c*******0
发帖数: 190 | 1 最近在研究一个核蛋白的功能，需要用到GFP-tag的质粒转染...实验室只有含小鼠序列
的质粒，试过转染到Hela和MCF7细胞表达都比较好...而且这个蛋白在小鼠和人的同源
性在95%左右...求问用这个质粒做出来的结果投稿会被拒么？ |
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n********n
发帖数: 8336 | 2 http://www.bydnacoding.org/WHY.html
客观地说，进化论诞生一百多年来，经历了无数的争辩，每次都以进化论的胜利告终。
因此，进化论在生物科学界，被认为是无可争辩的真理。
人们不禁要问，你们凭什么可以倾覆进化论？
我们的回答是：仅仅凭着两件简单的武器，这就是DNA编码和中学级别的数学。DNA编码
来自基因银行（美国NBIC GenBank）；数学是指数、对数运算和骰子理论。
就人类而言，DNA编码包含着人类全部的遗传信息。是DNA编码承载的“物质的遗传信息
”决定了人体和人体生理特征；“非物质的遗传信息”表达出人的聪明、智慧等特征。
DNA编码表达的事实，和进化论完全对立。而数学是DNA解码的有力武器，因为数学能最
深刻、最直接地表明哪些是不可能产生的假说，哪些是必然发生的事实。
“数学不是理论的构建者，也不是假说，但是，它却是理论和假说的法官、是理论和假
说必须服从的裁判者。没有数学的认可，既没有规律可以遵守，理论也得不到解释。”
( 美国数学家、天文学家，本杰明·皮尔斯Benjamin Peirce ,1809 – 1880）
“neither is ... 阅读全帖 |
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D*****r
发帖数: 6791 | 3 英文版：Regulating Evolution: How Gene Switches Make Life
http://www.scientificamerican.com/article.cfm?id=regulating-evo
【注：转载几段科学美国人中文版<环球科学>08年第6期上关于“基因开关”(genetic
switch)和物种进化的介绍文章。
作者 肖恩·B·卡罗尔（Sean B. Carroll）
本杰明·普吕多姆（Benjamin Prud’homme）
尼古拉斯·贡普勒（Nicolas Gompel）】
【摘要】人和狗的外形迥然不同，基因却有96% 完全相同。相似的基因为何产生如此巨
大的差异，原因隐藏在基因的非编码区。被称为“增强子”的不同基因开关，控制着同
一基因在不同物种的不同部位发挥不同作用。物种进化大都由基因开关的突变引起，基
因本身不必发生明显变化。正是这种基因开关产生了千变万化、多姿多彩的生物世界。
【以下为节选】
在人类基因组中，编码蛋白质的部分仅占1.5%左右，这些基因就像DNA序列海洋中为数
不多的信息孤岛。对于剩余的众多非编码DNA的功能，... 阅读全帖 |
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g*********d
发帖数: 233 | 4 《Cell》文献翻译:基因表达的小RNA调节因子
Cell 134, 899 – 902, September 19, 2008
Joel R. Neilson and Philip A. Sharp
今年Lasker基金会承认了Victor Ambros、Gary Ruvkun和David Baulcombe在推断
小RNA分子在真核基因表达的转录后调节中所进行的开创性工作。
分子生物学是一门年轻的学科，如同充满了未开发土地的新大陆。有关小RNA在基
因调节中的作用的重要发现是这门年轻学科中还有许多未开发的重要领域的一个例证。
9月26日，几位先驱（麻州大学医学院的Victor Ambros、麻州总医院和哈佛大学医学院
的Gary Ruvkun和剑桥大学的David Bulcombe有关小RNA的发现将被授予2008年Albert
Lasker基础医学研究奖。
历史上先驱者以及他们的发现的意义通常被忽略，只是在很多年之后才被承认。
Ambros和Ruvkun所发表的描述第一个微RNA及其标靶的优秀论文（发表在高深的Cell杂
志上）被忽略了近10年。与此同时，... 阅读全帖 |
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s******y
发帖数: 28562 | 5 其实语言还是很平和很正常的，涉及的科学知识也基本正确。不知道这个新闻稿落到外
面的新闻机构手里怎么就搞出了个黑物质的说法。
