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p*********e
发帖数: 33 | 2 常规的GA II X 或Hiseq 很难测大于500bp的片段，这个是硬件的原因。如果片段太大
，Read1 和Read2出错配的可能性也就大大增加（如果你用dual barcode adapter,很容
易鉴别出来。）
目前Miseq II 可以测250x2 的Pair-end。你可以尝试在Miseq上测序一下（又便宜又快
),如果可能的话建议用dual barcode adapter。
还有，片段太大的话，cluster generation时延伸的时间也要适当的增加。 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 3 楼主 还是考虑用 牛津的Nanopore 吧
同主题阅读：测序技术的重磅炸弹--Oxford Nanopore
[版面:生物学][首篇作者：Farland] , 2012年02月17日
HTTP : //www.mitbbs.com/article_t/Biology/31636519.html |
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e***o
发帖数: 344 | 4 谢谢各位的回复。我主要的担心在cluster时候的反应效率过低造成信
号过弱。
我的理解是密度应该不是大的问题，可能不会相互干扰。初步打算先混一点在别的样品
里试试。
synbio79所说的weird cluster是指的什么。是不是相互干扰还是柔性太大干扰测序或
不能形成有效的cluster？ |
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l******o
发帖数: 62 | 5 问题是当两个ratio差别大的时候, 肉眼也看不出来.
可以克隆到载体上, 随机挑10个, 分别测序.我以前就这么做过. |
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s******s
发帖数: 13035 | 6 叫你找软件了。
btw，也就1000个序列，你搞sample，PCR, 检测产物，
测序都做了，最容易的一步就是看了，工作量大个头啊。 |
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f*******2
发帖数: 14 | 7 再有就是PacBio的reads比较长，现阶段平均5kb. LZ 的每个样本一个PCR片断就可以了
。常规测序的分几个PCR吧。每个都得单独测。
总有麻烦的地方。 |
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b******n
发帖数: 4225 | 8 454最近市场竞争力下降很多了
我们学校有454 GS FLX测序服务，
大概5000左右每1/2个plate，近400bp的read length（非paired-end）,400Mbp左右的
数据 |
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r******t
发帖数: 135 | 9 请问是否有人做过石蜡切片的基因组测序？有哪家公司提供上述服务？
多谢。 |
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w***z
发帖数: 1158 | 10 提取处理前后样品的DNA，PCR扩增相应片断后作的测序分析。没做过methylation方面
的研究。 |
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l******g
发帖数: 1623 | 11 是mix.如果怕死测试问题，你可以TA克隆你的PCR产物，从单个菌落里面提plasmid,分
别测序，测几百个的话，还能大致知道突变的比例 |
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w***z
发帖数: 1158 | 12 小鼠体内某组织诱发癌变。 不同个体，不同批次PCR，甚至克隆化后，DNA测序得类似
结果,都有同样的noise。
其实我想观察的是另一个位点，结果没变化。这个有变化的在它上游一点。 |
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m*****e
发帖数: 47 | 13 请教这里的各位，像23andme这样99美元的基因测序，大概需要什么样的设备？主要步
骤是什么？需要几个工作人员？我主要是想了解一下，组建这样一个实验室，要怎样的
规模和成本。多谢了。 |
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m*****e
发帖数: 47 | 14 再问一个问题，国内可有实验室做23andme这样的测序？可否給几个链接？ |
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s******s
发帖数: 13035 | 15 23andme应该不是测序, 而是SNP芯片.
