b**e 发帖数: 120 | 1 没有接触过这方面东西,不知从何下手
要比较和分析m_STAT3野生型和一个mutant之间蛋白三维结构有没有差异性,用什么
软件可以分析得到?怎么个弄法?我现在只有氨基酸序列。
自己网上看了,用了一些program均无果而终,请教大家,谢谢! |
H*g 发帖数: 2333 | 2 So what homology modeling software/tools have you tried?
(sorry couldn't type in Chinese in the lab) |
b**e 发帖数: 120 | 3 swiss pdb viewer,thanks!
【在 H*g 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : So what homology modeling software/tools have you tried? : (sorry couldn't type in Chinese in the lab)
|
p****r 发帖数: 38 | 4 you can use modeller for modeling based on know structure
http://www.salilab.org/modeller/ |
b**e 发帖数: 120 | 5 这个貌似界面很复杂
【在 p****r 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : you can use modeller for modeling based on know structure : http://www.salilab.org/modeller/
|
J****0 发帖数: 2400 | 6 这个貌似没有界面,只提供一堆函数,结构模型得靠你自己写script算。
【在 b**e 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 这个貌似界面很复杂
|
J****0 发帖数: 2400 | 7 UCSF Chimera的structure alignment功能.
【在 b**e 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 这个貌似界面很复杂
|
f**********e 发帖数: 1994 | 8 界面是 python. 如果是 indel 很少,>50% seq id 的 homologue, 20内行搞定。
用它 automodel 的模块就行了。
【在 J****0 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 这个貌似没有界面,只提供一堆函数,结构模型得靠你自己写script算。
|
J****0 发帖数: 2400 | 9 如果不想自己写script,可以用discovery studio (1.6以上)的modeller模块。那个
有图形用户界面,不过不是免费的。
Chimera的structure alignment功能直观显示。
【在 J****0 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : UCSF Chimera的structure alignment功能.
|
J********n 发帖数: 534 | 10 swiss model最适合新手用了。
选用“Automatic Modelling Mode”,然后软件会在PDB中找最适合的template。
http://swissmodel.expasy.org/ |
C*******e 发帖数: 4348 | 11 像楼上好多人说的,swiss model很好用
另外你提供的信息太少了
你的两个蛋白都没有结构还是有一个有(wt)一个没有(mutant)?
另外这个mutant是只有一个aa变化么?
如果wt有结构,Mutant只是改变了一个,或者几个aa
可以用wincoot
打开wt的pdb文件,用“simple mutate”改变你要改的aa,然后对于这个改后的aa选
择“rotamer”看看有哪些不同的构象有可能,弄好了以后存成pdb文件,用你平时看蛋
白结构的软件打
开,和wt进行比较,比如电荷分布有没有大的不一样啊什么的。
【在 b**e 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 这个貌似界面很复杂
|