http://news.ustc.edu.cn/xwbl/201502/t20150215_211668.html
中国科大发现新型非编码RNA 2015-02-15
分享到：QQ空间新浪微博腾讯微博人人网微信
最近，中国科学技术大学单革教授实验室在国际知名杂志《自然-结构和分子生物
学》(Nature Structural & Molecular Biology)发表研究性论文，报导了其实验室发
现的一类新型非编码RNA以及此类非编码RNA的功能和功能机理。
非编码RNA是一大类不编码蛋白质而在细胞中起着调控作用的RNA分子。单革教授实验室
发现了一类新型的环状非编码RNA，在这类环状RNA中，内含子没有被除去、而是被保留
在环形RNA当中，因此这类RNA被作者命名为外显子-内含子环形RNA（EIciRNA）。该文
研究了外显子-内含子环形RNA的功能，发现此类非编码RNA可以调控其自身所在的基因
的表达。进一步的研究表明，外显子-内含子环形RNA是通过招募U1... 阅读全帖 |
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m******r
发帖数: 4351 | 6 声明一下，本文转自西西河石老人的帖子，之前贴了链接但发现大家都比较懒，没几个
人看，所以未经作者同意，转过来了，标题也是我胡乱加的，内容也有删节(原文是对
一些帖子的零乱回复)，如有错误，是我的责任。
某种程度而言也是因为作者的某些观点其实和我比较一致。飞机经常失事，但很多人还
是选择坐飞机。 农药危害巨大，但农业上还是广泛使用。烧煤导致雾霾，核能可能会
有核泄漏，水库可能会导致地质和天气变化，但国家还在干这些事。
总之我觉得转基因可能被妖魔化了。从逻辑上来说，证明没有是最难的，你得把所有的
可能全排除掉才行。先不说分析和提取成分的难度，即使是已经完全确知了成分，你也
无法保证这些成分就没问题。就像主贴所说，可能99.99%的人没事，但是可能有那么0.
01%的因为某种变异或者缺乏相应的解毒，结果就可能悲剧了。
主贴的科普，我认为其实是说明了转基因作物，原理上其危害其实不比各种育种杂交嫁
接等更大。大家如此恐惧转基因，恐怕是对未知的恐怖。就好比恐怖片，恐怖的不是鬼
魂，而是不知道会发生什么。当年洋务运动，中国人怕火车，但火车毕竟看得见摸得到
，最怕的反而是埋在地下的电线。
当然我还... 阅读全帖 |
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W*********n
发帖数: 775 | 7 想获取一个一个物种的某基因A的序列，从其5'UTR及开始的25个编码区碱基设计
Morpholino序列用于基因阻断。 从朋友那边（正在做此物种测序）获取了一包含这个
基因的测序序列：包含这个基因的所有内含子，外显子以及启动子区域 （只是中间也
有几个大片的NNNNN区）。我通过将其和另外一个亲缘最近的同属的其他物种（已经测
序）进行比较，找出了编码区的内含子和外显子（因为蛋白序列高度相似）。
现在的问题是：怎样从原始序列中找出5'UTR的确切序列？ 这个5'UTR是否一定在第一
个编码区的外显子上，还是可能在这个外显子的上游还可能有一个外显子，用来剪贴出
全部或者部分5'UTR？ 怎样判断5'UTR的起始位点？
请问用什么软件可以分析？谢谢！ |
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t*****z
发帖数: 1598 | 8 首先，transcription factor指的是蛋白质，不是DNA序列。我想你说的是
transcription factor binding site (TFBS)。
TFBS哪里都可能有，对于一个基因有影响的，通常可以分成两类：增强子（enhancer）
和启动子（promoter），两者的区别是：启动子必须在转录起始位点（TSS）附近，而
增强子的调控作用和它到TSS的距离无关（当然，越远越弱，但不是远了就没作用）。
启动子包含了核心启动子和周边的一些其他TFBS，一般你只要从TSS上数1000bp，下数
500bp，就算基本上肯定包括整个启动子了。
增强子么，上游很远都有可能，甚至在内含子里和下游都有可能。
一般认为编码序列不包含转录调控原件。但是也未必，好像最近有一篇文章说到某个序
列既编码又调控。不过一般而言，编码序列可以无视。 |
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x****6
发帖数: 4339 | 9 “FISHER的理论只是在HOMO SAPIENT 这一物种内成立”
我提一个说法，你去google一番，找来看似合理的反驳，而结果闹更多笑话。
