f***y
发帖数: 4447 | 1 http://news.nju.edu.cn/show_article_2_37651
一个偶然的机会，张辰宇将目光瞄准了当时刚刚引起学术界关注的一种小分子核酸物质
——微小核糖核酸（MicroRNA）。并在南京大学生命科学院组建了一支被称作M3的研究
团队，该团队由生命科学、分子生物学、植物生物学、生物信息学、医学、化学等多学
科研究者组成。
在“泡了”三天三夜实验室后，陈熹和导师张辰宇的研究团队，得出了一个突破传统生
物学常识、震惊学术界、国际首发的实验结论，即MicroRNA在人和动物的血清/血浆中
可长期稳定存在。
本报记者王世玲南京报道
未拆包的搬家行李、满屋书籍、屋中间放置着一个脚踏健身器……2014年年底冬日的一
个周日下午，32岁的陈熹正在刚搬入的新办公室里用电脑敲打着最新的科研论文。即便
是周末，跟陈熹办公室同楼层的南京大学仙林校区的生命科学学院实验室内，一群国内
外研究生们仍在紧张地做着实验。
作为南京大学生命科学院最年轻的博士生导师，7年前，当陈熹还是南大博士时，他被
导师张辰宇“逼着”去做一个略显疯狂的生物学想法的实验：去检测人的血清中是否含
有微小核糖核酸（m... 阅读全帖 |
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M*****e
发帖数: 279 | 2 我的办法可能能帮你解决问题.
我曾经试过多种办法提没有降解（用Bio-Rad or Agilent Bioanalyzer测integrity or
quality (RNA Integrity Number (RIN) by Agilent or RNA Quality Index (RQI)
by Bio-Rad)，不是仅仅用Nanodrop测RNA integrity or quality）的total RNA，然后
做microarray．
1.液氮研磨：RNA quality好，可以做microarray，但是麻烦和太慢（原因你应该知道
）。
２. Glass tissue homogenizer: it didn't work for me to grind tissue in
Trizol in ice bucket with ice, although my tissue was thin and tiny.
Bioanalyzer showed RNA degradation.It's also low through-put.
3. Hand-held electr... 阅读全帖 |
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s******y
发帖数: 28562 | 3 其实语言还是很平和很正常的，涉及的科学知识也基本正确。不知道这个新闻稿落到外
面的新闻机构手里怎么就搞出了个黑物质的说法。
http://news.ustc.edu.cn/xwbl/201502/t20150215_211668.html
中国科大发现新型非编码RNA 2015-02-15
分享到：QQ空间新浪微博腾讯微博人人网微信
最近，中国科学技术大学单革教授实验室在国际知名杂志《自然-结构和分子生物
学》(Nature Structural & Molecular Biology)发表研究性论文，报导了其实验室发
现的一类新型非编码RNA以及此类非编码RNA的功能和功能机理。
非编码RNA是一大类不编码蛋白质而在细胞中起着调控作用的RNA分子。单革教授实验室
发现了一类新型的环状非编码RNA，在这类环状RNA中，内含子没有被除去、而是被保留
在环形RNA当中，因此这类RNA被作者命名为外显子-内含子环形RNA（EIciRNA）。该文
研究了外显子-内含子环形RNA的功能，发现此类非编码RNA可以调控其自身所在的基因
的表达。进一步的研究表明，外显子-内含子环形RNA是通过招募U1... 阅读全帖 |
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s**u
发帖数: 9035 | 4 发信人: shmu (shmu), 信区: Biology
标 题: Faculty Positions RNA Research University Albany
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Dec 21 10:59:17 2011, 美东)
Faculty Positions in RNA Research- The University at Albany
Four Faculty Positions in RNA Research
The University invites applications for four tenure track Assistant
Professor positions in RNA science and technology.
RNA VIROLOGIST, Department of Biological Sciences: conducting research
with RNA viruses in any one or more areas including but not
exclusively: genome ... 阅读全帖 |
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s**u
发帖数: 9035 | 5 发信人: shmu (shmu), 信区: Biology
标 题: Faculty Positions RNA Research University Albany
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Dec 21 10:59:17 2011, 美东)
Faculty Positions in RNA Research- The University at Albany
Four Faculty Positions in RNA Research
The University invites applications for four tenure track Assistant
Professor positions in RNA science and technology.
RNA VIROLOGIST, Department of Biological Sciences: conducting research
with RNA viruses in any one or more areas including but not
exclusively: genome ... 阅读全帖 |
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s**u
发帖数: 9035 | 6 Faculty Positions in RNA Research- The University at Albany
Four Faculty Positions in RNA Research
The University invites applications for four tenure track Assistant
Professor positions in RNA science and technology.
