m*********D
发帖数: 1727 | 1 （CRISPR的背景资料请参阅Feng Zhang的“Genome engineering using the CRISPR-
Cas9 system”，Nature Protocols 8, 2281–2308 (2013)）
背景
我们是作一个与激素相关的肿瘤的。这个肿瘤的治疗方法已经相当完善，就是让身体里
不能生产激素或用一个小分子化合物抢占激素受体上激素的结合部位。但多年治疗后，
会有相当比例的病人产生抗药性。这个抗药性机理相当复杂。我们实验室一直致力于筛
选和现有药物不同的机理的小分子化合物，包括受体和DNA的结合或其他与受体相关的
pathway的inhibitors。前几年成功地筛选出了几个不同机理的化合物，个别在细胞水
平达到了nM的级别，动物测试也在10 mg/kg的水平。
最近在这个领域对抗药性肿瘤的研究发现，部分病人的抗药性是因为受体激素结合部位
发生了突变。一个或几个氨基酸的突变就能导致肿瘤细胞的生长不能被现有药物抑制。
所以，我们很想知道我们筛选出来的化合物对这些突变受体是不是也起作用。理论上来
说，我们的化合物不和激素竞争，突变不会影响我们化合物的效果。但只... 阅读全帖 |
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x****6
发帖数: 4339 | 2 问的好！！
我这个技术就是现有的display技术的上游技术，它会让对突变子库的筛选更有效。
进化有两部分，突变和筛选，display技术是筛选技术，目前，突变是通过在体外做出
错PCR，构建质粒库，然后转化到细胞里面来表达、display。因为通过了从体外到体内
的传递，突变子库的规模被限制在百万级别。
而我现在要做的是 本质上让一个种群里的每个活细胞在细胞里面自己给你在制定基因
上做出错PCR，省去了体外的步骤，那么理论上每个细胞都能携带突变，那么突变子库
的规模==微生物种群规模。要知道，1ml的酵母长满就是10^8个细胞，多出传统方法两
个数量级；并且因为突变制造只要给一个信号给细胞就好，比体外建库在时间和材料成
本上要节省太多，那么就方便做很多个 突变-筛选 循环，这样对序列空间的探索更加
彻底，更容易找到功能好的突变子。 |
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m*********D
发帖数: 1727 | 3 呵呵，今天收到通知，送Nature子刊的文章终于接受了。
这次很不顺。从试验设计开始老板就认为CRISPR/HDR成功率低不让作，到我说服他就好
几个月过去了。设计时把我几十年的分子生物学和tissue culture经验，能想到的可能
改进成功率的方式都加进去了。几个月后，终于作完了第一轮，还差点就没拿到我要的
东西。在显微镜下找得头昏眼花，没结果，给老板打个招呼正准备放弃呢，扔细胞培养
皿的那一瞬间，突然想到举起来对着日光灯肉眼看了一下，一个克隆就在培养皿的最边
沿--最后证明这个克隆是一个基因的两个copy都按我设计的突变了。。。。
这一年来，又是衣原体污染（实验室的host cell line本身就污染了！），又是克隆不
纯，搞得好头疼。最后稿子送出去了，作science这边的reviewer对突变子有兴趣，对
方法没兴趣，意见一堆；作方法的reviewer对突变子本身没兴趣，对方法上所有改进作
用的思路都感兴趣，但对我们没有和其它方法进行试验比较很失望，觉得作为方法的文
章发表有欠缺。。。
老板说：你也好多年没发第一作者的文章了（上次发是2008年，JBC,还好被Facult... 阅读全帖 |
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m*********D
发帖数: 1727 | 4 呵呵，今天收到通知，送Nature子刊的文章终于接受了。
这次很不顺。从试验设计开始老板就认为CRISPR/HDR成功率低不让作，到我说服他就好
几个月过去了。设计时把我几十年的分子生物学和tissue culture经验，能想到的可能
改进成功率的方式都加进去了。几个月后，终于作完了第一轮，还差点就没拿到我要的
东西。在显微镜下找得头昏眼花，没结果，给老板打个招呼正准备放弃呢，扔细胞培养
皿的那一瞬间，突然想到举起来对着日光灯肉眼看了一下，一个克隆就在培养皿的最边
沿--最后证明这个克隆是一个基因的两个copy都按我设计的突变了。。。。
这一年来，又是衣原体污染（实验室的host cell line本身就污染了！），又是克隆不
纯，搞得好头疼。最后稿子送出去了，作science这边的reviewer对突变子有兴趣，对
方法没兴趣，意见一堆；作方法的reviewer对突变子本身没兴趣，对方法上所有改进作
用的思路都感兴趣，但对我们没有和其它方法进行试验比较很失望，觉得作为方法的文
章发表有欠缺。。。
老板说：你也好多年没发第一作者的文章了（上次发是2008年，JBC,还好被Facult... 阅读全帖 |
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x****6
发帖数: 4339 | 5 下面这个问题，大家有好的方法简化拟合吗：
从一个细胞开始，里面5个拷贝质粒，其中一个是突变子。然后开始扩增，每一代，每
一个细胞分裂成两个，然后质粒复制一套（不考虑新突变）、之后随机分到两个子细胞
里，但是每个细胞总是保持5个拷贝的质粒。比如第一次分裂之后，有两个新细胞，8个
拷贝的没有突变的质粒，2个突变质粒。那么两个细胞可以是各取一个突变质粒，也可
以是一个细胞拿两个而另一个细胞全部都是没有突变的。
然后问题是，N代扩增以后，突变子在种群（N~10-30）里的分布：五个质粒拷贝里，有
0，1，2，3，4，5个突变拷贝的分布.
