g*********d
发帖数: 233 | 1 夏荣辉，李江
上海交通大学医学院，上海（200011）
E-mail：e******[email protected]
摘 要：基因的表观遗传学修饰正越来越受到人们的重视，它包括DNA甲基化和组蛋白修
饰，组蛋白修
饰又包括组蛋白乙酰化和组蛋白甲基化。基因的表观遗传学改变在基因转录调节方面有
重要作用。最
近研究较多的是多种组蛋白修饰方式和DNA甲基化在基因转录调节方面的共同作用，本
文详述组蛋白
修饰和DNA甲基化的发生机制，并且总结了组蛋白乙酰化和组蛋白甲基化与DNA甲基化之
间的相互作
用，提示不同位点的组蛋白甲基化与DNA甲基化共同作用于基因转录，并且发挥不同的
作用，具体体
现在组蛋白乙酰化、组蛋白H3K9、H3K27和H4K20甲基化与DNA甲基化协同作用，使基因
发生转录抑
制，而组蛋白H3K4甲基化与基因转录激活有关。
关键词：组蛋白修饰；DNA甲基化；关系
1. 引 言
目前，在研究肿瘤发生发展的过程中，基因的表观遗传学修饰所起的作用日益得到人们
的重视。组蛋
白修饰和DNA甲基化是两种最重要的表观遗传学修饰方式。研究表明，人类几乎所有类
型的肿瘤都存
在组蛋白及DNA甲基化的异常... 阅读全帖 |
|
g*********d
发帖数: 233 | 2 目前表观遗传学(Epigenetics)通常被定义为基因表达通过有丝分裂或减数分裂发生了
可遗传的改变, 而DNA 序列不发生改变[1, 2]。表观遗传学的机
制主要包括DNA 甲基化、组蛋白修饰及非编码RNA。DNA 甲基化(DNA methylation)是指
在DNA甲基转移酶(DNA-methyltransferases, DNMTs)的催化下, CpG 二核苷酸中的胞嘧
啶被选择性地添加甲基, 形成5-甲基胞嘧啶[3, 4]。DNA 甲基转移酶有两种, 其中
DNMT1 主要起维持甲基化的作用, 能使半甲基化的DNA 双链分子上与甲基胞嘧啶相对应
的胞嘧啶甲基化, 可参与DNA 复制双链中新合成链的甲基化[5]; 而DNMT3a 和DNMT3b
主要起形成甲基化的作用, 能在未发生甲基化的DNA 双链上进
行甲基化[6]。DNA 甲基化一般与基因的沉默相关,DNA 去甲基化则与基因的活化相关[7
~9]。
组蛋白修饰(Histone modifications) 是指组蛋白的基础氨基末端尾部突出于核小体,
常在转录后发生变化, 包括甲基化、乙酰化、磷酸化和泛素化等翻译后的修饰... 阅读全帖 |
|
h***e
发帖数: 20195 | 3 【 以下文字转载自 FleaMarket 讨论区 】
发信人: honde (天地有正气，杂然赋流形), 信区: FleaMarket
标 题: 鱼精蛋白民间价暴涨300倍 多地缺货停心脏手术 (转载)
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Sep 26 20:55:14 2011, 美东)
发信人: brihand (brihand), 信区: Military
标 题: 鱼精蛋白民间价暴涨300倍 多地缺货停心脏手术
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Sep 26 18:18:34 2011, 美东)
鱼精蛋白民间价暴涨300倍 多地缺货停心脏手术
http://www.sina.com.cn 2011年09月27日02:03 中国经济周刊
患者：“这种药既不难做，又不贵，为什么买不到？”
医院：“就是因为太便宜了，才买不到。”
药企：“啊！全国就我们一家在做这种药！”
相关部门：“药品停产属企业的市场行为，我们将该情况向有关业务单位汇报后，
方可给出答复。”
“救心药”鱼精蛋白民间价格暴涨300多倍
药，廉价也是一种错？
《中国经济周刊》记者 李妍|北京报道
“... 阅读全帖 |
|
发帖数: 1 | 4 ·方舟子·
我以前科普过，宫颈癌基本上都是由人乳头状瘤病毒（HPV）导致的，可以
通过接种HPV疫苗预防。如果已经被HPV感染了，就没有清除HPV的办法，只能等
人体免疫系统自己将其清除。在所有的HPV感染中，大约90%会在两年内痊愈，所
有的病毒都会被清除干净，但是有10%的HPV感染，HPV的基因会结合进细胞的基
因组，成为细胞的一部分，这时候就没法被免疫系统清除，也没有药物能够清除，
只能是定期做宫颈癌筛查，即时发现癌变加以治疗。
有国内医生向我反映，我才知道我真是“孤陋寡闻”，国内早就有了能够清
除HPV的神药，“这个东西现在非常火，火到什么程度？医院的医生只要发现HPV
阳性就开，一次治疗费用几万，效果却并非宣扬的那样好。北京协和郎景和院士
和301医院孟元光为该产品站台，又加上姜世勃姜千人，这个公司靠这个要上市。
协和每个月开3000多支，百万的销量。”不禁引起我的兴趣，这是什么神药，居
然号称能够清除HPV，而且还有大名鼎鼎的协和医院和301医院的大名鼎鼎的妇产
科权威为其站台，让患者不信都不行。
这种神药叫做“抗HPV生物蛋白敷... 阅读全帖 |
|
p****y
发帖数: 23737 | 5 http://tw.myblog.yahoo.com/yogihouse123/article?mid=688&prev=69
我們曾聽信於一種錯誤的理論，即：人必須吃肉食才能健康。五十年代，科學家們曾將
肉類蛋白列為“頭等”，而將植物蛋白列為“次等”。現在，這種觀點已被徹底否定。
科學家們發現，植物蛋白與肉類蛋白的價值完全相同。兩者無優劣之分。
素食含有豐富的蛋白質。谷物的蛋白質含量一般為8-12%；許多堅果、果仁和豆類約在
30%上下；黃豆（既大豆）竟高達40%。約為肉類的2倍（最瘦的牛排也只含20%的可用蛋
白）。
蛋白質的主要功能是構成人體組織，以及合成各種??，激素和抗體等。構成蛋白質的基
本原素是氨基酸，其種類共20種。人體所必需的氨基酸有8種。營養學家們認為，人體
對食物蛋白中每一種氨基酸的需要量是不同的，也就是說，我們必須按照某種“比例”
吃進各種氨基酸，否則的話，某些氨基酸可能會不足，而另一些氨基酸可能會因過多而
浪費掉。這個所謂的“比例”被稱之為人體對氨基酸的需求模式。食物蛋白中所含各種
氨基酸的比例愈接近於這個模式，則其營養價值就愈高，反之，則愈低。當某種食物蛋
... 阅读全帖 |
|
b*****d
发帖数: 61690 | 6 鱼精蛋白民间价暴涨300倍 多地缺货停心脏手术
http://www.sina.com.cn 2011年09月27日02:03 中国经济周刊
患者：“这种药既不难做，又不贵，为什么买不到？”
医院：“就是因为太便宜了，才买不到。”
药企：“啊！全国就我们一家在做这种药！”
相关部门：“药品停产属企业的市场行为，我们将该情况向有关业务单位汇报后，
方可给出答复。”
“救心药”鱼精蛋白民间价格暴涨300多倍
药，廉价也是一种错？
《中国经济周刊》记者 李妍|北京报道
“这几个病房的患者都是做心脏外科手术的，都因为缺这个药(鱼精蛋白)等着呢，
