如何分析Agilent array CGH raw data - Biology版

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Biology版 - 如何分析Agilent array CGH raw data

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y***u
发帖数: 1467

没有任何bioinfor的背景，以前的facility提供分析，可现在新用的一家不提供，只好
自己试试。有人建议用dChip.我得到的raw data 好像是用Agilent Feature
Extraction Software 做的，txt file 包含结果。
里面的logRatio 是base 10的。我的土问题就是，是不是应该把这个结果先转换成base
2的。还有这个data 是不是已经经过牛normalized?
我知道我的问题实在是很弱，很土，见笑了，希望这里的牛牛们给点帮助吧，我整天对
着这些data大眼瞪小眼的，很难受。
谢谢！！！

t*d
发帖数: 1290

没有必要换成log 2. 因为信号小或者大一倍并不表示真正的copy number 少或多一倍。
查查 Feature Extraction software 的软件吧。记得他们好像用什么方法normalized
了一下。最好把图画出来，自己看看。比如那些应该不变的chromosome 的均值是不是
在 0 左右。
自己做的话，如果研究的基因组变化不是太多的话，用median值进行 normalize 就好
了。

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