H*g
发帖数: 2333 | 1 A simple answer is" no,very unlikely".
A complicate one is "who knows", find more evidence, form your own
hypothesis and related aims; then, go ahead to test it. Even you get yeast 1
-hybrid as well as gel shift to show the binding, you still need to show
such binding is biological meaningful.
我做植物中的转录因子A。在另一个基因B内含子中发现两个A的潜在的结合位点，而且
距离很近，构成回文序列。请问B是A的下游基因的概率高吗？ |
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C**S
发帖数: 522 | 3 能转录和翻译。只不过mRNA半衰期会很短，蛋白表达的水平会很低。 |
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c***d
发帖数: 142 | 4 请问东岸有哪些测转录组的公司？ 哪家价钱公道些？谢谢 |
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n****3
发帖数: 543 | 5 qPCR做的比较少，没有经验，求高人指点。
我现在有实验组和对照两个样品，反转录起始的rna量不相同，qpcr出来的结果内参和
靶基因的ct， 可以比较吗？如何比较 |
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p****y
发帖数: 13 | 6 一国外杂志寻找guest editor，转录后调控领域（post-transcriptional regulation
），如果有兴趣可站内联系，询问详细情况。 |
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i*********g
发帖数: 1940 | 7 这是什么情况？在5'启动子是转录调节该基因，可就在下游300bp的地方是什么作用？ |
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t*******k
发帖数: 87 | 8 从公司买了个组织特异性cDNA文库，从介绍看就是mRNA的反转录产物，没有克隆到质粒
里。
不知这个东西稳定性怎么样，室温放24小时会不会坏？ |
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q**l
发帖数: 2649 | 9 外源DNA 转染进哺乳动物细胞后多久开始专利，如果不整合到基因组，转录能维持多久？
外援rna转染到哺乳动物细胞多久开始翻译，如果是不修饰的rna,翻译能维持多久？
非常感谢！！！ |
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k***a
发帖数: 636 | 10 那就做motif prediction吧。。也只能找到可能直接和DNA关联的转录因子，那些共关
联的就找不到了。 哎，生物太复杂 |
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v********a
发帖数: 646 | 11 请问，我有一个5‘端没有磷酸化的体外化学合成的RNA:
5'OH---RNA----3'Dig
请问，这个RNA可以反转录合成cDNA么？谢谢！ |
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D******9
发帖数: 2665 | 13 需要做一些转录因子的ChIP-SEQ, 请问一般需要多少个READS才比较可靠？ 测序中心按
每条LANE 200M收费的。 谢谢。 |
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l****p
发帖数: 27354 | 14 【 以下文字转载自 Military 讨论区 】
发信人: lulupp (木有昵称), 信区: Military
标 题: 细菌的promoter在真核生物中能发挥作用进行转录翻译吗？
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Jan 6 16:07:37 2017, 美东)
1. 把细菌的promoter及其原配的细菌基因一起转到真核细胞中.
2. 只把细菌的promoter转到真核细胞中，代替真核细胞本身的promoter. |
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H*******i
发帖数: 196 | 15 1.有人在做，不过不是e coli的。 表达量很低（具体比较复杂，因为转录翻译都不
一样）
2.一般不行。（不排除个别序列有表达）
当然要设计一个通用的是可以的（基本按照真核的设计，原核需要的识别特征比较容易
构建）。 |
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a****o
发帖数: 1786 | 17 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: acroding (闲云野鹤), 信区: Biology
标 题: 转录五十年I: 原核时代
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Feb 4 15:42:42 2010, 美东)
1953年，Waston,Crick和Willinkins划时代的DNA double helix结构的建立标志
着生物学进入了分子时代，同时DNA也无可争议的成为人们所探求的核心遗传物质。但
是大家并不知道DNA所携带的遗传信息是如何传递给蛋白质并最终控制生物的表型。当
时的遗传学证据表明RNA极有可能扮演一个中间人的角色，RNA可以将DNA的遗传信息传
