c*********r
发帖数: 1312 | 1 扯得稍有点远，因为我们实验室蛋白组代谢组都在做，而且不是人和小鼠这种popular
模式动物，数据分析起来很麻烦。不管做代谢还是做蛋白，一个样本里能在data base
里search有结果或者可以预测出ptm的数据大概占总数据的百分之多少？
RNA-seq reference不太好，有污染什么的，我的经验是可能50%-60%左右，算是比较差
的。好的时候80%-90%。90%以上的偶尔也有。 |
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发帖数: 1 | 2 南方医科大学前身为中国人民解放军第一军医大学，创建于1951年，1979年被确定为全
国重点大学，2004年8月整体移交广东省，更名为南方医科大学。学校是全国首批、广
东省唯一一所“部委省”共建高校，也是广东省高水平大学“重点建设高校”，拥有6
所直属医院（南方医院、珠江医院等）、丰富的临床资源。南方医科大学肿瘤研究由著
名癌症研究专家姚开泰院士组建，先后被批准为广东省功能蛋白质组学重点实验室 ，
省部共建“重大疾病转录组学与功能蛋白质组学”重点实验室 ，广州市肿瘤免疫研究
重点实验室，广东省肿瘤免疫研究重点实验室。肿瘤研究所现已经建立了肿瘤干细胞研
究平台、基因组学、转录组学、蛋白组学等组学研究平台、小动物分子影像学平台、转
基因和核移植研究平台以及生物信息学研究平台等，拥有2500余万共享仪器。 肿瘤研
究所近期已成功引进多名国家“千人计划”等高水平人才， 并将加大力度引进高水平
科研人才， 包括以下领域：
肿瘤的发生机制研究
肿瘤防治策略研发
免疫学研究
再生医学研究
学校提供的待遇及科研条件：
᠏... 阅读全帖 |
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m********5
发帖数: 17667 | 3 我虽然是硅工，但是我也搞过 proteomics
其实搞这个的大部分生物学家，设想的前提就错误了
妄图几个蛋白增减说明一个问题
事实是生物是一架复杂的机器，蛋白只是复杂机器的一个螺丝钉，大量正常细胞也用到
相同的蛋白，增量甚至可能只是个体差异和所谓代偿效应
这就是为啥欧美搞这个搞了几十年，没能指导制药的原因
搞这个，绝对不如组织工程有意义，组织工程可以不理解微观过程，你有肝癌？肝换了
！转移了？全换了！ |
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D*******a
发帖数: 1723 | 4 你把单细胞到人类多种动物的蛋白组比较一下都会发现，基因/蛋白基本同源，越高级
动物蛋白越多越复杂，就和WINDOWS升级换代一样
这个证据足够证明进化论 |
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D*******a
发帖数: 1723 | 5 你把单细胞到人类多种动物的蛋白组比较一下都会发现，基因/蛋白基本同源，越高级
动物蛋白越多越复杂，就和WINDOWS升级换代一样
这个证据足够证明进化论 |
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a*****n
发帖数: 2835 | 6 很好呀
一个第一作者（在另一个上面是共同通讯作者）据说是一个讲师，直接生教授了，他09
年还有一篇science
很好的工作，idea方面可能管坤良起比较大的作用，管之前还有一篇关于乙酰化的
paper
估计接下来蛋白（组蛋白以外的蛋白）乙酰化和去乙酰化会有更多的研究 |
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s*******e
发帖数: 740 | 7 年轻人讨论很激烈，我老同志也插句嘴（大家看了别拍，我老了受不起了）
要我说大家应该思考一下如果你是决策者，具体采取什么措施，而不是停留在概念的争
论上。很多事情道理简单，就是没法实施。
要我说啊，如果我作决定，我就大致实行一刀切（不一刀切在中国执行肯定变样）。具
体是：支持生物新技术，新方法的研究；不支持用已有技术collect data的研究。
举例说明：
我会大力支持新一代DNA测序技术的研究，决不会fund给牡蛎genomic dna测序的研究
我会支持新质谱或其他物理谱在生物方面应用的研究，绝不会花6亿去测肝脏蛋白组，
虽然这些data确实有一定意义，但信价比太低
我会支持新的测量蛋白-蛋白之间相互作用技术的研究，而不会fund用antibody技术去
研究某一条signaling pathway的project,即使这条signalling pathway很重要
我基本的观点是：目前生物学实在还算不上是一门严格意义上的科学，就是个经验积累
行业