我能想到的就是拟合每一个细胞和每一次分裂；但是因为是分裂是以2为底数的指数过
程，计算量也是随N指数扩增，当N=30的时候，要计算5亿次才能得出下一代的结果，
computationally impossible。
这和urn process有点类似，但是urn里面没有对数增长过程。
大家有可行的计算/理论方法吗？ |
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x****6
发帖数: 4339 | 6 【 以下文字转载自 Military 讨论区 】
发信人: xiao86 (xiao86), 信区: Military
标 题: 【数学/计算问题求教】
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Oct 19 14:36:54 2017, 美东)
下面这个问题，大家有好的方法简化拟合吗：
从一个细胞开始，里面5个拷贝质粒，其中一个是突变子。然后开始扩增，每一代，每
一个细胞分裂成两个，然后质粒复制一套（不考虑新突变）、之后随机分到两个子细胞
里，但是每个细胞总是保持5个拷贝的质粒。比如第一次分裂之后，有两个新细胞，8个
拷贝的没有突变的质粒，2个突变质粒。那么两个细胞可以是各取一个突变质粒，也可
以是一个细胞拿两个而另一个细胞全部都是没有突变的。
然后问题是，N代扩增以后，突变子在种群（N~10-30）里的分布：五个质粒拷贝里，有
0，1，2，3，4，5个突变拷贝的分布.
我能想到的就是拟合每一个细胞和每一次分裂；但是因为是分裂是以2为底数的指数过
程，计算量也是随N指数扩增，当N=30的时候，要计算5亿次才能得出下一代的结果，
computationally impossible。
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H********g
发帖数: 43926 | 7 【 以下文字转载自 Military 讨论区 】
发信人: xiao86 (xiao86), 信区: Military
标 题: 【数学/计算问题求教】
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Oct 19 14:36:54 2017, 美东)
下面这个问题，大家有好的方法简化拟合吗：
从一个细胞开始，里面5个拷贝质粒，其中一个是突变子。然后开始扩增，每一代，每
一个细胞分裂成两个，然后质粒复制一套（不考虑新突变）、之后随机分到两个子细胞
里，但是每个细胞总是保持5个拷贝的质粒。比如第一次分裂之后，有两个新细胞，8个
拷贝的没有突变的质粒，2个突变质粒。那么两个细胞可以是各取一个突变质粒，也可
以是一个细胞拿两个而另一个细胞全部都是没有突变的。
然后问题是，N代扩增以后，突变子在种群（N~10-30）里的分布：五个质粒拷贝里，有
0，1，2，3，4，5个突变拷贝的分布.
我能想到的就是拟合每一个细胞和每一次分裂；但是因为是分裂是以2为底数的指数过
程，计算量也是随N指数扩增，当N=30的时候，要计算5亿次才能得出下一代的结果，
computationally impossible。
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w********0
发帖数: 1211 | 8 假定总共N个细胞，那么每个细胞是突变子的概率是x/N，板子上共有N/200, 至少有一
个突变子的概率就是 1-都不是突变子的概率，也就是 1-（1-x/N)^(N/200)。（严格说
来不等的，因为两个细胞之间是否是突变子并非完全独立的，但细胞总个数太多了，所
以近似独立，因此可以用乘方）
要想这个概率等于95%，就意味着（1-x/N)^(N/200) = 5%
由极限的知识可以知道（1-1/n)^n 当n趋向无穷的时候极限是1/e, 那么把上面式子中
的N/x看作n, 也就是（1-1/n)^(nx/200), 所以极限是exp(-x/200).
它等于5%，x= -200*ln(0.05) = 599 |
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m****g
发帖数: 530 | 9 美国华盛顿大学的研究人员首次成功地利用“外显子测序(exome sequencing)”技术，
发现了一种一个与孟德尔疾病（单基
因疾病）相关的基因。这篇以“Exome sequencing identifies the cause of a
mendelian disorder”为题的研究报告发表
在11月13日《Nature Genetics》杂志上。
孟德尔疾病是由单个位点或基因的突变造成的，如囊肿性纤维化，镰刀状细胞病等。在
基因组中，所有能编码蛋白质的基
因区域都称为外显子，虽然外显子只占基因组的1%，但在这1%的基因组中，发现了超过
85%的突变都能导致孟德尔疾病。
因此，科学家现在开始选择编码蛋白质的外显子作为研究对象，这或将成为一种研究遗
传性疾病与基因之间关系的有效方
式。
该课题组对米勒综合症(Miller syndrome)进行研究，米勒综合曾是一种导致患者口、
眼、耳、足等畸形的遗传病。研究人
员发现米勒综合症患者患病的原因是由于DHODH基因发生了基因突变。（编译：高芳） |
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L******e
发帖数: 679 | 10 我就在做针对肺癌的mutational profiling.方法已经建立好了，研究部分已经作了很
多样本，现在已经转到临床诊断。
简单的说，mutational profiling 是 ‘personalized cancer therapy' 中重要的一
部分。即使都是肺癌病人，有可能是由于信号传导通路上不同的基因突变造成的。现在
肿瘤治疗中的热点就是寻找针对不同靶位点的小分子。比如：部分非小细胞腺癌（
adenocarcinoma)病人含有EGFR 基因外显子19 的突变（deletions), 造成这个信号通
