态类实例,既然需要运行时获知实际类型,那么就说明这里不具有多态
性,既然没有多态性就不应该抽象它,这属于设计错误,总之,我认为RTTI是多余的。
4。对于多态类实例,使用 typeid(value) == typeid(value)来判断,不如使用
dyn
m******t
发帖数: 4077
9
1,像pointer一样节约storage space。
2, 像pointer一样可以修改原来的变量
3,像pointer一样可以保持多态性
4,保证object存在,不会像pointer一样搞出nil来
我说的对不对?好有没有补充?
谢谢
y**b
发帖数: 10166
10
来自主题: Programming版 - 类设计的一个问题
class Base(该不该有纯虚函数getX, getY, getR?)
class D1和class D2公有继承于Base
D1增加成员x,y, 实现getX, getY
D2增加成员x,y,r, 实现getX, getY, getR
Base *pb = new D2;
D2 *pd2 = new D2;
1. Base如果没有getX,getY,getR等纯虚函数,pb就无法调用getX, getY, getR,
而只有pd2可以。但是这显然失去了指针的多态性?
2. Base如果有getX,getY,getR等纯虚函数,但自身并没有x,y,r成员,这在概念上
是不是一种矛盾呢?而且设置这些虚函数很显然违背了依赖倒置原则。Base根本就不
应该有这些函数?
3. 还是根本就不应该设计继承关系?
K*******g
发帖数: 26
11
如果Animal, Cat, AnimalData, CatData这样结构定死了确实很难办,但一般很难办的
时候都说明结构本身有问题。在我看来CatData继承AnimalData不是很合适,因为从命
名上说这两个都只是一组数据,没有成员函数的话享受不到继承带来的多态性。
如果可以的话建议改成以下类:
AnimalBasicData:所有动物都有的数据
AnimalXSpecificData:X特有数据
AnimalData {
enum AnimalType{...}
AnimalType type;
AnimalBasicData *basic;
AnimalXSpecificData *xdata;
AnimalYSpecificData *ydata;
...
}
仅供参考:)
y*******n
发帖数: 22
12
[问题] 考虑由A,C,G,T组成的字符串s=a1a2...ak,定义s的权值
为W(s)=sum(w(ai)),其中w(A)=w(T)=1,W(C)=W(G)=2.给定两个参数
c和h(h>c),我们称一组字符串是一组c-h码,如果它们满足下面两个
条件:
(1)其中每个字符串的权值大于h;
(2)只包括任何权值大于c的子串至多一次。
问(1)满足什么条件的c,h才可能有c-h码的解。
(2)给定c和h,如何找到最大的一个c-h码(包含最多字符串)。
[背景]人基因组上存在着一些所谓单核甘酸多态性(single
nucleotide
polymophism)的位点,这些位点上的核甘酸(ACTG之一)在人与人
之间是不一样的。粗略的估计,这些位点大约占整个基因组的0.1%.
根据SNP可以快速的进行基因型鉴定(genotyping),因为基因型的
差异必然是SNP的一种。假定我们已经发现了所有的SNP,利用基因
芯片就可以进行快速的genotyping。这就是SNP TAT(tag/antitag)
系统。具体步骤是这样:
(1)在溶液中合成一些DNA片段(可看作ACTG字符串),每个
l***d
发帖数: 1828
13
http://www.sciencenet.cn/m/user_content.aspx?id=369371
2002年10月6日,我曾经写过一篇《二十一项值得获诺贝尔生理或医学奖的工作
及科学家》
也见:http://www.sciencenet.cn/m/user_content.aspx?id=3851
这些工作都是2002年可以判断,有些新发现,还有些工作出现导致对以前工作
评价的改变。

我说明过不是预测诺贝尔奖,而是评价值得得奖的工作。
不过,我的名单比同期国外专门公司预测的命中率要高。
从2002年以来,Thomson Reuter(汤森路透)公司专门派人做“研究”、并运
用数据分析,每年做预测,结果将近预测了120人,其中19位获奖,这个比率之所以低
,就是因为不能隔靴搔痒,用间接数据(汤森路透公司在用计算机分析数据后,还派人
读文献,再分析出他们所谓的“预测”,但这样耗资耗时的工作,仍不如内行稍做思考
后说出的体会)。
汤森路透希望通过每年发布预测来彰显... 阅读全帖
l******o
发帖数: 3764
14
今天看结果发现的
当然可能说明genotyping错了
不过很怀疑这种可能 因为我们有好几个不同的race group 都是混在一起做的
只有其中一个race出现HWE不平衡,而且p<10E-12
这样是否有可能在这个race里面 这个位置其实是有不同的多态性的呢?