。要命的是，由于现有技术太差，我们积累（至少是发表出来)的data高度不精确，甚
至根本错误。所以目前迫切需要解决的问题实在是如何更 |
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a***y
发帖数: 19743 | 9 更新, clarify了一下情况。
选择一的老板是assistant
目前tenure在审，实际上我博士导师参加校外评估，但是是confidential。
tenure没问题，事实上学校让他提前申请tenure评估。
选择二的老板也是有钱的，差别可能不大。
二确实没有研究生。不过很多牛校老板不是经常没有吗？
以下是之前的描述。
选择一
综合大约前20，专业前三的学校。
教授比较聪明，也还算nice，经费较充足，实验室大小总共约10人，力求研究生和博后
对半。文章大约常发10分左右的。比较新的实验室，业内声誉挺好。有senior博后在中
国找到faculty。
研究项目会用到：RNAseq，蛋白组，MS，大部分常用的蛋白分析手段。研究膜上膜蛋白
。不属于医学，但是有NIH的经费。
选择二
top 3大学旗下最好的医院里的实验室
教授人品不错，成长背景历程和我类似，估计所以才给我面试。去年面试的，今年再联
系，有额外的经费了，有意收我。实验室大小差不多，没有研究生，全是postdoc和
senior的fellow，手下fellow拿到一些fellowship概率不错。副教授，还没有转正。文... 阅读全帖 |
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a******a
发帖数: 283 | 10 文献上查到的材料说我用的这个病毒株在细胞里的蛋白合成比其他的要少（但是他们用
的是pulse label然后跑胶显影得的结果）；我们用western blots的话，发现实际上感
染了这个病毒株的细胞里的病毒蛋白远远要比其他的多。现在问题是，需不需要重新做
其他组做过的pulse label的试验。我的意见是，我们有逻辑的数据分析（qPCR数据证
明该病毒株感染后细胞内的病毒dna也比其他的要多很多），所以没必要做那个试验，
但是老板的意见是一定要做这个试验。我认为是浪费时间。因为有其他的问题更需要回
答。
有经验的看看，这种情况有没有可能？就是学术讨论以下。谢谢。 |
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a*****n
发帖数: 18 | 11 IL处理细胞24小时会导致A基因蛋白下调，本实验想证明A基因下调是否是因为降解加快。
+IL组先用IL处理了24小时，然后加入CHX。
奇怪的是在2小时的时候，目的蛋白反而升高了，然后再下降，这种现象我以前在低氧
处理时也遇到过。不知道是什么原因，请各位帮忙解释一下。 |
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s*****5
发帖数: 52 | 12 前辈说的precison/accuracy指的应该是LC-MS定量方法的吧，FDR不会影响这个，特定
到每一个肽或者蛋白也不会有太大影响。而且，不好的spectrum variation都比较大，
一般会被排除。
但是，我觉得FDR会影响整体数据的precision/accuracy.这升高的3%FDR，意味着整个
的score cutoff提高了很多，多的不只是200个蛋白，还有上千的肽和可能上万的PSM.
3%的protein FDR的提升几乎等同于多加了>10% 的PSM，假设一个run有8w个spectrum,
包含进来的质量不好的PSM可能大几千。我们现在定量是base on Peak AUC, 所以这些
低质量的spectrum对整体的定量都会有影响。假设我们spike in了几十个蛋白在背景样
品里，那么这个population的precision可以用coefficient of variation from
median来表示，accuracy用deviation of median from true ratio来表示的话， 这些
低质量的PSM肯定会导致整体数据q... 阅读全帖 |
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s*****5
发帖数: 52 | 13 前辈说的precison/accuracy指的应该是LC-MS定量方法的吧，FDR不会影响这个，特定
到每一个肽或者蛋白也不会有太大影响。而且，不好的spectrum variation都比较大，
一般会被排除。
但是，我觉得FDR会影响整体数据的precision/accuracy.这升高的3%FDR，意味着整个
的score cutoff提高了很多，多的不只是200个蛋白，还有上千的肽和可能上万的PSM.