路永久性活化，就是不听任何指挥，不断地让细胞增殖，癌变。针对这个靶位点的药物
Erlotinib (Irresa) 和 Gerfitinib （Tarceva）只对这类突变有效。如果突变发生在
下游的KARS基因,这两种药毫无用处。EGFR exon 19 deletions 在亚洲女性中会多一些
。皮肤癌的BRAF基因突变V600E的靶向药好象也很有效。
现在针对各个靶位点的小分子很多，部分已经进入临床试验。所以用药之前mutational
profiling 非常重要 |
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q**6
发帖数: 281 | 11 提到具有权威性的“DNA亲子鉴定”，人们对其结论往往深信不疑。其实不然，亲子鉴
定也有“失灵”的时候。沧州市的王某因怀疑妻子不忠，与孩子进行亲子鉴定，结果证
实“非亲生”，并愤然离婚。然而，委屈的妻子为自证清白，让“情夫”吴某也与孩子
进行了DNA鉴定，结果孩子也非吴某的。
前男友现身引丈夫猜忌
家住沧州的王某和妻子刘某结婚多年，彼此恩恩爱爱，却一直未育有儿女。后来，
刘某婚前男友吴某突然出现在他们的生活中，王某因此常与妻子产生磨擦，怀疑妻子与
前男友藕断丝连。特别是在吴某出现后不久，妻子刘某竟成功怀孕，这更增加了王某的
猜忌，认为这个孩子根本不是自己亲生的。
在孩子出生后不久，王某就找机会偷偷地抱着孩子到权威机构进行了DNA亲子鉴定
，鉴定结论“排除了孩子与王某存在亲子关系”。愤怒的王某起诉到法院，要求与刘某
离婚，在这份“亲子鉴定”的铁证下，法院很快判决双方离婚。
DNA鉴定排除丈夫和男友
离婚后的刘某觉得自己蒙受了不白之冤，同时也有些不解，自己明明与前男友没有
出轨的行为，孩子的的确确就是前夫刘某的，可是为什么亲子鉴定却显示并非刘某亲生
呢？会不会这份亲子鉴定的结果不准确呢？
为... 阅读全帖 |
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o***s
发帖数: 42149 | 12 备受爱心人士关注的深圳“怪病男婴”龙龙终于查出病因。昨日上午，华大基因方面传来消息，已对龙龙完成基因检测，初步诊断为Costello综合征。这一病症与一年前“拇指姑娘”一模一样，接下来，华大基因方面将对龙龙的父母样本进行检测，进一步确认结果。
举国为龙龙找病因
身患怪病的龙龙出生时的体重为7斤2两，7个月过去，他的体重仍为7斤2两。能吃、能发声，包在婴儿服中的龙龙看起来与正常婴儿并无二致，但对他的父亲闵先生来说，自从发现孩子患上怪病，家里便一刻没有消停。
本月初，南都独家报道了“怪病男婴”龙龙的事，此事经南都A P P、微信、微博等移动端推出后，引起广泛关注。截至目前，南都呼叫中心共接到近500个爱 心电话，由南都与网媒联合发起的募捐活动，为龙龙募集到近2万元的善款，龙龙父亲闵先生的个人账户上也收到了近3万元爱心人士的捐款。
同时，不少热心医生及医院方面也纷纷介入，希望帮龙龙查出病因。在报道推出后，曾对“拇指姑娘”进行过基因检测的深圳华大基因也在第一时间介入，为龙龙及其父母抽血，进行基因检测。
完成初步基因检测
昨日上午，南都记者从华大基因方面了解到，华大基因已完成龙龙的基因检测，初步... 阅读全帖 |
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x****6
发帖数: 4339 | 13 有一群细胞（足够大，billions）泡在液体里，里面有x个突变子，随机分布在种群里
。现在取种群的1/200，涂板，找突变子。问x要多大，才能有95%的概率在板子上发现
至少一个突变子细胞？
写了几行matlab,粗略算出x=591,请问各位物理数学大牛，怎么算解析解？ |
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x****6
发帖数: 4339 | 14 有益突变和有害突变是环境来决定，它们的分布根据具体物种和场景变化。但一般的共
识是，有害突变的数目》》有益突变。
我上面的公式是给定一个选择系数是s（如果是正数就是有益突变；反之，为有害突变
）的突变子，它会被环境成功选择的概率。 |
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i********f
发帖数: 206 | 15 Gene: BAG3 (基因的名称 http://www.genenames.org/)
Position: 121429523 (这个突变在染色体上的位置,报告里面应该有说明是哪个基因组
版本，现在比较常见的是GHRC37/hg19)
Isoform: NM_004281 (由于选择性剪切,一般每个基因可以表达出多个蛋白, 这个表示
是哪个transcript,比较好的应该加上版本号,例如 NM_004281.3)
Location: exon2 (这个表示突变发生在哪个exon上,不确定是以转录还是以翻译为开始)
Nucleotide: C341A>G (c.341A>G在DNA基础上的突变,在341的位置由A变成了G, 341是
以翻译点为开始，ATG中的A标号是1)
Amino Acid pY114 (在蛋白基础上的突变，这个应该没写全，应该是p.Y114C)
Zygosity: Het (这个表示只有一条突变了，另一条是正常的，杂合子)
Referenc/comments: Novel variant (全新的突变)
AA/EA: N/R N/R (这个可能是表示popula... 阅读全帖 |
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m*********D
发帖数: 1727 | 16 如果不在乎那个lox的34bp，不如就直接用一个g418筛选。我个人做的，两copy取代的
效率和一个copy取代的效率相差一倍。
如果想突变的基因是essential，可以考虑用两个guide，这样删掉一节，基因就失去了
功能。我就是这么干的。
