f*****y
发帖数: 464 | 1 现有非人类的基因一个，想看promoter有哪些transcription factor binding sites.
我把该基因和人类homolog基因的promoter sequences都作了TFsearch，结果出来有很
大不同，只有少的可怜的TF同时出现在两个结果里。
我理解这个TFsearch的结果是根据人类的TF计算的。我们这个动物基因组刚测出来，它
的TF binding sequence还不知道。这种情况还有没有办法分析呢？
请支招。多谢。 |
p******i
发帖数: 1092 | 2 這個動物如果是脊椎動物，那麼TF binding sites的consensus應該和人類的差不多吧
？還是說你用的Program可以細分到用 human 或 murine 或 rat 的binding sites去搜
？如果是，請分享你用的是什麼program......
題外話：就算TF binding sites可以由in silico search找出來，還是要做實驗去確認
……因為假陽性太多了……
.
【在 f*****y 的大作中提到】
: 现有非人类的基因一个，想看promoter有哪些transcription factor binding sites.
: 我把该基因和人类homolog基因的promoter sequences都作了TFsearch，结果出来有很
: 大不同，只有少的可怜的TF同时出现在两个结果里。
: 我理解这个TFsearch的结果是根据人类的TF计算的。我们这个动物基因组刚测出来，它
: 的TF binding sequence还不知道。这种情况还有没有办法分析呢？
: 请支招。多谢。
|
X***n
发帖数: 366 | 3 http://asp.ii.uib.no:8090/cgi-bin/CONSITE/consite/
.
【在 f*****y 的大作中提到】
: 现有非人类的基因一个，想看promoter有哪些transcription factor binding sites.
: 我把该基因和人类homolog基因的promoter sequences都作了TFsearch，结果出来有很
: 大不同，只有少的可怜的TF同时出现在两个结果里。
: 我理解这个TFsearch的结果是根据人类的TF计算的。我们这个动物基因组刚测出来，它
: 的TF binding sequence还不知道。这种情况还有没有办法分析呢？
: 请支招。多谢。
|
f*****y
发帖数: 464 | 4 谢谢回复。
我用的是kyoto University的TFsearch program, 它用的是TRANSFAC的database.
我不是做transcription的，为了做个gene model的图才想看看promoter.
【在 p******i 的大作中提到】
: 這個動物如果是脊椎動物，那麼TF binding sites的consensus應該和人類的差不多吧
: ？還是說你用的Program可以細分到用 human 或 murine 或 rat 的binding sites去搜
: ？如果是，請分享你用的是什麼program......
: 題外話：就算TF binding sites可以由in silico search找出來，還是要做實驗去確認
: ……因為假陽性太多了……
:
: .
|
f*****y
发帖数: 464 | 5 刚试了这个，没有搜出binding site.
thanks anyway.
【在 X***n 的大作中提到】
: http://asp.ii.uib.no:8090/cgi-bin/CONSITE/consite/
:
: .
|
