s******y
发帖数: 28562 | 1 好像是那些研究去甲基化酶的人的文章。
但是不是蛋白甲基化而是DNA 甲基化。 |
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u**********d
发帖数: 573 | 2 赞！
很好奇两点：
Fab是怎么进细胞的？如果是endocytosis干的，又是怎么从endosome释放到细胞质里的呢
Fab能不能和GFP做成嵌合蛋白？Fab的糖基化对其特异性影响大不大 |
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C********4
发帖数: 308 | 3 谢谢
ucsc的那个怎么选要看的修饰啊？能看一些常见蛋白的chip seq吗 比如suz12 |
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C********4
发帖数: 308 | 4 谢谢。我不是要看这个具体的基因啊，只是举了个例子 。。想问个通用的办法，随便
看哪个基因哪个修饰哪个binding 蛋白
作为matrix，你怎么读不懂我的内心 。。＝＝
hematopoietic |
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c*********r
发帖数: 181 | 5 这篇文章是把植物和共生微生物的蛋白共同提取出来做蛋白质组学的研究，我曾经看过
，但是找了2天了都没找到，似乎是去年看到的，但是不知道是否是去年发的。
哪位大仙能帮忙？
谢谢！ |
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i***0
发帖数: 160 | 6 ？楼主要表达蛋白干什么用，生化， 细胞，还是结构，要在哺乳动物细胞里表达么？
胞外结构域可以加一个分泌序列让他直接分泌到胞外，然后收培养液提纯即可。我们组
用昆虫细胞感染病毒表达胞外结构域分泌到培养液，免去裂解细胞离心等步骤，很方便 |
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X*********4
发帖数: 50 | 7 估计是Zhao 实验室找到的蛋白酶? 其实你发现的和别人发现的有分歧,怎么办? 是实验
室系统的问题,
我觉得实验材料问题很大吧, 化学蛋白组实验室对蛋白样品的质量很重视,但是对生物
材料的质量和来源并不重视. 所以他们的发现能不能在其他生物系统中重复是关键, 重
复不出来的估计就是垃圾了, 至于能不能算造假,不知道.
hey |
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J********3
发帖数: 3151 | 8 非组蛋白乙酰化一般不大好检测， 最好先IP下来，再做WB。 |
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p*****c
发帖数: 116 | 9 非常感谢你的建议！
是的，两个组独立做出来的。
3. chromatin fraction IP显示两个蛋白是在chromatin上相互作用。
Regular ChIP does not tell you that these proteins interact on chromatin; it
only tells that both proteins bind to the same or similar region of
chromatin;
我是isolate细胞的chromatin组分做的IP。如果证据不充分的话，是不是必须要做
Sunnday建议的体外reconstitution的实验才可以？ |
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r******f
发帖数: 987 | 10 看了一些蛋白组学的研究，对这个proteoforms理解不好，是说有一个基因产生的多个
蛋白变体吗？貌似好像还不止这些？请大牛帮解释一下，多谢啦。 |
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T****i
发帖数: 15191 | 11 至少很多genetic screen设计是很精巧的。还有很多经典生化，分子生物学实验。怀疑
你就没怎么做过bench work。搞高通量的吧？
高通量肯定有用，但也有很大的问题。首先大量的correlation，哪些是重要的，哪些
不是重要的，在不知道机理的情况下，很难分辨。比如，并不是变化越大的就越重要，
有些大的变化可能就是bystander，不起多大作用。还有比如信号传导，下游的变化往
往会更大。而你如果不知道该信号通路，你可能就走入歧途。而如果你知道，说明高通
量没产生新知识。其次，系统太敏感，noise的问题就很大。各种因素互相作用，可能
会放大noise。最近做nextgen seq，结果就很烦人。第三，很多高通量实验只是在某个
时间点取样，比如肿瘤基因组学，你能拿到肿瘤的时候，基本是中晚期了，高通量不高
通量得到的都是effect，不是cause。即使primary cause 还在，要想从那么多变化里
找到，恐怕很难，原因还是第一点，下游的变化往往会更大。还有，你怎么知道你的通
量足够大，包括你要找的所有信息？比如，你做基因组，transcriptome，就够了？你
怎... 阅读全帖 |
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T****i
发帖数: 15191 | 12 高通量肯定有用，但也有很大的问题。