医院都停做手术了，只有紧急抢救的才能做，像我们这样没有生命危险的都得等着。”
李阿姨靠坐在病床上，唉声叹气。
她的手术已经一拖再拖，却仍然遥遥无期。“这要等到什么时候啊？住一天院就要
花好几百块钱啊！”李阿姨越来越焦急。
今年7月底开始，李阿姨就在北京的安贞医院排队，等待做心脏瓣膜置换手术，可
万万没有想到，这一等，竟等了近两个月。“医院一直没有药，手术根本安排不了，我
们也想了很多办法，都行不通。”李阿姨的儿子曾联系北京市的其他医院，希望能安排... 阅读全帖 |
|
M*V
发帖数: 3205 | 7 鱼精蛋白民间价暴涨300倍 多地缺货停心脏手术
http://www.sina.com.cn
患者：“这种药既不难做，又不贵，为什么买不到？”
医院：“就是因为太便宜了，才买不到。”
药企：“啊！全国就我们一家在做这种药！”
相关部门：“药品停产属企业的市场行为，我们将该情况向有关业务单位汇报后，
方可给出答复。”
“救心药”鱼精蛋白民间价格暴涨300多倍
药，廉价也是一种错？
《中国经济周刊》记者 李妍|北京报道
“这几个病房的患者都是做心脏外科手术的，都因为缺这个药(鱼精蛋白)等着呢，
医院都停做手术了，只有紧急抢救的才能做，像我们这样没有生命危险的都得等着。”
李阿姨靠坐在病床上，唉声叹气。
她的手术已经一拖再拖，却仍然遥遥无期。“这要等到什么时候啊？住一天院就要
花好几百块钱啊！”李阿姨越来越焦急。
今年7月底开始，李阿姨就在北京的安贞医院排队，等待做心脏瓣膜置换手术，可
万万没有想到，这一等，竟等了近两个月。“医院一直没有药，手术根本安排不了，我
们也想了很多办法，都行不通。”李阿姨的儿子曾联系北京市的其他医院，希望能安排
手术，但得到的答复都一样：“缺鱼精蛋白，做不了。”
... 阅读全帖 |
|
h***e
发帖数: 20195 | 8 【 以下文字转载自 Military 讨论区 】
发信人: brihand (brihand), 信区: Military
标 题: 鱼精蛋白民间价暴涨300倍 多地缺货停心脏手术
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Sep 26 18:18:34 2011, 美东)
鱼精蛋白民间价暴涨300倍 多地缺货停心脏手术
http://www.sina.com.cn 2011年09月27日02:03 中国经济周刊
患者：“这种药既不难做，又不贵，为什么买不到？”
医院：“就是因为太便宜了，才买不到。”
药企：“啊！全国就我们一家在做这种药！”
相关部门：“药品停产属企业的市场行为，我们将该情况向有关业务单位汇报后，
方可给出答复。”
“救心药”鱼精蛋白民间价格暴涨300多倍
药，廉价也是一种错？
《中国经济周刊》记者 李妍|北京报道
“这几个病房的患者都是做心脏外科手术的，都因为缺这个药(鱼精蛋白)等着呢，
医院都停做手术了，只有紧急抢救的才能做，像我们这样没有生命危险的都得等着。”
李阿姨靠坐在病床上，唉声叹气。
她的手术已经一拖再拖，却仍然遥遥无期。“这要等到什么时候啊？住一... 阅读全帖 |
|
p****n
发帖数: 9263 | 9 【 以下文字转载自 Military 讨论区 】
发信人: brihand (brihand), 信区: Military
标 题: 鱼精蛋白民间价暴涨300倍 多地缺货停心脏手术
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Sep 26 18:18:34 2011, 美东)
鱼精蛋白民间价暴涨300倍 多地缺货停心脏手术
http://www.sina.com.cn 2011年09月27日02:03 中国经济周刊
患者：“这种药既不难做，又不贵，为什么买不到？”
医院：“就是因为太便宜了，才买不到。”
药企：“啊！全国就我们一家在做这种药！”
相关部门：“药品停产属企业的市场行为，我们将该情况向有关业务单位汇报后，
方可给出答复。”
“救心药”鱼精蛋白民间价格暴涨300多倍
药，廉价也是一种错？
《中国经济周刊》记者 李妍|北京报道
“这几个病房的患者都是做心脏外科手术的，都因为缺这个药(鱼精蛋白)等着呢，
医院都停做手术了，只有紧急抢救的才能做，像我们这样没有生命危险的都得等着。”
李阿姨靠坐在病床上，唉声叹气。
她的手术已经一拖再拖，却仍然遥遥无期。“这要等到什么时候啊？住一... 阅读全帖 |
|
o***s
发帖数: 42149 | 10 前晚，“烧伤超人阿宝”的一条微博引发广泛关注。网络截图
前晚，北京积水潭医院烧伤科主治医师“烧伤超人阿宝”通过微博表示，所有口服胶原蛋白保健品“全是骗人的”，引发热议。朝阳医院皮肤科专家曹梅称，胶原蛋白通过消化道途径很难作用于皮肤。
医生称口服胶原“无效最好”
昨日，北京积水潭医院烧伤科主治医师“烧伤超人阿宝”的微博得到了不少医务工作者的声援。“急诊科女超人于莺”转发表示“大家就别再浪费钱了”；有营养学研究人员称，胶原蛋白是动物蛋白中质量最差的蛋白，摄入过多会增加肾脏负担。
截至昨日18时，该微博已在20小时内被转发31601次。有网友称服胶原蛋白“有效果”，“烧伤超人阿宝”表示，“吃高价胶原蛋白(肽)美容，无效是最好的结果，如果有效反而危险，因为里面几乎肯定添加了雌激素。”
北京朝阳医院皮肤科专家曹梅认为，该说法可能有些绝对，但胶原蛋白通过消化道吸收的途径确实不可靠，不太可能因此达到美容效果。
网售口服胶原价格迥异
近年来，作为保健、美容产品，市面上不断出现口服胶原蛋白类产品。据媒体报道，2002年，作为国际美容界的首创，口服胶原蛋白食品研制成功。目前，市场上口服胶原蛋白有多种剂型，... 阅读全帖 |
|
c***s
发帖数: 70028 | 11 央视新闻 :【焦点访谈：胶原蛋白是谎言】不论杨幂、范冰冰或者哪位“女神”来代言，口服胶原蛋白能美肤是个谎言；不论是FANCL还是更贵的牌子，口服胶原蛋白能美肤是个谎言；不论你信不信，真相就在这里。
北京积水潭医院烧伤科主治医师“烧伤超人阿宝”通过微博表示，所有口服胶原蛋白保健品“全是骗人的”，引发热议。朝阳医院皮肤科专家曹梅称，胶原蛋白通过消化道途径很难作用于皮肤。 医生称口服胶原“无效最好”
昨日，北京积水潭医院烧伤科主治医师“烧伤超人阿宝”的微博得到了不少医务工作者的声援。“急诊科女超人于莺”转发表示“大家就别再浪费钱了”；有营养学研究人员称，胶原蛋白是动物蛋白中质量最差的蛋白，摄入过多会增加肾脏负担。
截至昨日18时，该微博已在20小时内被转发31601次。有网友称服胶原蛋白“有效果”，“烧伤超人阿宝”表示，“吃高价胶原蛋白（肽）美容，无效是最好的结果，如果有效反而危险，因为里面几乎肯定添加了雌激素。”
北京朝阳医院皮肤科专家曹梅认为，该说法可能有些绝对，但胶原蛋白通过消化道吸收的途径确实不可靠，不太可能因此达到美容效果。
网售口服胶原价格迥异
近年来，作为保健、美容产品，市面上... 阅读全帖 |
|
c********n
发帖数: 225 | 12 第五篇 Tag! You’re it.