猩猩/老鼠和人的基因组非常接近而唱得很不一样 只能说明，不一样的那些序列差异起
到的关键而巨大的效果。这个在分子和细胞生物学上是有解释的。这些差异集中体现在
非编码序列、也就是调控序列上，而编码蛋白的序列基本上是一样的。
本质上，就是你卖一个imac,我买一个一样的imac。但是我拿回来把硬盘格式化，装上
一套视窗操作系统，然后我在这台电脑上用word写文章，但用你的看毛片撸管。
都是一样的硬件，可是用途却完全不一样。
HOMO
有5 |
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m****g
发帖数: 530 | 10 英国研究人员日前报告说，人类基因组中一些“垃圾DNA”产生的物质与乳腺癌等癌症
存在相关性，这项发现有助于研发新
的癌症治疗方法。
英国诺丁汉大学等机构研究人员在美国《基因组学》（Genomics）杂志上报告说，他们
发现人类基因组中名为L1的DNA
序列会导致生成一些反常产物，而这些产物多见于乳腺癌细胞中。
DNA即脱氧核糖核酸，它可以组成遗传指令，指导细胞合成蛋白质等物质。据介绍，序
列L1常被称为“垃圾DNA”，因为它
是人体内的非编码DNA，不像编码序列那样指导合成特定蛋白质。但研究人员在乳腺癌
和肠癌细胞中发现了序列L1导致生
成的反常产物，因此上述癌症可能与L1等“垃圾DNA”功能异常有关。
研究人员指出，序列L1携带一个“开关”，可以随机开启附近基因，如果这些基因被不
适当地启动，就会生成反常产物，对
细胞正常功能造成影响。通常，正常细胞中都有抑制这个“开关”的化学物质，但在一
些癌细胞中，这些抑制物质却消失了。
研究人员正试图确定，是一些“垃圾DNA”的上述特殊“开关”启动导致了癌症，还是
癌症导致该“开关”启动。但无论如何，这
些“垃圾DNA”至少可以成为癌症治疗中有 |
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a****o
发帖数: 1786 | 11 《Nature》: “垃圾”DNA的新启示
新手指南大全导航帖【看完本贴，就能玩转星荧】
虽然名为“Junk DNA”但实际上，很多科学家已经为这些重复序列DNA正名了，垃圾DNA
不仅不再是无用的基因组序列，反而成为具有多种功能的重要序列，比如说，垃圾DNA
曾被发现对人类的进化具有重要的作用，Nature的一篇文章又发现垃圾DNA的新功能，
文章Targeted deletion of the 9p21 non-coding coronary artery disease risk
interval in mice解析了垃圾DNA与心脏疾病的可能关联。
参与研究的有来自美国国立Lawrence Berkeley实验室基因组研究部，美国能源与基因
组研究所，美国西南医学中心遗传分子实验室，内科研究实验室的科研工作者。通讯作
者是来自Lawrence Berkeley实验室和能源与基因组研究所的Len A. Pennacchio教授。
在基因组中存在有一部分不能表达蛋白的非编码序列，有很长的一段时间科学家们没有
认为这些非编码的作用，因此，这些重复的DNA片段被冠以垃圾DNA（Junk |
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Y**L
发帖数: 385 | 12 俺解释下某进化信徒到山海经里去找的这个‘中间体’概念，呵呵
中间体，以整体来看，就是一个没有智能的自然界进化现存生命所经过的所有过程，由
今天每种生命的所有祖先组成。注意，是所有祖先，不是已经发现的祖先。
关键词：没有智能的自然界 进化的所有过程
由于对中间体的概念不了解，大部分人常把进化的图景和创造的图景搞混。
如果把水面比作生态总空间的话，那么创造论就是在水面上的各处创造了各个离散的点
，每个点是一种生命，各点代表不同的生命。
进化说生命是彼此靠自然作用进化出来的，就是说一个点B上的生命，是另一个点A上的
生命经自然作用移动过来的（或曰进化。
若这个过程确实发生过，那我们可以肯定一定有一条曲线从A到B，表示出这个移动的途
径。
如果进化发生过，这个途径就一定存在。
中间体就是这个途径上连接A和B的各点。
创造的生命是离散的点。
进化的生命却必然经历几乎连续的线。
达尔文理论的力量在于，假设所有生命特征都可以相当连续的细化，每个细化的小步都
是无智能的自然可以完成的，那么没有智能的系统可能通过累计完成复杂的系统/变化。
需要细化到什么程度？
必须细化到随即过程能够轻易实现的程度。
... 阅读全帖 |
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m******r
发帖数: 4351 | 13 转基因作物的毒性问题 5
作者：石老人