无论那种情况,genotyping错了或者其他可能性,我应该怎么办呢
刚开始接触SNP 周围也没有有经验的人可以请教
还请同学们给点建议哈
谢谢啦
g*********d
发帖数: 233
15
Here is some literature I found....
I'm interested in this gene
Thanks!
2'-5'-oligoadenylate synthetase 1 is an enzyme that in humans is encoded
by the OAS1 gene.[1][2]
This gene encodes a member of the 2-5A synthetase family, essential
proteins involved in the innate immune response to viral infection. The
encoded protein is induced by interferons and uses adenosine triphosphate
in 2'-specific nucleotidyl transfer reactions to synthesize 2',5'-
oligoadenylates (2-5As). These molecules activate ... 阅读全帖
g*********d
发帖数: 233
16
对宏观物体量子效应的首次观测列居榜首
在今年之前,所有的人造物体的移动都遵循经典力学的法则。然而,在今年3月,一组
研究人员设计
了一种精巧的装置,其运动方式只能够用量子力学来描述(量子力学是一组支配如分子
、原子及亚原
子颗粒等细小物体运行的法则)。为了表彰他们的实验在概念上的拓展、其独创性以及
它的众多的潜
在用途,《科学》杂志称这一发现是2010年最重大的科学进展。
加州大学圣巴巴拉分校的物理学家Andrew Cleland 与John Martinis设计了这一机械:
一个人
们可用肉眼看到的极其细小的金属半导体桨状物,并巧妙地使它按照量子规范舞蹈。首
先,研究人员
将该浆状物冷却至其“基态”(即量子力学所允许的最低能态,这是物理学家长期以来
所追求的目
标)。他们接着将该装置的能量提高一个量子以产生一种纯粹的量子力学的运动状态。
他们甚至设法
将该装置同时进入到两种能态,因此该装置在同一时间会有微小的振动及很大的振动,
这种奇怪的现
象在量子力学的奇怪法则中是允许出现的。
科学网相关报道:科学家首次观测到宏观物体量子效应
《科学》杂志及其发行机构——美国科学促进会(AAAS)... 阅读全帖
c********b
发帖数: 363
17
我听说的版本是100个个体col-0,看多态性。
有不少生态学者说不该叫生态型,而是可以上升到不同种的高度,静观发展趋势
s*********t
发帖数: 464
18
来自主题: Biology版 - 关于中医辨论的误区
不知道反中医的有多少人真正去长时间接触中医,不知道叫废医存药的有多少人接受过
真正的新药开发训练。
我在小地方长大,直至现在很少去医院,以前基本是靠老爸和他师傅的一双手把脉开药
,这么多年下来,老爸不在身边,自己也常用一些中药调理下。西药我也用,基本上就
是一些老药抗生素。
但我接受的药学教育倒是西药的,从本科到研究生,当年高考分数不错,能上TOP2,只
因为喜欢药,老爸也支持,选择了学药。为什么学西药,老爸说,对中药我也有些了解
,而且有问题我可以问他,而西药和西方医学他不懂,我去学,不仅丰富知识面,还可
以取长补短。
老爸主要学医圣的伤寒论花很多时间在陈修园的书。他老和我说,自己资质一般,很多
东西参不透,不过在一些疑难症方面也有点点成绩。
治疗尿道结石:病例5个,100% 成功,病人花费小于100RMB,至今无复发。尿道结石西
医目前很难或者无法根治,而且花费不小。我问他,你根据什么治这个,他说第一个例
子的时候,不知道病人有这个,看脉开药,结果病人自己有惊喜,告诉他,并介绍病友
来。后来他自己也在脉象方面注意点。
白癜风:这个西医基本无解,老爸病例20左右,成功50%。
其他的... 阅读全帖
D*a
发帖数: 6830
19
我觉得能延长衰老,至少表明它真的是对自然衰老的进程有影响了。
但是也不是说延长衰老的方法就是对老鼠/人好的方法,因为你衰老延缓了,不代表其
他功能不受影响,其他功能更重要,还是多活三四年,这个就见仁见智了。
比如GH/IGF,控制生长的,这条通路的KO的老鼠都生长受限,不用在野外,两只公老鼠
在笼子里打架,KO肯定也赢不了WT的。你说真让他们竞争雌性,它怎么繁殖吧。
同理有文章表明人的IGF受体多态性也影响个头,这篇文章算是个前期工作。但是,各
位女性总体来说还是青睐一米八的男的吧,这个不也是自然选择,呵呵~
前面一个童鞋说干细胞的问题,这个也是个热点吧。这个理论感觉好久了。可惜没看见
太多干细胞和自然衰老的文章。
所以rapamycin那篇文章出来才那么吸引眼球,科学方面当然是很有意义,但是你看后
续媒体报道,完全是美国快餐文化嘛。
D*a
发帖数: 6830
20
我觉得能延长衰老,至少表明它真的是对自然衰老的进程有影响了。
但是也不是说延长衰老的方法就是对老鼠/人好的方法,因为你衰老延缓了,不代表其