这篇回顾一下用His-tag纯化蛋白带来的一些花絮。
每个蛋白都有自己的脾气，所以表达和纯化他们其实就有点像cooking，从原材料的准
备，配方到调味，把握火候，最后色香味俱全才可能成为一道佳肴 – 对于蛋白就是要
达到有其对应的生物活性了。每每看到“保证型”蛋白表达服务的宣传，心里笑一下，
然后就会想到自己的一个“秘密武器” – 有一个融合蛋白确实可以达到几乎100%的高
效表达， 只是都在包涵体里。从另一方面来讲，如果没有时间和经费的限制，确实每
一个蛋白只要花功夫去做，最后都能达到100%成功率,得到有生物活性的终产物。
大部分人的时间和经费都有限，也不是每一个人都有耐心或有必要成为大厨， 那么就
有了purification tag。 His-tag是个经典。说起Histidine这个氨基酸，它的
imidazole side chain的pKa在6左右，这个特性让Histidine成为很多酶的活性中心的
一个重要组分， 这方面这次就不多讲了；另一方面，histidine也是个很好的metal
chelator， 是很多metallop... 阅读全帖 |
|
发帖数: 1 | 13 新型冠状病毒2019-nCov的爆发引起了人们对于此突发性公共卫生事件的高度关注。冠
状病毒的刺突糖蛋白（Spike glycoprotein, S glycoprotein）是疫苗、治疗性抗体的
研发以及临床诊断的关键靶点。
为了协助对该流行性疾病进行医学防护措施研发，2020年2月15日，美国卫生总署(NIH)
与德克萨斯大学奥斯汀分校Jason S. McLellan研究组（McLellan组在病毒结构方面做
了很多重要的工作，包括MERS等，有着丰富的经验）进行合作在预印版平台bioRxiv发
表文章Cryo-EM Structure of the 2019-nCoV Spike in the Prefusion Conformation
，利用冷冻电镜技术分析了新型冠状病毒表面S蛋白的近原子结构。另外作者们通过生
物物理以及结构方面的证据发现，SARS-CoV-2的S蛋白结合人体ACE2（宿主细胞受体血
管紧张素转化酶2）【1,2】的亲和力要远高于SARS-CoV的S蛋白，解释了新型冠状病毒
传染性之强的主要原因。
新型冠状病毒是会引发发热、严重呼吸道疾病及肺炎的人传人的病原... 阅读全帖 |
|
d*****r
发帖数: 5934 | 14 彻底摧跨SARS病毒，靶点必须对准病毒蛋白。中国科学家已成功克隆SARS病毒的6个主要
蛋白基因，并成功完成SARS病毒中3个主要蛋白的表达。这是继SARS病毒分离成功和病毒
全基因组测序成功之后，科学家对SARS病毒研究取得的又一重要阶段性成果。
中国科学院上海生命科学研究院院长裴钢16日宣布：经过这个研究院多个研究所的联合
攻关，研究人员成功克隆了SARS病毒中的S、M、N、E及RNA聚合酶、(3CL)蛋白水解酶等
6种主要蛋白基因，并在病毒重要蛋白质基因的表达、分离、纯化实验中，获得了SARS病
毒中E蛋白、N蛋白和(3CL)蛋白水解酶三种蛋白的表达样品，表达样品已进行药物虚拟筛
选。
科学家从实验中发现， SARS病毒颗粒周围环绕着像日冕一样的圆环，圆环之上和外壳表
面分布着大大小小的蛋白。但是对感染患病起重要作用的可能是6种关键蛋白：E蛋白、
S蛋白、M蛋白、N蛋白、多聚酶和（3CL）蛋白水解酶。
据研究人员介绍：E蛋白是小的包膜相关蛋白，在冠状病毒的自我组装过程中起至关重要
的作用；N蛋白是冠状病毒中一种重要的结构蛋白、含有其它冠状病毒N蛋白中不存在核
转移的信号序列，研究 |
|
s******c
发帖数: 331 | 15 这个，首先水溶蛋白和膜蛋白并没有本质上不同，膜蛋白结构容易发好文章也是因为膜
蛋白结构很少，重要功能的或者说直接跟疾病药物相关的膜蛋白80%以上都没有结构信
息，就像早期可容蛋白的结构也容易发好文章一样，另外，膜蛋白如果可以去用EM做，
那么没有任何理由水溶蛋白不行，还是因为膜蛋白的结构信息少，所以EM的技术手段有
突破就很快用到膜蛋白上，还有，用EM去做膜蛋白结构还有很多壁垒，分子量小的（低
于100kd）没有对称性的膜蛋白仍然没有高分辨率em结构，而且对于小的membrane
protein，detergent对于电镜密度仍然影响很大，不是每个膜蛋白都可以适应amphipol
，最后，即便再过很多年em最后可以做很多膜蛋白结构，基于电子衍射的局限，仍然不
肯能到达x ray的极限分辨率，这点对于很多需要高分辨率的结构比如阐明小分子药物
结合的科学问题还是很大的不足，当然如果你的工作是paper oriented不是question
oriented可能不care，反正这个结构不行就做另外一个结构。
实际上单纯追求膜蛋白结构数量的实验室也不多见，各种结构技术手段的突破对于多数
研究膜... 阅读全帖 |
|
k****a
发帖数: 83 | 16 大家好。我是新手，老板让我一个人完成一个小课题，就是看A蛋白和B蛋白的作用位点
。已经证实了A蛋白和B蛋白能够Bind,但是接下来就是让我证明B蛋白是bind在A蛋白的
哪个部分。
现在老板让我纯化蛋白，然后再让我做这个证明。因为我以前没有做过这方面的东西，
所以有点晕。我查看了文献，发现用Immunoprecipitation是可以证明A蛋白和B蛋白是
否bind的。
现在，我想如果在A蛋白上做过mutation，是其某一部分失活，而另一部分正常，我想
应该也可以证明B蛋白结合到A蛋白哪个部分的问题吧。或者是用放射性物质标记B蛋白
，然后两者结合后再看放射性物质是在A蛋白的哪个部分。
我的问题是，我发现文献上的immunoprecipitation都是细胞里面做的。但是现在我老
板让我纯化蛋白，我想问一下，纯化后的蛋白怎么做这个protein protein
interaction.
