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发帖数: 911 | 1 1. DNA一端固定在玻片上, 另外一锻悬挂磁球. 磁场中磁矩和场的相互作用能是:
U=-m \dot B, 于是bead上的力是F=Gradient[m \dot B].
若磁场方向固定(z方向),且磁矩是常量, F=m_{z}*Grad[B].
可见力是沿磁场强度的梯度方向.
2. 显微镜镜可以测量z方向拉伸的长度, 和x-y平面上磁球的运动. 若x-y平面上
磁球的横向fluctuation幅度相比DNA长度是小量, 其运动就是x-y平面的简谐
运动. x-y平面磁力分量是F_{t}=F*Sin[w]=F*w=F*r/L=(F/L)*r, 其中L是DNA当前长度,
r是x-y平面径向长度. 作为谐振子, (F/L)就是弹簧的force constant k, 弹簧能量
大家都知道的, 是(1/2)*k*r^2. 这个能量来自热激发, 于是根据热力学能量均分定理,
(1/2)*k*r^2=(1/2) K_{B}*T, 最后得到关系:
(F/L)=(K_{B}*T)/r^2
其中K_{B}是所谓Boltzmann常数, T是绝对温度, 室温大概是300(开耳文). 于是测量L
和r^ | s***e
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DNA弹性是很关键的.150 bp以下的DNA很难弯曲. 所以要形成一个核小体, core
histone protein需要作许多功来弯曲DNA. 不过现在这几个新实验表明, 弯曲150bp以
下的DNA比从前认为的要容易许多.
缺陷的意思是, DNA局部因为某种结构变化, 比B-DNA更软. Melting是指几个被破坏的
bae pairs. 破坏h-bond需要能量. 所以这是一种激发缺陷.
量>
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现实DNA的弹性在200 bp以下不能用传统的弹性模型描述. 具体表现上是变得"更软".
DNA更容易被弯曲, 所以looping需要的能量更小. |
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