他功能不受影响,其他功能更重要,还是多活三四年,这个就见仁见智了。
比如GH/IGF,控制生长的,这条通路的KO的老鼠都生长受限,不用在野外,两只公老鼠
在笼子里打架,KO肯定也赢不了WT的。你说真让他们竞争雌性,它怎么繁殖吧。
同理有文章表明人的IGF受体多态性也影响个头,这篇文章算是个前期工作。但是,各
位女性总体来说还是青睐一米八的男的吧,这个不也是自然选择,呵呵~
前面一个童鞋说干细胞的问题,这个也是个热点吧。这个理论感觉好久了。可惜没看见
太多干细胞和自然衰老的文章。
所以rapamycin那篇文章出来才那么吸引眼球,科学方面当然是很有意义,但是你看后
续媒体报道,完全是美国快餐文化嘛。
x**e
发帖数: 163
21
这个要看他是从什么品种的水稻克隆的基因,你如果是要日本晴的那当然非常简单,找
RIKEN要个全长cDNA或者直接设计引物扩增就是的,你若要RT产物做模板我可以提供。
如果是特异品种的基因可能会存在多态性,你必须要从该品种的DNA或者cDNA里去扩增
了。可以站内信箱联系我,看看有什么可以帮忙的。
h*****9
发帖数: 4028
22
亲子鉴定本质就是PCR测序外加数一数到底能match上的几个多态性位点。就是个简单的
概率问题。应用到的数学知识少得可怜。得出的结论也不一定是100%准确。
j*****4
发帖数: 43
23
我们正在研究的一个课题发现一个基因有polymorphism,但离那个基因的3’端有几十
kb。这个polymorphism与该基因的表达有紧密关系(有些突变会高度上调这个基因的
mRNA和蛋白水平)。我所知道的polymorphism一般在基因的转录调控区域或外显子内含
子之类的,这样的话调控基因的表达比较解释得通。但在距3‘端这么远的
polymorphism怎么调节基因的mRNA水平我就不知道了。有没有可能是因为DNA的三级结
构受到突变的影响?或者是epigenetics的变化引起的?我没有genomic和epigenetic的
背景,诚心向大虾们求教~ 不胜感激~~~
b****r
发帖数: 17995
24
3‘也可以有enhancer啊,这种例子多了
l**********1
发帖数: 5204
25
C elegans RNA-binding proteins (RBPs) POS-1 and GLD-1 both proteins
recognize the glp-1 3' untranslated region (UTR) through adjacent,
overlapping binding sites and that POS-1 binding excludes GLD-1 binding.
PMID 23034181
by Farley BM et al.
POS-1 and GLD-1 repress glp-1 translation through a conserved binding-site
cluster. (2012).
Mol Biol Cell. 23: 4473-83.
web link:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23034181
b****r
发帖数: 17995
26
你这是UTR,LZ的都基因下游几十K了
那我也举个不一定恰当的例子吧,比如IGF2下游若干Kb的CpG island (IC1)就影响
IGF2的表达
l**********1
发帖数: 5204
27
how about COL4A1 ?
PMID 22253229
Assadian S et al.
p53 inhibits angiogenesis by inducing the production of Arresten. (2012).
Cancer Res. 72: 1270-9.
cited
p53 directly activated transcription of the COL4A1 gene by binding to an
enhancer region 26 kbp downstream of its 3' end
PubMed link:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22253229
g*******r
发帖数: 129
28
I think you should look into microRNA-based regulation.
M*P
发帖数: 6456
29
去查查high c之类的数据库八,应该是染色体结构相关。
s******s
发帖数: 13035
30
我觉得你考虑这些东西之前,先去看看你这个cell的genome browser这个位置有没有表
达,比如你这个基因,其他基因,ncRNA等等。当然,你说的这些都有可能
s******y
发帖数: 28562
31
也有可能是间接关系啊。比方说那个区域其实影响的是另外一个蛋白(或者RNA),然后
通过那个蛋白(or RNA)来影响你感兴趣的基因。
D****g
发帖数: 275
32
Here is another possibility.