RNA VIROLOGIST, Department of Biological Sciences: conducting research
with RNA viruses in any one or more areas including but not
exclusively: genome structure, mechanisms of genome replication and
packaging, gene expression and regulation, host-range and cell
specificity, evoluti... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 7 原始阶段的
RNA 如选用T 而没用U 的话
真核生物 就不可能选 poly(A)(+) tail 了
由于 poly(A)(+) tail 早在 那以后很快由于
RNA editing within post-transcriptional event 中出现Chaotic/Random/Tight
binding T==A 被淘汰了 或成了SF movie里的allian DNA喽 (possibile)
正好有篇今年的paper
Nat Biotechnol. 2012 Feb 12;30(3):253-
Comprehensive analysis of RNA-Seq data reveals extensive RNA editing in a
human transcriptome.
by Peng Z. et al
Abstract
RNA editing is a post-transcriptional event that recodes hereditary
information. Here we describe a comprehensi... 阅读全帖 |
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o********r
发帖数: 775 | 8 今天的nature news:
http://www.nature.com/news/rna-studies-under-fire-1.10502?gobac
RNA studies under fire
High-profile results challenged over statistical analysis of sequence data.
Erika Check Hayden
25 April 2012
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High-throughput RNA sequencing has yielded some unexpected results in the
past few years — including some that seem to rewrite conventional wisdom in
genetics. But a few of those findings... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 9 Now we have GIIRA
pls check,
HTTPS double dot //sourceforge.net/projects/giira/
GIIRA – RNA-Seq Driven Gene Finding Incorporating Ambiguous Reads
Posted on October 16, 2013 By RNA-Seq Blog Administrator
Reply
The reliable identification of genes is a major challenge in genome research
since further analysis depends on the correctness of this initial step.
With high-throughput RNA-Seq data reflecting currently expressed genes, a
particularly meaningful source of information has become commonly av... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 10 RE LZ
here u go,
Novikova IV et al. (2012)
Structural architecture of the human long non-coding RNA, steroid receptor
RNA activator.
Nucleic Acids Res. 40: 5034-51.
Abstract
While functional roles of several long non-coding RNAs (lncRNAs) have been
determined, the molecular mechanisms are not well understood. Here, we
report the first experimentally derived secondary structure of a human
lncRNA, the steroid receptor RNA activator (SRA), 0.87 kB in size. The SRA
RNA is a non-coding RNA that coact... 阅读全帖 |
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c*********r
发帖数: 1312 | 11 我也不是内行。我觉得看你的input有多少。Input多的话，RNA怎么提都可以，用RNA
extraction kit，用trizol；RNA量大的话，用Nanodrop就可以检测吧。Input少的话，
可能需要比较小心，检测的话也需要用比较灵敏可靠的方法吧，这里我就不太了解了，
等版上其他高手解答吧。
Library构建的话有经典的方法吧，是不是最好用poly T primer + random primer来把
各种RNA都尽可能反转录？我没具体做过library，你再查查资料吧。我比较担心的是如
果rRNA比较多的话，最后挑克隆测序大部分都是rRNA。这样的话就最好不用random
primer了，或者通过其它方式deplete rRNA。其实rRNA多、input量大的话跑个RNA胶就
能检测RNA了。关键是你的蛋白可能会和哪些种类的RNA结合：rRNA, RNA with poly (A
) tail, RNA without poly (A) tail，甚至是小RNA。各种情况可能要分开讨论吧。
只是个人一点看法，仅供参考。 |
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y*****u
发帖数: 31 | 12 用TRIZOL同时提临床得来的病人组织的RNA和DNA.之前一直觉得RNA很稳定没问题，在好
不容易凑足了DNA后送出测序，结果回馈说RNA降解了，而DNA浓度和我们测出的浓度相
差100倍。惊呆了。
1. DNA浓度我是用NANODROP测了好几次，不明白为啥测序公司测出来的数值会和我测出
来的差100倍？？？
2.RNA我后来把剩下的跑了胶，发现的确降解。现在又得到新的组织再提，还是发现有
降解情况。我以前都是做现杀的老鼠组织提RNA,手法我也一直没问题。这个新的临床标
本据说是病人手术切下之后一直低温保存，有实验需要就用干冰运来。第一次是保存在
TRIZOL里运来，第二次是直接运组织，我用液态氮碾碎了。但是都提出了降解的RNA.
