f*****y 发帖数: 464 | 1 现有非人类的基因一个,想看promoter有哪些transcription factor binding sites.
我把该基因和人类homolog基因的promoter sequences都作了TFsearch,结果出来有很
大不同,只有少的可怜的TF同时出现在两个结果里。
我理解这个TFsearch的结果是根据人类的TF计算的。我们这个动物基因组刚测出来,它
的TF binding sequence还不知道。这种情况还有没有办法分析呢?
请支招。多谢。 |
p******i 发帖数: 1092 | 2 這個動物如果是脊椎動物,那麼TF binding sites的consensus應該和人類的差不多吧
?還是說你用的Program可以細分到用 human 或 murine 或 rat 的binding sites去搜
?如果是,請分享你用的是什麼program......
題外話:就算TF binding sites可以由in silico search找出來,還是要做實驗去確認
……因為假陽性太多了……
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【在 f*****y 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 现有非人类的基因一个,想看promoter有哪些transcription factor binding sites. : 我把该基因和人类homolog基因的promoter sequences都作了TFsearch,结果出来有很 : 大不同,只有少的可怜的TF同时出现在两个结果里。 : 我理解这个TFsearch的结果是根据人类的TF计算的。我们这个动物基因组刚测出来,它 : 的TF binding sequence还不知道。这种情况还有没有办法分析呢? : 请支招。多谢。
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X***n 发帖数: 366 | 3 http://asp.ii.uib.no:8090/cgi-bin/CONSITE/consite/
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【在 f*****y 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 现有非人类的基因一个,想看promoter有哪些transcription factor binding sites. : 我把该基因和人类homolog基因的promoter sequences都作了TFsearch,结果出来有很 : 大不同,只有少的可怜的TF同时出现在两个结果里。 : 我理解这个TFsearch的结果是根据人类的TF计算的。我们这个动物基因组刚测出来,它 : 的TF binding sequence还不知道。这种情况还有没有办法分析呢? : 请支招。多谢。
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f*****y 发帖数: 464 | 4 谢谢回复。
我用的是kyoto University的TFsearch program, 它用的是TRANSFAC的database.
我不是做transcription的,为了做个gene model的图才想看看promoter.
【在 p******i 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 這個動物如果是脊椎動物,那麼TF binding sites的consensus應該和人類的差不多吧 : ?還是說你用的Program可以細分到用 human 或 murine 或 rat 的binding sites去搜 : ?如果是,請分享你用的是什麼program...... : 題外話:就算TF binding sites可以由in silico search找出來,還是要做實驗去確認 : ……因為假陽性太多了…… : : .
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f*****y 发帖数: 464 | 5 刚试了这个,没有搜出binding site.
thanks anyway.
【在 X***n 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : http://asp.ii.uib.no:8090/cgi-bin/CONSITE/consite/ : : .
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