3%的protein FDR的提升几乎等同于多加了>10% 的PSM，假设一个run有8w个spectrum,
包含进来的质量不好的PSM可能大几千。我们现在定量是base on Peak AUC, 所以这些
低质量的spectrum对整体的定量都会有影响。假设我们spike in了几十个蛋白在背景样
品里，那么这个population的precision可以用coefficient of variation from
median来表示，accuracy用deviation of median from true ratio来表示的话， 这些
低质量的PSM肯定会导致整体数据q... 阅读全帖 |
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k*****u
发帖数: 1688 | 14 应该是到了组建公司的时候了
板上的兄弟们要不要团结起来，振兴中华？
实在不行，还可以贩卖海外各种知识视频，要是天朝真的封网的话，youtube上大量优
质视频可以加工加工转卖了
国务院关于印发
新一代人工智能发展规划的通知
国发〔2017〕35号
各省、自治区、直辖市人民政府，国务院各部委、各直属机构：
现将《新一代人工智能发展规划》印发给你们，请认真贯彻执行。
国务院
2017年7月8日
（此件公开发布）
新一代人工智能发展规划
人工智能的迅速发展将深刻改变人类社会生活、改变世界。为抢抓人工智能发展的重大
战略机遇，构筑我国人工智能发展的先发优势，加快建设创新型国家和世界科技强国，
按照党中央、国务院部署要求，制定本规划。
一、战略态势
人工智能发展进入新阶段。经过60多年的演进，特别是在移动互联网、大数据、超级计
算、传感网、脑科学等新理论新技术以及经济社会发展强烈需求的共同驱动下，人工智
能加速发展，呈现出深度学习、跨界融合、人机协同、群智开放、自主操控等新特征。
大数据驱动知识学习、跨媒体协同处理、人机协同增强智能、群体集成智能、自主智能
系统成为人工智能的发展重点，受脑科学研... 阅读全帖 |
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h********5
发帖数: 102 | 15 我主要做生物信息方面，寻找一名分子生物学背景的co-PI。共同做一些系统生物学的
项目。我们这里科研平台很好，单位也很给力，如果自己有想法，可以做很多事。课题
组在不到一年内已经吸引12名成员，9名做计算，3名做实验。
中山大学系统生物学实验室隶属于中山大学中山眼科中心及眼科学国家重点实验室，主
要从事基于生物信息学，基因组学和蛋白质组学的系统生物学研究。利用二代测序，蛋
白质质谱及生物信息学的各种方法探索人体组织的发育机理和复杂疾病的致病机理。实
验室拥有浮点运算10万亿次的高性能计算集群，用于大数据的分析及存储。同时拥有新
一代测序仪（HiSeq2500及MiSeq）及设备完善的分子生物学实验室。干湿结合的实验平
台为高水平的系统生物学研究提供了有力地保障。
实验室网站：sysbio.sysu.edu.cn
职位：教授或副教授
要求：博士后经历，分子生物专业
开展项目：在基因组，转录组或蛋白组水平上发现组织发育及疾病发生机理
薪酬：25-35万，特别优秀者面议
如按中山大学百人二期人才引进，有正式编制。
站内联系。 |
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s*****j
发帖数: 6435 | 16 听来的.
当年 GFP 的结构没解出来的时候. 几个组都在使劲干. Rice 里面的 George
Philips 组, 算是个牛组了. 一个中国哥么, 弄出来了晶体. 但是没法搞重金属测相
位. 一加晶体就塌了.
老中叫 Philips 出钱去欧洲的同步辐射中心去做, 不用加重金属. Philips 嫌太花
钱, 不干. 叫老中接着试重金属, 搞了两年, 就是不行. 最后终于同意去同步辐射中心
, 一下就做出来了, 但比另外一个组晚了几个月.