问题很幼稚。先谢谢大家。 |
|
c********n
发帖数: 225 | 17 谈谈和蛋白打交道的日子 （一）
序
笔者已经做了多年和蛋白相关的科研与服务，产品研发生产以及产业化。在这里分享一
下与蛋白打交道这些年带来的一些感想。其实所有的科学研究都是用来解决人类已经和
即将遇到的各种各样的问题的，只有解决了问题才会有更大的存在价值。
第一篇 DNA测序， Sanger Style - 纪念Frederick Sanger
2013年11月20号，Frederick Sanger 去世了， 享年95岁。Sanger是DNA测序之父，获
得过两次诺贝尔奖， 一个是1958年蛋白测序， 另一个是1980年DNA测序。虽然DNA结构
发现的比蛋白晚， 但毕竟是genetic code，master script。ATCG四个碱基的组合比蛋
白的20个氨基酸的天文数字组合可更容易研究找规律了。人天生就是个好奇的动物，
最喜欢找规律, 尤其喜欢从简单的地方入手，所以围绕DNA的研究在Watson-Crick的碱
基配对这个简单地规律被发现以后，起来的就比蛋白快了很多。其实DNA和蛋白， 就像
是帅才和将才， 他们的用处是不同的，需要出色的帅才（DNA）订好了方向，能干的将... 阅读全帖 |
|
c********n
发帖数: 225 | 18 谈谈和蛋白打交道的日子 （一）
序
笔者已经做了多年和蛋白相关的科研与服务，产品研发生产以及产业化。在这里分享一
下与蛋白打交道这些年带来的一些感想。其实所有的科学研究都是用来解决人类已经和
即将遇到的各种各样的问题的，只有解决了问题才会有更大的存在价值。
第一篇 DNA测序， Sanger Style - 纪念Frederick Sanger
2013年11月20号，Frederick Sanger 去世了， 享年95岁。Sanger是DNA测序之父，获
得过两次诺贝尔奖， 一个是1958年蛋白测序， 另一个是1980年DNA测序。虽然DNA结构
发现的比蛋白晚， 但毕竟是genetic code，master script。ATCG四个碱基的组合比蛋
白的20个氨基酸的天文数字组合可更容易研究找规律了。人天生就是个好奇的动物，
最喜欢找规律, 尤其喜欢从简单的地方入手，所以围绕DNA的研究在Watson-Crick的碱
基配对这个简单地规律被发现以后，起来的就比蛋白快了很多。其实DNA和蛋白， 就像
是帅才和将才， 他们的用处是不同的，需要出色的帅才（DNA）订好了方向，能干的将... 阅读全帖 |
|
c********n
发帖数: 225 | 19 谈谈和蛋白打交道的日子 （六）
引子
以前常和朋友谈起什么行业就业机会多，有长期稳定发展的潜力。翻来覆去后总结的是
，围绕着“生老病死，衣食住行”就靠谱。说到饮食，应个景，《舌尖上的中国》II谈
到了饮食与人文的关系，也用到了一些科学名词，比较煽情。而我比较喜欢的一档美国
cooking show，是Alton Brown在Food Network的“Good Eats”节目, 真正的touch了
一些美食背后的科学小常识, 做到了寓教于乐，fun。这篇就讲讲和食品相关的一些体
会吧。
第六篇 舌尖上的冒险
我们这里对于牛奶， 奶酪， 冰激凌等的要求是较高的。 对于我，尤其钟情冰激凌。
学校食品系研究生们的课题经常涉及各种口味和口感的冰激凌。他们常做的一个实验是
大众品尝评分， 就是给体验者每次几个相似的样品和一张问卷， 给各项指标（比如口
味，口感，甜度，等等）打分。 一般都安排在春季学期的尾巴和秋季学期的开始，大
约在午饭时间。做研究生的时候刚好在这个系的对面楼里， 每次都可以积极地参与，
经常午饭都省了。
由于大众需求，在食品系的一层，开了一个卖冰激凌的柜台，每过一阵子就有一种... 阅读全帖 |
|
n**e
发帖数: 2026 | 20 【 以下文字转载自 Banquet 讨论区 】
发信人: nile (nile), 信区: Banquet
标 题: 素食给我健康之——素食与蛋白（修改版）
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Apr 12 12:06:32 2014, 美东)
素食增进人类健康，素食提供的营养能够满足人类活动的需要。这已经是营养学界在素
食的问题上的共识。（Digging a Vegetarian Diet http://newsinhealth.nih.gov/issue/Jul2012/Feature1）但是由于人类活动的多样性，
所谓能够满足需要究竟可以达到什么程度还是很多人担心的问题。具体来说，素食提供
的蛋白质是否能够满足人肌肉发展的需要。
如果我们用草食动物马来对比，草是它们唯一的食物，运气好的可以吃到黑豆。草中的
纤维素对马来说与淀粉对人是等价的，都是主要的能源物质。不论是普通的生活用马还
是体质精良的专业赛马，以植物为食物足够满足它们肌肉发展的需求。提倡素食的人们
常常用马与人对比，根据植物蛋白能够满足马的需要说明同样可以满足人的需要。但有
人说马与人不能比较。Nile在此逐一作... 阅读全帖 |
|
b*******s
发帖数: 954 | 21 做蛋白出身，实验室有昂贵过蛋白柱子的大侠就不用往下看了。
我半路出家，做了五六年蛋白纯化，走无数弯路。在的实验室也没有特别做蛋白的经验，什么fancy的分蛋白的东东都没有。现在有一点点心得，希望我的经验可以帮楼主少走些弯路。
我的蛋白最早也是在包涵体里，我折腾Urea, 变性复性，整了两年，也没有拿到什么好用的蛋白。
(1)如果楼主需要用蛋白做functional experiment的话，可以试试不用变性复性的办法。降低表达的温度。室温下过夜都可以。如果有条件的话，试试14度。
这样蛋白更有可能是可溶性的。
摸条件时，可以做3ml 的小样，看看在什么样的温度和时间下表达量最高。然后放大表达。
（2）在(1)的低温条件下，多表达一些菌，
我现在实验室条件不好，我每天摇几百毫升菌。离心后冻在-80度。收集到五升以后，在同一天破细菌收蛋白。然后24小时之内连续做实验把蛋白拿到。
(3) 过柱子时不要贪快，让裂解的菌液缓缓流下。
你的蛋白出现在elution 之前的组分里，我猜就是没有挂住。
(4) 洗脱时可以快速，如果你用的是一般的小柱子的话。可以在柱子下面加一根长管子。
good luc... 阅读全帖 |
|
j******i
发帖数: 939 | 22 转BioArt
4月4日，Nature在线发布了一篇题为“Compass protein attracts heap of criticism
”的新闻报道（News），文章直指磁受体蛋白相关研究目前面临的巨大争议。
2015年11月16日，北京大学生科院谢灿课题组在Nature Materials杂志在线发表论文，
声称首次报道了一个全新的磁受体蛋白（MagR），当时众多媒体报道该突破性进展或将
揭开被称为生物“第六感”的磁觉之谜，并推动整个生物磁感受能力研究领域的发展。
值得一提的是，该成果还获得2015年度“中国生命科学十大进展”。与此同时，当时还
在清华大学的张生家课题组2015年9月14日在Science Bulletin（科学通报）发表论文
声称利用Isca1（MagR）蛋白开发出了一种磁遗传学工具（磁场诱发神经元的相关活动
）。
诚然，此后围绕磁受体蛋白或者磁遗传的引发了一次中国学术史上罕见的争论，至今尚
未平息，BioArt这里不再赘述。回到Nature刚刚发布的报道，文中提及了今年3月16日
，来自清华大学医学院鲁白实验室联合北京大学生科院谢灿实验室在Frontier... 阅读全帖 |
|
n**e