递给蛋白质。也正是基于此，发现DNA double helix后的1958年， Crick提出了分子生
物学的中心法则(Central Dogma)：遗传信息由DNA携带，并通过RNA传递给蛋白质并行
使表型。这个模型的重要性不必多说，但是DNA到底是怎样将遗传信息传给RNA并不清楚
。于是乎，大家猜测有一种关键的酶能够负责这一过程。1955年，那个时代最有影响力
的biochem |
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m*****i
发帖数: 1205 | 18 作者: pleiade (武田菱) 站内: misako
标题: [转录]元纲谋叛连载(二)元就继任家督
时间: Wed Aug 16 08:30:30 2000 |
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m*****i
发帖数: 1205 | 19 作者: pleiade (武田菱) 站内: misako
标题: [转录]元纲谋叛连载(三)元纲谋叛
时间: Wed Aug 16 09:40:48 2000 |
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m*****i
发帖数: 1205 | 20 作者: pleiade (武田菱) 站内: misako
标题: [转录]元纲谋叛连载(四)谋叛相关人物处置
时间: Wed Aug 16 09:40:56 2000 |
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c*********d
发帖数: 9770 | 21 荒猫牛不耕微信号laoniu003005
功能介绍
好文分享
来源：荒猫之舞
作者：荒猫
中美贸易战告一段落，毫不意外地，咱们又赢了。不过与以往不同的是，这次美国也赢
了，是双赢。据报道，咱们答应了美国减少贸易逆差的要求，所以美国赢了；而因为要
减少贸易逆差，中方将大量增加自美购买商品和服务，这样可以满足咱们不断增长的消
费需求和促进高质量经济发展，所以咱们也赢了。
但让我感觉不可思议的是，这么好的事情，为什么一直不做呢？为什么要在美国政府的
逼迫下去做呢？是因为没有想到？那岂不是说那些人能力低下？是因为想到了而不做，
那岂不是证明了那些人很坏？
而且在美国高调启动贸易战之初，咱们是抱着多大的决心，宁为玉碎不为瓦全，一定要
打赢的，一定要粉碎美国人阻挡咱们大国崛起的阴谋的。当美国提出500亿的清单时，
咱们针锋相对；当美国提出1000亿的清单时，咱们继续应战；而当美国把清单的总价提
高到2000亿的时候，一夜之间，美国就不是阻挡咱们大国崛起，而是有利于咱们大国崛
起了。美国的要求原来是有利于咱们的发展，而不是遏制咱们的发展了。我恍然大悟：
原来以前的针锋相对，是用的激将法，是为了刺激美... 阅读全帖 |
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g*********d
发帖数: 233 | 22 夏荣辉，李江
上海交通大学医学院，上海（200011）
E-mail：e******[email protected]
摘 要：基因的表观遗传学修饰正越来越受到人们的重视，它包括DNA甲基化和组蛋白修
饰，组蛋白修
饰又包括组蛋白乙酰化和组蛋白甲基化。基因的表观遗传学改变在基因转录调节方面有
重要作用。最
近研究较多的是多种组蛋白修饰方式和DNA甲基化在基因转录调节方面的共同作用，本
文详述组蛋白
修饰和DNA甲基化的发生机制，并且总结了组蛋白乙酰化和组蛋白甲基化与DNA甲基化之
间的相互作
用，提示不同位点的组蛋白甲基化与DNA甲基化共同作用于基因转录，并且发挥不同的
作用，具体体
现在组蛋白乙酰化、组蛋白H3K9、H3K27和H4K20甲基化与DNA甲基化协同作用，使基因
发生转录抑
制，而组蛋白H3K4甲基化与基因转录激活有关。
关键词：组蛋白修饰；DNA甲基化；关系
1. 引 言
目前，在研究肿瘤发生发展的过程中，基因的表观遗传学修饰所起的作用日益得到人们
的重视。组蛋
白修饰和DNA甲基化是两种最重要的表观遗传学修饰方式。研究表明，人类几乎所有类
型的肿瘤都存
在组蛋白及DNA甲基化的异常... 阅读全帖 |
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g*********d
发帖数: 233 | 23 目前表观遗传学(Epigenetics)通常被定义为基因表达通过有丝分裂或减数分裂发生了
可遗传的改变, 而DNA 序列不发生改变[1, 2]。表观遗传学的机
制主要包括DNA 甲基化、组蛋白修饰及非编码RNA。DNA 甲基化(DNA methylation)是指
在DNA甲基转移酶(DNA-methyltransferases, DNMTs)的催化下, CpG 二核苷酸中的胞嘧
啶被选择性地添加甲基, 形成5-甲基胞嘧啶[3, 4]。DNA 甲基转移酶有两种, 其中
DNMT1 主要起维持甲基化的作用, 能使半甲基化的DNA 双链分子上与甲基胞嘧啶相对应
的胞嘧啶甲基化, 可参与DNA 复制双链中新合成链的甲基化[5]; 而DNMT3a 和DNMT3b
主要起形成甲基化的作用, 能在未发生甲基化的DNA 双链上进
行甲基化[6]。DNA 甲基化一般与基因的沉默相关,DNA 去甲基化则与基因的活化相关[7
~9]。
组蛋白修饰(Histone modifications) 是指组蛋白的基础氨基末端尾部突出于核小体,
常在转录后发生变化, 包括甲基化、乙酰化、磷酸化和泛素化等翻译后的修饰... 阅读全帖 |
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g*********d
发帖数: 233 | 24 《Cell》文献翻译:基因表达的小RNA调节因子
Cell 134, 899 – 902, September 19, 2008
Joel R. Neilson and Philip A. Sharp
今年Lasker基金会承认了Victor Ambros、Gary Ruvkun和David Baulcombe在推断
小RNA分子在真核基因表达的转录后调节中所进行的开创性工作。
分子生物学是一门年轻的学科，如同充满了未开发土地的新大陆。有关小RNA在基