两年呀, 该算多少钱? |
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x*****8
发帖数: 10683 | 17 传统生物学已经没有多少发展余地了，中草药制剂的成分都研究得差不多了，从土壤中
找放线菌提取新型抗生素也接近尾声了。
现在是基因组学，蛋白组学，糖组学，代谢组学，用计算机硬算，需要大量数学，统计
，和计算机人才。
我很后悔本科读了生化。
本虾下辈子的理想是：
本科应用数学，兼修大量统计和计算机。
硕士应用物理。
博士应用化学。
博士后生物。
助理教授治病。 |
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V**3
发帖数: 12756 | 18 由三人一组的小分队组成，三个学生同时提取一个蛋白
日，这就是业界讲的 internal competition， 这么做的组是垃圾中的垃圾 |
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发帖数: 1 | 19 基于全基因组数据解析新型冠状病毒的演化和传播
2019年12月在湖北武汉爆发了一种新型冠状病毒（SARS-CoV-2）所致的肺炎（现称
COVID-19），新型冠状病毒爆发已两个多月，确定华南海鲜市场是不是唯一的发源地，
对于寻找病毒的来源，以及确定中间宿主，对疫情的控制和避免再次爆发具有至关重要
的意义。中国科学院西双版纳热带植物园联合华南农业大学和北京脑科中心的科研人员
一起收集了全世界各领域共享到GISAID EpiFluTM数据库中覆盖了四大洲12个国家的93
个新型冠状病毒样本的基因组数据（截止2月12日），通过全基因组数据解析，追溯传
染源及扩散路径。研究发现，收到的93个样本包含58种单倍型，可以归纳为五组（图1
），包括3个古老超级传播者单倍型（H1, H3和H13）和2个新的超级传播者单倍型（H56
和mv2）；华南海鲜市场的新型冠状病毒是从其他地方传入进来，在市场中发生快速传
播蔓延到市场之外；同时，现扩散的病例至少来自于3个途径。新型冠状病毒在2月12日
之前发生过2次明显的种群扩张（分别是12月8日和1月6日）。
华南海鲜市场的新冠病... 阅读全帖 |
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z*h
发帖数: 773 | 20 纤维素转化为淀粉找到新途径 (NO GMO)
木材中的主要成分纤维素是地球上含量最丰富的有机化合物之一，并且是可再生能源的
一种理想来源。如今，生物工程师指出，它还能够解决人类的温饱问题。在一项新的研
究中，研究人员找到了一种将纤维素转化为淀粉的新途径，后者是人类食物中最常见的
碳水化合物。
乙醇是当今最常见的车用生物燃料。它的制取通常利用来自于农作物——例如玉米和甘
蔗——中的糖分，有批评家认为这是对食物的一种浪费。至于纤维素，全球植物每年会
形成多达1800亿吨的此类化合物。世界各国的公司都在争先恐后地利用那些来自无法食
用的植物中的纤维素制造生物燃料——这些植物包括柳枝稷和杨树，它们都生长在需要
少量水、肥料、除草剂和杀虫剂的贫瘠土地上。这些纤维素也可能来自农作物和木材工
业的大量废料。例如，每吨收获的谷物通常都伴随着2到3吨富含纤维素的废料，并且大
部分废料最终都被浪费了。
如今，美国黑堡弗吉尼亚理工学院和州立大学的生物工程师-- 张以恒表示，人们第一
次找到了一种切实可行的方法，证明纤维素还可以让人吃饱。他将这一思路归功于自己
的中国背景。张以恒说：“在中国近5000年的历史... 阅读全帖 |
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s*****5
发帖数: 52 | 21 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: shxm725 (晓晓), 信区: Biology
标 题: 求问蛋白质组学proteomics找工作的问题
关键字: 蛋白质组学，找工作
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Feb 1 13:24:02 2015, 美东)
大家好，我博士四年级。做的方向主要是基于LC-MS的proteomics分析，主要负责整个
课题设计，样品处理，数据分析以及给出一些biological story等等。仪器分析这块是
高度固定化的方法，所以这块背景并不是很强。 不想之后再做学术了，想去industry
找工作，但是因为不清楚proteomics这个方向的就业形势到底是怎么样的，job market
是扩大还是缩小。所以发帖来问问，希望有相关领域的前辈能多多指教，万分感谢。
实验室还有一个方向是mAb定量，以及一些蛋白的定向的绝对定量，似乎在工业界更好
找到工作，不知道是不是这样。如果是的话，也在考虑是不是做这个方向。 |
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N******K
发帖数: 10202 | 22 还是检测仪器问题
如果同时检测若干种蛋白 就可以研究相互作用了
现在用显微镜 最多也就几种蛋白 时空分辨率都不行 |
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d*******3
发帖数: 8598 | 23 组织工程多数是吹嘘
我跟你说吧，不懂基因和蛋白，不干涉基因和蛋白，就想玩组织工程
好比是 化学元素都不懂，成分也不分析，在那里玩材料 |
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发帖数: 1 | 24 阿三的说法应该是错的
那个提出和云南蝙蝠病毒也有 25-65年共组的 Bedford 说的更有道理， 你看我下面的贴
Bedford 找到HIV之外的一些蛋白，也含有一样的片段
阿三认为是插入HIV片段的地方， 云南蝙蝠病毒里面也有一样的片段 |
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x********e
发帖数: 35261 | 25 还瞎jb阴谋论，真是服了。给你们布置个作业：1.查出furin cleavage site是什么 2.