科普几个问题：
一、关于植物基因组
植物中有核基因组、线粒体基因组和叶绿体基因组。它们各有独立的DNA复制系统，请
查自主复制这个概念。叶绿体是植物将太阳光的能量（“万物生长靠太阳”的根据在这
里）转变为化学能的场所（第一步是将光能转变成糖类，……）；线粒体是细胞一切活
动的能量来源场所，类似于一个城市的发电场。但它们在生物体内是相互依赖相互影响
的，这个问题太复杂。
举2个例子，植物的叶子是光合作用的主要场所，植物的光合作用由叶绿体负责，多数
植物的光合作用的最关键酶叫RUBP羧化酶（另一个叫 PEP羧化酶，存在于玉米、高粱等
C4植物中，但C4植物的二样化碳固定也主要靠RUBP羧化酶，只是多了一条C4途径），这
个酶的最主要作用是固定二氧化碳（不止这一个功能）。RUBP羧化酶含16个亚基，其中
的8个亚基是核基因组编码的，8个亚基是叶绿体编码的，分别来自核基因组和叶绿体基
因组的16个亚基组成一个很大很复杂的蛋白质，这就是RUBP羧化酶，植物叶片中水溶性
蛋白质的一大半是这个酶。叶绿体中捕捉光子的主要色素是叶绿素，包括A、B等（当... 阅读全帖 |
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T*****n
发帖数: 897 | 14 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: Tonyvan (Tony), 信区: Biology
标 题: Re: 基因序列和氨基酸序列的对应
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Nov 20 17:45:39 2011, 美东)
谢谢！我记得原来还查到整个CDNA的序列，其中在coding sequence,下面还标出了相对
应的氨基酸序列。这样很容易查到哪三个核苷酸编码哪个氨基酸。正在做基因突变相关
的课题，需要这些信息。不要见笑，请帮忙。 |
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c*******e
发帖数: 373 | 15 // 末字节high bit为1，是非法单字节编码，所以必然是双字节编码
if (lastByte & 0x80 != 0) return DoubleByteEncoding;
// 末第二字节high bit为0，不带末字节混，所以末字节肯定是单字节编码
if (last2ndByte & 0x80 == 0) return SingleByteEncoding;
// 末字节high bit为0，末二字节high bit为1的情况，不能确定，需要检查末第三
if (last3rdByte & 0x80 == 0)
return DoubleByteEncoding; // 末第3个高位0，不带末第2混，所以倒数2和1是
双字节码
if (last4thByte & 0x80 == 0) //末4不带末3混，末3和末2组成双字节，最末一个单了
return SingleByteEncoding;
到此为止，不用再继续推理了，可以总结规律了：
if (n == 1) return 1;
// 末高位1，必然是双字节编码
if (bytes[n-1] & 0x80 !=... 阅读全帖 |
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s********e
发帖数: 2783 | 16 科学家已经成功将老年人的细胞转变成为年轻细胞，这或许让我们离永葆青春的梦想又
近了一步。据英国《每日邮报》4日报道，最近，根据美国斯坦福大学医学院的科学家
介绍，一种新的方法能够快速而有效地延长人类端粒的长度，端粒是染色体末端的保护
帽，与衰老和疾病有关。这项研究结果发表在最近的《FASEB Journal》杂志（美国实
验生物学会的旗舰杂志——观察者网）。文章通讯作者是资深的干细胞研究专家、美国
科学院院士海伦·布劳（Helen M. Blau）。
干细胞研究专家、美国科学院院士海伦·布劳（Helen M. Blau）
如何让老细胞“返老还童”，关键在于染色体末端。日前，科学家成功通过一项新技术
延长了染色体末端的长度。美国斯坦福大学的研究者称这项技术可以延长人的寿命，为
战胜衰老导致的疾病带来希望。
染色体末端的端粒是染色体端部的保护帽，它影响着人类的年龄和健康。染色体终端对
DNA起保护作用，DNA每复制一次，端粒就会变短一些，直至最终无法再保护DNA。因此
，DNA便可能受到损伤或发生突变，导致人的衰老。
一般情况下，年轻人的染色体终端大概有8000到10000个有机分子（核苷... 阅读全帖 |
