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1
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y***u
发帖数: 1467
1
没有任何bioinfor的背景,以前的facility提供分析,可现在新用的一家不提供,只好
自己试试。有人建议用dChip.我得到的raw data 好像是用Agilent Feature
Extraction Software 做的,txt file 包含结果。
里面的logRatio 是base 10的。我的土问题就是,是不是应该把这个结果先转换成base
2的。还有这个data 是不是已经经过牛normalized?
我知道我的问题实在是很弱,很土,见笑了,希望这里的牛牛们给点帮助吧,我整天对
着这些data大眼瞪小眼的,很难受。
谢谢!!!
t*d
发帖数: 1290
2
没有必要换成log 2. 因为信号小或者大一倍并不表示真正的copy number 少或多一倍。
查查 Feature Extraction software 的软件吧。记得他们好像用什么方法normalized
了一下。最好把图画出来,自己看看。比如那些应该不变的chromosome 的均值是不是
在 0 左右。
自己做的话,如果研究的基因组变化不是太多的话,用median值进行 normalize 就好
了。
1
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