首先大量的correlation，哪些是重要的，哪些不是重要的，在不知道机理的情况下，
很难分辨。比如，并不是变化越大的就越重要，有些大的变化可能就是bystander，不
起多大作用。还有比如信号传导，下游的变化往往会更大。而你如果不知道该信号通路
，你可能就走入歧途。而如果你知道，说明高通量没产生新知识。
其次，系统太敏感，noise的问题就很大。最近做nextgen seq，结果就很烦人。
第三，很多高通量实验只是在某个时间点取样，比如肿瘤基因组学，你能拿到肿瘤的时
候，基本是中晚期了，高通量不高
通量得到的都是effect，不是cause。即使primary cause 还在，要想从那么多变化里
找到，恐怕很难，原因还是第一点，下游的变化往往会更大。不过这个不是高通量独有
的问题。
第四，你怎么知道你的通量足够大，包括你要找的关键信息？比如，你做基因组，
transcriptome，就够了？你怎么知道你不用看蛋白组，看看蛋白修饰什么的？
最后，就目前来看，高通量的产出和投入简直不成正比。那点产出，多数时候还是
confirm以前的知识或者产生... 阅读全帖 |
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l******n
发帖数: 143 | 13 准确率高的high throughput?同意阿，我觉得pull-down assay的artifact的确有一些
，而且对transient interaction很难识别
蛋白组覆盖之后呢？我比较好奇大家对大面积识别出的蛋白，接下来怎么做怎么看. |
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s*****5
发帖数: 52 | 14 你好，我们之前用过PD，但是我发现sequest和mascot搜到的蛋白太少，我个人觉得
MSGF+好些。对啦，用PD的话你们用percolator吗？感觉那个得到的蛋白很多，但是PD
导出的结果没办法卡proein FDR.分析数据我们也是用R写算法。有机会可以交流交流~ |
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s*****5
发帖数: 52 | 15 你好，我们之前用过PD，但是我发现sequest和mascot搜到的蛋白太少，我个人觉得
MSGF+好些。对啦，用PD的话你们用percolator吗？感觉那个得到的蛋白很多，但是PD
导出的结果没办法卡proein FDR.分析数据我们也是用R写算法。有机会可以交流交流~ |
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v**********m
发帖数: 5516 | 16 15年前的复兴集团就是这样的烂公司，联想以前也是，本土高科技企业都是烂技术起家
，然后靠政府扶持，搞合并和跨界发展起来。技术真的不重要，只是块敲门砖。
GSK在NJ的结构生物学部门集体被裁不是因为他们技术不精，Pfizer的结构组在Groton
的人也天天当心饭碗，就是怕这些大陆公司发展起来。技术再精也是这个下场。
说句实话，我还颇认识几个做结构的，他们要么回国做教授，要么回国参加这样的公司
。在美国的都改行做业界下游的蛋白分析或表达纯化。 |
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n********k
发帖数: 2818 | 17 发信人: neverthink (nevernetbug), 信区: Biology
标 题: 衰老与再生医学联合实验室高薪招聘博士后, 助、 副教授
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Jan 25 10:52:39 2016, 美东)
好久没回来了，久违了各位新老朋友们，再次回来发个招聘广告，希望各位新老朋友多
多支持，多多推荐---尤其是老胳膊老腿们，帮我多留心多推荐哈，靠你们了：）））-
--不过，今天上来，发现第一页就没有几个ID熟悉得了...不废话了，推荐成功的回上
海有惊喜哈：）））...另，本人应该是本版骨灰级的ID了，为人做学问等等可以本版
考考古，或者问问几个硕果仅存的骨灰们,比如onco,比如sunny,比如dua... dua是大美
女地说：））
[交流]同济大学、深圳大学衰老与再生医学联合实验室高薪招聘博士后,助、 副教授/
副研究员（长期有效）
同济大学医学院干细胞和系统生物学实验室：高正良教授（上海市特聘教授，同济大学
医学院高等研究院特聘研究员，上海市第十人民医院介入研究所常务副所长）
同济大学医学院神经干细胞生理及神经系统疾病模型实验室：徐... 阅读全帖 |
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g*****x
发帖数: 3283 | 18 我没有冒犯的意思，但我不太理解这个方法和传统的用tag标记分离cys和TiO2富集
phosphorylated蛋白有什么好处？什么样的应用需要同时分离cys和磷酸化蛋白？
而且这个tag在结构上貌似也没有什么特别之处，和其他同时含有iodoacetamide+
phosphate的tag比有什么特殊之处？还有为什么要用phosphonate而不是直接用
phosphate？
PTMs |
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d****i
发帖数: 2346 | 19 请教楼主：
我有一个蛋白酶可能是受Cys oxidation调节酶活性，能利用你的办法把我的蛋白
enrich然后检测氧化还原状态吗？
我这个蛋白已有文章发表说有磷酸化调节，但是我还没有把磷酸化和氧化还原联系在一
