v***a 发帖数: 1242 | 1 要overexpress一个蛋白(full length),在NCBI查它的nucleotide sequence来设计
cloning primer,发现有两个看起来都可信的reference sequence,blast了一下,发
现这两个sequence在CDS区有一部分是相同并连贯的,其它就都不同了。其中sequence
1只是cds,并且是partial cds,没有stop codon;sequence 2是complete cds,包括
非CDS区,好像是由NIH MGC (Mammalian Gene Collection) Project来的,但由
sequence 1衍生出的AA序列却比sequence 2衍生的AA序列还要多50多个AA。
我选择了全长的sequence 2设计primer,一共设计了3对,PCR后都未能得到预期bp的
band(虽然有的PCR出来是single band),我每对primer都挑了最接近预期长度的PCR
product去sequence,但都不是我想要的gene。。。难道是sequence 2本身就有问题么
?(我是挑的非CDS区 |
c******r 发帖数: 3778 | 2 这个蛋白很大吗?
如果不是很大,还不如直接从RNA来RT,直接得到coding sequence。
sequence
PCR
的)
【在 v***a 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 要overexpress一个蛋白(full length),在NCBI查它的nucleotide sequence来设计 : cloning primer,发现有两个看起来都可信的reference sequence,blast了一下,发 : 现这两个sequence在CDS区有一部分是相同并连贯的,其它就都不同了。其中sequence : 1只是cds,并且是partial cds,没有stop codon;sequence 2是complete cds,包括 : 非CDS区,好像是由NIH MGC (Mammalian Gene Collection) Project来的,但由 : sequence 1衍生出的AA序列却比sequence 2衍生的AA序列还要多50多个AA。 : 我选择了全长的sequence 2设计primer,一共设计了3对,PCR后都未能得到预期bp的 : band(虽然有的PCR出来是single band),我每对primer都挑了最接近预期长度的PCR : product去sequence,但都不是我想要的gene。。。难道是sequence 2本身就有问题么 : ?(我是挑的非CDS区
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v***a 发帖数: 1242 | 3 不是很大,2kp不到。我还是不太理解你的意思,能扩展说明一下吗?非常感谢啊!!
【在 c******r 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 这个蛋白很大吗? : 如果不是很大,还不如直接从RNA来RT,直接得到coding sequence。 : : sequence : PCR : 的)
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c******r 发帖数: 3778 | 4 你是说2kb?如果你想表达这个蛋白,很简单啊。设计对primer,提点RNA直接做RT-PCR
好了。这样得到的就是coding sequence,没有intron,表达比较容易吧?
从genomic DNA上clone除了exon还有intron,有时候不一定在细胞里面能够正确表达。
【在 v***a 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 不是很大,2kp不到。我还是不太理解你的意思,能扩展说明一下吗?非常感谢啊!!
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v***a 发帖数: 1242 | 5 谢谢。其实我现在的问题就是不知道该如何设计出clone全长coding sequence的primer
,因为sequence 1和sequence 2的cds也不尽相同,而且sequence 1只是partial cds,
无stop codon,而我针对sequence 2设计的primer又总是clone不到我要的gene(其实
我觉得sequence 1可信度较高,所以现在怀疑是不是sequence 2是不确切的)。我现在
想做的就是你的思路,但为难在primer上了。
PCR
【在 c******r 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 你是说2kb?如果你想表达这个蛋白,很简单啊。设计对primer,提点RNA直接做RT-PCR : 好了。这样得到的就是coding sequence,没有intron,表达比较容易吧? : 从genomic DNA上clone除了exon还有intron,有时候不一定在细胞里面能够正确表达。
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c******r 发帖数: 3778 | 6 。。。没有RNA sequence?
protein叫什么名字?要human的还是mice的?
primer
【在 v***a 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 谢谢。其实我现在的问题就是不知道该如何设计出clone全长coding sequence的primer : ,因为sequence 1和sequence 2的cds也不尽相同,而且sequence 1只是partial cds, : 无stop codon,而我针对sequence 2设计的primer又总是clone不到我要的gene(其实 : 我觉得sequence 1可信度较高,所以现在怀疑是不是sequence 2是不确切的)。我现在 : 想做的就是你的思路,但为难在primer上了。 : : PCR
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m******5 发帖数: 1383 | 7 我觉得RNA上RT也不靠谱,如果这个蛋白有多个isoform的话挺麻烦的,到时候结果不好
判断 |
n********k 发帖数: 2818 | 8 pretty easily to deal with that, and if you get the luck, u might even
easily publish a small paper about it along
the cloning...