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w*********g
发帖数: 30882 | 17 治疗人类衰老迈出第一步：美国科学家成功延长染色体末端
发表时间：2015-02-05 10:06:49
字号：A-AA+
关键字: 染色体染色体末端端粒染色体终端衰老青春返老还童干细胞
科学家已经成功将老年人的细胞转变成为年轻细胞，这或许让我们离永葆青春的梦想又
近了一步。据英国《每日邮报》4日报道，最近，根据美国斯坦福大学医学院的科学家
介绍，一种新的方法能够快速而有效地延长人类端粒的长度，端粒是染色体末端的保护
帽，与衰老和疾病有关。这项研究结果发表在最近的《FASEB Journal》杂志（美国实
验生物学会的旗舰杂志——观察者网）。文章通讯作者是资深的干细胞研究专家、美国
科学院院士海伦·布劳（Helen M. Blau）。
干细胞研究专家、美国科学院院士海伦·布劳（Helen M. Blau）
如何让老细胞“返老还童”，关键在于染色体末端。日前，科学家成功通过一项新技术
延长了染色体末端的长度。美国斯坦福大学的研究者称这项技术可以延长人的寿命，为
战胜衰老导致的疾病带来希望。
染色体末端的端粒是染色体端部的保护帽，它影响着人类的年龄和健康。染色体终端对
DNA起保护作用... 阅读全帖 |
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C***N
发帖数: 200 | 18 哪里可以查到编码限制性内切酶 cDNA 序列？打算AluI转到细胞里，切割多次重复的
AluI。大包子求助。 Thank you |
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j****x
发帖数: 1704 | 19 这个gene编码的蛋白大致是什么功能？
你得先证实，确实存在这三个独立的pre-mRNA，来自不同的locus，尽管编码产物相同
的。 |
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C*********m
发帖数: 213 | 20 问题是这样的，我有个基因有19个exons，然后老鼠同源蛋白有两个splicing variants
中间差一段编码的肽段，很短，很可能是microexon引起的，在不同组织里表达不一样
；然后我就想看看人里面的是不是也会有类似的splicing variants，也想找一下
microexon的可能。那就想看序列，看splicing位点，编码序列的比对，可貌似ensembl
.org查起来不太方便。
想问:怎么查找人源蛋白里是否存在类似的splicing variants? |
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f***y
发帖数: 4447 | 21 施一公组首次报道人源剪切体原子分辨率结构
http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2017/5/376111.shtm
2017年5月12日，清华大学生命学院、结构生物学高精尖创新中心施一公研究组于《细
胞》（Cell）在线发表了题为《人源剪接体的原子分辨率结构》（An Atomic
Structure of the Human Spliceosome）。这是第一个高分辨率的人源剪接体结构，也
是首次在近原子分辨率的尺度上观察到酵母以外的、来自高等生物的剪接体的结构，进
一步揭示了剪接体的组装和工作机理，为理解高等生物的RNA剪接过程提供了重要基础。
在真核生物细胞内，大多数基因是不连续的，它们的编码区（exon）被称为“内含子（
intron）”的非编码序列隔断。在基因表达过程中，内含子需要经过“剪”和“接”这
两步化学反应被去除，从而使得编码区可以连接成不同的信使RNA（mRNA）。同一个基
因，因为内含子的边界和数量不同，经过剪接，便可以产生出多种编码蛋白的mRNA。
RNA剪接是所有真核生物特有的过程，是真核生物“中心法则”的关键步骤之一，也被
认... 阅读全帖 |
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T*****n
发帖数: 897 | 22 谢谢！我记得原来还查到整个CDNA的序列，其中在coding sequence,下面还标出了相对
应的氨基酸序列。这样很容易查到哪三个核苷酸编码哪个氨基酸。正在做基因突变相关
的课题，需要这些信息。不要见笑，请帮忙。 |
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o*****a
