|
v**s
发帖数: 124 | 2 老听朋友提测序，说有大钱图，这个是Bill Gates投的吧，跌了很多，想抄点儿。底在
哪? |
|
v**s
发帖数: 124 | 3 看来人体太复杂了，又有个体化差异，还是等技术成熟后再考虑投资吧。一个朋友的同
学教授不做了，去San Diego做测序的startup了。 |
|
l********i
发帖数: 2503 | 4 很多特异性的基因突变用测序检测，是可以指导治疗的，比如黑色素瘤的RAF基因突变
，有针对性药物，其他例子还有很多。至于在诊断上的应用也有很多。 |
|
c***m
发帖数: 75 | 5 基因组测序带来的影响不只是疾病， 还有你全部的遗传信息，包括每个人各方面的性
状特征， 智商，身高，肥胖， 皮肤，体质，当然很多和后天有关系。 解决这些问题
还需要一段时间， 不过应该在20年内会渐渐成熟。 |
|
r*m
发帖数: 16380 | 6 现在测序不是单纯测DNA， 也可以直接测RNA，这就更基因表达直接相关了。
问题不在于某种方法有没有前途，而在于成功的概率，如果别人的方法比你好一点点，
便宜一点点，你就没戏了。 |
|
G******n
发帖数: 316 | 7 现在测序已经不是那么热了，价格也越来越低的。现在的瓶颈是怎么去分析、利用这些
序列，就看谁的分析、软件团队更牛掰了。 |
|
E*********r
发帖数: 4984 | 8 我听说过直接测RNA，不知道如何解决降解的问题。我以前用过Nugen的试剂盒，是用
Randomised Primer来解决Cover全长RNA的问题。这些Primers一半是RNA，一半是DNA，
我想测RNA可能也是同样的道理，然后通过软件来分析。 问题是如果肿瘤和甲基化有关
，你测序也没用。 还有病毒引起的肿瘤， EBV病毒，这些都是Target Tumour
Suppressor Proteins， 和基因序列毛关系都没有。
我觉得价格因素，方法个方面各有千秋，关键问题是基因序列到底能够给出多少信息？
我想现在搞序列的都是运用Bioinformatics的手段在找疾病和序列的关系，作用是肯
定有了，但是基因表达不仅仅是靠Structure，更重要的是Regulation。这方面恐怕光
看序列是没用的。 |
|
a********f
发帖数: 444 | 9
他家的确错误率高，但是对于高通量合成来说错误率的影响并不大。nature methods上
有发表过算法用Pacbio测序仪可以达到99.99的正确率。read length是fundamental的
，不够就是不够，没法以read的数量弥补。 |
|
|
s*********e
发帖数: 399 | 11 Pacbio肯定会逐渐变好，不过不可能走向主流。 可以作为ilmn的伴随出现，不会有神
经病单独用pacbio来测人的基因组（个别一个两个有可能）。最好的结果，测序主要用
ilmn （比如60x）, 然后用pacbio作个补充 （1x），这样争取兼顾准确性和读长。 当
然，1x未必在想要的位置上，这个问题也无法解决。所以大规模应用pacbio,恐怕不是
我们能看到的。
CG的话。 华大刚刚买入了5台hiseq4000。 我觉得可以说明对cg
的信心了。 |
|
m******u
发帖数: 12400 | 12 若是，则绝对可进啊。测序行业几乎都是它的天下。 |
|
a*****e
发帖数: 2503 | 13 基因测序有啥用？天天册来测去，和计算比特币差不多。 |
|
G****4
发帖数: 185 | 14 帮主说dead cat说的是affy，其实他也是笔误，应该是affx，那是做基因芯片的公司，
00年的时候火过一阵，后来就不行了，但是在基因芯片领域还是老大。但是我13年买的
时候才不到4块钱，拿到前段时间被fisher 以14美元一股收购，从收益来说超过我一直
拿着
的goog。
说到ilmn这个公司，他几乎占据了测序领域的垄断地位，而从产业链来说，他在最顶端