我现在打算用细胞用同样的手法提RNA作为对比，看是否我的实验有问题？还是标本已
经降解的了。请问细胞提出的RNA对于组织RNA是否有参考性？
如果标本有问题，我现在提出的已经降解的RNA是否也能进行测序呢？效果如何？ |
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l**********1
发帖数: 5204 | 13 Pls check,
>This underlines the importance of identifying the presence and
understanding the function of these antisense non-coding RNAs. The
information concerning strand ori-gin is often lost during conventional RNA-
Seq; capturing this information would substantially increase the worth of
any RNA-Seq experiment. By manipulating the input cDNA during the template
preparation stage it is possible to retain this vital information. This
forms the basis of strand-specific RNA-Seq. With an ability ... 阅读全帖 |
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m****g
发帖数: 530 | 14 Helicos BioSciences（第三代测序仪制造商）的研究人员近日发表了一篇原理验证（
proof-of-principle，生物通
注）研究，说明利用其单分子测序技术来进行RNA直接测序的可行性，文章发表在9月23
日的《Nature》在线版上。
该研究小组利用一台Helicos样机，直接对酿酒酵母的RNA进行测序，而没有将其转变成
cDNA。在这个过程中，他们还
发现了许多酿酒酵母转录本3’端的异质性，同时有证据表明酵母中至少有一些核仁RNA
和核糖体RNA是聚腺苷酸化的。
随着RNA的重要性逐渐被人所认识，研究人员也开发出多种方法来研究它。但是，许多
方法仍需将RNA反转录成
cDNA，而这一步会引入错误，且效率不高。研究人员写道：“人们急需一种方法，而这
种方法不会有反转录、扩增、连
接以及其他cDNA合成步骤的相关困难，而是能利用极少量的总RNA来综合、无偏见地浏
览转录组。”
为了让“边合成边测序”的反应适应直接的RNA测序，Milos（Helicos的首席科学家）
及她的同事优化了一切，从使用的
聚合酶到缓冲液再到专利的荧光核苷酸类似物。总的来说，这种方法在po |
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f*********r
发帖数: 1233 | 15 那就是说，样本来源比较丰富。这就比较好办。
trizol，白色/无色，忘了哪个公司的，不好。一是保存在4度会呈凝胶状。二是离心分
层的时候，界面不清晰。
trizol，粉红色，thermo。一般。有的时候rna沉淀是胶冻状，不太容易和杂质区分。
tri-reagent，粉红色，mrc。不错。技术熟练者可提到很多rna，而且纯度可以很高，
接近于2.0。要点是，不要贪多。每个样品不要太大块组织，够30-50微克的rna就好。
以上三者缺点是提纯步骤多，时间长。
rnazol，蓝色，mrc。不错。优点是一步提纯，如果不算酒精清洗这一步，半小时内可
完成。缺点是，纯度不如前者。1.8没问题，1.9以上就很少见了。
rna柱，qiagen。很不错。优点是可以很纯，大于2.0。缺点一是贵，二是对样品中rna
的量限制得比较严。多了不好，少了也不好。
rna bee没玩过，可参照上面老兄说的。
如果你做的real-time pcr比较稳定，引物特异性敏感性好，反应条件不严格（比如退
火温度，Mg离子浓度等），就没必要选rna提纯柱。如果是新手，可以先试试rnazol。
步骤简单易掌握，价钱不贵，现 |
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z**m
发帖数: 50 | 16 本人生物菜鸟，请教版上牛人，万分感谢！！！
想检测老鼠体外培养细胞中病毒感染前期，病毒RNA是否和目标蛋白结合成RNP complex。
目标蛋白IP抗体available，想检测的viral RNA 为40－50 nt的leader sequence （
LeRNA）。
做了些homework，准备用目标蛋白pulldown，PK处理，纯化RNA组分，northern检测。
问题：
1）由于个人原因，不想用同位素标记探真做northern，不知可否用dig－probe做
northern，主要担心RNA量太少，不知道dig的灵敏度是否足够。
2）由于目标RNA只有40－50 nt，请问northern 的DNA或RNA probe是否只能是这40－
50nt的序列？如果probe只有40－50 nt，是否太短？尤其是用dig－UTP标记？可否适当
延长probe至200 nt－300nt（后续sequence是病毒的另外一个高表达基因，如果该基因
mRNA也和目标蛋白结合最好，如果不和目标蛋白结合，是否延长的probe检测不到40－50nt的leRNA？）
3）除了northern， |
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T**********t
发帖数: 1604 | 17 看RNA degradation好像一般都是用agilent的bioanalyzer比较准，用量很少，结果快
而且直观，就是他家的chip和仪器比较finicky，操作起来要很小心，否则一点小纰漏
就废掉一块chip。
如果是细胞里提的总RNA，bioanalyzer的分析软件能给出RIN数据，叫RNA integrity
number，数字越低，RNA降解得越厉害。