计算对于furin recognition site的核苷酸序列有多少种可能性 3.计算新冠病毒基因
组大小，出现这么一个位点的概率是多少 4.计算这个位点出现在spike蛋白里的概率 |
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n********k
发帖数: 2818 | 26 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: neverthink (nevernetbug), 信区: Biology
标 题: 衰老与再生医学联合实验室高薪招聘博士后, 助、 副教授
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Jan 25 10:52:39 2016, 美东)
好久没回来了，久违了各位新老朋友们，再次回来发个招聘广告，希望各位新老朋友多
多支持，多多推荐---尤其是老胳膊老腿们，帮我多留心多推荐哈，靠你们了：）））-
--不过，今天上来，发现第一页就没有几个ID熟悉得了...不废话了，推荐成功的回上
海有惊喜哈：）））...另，本人应该是本版骨灰级的ID了，为人做学问等等可以本版
考考古，或者问问几个硕果仅存的骨灰们,比如onco,比如sunny,比如dua... dua是大美
女地说：））
[交流]同济大学、深圳大学衰老与再生医学联合实验室高薪招聘博士后,助、 副教授/
副研究员（长期有效）
同济大学医学院干细胞和系统生物学实验室：高正良教授（上海市特聘教授，同济大学
医学院高等研究院特聘研究员，上海市第十人民医院介入研究所常务副所长）
同济大学... 阅读全帖 |
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e*********0
发帖数: 79 | 27 北京安必奇生物科技有限公司是由一批资深留学归国人员创办的抗体和重组蛋白研发服
务公司。公司成立以来，主要致力于为国内外客户提供优质的产品和服务，由于业务需
要，目前需招聘以下人才：
项目科学家
职位职责：
蛋白质相关服务业务的开展和业务处理，售前，售后服务，项目管理
应聘要求：
1 硕士以上学历，博士及有海外留学及科研经历者优先考虑，工作经验不限；
2 生物学相关专业，要求有分子生物学、生物化学、蛋白组学相关科研背景；
3 工作认真、努力、有热情，稳定踏实，能承受工作压力，有独立工作能力及一定的领
导能力；
4 优秀的英文听、说、读、写能力，此为应聘的必要条件；
5 良好的沟通能力和团队合作能力。
具体情况可以致电详谈，本招聘信息长期有效，工资待遇年薪10-20万，根据个人能力
和业务业绩，上不封顶，表现优秀者，提供赴美培训和工作的机会，有意请发简历至
c***********[email protected]，我会和您及时联系。
联系方式：
联系人：梁先生 联系电话：18210353533 qq：31397916
网 址： www.abace-biology.com |
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e*********0
发帖数: 79 | 28 北京安必奇生物科技有限公司是由一批资深留学归国人员创办的抗体和重组蛋白研发服
务公司。公司成立以来，主要致力于为国内外客户提供优质的产品和服务，由于业务需
要，目前需招聘以下人才：
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n********k
发帖数: 2818 | 29 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: neverthink (nevernetbug), 信区: Biology
标 题: 衰老与再生医学联合实验室高薪招聘博士后, 助、 副教授
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Jan 25 10:52:39 2016, 美东)
好久没回来了，久违了各位新老朋友们，再次回来发个招聘广告，希望各位新老朋友多
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医学院高等研究院特聘研究员，上海市第十人民医院介入研究所常务副所长）
同济大学... 阅读全帖 |
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X*********4
发帖数: 50 | 30 本人有个师妹，国内蛋白质组方向博士刚答辩毕业，研究生主要工作是分析药物蛋白组
学，鉴定过许多代谢系统的蛋白修饰。文章一作有两篇，都是4－5分。其他作者有3－4