，门槛最高，护城河最深，有提价权。是个很好的投资标的。盘后大跌是由于季报预期
发表，欧洲经济不好，影响了一季度的订货，但是美国和亚洲还是很强劲。长远来说，
还是不错的。我盘后接了一点飞刀。不知道明天会咋样。呵呵 |
|
h******f
发帖数: 139 | 15 本人在美国的DS2019表有效期已经不到一年了，准备在半年后冲一下EB1A办加急，不知
道是否来得及。
目前的Google citation 是120，8篇英文文章，其中2篇1作，审稿3篇。半年后引用保
守估计能到130左右，打算积累到10篇审稿，也许会有一篇新的1作发表。
推荐信不太乐观，大概有5个人吧，其中只有2个是独立的。
不知道这样的情况有否有希望？
另外，诚求审稿，最好是微流控、生物成像，PCR，生物检测，基因测序等，除此之外
，广义的生物研究，或者微加工，MEMS等也可以。
谢谢大家！能否留美就看这半年了！老婆孩子都指着我，压力巨大！ |
|
t******y
发帖数: 34 | 16 最好是匹大本身的facility,如果是附近的公司也可。
1。氨基酸组成---peptide的混合物，想知道ASX有多少%， THR有多少%， 等等。
2.DNA测序。
谢谢。 |
|
m*********e
发帖数: 533 | 17 基因测序公司研发组的应用专家职位咋样
职业发展道路都有啥
这个职位有前途吗
有懂的朋友能讲下吗
title is application specialist in R&D group
谢谢 |
|
H********g
发帖数: 43926 | 18 现在全基因组测序这么快？
我猜应该是跟23&me那样做了套定点分析吧。 |
|
H********g
发帖数: 43926 | 19 好像真的是把全序列测了。太强大了。
==
这项成果是中信湘雅生殖与遗传专科医院、人类干细胞国家工程研究中心、中南大
学生殖与干细胞工程研究所和深圳华大基因研究院(简称华大基因)共同完成的，集成了
多项目前国际上领先的技术：中信湘雅生殖与遗传专科医院完成病人的诊断、遗传和生
育咨询、试管婴儿治疗全过程并突破了囊胚活检和活检后胚胎高效冷冻新技术的研发，
华大基因完成了胚胎DNA的全基因组测序检测，人类干细胞国家工程研究中心进行活检
的微量细胞全基因组扩增并为华大基因检测提供DNA，以及通过单核苷酸多态性芯片(
SNP-array)技术检测作为质控。 |
|
d****o
发帖数: 32610 | 20 中信湘雅生殖与遗传专科医院完成病人的诊断、遗传和生
育咨询、试管婴儿治疗全过程并突破了囊胚活检和活检后胚胎高效冷冻新技术的研发，
华大基因完成了胚胎DNA的全基因组测序检测，人类干细胞国家工程研究中心进行活检
的微量细胞全基因组扩增并为华大基因检测提供DNA，以及通过单核苷酸多态性芯片(
SNP-array)技术检测作为质控。
好像不是
这尼玛是要开发变种人了啊 |
|
b****r
发帖数: 17995 | 21 单细胞全基因组测序现在质量很差的，gap和错误会非常多。我估计有把握就是能够检
测一些大的片段缺失，看点突变是很没有把握的
卢光琇一直很能炒，这次是放了个大炮竹 |
|
p*****n
发帖数: 981 | 22 ☆─────────────────────────────────────☆
freecarp (freecarp) 于 (Mon Feb 5 12:10:52 2007) 提到:
我最近在扩一个线粒体基因。长PCR产物4200bp的样子。 通常的做法是将此产物作为
template再用五对引物进行二
次扩增。但总会遇到一些引物不工作的情况。由于用于二次扩增最后一段的Reverse引
物是和作long PCR 时的reverse
primer相同的。请问我能不能将long PCR products 送出去， 用这个reverse primer
向内延伸一个反应？谢谢