发帖数: 2026 | 23 素食增进人类健康，素食提供的营养能够满足人类活动的需要。这已经是营养学界在素
食的问题上的共识。（Digging a Vegetarian Diet http://newsinhealth.nih.gov/issue/Jul2012/Feature1）但是由于人类活动的多样性，
所谓能够满足需要究竟可以达到什么程度还是很多人担心的问题。具体来说，素食提供
的蛋白质是否能够满足人肌肉发展的需要。
如果我们用草食动物马来对比，草是它们唯一的食物，运气好的可以吃到黑豆。草中的
纤维素对马来说与淀粉对人是等价的，都是主要的能源物质。不论是普通的生活用马还
是体质精良的专业赛马，以植物为食物足够满足它们肌肉发展的需求。提倡素食的人们
常常用马与人对比，根据植物蛋白能够满足马的需要说明同样可以满足人的需要。但有
人说马与人不能比较。Nile在此逐一作出分析。
首先，有人说马的消化系统与人是不能比较的。它们的肠道内有大量的细菌帮助对食物
进行发酵处理，帮助营养物的吸收。不错，马本身的消化系统与人的一样只能消化淀粉
吸收单糖。这个过程在小肠中完成。而马通过在结肠和盲肠中的细菌帮助酵解植物纤维
用于氧化... 阅读全帖 |
|
m********r
发帖数: 124 | 24 版上牛人多，上次的菌落PCR感谢各位已经解决，现在有个新蛋白纯化的问题，快半年
了始终没解决，特上来求救：
是一个粘菌中的小蛋白13KD左右，遗传学认为在信号通路里起抑制作用。表达用His-
GB1-tag大约50%可溶。GST差不多的样子。GB1的表达量大很多。可是纯化总是有问题，
在100%的buffer B （300mM咪唑）下来，总是还有很多别的杂蛋白，这些杂蛋白似乎洗
不干净。过个Gel filtration 也分不开。
这个蛋白确实知道的很少，BLAST就出来10个左右，第三个e-value已经是1.5了。我怀
疑是降解得问题，因为去预测结构的时候，只有后面的70个氨基酸给了预测的结果，前
面都没结果，而且这段结构也是loop居多。而且纯化过程是分子量比它小的杂蛋白。但
是我加了蛋白酶抑制剂，没啥作用。
在黏菌的基因组中，它是跟另一个蛋白在一块的，我可以尝试共表达他们两个，但问题
是，我们的目的是验证这两个蛋白的相互作用，如果这样，我得到了稳定的蛋白
complex，再怎么分开他们呢？
确实很头大，眼看着这个蛋白拿不到，（另一个蛋白早就拿到了，HSQC也有了）想做的
蛋白相... 阅读全帖 |
|
c***s
发帖数: 70028 | 25 焦点访谈视频截图
央视《焦点访谈》栏目7月4日播出节目《胶原蛋白的神话》，提到由一众大牌女明星代言的“口服胶原蛋白”，其实根本没有美容功效。范冰冰、林志玲、章子怡、汤唯、大小S、朱丹、杨幂等女星全部中枪，节目呈现了她们跟胶原蛋白有关的广告视频、代言照片和相关新闻。《人民日报》在微博上跟进了这一消息，提到“不论杨幂、范冰冰或者哪位女神来代言，口服胶原蛋白能美肤是个谎言”。今天凌晨，范冰冰工作室在微博上叫板《人民日报》和央视《焦点访谈》，称范冰冰从未代言过任何胶原蛋白品牌。
《焦点访谈》点火《人民日报》跟进
在《焦点访谈》栏目7月4日播出的节目《胶原蛋白的神话》里，范冰冰的部分主要呈现了她在化妆的视频，还有一条曾经出现在某门户网站女星频道的新闻《造型师爆料女星养颜法范冰冰胶原蛋白当水喝》，并没有明确指明范冰冰曾代言胶原蛋白。
随后，《人民日报》在其新浪微博官方账号上跟进此事，提到“不论杨幂、范冰冰或者哪位女神来代言，口服胶原蛋白能美肤是个谎言”。并配上了范冰冰、杨幂等视频截图。
范冰冰工作室否认代言叫板《人民日报》
今天凌晨，范冰冰工作室在微博上发表“郑重申明”：“范冰冰从未代言过任何胶原... 阅读全帖 |
|
c*******n
发帖数: 1648 | 26 http://www.sina.com.cn 2009年12月29日 11:10 中国高新技术产业导报
本报记者 马丰敏报道
爱美的时尚人士对胶原蛋白并不陌生，因为在其被大众知晓之初，就与美丽、健康
关系密切。但
是，直到２０世纪末，世界各大公司还都只能从动物中提取胶原蛋白。普通提纯的动物
胶原蛋白存在
很大的风险，例如变性温度低，３７℃－４０℃的变性温度导致在使用中存放条件比较
苛刻，容易变
性引起功能丧失；动物提纯的胶原蛋白常为酸溶或碱溶，会改变人体本身的酸碱平衡度
，而且动物胶
原蛋白隐含动物本身存在的病毒等病毒隐患。
２０００年，西北大学化工学院教授范代娣以人体自身胶原蛋白的基因片段为来源
，成功研制出
与人体组织同宗同源的胶原蛋白——类人胶原蛋白。就是这项技术打破了胶原蛋白的传
统行业格局，开
创了胶原蛋白的全新时代。现在，范代娣正用胶原蛋白书写自己的美丽人生，开创大众
的美丽事业。
中国第一位生物化工博士
当年高考填报志愿时，喜欢化学的范代娣报考了西北大学化工系。“当时也不知道
化工和化学到底
有什么区别，以为都是学化学的”。于是，懵懵懂懂地开始上课。范代娣说：“不过， |
|
c*******u
发帖数: 12899 | 27 ☆─────────────────────────────────────☆
xinyuemba (小树) 于 (Tue Feb 28 16:54:07 2012, 美东) 提到:
宝宝是29周早产，现在43周，全母乳喂养，从前加过FORTIFIER，但是出现便血，就停
了。两周前去做检查，儿医说宝宝有点儿肿，就开始各种检查，不正常的指标是：
总蛋白：4.6 G/DL
血清白蛋白：2.8 G/DL
血色素：8.4 G
做了好多次好多项检查了。也看了肝胆科医生、化验了尿和便便、照了心脏B超、腹部B
超、还做了胸透、腹透、都没有看出来问题。
从外表看，还有黄疸，最近开始消退；肚子比较鼓、眼泡肿；前一段时间小JJ和阴囊也
有点肿，现在好了；有脐疝，疑似肠疝，还没有做B超看。
我们从上周开始吃FER-IN-SOL和TRI-VI-SOL（准备改成POLY-VI-SOL）。宝宝的钙不低
。我想让他吃上两周再检查。医生让我们接着做检查，又开了一个B超单两个化验单。
让我们开始吃FORMULA，和母乳一半一半。很害怕宝宝会又便血，而且化验又要抽血。
妈妈想能不能等等，不要那么着急检查，这种... 阅读全帖 |
|
c*******u
发帖数: 12899 | 28 ☆─────────────────────────────────────☆
xinyuemba (小树) 于 (Tue Feb 28 16:54:07 2012, 美东) 提到:
宝宝是29周早产，现在43周，全母乳喂养，从前加过FORTIFIER，但是出现便血，就停
了。两周前去做检查，儿医说宝宝有点儿肿，就开始各种检查，不正常的指标是：
总蛋白：4.6 G/DL
血清白蛋白：2.8 G/DL
血色素：8.4 G
做了好多次好多项检查了。也看了肝胆科医生、化验了尿和便便、照了心脏B超、腹部B
超、还做了胸透、腹透、都没有看出来问题。
从外表看，还有黄疸，最近开始消退；肚子比较鼓、眼泡肿；前一段时间小JJ和阴囊也
有点肿，现在好了；有脐疝，疑似肠疝，还没有做B超看。
我们从上周开始吃FER-IN-SOL和TRI-VI-SOL（准备改成POLY-VI-SOL）。宝宝的钙不低
。我想让他吃上两周再检查。医生让我们接着做检查，又开了一个B超单两个化验单。
让我们开始吃FORMULA，和母乳一半一半。很害怕宝宝会又便血，而且化验又要抽血。
妈妈想能不能等等，不要那么着急检查，这种... 阅读全帖 |
|
n**e
发帖数: 2026 | 29 素食提供的营养能够满足人类活动的需要。已经是营养科学界公认的结论。在这个大前
提下，nile探讨素食提供的蛋白是否能够满足人类运动所需要的肌肉发展。为了回答这
个问题，首先以马为例说明以植物蛋白不仅可以满足日常需求同样可以满足竞赛需要。