我就是两个guide，两个筛选（purimycin筛transfected细胞，另一个marker筛突变子
），随便就拿了一百多个clone。1/4没突变，1/4双突变，1/2 单突变加另一个copy只
切没HDR。唯一的遗憾是没有一个克隆两个copy，一个突变一个wt。 |
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j*****4
发帖数: 43 | 17 我们正在研究的一个课题发现一个基因有polymorphism，但离那个基因的3’端有几十
kb。这个polymorphism与该基因的表达有紧密关系（有些突变会高度上调这个基因的
mRNA和蛋白水平）。我所知道的polymorphism一般在基因的转录调控区域或外显子内含
子之类的，这样的话调控基因的表达比较解释得通。但在距3‘端这么远的
polymorphism怎么调节基因的mRNA水平我就不知道了。有没有可能是因为DNA的三级结
构受到突变的影响？或者是epigenetics的变化引起的？我没有genomic和epigenetic的
背景，诚心向大虾们求教～ 不胜感激～～～ |
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y**********n
发帖数: 478 | 18 我觉得现在一个重要的事情是拿到宝宝相关基因的序列，有三种情况：
1.基因上所有位点都跟正常人的一样，这样基本排除了这个基因
2.有些位点跟正常人不一样，但跟不在hgmd已知致病突变一样 －－ 症状是这个基因导
致的可能性很大
2.有些位点跟正常人不一样，但跟已知致病突变也不一样 －－ 这些突变有可能是未知
的致病突变，也可能是正常SNP
几个有用的连接：
正常SLC25A13序列 － NM_014251
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/171906609?report=fasta
>gi|171906609|ref|NM_014251.2| Homo sapiens solute carrier family 25 (
aspartate/glutamate carrier), member 13 (SLC25A13), transcript variant 2,
mRNA
AATGGGCGGGCAGCATCCACATGACCCGCGCCGGCGGGAGGGCGTGGGGAGGCAGGCCAGGAACGCACGC
TGCCTGGCCGTATCGC... 阅读全帖 |
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c******n
发帖数: 16403 | 19 京油子，卫嘴子，保定府的狗腿子
从清末到解放初，在北京广泛流传的是“京油子，卫嘴子，保定府的狗腿子”。但
是，这样的话是不能轻易说的。有一次在火车上，就因为有一个北京的年轻人说了这句
活，和一个保定的年轻人打了起来，要不是我们几个老年人出面劝解，把这句话的来龙
去脉说清楚，可能就会头破血流了。所以奉劝你，在没有对这句话真正了解之前，在没
有机会详细解释的场合，不要轻易说这句话，免得引发冲突。
北京、天津、保定这三个城市，按照明、清的行政名称，应该称为北京城、天津卫
、保定府。
为什么叫“北京城”？第一，过去的北京，只是城墙以内的地方；第二，在明清两
代，北京不设行政区，不在州府道县的编制，北京老百姓打官司，就要到现在丰台区的
宛平镇，那时是宛平县，所以北京就只能叫北京城了。
为什么叫“天津卫”呢？当初明成祖永乐大帝朱棣迁都北京以后，从安徽老家调来
了亲兵保卫北京，由此而设立了天津卫，就相当于现在的卫戍区，是兵营的意思，所以
天津的地名有许多是军队的称呼，如军粮城、北大仓、小站、南营房等。
为什么叫“保定府”呢？因为当年在保定设立了府衙。
北京是皇帝住的地方，天津是北京的东大门，保定是北... 阅读全帖 |
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s*******w
发帖数: 2257 | 20 港人抗议的启示 2014-10-04 14:28:12
这次港人抗议，不管是支持“占中”，还是反对“占中”，都不要忘了：这一切都是因
为中共强行把“筛选”强加给港人才导致的。中共把自己的意志强加在港人身上，这才
是香港最近动荡的根源。港人无法接受中共的野蛮干预，不得不上街抗议，但上街抗议
又不能不挠民，影响市民的生活。这是港人无法回避的两难情景。中共就是利用港人的
这种两难处境，耍起了流氓手段。中共心里的算盘很可能是，中共就是耍了流氓了，港
人毫无办法。你们抗议吗？抗议就会干挠市民的生活，遭致市民反对，所以你们港人毫
无办法，你们港人只能忍着！在中共的思维里，没有是非正义，只有强迫，在中共统治
下人，没有任何和平的办法，只能忍声吞气，只能屈服。
反“占中”人士里，他们之所以反对，那是因为“占中”影响了他们的生意，他们自己
的利益受损。但这并不表示他们就支持中共的野蛮干预。中共就是利用港人抗议会影响
港人生活这个港人的“软勒”才敢于耍流氓的！所有支持和反对“占中”的人，其实都
是中共流氓的受害者！信不信这种论断的试金石就是敢不敢于在香港举行公投。不敢举
行公投的就等于... 阅读全帖 |
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x****6
发帖数: 4339 | 21 这个思路是我自己想出来的，还没有人试过，所以你也许是对的
核心思想就是模拟大自然进化新功能的过程，在实验室高度可控的条件下，让自然界成
百上万年里实现进化进度，在实验室用几个星期到几个月的时间来完成。
这个系统在制药上有两个直接可以应用的场景：
1. 抗菌肽。自然界存在具有杀菌功能的多肽。但是它们由于各种原因，不能作为单独
的抗生素来使用。那么我们可以从这些多肽的基因作为起点，通过实验室进化来加强它
的功能或者特异性。
2. 进化抗体。现在越来越多的治疗性抗体药。它的上游就是抗体成熟化。说白了就是
在庞大的抗体突变子库里选择对给定抗原靶标亲和力高的突变子。 这个正好是我的系