因调节中的作用的重要发现是这门年轻学科中还有许多未开发的重要领域的一个例证。
9月26日，几位先驱（麻州大学医学院的Victor Ambros、麻州总医院和哈佛大学医学院
的Gary Ruvkun和剑桥大学的David Bulcombe有关小RNA的发现将被授予2008年Albert
Lasker基础医学研究奖。
历史上先驱者以及他们的发现的意义通常被忽略，只是在很多年之后才被承认。
Ambros和Ruvkun所发表的描述第一个微RNA及其标靶的优秀论文（发表在高深的Cell杂
志上）被忽略了近10年。与此同时，... 阅读全帖 |
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l*****n
发帖数: 24 | 25 马维骏
博士，研究员，博士生导师，教授
药物基因组学研究组组长
研究方向
从基因表达调控角度进行疾病的致病机理和药物防治研究，重点研究疾病发生
和药物作用下表达调控改变的早期应答基因。在生物体主要生理、病理、药理过程的早
期阶段，早期应答基因(ERG)的表达对其发展起关键作用。这些基因的快速表达具有即
早期急性动力学特征。不仅是转录调控，转录后水平调控同样对基因快速、瞬时表达起
重要作用，这是许多即早应答基因(IRG)的特征。大多数即早基因依赖其mRNA非编码区
的顺式作用元件实现转录后水平的调控。为了深入了解其复杂机制，有必要鉴别表达调
控异常的早期应答基因，系统分析验证各种顺式作用RNA调控元件、结合蛋白及其相互
作用。本实验室重点关注免疫应答及癌症发生相关早期应答基因的转录后调控在疾病发
生和药物防治过程中的影响和作用规律，探索它们在疾病诊治和药物研发方面的应用。
主要包括：
1. 免疫应答或癌症发生相关基因非编码区RNA顺式作用元件的鉴别与特性研究；
2. 即早基因在药物应答过程中的转录后水平调控；
3. 受信号转... 阅读全帖 |
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c*********r
发帖数: 1312 | 26 看到你这个话题，忍不住回复我所知道的一个人的例子。
这人叫Itai Yanai，以色列人。他本科在波士顿大学读Computer Engineering，应该是
1994年入学，在当时和现在都是很有前途的专业吧。Itai本科时候不老实，爱读闲书，
一不小心读了Richard Dawkins的The selfish gene，从此开始了悲催的一生。。。读
完这本自私的基因，Itai觉得生物是多么奇妙，就毅然决然的转行做生物了，Never
went back。在拿到computer engineering学士和Philosophy of Science学士以后，
Itai考虑到自己懂点计算机和编程，抛弃了作为一名伟大的编程员大好前程，在波士顿
大学读了生物信息学博士，度过了接下来的极其苦闷的五年。。。（他说那几年做生物
很不顺利，尤其是对于他这种没有任何生物背景的人。但是我看他PhD期间文章还有六
七篇，都是不错的杂志。）不管怎么样，他已经中毒很深，不可能回去了。。。
毕业之后，Itai在以色列和哈佛一共做了四年博后，然后在2008年回到了以色列做了PI
。那时候他已经开始从纯生物信息结合发... 阅读全帖 |
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c*********r
发帖数: 1312 | 27 生物是个大坑，已经被讨论了好久了。因为和生物沾边， 生物信息也是一个坑，也被
讨论了一段时间了。但是总有人不听劝告，不断跳进来，今天我就写一个悲催的生物猥
琐男的故事，告诫后人。。。
Itai Yanai，以色列人。他本科在波士顿大学读Computer Engineering，应该是1994年
入学，在当时和现在都是很有前途的专业吧。Itai本科时候不老实，爱读闲书，一不小
心读了Richard Dawkins的The selfish gene，从此开始了悲催的一生。。。读完这本
自私的基因，Itai觉得生物是多么奇妙，就毅然决然的转行做生物了，Never went
back。在拿到computer engineering学士和Philosophy of Science学士以后，Itai考
虑到自己懂点计算机和编程，放弃了作为一名伟大的编程员大好前程，在波士顿大学读
了生物信息学博士，度过了接下来的极其苦闷的五年。。。（他说那几年做生物很不顺
利，尤其是对于他这种没有任何生物背景的人。但是我看他PhD期间文章还有六七篇，
都是不错的杂志。）不管怎么样，他已经中毒很深，不可能回去了。。。... 阅读全帖 |
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J*X
发帖数: 1001 | 28 发信人: cellcreator (cellcreator), 信区: Biology
标 题: 一个从CS跳入生物信息大坑的猥琐男。
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Mar 20 04:10:05 2016, 美东)
生物是个大坑，已经被讨论了好久了。因为和生物沾边， 生物信息也是一个坑，也被
讨论了一段时间了。但是总有人不听劝告，不断跳进来，今天我就写一个悲催的生物猥
琐男的故事，告诫后人。。。
Itai Yanai，以色列人。他本科在波士顿大学读Computer Engineering，应该是1993年
入学，在当时和现在都是很有前途的专业吧。Itai本科时候不老实，爱读闲书，一不小
心读了Richard Dawkins的The selfish gene，从此开始了悲催的一生。。。读完这本
自私的基因，Itai觉得生物是多么奇妙，就毅然决然的转行做生物了，Never went
back。在拿到computer engineering学士和Philosophy of Science学士以后，Itai考
虑到自己懂点计算机和编程，放弃了作为一名伟大的编程员大好前程，在波士顿... 阅读全帖 |
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Z******5
发帖数: 435 | 29 1）However, I do not know 聚合酶2的峰值位置，组蛋白修饰，转录因子结合?
