w******e
发帖数: 1187 | 1 RNA有OD260，NTP也有OD260，那RNA被degrade的过程OD260会有改变吗？
如果没有的话，有什么其他好办法能不用run gel就看出RNA的integrity呢？
多谢！ |
a***e
发帖数: 1010 | 2 if OD260/280 is bigger than 2.2, there is a possibility of degradation. |
n********k
发帖数: 2818 | 3 rationale? I thought organic solvent could make it that or lower? so free
NTP has higher 260/280?
【在 a***e 的大作中提到】
: if OD260/280 is bigger than 2.2, there is a possibility of degradation.
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w******e
发帖数: 1187 | 4 ding. do you know of any easy way to assess RNA integrin? thx
【在 n********k 的大作中提到】
: rationale? I thought organic solvent could make it that or lower? so free
: NTP has higher 260/280?
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T**********t
发帖数: 1604 | 5 看RNA degradation好像一般都是用agilent的bioanalyzer比较准，用量很少，结果快
而且直观，就是他家的chip和仪器比较finicky，操作起来要很小心，否则一点小纰漏
就废掉一块chip。
如果是细胞里提的总RNA，bioanalyzer的分析软件能给出RIN数据，叫RNA integrity
number，数字越低，RNA降解得越厉害。
但我估计你看的RNA是short RNA oligo library，可能不会有RIN吧，我没试过。但是
你的sample如果用analyzer跑一下，出来的结果可以像胶一样看，有没有degradation
应该很容易看到吧。只需要几分钟的时间，有条件的话，试试看吧。 |
s***m
发帖数: 6197 | 6 看是什么样的degradation了
一般260/280不是很能说明问题
如果是cleavage的话，还是跑胶比较好
如果是降解成mononucleotide
跑个TLC plate，带正点的那种
理论上也可以吧
可能就是量要多一点
【在 w******e 的大作中提到】
: RNA有OD260，NTP也有OD260，那RNA被degrade的过程OD260会有改变吗？
: 如果没有的话，有什么其他好办法能不用run gel就看出RNA的integrity呢？
: 多谢！
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w******e
发帖数: 1187 | 7 这个牛。。。多谢啦！
degradation
【在 T**********t 的大作中提到】
: 看RNA degradation好像一般都是用agilent的bioanalyzer比较准，用量很少，结果快
: 而且直观，就是他家的chip和仪器比较finicky，操作起来要很小心，否则一点小纰漏
: 就废掉一块chip。
: 如果是细胞里提的总RNA，bioanalyzer的分析软件能给出RIN数据，叫RNA integrity
: number，数字越低，RNA降解得越厉害。
: 但我估计你看的RNA是short RNA oligo library，可能不会有RIN吧，我没试过。但是
: 你的sample如果用analyzer跑一下，出来的结果可以像胶一样看，有没有degradation
: 应该很容易看到吧。只需要几分钟的时间，有条件的话，试试看吧。
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h********n
发帖数: 4079 | 8 这个我以前用过, 很爽的.
degradation
【在 T**********t 的大作中提到】
: 看RNA degradation好像一般都是用agilent的bioanalyzer比较准，用量很少，结果快
: 而且直观，就是他家的chip和仪器比较finicky，操作起来要很小心，否则一点小纰漏
: 就废掉一块chip。
: 如果是细胞里提的总RNA，bioanalyzer的分析软件能给出RIN数据，叫RNA integrity
: number，数字越低，RNA降解得越厉害。
: 但我估计你看的RNA是short RNA oligo library，可能不会有RIN吧，我没试过。但是
: 你的sample如果用analyzer跑一下，出来的结果可以像胶一样看，有没有degradation
: 应该很容易看到吧。只需要几分钟的时间，有条件的话，试试看吧。
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a***e
发帖数: 1010 | 9 free NTP should >4, if my memory is right.
【在 n********k 的大作中提到】
: rationale? I thought organic solvent could make it that or lower? so free
: NTP has higher 260/280?
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m****M
发帖数: 360 | 10 Of course not. I got perfect ratios of my RNA samples from nanodrop, but when
I checked them on bioanalyser, they were all degraded (around 7 or lower).
A simple example, you can get perfect ratio when you measure DNA primers. I
have done a lot RNA work, trust me or not? It depends on yourself. -:) |
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w******e
发帖数: 1187 | 11 which bioanalyzer do you use? 2100? I'm not sure if I can persuade my boss
to buy this. envy you guys:(
when
.
I
【在 m****M 的大作中提到】
: Of course not. I got perfect ratios of my RNA samples from nanodrop, but when
: I checked them on bioanalyser, they were all degraded (around 7 or lower).
: A simple example, you can get perfect ratio when you measure DNA primers. I
: have done a lot RNA work, trust me or not? It depends on yourself. -:)
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s******s
发帖数: 13035 | 12 facility没有？
【在 w******e 的大作中提到】
: which bioanalyzer do you use? 2100? I'm not sure if I can persuade my boss
: to buy this. envy you guys:(
:
: when
: .
: I
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T**********t
发帖数: 1604 | 13 就是2100。我们实验室这台好久没人动了呢。:)
Bioanalyzer有很多应用啊。你们实验室开发microfluidics的，说不定可以借鉴一下，
或者在它的基础上开发点别的应用什么的，总之别跟他说你就是为了跑RNA看
degradation，不然他肯定让你自个儿跑个胶就完了。
【在 w******e 的大作中提到】
: which bioanalyzer do you use? 2100? I'm not sure if I can persuade my boss
: to buy this. envy you guys:(
:
: when
: .
: I
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C*******e
发帖数: 4348 | 14 agilent的bioanalyzer现在用的很多
的确又快用量又少
但是说白了其实也就是毛细管胶
一样是跑胶
一样是看rRNA的比例
没有这个条件的其实跑个琼脂糖电泳
照个照片
然后选择显示migrate/intensity
出来的图是一样一样的
只是没有人那样计算“RIN”而已
degradation
【在 T**********t 的大作中提到】
: 看RNA degradation好像一般都是用agilent的bioanalyzer比较准，用量很少，结果快
: 而且直观，就是他家的chip和仪器比较finicky，操作起来要很小心，否则一点小纰漏
: 就废掉一块chip。
: 如果是细胞里提的总RNA，bioanalyzer的分析软件能给出RIN数据，叫RNA integrity
: number，数字越低，RNA降解得越厉害。
: 但我估计你看的RNA是short RNA oligo library，可能不会有RIN吧，我没试过。但是
: 你的sample如果用analyzer跑一下，出来的结果可以像胶一样看，有没有degradation
: 应该很容易看到吧。只需要几分钟的时间，有条件的话，试试看吧。
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C*******e
发帖数: 4348 | 15 我手上现在没有RNA跑胶的照片
随便拿一个DNA跑胶的照片演示一下哈
Rf vs Intensity
【在 C*******e 的大作中提到】
: agilent的bioanalyzer现在用的很多
: 的确又快用量又少
: 但是说白了其实也就是毛细管胶
: 一样是跑胶
: 一样是看rRNA的比例
: 没有这个条件的其实跑个琼脂糖电泳
: 照个照片
: 然后选择显示migrate/intensity
: 出来的图是一样一样的
: 只是没有人那样计算“RIN”而已
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