篇的文章。目前在找博士后位置，不知道板上的各位老师有好的导师推荐。
因为广告上postdoc位置找不到，我是介意她自己发信问问，到现在还没有找到。谢谢 |
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n********k
发帖数: 2818 | 31 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: neverthink (nevernetbug), 信区: Biology
标 题: 衰老与再生医学联合实验室高薪招聘博士后, 助、 副教授
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Jan 25 10:52:39 2016, 美东)
好久没回来了，久违了各位新老朋友们，再次回来发个招聘广告，希望各位新老朋友多
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医学院高等研究院特聘研究员，上海市第十人民医院介入研究所常务副所长）
同济大学... 阅读全帖 |
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n********k
发帖数: 2818 | 32 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: neverthink (nevernetbug), 信区: Biology
标 题: 衰老与再生医学联合实验室高薪招聘博士后, 助、 副教授
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Jan 25 10:52:39 2016, 美东)
好久没回来了，久违了各位新老朋友们，再次回来发个招聘广告，希望各位新老朋友多
多支持，多多推荐---尤其是老胳膊老腿们，帮我多留心多推荐哈，靠你们了：）））-
--不过，今天上来，发现第一页就没有几个ID熟悉得了...不废话了，推荐成功的回上
海有惊喜哈：）））...另，本人应该是本版骨灰级的ID了，为人做学问等等可以本版
考考古，或者问问几个硕果仅存的骨灰们,比如onco,比如sunny,比如dua... dua是大美
女地说：））
[交流]同济大学、深圳大学衰老与再生医学联合实验室高薪招聘博士后,助、 副教授/
副研究员（长期有效）
同济大学医学院干细胞和系统生物学实验室：高正良教授（上海市特聘教授，同济大学
医学院高等研究院特聘研究员，上海市第十人民医院介入研究所常务副所长）
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C*******e
发帖数: 4348 | 33 可以Regenerize，可是我们组7个人
每人都有几个GST-tag的蛋白
一提都是长六升的菌（用于结晶）
一共才10ml resin
这叫人怎么用？
一个人用了别的人就要等着
gst
resin也可以regenerize吧 |
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w*******g
发帖数: 16 | 34 用shRNA来knock down一个基因。用相同数目的细胞做western blot后，能明显的看到
shRNA降低了蛋白的表达量，同样的细胞用来做taqman realtime pcr却看不到处理组和
对照组的区别。pcr产物跑电泳检测确实pcr产物都是单一条带。挺困惑的，请各位大牛支招啊
，多谢 |
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f**********e
发帖数: 1994 | 35 我家 LD 在刚开始做破四刀时，也遇过类似的贱人。当时她需要表达一个膜蛋白，
组内做这题目一阵子的一千老拿出存货 plasmid。她屁颠屁颠的做了六个月，
根本没有活性。后来很狐疑地把 plasmid 拿去做 Sanger sequencing,
发现 sequence 完全是反的。拿去给贱人（美国白男），他说啊啊啊，不好意思，
拿错了。来来来，这个才是。她屁颠屁颠的做了四个月，这次更牛，连蛋白都表达
不出来。Sanger sequencing 说那根本就是一坨碎的短片段，天知道是降解了
还是咋的。她很生气地上报老板，要求换题目。换过题目后顺风顺水，再也没堵心
鸡巴毛事发生。
那贱人后来还是拿到发考题位置走了。恶人通常有善报。 |
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S*******m
发帖数: 34 | 36 有一些蛋白在正常组织里边就是这样的.正常情况下表达很低.只有在某些情况或某些组
织里面才高表达.