然后以nile本人的经历和图片说明不需肉食同样可以为练就发达的肌肉提供营养支持。
人与动物的基本生命活动根本机理是相似的。动物实验是医学生命科学的最常使用的方
法。不论是疾病模型还是营养研究，都是首先从动物实验中取得先期的认识。
动物与人在生理结构上当然不同。但是可比性的基础是生理机制的相似性。在本文讨论
的问题范畴内，相似性在于人和马都要从食物中消化蛋白质吸收氨基酸进入体内作为主
要的蛋白合成原料。马和素食者食物中的蛋白都是来自植物蛋白。探讨的问题是素食的
马有强大的肌肉，素食的人能不能有。相似性仅仅是一个推测。最后以nile的素食运动
实践作为证明。如果有人说可比的运动水平条件下食肉者的肌肉比nile发达得多，不妨
用图片来证明。
于是有人就说了。草食动物从草里面获得蛋白质的能力是人不能比拟的 以草食动物获
取蛋白质的方式来类比人类不太合适，消化功... 阅读全帖 |
|
G***G
发帖数: 87 | 30 Imedeen伊美婷胶原蛋白的好deal @ Skinstore。$160 for 四个月的分量。
我这个人土人以前都没有听过这个牌子的胶原蛋白，是上次膜拜了优忧jj的保养贴之后
被种草了这个牌子的胶原蛋白。长草的原因是Imedeen相对在北美比较容易买到，价钱
也还合适，本身也是比较早开始做胶原蛋白的牌子（丹麦的）。
然后去功课之，据说很多香港明星很早就开始吃这个牌子的胶原蛋白blahblah。。。（
这个我不是很care）。
继续功课之，发现尼可也提过这事他最喜欢的胶原蛋白。
再继续功课之。。。买之前发现有一些report报道，刚开始吃的时候有爆豆状况出现，
我犹豫再三，还跑去咨询人家中国官网在线客服之后还是决定试试看。
上一次买的时候没有找到更好的deal，就是在一家网站搞20%折扣的时候入了一个3个月
份量得。$200*0.8 买的。
已经吃了2个月了（中间出去出差断断续续没怎么吃）。但是第一个月吃完的时候就觉
得有效果了（maybe心里作用，anyway心里作用也是好的LOL），就是觉得皮肤比较饱满
，保水度也比较高，不再那么干燥了。其实我觉得皮肤饱满这一点灰常重要，最近有... 阅读全帖 |
|
s**********8
发帖数: 1721 | 31 文章比较长，很多化学和产品生产的知识，我就只截取一些大家比较关心的问题吧。我
把连接贴上，感兴趣的可以自己看，至于帖子说的真假，自辨吧呵呵。
http://www.tianya.cn/publicforum/content/funinfo/1/1523050.shtm
首先介绍一下本人的情况吧。
本人毕业于生物化工类的重点高校，北京化工大学。于2005年融资1000万，先建立
胶原蛋白研究所及实验室，后中试车间，后建立GMP生产基地，核心产品为小分子胶原
蛋白，学术名称为胶原蛋白低聚肽，产能为日产胶原原液8吨。大宝、伊利、三元均是
我们的客户，像大宝SOD蛋白蜜核心原料就是我们供应的小分子胶原；再如伊利的优品
嘉人酸牛奶中的NOC胶原蛋白前期也是我们提供的，后来因为股东闹矛盾，工厂解体，
才不供应了。
1.胶原蛋白产品是否安全？是否会引发小叶增生？是否含有激素？
胶原蛋白本身是安全的！
------从高品质的原料（如鱼鳞）中，用生物酶解低温萃取的方法，经过严
格的过滤工艺环节，得到的产品绝对是安全的，您服用多少的量多长时间都不会对人体
引发副作用。
真正高品质的小分子胶原产品对人体皮肤... 阅读全帖 |
|
g*********d
发帖数: 233 | 32 MicroRNA 和病毒
作者：王磊
上海交通大学生命学院研究生
摘要：
microRNA(miRNA)是真核生物体内一组内源性的 21—25nt 长的非编码蛋白质的短序列
RNA，它们能通过碱基配对的方式与生物体中的 mRNA 分子相结合来参与调节基因的表
达。自 2000 年至今，miRNA 的研究发展的速度极快并且影响的范围也非常的广泛，而
且分别在2002年和2003年度中miRNA入选了Science杂志年度十大科技突破。因此，
miRNA是 RNA 研究的又一个突破，被称为 RNA 的第二次革命。目前的研究已发现
miRNA 参与了很多重要的生命活动过程涵盖了发育、凋亡、代谢、人类疾病以及病毒侵
染等方面。在病毒侵染宿主和宿主抵抗病毒的过程中病毒编码的 miRNAs 和宿主编码的
miRNAs 均发挥了重要的作用。这无疑为病毒的侵染以及宿主抵抗病毒的侵染的研究提
供了新的思路和新的领域。因此，本文的主要目的在于阐述 miRNA 的一些基本概况以
及在病毒中主要的研究方向和进展，最后对这个具有跨时代意义的小分子进行展望。
关键词：miRNA vmiRNA 功能 宿主的 miR... 阅读全帖 |
|
s******y
发帖数: 28562 | 33 裂解的时候，先把细胞用dPBS洗一洗
既然你要跑总蛋白的胶，那何必用TCA沉淀呢？直接用8M Urea 裂解然后
直接上胶不更好么？这样还省得你操心phosphotase 的问题。
另外，如果你自己没有做过trpsin digestion, 不如让跑质谱的人帮你做算了。
他们一般都负责这一步的。你要自己做，万一没弄好还更麻烦。
最近要做一个质谱实验，目的是检测一个信号转导通路上的蛋白被抑制剂抑制（没有抑
制的作为对照组），病原体感染后某个器官的蛋白水平变化, 当然很希望能够看到磷酸
化蛋白的变化。
这个器官是单层细胞的，几个平方毫米大小（取50个左右的个体作为一个样品）；
我的初步实验步骤是：器官细胞在裂解液中裂解---沉淀蛋白--凝胶电泳蛋白---胶上用
胰蛋白酶分解蛋白并收集--MS 分析。
请教做过的朋友：
1）用什么溶液和方法来进行器官细胞裂解能够充分裂解细胞，又能够不影响后面的质
谱分析？
2）在裂解完细胞后，用氯仿甲醇沉淀的方法纯化蛋白两次，并除去裂解液中一些盐和
去垢剂；请问这步操作会不会造成蛋白降解，尤其是磷酸化基团的去磷酸化？
2）质谱一般的上样量为多少？ 每个样品... 阅读全帖 |
|
a******k
发帖数: 1190 | 34 计算机预测蛋白结构有三个level。
研究最早的是二级结构预测，就是给你一个蛋白序列，找出其中的alpha helix, beta strands
和loop区。最早的一些算法出现在上个世纪70年代。基本的idea很简单，从已有晶体结构中统计
helix, strands和loop区氨基酸的出现概率，然后根据这个进行预测。效果一般。后来出现的一些
基于贝叶斯、神经网络等等的算法考虑到了序列前后的相互影响，结果改善很多。现在二级结构预测
的准确度很高，大概80%左右的样子。说起来，二级结构预测可以算是机器学习在生物学中最早的成
功应用之一。也是bioinformatics最早热起来的方向之一。
三级结构预测就困难很多。从方法上大概可以分成三个类别：ab initio, homology modeling和
threading. ab initio预测基于力场，计算蛋白折叠构象的最小能量状态。大家都知道David
Baker是这方面的代表人物。要注意的是，Baker的ab initio预测可不是一个原子一个原子地搭
建，而是一个片断一个片断的搭建。用的力场也是low resolution的... 阅读全帖 |
|
T*****e
发帖数: 247 | 35 我大概跟你做的领域不同，无法直接回答你这个问题。
既然你提到EGFR的过表达可能影响了你的目标蛋白的入核。那你是认为你的目标蛋白是
在EGFR的下游了？又或者你认为EGFR下游的某个蛋白促进了你的目标蛋白的入核？这让
我更加疑惑。因为你反复强调你的目标蛋白没有入核序列。那么，你认为它是怎么入核
的？是和别的蛋白先结合之后，再一起入核的吗？
