l******o
发帖数: 3764 | 1 今天看结果发现的
当然可能说明genotyping错了
不过很怀疑这种可能 因为我们有好几个不同的race group 都是混在一起做的
只有其中一个race出现HWE不平衡，而且p<10E-12
这样是否有可能在这个race里面 这个位置其实是有不同的多态性的呢？
无论那种情况，genotyping错了或者其他可能性，我应该怎么办呢
刚开始接触SNP 周围也没有有经验的人可以请教
还请同学们给点建议哈
谢谢啦 |
m*****s
发帖数: 156 | 2 possible reasons:
selection
non-random mating
migration
If you are doing association analysis, typically just remove the SNP under
HWD.
【在 l******o 的大作中提到】
: 今天看结果发现的
: 当然可能说明genotyping错了
: 不过很怀疑这种可能 因为我们有好几个不同的race group 都是混在一起做的
: 只有其中一个race出现HWE不平衡，而且p<10E-12
: 这样是否有可能在这个race里面 这个位置其实是有不同的多态性的呢？
: 无论那种情况，genotyping错了或者其他可能性，我应该怎么办呢
: 刚开始接触SNP 周围也没有有经验的人可以请教
: 还请同学们给点建议哈
: 谢谢啦
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g*********t
发帖数: 271 | 3 what is the sample size and the call rate of the SNP?
If the sample size is large and the call rate is no smaller than 98%, in
most situations, genotyping has problems.
【在 l******o 的大作中提到】
: 今天看结果发现的
: 当然可能说明genotyping错了
: 不过很怀疑这种可能 因为我们有好几个不同的race group 都是混在一起做的
: 只有其中一个race出现HWE不平衡，而且p<10E-12
: 这样是否有可能在这个race里面 这个位置其实是有不同的多态性的呢？
: 无论那种情况，genotyping错了或者其他可能性，我应该怎么办呢
: 刚开始接触SNP 周围也没有有经验的人可以请教
: 还请同学们给点建议哈
: 谢谢啦
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l******o
发帖数: 3764 | 4 谢谢 能具体展开说说不？
【在 m*****s 的大作中提到】
: possible reasons:
: selection
: non-random mating
: migration
: If you are doing association analysis, typically just remove the SNP under
: HWD.
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l******o
发帖数: 3764 | 5 sample size>500 for each races
call rate不记得了 不过印象中还比较高
如果是genotype problem,为啥偏偏这个race里有问题别的人种里正常呢？
都是混在一起做的 并没有按种族分开
谢谢哈
【在 g*********t 的大作中提到】
: what is the sample size and the call rate of the SNP?
: If the sample size is large and the call rate is no smaller than 98%, in
: most situations, genotyping has problems.
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s*r
发帖数: 2757 | 6 call rate by ethnicity group
nearby snp frequecy |
r*****l
发帖数: 457 | 7 HWD 影响association 吗？
感觉HWD描述的是一个locus的不同states，association是两个loci之间的LD
【在 m*****s 的大作中提到】
: possible reasons:
: selection
: non-random mating
: migration
: If you are doing association analysis, typically just remove the SNP under
: HWD.
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s*****0
发帖数: 357 | 8 你把两个loci之间的non-random association和genotype-phenotype association的“
association"搞混了。前者是通常所说的linkage，后者才是GWAS常常提到的disease或
者drug response association。
位点如果in strong HWD，如果原因不明，通常会被dropped掉，因为结果不可靠.
【在 r*****l 的大作中提到】
: HWD 影响association 吗？
: 感觉HWD描述的是一个locus的不同states，association是两个loci之间的LD
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l******o
发帖数: 3764 | 9 你说的对，不过怎样分析原因呢？如果是技术原因genotyping结果错了，怎样看出来是
因为技术问题导致的？
如果不是技术问题，又该咋办比较好呢？
偶比较菜，请多多指教哈～～
【在 s*****0 的大作中提到】
: 你把两个loci之间的non-random association和genotype-phenotype association的“
: association"搞混了。前者是通常所说的linkage，后者才是GWAS常常提到的disease或
: 者drug response association。
: 位点如果in strong HWD，如果原因不明，通常会被dropped掉，因为结果不可靠.
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