发帖数: 2335 | 23 我认为叫暗物质很贴切，基因组上占大多数但非编码的序列对应物理上占宇宙大多数质
量但是本质不明的的东西。现在暗物质的科普算有一点声势了，非编码搭个车也没什么
。我就是奇怪怎么那么多亲戚朋友都在转这个 |
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r********w
发帖数: 4 | 24 有资料上介绍是用的Huffman VLC表，但观察标准中的码表（如下表）却像是EXP-
GOLOMB 加suffix的形式，和Level的码表类似，而我理解的Huffman 编码应该是变长的
随机比特序列；不知道哪位大侠能解释一下？
表3 TotalCoeff( coeff_token ) 为1~7时4x4块的total_zeros表
total_zeros TotalCoeff( coeff_token )
1 2 3 4 5 6 7
0 1 111 0101 0001 1 0101 0000 01 0000 01
1 011 110 111 111 0100 0000 1 0000 1
2 010 101 110 0101 0011 111 101
3 0011 100 101 0100 111 110 100
4 0010 011 0100 |
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s******y
发帖数: 28562 | 25 你说的那个染色体结构的事情我也一直很好奇，关键是生物怎么知道那个地方应该去打开？当然从分子生物的水平上解释我明白（就是某某序列导致某某蛋白例如著名的YY protein跑过来把那个
染色体结构给打开起来）。问题是从宏观进化学上很难解释，因为那些“某某序列”一般
都不是那个基因上的编码序列，而是UTR上的，甚至是和那个基因根本就不相关。所以
生物在进化上怎么做到选择正确的地方打开的？
这个也许在比较进化学上能够得到一些线索，比方说比较一下酵母，鱼，青蛙，老鼠和人是怎么控制某个基因的
evolution
hyp
binding |
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b***r
发帖数: 390 | 26 真正控制性状的是染色体上的非编码区。除了一些病变基因，人的基因都一样，染色体
上的非编码序列控制这基因表达的开关和强弱，进而控制了表征。
: 比如第16号染色体上的有2个隐形基因，现在的说法是可以影响MC1R蛋白质， 有
可能导
: 致红发。
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V*****2
发帖数: 7930 | 27 冠状病毒的RNA序列，网上都有，有哪些编码序列，有哪些病毒蛋白，网上都有。
哪怕不知道哪些发生突变，从反转录病毒RNA做起，测序，看这些病毒蛋白发生哪些变
化。
然后把病毒的表面蛋白基因载入表达载体，转入细菌进行表达纯化，这纯化出来的病毒
表面蛋白，就可以直接用作疫苗。现在非常时期，做一下简单的动物毒理试验，就可以
直接用于人体做试验了。
按理来说，3个月就应该全部搞定了。怎么没听说国内有哪个实验室在做？
我相信圈内人士，大多数知道怎么干这活，应该不难。 |
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发帖数: 1 | 28 因为这个病毒的爸爸妈妈兄弟姐妹和子女都不怕党，党不太好控制啊！
：冠状病毒的RNA序列，网上都有，有哪些编码序列，有哪些病毒蛋白，网上都有。
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c*******e
发帖数: 5818 | 29 突变。。。。！
：冠状病毒的RNA序列，网上都有，有哪些编码序列，有哪些病毒蛋白，网上都有。
： |
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S*****s
发帖数: 287 | 30 Nucleotide sequence analysis of DNA. 28. Arthrobacter luteus restriction
endonuclease recognition sequence and its cleavage map of SV40 DNA
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/bi00661a032
用了这么久的内切酶从来没考虑过它的具体序列是什么，看到你的帖子出于好奇找了一
下，这是我找到的一篇文章。我在家没办法看内容，不过希望对你有用。 |