A.这个说起来比较复杂。
a. 和转录起始位置相关的一些组蛋白修饰看这篇文献 The mammalian epigenome.
Cell. 2007 Feb 23;128(4):669-81.
b. 聚合酶2的我忘了哪篇文献了，不过很好理解，基因的转录肯定需要聚合酶2的
结合，自然就会有聚合酶2的结合ChIP数据。你可以去UCSC随便找几个熟悉的基因看看
，比如GAPDH等。
c. 转录因子的ChIP在UCSC genome browser上的数据是有限的，现在已经有几十个
转录因子了吧，这个只是参考。还是那句话，找个你熟悉的基因，看看周围的结合情况
就知道了。
d. 再提一下RIKEN的问题，你可以参考下面几篇文献
Cap analysis gene expression for high-throughput analysis of
transcriptional starting point and identification of... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 30 #注明译者，请随便转载：）
CRISPR英雄谱
埃里克・兰德（Eric Lander）
小鹿／译
三年之前，科学家们宣布，CRISPR技术能够对真核活细胞进行精准与有效的基因组编辑
。自此，这项技术手段已然震撼了科学界，数以千计的实验室正在将其运用于从生物医
药到农业的各个领域。然而，从一种奇特的细菌重复序列现象的发现开始，到确认这种
现象为适应性免疫系统，进而对它的生物功能特性的了解，直至开发为一项基因工程的
技术，这此前二十载相关的研究历程却不为人所知。本文正是着眼于填补这段科学历史
的空白，它讲述的是观念的演化历史和先锋人物的传奇故事，并且从中获得关于支撑科
学发现的优秀科研环境的启迪。
前言
很难想起曾经有哪一次科学革命像CRISPR这般如此迅速地改变生物学界。仅仅三年之前
，科学家宣布，CRISPR系统，即细菌通过纪录和精准攻击入侵病毒的DNA序列而进行自
身防御的适应性免疫系统，可以利用转化为一项简单而有效的技术在哺乳动物和其它生
物体的活体细胞内进行基因组编辑。CRISPR即此被全球数以千计的实验室运用于广泛的
领域，如创建人类遗传疾病和癌症的复杂动物模型；... 阅读全帖 |
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n********k
发帖数: 2818 | 31 最近手机有问题，而且有意回避去看这个刷屏的无聊辩论：）））.....这个辩论为了
科普可以挺一下，否则挺无聊的。有点鸡生蛋蛋生鸡的感觉；如果非要在区分二者，非
要选哪一个重要，那我选转录因子，但是哪个转录因子不需要表观因子就能搞定事情？
？细菌里面？估计也有表观的参与。。。。。相关争论已经很有些历史了，07年还是06
年同Tom Maniatis 午饭的时候，他就在谈重编程可以暂时quiet表观领域的这个争论了
...人真核生物完全可以这样定义：基因与环境互作下的基因组维护的表现形式，所以
从这个角度，生物就是表观存在的形式；但是，这个存在将完全是useless如果没有转
录因子这个执行者，所以表观最终表现和执行还得靠转录因子，这也就是重编程是转录
因子来搞定，目前完全靠表观因子搞定的好像还没有；但是我猜测表观因子加筛选培养
基或者reporter筛选也不是不可能的，所以表观提供舞台，转录因子才是主角，但是没
有舞台，主角会变成猪脚：）））.