Controlling long-range genomic interactions at a native locus by targeted
tethering of a looping factor
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22682246
j*****4
发帖数: 43
33

这个有点像,谢谢大虾提供的宝贵文献。
j*****4
发帖数: 43
34

有道理,我先去查查看,多谢!!
l**********1
发帖数: 5204
35
De rien
btw, just little shrimp not king lobster
i***0
发帖数: 160
36
来自主题: Biology版 - 有做电镜的吗?
作为一项技术,它确实不够普及,可是最近电镜技术的发展也让这个老技术焕发新的生
命力,比如膜蛋白的晶体结构多是通过修饰稳定后才能结晶,可是这样带来的稳态结构
是否能反映天然状态一直是个困扰。cryo-EM是液相状态的结构,可以反映大分
子颗粒的dynamic的构象。一个经典就是ATPase质子通道的多态性(见
Steve Lutke 的文章)。如果可以合作, 还是挺有意思的。
s****a
发帖数: 55
37
来自主题: Biology版 - RNA 3' 末端的重要性
我做全长RNA然后测序看到的,主要是关心这个小RNA自身的功能。只是好奇这些末端的
多态性到底有什么作用。
另外,我的小RNA大概有60个bp.
t******y
发帖数: 716
38
来自主题: Biology版 - 我来谈谈转基因技术 (转载)
这可能和我听到的有些差异,因为当时这个学者说,老鼠的端粒长度多态性强,不容易
测量差异。不过和文章主题没有太大冲突。端粒酶没有活性,老鼠能够保持6代没有明
显表型,这难道不奇怪吗?

for
mere
s*****V
发帖数: 21731
39
【 以下文字转载自 Military 讨论区 】
发信人: saturnV (土星五号), 信区: Military
标 题: 【转载】智商1000的超级人类何时会到来?
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Jun 13 14:51:20 2015, 美东)
(译/曹凝萍)列夫·朗道(Lev Landau),诺奖获得者和苏联理论物理学派的开创人
之一,曾用对数尺度来给物理学家排序,从1到5。第一等级的物理学家比第二级的影响
力大十倍,以此类推。他谦虚地把自己列为2.5,直到晚年上升为2。第一等级的有海森
堡、波尔、狄拉克和其余少数几位。而爱因斯坦则是0.5!
我那些从事人文科学研究或其他科学领域(譬如生物学)的朋友,为物理学家和数学家
们(后者用冯·诺依曼代替爱因斯坦)会按照这样的等级划分制度思考问题感到震惊与
困扰。显然,在其他领域,能力差异并没有显示得那么明显。但是我发现朗道的体系是
合理的:有一些物理学家做出的贡献之大,我简直无法想象。
我甚至开始相信,按照朗道的评估标准,理论上,将来会有人能够超过爱因斯坦所在的
0.5层次。认知能力的基因研究表明,当前存在某些人类基因突变... 阅读全帖

发帖数: 1
40
来自主题: Biology版 - CRISPR英雄谱
#注明译者,请随便转载:)
CRISPR英雄谱
埃里克・兰德(Eric Lander)
小鹿/译
三年之前,科学家们宣布,CRISPR技术能够对真核活细胞进行精准与有效的基因组编辑
。自此,这项技术手段已然震撼了科学界,数以千计的实验室正在将其运用于从生物医
药到农业的各个领域。然而,从一种奇特的细菌重复序列现象的发现开始,到确认这种
现象为适应性免疫系统,进而对它的生物功能特性的了解,直至开发为一项基因工程的
技术,这此前二十载相关的研究历程却不为人所知。本文正是着眼于填补这段科学历史
的空白,它讲述的是观念的演化历史和先锋人物的传奇故事,并且从中获得关于支撑科
学发现的优秀科研环境的启迪。
前言
很难想起曾经有哪一次科学革命像CRISPR这般如此迅速地改变生物学界。仅仅三年之前
,科学家宣布,CRISPR系统,即细菌通过纪录和精准攻击入侵病毒的DNA序列而进行自
身防御的适应性免疫系统,可以利用转化为一项简单而有效的技术在哺乳动物和其它生
物体的活体细胞内进行基因组编辑。CRISPR即此被全球数以千计的实验室运用于广泛的
领域,如创建人类遗传疾病和癌症的复杂动物模型;... 阅读全帖
z*****e
发帖数: 33
41
所谓的repetitive区域其实也还是会有多态性,所以还是会有uniquely mapped reads
。建议直接默认设置做就是了。先做出一个结果,再调整参数。

发帖数: 1
42
这样大量过滤掉了 ,按默认设置没看到多少repetitive regions,特别是SINEs

:所谓的repetitive区域其实也还是会有多态性,所以还是会有uniquely mapped
