b**e
发帖数: 120 | 1 没有接触过这方面东西，不知从何下手
要比较和分析m_STAT3野生型和一个mutant之间蛋白三维结构有没有差异性，用什么
软件可以分析得到？怎么个弄法？我现在只有氨基酸序列。
自己网上看了，用了一些program均无果而终，请教大家,谢谢！ |
H*g
发帖数: 2333 | 2 So what homology modeling software/tools have you tried?
(sorry couldn't type in Chinese in the lab) |
b**e
发帖数: 120 | 3 swiss pdb viewer,thanks!
【在 H*g 的大作中提到】
: So what homology modeling software/tools have you tried?
: (sorry couldn't type in Chinese in the lab)
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p****r
发帖数: 38 | 4 you can use modeller for modeling based on know structure
http://www.salilab.org/modeller/ |
b**e
发帖数: 120 | 5 这个貌似界面很复杂
【在 p****r 的大作中提到】
: you can use modeller for modeling based on know structure
: http://www.salilab.org/modeller/
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J****0
发帖数: 2400 | 6 这个貌似没有界面，只提供一堆函数，结构模型得靠你自己写script算。
【在 b**e 的大作中提到】
: 这个貌似界面很复杂
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J****0
发帖数: 2400 | 7 UCSF Chimera的structure alignment功能.
【在 b**e 的大作中提到】
: 这个貌似界面很复杂
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f**********e
发帖数: 1994 | 8 界面是 python. 如果是 indel 很少，>50% seq id 的 homologue, 20内行搞定。
用它 automodel 的模块就行了。
【在 J****0 的大作中提到】
: 这个貌似没有界面，只提供一堆函数，结构模型得靠你自己写script算。
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J****0
发帖数: 2400 | 9 如果不想自己写script，可以用discovery studio （1.6以上）的modeller模块。那个
有图形用户界面，不过不是免费的。
Chimera的structure alignment功能直观显示。
【在 J****0 的大作中提到】
: UCSF Chimera的structure alignment功能.
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J********n
发帖数: 534 | 10 swiss model最适合新手用了。
选用“Automatic Modelling Mode”，然后软件会在PDB中找最适合的template。
http://swissmodel.expasy.org/ |
C*******e
发帖数: 4348 | 11 像楼上好多人说的，swiss model很好用
另外你提供的信息太少了
你的两个蛋白都没有结构还是有一个有（wt）一个没有(mutant)？
另外这个mutant是只有一个aa变化么？
如果wt有结构，Mutant只是改变了一个，或者几个aa
可以用wincoot
打开wt的pdb文件，用“simple mutate”改变你要改的aa，然后对于这个改后的aa选
择“rotamer”看看有哪些不同的构象有可能，弄好了以后存成pdb文件，用你平时看蛋
白结构的软件打
开，和wt进行比较，比如电荷分布有没有大的不一样啊什么的。
【在 b**e 的大作中提到】
: 这个貌似界面很复杂
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