统可以做的。 |
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h******d
发帖数: 4761 | 22 http://www.mitbbs.com/news_wenzhang/Headline/31399521.html
78岁的森成子是广岛原子弹爆炸的幸存者，她一生都受甲状腺癌和肠癌的折磨。Mitbbs
.com
现年78岁的森成子是广岛原子弹袭击的幸存者，日本现在面临的核泄漏危机让她想起当
年日本造原子弹轰炸后的悲惨场面。她说，最可怕的是，这种惨剧是人类自己制造出来
的。她担心这次事故将影响下一代日本人。Mitbbs.com
“他们身上出现了紫色斑点，就像斑点狗身上的那种圆点，他们的头发脱落，不久就死
了”Mitbbs.com
森成子谈及在爆炸中幸存的邻居，几周后出现致命后遗症Mitbbs.com
事故将影响下一代人Mitbbs.com
78岁的森成子是广岛原子弹爆炸的幸存者，她在电视上看到地震后的日本北部变成一片
废墟，海啸带来的洪水中漂浮着垃圾和遇难者的尸体。这让她不由地回想起1945年遭原
子弹轰炸后的故乡，那里的河流里漂满了尸体。Mitbbs.com
森成子担忧，如果此次核泄漏危机无法得到遏制，将影响下一代日本人。“核辐射是最
可怕的，我觉得，其可怕之处在于，它是人类自己制造... 阅读全帖 |
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q*****d
发帖数: 445 | 23 NMD，是什么意思呀？我的启动子和基因的ORF部分完全正确，就是TAA之后的终止子部
分有几个突变！不知道会不会影响蛋白的表达和活性，还望高人给指点一下！多谢 |
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y**********n
发帖数: 478 | 24 看了下报告（Gene info - SLC25A13 on Dec 23, 2013.pdf），里面用的是HGMD数据库
（http://www.hgmd.org/）注释的SLC25A13基因，并没有给出宝宝的SLC25A13基因序列和突变信息。
下面是HGMD数据库的SLC25A13的注释信息：
Mutation type Number of mutations Mutation data by type (register or
log in)
Missense/nonsense 27
Splicing 10
Regulatory 0 No mutations
Small deletions 5
Small insertions 1
Small indels 0 No mutations
Gross deletions 2
Gross insertions/duplications 3
Complex rearrangements 0 No muta... 阅读全帖 |
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s*********y
发帖数: 579 | 25 5月底，国际期刊《自然·方法学》刊登了CRISPR-Cas9技术会导致小鼠体内数百个非目
标突变的文章。在引起人们对有“基因魔剪”之称的基因编辑技术CRISPR脱靶性担忧的
同时，这一论文也遭到生物界广泛的批评，认为该发表论文存在实验设计不科学、数据
不充分等问题。
当地时间7月25日，《自然·方法学》就该篇论文发表编辑部关注，“以提醒读者关于
其数据解读的担忧”。
“由于对照组小鼠和接受CRISPR/Cas9编辑的小鼠的背景基因多样性差异不明确，出现
以上结果的另一种可能是正常的遗传多样性。”《自然·方法学》在“编辑部关注”中
引用了驳斥这一论文科学性的一方观点。
“我们在与提出质疑的团体和论文作者保持联系，进一步调查此事。调查一结束，我们
便会通知读者。所有作者均不赞同本期刊发表编辑部关注的决定。”《自然·方法学》
表示。
该论文的作者来自美国哥伦比亚大学医学中心等机构，论文题目为《体内CRISPR-Cas9
编辑引发的不可预测基因突变》。基因编辑指的是人为地对基因进行剔除、插入、修复
。论文称，两只接受CRISPR-Cas9编辑的小鼠的全基因组序列中出现的单核苷酸变化，
是CRI... 阅读全帖 |
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f******s
发帖数: 541 | 26 USB和舟子的旧事
(兼论舟子的“子”)
解滨
本来都已经说好了不再谈方舟子的文坛旧事了，但上个星期发生的那起USB事件让俺想
起了17年前发生的一件网络上的大事。 俺要是不把那件事说出来，不但对不起网上的
老少爷们，也对不起历史。 所以俺破例再写一集，就算是集外集吧。
上星期，新片《黄金大劫案》的主创到上海复旦大学松江校区会学子。导演宁浩弄来大
牌英语培训专家罗永浩坐镇，更请到青春偶像韩寒压轴登场，场面火爆。韩寒念念不忘
拿对头方舟子开涮：“在人生当中有很多不如意事情，有很多的人在背后诋毁你。但我
只有一句话，路边几条臭水沟，不及江河万古流。” 现场的最高潮，还是韩寒和罗永
浩对方舟子的调侃。 宁浩现场送二人每人一个“金砖U盘”。罗永浩接过金砖U盘后，
立马声明，“我在方舟子出来说之前说，这是假的金砖。” 主持人让二位送给方舟子
一句话，韩寒毫不犹豫地说，“这是个USB吧，我想对他说三个字：U，SB！”
这话让MM们当场笑翻。 看来韩寒未必是完全不学无术，但他脑瓜子有点歪，却歪而不
邪。方舟子看了后会怎么想？ 这个连俺都知道：
1. 韩寒，一个只会泡妞的赛车司机，一个体育生，文章靠... 阅读全帖 |
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o***s
发帖数: 42149 | 27 前两天，陈赫前妻蕾拉小姐许婧靠再遇渣男，外籍男友劈腿18线女模上了头条。今天，陈赫现任妻子张子萱产后首露面，靠清新身材恢复好也上了热搜。
无论是前妻抢头条，还是现任妻子的产后露面，其实各有各在玄机，但都是因为同一个人，那就是陈赫。