但我估计你看的RNA是short RNA oligo library，可能不会有RIN吧，我没试过。但是
你的sample如果用analyzer跑一下，出来的结果可以像胶一样看，有没有degradation
应该很容易看到吧。只需要几分钟的时间，有条件的话，试试看吧。 |
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n******7
发帖数: 12463 | 18 最近处理一些数据，鉴定到了几百个unique的transcripts，对应一百来个基因。这样
很多
transcripts其实是一个gene的不同isoform。现在因为要annotate这些isoform而有些头
疼。
1. 哪里有高质量又比较全的isoform数据呢？
我希望用已知的isoform的一个集合做reference，来确定我们鉴定的isoform，哪些是
之前已
经被发现的，哪些是我们新近鉴定出来的。
我个人喜欢用RefSeq数据，但是挑了几个基因，发现RefSeq记录的isoform数量还是挺
少的。
UCSC Known gene没有经过human curation，很多记录仅仅基于genbank数据。我担心会有
很多artificial的序列
GenCode/ENSEMBLE 数据，一直没太搞明白，Gendoce的level 1+2的数据似乎质量还可
以，
但是也不知道他们具体的annotation的流程
CCDS似乎就是ENSEMBLE和RefSeq的交集，coverage估计是个问题
Alternative Splicing的数据我不太熟悉，看过一些数据库，很... 阅读全帖 |
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c*********r
发帖数: 1312 | 19 大概能得到几千到几万个胚胎细胞，每个细胞比通常的细胞培养的细胞体积要大，每个
细胞大概有0.175 ng左右的total RNA。一千细胞个就是175 ng total RNA，一万个就
是1.75 ug。RNA提取出来后准备做RNA-seq。
对于这个范围的总RNA，用kit过柱子提取RNA好，还是用TriZol，TriReagent等比较好
？还看到有推荐用Phase lock gel，这个效果怎么样？
谢谢啦！ |
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c*********r
发帖数: 1312 | 20 大概能得到几千到几万个胚胎细胞，每个细胞比通常的细胞培养的细胞体积要大，每个
细胞大概有0.175 ng左右的total RNA。一千细胞个就是175 ng total RNA，一万个就
是1.75 ug。RNA提取出来后准备做RNA-seq。
对于这个范围的总RNA，用kit过柱子提取RNA好，还是用TriZol，TriReagent等比较好
？还看到有推荐用Phase lock gel，这个效果怎么样？
谢谢啦！ |
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v********a
发帖数: 646 | 21 做rna很久了，一直没有明白这个道理。
无论是化学合成的rna，还是从组织提取的rna，
无论是从－80冰箱刚拿出来的，还是新鲜制备的rna
在跑PAGE之前，需要先热变性，去除RNA高级结构。这个很好理解。
问题是：为何所有的paper上，都将热变性的RNA冰上孵育后再电泳？ |
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a****o
发帖数: 1786 | 22 【 以下文字转载自 Harvard_Medical_School 俱乐部 】
发信人: amedio (Boasting Father), 信区: Harvard_Medical_School
标 题: Nature：微RNA最初形成时所起作用 zz
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Feb 25 11:36:15 2010, 美东)
Nature：微RNA最初形成时所起作用
新手指南大全导航帖【看完本贴，就能玩转星荧】
最近的研究工作表明，微RNA（普遍存在的小型非编码遗传元素，具有重要调控作用）
在多细胞动物复杂性的演化中起重要作用。那么当这些微RNA最初形成时其作用是什么
呢？
沙蚕
对海生沙蚕（岩虫）（Platynereis dumerilii）所做的一项深度测序研究及与其他两
侧对称动物所做比较表明，已知最古老的微RNA（即miR-100）最初在口腔周围的神经分
泌细胞中是活跃的。其他高度保守的微RNA最初存在于特定组织和器官系统中，如纤毛
细胞、神经系统的部分地方、肌肉组织和肠道。这项工作表明，两侧对称动物的最后共
同祖先已经具有所有这 |
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e********r
发帖数: 147 | 23 用甲醛-MOPS变性琼脂糖胶跑细菌总RNA电泳，发现样品完全降解。做实验逐一排除，发
现MOPS缓冲液，去离子甲酰胺和总RNA分别混合后65度处理都没问题，而只要把甲醛和
RNA混合后就会降解。奇怪的是，换了几瓶甲醛都是这个结果，而别人的总RNA用同样的
甲醛没问题，极为郁闷，难道我们的总RNA和甲醛不对付？RP不够？
各位说说看这该如何是好？ |
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f*********r
发帖数: 1233 | 24 我不直接回答你的问题，只是提供一个貌似更好的、而且可行的方案。
与其用trizol，加什么氯仿、异丙醇，最后是乙醇这么多步骤，不如用RNAzol一步完成
。pipette的时候，不用担心多吸会有下层液体的污染。因为rnazol根本没有液体分层。
不管用那种试剂，你这种从活体组织提取rna的情况，根本用不着100mg。尤其象肝脏。
有两三粒芝麻大小的组织就完全可以了。当然，还是用1ml试剂比较稳妥。
另外，在加异丙醇（或者别的醇）沉淀rna的时候，不一定按照说明那样离心。可以采
取小一些转速。这样出来的pellet比较松。用酒精洗就会洗得干净。最后溶解的时候也