其实这二者是完全不可以分割的，非要比较决出雌雄，我觉得挺无聊，没有明白对于学
科领域有任何真正意义，我相信领域的内行专家没有谁心里真的觉得非此即... 阅读全帖 |
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T*****e
发帖数: 247 | 32 cycloheximide是inhibit denovo protein synthesis。
举个例子吧，比如你发现一个细胞事件很有趣、很重要。你想知道它是怎么被调控的。
那么有很多种可能，比如转录，转录后调控，翻译，翻译后调控。翻译后调控又分为很
多种，比如磷酸化修饰，translocation等等。那么怎么把目标范围缩小呢？早期的实
验方法，比如加转录抑制剂看看该细胞事件是否还发生，或者你说的这个加翻译抑制剂
，看看是否需要新的蛋白合成。比如学习记忆的机制里面，短期记忆有的需要蛋白合成
，你可以通过加蛋白合成抑制剂阻断动物的短期记忆来证明这点。而长期记忆还需要转
录的过程，那么你可以通过加转录抑制剂抑制长期记忆来证明。
研究一个protein的half life有啥意义？
我举第二个例子来说明这个。比如说现在很流行的用GFP这样的reporter来研究转录。
具体就是用一个增强子/启动子来驱动GFP表达。那比如说我有一个转录抑制子，我推测
它可以抑制上面提到的GFP的转录。那我把抑制子加到细胞里面去，等了24小时也没看
到什么变化，这能说明这个转录抑制子无效吗？未必。因为GFP的... 阅读全帖 |
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T*****e
发帖数: 247 | 33 你好！你这个问题还是有点太开放了。我说到translocation的时候只是举个例子。
我最初的意思大概是这样：
1.有一个细胞外信号进来
2. 它引起了新的基因alpha转录，你检测到这个事件是在信号发生后三小时，那么这就
有两种可能：
A.新的转录因子（比如c-Fos）被转录，翻译后，然后这导致了alpha的转录
B.转录因子在信号刺激下入核，导致了alpha的转录
那么通过加cycloheximide，你抑制了c-Fos的翻译，那么你可以通过alpha转录与否判
断这跟c-Fos有没有关系。到底需要新翻译的转录因子还是只要translocation就够了。
但是关于你的例子，我不记得你是否还发了别的帖子说这个，但是你给的模糊的信息实
在只能让我瞎猜。
我就瞎猜猜看吧。
WT蛋白寿命比mutant短，这至少有两个层次的原因：
1.WT蛋白受降解调控的部分在mutant中被破坏了；
2.WT蛋白本身参与蛋白降解的机制
这里本来可以分开讨论，但你应该比我更清楚情况，所以欢迎你澄清哪一种更接近事实。
这可能跟translocation有什么关系呢？我不觉得在这里有什么直接的关系。
硬要扯... 阅读全帖 |
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q***7
发帖数: 144 | 34 你如果用的是Qiagen 或其他公司的柱子提的RNA，那你有没有考虑过RNA样品中的洗液
的影响？
尤其是RNA浓度低的样品。因为要调成和浓度高的样品一样的总量，所以要加的比较高
的体积。这样在反转录体系中这个低样品的洗液就多，抑制反转录酶的活性很强。所以
你虽然放了一样多的总RNA，但是大多都没有被反转录。当你所qPCR时，你这个样品的
Ct值会很高，意思就是表达很低。所以就是给你表达低的假现象。你做qPCR时，可以留
意一些低浓度样品的Ct值。很多人发表的qPCR的文章后来表明结果相反，有一些原因是
这些研究者没有考虑这个原因。
这是我给另外一个贴子的回复
Qiagen柱子提取的RNA总是含很多的洗液。后面会影响到反转录酶的活性。如果每个样
品的浓度不一样，你做qPCR时，要调成一样的浓度，这样你做反转录的每一个样品的反
应液里含有的洗液浓度就不一样。不一样的洗液浓度，抑制反转录酶的程度也不一样。
这样你最后出来的qPCR结果肯定不准确。有的样品里表达低，可能是因为洗液多而抑制
了反转录酶造成的，而不是真正的表达低。如果你同一组的样品，有的表达高，有的表
达低，一般都是这个原因造成... 阅读全帖 |
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q***7
发帖数: 144 | 35 你如果用的是Qiagen 或其他公司的柱子提的RNA，那你有没有考虑过RNA样品中的洗液
的影响？
尤其是RNA浓度低的样品。因为要调成和浓度高的样品一样的总量，所以要加的比较高
的体积。这样在反转录体系中这个低样品的洗液就多，抑制反转录酶的活性很强。所以
你虽然放了一样多的总RNA，但是大多都没有被反转录。当你所qPCR时，你这个样品的
Ct值会很高，意思就是表达很低。所以就是给你表达低的假现象。你做qPCR时，可以留
意一些低浓度样品的Ct值。很多人发表的qPCR的文章后来表明结果相反，有一些原因是
这些研究者没有考虑这个原因。
这是我给另外一个贴子的回复
Qiagen柱子提取的RNA总是含很多的洗液。后面会影响到反转录酶的活性。如果每个样