reads
:。建议直接默认设置做就是了。先做出一个结果,再调整参数。

发帖数: 1
43
来自主题: Biology版 - 征寻有意自己创业的合作伙伴
想成立一家技术服务+研发的公司,早期以技术服务为主,在有利润充分保障的情况下
,再考虑向 研发倾斜。
就我自己能力而言,我在质料克隆,基因表达细胞株的建立和某些方面的生物信息学方
面有所专长。
在基因的亚克隆方面(就是把一个基因从一个质粒载体转到客户指定的另一个质粒中)
,我有独门技巧,可以节省不少耗材和时间。亚克隆一个<1kb和5kb基因的质粒的平均
周期分别为3天和10天, 试剂耗材成本平均分别为$15和$80左右。 对于<2kb基因的质
粒亚克隆,以我的方法,一般只要挑选3个克隆即可以得到至少一个阳性质粒克隆,所
以我估计每三天我可以完成至少20个基因以上的亚克隆。我的问题是, 基因亚克隆这
方面市场大不大?
现在市面上的克隆服务多是基因的直接克隆,即用PCR方法将获取的基因插入到公司或
客户指定的质粒中。收费都在$250以上(对<1kb基因而言, 5kb基因大概要上千元)。
这方面我并没有特别的技巧,和那些公司比没有竞争优势。而且基因碱基的多态性太
普遍,PCR克隆到的基因蛋白编码序列不一定会是客户所想要的。暂时无意开展这种类
型的克隆服务。
在基因表达细胞株的筛选与建立方面,... 阅读全帖
j********u
发帖数: 235
44
来自主题: MedicalCareer版 - 金秋十月是收获的季节
当下除了我们这些准住院医坐卧不安等IV外,还有一群人也在心神不定地等着什么。等
什么呢?凌晨来自斯德哥尔摩的电话!本年度的诺贝尔奖马上就要揭晓了。我硕士的师
爷(导师的导师)是今年拉斯卡奖基础医学奖获奖者之一,住院他能再接再厉,获得诺
贝尔奖。重温一下饶毅2002年的预测,很佩服他的见地。以下为引文。
编者按:本文写于2002年10月诺贝尔奖公布前一天,到2004年10月止,每年都有所列
项目获奖,如第2项的Bob Horvitz和第13项的Sydney Brenner已于2002年获医学或生理
学奖、第5项的Roderick MacKinnon获2003年的化学奖、第16项的核磁共振成象部分获
2003年医学或生理学奖、第12项的Aaron Ciechanover 和 Avram Hershko获2004年的化
学奖。不过,作者强调,他不是预计得奖,而是列出他认为值得得奖的研究工作。
二十一项值得获诺贝尔生理或医学奖的工作及科学家
饶毅
又到十月,是诺贝尔奖宣布获奖人的季节。2002年诺贝尔生理或医学奖将在明天(
10月7日)宣布。虽然评选委员会以外的人不能预计谁当年会得奖,一般来说... 阅读全帖
m******i
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来自主题: NanoST版 - 生物芯片技术zz
生物芯片技术是90年代中期以来影响最深远的重大科技进展之一,是融微电子学、生物
学、物理学、化学、计算机科学为一体的高度交叉的新技术,具有重大的基础研究价值
,又具有明显的产业化前景。由于用该技术可以将极其大量的探针同时固定于支持物上
,所以一次可以对大量的生物分子进行检测分析,从而解决了传统核酸印迹杂交(
Southern Blotting 和Northern Blotting等)技术复杂、自动化程度低、检测目的分
子数量少、低通量(low through-put)等不足。
通过设计不同的探针阵列、使用特定的分析方法可使该技术具有多种不同的应用价
值,如基因表达谱测定、突变检测、多态性分析、基因组文库作图及杂交测序(
Sequencing by hybridization, SBH)等,为"后基因组计划"时期基因功能的研究及现
代医学科学及医学诊断学的发展提供了强有力的工具,将会使新基因的发现、基因诊断
、药物筛选、给药个性化等方面取得重大突破,为整个人类社会带来深刻广泛的变革。
该技术被评为1998年度世界十大科技进展之一。
t***s
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来自主题: Quant版 - 发面经barclays capital
职位是quantitative analytics associate intern,第一面,组里的人直接面的嗯
1. 伊介绍伊们组
2. 过简历,问你的career打算
3. 问问题
斐波纳妾数列,给定位置,打印出该位置的数;
C++多态性,STL类,override和overload;
设计一个restaurant booking的类,都有啥要注意的;
有向图里打印所有从特定点出发可以visit到的节点;
在deconstructor里头throw exception的问题;
bet问题,俩队打七场比赛,一场一场bet和一次bet七场的结果能否得到相同的收益;
好像就这些了……伊问的东西很散,我就囧了...