☆─────────────────────────────────────☆
amedio (小老虎(Shrek)他爸) 于 (Mon Feb 5 15:55:36 2007) 提到:
测序前都要除掉引物，不然两头一起测了
如果量够，可以直接测
☆─────────────────────────────────────☆
ahche (啊且) 于 (Fri Feb 9 22:59:4 |
|
s******y
发帖数: 28562 | 23 因为蛋白和核酸的化学不一样。
核酸有一一配对，氨基酸没有
核酸有复制酶，氨基酸没有
而且更麻烦的是很多氨基酸都有posttranslational modification
如果氨基酸的测序有大的技术进展的话肯定又是一个诺贝尔奖 |
|
f*******e
发帖数: 628 | 24 PacBio 的 error rate 比别的二代测序大么？为什么？ |
|
C*******e
发帖数: 4348 | 25 正想说这个呢
我想补充一下的是你说的孔不是“打”出来的
其实是一个膜蛋白六聚体
中间会形成一个孔
然后有东西从里面穿过的时候在膜上能测到不同的电流变化
他们公司上有两种构想
一种就是这个用外切酶切的
一种也是放一个DNA聚合酶在六聚体膜蛋白的顶上
DNA模板从孔中穿过
不过我没有弄明白那个是怎么来测序的
因为其实一直孔里都有东西
电流变化就没有了
（http://www.nanoporetech.com/sequences) |
|
s*********e
发帖数: 399 | 26 你打算花多少钱干这个事情？
华大据说整个ｇｅｎｏｍｅ测序可以控制到１万刀。。。。 |
|
c*********r
发帖数: 1312 | 27 个人经验，Maker如果上样过多的话或跑的比较快，仔细观察你会发现每个条带的两边
有一小部分跑得慢一些，那个可能才是实际的大小。另外，跑胶之后你可以切多个不同
大小的片段制备测序的library，多做一个也不很费时，有备无患。 |
|
v***a
发帖数: 1242 | 28 谢谢你啊
我用的是测序公司直接提供的T7 primer，序列是在vector上的T7 Promoter区，在我
insert之前大概20bp左右
你的意思是我自己再设计一个在vector上比T7更加前的引物么？
我用sense和antisense的primer来测，都发现这个碱基不对，看来真是突变了。。。 |
|
|
d***y
发帖数: 8536 | 30 第一个问题：几十个碱基在测序的时候missing是正常的， 你需要重新自己设计
primers， 与目的序列的距离拉开。
第二个问题： 判断是否突变，你需要打开源文件， 查看出峰的情况，有时候峰的叠加
之类的情况会导致误读，形成突变。 如果真的是突变，建议你重新做。 |
|
k********u
发帖数: 2209 | 31 那前面的很多N的序列，如果你仔细看序列原文件上面的图谱，其实还是能读出来
很多的。既然你是测双链的，正义的前面读不出来的部分，反义的后面还是读得出来的。
偷懒的人，就可以这样对付过去了。
当然，要求高的人，一般是根据你反义链后面读出来的序列，设计反向引物，比你的
序列开始的地方提前150bp左右比较保险，从新设计引物再测，很多测序的地方都提供
这个服务的，多收10刀设计费用一个引物罢了。 |
|
m******5
发帖数: 1383 | 32 我现在在用学校自己core facility的，速度很慢，而且容易出问题，而且还要自己中
提，很烦。
有没有像国内那样的菌液寄过去连中提带测序全部搞定的？ |
|
o******n
发帖数: 511 | 33 没找到,都是收费的.如果自己把反向引物测出来的序列弄个reverse complement然后比
对感觉不可靠. 有什么免费软件可以生成contig?
sanger测序问题:
用模板加引物,理论上测出来的序列是从引物后面第一个碱基开始显示,但实际又往后隔
了好远,这样正常吗?