陈赫曾公开承认“我错了”，虽然很坦诚的承认了出轨的事实，也被网友赋予了“渣男”的特殊礼遇，但近两年的修身养性，回归家庭，生了孩子，参加热播综艺，也算是博回点颜面，至少让越来越多的粉丝开始路转粉。
但陈赫前妻许婧的这次被老外甩，不得不再次让人想到了陈赫，连续两次被劈腿，自然也赢得了不少同情分。
而陈赫前妻许婧在陈赫公开“我错了”之后，面对粉丝的强势攻击，曾公开表示不要再为难陈赫了，让很多人肃然起敬，这次再遇“渣男”，自然也让很多人都站在她这一面。
然后，不料一则广告让画风突变，开始有人怀疑这许婧这个时候被劈腿是不是另有隐情？因为许婧代言的某品牌广告上线，广告想把许婧打造成一个忘掉情伤、独立自主的女人，但其中的“放下一切”、“释怀过往”被网友质疑借离婚事件炒作，更有网友爆料其疑似签约出道，步入娱乐圈。果然，这拼抢版面还真是另有目的。
同样，张子萱去年10月为陈赫... 阅读全帖 |
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t***o
发帖数: 4265 | 28 “极端个例，跟温家宝有何关系”，哈哈，好会推卸责任。
这种极端悲惨的事件，发生了不是一起两起。这种人间悲剧的发生，不是因为农村人不
知享受温狗们宣传的胡温恩赐的农村幸福生活，不是因为基因突变，不是因为天灾。
这位杀子母亲也是由于长期经受贫穷和恶劣的社会压力，才导致精神崩溃。你们不反思
问题的社会根源，不反思胡温的责任
农村家庭普遍离散，农村人普遍贫穷，农村人普遍受剥削和欺压，包括农民工们。这不
是第一起杀子事件。杀子是极其悲剧的事件，但反应的社会问题是普遍的。很悲剧和较
悲剧的事件，就很多了。你没见江西5个孩子冻死在垃圾桶里？你没见到郑州街头冻毙
的民工？你没见到云南携幼女一起把自己做成人肉炸弹的炸死拆迁办的母亲？你不知道
讨薪的民工被受雇佣的黑社会暴打？你不知道千千万万的农民年年背井离乡？
温家宝最喜作秀，最喜抢地震后紧握农民手的镜头，他怎么在这种悲剧目前，不表示一
下对这个悲惨家庭的关怀，并剖析一下自己的责任？母亲杀子了，现在幸存的孩子又得
到了胡温政府的什么救助和关怀？ |
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w*********g
发帖数: 30882 | 29 外蒙政局突变：收回蒙古大好时机到来
作者：zykaido / 时间：2012-04-17 09:15:11 / 来源：网络 外蒙古发生大事前
总统被捕：一场激烈的内战展开 www.junshijia.com 军情第一站 中广网北京4月14
日消息据中国之声《央广新闻》报道，蒙古国前总统恩赫巴雅尔13日早晨
外蒙古发生大事前总统被捕：一场激烈的内战展开 www.junshijia.com 军情第一站
中广网北京4月14日消息据中国之声《央广新闻》报道，蒙古国前总统恩赫巴雅尔
13日早晨6点左右在家中被捕，有电视台对此过程进行了直播。 转自米尔军情网 http://www.junshijia.com
13日，蒙古前总统恩赫巴雅尔被捕的过程中，属于蒙古人民革命党的媒体TV9电视
台直播现场实况。当时，大批警察和便衣警察包围了恩赫巴雅尔的家，并强行入内进行
逮捕。逮捕行动中，由于恩赫巴雅尔的保卫人员进行抵抗，警察朝天开枪示警。
当时有4名国家大呼拉尔议员以及蒙古人民革命党大批党员和支持者聚集在恩赫巴
雅尔家外进行保护。报道说，现场没有造成人员伤亡。恩赫巴雅尔是2009年卸任总统的
，目前... 阅读全帖 |
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h*****4
发帖数: 1158 | 30 厉害
关键是找到了工作，
lz能否介绍一下你的具体方向和工业界的运用么？
（我知道不少做biofuel就是做些promoter engineering或是搞突变筛突变株，好像有
点boring呵呵，楼主不要介意哈） |
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a****o
发帖数: 1786 | 31 应该不会影响
担心的话，把它突变回去不就行了，挺容易的 |
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v**p
发帖数: 15 | 32 请教大家，把一个蛋白其中的一个氨基酸进行点突变之后，western检测的时候发现分
子量大了20KD左右，有可能是啥原因？ 测序没有问题，抗体也能识别。
谢谢 |
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p*****p
发帖数: 61 | 33 楼主另外一个帖子
http://www.unknownspace.org/article_t/Biology/31866171.html
13 楼的下面那个WHOLE EXOME COVERAGE的图里面
WHOLE EXOME COVERAGE >20X (100%)
说明SLC25A13这个基因的编码区的碱基是可以做到100%覆盖到大于20的COVERAGE--这些
区域每一个碱基都可以有至少被测到20次。这个DEPTH是足够去准确的鉴定单碱基突变
以及小的缺失或者插入突变的。但是下面的NOTE厘米提到，每个病人的
COVERAGE会有区别。我想这个基本的质量控制，BCM的WGL应该是可以做到的。 |
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C****n
发帖数: 79 | 34 你筛了多少个突变子？遇到过三个allele 同样的突变吗？也就是Homozygous的情况。 |
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x****6
发帖数: 4339 | 35 1）我觉得现在来讲临床应用有点太早，就算是已经被MIT,伯克利这种顶级学院研究了
几年的crispr/cas9都还没有奢望临床应用。