t***s
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来自主题: Quant版 - 发面经barclays capital
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y*******n
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【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
【 原文由 yuelushan 所发表 】
[问题] 考虑由A,C,G,T组成的字符串s=a1a2...ak,定义s的权值
为W(s)=sum(w(ai)),其中w(A)=w(T)=1,W(C)=W(G)=2.给定两个参数
c和h(h>c),我们称一组字符串是一组c-h码,如果它们满足下面两个
条件:
(1)其中每个字符串的权值大于h;
(2)只包括任何权值大于c的子串至多一次。
问(1)满足什么条件的c,h才可能有c-h码的解。
(2)给定c和h,如何找到最大的一个c-h码(包含最多字符串)。
[背景]人基因组上存在着一些所谓单核甘酸多态性(single
nucleotide
polymophism)的位点,这些位点上的核甘酸(ACTG之一)在人与人
之间是不一样的。粗略的估计,这些位点大约占整个基因组的0.1%.
根据SNP可以快速的进行基因型鉴定(genotyping),因为基因型的
差异必然是SNP的一种。假定我们已经发现了所有的SNP,利用基因
芯片就可以进行快速的genotyping。这就是SNP TAT(tag/antita
s*****e
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来自主题: Science版 - 生物芯片的应用
生物芯片的应用

美国科学促进会将基因芯片技术列为 1998 年度自然科学领域十大进展之一,足见其在科
学史上的意义。现在,基因芯片这一时代的宠儿已被应用到生物科学众多的领域之中。它
以其可同时、快速、准确地分析数以千计基因组信息的本领而显示出了巨大的威力。目前
在文献上可查到的生物芯片的应用有基因表达谱、HLA分型、SNP分析、丙型肝炎分型、物
种鉴定、DNA测序、连锁不平衡作图、HIV-1诊断、BRCA1突变分析、炎症分析、线粒体基因
组分析、囊性纤维检测、地中海贫血症突变检测、寡核苷酸间相互作用研究,等等。在基
因表达检测的研究上人们已比较成功地对多种生物包括拟南芥、酵母及人的基因组表达情
况进行了研究,并且用该技术(共 157,112 个探针分子)一次性检测了酵母几种不同株间
数千个基因表达谱的差异。实践证明基因芯片技术也可用于核酸突变的检测及基因组多态
性的分析,例如对人 BRCA Ⅰ基因外显子 11、 CFTR 基因、β-地中海贫血、酵母突变菌
株间、HIV-1 逆转录酶及蛋白酶基因(与 Sanger 测序结果一致性达到 98%)等的突变检
测,对人类基因组单核苷酸多态性
a****o
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【 以下文字转载自 Harvard_Medical_School 俱乐部 】
发信人: macdog (dog), 信区: Harvard_Medical_School
标 题: 引发患精神分裂症基因或能降低癌症的患病风险
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Feb 20 14:57:28 2010, 美东)
据Feinstein医学研究所的一项研究表明,当某些人不幸携带了一个可导致其患换精神
分裂症(schizophrenia)的基因后,该
基因或许能够防止此人患其他癌症的可能。
之前有研究表明,人类的多种恶性肿瘤的发生都与MET原癌基因被激活有关。最近的一
些研究将该基因与自闭症产生的原
因联系起来。在一项由Katherine E. Burdick主持的研究中,他们对MET原癌基因与精
神分裂症联系起来。该研究报告发表
在《American Journal of Psychiatry》杂志上。
研究人员对173名精神分裂症患者和137名正常人的MET基因进行分析,以研究MET原癌基
因的单核苷酸多态性(SNPs)进
行研究。他们发现MET基因中,有几个变异可增加患精神分裂症和
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