谢谢~~~ |
|
o********r
发帖数: 775 | 34 十年前测序都可以读到800bp，不至于省这50bp吧 |
|
d*******e
发帖数: 1649 | 35 现在测序本身不是问题，瓶颈在于如何发展计算或者统计的方法去研究海量的数据。现
在各种行业出身的人都在往里面跳，形形色色的方法多如牛毛。如果你是生物出身，最
好能懂一些基本的编程知识，至少两种常用的编程语言（比如R，python，perl），以
后大有用武之地。 |
|
s*****g
发帖数: 731 | 36 原来R这么有用。以前上生统这么课的时候学了一点点R的皮毛。我还以为是我们学校穷
，用不起Matlab，才用免费的R的。
我不懂bioinfomatics，所以还是很疑惑为什么这会成为瓶颈呢。感觉搞这些方向的人
很多，编程很牛的也很多，这帮编程的牛人随便搞搞就能把海量数据整明白的吧。
所谓的Next generation测序是已经主流了，还是刚研发出来啊 |
|
|
s***o
发帖数: 1189 | 38
你是不是试过啊，
我学校测序中心问，技术员说以前也有尝试过，不知为什么测不出来。 |
|
c****1
发帖数: 1095 | 39 直接测序片段，要设计引物，这个就有不确定性。连到T-easy或者TOPO载体，用T7，很
方便。 |
|
s***o
发帖数: 1189 | 40 谢谢大家，和测序中心几个人交流后，
得到一个比较合理的解释：
酶切会影响得率，对非high copy的plasmid影响尤其严重。
而gel回收在融胶时候，会有DNA的变性和复性，有的序列可能形成不规则结构比如三链。
估计要把insert subclone到比如 T-easy里面了。 |
|
s***o
发帖数: 1189 | 41 谢谢兄弟了。
我的确要做长重复序列，plasmid也是又大又low copy的。测序中心说不能做是不敢保
证测出的效果；如果我们愿意，他们可以试着看，但是不关结果如何，一样要bill的。
接触的公司到是很干脆，做不出来不收钱。
可是，我要的是一个肯定的结果，花不花钱又关我什么事。
做不出来的话，浪费的是我的时间精力，带来的是老板对项目进展的不满。
最稳妥的方式，还是克隆到另外vector上，再测。项目才开始，不想有什么drama；记
得以前有个兄弟好像就是开始克隆不出来，2-3月不到就被老板叫去谈话了。 |
|
w*****i
发帖数: 54 | 42 谢谢大家~50x 的意思明了了。
这个44M 还没懂。 看agilent的测序，human exome 有三种：38M, 44M, 50M，
这三个数字（38,44,50）有啥意义吗 为啥没有40M，45M ? |
|
h*****9
发帖数: 4028 | 43 测序论重要性和实用性，比解晶体结构强太多了。发个JB也没啥。 |
|
n******7
发帖数: 12463 | 44 这怎么能比，测序是技术活，批量生产线的；解结构是艺术活，纯手工的。所以虽然石
英表比较准，但是还是比机械表便宜。 |
|
s********2
发帖数: 138 | 45 我是分子生物学方向的，现在刚拿到200M reads 的illumina测序结果。我对生物信息
学分析是一头雾水，并且我们实验室也没有可以用于分析的服务器。如果这里有能够提
供生物信息学分析的实验室同胞，能不能联系一下我。我现在真是被这些数据搞得头都
大了，老板还急着要结果。谢谢大家！ |
|
n********t
发帖数: 1079 | 46 靠，没法分析为啥要测序？本校或当地找个合作者吧，这东西数据传输都是问题 |
|
s********2
发帖数: 138 | 47 谢谢！ 我用illumina测序，每个lane里面有好几个个体，个体都加了barcode，我就是
想把这些序列根据barcode分配到不同的个体，然后再将每个个体的序列alignment，看
看有多少个unique的序列，然后再找SNP。目标挺简单的，还有现成的软件。但是现在
限制我的就是服务器的问题。头都大了。 |
|
s********2
发帖数: 138 | 48 我用illumina测序，每个lane里面有好几个个体，个体都加了barcode，我就是
想把这些序列根据barcode分配到不同的个体，然后再将每个个体的序列alignment，看
看有多少个unique的序列，然后再找SNP。 |
|
c********b
发帖数: 363 | 49 这个还好，起码有信息。前几个月发的potato genome的nature才搞笑，说是所在的
clade第一个测序的。其实同一个家族的烟草和番茄早就测完公开了，并且质量还好很
多。
Col-
of
assessed
genes |
|
a***y
发帖数: 19743 | 50 Arabidopsis怎么不是植物呢？只是不是作物而已。
测序草莓也不错。草莓还算也许可以做个模式生物。
土豆貌似不是很好用来做实验。烟草和番茄都要好一些。 |
|