【在 m******5 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 我觉得RNA上RT也不靠谱,如果这个蛋白有多个isoform的话挺麻烦的,到时候结果不好 : 判断
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m*********7 发帖数: 606 | 9 我认为楼主现在要做的不是如何选择哪个sequence,如何设计primer,而是先确定你现
在使用的组织mRNA或cDNA库里这个蛋白是否有表达,表达的isoform是否如sequence 2
所述,否则的话做的都是无用功。
你首先可以在coding region(最好是两个reporting sequence共有的区域)设计
primer扩增300-500bp的片段。这个片段大小很容易扩增,可以很迅速的告诉你此蛋白
是否在你使用的组织mRNA或cDNA库里有表达,是否可以继续使用该材料进行下一步克隆。
如成功的话,再设计两对primer,分别扩增5'-UTR至coding region, 和coding region
至3'-UTR的片段,同样也是300-500bp,这样可以确认该蛋白是否以你所说的sequence 2
的形式表达。如果是的话,再考虑重新设计primer,PCR条件优化,或者扩增两三个800
-1000bp的片段进行拼接。
如果蛋白coding region有表达,而5'-UTR或3'-UTR的扩增未成功,说明该蛋白是以其
他的isoform存在,你需要做5'-RAC |
v***a 发帖数: 1242 | 10 真是非常感谢你!你给的答案就是我想问的!
你所说的前两步我已经做了,所以已知此蛋白表达,并且sequence 2很可能不适用于我
想要得到的组织中的gene。
后来感谢clonebar同学,他帮我查到了一个序列,跟我查到的sequence 1是一致的,并
且有一部分的5'及3' UTR sequence,我刚设计了新的primer,下周到就可以进行实验
了。
我也几乎翻遍了跟我这个gene有关的paper,没有见到有clone full-length的,并且
sequence 2貌似是大家引用最多的(比如设计此gene的siRNA等)。
谢谢你说的5'和3' RACE,这个我没想到,如果sequence 1也不行,我就会采取这个办
法。
非常感谢!!!
2
隆。
region
2
800
【在 m*********7 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 我认为楼主现在要做的不是如何选择哪个sequence,如何设计primer,而是先确定你现 : 在使用的组织mRNA或cDNA库里这个蛋白是否有表达,表达的isoform是否如sequence 2 : 所述,否则的话做的都是无用功。 : 你首先可以在coding region(最好是两个reporting sequence共有的区域)设计 : primer扩增300-500bp的片段。这个片段大小很容易扩增,可以很迅速的告诉你此蛋白 : 是否在你使用的组织mRNA或cDNA库里有表达,是否可以继续使用该材料进行下一步克隆。 : 如成功的话,再设计两对primer,分别扩增5'-UTR至coding region, 和coding region : 至3'-UTR的片段,同样也是300-500bp,这样可以确认该蛋白是否以你所说的sequence 2 : 的形式表达。如果是的话,再考虑重新设计primer,PCR条件优化,或者扩增两三个800 : -1000bp的片段进行拼接。
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m*********7 发帖数: 606 | 11 不客气,希望你能顺利克隆。
还有一个办法你可以试一下,如果你这个蛋白序列比较保守的话,你可以将已知的序列
,如sequence1,去和其他物种(如小鼠,大鼠,黑猩猩)的genome sequence及已知的
cDNA序列比较一下。高度保守的蛋白在较近的物种间coding sequence的exon和intron
间splice的方式很接近,有助于你判断start codon和stop codon的位置。反正你只需
要知道coding region和很小一部分的5'-UTR和3'-UTR的序列,方便克隆就行。
【在 v***a 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 真是非常感谢你!你给的答案就是我想问的! : 你所说的前两步我已经做了,所以已知此蛋白表达,并且sequence 2很可能不适用于我 : 想要得到的组织中的gene。 : 后来感谢clonebar同学,他帮我查到了一个序列,跟我查到的sequence 1是一致的,并 : 且有一部分的5'及3' UTR sequence,我刚设计了新的primer,下周到就可以进行实验 : 了。 : 我也几乎翻遍了跟我这个gene有关的paper,没有见到有clone full-length的,并且 : sequence 2貌似是大家引用最多的(比如设计此gene的siRNA等)。 : 谢谢你说的5'和3' RACE,这个我没想到,如果sequence 1也不行,我就会采取这个办 : 法。
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