我不清楚你做的是什么组织。但刺激条件肯定有很多种吧。随便瞎说两个。改变培养环
境的离子浓度试试呢？比如K+或者Ca++？另外，我已经提到过，你可能需要注意刺激后
的观察时间。有的刺激可以在几分钟之内让蛋白入核，我不清楚你是用什么方法观察的
，但注意不要错过了特定的观察点。
最后再补充一种可能性。如果不考虑translocation这种机制。你最初在病人样本上观
察到的蛋白核内聚集，有没有可能纯粹是因为核内蛋白的降解有问题呢？看看别的蛋白
有没有类似的情况。
以上，希望对你有帮助 |
|
S***J
发帖数: 1210 | 36 Nature top10果然选了电镜，选MRC那个哥们也不算过分，不过窃以为yifan chen的贡
献也不在其下吧。
做x-ray的都知道，膜蛋白比水溶蛋白更高大上，更容易找工作，更哗众取宠一些。感
觉膜蛋白x-ray领域是把结构生物学技术工人的特点发挥到了极致，根本就不需要做什
么biology就能发好文章。不像搞水溶蛋白的，要补不少功能试验才能说个好的故事。
现在电镜出来，跟周围膜蛋白的同行们聊天，真的是都很有危机感，怨声载道。那些个
大膜蛋白，大膜蛋白复合物10几年拿不到好的晶体。现在尼玛电镜半年搞定，而且分辨
率还很高。x-ray的领地以后看来还是回归到各种水溶蛋白复合物，及各种需要高分辨
率结构的药物靶点蛋白。毕竟搞功能的同志们经常能鉴定出一些新的相互作用，x-ray
仍然可以大展身手。膜蛋白x-ray领域真的是兴盛了很短的时间就要退出舞台了，感慨
啊。。。 |
|
g*********d
发帖数: 233 | 37 RNA干扰及其在动物繁殖中的应用
2009-12-28
RNA 干扰(RNA interference, RNAi)是生物进化过程中遗留下来的一种在转录后通
过 RNA 调控基因表达的机制, 它是指在真核细胞中引入双链 RNA分子从而导致具有序
列同源性的基因产生特异性基因沉默 (gene silencing)的现象 。由于 RNA干扰可以阻
断特定的基因表达, 具有超越疫苗和抗病毒药物的诸多优点, 因此在阐述基因功能以及
蛋白质相互作用等方面, 表现出诱人的前景。近年来随着分子生物学的发展, RNAi 的
机制也不断被阐明, 同时国内外研究也证实 RNAi 技术可以为动物繁殖过程中所涉及的
基因功能提供一条新的思路, 这在科研和生产实践上都具有重要的意义。
1 RNAi的发现
Matzke 等于 1989 年报道了启动子介导的序列同源性基因共转染烟草可引起转
基因表达发生沉默。 1990 年, Napoli 和 Van der Krol 等为了让矮牵牛花的颜色更
加鲜艳, 把与紫色相关的查尔酮(chalcone)基因转染到牵牛花内, 结果意外发现, 植物
体的颜色... 阅读全帖 |
|
W*********n
发帖数: 775 | 38 最近要做一个质谱实验，目的是检测一个信号转导通路上的蛋白被抑制剂抑制（没有抑
制的作为对照组），病原体感染后某个器官的蛋白水平变化, 当然很希望能够看到磷酸
化蛋白的变化。
这个器官是单层细胞的，几个平方毫米大小（取50个左右的个体作为一个样品）；
我的初步实验步骤是：器官细胞在裂解液中裂解---沉淀蛋白--凝胶电泳蛋白---胶上用
胰蛋白酶分解蛋白并收集--MS 分析。
请教做过的朋友：
1）用什么溶液和方法来进行器官细胞裂解能够充分裂解细胞，又能够不影响后面的质
谱分析？
2）在裂解完细胞后，用氯仿甲醇沉淀的方法纯化蛋白两次，并除去裂解液中一些盐和
去垢剂；请问这步操作会不会造成蛋白降解，尤其是磷酸化基团的去磷酸化？
2）质谱一般的上样量为多少？ 每个样品要多少ug, 才能够得到比较理想的检测结果？
20ug蛋白一般需要多少胰蛋白酶来降解？
3）大家一般会加入什么样的磷酸酶抑制剂来抑制磷酸化？
谢谢! |
|
m*********r
发帖数: 49 | 39 问题有点长：
我想要过表达一个来源于果蝇的蛋白，最终希望得到比较大量的这种蛋白，纯化之后做
与其他蛋白相互作用的生化实验。
问题是，这个蛋白的活性需要翻译后甲基化修饰，但是真核表达效率高的Sf9-
baculovirus系统没有这种酶，现在选择用有甲基化修饰酶的S2细胞系来表达。
如今已经建立了表达这种蛋白的稳定S2细胞系，表达并用His-tag纯化了几次，得到的
杂蛋白很多目标蛋白量很少，试着优化纯化洗脱的条件也帮助不大，目前我认为表达量
太低是主要原因。如果要在his-tag之后再做第二轮纯化，我怕少得可怜的蛋白经不起
损失了。
大家有什么推荐的解决方法么？如果要换个表达系统的话，有什么比较好的替代的吗？
还有我现在这个蛋白是由metallothionine的Promoter来启动（就是被Cu2+驱动的那个)
，这个启动子效率好像本来就是低，可是这个质粒是别的实验室建立的，我就拿来直
接用了，当初嫌麻烦也就没想着要换个启动子什么的。 |
|
c********n
发帖数: 225 | 40 谈谈和蛋白打交道的日子 （二）
前言
本来打算这篇要构思的全面些后再拿出来的。由于第一篇有跟帖提到了学IT比 Bio要强
的多， 而且主要是经济上的优势。咱们这个生物版也经常看见这样纠结的议题。这个
dilemma笔者n年前也曾碰到过。这里就分享一下这方面的一些亲身体会吧。
其实对于大多数人，运气和财气都是守恒的。是你的想逃都逃不掉，不是你的就要学会
放下。实在想要得到，就尽全力去争取。这样得不到时就不会留下遗憾。不管怎样，都
要真心祝福得到的人，那就省下了最伤自己的抱怨。这就是实实在在的“正能量“了吧。
第二篇 转行IT当码农还是继续生物艰辛路？
先从“梦”想照进现实开始说起。
读博时有一段时间总会梦见在大学里考线性代数，卷子上没有一道题看得懂，然后惊醒
。每次都要静下来好一阵子才明白，其实自己从来都没有修过这门课。相似的事情在现
实生活中真的发生了。那天坐在教室里参加Computer Science Master degree第一门必
修课的期末考试，居然没有一道题知道是在问什么。第一反应是，在做梦吗？然后深吸
一口气，佯装镇定地举手叫来监考的TA， 问这次的考题是不是发错了？TA... 阅读全帖 |
|
c********n
发帖数: 225 | 41 谈谈和蛋白打交道的日子 （二）
前言
本来打算这篇要构思的全面些后再拿出来的。由于第一篇有跟帖提到了学IT比 Bio要强
的多， 而且主要是经济上的优势。咱们这个生物版也经常看见这样纠结的议题。这个
dilemma笔者n年前也曾碰到过。这里就分享一下这方面的一些亲身体会吧。
其实对于大多数人，运气和财气都是守恒的。是你的想逃都逃不掉，不是你的就要学会
放下。实在想要得到，就尽全力去争取。这样得不到时就不会留下遗憾。不管怎样，都
要真心祝福得到的人，那就省下了最伤自己的抱怨。这就是实实在在的“正能量“了吧。
第二篇 转行IT当码农还是继续生物艰辛路？
先从“梦”想照进现实开始说起。
读博时有一段时间总会梦见在大学里考线性代数，卷子上没有一道题看得懂，然后惊醒
。每次都要静下来好一阵子才明白，其实自己从来都没有修过这门课。相似的事情在现
实生活中真的发生了。那天坐在教室里参加Computer Science Master degree第一门必
修课的期末考试，居然没有一道题知道是在问什么。第一反应是，在做梦吗？然后深吸
一口气，佯装镇定地举手叫来监考的TA， 问这次的考题是不是发错了？TA... 阅读全帖 |
|
F*******4
发帖数: 2874 | 42 烘焙时，常常遇到只用蛋黄的情况，例如提拉米苏蛋糕和香草奶油泡芙，那么
，剩下的蛋白怎么办呢，扔了太浪费，那就让它继续发挥余热吧。
这款蛋白薄脆饼，配料和做法简单到让人发指，但是成品却让人惊艳。我是用