更容易。不用担心低转速会导致低收获量。你有足够的样品，不存在收获量低的问题。
只要动作快，不用担心常温、低温。比如用rnazol，从匀浆化到形成rna沉淀pellet，
不超过20分钟。从头至尾都有保护：试剂可以保护溶解状态rna不受降解，沉淀状态的
rna也不容易降解。
为了提高匀浆化效率，可采用sonication。10秒钟可以完全打散任何组织。 |
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z***x
发帖数: 80 | 25 I have no experience of isolating RNA from cartilage but need to do it soon.
Cartilage contains a lot of proteoglycans and glycosaminoglycans (GAGs). I
first homogenized cartilage into powders by freeze-milling. I then tried
guanidine and phenol to dissolve the cartilage powder but it was not quite
efficient. Most of the 100mg of cartilage powder was not dissolved in 2 ml
guanidine/phenol (Qiagen tissue lysis reagent).
The other question is that RNA and GAGs are both negatively charged polymers
... 阅读全帖 |
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a*****t
发帖数: 2 | 26 我对实验不是很懂，没做过实验。
RNA测序所指的total RNA是不是包括细胞内的所有RNA？不区分Nuclear or
Cytoplasmic？如果不区分，那是不是核内的初生RNA也被测到了？ |
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M*****e
发帖数: 279 | 27 RNALater did not work for me when I extracted total RNA from my mouse (thin)
tissues that were snap frozen in liquid nitrogen, stored frozen, and ground or pulverized while it was frozen.
Without RNALater treatment and storage of mouse tissue in RNALater, I got
perfect total RNA from mouse tissues using the same RNA extraction method.
The quality of total RNA extracted from RNALater treated mouse tissues may
look good by NanoDrop. However, the quality is actually bad when it is
checked by Agilen... 阅读全帖 |
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h******y
发帖数: 351 | 28 RNA-RNA has a higher Tm than RNA-DNA, so you can use more stringent washing
in your in situ and get better background. In a nutshell, RNA probe is
better than DNA probe. Of course, your RNA probes should be free of any
RNase contamination.
Current commercially available DIG labeling kits is as sensitive as
radioactive labeling kits, although the advantage of using radioactive-
labeled probes is that you can do quantification analysis by densitometry.
The disadvantage of radioactive-labeled pro... 阅读全帖 |
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s*****g
发帖数: 87 | 29 各位有谁试过直接把RNA转进Hela 或者Hek293 细胞？
我们经常用lipofectmin 2000 或者 FuGene 转plamsid，根据原理上来看，转染DNA和
RNA应该是一回事，是否可以用同样的方法转RNA?
还有，转入细胞的RNA要多久会被degrade？有没有什么方法延缓RNA被细胞降解？
多谢！ |
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g*********5
发帖数: 2533 | 30 rna 蛋白相互作用
想直接从公司 order rna 5‘ 标记的oligo, 50 bp long。 IDT could link Licor
dye to the RNA.So use it I could see the shift directly from gel.
大家order rna的时候，是不是 都要用hplc纯化？
charge another 75刀
脱盐不要钱, but I don't know if the desalt quality is fine for the RNA-shift
experiment.