品的浓度不一样，你做qPCR时，要调成一样的浓度，这样你做反转录的每一个样品的反
应液里含有的洗液浓度就不一样。不一样的洗液浓度，抑制反转录酶的程度也不一样。
这样你最后出来的qPCR结果肯定不准确。有的样品里表达低，可能是因为洗液多而抑制
了反转录酶造成的，而不是真正的表达低。如果你同一组的样品，有的表达高，有的表
达低，一般都是这个原因造成... 阅读全帖 |
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r****o
发帖数: 105 | 36 本文献给YL
（十） 永远的转录因子
第一个模块的实验结束以后，我们进入第二个模块的实验。这个实验的指导教授叫Al Courey。
这个模块的实验主要是要从Hela细胞里纯化AP-1。AP-1是一种很重要的sequence specific转录因
子，在很多生理过程里都有作用。AP-1其实不是一种均一的蛋白质，实际上一种二聚体结构，要么
是Jun-Jun 或者是Jun-Fos dimer。Jun和Fos都是alpha helix的结构。Helix的一边有很多Leu,和
另一个helix形成Leucine Zipper的结构，而helix另一边就是碱性的氨基酸居多，所以可以和DNA
结合。这个转录因子看起来就象一双筷子夹着DNA。
sequence specific转录因子是极其重要的一类蛋白质，真核生物的基因有5~10%是用来编码
这种蛋白的。这个模块涉及的一些实验是最经典的一些分离转录因子的方法，所以很有用。
怎么才能分离纯化呢？首先要确定要纯化什么因子，换句话说就是要决定纯化跟什么特异DNA
序列相结合的转录因子。决定了这个，才能有一个活性检测系 |
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a****c
发帖数: 339 | 37 打酱油的试图理解一下双方的论点。
转录因子的模型比较自然：首先胚胎发育早期的转录因子梯度造成极性，继而引起下游
转录因子的不同，通过层层分化，最终形成完全不同的转录因子recipe,对应不同的组
织。这个过程中，转录因子是有等级分别的，master regulators只能是少数，99%的转
录因子当然不能独立决定命运。
epigenetics的弱点在于没有转录因子的“颗粒"性，所有的变化都是全基因组发生的，
就好像一团泥巴从一种无法描述的形状变到另外一种无法描述的形状，很多地方都变了
，但很难用自然语言去解释在全局上究竟发生了什么，无法用清晰的逻辑去描述变化的
方向性。话说回来，这是人类思维的局限，不代表epigenetics就不是最重要的驱动力。
这场辩论主要还是epigenetics field自己有oversell的黑历史，场外观众们早已反感,
想要表达一下长久以来的愤怒。但重要性毕竟无法定义，辩论最后阶段就变成小孩吵架
了。
cell |
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x****6
发帖数: 4339 | 38 谢谢！
根据你提供的线索，我刚刚扫了一眼原始论文。从机制的角度来看，很有意思：在转录
子的蛋白降解的层次，使用氧气作为反应的底物之一；使得转录子的蛋白浓度成为细胞
内氧气浓度的应变量。
而有意思的是，细胞对CO的感受机制却截然不同，要简单一些：CO直接和转录子结合，
改变其构象，从而改变转录子对下游基因的转录能力。
为什么会有这样的区别？ 为什么氧气代谢不选择更简单的类似CO的机制？
顺着这个思路研究下去，应该很有意思。 |
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G***Y
发帖数: 9698 | 39 最适宜圣诞节观赏的电影名单
发布于： 2012年12月24日 星期一 12:28
随着蓝光播放器价格持续下落，人气持续上涨，很多发行商又回到资料室，制作经典老
片和热门新片的最新修复版本和转录版本。今年有些礼品套装的价格可能看起来有点高
，但是考虑到里面收录的片子，整套的价格还算合理，特别是网上零售商还会大幅度打
折（下面标出的价格都是生产商的建议零售价；大多数情况下，能打7折到6折）。而且
，制作优良的蓝光光碟，比如索尼出品的《阿拉伯的劳伦斯》(Lawrence of Arabia)最
新版本，其音画质量是任何在线视频都无法比拟的，因为在线视频用的都是被强力压缩
的数码文件。
只是今年的应季精选似乎有点单薄，好像电影公司终于没有圣诞主题的电影可供再次发
行了。（我推荐一部被人遗忘的电影：约瑟夫·凯恩[Joseph Kane]1945年导演的《骗
子》[The Cheaters]，Republic出品。）虽然有一些大家熟悉的老片也在销售，比如《
银色圣诞》(White Christmas)和《生活多美好》(It’s a Wonderful Life)，但是我
稍微往前追... 阅读全帖 |
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g*********d
发帖数: 233 | 40 用流行病学研究工具分析金融危机