参考p53,c-Myc,progesterone receptor. |
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s******s
发帖数: 13035 | 37 这个现在发展到什么程度了？比如能够定量全蛋白组了？
还是一次只能定量几百？几千的蛋白？ |
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m***o
发帖数: 272 | 39 western blot上在别的组织上有个短的条带在WT上有，但是在knockout上就消失，别的
非特异条带没有变化。但是我现在觉得这个我找到的shortform不是看到的那个条带，
因为根据这个序列推测蛋白要小很多。
现在我比较确定这个shortform mRNA 的表达在我做的这个组织上很高，因为RT用这个
短的5UTR为forward primer（全长没有这个序列），可以看到很亮的条带，但是别的组
织没有。
我现在也有些不知该怎么往下做，因为抗体不是很好，很多非特异条带。 |
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d********l
发帖数: 293 | 40 楼上的点评真是拨云见日阿，多谢了。
本人人品向来一般，爆发估计难。
不知道能不能推荐几个属于1,3的比较好的组，先谢过了。
其实我开这个帖子问大家老板的人品，主要就出于担心自己2,3年搞不定（对膜蛋白算
正常），到最后连个reference都拿不到（在这版好像这样的例子不少）。
看来如果能去Christopher Miller那应该不错，人nice，就算结构做不出来，还可以弄
点electrophysiology |
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s*********y
发帖数: 1189 | 41 当年上大学填志愿，选生物很大是因为我数学不好。当年考大学的3门理科，我化学最
好，基本不怎么学就都会了，再仔细一点就满分。物理要努力才能学好，最后的大题有
时候就是不开窍，可能就答不了，一般还不错，是提分的项。数学最差，觉得怎么努力
都学不好的样子，考试基本看运气，运气好可以比及格要好点，运气不好就只能得一半
的分，拉分的厉害，可把我给害惨了。生物高中学了一年，学的很好，也很喜欢。
上了大学就很快把数学丢了。大学里面生物系的计算机和高数课我也反正混混过了。学
了生物一直都很庆幸，人家 UCSF 的JAN COUPLE还从物理转到生物呢。而且做试验，看
文献是我的强项啊。
最近突然很悲哀，因为我发现生物实在是太复杂了，如果要很好的描述，解释或者预测
生物现象，就要用到数学模型。现在的基因测序，蛋白组，highthroughput，那些结果
的分析都要用数学手段。如果做传统的生物学，靠运气发现新蛋白，新通路，太慢了，
而且运气谁说的准呢。
这个世界上，果然数学是最基本的。我当年想逃，最后还是“迟早要还的”。现在发现
数学很重要，可是学起来太吃力了。觉得自己一辈子都不能做到 cutting ... 阅读全帖 |
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s*********y
发帖数: 1189 | 42 当年上大学填志愿，选生物很大是因为我数学不好。当年考大学的3门理科，我化学最
好，基本不怎么学就都会了，再仔细一点就满分。物理要努力才能学好，最后的大题有
时候就是不开窍，可能就答不了，一般还不错，是提分的项。数学最差，觉得怎么努力
都学不好的样子，考试基本看运气，运气好可以比及格要好点，运气不好就只能得一半
的分，拉分的厉害，可把我给害惨了。生物高中学了一年，学的很好，也很喜欢。
上了大学就很快把数学丢了。大学里面生物系的计算机和高数课我也反正混混过了。学
了生物一直都很庆幸，人家 UCSF 的JAN COUPLE还从物理转到生物呢。而且做试验，看
文献是我的强项啊。
最近突然很悲哀，因为我发现生物实在是太复杂了，如果要很好的描述，解释或者预测
生物现象，就要用到数学模型。现在的基因测序，蛋白组，highthroughput，那些结果
的分析都要用数学手段。如果做传统的生物学，靠运气发现新蛋白，新通路，太慢了，
而且运气谁说的准呢。
这个世界上，果然数学是最基本的。我当年想逃，最后还是“迟早要还的”。现在发现
数学很重要，可是学起来太吃力了。觉得自己一辈子都不能做到 cutting ... 阅读全帖 |
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y***i
发帖数: 11639 | 43 "最近突然很悲哀，因为我发现生物实在是太复杂了，如果要很好的描述，解释或者预测
生物现象，就要用到数学模型。现在的基因测序，蛋白组，highthroughput，那些结果
的分析都要用数学手段。如果做传统的生物学，靠运气发现新蛋白，新通路，太慢了，
而且运气谁说的准呢。"
要是这就是你的悲哀，那是全不靠谱，让人怎么劝啊？你这生物肿么学得啊有这么搞
的印象。。。。 |
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j****x
发帖数: 1704 | 44 10%足够了，我认识有几个组用这个系统做entry inhibitor的筛选，效果还不错，有几
个candidates已经开始准备Phase I trial了。10%和15%的差异主要看批次和人手，同
批细胞之间的差异很小（所以实际上Variation没有想象的大），但不同人工之间的差
异不小，属于技术活。主要的问题在，1.这细胞得持续分化1个月以上才能正常感染，