23andme这样的实验室你就别想了, google创始人老婆(或者快成前老婆)开的. |
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w***a
发帖数: 4361 | 16 关键还不是测序，是背后不断update的database。
这玩意不是凑几个wsn那么容易就山寨出来的。 |
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b****r
发帖数: 17995 | 17 HGMD，非常好用的数据库，据我所知基本是手工trim的。估计你砸几千万刀和几年时间
，还赶不上它数据质量，更别说声誉了
这行虽然动静不大，其实门槛已经相当高了。要找个niche很不容易。我觉得这个领域
的大突破应该还是会来自于技术方面，比如新的测序技术或者array技术，可惜那应该
基本是物理或者化学或者工程领域的东西 |
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w****w
发帖数: 521 | 18 现有的测序技术还不够？我觉得如果某个疾病病人足够多，应该搞得起来。 |
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b****r
发帖数: 17995 | 19 做生意第一考虑得就应该是性价比
现在的测序还是太贵太贵，而且除了单基因病，其他信息的临床用途还非常有限 |
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a********k
发帖数: 2273 | 20 不是测序太贵，是FDA的regulation太贵。
research实验室送个exon的bidirectional也就是$4-$5
到了诊断实验室给病人就到了$400-$500 |
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a**e
发帖数: 5094 | 22 next generation whole exome sequencing科研用，最后自己肯定还要verify.
我们这边的测序中心要排队，实在是太慢了，我觉得每天做在bench旁边无所事事的灌
水和八卦很浪费老板的钱。。。。 |
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m*********e
发帖数: 533 | 23 有个硕士朋友刚刚毕业
想从基因研究方面的工作
比如高通量NGS测序之类的工作
不知道这是不是一个好的职业方向
我这个朋友不太愿意转行，因为说是硕士，找工作的难度远远低于博士 |
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c********e
发帖数: 598 | 24
还不是为生物老板打工，能有前途吗？
上层领导认为就是个测序的干活。 |
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s******y
发帖数: 17729 | 25 如果是高通量测序的data分析，目前和今后很长一段时间内估计都还不错
如果只是负责操作上样，或者准备实验，没搞头，没钱也没前途随时都可能随着仪器换
代而失业。 |
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w****w
发帖数: 521 | 26 对于某些单基因疾病，在患者的exon上测到已知未知的nonsense/insertion/deletion
的mutation有很高比例，而正常人则很低。这种情况microarray显然不行。当然单基因
准确测序，排除pseudo基因的干扰，不是很容易就是了。 |
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s******s
发帖数: 13035 | 27 亲手测过序列的都是老前辈了。我是只看到过设备和大板，
从没有自己测过。做学生的时候每次看到无数大牛的毕业论文
标题就是xxx基因的克隆和测序，顿时心向往之。。。 |
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f****h
发帖数: 20 | 28 景仰前辈！现在已经很难想象没有商业化测序，没有基因合成的话实验要怎么做。 |
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c*********r
发帖数: 1046 | 29 文笔真好，等待下文。
我也铺过测序胶，，佩服LZ！ |
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s******s
发帖数: 13035 | 30 亲手测过序列的都是老前辈了。我是只看到过设备和大板，
从没有自己测过。做学生的时候每次看到无数大牛的毕业论文
标题就是xxx基因的克隆和测序，顿时心向往之。。。 |
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f****h
发帖数: 20 | 31 景仰前辈！现在已经很难想象没有商业化测序，没有基因合成的话实验要怎么做。 |
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c*********r
发帖数: 1046 | 32 文笔真好，等待下文。
我也铺过测序胶，，佩服LZ！ |
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s*****g
发帖数: 7857 | 33 “又做了几遍不记得了，最后很成功，
一个气泡也没有！功夫不负有心人。这时看看表已经是早上5点多了。Bus没有了，就走
路回家。 直到今天都还可以感受到那个夏天清晨清凉的空气的的味道。中间要路过一
个学校养鸡场， 是做IgY抗体用的。那天黎明的鸡鸣声就好像是在给自己打气。回家睡
了不到三个小时又回到实验室，那天的Sanger DNA测序是成功的。”
天道酬勤！
你的师兄们和前辈们给你这个勤奋，有悟性，会变通的人很好的training! |