thanks |
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z**********8
发帖数: 766 | 31 从微量培养细胞中抽提RNA，没有问题，RIN大于9.2
从微量病人骨髓分选细胞中抽提，少量介于8-9，大多3-8，质量不足以继续测序（for
RNAseq）。
Nanodrop测的浓度都介于20-几百ng/ul，现在浓度不是我最大的问题，RNA降解造成的
质量问题无法解决。
尝试了qiagen的两个kit： Allprep DNA/RNA/Protein 80004；Allprep DNA/RNA 80204
，两个没有大的区别，都是从培养细胞中没问题，抽提病人样品就不行。在犹豫是不是
只能用RNAeasy kit？
问了好几个qiagen的tech support，也分别尝试了他们的方法，均不能提高RNA质量
请教哪位达人有私人珍藏经验可以分享一下吗，多谢了！ |
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r**a
发帖数: 121 | 32 我们研究的一个蛋白，有一个HTH motif
以前的文章证明它可以in vitro结合DNA，但是10多年来一直没有后续进展
我们觉得，它可能实际上结合的是RNA
它在几个大规模RNA binding protein的筛选里被发现
同时有报道它可以和ribosome结合，可能通过RNA方式
现在，我们不知道它倒底结合什么RNA
有什么好的方法可以证明这个是RNA结合蛋白呢？ |
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a********k
发帖数: 2273 | 33 yeast three hybrid
我们研究的一个蛋白，有一个HTH motif
以前的文章证明它可以in vitro结合DNA，但是10多年来一直没有后续进展
我们觉得，它可能实际上结合的是RNA
它在几个大规模RNA binding protein的筛选里被发现
同时有报道它可以和ribosome结合，可能通过RNA方式
现在，我们不知道它倒底结合什么RNA
有什么好的方法可以证明这个是RNA结合蛋白呢？ |
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m*********D
发帖数: 1727 | 34 能不能in vitro translation合成S-35标记你的蛋白，然后把这个蛋白和你感兴趣的细
胞里分离纯化出来total RNA混合（注意buffer,pH），上Electrophoretic mobility
shift assay（EMSA)gel,比较有RNA和没有RNA的lane上条带的变化。还可以再有一个蛋
白-RNA-RNase的lane作比较。应该可以证明你的蛋白是不是和RNA结合。 |
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n********e
发帖数: 1630 | 35 这个问题我遇到过。RNA 到cDNA， 不同的RNA 的浓度影响RT的效率，你可以做个
standard curve， 用一系列浓度，包括你估计的RNA 药品的浓度（通过preliminary的
RT pcr测） 如果你的样品差别不大，就没问题，如果你的样品浓度差别很大。有可能
浓度很低的样品，RT 效率也低。我遇到过。我的经验是 10^9 以上的copy number，
基本可以达到1 RNA 得到 1 cDNA， 但是这个浓度做qPCR 太高。如果是 10^2 - 10^7
copy RNA 做RT，效率会很低，我最好的结果是10%。这个10%是在这个范围内一致的。
所以也没问题。你用的是什么RTase， Superscript III 好一点，另外加点RNAase
inhibitor.
我曾经为这个RT step折腾了很久。。。后来知道，很多人都不这么做，直接拿内参。
。但是确实RT effeiciency在不同浓度是不一样的 |
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发帖数: 1 | 36 中山大学药学院肿瘤RNA生物学博士后招聘（底薪20万每年，可在站2~4年）
招聘人：王红胜 副教授、博士生导师、广东省杰青
联系电话：020-39943024
电子邮箱：[email protected]; [email protected]
招聘人简介
王红胜，男，中山大学药学院副教授，博士生导师、广东省杰青。目前主要研究RNA修
饰及非经典雌激素信号在肿瘤发生发展机制及其靶向治疗策略。作为项目负责人先后主
持国家自然基金（面上2项、青年1项）、广东省自然科学基金杰出青年基金等12项课题
。获第八届中国药学会-赛诺菲青年生物药物奖（2016）、广东省自然科学基金杰出青
年基金（2014），“广东特支计划”百千万青年工程拔尖人才，广州市“珠江科技新星
”等荣誉。近五年发表SCI论文58篇，其中通讯作者23篇/第一作者11篇。在通讯及第一
作者发表的32篇论文中，影响因子大于5的共有13篇，属于中科院JCR期刊分区一区论文
11篇。通讯及第一作者论文总计影响因子超过150。总计引用次数超过1200次，h-index
为23。获得国家发明专利两项，参加国际性学术会议并做... 阅读全帖 |
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a****o
发帖数: 1786 | 37 Nature：微RNA最初形成时所起作用
新手指南大全导航帖【看完本贴，就能玩转星荧】
最近的研究工作表明，微RNA（普遍存在的小型非编码遗传元素，具有重要调控作用）
在多细胞动物复杂性的演化中起重要作用。那么当这些微RNA最初形成时其作用是什么
呢？
沙蚕
对海生沙蚕（岩虫）（Platynereis dumerilii）所做的一项深度测序研究及与其他两
侧对称动物所做比较表明，已知最古老的微RNA（即miR-100）最初在口腔周围的神经分
泌细胞中是活跃的。其他高度保守的微RNA最初存在于特定组织和器官系统中，如纤毛