其间不能出任何岔子，否则前功尽弃。一个月后究竟能不能用，谁也不知道，用了才知
道。2. 细胞极其敏感，转染效率低是一定的，siRNA基本没法用。用Lenti转导shRNA吧
，转导完了细胞分化又出问题，更不能用。最主要的是，欧美对HBV这玩艺儿的重视程
度远低于HCV，做的人少自然没结果。要是像HIV那么投入，问题估计已经解决了。
PreS的问题我觉得没有什么争议，Anti-preS Ab有中和抗体活性，结构分析等等证据也
表明了，PreS就是结合受体的（至少是受体之一）。至于能不能一下子找全，谁也没把
握。一个一个来呗。HCV找到现在还不是一样没结论，虽然CD81, SR-BI, DC-SIGN,
Claudin-1,Oc... 阅读全帖 |
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j****x
发帖数: 1704 | 45 10%足够了，我认识有几个组用这个系统做entry inhibitor的筛选，效果还不错，有几
个candidates已经开始准备Phase I trial了。10%和15%的差异主要看批次和人手，同
批细胞之间的差异很小（所以实际上Variation没有想象的大），但不同人工之间的差
异不小，属于技术活。主要的问题在，1.这细胞得持续分化1个月以上才能正常感染，
其间不能出任何岔子，否则前功尽弃。一个月后究竟能不能用，谁也不知道，用了才知
道。2. 细胞极其敏感，转染效率低是一定的，siRNA基本没法用。用Lenti转导shRNA吧
，转导完了细胞分化又出问题，更不能用。最主要的是，欧美对HBV这玩艺儿的重视程
度远低于HCV，做的人少自然没结果。要是像HIV那么投入，问题估计已经解决了。
PreS的问题我觉得没有什么争议，Anti-preS Ab有中和抗体活性，结构分析等等证据也
表明了，PreS就是结合受体的（至少是受体之一）。至于能不能一下子找全，谁也没把
握。一个一个来呗。HCV找到现在还不是一样没结论，虽然CD81, SR-BI, DC-SIGN,
Claudin-1,Oc... 阅读全帖 |
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m******g
发帖数: 69 | 46 我做了2组磷酸化蛋白的Western,第二次是在第一次strip之后做的，但是第二次出现了
许多带，我第一次做的是p-p44，结果第二次做的是p-p65，但是我很明确的肯定我第二
次做的p-p65上出现了p-p44的band,而且我的p-p65 band被强烈干扰了，很难找到。我
是用0.2M NaOH 洗3次膜，然后重新block做的，我想第一次的antibody根本没有下去，
而且我的抗体都是cell signal的，二抗都需要用rabbit，是不是这个原因，有没有好
的办法可以strip掉第一次的抗体。 |
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D*a
发帖数: 6830 | 47 2楼说的是空白对照，没必要用血清对照。反正我从来不用。
但是还有一个阴性control 很重要，比如你在brain里面KO掉了蛋白A，你隔壁实验室说
他们有一个在肝脏里面看蛋白A是不是被KO掉的抗体。你于是拿过来在brain上试了试，
发现哇，KO和WT都闪闪发光。。。-_-III
这种情况可以出现在空白对照很干净的抗体上。 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 48 澳大利亚的
The University of Queensland and the ARC Centre in Bioinformatic 官网里有个
小鼠和人的
蛋白组分布数据库:
for example
Mouse:
//locate.imb.uq.edu.au/searchpages/MouseGO:0005737.shtml
//locate.imb.uq.edu.au/searchpages/MouseGO:0005783.shtml
for Human just go to
//locate.imb.uq.edu.au/
then click relative icons.
至于如何移动的
参看论文
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20299325
如是膜蛋白 有多肽序列信息的话
用这个工具模拟一下:
//mu2py.biocomp.unibo.it/mempype/default/faq |
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X*********4
发帖数: 50 | 49 【 以下文字转载自 Postdoc 讨论区 】
发信人: Xiaokeai154 (蔡一灵), 信区: Postdoc
标 题: 生物质谱方向去谁那里做博士后？
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Jun 26 01:18:59 2012, 美东)
本人有个师妹，国内蛋白质组方向博士刚答辩毕业，研究生主要工作是分析药物蛋白组
学，鉴定过许多代谢系统的蛋白修饰。文章一作有两篇，都是4－5分。其他作者有3－4
篇的文章。目前在找博士后位置，不知道板上的各位老师有好的导师推荐。
因为广告上postdoc位置找不到，我是介意她自己发信问问，到现在还没有找到。谢谢 |
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