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C***N
发帖数: 200 | 31 文章里没有AluI的cDNA序列。
那位达人知道吗？谢谢。 |
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C*****h
发帖数: 926 | 32 lentivirus的包装极限是~10kb，另外，virus产量与size成反比，
一般来说，size增加1kb，virus产量减少十倍。
你的蛋白太大，编码序列本身就有>6kb，再加上virus自己的序列，可能超过10kb了。 |
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T*********y
发帖数: 643 | 33 网上有提供的cDNA序列，从专门的resource center 买来的。和公布的genomic region
的序列比对，发现有one nucleotide deletion, 我买来后测序也确证有。 |
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j**********n
发帖数: 527 | 34 怎么还有人来问这个问题，如果不是无间道的话。
现成的有个纯数学和物理的生物问题摆在你们面前而你们视而不见。
正好需要你们发挥数学和物理美丽的建模能力来解决。
人类基因组全部序列已经知道，大部分基因的编码序列也已经精确的知道了，很多疾病
相关的突变和SNP位点也已经知道。
请根据基因组这个不算太庞大的1维向量建立一个能够：
1） 解释现有观察生物现象和机理；
2） 预测其他未观察到的生物现象和机理
的模型。
这个好比生物学的创世问题，大统一理论。也是一个很物理化的问题，可以预见的是需
要很强的数学能力。解决了这个问题，不懂数学和物理的生物PI们应该会全部失业了。 |
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s*******1
发帖数: 188 | 35 addgene上买了zhang feng实验室的lentiCRISPR V2质粒，然后老板从文献上找了两个
sgRNA，克隆进去，做病毒，转染细胞，这些都是常规实验，没有任何问题。
然后老板让我测序看看是否对目的基因的编码序列产生影响。
由于是新手，看的文献也不多，请问大侠们，怎么能够测序分析出sRNA对目的基因的编
码序列的改变呢？
谢谢 |
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c***y
发帖数: 615 | 36 low coverage genome assembly,想预测蛋白编码序列，有哪些工具可以用？因为是low
coverage, 序列肯定有错误，所以想找具有纠错功能的蛋白翻译工具
多谢了 |
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l******t
发帖数: 55733 | 37 让我想起contact里外星人送来的信息是三维编码的 |
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d****o
发帖数: 32610 | 38 你真是学生物的吗
我高中水平也知道真核拿到原核里转录的是编码序列
promoter是质粒自带的 |
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M****u
发帖数: 17708 | 39 这些东西不在基因序列里，在基因的碱基修饰上面
：哪些管大饼脸，塌鼻梁，肉里眼的？ |
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V*****2
发帖数: 7930 | 41 所以，你只是千老。如果病毒真的如你所说的突变率那么高，这病毒也就不再是冠状病
毒了，病毒完全会变得不可捉摸。只是你看到的冠状病毒，还保持这冠状病毒的基本特
征，主要的序列并没有发生根本变化，为什么？
就好比人，每个人千差万别，但是绝大多数基因还是相同的。发生突变的大多数都生病
死掉了，到目前为止，并没有出现超人，为什么？ |
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m**p
发帖数: 7 | 42 谁来驳斥一下这篇，说的还像模像样的。
"2019年10月18日到10月27日，世界军运会在武汉举行，美方派出了369名酱油兵参赛。
为什么说是酱油兵呢？
因为在为期10天的比赛中，美国酱油兵的表现就连巴林都嫌弃得不要不要的，金牌更是
一枚没有，综合成绩更是被朝鲜远远地甩在了后面，一度让墨西哥产生了反攻美国大陆