细胞、神经系统的部分地方、肌肉组织和肠道。这项工作表明，两侧对称动物的最后共
同祖先已经具有所有这些结构了。 |
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l******n
发帖数: 301 | 38 哦，还是这个提RNA的问题。
br />
1，蛋白并不会完全分配到酚相中去。酚使蛋白变性，暴露出一部分憎水基团；变性的蛋白
质不再溶于水相而从水相中分离出来。或许蛋白上还有一部分亲水基团，使蛋白象表面活
性剂一样滞留在酚和水的界面？不懂，搞化学的人应该更明白一点。
br />
2，我只用酸性酚而不加氯仿去抽提样品RNA时，发现整个体系不分相。在抽提质粒时只加
Tris酚不加氯仿体系也能分成清晰的两相 。酸性时，酚的羟基不能电离；碱性时，酚的羟
基才能电离。所以碱性时应该不能分相才对。想不明白。涉及到氢鍵我就更糊涂了，氢鍵
和PH是什么关系
3，前面提到在用酸性酚而不加氯仿抽提RNA时体系并不分相，这时即使只加入1/5 体积
的氯仿，酚就可以立刻跑到氯仿中去。是否可以认为在酸性条件下，酚的羟基不能解离
从而不带电荷，于是更容易和氯仿结合。这个我能想通。
4，不管是DNA还是RNA，都是酸性，也就是说等电点<7.pH大于等电点时，核酸带负电，溶
于水相； pH等于等电点时，核酸不带电荷；pH<7时，磷酸骨架和核糖的羟基应该怎样电
离？想不明白。我想他们应该都是不带电的，因此应该不在水相。但 |
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f******s
发帖数: 115 | 39 可是qiagen说明书有这么一句话：
6. After storage, purify RNA using a QIAGEN kit (see Table 1, page 8).
Be sure to remove tissues from RNAlater RNA Stabilization Reagent prior to
disruption and homogenization in the RNA purification procedure. If tissues
were stored at –20°C, remove any crystals that may have formed.
他们说的”remove any crystals that may have formed“到底是往哪里remove是要还
是不要？而还有个问题，sample在rna later中放置久了会不会造成sample丢失？ |
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l******u
发帖数: 936 | 40 切的细胞多RNA就多啊 ,取决你切多少细胞.
一般每个动物细胞20-50 pg total RNA.
用 Agilent Bioanalyzer 测 RNA quality 只要1微升
但是 Agilent Bioanalyzer 测RNA 浓度不准确,
所以要用nano drop 测浓度,
但是浓度在 在 20ng/微升以下, nanodrop 也测不准 |
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v***a
发帖数: 1242 | 41 我也挑我知道的说说。
liver里提取RNA我也出现相同的状况，非常难溶，一般我会根据pellet大小加多点DEPC
水，如果还是不溶，我也不管它，貌似放到-80度储存后它最终会自己溶掉的。要么我
就多vortex一下。
有个数据说1mg的tissue中，muscle或brain等大约可以得到1-1.5 ug的RNA，而liver可
以得到6-10 ug的RNA。所以巨多RNA正常。 |
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O*********e
发帖数: 79 | 42 天，这个都会上首页。。
多谢wdgca的回复，我也觉得是macrophage的问题。下次用那个kit试试看
不是干透的问题，我提RNA已经有4年了，从来不用speed vacuum，都是风干的，pellet
一变透明就加TE。TE和water我都用过，做microarray的样品用nuclease-free water，
其他没那么高质量要求的时候就用TE，没发现什么区别。还有我前面说过，我同时提的
macrophage和splenocyte的RNA，后者一点问题都没有，macrophage的RNA pellet其实
还小些，但就是不溶。昨天折腾了好久，还是能看到薄薄的一片pellet飘在管子里，但
测 OD到了100ng/ul，足够一个反转录PCR了,就将就着用了。下次一定试试那个Qiagen
RNeasy Kit。也给以后要提macrophage RNA的同学提个醒，really tough pellet，要
是样品宝贵的话不要自己提，直接上kit。 |
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a********n
发帖数: 844 | 43 估计所有RNA都在，分析问题的时候要想想提total RNA的实验步骤，如果没有特殊操作
，怎么可能把这两部分的RNA分开呢？ |
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s******r
发帖数: 2876 | 44 提RNA的kit不贵，你完全可以全部都提，
等genotype结果出来吧不要的扔掉。
准备从wildtype和mutant的老鼠里取mouse tissue，提取total RNA后做mRNA
seqencing。
在犹豫是用Trizol还是Qiagen RNeasy Protect Mini Kit，因为需要先取胚胎，然后
PCR鉴定genotype，之后才能决定需要做哪个，因此最好能将tissue保存一段时间。
Qiagen的kit里面有一个RNAlater RNA Stabilization Reagent，号称tissue放在里面