更何况，就如同crispr/cas9现在正在被修改、优化，这个系统也可以被修改和优化。
我自己对蛋白质定向进化比较熟悉，完全可以设想对这个蛋白进行大规模突变，来寻找
只识别带有DNA 5'特殊、人工修饰（比如乙酰化，在生物里不存在）的ssDNA的突变子
，来降低off targeting的风险。
2）关于iPS的意义我和你的理解不太一样。我认为主要不在理论，而在于实现的结果。
据我一个听过山中申弥讲座的朋友介绍，当时有人问他怎么找到那四个TF的，他说完全
是试出来的，试了N多，最后运气好，出来了。就是到现在也没有一个convincing的理
论来解释。那么既然是结果重要，那么这个工作的意义在于1）为研究发育提供了技术
平台，比如james thomson现在基本该行去做老板，开了个cellular dynamics,专门卖
ips的细胞系；2）对于再生医学的临床应用的潜在意义：用病人自己的组织诱导培养出
脏器，移植给自己。 |
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o***s
发帖数: 42149 | 36 《刑事侦缉档案》是TVB当年的一部神剧，其中有个叫李思龙的女孩温婉可爱，令人印象深刻。
李思龙的扮演者叫钟丽淇，出演了很多TVB的大热剧集，早已经退出娱乐圈，从事瑜伽行业，不过她再次被媒体关注却是因为她的女儿。
钟丽淇曾与梁荣忠相恋多年。梁荣忠在《刑事侦缉档案》中饰演忠义，两人从戏里牵手走到戏外恋爱，相恋八年，原本已经到了谈婚论嫁的地步。
可此时梁荣忠被爆出“车震门”，出轨港姐朱慧敏。梁荣钟试图挽回，钟丽淇却毅然分手
几年之后，钟丽淇牵手中意混血帅哥拿度。
拿度正是胡杏儿的前男友，钟丽淇与拿度奉子成婚，2009年生下女儿伊莎贝拉。钟丽淇每次提起拿度都满脸甜蜜，称丈夫温柔体贴又顾家。
本以为生活会更加美好，不幸的是，这个可爱的混血宝宝在7个月的时候被诊断出因基因突变导致的四号染色体缺损综合症，不断发烧，抽筋，四岁的时候已经经历了三次大手术。
这种病发病率五万分之一，全香港也只有3例，目前还没有成熟的治愈方案。
因为女儿所受的痛苦，钟丽淇还特地成立了慈善基金帮助一些贫困的特殊儿童。还与其他的父母分享自己的经历，鼓励大家勇敢的面对。2015年，钟丽淇又生下了二女儿，伊莎贝拉有了妹妹的陪伴，也... 阅读全帖 |
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a****o
发帖数: 1786 | 37 终止子不编码，谈何移码
通常不会影响，除非影响iRNA的结合，影响（抗）终止蛋白的结合 |
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l********n
发帖数: 62 | 38 俺在做植物，也遇到这种情况。ｅｘｏｎ可能会有一个点突变，但是各自ｉｎｔｒｏｎ的都不一样。ｃ
ＤＮＡ有了，但是一直拿不出最后一段ｉｎｔｒｏｎ的序列。郁闷啊。。
现在在用RNA sequencing的办法，看看cDNA是不是只是一种。 |
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s******s
发帖数: 13035 | 39 不懂诊断，不过这个难道不是应该先看代谢分子角度，
比如打个ms-spec看看啥东西累积了？ 有突变也不一定
在外显子啊
cirrhosis |
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h*h
发帖数: 27852 | 40 铁幕政权都是突然倒下的。其实也不是老百姓突然思想转变了，而是在拿掉铁盖子后，
真实的民意才能有机会大规模展示，一般规律是和独裁时期的主流宣传相反。说白了独
裁统治无异于土匪，本来就是靠暴力和谎言维持的。在独裁国家大行其道的政治理论，
一般来说其反命题才是真实的。所以判定我们对中国政治问题的判断是否正确，有一个
最简单易行的办法，看它能否在中国顺利传播，如果能的话，基本是错的，如果对的话
，靠暴力和谎言的政权怎么会容忍它？ |
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o***s
发帖数: 42149 | 41 3月13日晚上9点多，赌王何鸿燊四太的儿子何猷君发了这样一条微博。
事情是这样的，何猷君和创业小伙伴一起搭乘飞机，没有选择坐头等舱而是选择了经济舱，可能是为了体验生活吧。
下机后，同行伙伴的护照遗落在了飞机上，导致两人无法顺利入境。他们打了好多次电话给相关的航空公司，结果对方都爱理不理，还告知要他们返回香港办理护照，两人不得不在机场的座椅和地上睡了一晚上。
本来两人可能真的要飞回香港了，没想到这时候事情发生了转机。
转折发生在机场某位管理人员认出了何猷君的身份之后，原本被告知要回港补办的护照在十分钟之内就被找回了。
何猷君在发微博之前也很纠结，毕竟人家是帮助了他，但一想到自己化身普通百姓的时候，竟没人理睬，就忍不住跟大家分享了。
他批评航空公司太势利，如果他不是何鸿燊的儿子，可能就真的要返回香港办护照了。
网友的评论永远都是亮点。
毕竟何鸿燊的儿子坐经济舱，就足够吸引大家的关注了，而他受到的忽视正是我们普通人最容易遇到的情况，大家自然就会更加关注了
木子丹丹_：最讨厌就是这样的人，当知道是谁之后态度三百八十度大转变
程CHEN熙NUO-Calvin：王子感觉到了我们平民的感受了哎!全是... 阅读全帖 |
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n*******4
发帖数: 2285 | 42 据黄克诚回忆，五十年代后期他已观察到毛的脑子出了问题。他归结是战争年代长期脑
子高度紧张造成的。现代神经生理研究已证实长期的肾上腺素分泌会大量杀死脑细胞，
脑细胞死亡过多使原本聪明的人在经历挫折后产生被迫害妄想症（paranoid）。 |
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u***r
发帖数: 4825 | 44 http://blog.wforum.com/loudouzi/user_blog_diary.php?did=25769