起。希望在你这里能得到一些启发。
谢谢！ |
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x*****8
发帖数: 10683 | 20 现在顶尖的基因组，蛋白组，代谢组里面的机器人真的是非常高级。
学生物还有一个好处，就是养生。南京大学的郑集教授活到110岁才去世。
可惜本虾空有生物理论，却没有养生实践，肝几乎烂完了。 |
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s*******n
发帖数: 360 | 21 嗯。还应该标明生长过程中的各种环境情况，蛋白组和代谢组各种成份的定量数据。 |
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C******y
发帖数: 3249 | 22 从中央财政直接要来的三亿，向美国买了最贵的冷冻电镜，电镜商负责做CNS的工作，
批量发表照片。
由三人一组的小分队组成，三个学生同时提取一个蛋白，谁先提到，谁当第一作者，其
余当并列第一作者。
小分队之间从来不行互相交流，彼此项目保密，向施汇报。 |
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n*******a
发帖数: 8 | 23 中国科学院大连化学物理研究所是一个应用研究与基础研究并重、具有较强技术开发实
力、以承担国家和企业重大项目为主的化学化工研究所，是中科院知识创新工程首批试
点单位。现有两院院士12位，2个国家重点实验室，3个国家工程中心，正在筹建洁净能
源国家实验室，具有化学和化学工程与技术2个一级学科博士学位授予权，2个博士后科
研流动站。
近年来，大连化学物理研究所确立了“发挥学科综合优势，加强技术集成创新，以可持
续发展的能源研究为主导，坚持资源环境优化、生物技术和先进材料创新协调发展，在
国民经济和国家安全中发挥不可替代的作用，创建世界一流研究所”的科技发展战略，
把大连化物所建设成为集先导性基础研究、战略高技术创新和高新技术产业化为一体、
布局合理的、具有较强综合竞争能力的世界一流研究所。
根据本所科研布局与学科发展的需要，面向国内外招聘中国科学院“百人计划”及所级
“百人计划”人选。
一、应聘学科：
序号 学科、方向 研究内容
1 材料科学 新能源材料、生物材料、多孔材料、催化材料、碳材料、纳米材料
、有机-无机杂化材料、传感材料以及生物质基新材料等
2 生物... 阅读全帖 |
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z********8
发帖数: 11 | 24 上海交通大学运动健康工程中心招聘青年研究员（tenure-track AP）：运动生理
学、运动医学、运动与代谢组学、运动与基因组学、运动与蛋白组学、表观遗传学、内
分泌疾病预防、系统生物学、生物信息学、生物工程等相关领域；
基本要求：在以上相关领域发表过优秀的文章，3年以上的海外博士后或相关领域海外
工作经历（博士学位是国外授予的学位）或4年以上的海外博士后或相关领域海外工作
经历（博士学位是国内授予的学位）。
基本待遇：年薪13-21万; 30万安家费；12万科研启动经费。
具体的要求请看以下的英文职位信息，谢谢大家！我只是代发，请不要站内信联系我！
Exercise Health and Technology Center (EHTC)
at Shanghai Jiao Tong University (SJTU) of&#
160;China invites applicati... 阅读全帖 |
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z********8
发帖数: 11 | 25 上海交通大学运动健康工程中心招聘青年研究员（tenure-track AP）：运动生理学、
运动医学、运动与代谢组学、运动与基因组学、运动与蛋白组学、表观遗传学、内分泌
疾病预防、系统生物学、生物信息学、生物工程等相关领域；
基本要求：在以上相关领域发表过优秀的文章，3年以上的海外博士后或相关领域海外
工作经历（博士学位是国外授予的学位）或4年以上的海外博士后或相关领域海外工作
经历（博士学位是国内授予的学位）。
基本待遇：年薪13-21万RMB;30万RMB安家费；12万RMB科研启动经费。
具体的要求请看以下的英文职位信息，谢谢大家！我只是代发，请不要站内信联系我！
Exercise Health and Technology Center (EHTC) at Shanghai Jiao Tong
University (SJTU) of China invites applications for Special Young Researcher
(tenure-track Assistant Professor) positions in relevant fields. EH... 阅读全帖 |
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p********n
发帖数: 27 | 26 【 以下文字转载自 Boston 讨论区 】
发信人: pureoxygen (pureoxygen), 信区: Boston
标 题: 南京中医药大学招聘启示
关键字: 南京 招聘
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Apr 1 23:14:23 2015, 美东)
招聘启事（Career Opportunity）
南京中医药大学始建于1954年，是我国建校最早的高等中医药院校之一，是江苏省