可以4度保存4周而RNA不被降解，真的这么安全么？有没有用过这个kit的朋友。
另外mRNA sequencing给的结果到底有多可信？定量分析怎么样？多谢。 |
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t*****z
发帖数: 1598 | 45 我用一般的琼脂糖凝胶跑RNA电泳，跑出来看着不错的，但是条带的大小和边上的DNA分
子量标准对不起来。我想可能是因为RNA分子的迁移率和DNA不一样，所以不能直接对照
。那么有没有公式可以把DNA分子量标准的条带换算成RNA的分子量呢？如果没有的话，
我是不是非得去买专为RNA设计的分子量标准呢？
另外，用反转录酶（Invitrogen SuperScript III）合成出来的cDNA，用OD260怎样定
量？是像DNA一样乘以50，还是乘以33或者别的什么因子吗？
多谢大家！ |
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j*****d
发帖数: 787 | 46 http://the-scientist.com/2011/09/20/plant-rnas-found-in-mammals
+Plant RNAs Found in Mammals
MicroRNAs from plants accumulate in mammalian blood and tissues, where they
can regulate gene expression.
By Cristina Luiggi | September 20, 2011
11 Comments Link thisStumbleTweet thisDreamstime.com, Rewat
WannasukMicroRNAs from common plant crops such as rice and cabbage can be
found in the blood and tissues of humans and other plant-eating mammals,
according to a study published today in Cell Research.... 阅读全帖 |
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t*d
发帖数: 1290 | 47 biological replicates 不一定比 technical replicates 更有意义。有些时候我们就
是希望知道technical replicates 的variation。
比如有人想做基因表达普，找差异表达的基因。一般现在第一个问题就是用microarray
还是 RNA-seq。如果目的是找差异表达基因，那么variation between technical
replicates 直接影响到 statistical power。如果同样两份细胞，通过 RNA-seq 流程
做出来（包括建库）的variation 比通过 microarray 流程做出来的variation 大，那
就是用microarray 做更好了。
那种之比较不同 lane 之间的 variation 对生物学家来说，没有什么现实指导意义。
另外，现在不少人认为 RNA-seq 成本已经将下来，和microarray 差不多了。可是这个
成本的下降是通过barcode multiplex 来实现的的。所以要比较 RNA-seq 和
microarray，最好能在同成本的条件下比。 |
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i****t
发帖数: 58 | 48 今天提取RNA,方法是先trizol碾磨保存样品（取样品要用很长时间，不能马上提取），
然后解冻加chloroform（200ul/1ml Trizol）离心取上清液,再直接用RNeasy kit提取
（就是先ethanol再...）。得到的RNA，260/280很好，但260/230较低。大家能否给点
建议，能怎样纯化一下，得到的RNA量较低（35ng/ul for 25 ul）？RNA是用来做qPCR
的，担心是不是phenol而影响酶活性。谢谢 |
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e***o
发帖数: 344 | 49 不知道这套系统的效率如何。RNA-Protein复合体需要进入核内才能激活报告基因。不
知道怎么才能高效入核激活报告基因。和RNA IP不知道哪个更好。好像现在有利用RNA-
Protein 交链的方法，但不是很明白。 |
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l******g
发帖数: 1145 | 50 我现在在做些ex vivo的实验，就是把mouse的主动脉分离出来后，放在培养基里养三天
，同时加药。三天后收集样品提rna,然后profiling下各基因的表达，看是否和in
vitro的结果一致。
如果分离主动脉后立刻提rna,结果一直很好。但现在ex vivo养了几天后，碰到了些问
题。
1,培养几天后，能提出来的rna量急剧减少，感觉养几天后组织不是很健康的原因。少
归少，但还是够做rt之类的后续。
2,我通常用18S和gapdh做realtime pcr的内参。但郁闷的是，在加药处理的样品里，这
两个基因的表达也呼呼的往上升，甚至比要检测的其他基因升得都要高。以至于
normalize后，根本看不到变化，甚至是相反的变化。ps，在做rt的时候，每个样品我
都加了相同量的rna，按经验来说，内参应该非常接近，曲线几乎都重合在一起才对。
现求问怎么破？
我感觉技术上没什么问题，最简单的就是换一个比较stable的内参（尤其是心血管系统
内的）。
求有经验的推荐！一经验证work的话，双黄包奉上！ |
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