m*****n
发帖数: 760 | 1 本人对siRNA的设计和应用几乎无知，问题比较菜，请大家不要见笑。
需要用siRNA来knockdown一个外源表达的fusion protein(GFP-GOI)，
因为不想影响endogenous GOI，所以想请教能不能设计siRNA只针对GFP，而不是GOI？
这样的siRNA会有效果吗？
另外大家都用什么program来设计siRNA，另外在哪家公司买siRNA啊？
谢谢了。 |
m*********7
发帖数: 5207 | 2 能不能设计siRNA只针对GFP，而不是GOI？
这样的siRNA会有效果吗？ |
a***e
发帖数: 1010 | 3 ??
【在 m*********7 的大作中提到】
: 能不能设计siRNA只针对GFP，而不是GOI？
: 这样的siRNA会有效果吗？
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m*********7
发帖数: 5207 | 4 What's your question?
【在 a***e 的大作中提到】
: ??
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a***e
发帖数: 1010 | 5 I guess you can silence GFP-GOI transgene by only targeting GFP region
without affecting endogenous GOI expression. |
m*****n
发帖数: 760 | 6 can you please explain more why targeting GFP only does not
interfere with the translation of the fusion protein?
Thank you.
【在 m*********7 的大作中提到】
: 能不能设计siRNA只针对GFP，而不是GOI？
: 这样的siRNA会有效果吗？
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m*****n
发帖数: 760 | 7 if this works, that would be exactly what I want.
in this way, I can determine if the phenotypes
are induced specificly by GFP-GOI transgene.
【在 a***e 的大作中提到】
: I guess you can silence GFP-GOI transgene by only targeting GFP region
: without affecting endogenous GOI expression.
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a****k
发帖数: 1130 | 8 这样是可以的
【在 m*****n 的大作中提到】
: if this works, that would be exactly what I want.
: in this way, I can determine if the phenotypes
: are induced specificly by GFP-GOI transgene.
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H****H
发帖数: 11039 | 9 外源表达的干嘛需要knockdown啊？
你不转到细胞里不就行了么？
要用siRNA knockdown GFP-GOI而不影响GOI表达当然可以做到，设计target GFP序列的
siRNA就可以了。
【在 m*****n 的大作中提到】
: 本人对siRNA的设计和应用几乎无知，问题比较菜，请大家不要见笑。
: 需要用siRNA来knockdown一个外源表达的fusion protein(GFP-GOI)，
: 因为不想影响endogenous GOI，所以想请教能不能设计siRNA只针对GFP，而不是GOI？
: 这样的siRNA会有效果吗？
: 另外大家都用什么program来设计siRNA，另外在哪家公司买siRNA啊？
: 谢谢了。
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O******e
发帖数: 4845 | 10 他应该是想用siRNA去除GFP-GOI to verify their GFP signals (localization
pattherns, maybe?).
【在 H****H 的大作中提到】
: 外源表达的干嘛需要knockdown啊？
: 你不转到细胞里不就行了么？
: 要用siRNA knockdown GFP-GOI而不影响GOI表达当然可以做到，设计target GFP序列的
: siRNA就可以了。
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m*****n
发帖数: 760 | 11 we want to determine if the phenotypes of the transgenic animals
are specifically caused by GFP-GOI transgene.
if by knocking down GFP-GOI transgene only, but not endougeneous GOI,
the phenotypes are gone or less severe, then we are more confident that
ectopic expression of GOI induces the phenotypes.
【在 O******e 的大作中提到】
: 他应该是想用siRNA去除GFP-GOI to verify their GFP signals (localization
: pattherns, maybe?).
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m*********7
发帖数: 5207 | 12 In theory it should work, but then you have to make sure it is not due to
off-target effect, and later rescue the phenotype by making RNAi resistant
GFP-GOI to demonstrate specificity. What's more, what if the effect of
endogenous and ectopic GOI are not additive or synergistic?
【在 m*****n 的大作中提到】
: can you please explain more why targeting GFP only does not
: interfere with the translation of the fusion protein?
: Thank you.
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