做香草奶油泡芙剩下的蛋白做的，四个鸡蛋的蛋白可以做出好多，味道香香甜甜，酥酥
脆脆，一吃起来就停不住。最重要的是实在是太简单了，烘焙基础为零的人，第一次做
也绝对不会失败。强烈推荐！
【蛋白薄脆饼配料】见图片
【蛋白薄脆饼做法】见图片
【注意事项】
1. 挤出的面糊是长条形的，受热后会摊开成薄薄的椭圆形，所以长条面糊之间要留够
间隔。
2. 温度和时间根据烤箱情况适当调整，饼干周围烤出金黄色即可。
3. 刚出炉的饼干是软的，冷却以后就变得很酥脆了。
【参考文献】
1. 君之，超级懒人的超级点心----【蛋白薄脆饼】 |
|
H********g
发帖数: 43926 | 43 【 以下文字转载自 Military 讨论区 】
发信人: walkingtree (低烈度折腾), 信区: Military
标 题: 门外汉科普蛋白结构，望大牛斧正
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Aug 23 00:01:38 2015, 美东)
俺老实交代，就是看看科普的知识水平，加点自己的思辨。
这个结构决定功能类似经济基础决定上层建筑，一定要这么说也大差不差。虽然dna序
列决定蛋白结构也算是大实话，但即使dna序列全解我们还是不能准确构建蛋白，特别
是功能基团(domain or motif?）。从这个角度看，能直接测量蛋白结构，然后和dna序
列对比，理论上我们可以得到生物的汇编语言。这就可以玩上帝了。
可惜，即使我们知道了全部dna和相当多的蛋白晶体结构，我们还是个屁。
你注意到了么，上句在蛋白结构之间插了个晶体。这就是关键所在了。EM是啥？电子显
微镜呐，拿电子轰击样品，根据反射折射逆向计算样品结构。这不就gamma探伤嘛。我
看难点有两个，一是结构复杂了，逆向计算上就有难度，还有精度问题（测不准原理适
用不？）一个是生物样品的制备，得挨上电子炮的饱和轰炸... 阅读全帖 |
|
m****m
发帖数: 395 | 44 要提纯蛋白，可以看到提纯前虽然有些杂带，但是目标蛋白还是一条带在那里的，于是
我用NI柱提纯，其中用0.1%SDS洗柱子去杂蛋白，最后用1%SDS洗脱蛋白，洗柱IMIDAZO
浓度36mM,洗脱IMIDAZO浓度500mM，取样都用BME切了（5%BME，冷室overnight），结果
用纯化前蛋白、洗柱取样、纯化后的蛋白跑胶完后发现，纯化前的目标蛋白还是一条带
（有杂质），但是经过SDS洗和洗脱后的样品都发现我要的蛋白居然分裂成两条临近的
带，距离有5KD左右，都挺深的（一条稍微浅点），太奇怪了，想不通！ |
|
s*******r
发帖数: 769 | 45 1. 如果蛋白很纯，SDS一条带，怎么确定这个蛋白就是你要的蛋白？
N端block了，没法测序；
没有抗体，没法western；
2.如果蛋白不纯，比如很多杂带，你怎么确定你要的蛋白在里面？用什么方法？
3. 怎么测试蛋白的热稳定性？用什么biopgysics的方法？
4. 用质谱测MW，有时有偏离，那么表达后修饰都有那些需要考虑进去？
（不考虑糖基化）
5. 怎么确定蛋白是否有糖基化修饰？
6. 蛋白浓缩的时候有沉淀，一般你会怎么办？
愿闻高见。 |
|
s*******e
发帖数: 17 | 46 我预期蛋白A（130kD）的表达水平会在药物处理细胞前后发生变化。所以我用蛋白A的
抗体做western检测药物处理前后
的变化，结果并没有观察到预期的变化。但有趣的是，有一个蛋白条带(70kD)的变化非
常明显。从分子量判断，这个条带
肯定不是蛋白A，很有可能是这个抗体的特异性不好而检测到的另外一个蛋白X。现在如
果我想鉴定蛋白X，请问有什么办
法？我曾尝试把药物处理后的样品跑电泳后染色比较。但是由于染色灵敏度的关系，看
不到那个70kD分子量位置有蛋白变
化。
我知道这里高人多多，所以特来请教如何可以鉴定出这个蛋白X?谢谢。 |
|
S*****s
发帖数: 287 | 47 我想搞清楚一个在细胞质内的突变蛋白是怎么被降解的。这个蛋白的野生型有两种
alternative intron splicing 的 product，姑且叫 wildtype 和 wildtype2 吧。我
在 293 细胞内表达两个 wildtype 和 mutant 蛋白，然后用 proteosome inhibitor
（Lactacystin) 和 lysosome inhibitor （Chloroquine, Leupeptin) 来处理细胞。
实验结果发现 Lactacystin 处理之后 wildtype 蛋白含量不变，wildtype2 含量升高
，但是 mutant 蛋白含量下降了。Chloroquine 和 Leupeptin 处理之后也不见 mutant
蛋白含量升高。Excel 的分析图也随帖附上。这样我就搞不明白这个蛋白是被什么降
解的了。请问版上的各位大牛能不能指点一下，下一步应该从什么角度去研究蛋白降解
？先谢谢大家了！ |
|
g*********d
发帖数: 233 | 48 《Cell》文献翻译:基因表达的小RNA调节因子
Cell 134, 899 – 902, September 19, 2008
Joel R. Neilson and Philip A. Sharp
今年Lasker基金会承认了Victor Ambros、Gary Ruvkun和David Baulcombe在推断
小RNA分子在真核基因表达的转录后调节中所进行的开创性工作。
分子生物学是一门年轻的学科，如同充满了未开发土地的新大陆。有关小RNA在基
因调节中的作用的重要发现是这门年轻学科中还有许多未开发的重要领域的一个例证。
9月26日，几位先驱（麻州大学医学院的Victor Ambros、麻州总医院和哈佛大学医学院
的Gary Ruvkun和剑桥大学的David Bulcombe有关小RNA的发现将被授予2008年Albert
Lasker基础医学研究奖。
历史上先驱者以及他们的发现的意义通常被忽略，只是在很多年之后才被承认。
Ambros和Ruvkun所发表的描述第一个微RNA及其标靶的优秀论文（发表在高深的Cell杂
志上）被忽略了近10年。与此同时，... 阅读全帖 |
|
b********c
发帖数: 161 | 49 2个性质,大小,pI，蛋白序列都非常相似的蛋白（paralogs）A 和 B，用的pET15b
vector， 在e.coli(DE3)中加IPTG诱导表达，然后粉碎细胞后，提取上清液可溶总蛋白
跑SDS-PAGE,A可以看到诱导的目的蛋白， 但B看不到诱导的条带。 直接load这2个蛋白
的诱导前和诱导后的 crude cell culture，A和B都可以看到诱导后的目的蛋白。所以
我不知道为什么B蛋白在粉碎细胞后不在可溶蛋白部分，甚至一点都没有，如果是形成
了inclusion body，难道一点都不剩在可溶部分里面？
我测过序列，都是正确连接的，而且用 crude cell culture做相关的生化实验，也发
现了这两个酶的效率是很高的。 |
|
i*****i
发帖数: 154 | 50 现在手里的一个课题，想继续做一些生化方面的研究。
已知蛋白E可以和我的目的蛋白L结合。基于各种实验中遇到的痛苦经验，以及对蛋白L
的序列结构分析（存在大量磷酸化motif），我认为蛋白E与蛋白L的结合可以稳定蛋白L
。但是随着时间的推移，加诸其他的外界条件，这个L仍然会被磷酸化。
现在我想证明
1）蛋白E与L的结合，增加了L的稳定性（已知E非常稳定）
2）这种稳定性来源于阻止了某些位点的磷酸化
3）如何证明某一个pathway（AKT or ERK or ...)是负责这个蛋白磷酸化的。
请问版上的生化牛人，怎么设计一些实验来证明呢？ |
|