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D*a
发帖数: 6830 | 34 23&me就是搞搞什么高血压比别人高两倍，多发性硬化比别人低50%之类的东西，不是这
种临床诊断。他受FDA警告就是因为宣称他的东西有临床benefit。他最准的应该是找
ancestor，别的么...那些paper出来经得住经不住检验还不好说，你做个SNP测序跟那
些东西比，能准哪儿去。本来家族病史就是最准的高风险因子，你搞了个SNP，confirm
了而已，没有任何新信息。
别的机构也是一样，可别去烧钱了。
还有人把自己送了三家机构测了，测出来的互相都不一样。
而且你本身是亚裔，到底西方的数据库有百分之几是能用的都未可知。
另外brca那个美国最高法院的判决出来以后，应该是大家都随便测就好了，费用马上就
会下来了。那个是大量paper和临床证据支撑的，而且是突变，23&me用的SNP有几个进
了临床的。 |
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y**********n
发帖数: 478 | 36 bless宝宝
先尽力回答LZ在另外一个帖子里的前几个问题吧：
1 全基因测序是不是有很多遗传病其实也测不出来，是不是和数据库有关？
是的。只有确定了基因－疾病关系的才能检查出来。另外不同的数据库差别也比较大，
有的更新很慢。
刚才搜了下，这里有最新的关于NICCD的进展，估计新鉴定的这些突变都没有被分析。
By means of direct DNA sequencing, cDNA cloning and SNP analyses, 16 novel
pathogenic mutations, including 9 missense, 4 nonsense, 1 splice-site, 1
deletion and 1 large transposal insertion IVS4ins6kb (GenBank accession
number KF425758), were identified in CTLN2 or NICCD patients from China,
Japan and Malaysia, respectively, making the SLC25A1... 阅读全帖 |
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i********f
发帖数: 206 | 37 read depth和coverage表示在某一位置测了多少次(有多少个reads覆盖).如果覆盖度很
低，则表示测序质量不高。
read depth和coverage本身没什么太大区别。可能一个是针对某一小段区域，另一个是
整体的平均值 |
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x*****d
发帖数: 704 | 40 1.测序公司一般用Bioanalyzer测DNA的质量和浓度；所以会和Nanodrop有差别。
2.snap frozen的组织提RNA推荐RNA-Later ICE。 |
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l********e
发帖数: 415 | 41 这是个有意思的问题.
RNA反转录以后, 建library以前, 是必须超声打碎到150-300bp的小片段
所以,理论上说,部分降解的RNA是完全不影响测序的.
但是实际中应该有些细节要考虑,比如不能用oligo dt反转录或者polyA enrichment.
因为这样做出来的library会丢失所有没有polyA的片断.
市面上有用random primer建库的kit (比如Nugen). 因为是病人样本, 只要不是完全降
解, 值得尝试. |
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y*****3
发帖数: 961 | 42 1，差100倍不太正常哦，如果不是测序公司稀释了，建议送到第三方去检查下。
2，如果降解的不太厉害，用去rRNA的方法还是可以建出很不错的library的。 |
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h********5
发帖数: 102 | 43 寻求志同道合co-PI，做生物信息或二代测序相关。干湿实验均可。待遇看文章和方向
，20-40万，文章不错拿到正式编制。站内联系，具体谈。 |
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w*****y
发帖数: 1201 | 44 BGI America基本上最便宜的，除非你们学校有自己的测序facility |
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v**********m
发帖数: 5516 | 46 支持，希望你能很快找到伙伴。我有个朋友在FDA做单分子测序的检测技术研发，看有
没有合适个的人选。 |
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j*******e
发帖数: 23 | 47 太好了。国内在基因测序技术开发这个领域比较落后，找不到合适人和我们共同创业。 |
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e********r
发帖数: 147 | 48 比如要搜索拟南芥里所有含 AAA+ domain结构域的蛋白。
SMART数据库对已测序物种收得不够全。请问看哪个别的数据库，或用神马搜索可以很
快知道这些信息。谢谢。 |
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s******s
发帖数: 13035 | 49 做研究很重要啊。临床除了人工授精那个遗传检测，暂时想不出啥东西一定要单细胞测序 |
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