在一篇评论文章中，英格兰银行负责金融稳定性的执行董事Andy Haldane和流行病学家
Robert
May，利用通常更多用来分析生态系统食物链及传染病扩散情况的工具，对2007年导致
国际银行体系
全球危机的风险的性质进行了分析。
他们得出的结论是，从这次危机可以吸取一些教训，为未来公共政策方面的决策提供借
鉴。认为其他
领域的理论可应用于金融机构的观点并不被普遍接受，由Neil Johnson 和Thomas Lux
进行的一
场论坛辩论就反映了这个问题。
白血病细胞中的基因变异
对不同患者体内的癌细胞所作的全基因组分析显示了广泛的遗传异质性。现在，两个小
组对“急性淋巴
母细胞白血病”(ALL)患者进行了全面分析。
Mel Greaves及其同事获得了来自60位ETV6-RUNX1-阳性ALL患者的大量单细胞突变分布
图，而
John Dick及其同事则对BCR-ABL1-阳性ALL患者进行了分析。
两个小组都推断出了在疾病发展过程中不同亚克隆是如何形成的演化途径。
转移该疾病的白血病传播细胞映照大体积肿瘤的基因变异，从而为在基因层面上了解这
些... 阅读全帖 |
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s*********t
发帖数: 600 | 41 一个可能的诺贝尔化学奖
我们知道：诺贝尔化学奖委员会，不时地肯定化学和生物交叉的工作，比较常见的是生物化学和生物物理学的工作，有时也给分子生物学。
从2003到2009之间7年的诺贝尔化学奖，有5年给生物学研究：2003年钾通道的结构和水通道，2004年蛋白质降解，2006年基因转录的结构生物学研究，2008年绿色荧光蛋白，2009年合成蛋白质的核糖体结构。
结构生物学占了很大比重（2003、2006、2009）。
我们也知道：诺贝尔化学奖委员会经常犯错误，不该给的他们给了、该给的他们没给，两种错误都犯过。
2003年，不应该奖水通道的发现，因为并不足够突出：不是第一个通道（是第几十个通道）、也无特殊性。
2006年，化学家们只重视自己懂的，而忽略了同一科学领域中偏生物、但更重要的工作。基因转录领域，有两项工作的重要性毫无疑问高于解出转录因子的X线晶体结构：发现第一个转录因子（Mark Ptashne）、发现RNA多聚酶（Robert Roeder）。但诺贝尔化学奖委员会过分强调结构而忽略了转录领域中更重要的生物学工作。
基本可以放心：化学奖委员会一如既往地跨界出现错误，既不是第一次，... 阅读全帖 |
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j**********k
发帖数: 296 | 42 这篇算是应景之作，正搞百年校庆的世界一流大学前两天刚有群做结构的牛们去捧场，
包括stanford那个做gpcr的。
是生物化学和生物物理学的工作，有时也给分子生物学。
和水通道，2004年蛋白质降解，2006年基因转录的结构生物学研究，2008年绿色荧光蛋
白，2009年合成蛋白质的核糖体结构。
给，两种错误都犯过。
通道）、也无特殊性。
作。基因转录领域，有两项工作的重要性毫无疑问高于解出转录因子的X线晶体结构：
发现第一个转录因子（Mark Ptashne）、发现RNA多聚酶（Robert Roeder）。但诺贝尔
化学奖委员会过分强调结构而忽略了转录领域中更重要的生物学工作。
后一次。 |
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c****l
发帖数: 1086 | 43 饶毅在aquaporin的受奖上有失偏颇，他说的“2003年，不应该奖水通道的发现，因为
并不足够突出：不是第一个通道（是第几十个通道）、也无特殊性。”只是他的个人看
事物的角度，根本不客观。
个人觉得诺贝尔奖委员会的出发点是从概念上的革新，因为在aquaporin发现之前，
dogma都是认为“For many years, scientists assumed that water leaked through the cell membrane”，“In most cells, water moves in and out by osmosis through the
lipid component of cell membranes.” 而aquaporin的发现是首次对此概念的彻底革
新，之前尽管有hypothesis但都没有找到直接的证据。所以诺贝尔奖委员会发奖给
aquaporin根本就不是因为其结构。
所以饶毅只知道批评诺奖委员会，自已也只是半桶水，有其自己局限性。
是生物化学和生物物理学的工作，有时也给分子生物学。
和水通道，2004年蛋白质降解，2006年基因转录... 阅读全帖 |
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j*b
发帖数: 341 | 44 诺奖可以休矣！年年发下去，只能是越来越水，哪有那么多NB工作。
另外，这饶毅整天念叨这个奖，是不是有点太抬举它了，而且也太娱乐化了。
这个做科研的动机到底是个啥？！