重点建设高校，也是江苏省人民政府与国家中医药管理局共建高校，被誉为“中国高等
中医教育的摇篮”。学校现有各类在校生20000余名，设有9个直属学院，25个本科专业
，涉及医、管、理、工、经、文等6个学科门类，形成了以中医药为主体、中西医结合
、多学科为支撑协调发展的办学格局。
学校现有3个国家重点学科、2个国家重点（培育）学科、4个江苏省高校优势学科
、8个江苏省重点学科。拥有中医学、中药学、中西医结合3个博士后科研流动站，25个
博士点和44个硕士点。学校科研实力雄厚，拥有1个国家工程研究中心：中药资源产业
化与方剂创新药物国家地方联合工程研究中心；2个江苏高校协同创新... 阅读全帖 |
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b******3
发帖数: 377 | 27 薄后中，用核磁和质谱研究代谢组学和蛋白组学。可以审代谢，微生物，仪器分析，纳
米材料方面的。谢谢！有机会可以站内信，或者直接发邮箱 [email protected]/* */，我
可以回复简历。 |
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m****a
发帖数: 85 | 28 各位老湘们好，希望在生物公司的各位能帮助我内推一下今年暑假的实习职位。
我从去年九月就开始投简历，到现在为止面试了两家大公司的R&D，结果因为距离和方
向的问题都被拒了。眼看暑假就要来了，内心很焦急，很希望今年暑假能有机会去
industry体验一下，为明年PHD毕业后找工作做准备。
我的研究方向包括分子生物，生化，蛋白组，基因组（组学主要是数据分析，具体实验
操作不多）。
不好意思打扰各位了！如果您所在的公司还有类似的实习职位而且您能够推荐，非常感
谢您能给我发站内信！谢谢各位！ |
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c****y
发帖数: 2544 | 29 还是有点吧 比如随便针对一个病，做个基因组，蛋白组，或者代谢组其中一个，然后
用个统计方法，
然后找出一堆所谓的bio-marker，然后再去找已知pathway，把自己找出来的marker往
上边靠，讲
故事。 |
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V********n
发帖数: 305 | 30 问题较弱智。免疫组化（IHC）能染两种分子么？我们有一套标本，无法得到冰冻切片
做免疫荧光。刚好需要染两种蛋白，一种确定细胞类型，一种测表达。有什么好办法么？
多谢了！ |
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C*********m
发帖数: 213 | 31 应该比较一下世界上做晶体有多少个组，做核磁多少个组，然后比一下发CNS文章的比
例。 |
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p****s
发帖数: 3153 | 32 质谱可以吧，不过具体手段我不懂。如果是组蛋白的甲基化用MS-MS应该可以观察
cell |
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p****s
发帖数: 3153 | 33 质谱可以吧，不过具体手段我不懂。如果是组蛋白的甲基化用MS-MS应该可以观察
cell |
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p****3
发帖数: 17 | 34 这个倒是提醒了我
华大是用deep seq
蛋白组是用mass spec
都是组学 |
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e*******o
发帖数: 4654 | 36 【 以下文字转载自 Programming 讨论区 】
发信人: mitbbs2715 (好吃不懒做), 信区: Programming
标 题: Re: 中国全面启动人类蛋白质组计划, 做大数据的可以去分钱
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Jun 11 18:57:10 2014, 美东)
显然不是
这个计划说白了，就是让生物学家和医院积累大量原始数据
看普通人和病人蛋白表达上有哪些差异，哪些没有差异
但数据出来了是不会有任何结论的，数据量太大，误差也很多
得有人来组织数据，评估数据，挖掘数据，解释数据
说白了，千老就是造数据的，后面真的活儿还得码工和数学家干 |
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K******S
发帖数: 10109 | 39 比上不足,比下有余吧
这里面分支也很多,作的人也越来越多,可圈子挺小,看你师门或者具体做什么的了 |
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p********n
发帖数: 27 | 43 【 以下文字转载自 Boston 讨论区 】
发信人: pureoxygen (pureoxygen), 信区: Boston
标 题: 南京中医药大学招聘启示
关键字: 南京 招聘
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Apr 1 23:14:23 2015, 美东)
招聘启事（Career Opportunity）
南京中医药大学始建于1954年，是我国建校最早的高等中医药院校之一，是江苏省