的冲动。
但比赛中的糟糕表现，没有影响了酱油兵游玩武汉的心情。
它们两个一群、两个一伙地搭档，在武汉街头四处游玩，留下了不少浪漫事故。
需要指出的是，军运会美方招待所所在的位置，就在华南海鲜城不远。
军运会结束，正当人们纳闷，这帮恨不得肌肉练到脸上的彪货，怎么突然娘炮了起来？
难道美国大兵的伙食被克扣地只能吃草了吗？还是比赛的时候忘了吃士力架了？
疑团还没有解开，武汉瘟疫爆发了。
12月8日，武汉发现第一例不明原因肺炎；
1月9日，初步确认新型冠状病毒为疫情病源；
1月20日，被新型冠状病毒感染的确诊病例以不可思议的速度上涨；
随后武汉封城、全国30个省份启动重大突发公共卫生事件一级响应，实行最严格的防控
措施、全国各地谈武色变、口不离罩，足不离户……
蹊跷的疫情让传统医疗体系感... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 43 想成立一家技术服务+研发的公司，早期以技术服务为主，在有利润充分保障的情况下
，再考虑向 研发倾斜。
就我自己能力而言，我在质料克隆，基因表达细胞株的建立和某些方面的生物信息学方
面有所专长。
在基因的亚克隆方面（就是把一个基因从一个质粒载体转到客户指定的另一个质粒中）
，我有独门技巧，可以节省不少耗材和时间。亚克隆一个<1kb和5kb基因的质粒的平均
周期分别为3天和10天， 试剂耗材成本平均分别为$15和$80左右。 对于<2kb基因的质
粒亚克隆，以我的方法，一般只要挑选3个克隆即可以得到至少一个阳性质粒克隆，所
以我估计每三天我可以完成至少20个基因以上的亚克隆。我的问题是， 基因亚克隆这
方面市场大不大？
现在市面上的克隆服务多是基因的直接克隆，即用PCR方法将获取的基因插入到公司或
客户指定的质粒中。收费都在$250以上（对<1kb基因而言， 5kb基因大概要上千元）。
这方面我并没有特别的技巧，和那些公司比没有竞争优势。而且基因碱基的多态性太
普遍，PCR克隆到的基因蛋白编码序列不一定会是客户所想要的。暂时无意开展这种类
型的克隆服务。
在基因表达细胞株的筛选与建立方面，... 阅读全帖 |
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b*s
发帖数: 82482 | 44 据说人类基因组里面的很多非编码序列就是dormant的病毒，逆转录整合到人类的基因
组里面了。条件合适还可以转录出病毒来……
这倒是，明显这种病毒更聪明，适合谈判，一开口就是共赢。 |
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a****d
发帖数: 1919 | 45 能不能自己选一段基因组扩增，然后装到特定的载体里？
公司不会随便做这样的质粒吧，random的非编码序列没有市场啊 |
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r*******w
发帖数: 127 | 46 首先可以在编码框之外的区域设计合适的引物，可以用基因组DNA作为对照模板（如果
没有内含子或者内含子区域不长）检测引物和该基因在cDNA pool的表达。
cDNA |
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t*****2
发帖数: 213 | 48 你这融合蛋白是一个orf下来的？如果是,这kozak不会被编码吗？ |
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e********8
发帖数: 40 | 49 结果不一样就是：一对引物可以看出2个样本的区别，另外一对看不出来。我做的是普
通的pcr，跑胶的。基因组编码序列也拿去测序了，没有区别。 |
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j****x
发帖数: 1704 | 50 事实上有不少商业载体都是这么干的，2个不同的Promoter+ORF串联，最后加上公用的
polyA signal，产生3' overlapping transcripts，比如invitrogen著名的pLenti
gateway系列。这种转录结构其实也不是人类原创了，而是从病毒那里学来的，最典型
的就是HBV，所有5个转录本，7个编码蛋白，共用唯一一个polyA site。
至于说表达水平，决定的因素有很多，但是最基本的一个原则是，两个串联应该使用不
用的promoter，否则很可能出现竞争性抑制。
ORF |
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