是生物化学和生物物理学的工作，有时也给分子生物学。
和水通道，2004年蛋白质降解，2006年基因转录的结构生物学研究，2008年绿色荧光蛋
白，2009年合成蛋白质的核糖体结构。
给，两种错误都犯过。
通道）、也无特殊性。
作。基因转录领域，有两项工作的重要性毫无疑问高于解出转录因子的X线晶体结构：
发现第一个转录因子（Mark Ptashne）、发现RNA多聚酶（Robert Roeder）。但诺贝尔
化学奖委员会过分强调结构而忽略了转录领域中更重要的生物学工作。
后一次。 |
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x*****o
发帖数: 441 | 45 饶毅为什么不说2009年ribosome得也有该给得没给呢，怕得罪Steitz？
是生物化学和生物物理学的工作，有时也给分子生物学。
和水通道，2004年蛋白质降解，2006年基因转录的结构生物学研究，2008年绿色荧光蛋
白，2009年合成蛋白质的核糖体结构。
给，两种错误都犯过。
通道）、也无特殊性。
作。基因转录领域，有两项工作的重要性毫无疑问高于解出转录因子的X线晶体结构：
发现第一个转录因子（Mark Ptashne）、发现RNA多聚酶（Robert Roeder）。但诺贝尔
化学奖委员会过分强调结构而忽略了转录领域中更重要的生物学工作。
后一次。 |
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s*********t
发帖数: 600 | 46 一个可能的诺贝尔化学奖
我们知道：诺贝尔化学奖委员会，不时地肯定化学和生物交叉的工作，比较常见的是生物化学和生物物理学的工作，有时也给分子生物学。
从2003到2009之间7年的诺贝尔化学奖，有5年给生物学研究：2003年钾通道的结构和水通道，2004年蛋白质降解，2006年基因转录的结构生物学研究，2008年绿色荧光蛋白，2009年合成蛋白质的核糖体结构。
结构生物学占了很大比重（2003、2006、2009）。
我们也知道：诺贝尔化学奖委员会经常犯错误，不该给的他们给了、该给的他们没给，两种错误都犯过。
2003年，不应该奖水通道的发现，因为并不足够突出：不是第一个通道（是第几十个通道）、也无特殊性。
2006年，化学家们只重视自己懂的，而忽略了同一科学领域中偏生物、但更重要的工作。基因转录领域，有两项工作的重要性毫无疑问高于解出转录因子的X线晶体结构：发现第一个转录因子（Mark Ptashne）、发现RNA多聚酶（Robert Roeder）。但诺贝尔化学奖委员会过分强调结构而忽略了转录领域中更重要的生物学工作。
基本可以放心：化学奖委员会一如既往地跨界出现错误，既不是第一次，... 阅读全帖 |
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c****l
发帖数: 1086 | 47 饶毅在aquaporin的受奖上有失偏颇，他说的“2003年，不应该奖水通道的发现，因为
并不足够突出：不是第一个通道（是第几十个通道）、也无特殊性。”只是他的个人看
事物的角度，根本不客观。
个人觉得诺贝尔奖委员会的出发点是从概念上的革新，因为在aquaporin发现之前，
dogma都是认为“For many years, scientists assumed that water leaked through the cell membrane”，“In most cells, water moves in and out by osmosis through the
lipid component of cell membranes.” 而aquaporin的发现是首次对此概念的彻底革
新，之前尽管有hypothesis但都没有找到直接的证据。所以诺贝尔奖委员会发奖给
aquaporin根本就不是因为其结构。
所以饶毅只知道批评诺奖委员会，自已也只是半桶水，有其自己局限性。
是生物化学和生物物理学的工作，有时也给分子生物学。
和水通道，2004年蛋白质降解，2006年基因转录... 阅读全帖 |
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j*b
发帖数: 341 | 48 诺奖可以休矣！年年发下去，只能是越来越水，哪有那么多NB工作。
另外，这饶毅整天念叨这个奖，是不是有点太抬举它了，而且也太娱乐化了。
这个做科研的动机到底是个啥？！
是生物化学和生物物理学的工作，有时也给分子生物学。
和水通道，2004年蛋白质降解，2006年基因转录的结构生物学研究，2008年绿色荧光蛋
白，2009年合成蛋白质的核糖体结构。
给，两种错误都犯过。
通道）、也无特殊性。
作。基因转录领域，有两项工作的重要性毫无疑问高于解出转录因子的X线晶体结构：
发现第一个转录因子（Mark Ptashne）、发现RNA多聚酶（Robert Roeder）。但诺贝尔
化学奖委员会过分强调结构而忽略了转录领域中更重要的生物学工作。
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