重点建设高校，也是江苏省人民政府与国家中医药管理局共建高校，被誉为“中国高等
中医教育的摇篮”。学校现有各类在校生20000余名，设有9个直属学院，25个本科专业
，涉及医、管、理、工、经、文等6个学科门类，形成了以中医药为主体、中西医结合
、多学科为支撑协调发展的办学格局。
学校现有3个国家重点学科、2个国家重点（培育）学科、4个江苏省高校优势学科
、8个江苏省重点学科。拥有中医学、中药学、中西医结合3个博士后科研流动站，25个
博士点和44个硕士点。学校科研实力雄厚，拥有1个国家工程研究中心：中药资源产业
化与方剂创新药物国家地方联合工程研究中心；2个江苏高校协同创新... 阅读全帖 |
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T*****e
发帖数: 247 | 44 对照比实验 两组的话 就 student's t-test
多组之间互比的话 就上anova
当然你应该先normalized到GAPDH保证上样量一样
楼上有人说显著性差异大到应该看看就出来了，这是吹毛求疵，统计学的意义可不是一
个显著性差异带给你一个生物学差异，而是保证你分析的样品数量足够证明你观测到的
到底是不是一个偶然事件
按说还应该看看样品定量是否符合特定统计学检测要求的分布，当然一般三个样也未必
能看出什么分布就是了，全都默认符合正态分布了，虽然未必真的如此 |
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T*****e
发帖数: 247 | 45 对照比实验 两组的话 就 student's t-test
多组之间互比的话 就上anova
当然你应该先normalized到GAPDH保证上样量一样
楼上有人说显著性差异大到应该看看就出来了，这是吹毛求疵，统计学的意义可不是一
个显著性差异带给你一个生物学差异，而是保证你分析的样品数量足够证明你观测到的
到底是不是一个偶然事件
按说还应该看看样品定量是否符合特定统计学检测要求的分布，当然一般三个样也未必
能看出什么分布就是了，全都默认符合正态分布了，虽然未必真的如此 |
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d*****g
发帖数: 978 | 46 估计是指临床和市场应用 单纯基因组 转录组 蛋白组还远远不够 需要更高级的模拟分
析 而这个层次需要的计算分析应该大幅超出目前的状态
瓶颈应该在计算方 |
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s******s
发帖数: 13035 | 47 解释一下我们中心主要做什么
最大的一部分是做工程项目。GDC https://gdc.cancer.gov/是我们做的最早的也是
现在最大的data commons项目，基本上NCI CCG support的研究项目，里面有基因组数
据的都会过来，现在已经有十几个项目了（很多数据没放出来）。大家不知道CCG是干
啥的，就是做TCGA的部门，做癌症基因组这行的TCGA都知道把。现在TCGA的数据我们全
分析过一遍，在我们OpenStack的云上，然后在Google和AWS上各有一个几千个TB的copy，
现在FireCloud，7-bridges啥的都是在用云上的数据。计划以后的项目都这么搞，不愿
意下载数据的我们直接提供可视化页面分析，愿意下载在电脑里少量分析的可以用我们
的工具下载，要大量分析的，直接上云随意。
btw, 对国内科委生物大数据项目有兴趣的可以去看看国内的五年计划，基本要求就是
按照我们现在已经实现的部分写的，不谦虚的说，我们是美国第一个成功搭建的data
commons, 比国内基本领先三到五年。
在GDC的基础上，我们推出了一系列可以帮助别人搭建data com... 阅读全帖 |
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f****r
发帖数: 105 | 48 Hunts 的高徒，没听说过有啥大问题。当年据说是一个人顶别的一个组的级别。ASMS上
见过几面聊着人还不错。话说蛋白组应该算生物的你跑化学问 |
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b*******h
发帖数: 35 | 49 诚求审稿机会：分析方向 bioanalysis, metabolomics, proteomics, liquid
chromatography-mass spectrometry, instrumentation.
Expertise in the mechanism, instrumentation, and application of MS, tandem
MS, and ion mobility spectrometry; especially in traditional and novel
ionization methods.
Currently focusing on LC-MS based untargeted metabolomics study, involving
column packing, testing, and ultra ultra high pressure system building.
可通过站内信发简历，万分感谢！ |
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y******u
发帖数: 1123 | 50 好像metabolomics杂志可以直接注册成审稿人 |
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