老天警告日本小儿别玩核，玩核必日“本”
日本这次九级大地震并引发的海啸，我总隐隐感觉，这是东北亚甚至亚太局势突变
的分水岭。
1923年9月1日，日本本州岛相模湾海底发生了一次7.9级大地震。几分钟内，东京
和横滨市的许多建筑物都成了一片瓦砾，70万户家庭无家可归，死亡人数高达13万。这
就是着名的关东大地震。
这场大地震，既改变了日本地理地貌，也改变了日本向外政策。很多细节意沉没在
历史尘埃中，可以看到的结果就是，军国主义兴起，在寻求大陆安全的“向大陆”政策
下，日本走上了对外扩张的不归路。以朝鲜半岛为跳板，九一八事变占领东北、七七事
变全面侵略中国，就是这场地震后日本人“抗震救灾”的选择。
人们往往说，历史是一面镜子。作为日本近邻的中国，有必要思考这场地震会带来
的东亚甚至世界格局改变的可能
可以看到，今次地震后一片狼藉，比之关东大地震有过之无不及，而且还引发核电
站爆炸以及后续核辐射威胁，这个无立锥之地的生存危机，与关东大地震的后果是一样
的。那么，... 阅读全帖 |
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w*********g
发帖数: 30882 | 45
蒙古国自然资源
矿产资源：蒙古国是矿产资源大国，其矿产蕴藏量居世界前二十位，且未曾大规模勘探
开发。目前，已发现和确定的有80多种矿产，已有800多个矿区和8000多个采矿点。其
中，铜储量丰富、品位高，初步探明储量为20多亿吨；黄金分布广、蕴藏丰富，已发现
130多个金矿床，储量为3400吨；煤是蒙古国最丰富的矿产资源之一，已探明储量达500
亿吨以上；石油已探明储量达40—80亿桶，仅与中国接壤的东、南、西部地区就有13个
石油盆地，储量就达30亿桶以上，且油质好；铁矿探明储量为20亿吨；发现萤石矿床60
处，储量约2800万吨以上，是世界上开采萤石的主要国家之一，其产量仅次于中国和墨
西哥，位居世界第三；磷探明储量达2亿吨以上。另外还有钼24万吨、锌6万吨、银7000
吨。采矿业占蒙古GDP的20％多，占外贸出口总额的50％以上。
土地资源：蒙古国可利用土地面积为15646.64万公顷，其中，农牧业用地面积占80%，
森林面积占10%，水域面积占1%，专用地占1％，其余部分为国家保密土地。农牧业用地
总面积为12238.1万公顷，其中，耕地面积为121.7万公顷。
土壤：蒙古土... 阅读全帖 |
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M******8
发帖数: 10589 | 46 党媒罕见恐吓公知“崩溃比苏联更惨”掀反弹怒潮
中共喉舌新华网突然刊文“中国若动荡，只会比苏联更惨”，对大陆公共知识份子发出
“凶猛”的攻击，激起网络知识份子及民间极大不满与强烈的反弹，历数中共暴政下的
罪恶，责问难道这一切是公知“煽动”。目前正是审理薄熙来案前的最敏感时期，左派
借批公知搅事，有评论认为此篇文章被抛出，中南海山雨欲来，崩裂加速。民间则嘲讽
此文犹如中共最后的哀鸣。
党媒污衊公知“引发社会动荡”网络炸锅
8月1日也是中共建军日，中共喉舌新华网刊登署名王小石的文章“中国若动荡，只会比
苏联更惨”的文章，一开始就直入主题，将中共崩溃的末世景象，归到微博上的天使、
导师、公知们天天“造谣、传谣，制造社会负面新闻”，并污蔑公知“煽动”民众怨恨
现政权，引发中国社会动荡。甚至认为公知们在中国通过掌控舆论“煽动”乱局。
文章谩骂公知为“西奴”，甚至还出现“带路党”字眼。党报的文章，彻底激怒了网络
上专家、学者和民间向往自由民主的人们，群起攻之，彻底地撕开中共的画皮。
中国政法大学法学院副院长何兵发微博反击说：“新华网发文指责公共知识份子传播负
面消息，是在煽动动乱。瓜农是公知煽动城管... 阅读全帖 |
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x****6
发帖数: 4339 | 47 在小时间尺度是有方向的，具体的环境对某些突变子是有选择的。 |
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x****6
发帖数: 4339 | 48 进化生物学，或者当代的进化论有两个理论核心：达尔文的自然选择和木村资生的基因
漂变。前者为大众熟知，对应的是物竞天择、适者生存的部分，是决定论性质的；后者
是50-60年代才兴起的理论，但是对自然选择缺失的随机部分进行了补充。进化的过程
中（数据证明其实是大多数时候，特别是对种群规模小的高等动物），生物的变化是随
机，选择不起作用。比如，我们想象回到过去某个点，然后让时间重新走一篇，
initial condition remains exactly the same。今天看到的生物世界很有可能跟现在
两样。
因此，现在华人进化生物学家在讨论把“进化论”更名为“演化论”，台湾已经这么叫
了。目的是减弱来自自然选择决定论的分量以及避免“进”带来的“有方向”的错误印
象。
至于你说的复杂功能的进化，这还没有形成一个领域，还处于假设和摸索的阶段。原因
是现有的进化论的核心是关于基因型（突变子）在种群里频率的变化，是纯统计和数学
的，但是变化的机制是没有考虑的，因为那意味着要对生命的物理和化学机制有全面的
了解。现在已经有人开始尝试填补这个空白。这个问题如果解决，将是当代医学一个质
的飞跃。
... 阅读全帖 |
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B******7
发帖数: 3220 | 49 娘矬矬一窝，爹矬矬一个
另外，北美这边华人家庭很多是福建 广东移民后代，南方人身高真心没戏，所以后代
如果不与白人黑人通婚的话，内部消化后还是那种矬地蹦子身高，男的普遍均高1米72
，女的1米60。。。。
毕竟祖先的身高就那德性的，就别指望后代突破了， 换什么水土也不能否认基因遗传
以及人种的差异 |
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