s******s 发帖数: 13035 | 1 $50k, 10-20m/run, 1 day preparation, several hours run, 99% accuracy.
重要的是,这个是纯粹CHIP上read电信号,没有camera啥事情,这个以后完全IT化了 |
j****x 发帖数: 1704 | 2 throughput似乎没太多优势,accuracy可提高的空间还很大。
继续等啊等 |
e*****t 发帖数: 642 | 3 it's 0.5k per run,buddy. |
c*********y 发帖数: 1952 | 4 it is aiming to sell the machine or the seq service? |
b****r 发帖数: 17995 | 5 啥?五百刀一个genome?
一个run啥意思a
【在 e*****t 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : it's 0.5k per run,buddy.
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s******s 发帖数: 13035 | 6 life花了$0.7B,所以开始肯定会贵点,这个成本应该很低的。
重要的是,这个scale up完全没有bottle neck, CHIP上多dig
点洞就行了,完全可以想想,这个能够达到intel这种芯片制造
水平能够多恐怖,而且reads长,准确率高。
【在 e*****t 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : it's 0.5k per run,buddy.
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y***i 发帖数: 11639 | 7 read有多长?
【在 s******s 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : life花了$0.7B,所以开始肯定会贵点,这个成本应该很低的。 : 重要的是,这个scale up完全没有bottle neck, CHIP上多dig : 点洞就行了,完全可以想想,这个能够达到intel这种芯片制造 : 水平能够多恐怖,而且reads长,准确率高。
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s******s 发帖数: 13035 | 8 没看到,记得以前见到说是100-200,不过也可能记错了。
关键是这玩意不用复杂chemistry, 不用camera,完全就是靠一块芯片,
大家都知道,芯片这玩意要提高density还不是和玩一样。
【在 y***i 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : read有多长?
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b******n 发帖数: 4225 | 9 我们学校很快有ion torrent的测序服务了
学校测序中心的人说不算人工,成本就$500/run
$250 chip, $250 reagent
100M/run
估计加上人工大概$700左右吧
最重要的还是后面的reads->contig assembly
【在 s******s 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : $50k, 10-20m/run, 1 day preparation, several hours run, 99% accuracy. : 重要的是,这个是纯粹CHIP上read电信号,没有camera啥事情,这个以后完全IT化了
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s******s 发帖数: 13035 | 10 算上prep了没有?这个还是比illumina便宜点
【在 b******n 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 我们学校很快有ion torrent的测序服务了 : 学校测序中心的人说不算人工,成本就$500/run : $250 chip, $250 reagent : 100M/run : 估计加上人工大概$700左右吧 : 最重要的还是后面的reads->contig assembly
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s******9 发帖数: 283 | 11 Is there any publication on this technology in detail? |
j****x 发帖数: 1704 | 12 降低成本,同时提高通量,这个没问题。
但是所谓“reads长,准确率高”,这个即便是和现有2代测序技术相比,也还有不小的
差距。不过基于电信号而不是camera,理论上提高起来难度不大,空间不小。
【在 s******s 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 算上prep了没有?这个还是比illumina便宜点
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n******7 发帖数: 12463 | 13 3代的几个技术 好像accuracy都还不行阿 |
m***T 发帖数: 11058 | 14 Ion的throughput目前还不高,所以目前定位主要是Target reseq。虽然throughput还
比不上二代,但它的cost,running time及accuracy等等都比较适合于临床,而且data
量小,所以bioinfo方面的hurdle会相对低一些。 |
m***T 发帖数: 11058 | 15 这个应该是没有,前期的prep要另算。但成本也不太高。
【在 s******s 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 算上prep了没有?这个还是比illumina便宜点
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b****r 发帖数: 17995 | 16 请教一下你在哪里看到技术细节的,能给个source吗。
另外你确定是target reseq吗?他是怎么实现这个target的?
data
【在 m***T 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : Ion的throughput目前还不高,所以目前定位主要是Target reseq。虽然throughput还 : 比不上二代,但它的cost,running time及accuracy等等都比较适合于临床,而且data : 量小,所以bioinfo方面的hurdle会相对低一些。
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m***T 发帖数: 11058 | 17 从100bp起
【在 s******s 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 没看到,记得以前见到说是100-200,不过也可能记错了。 : 关键是这玩意不用复杂chemistry, 不用camera,完全就是靠一块芯片, : 大家都知道,芯片这玩意要提高density还不是和玩一样。
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m***T 发帖数: 11058 | 18 你看我说得太多了不是,把商业机密都泄露出来了.........just kidding。
这些specs其实已经不是秘密了,在ASHG上已经都说得一清二楚了。它的定位是由它的
throughput来决定的,Target和其它二代的准备没啥本质上的区别。
【在 b****r 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 请教一下你在哪里看到技术细节的,能给个source吗。 : 另外你确定是target reseq吗?他是怎么实现这个target的? : : data
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b****r 发帖数: 17995 | 19 哦,不好意思开始没看明白,就是说还得要别的target的技术
比较搞笑的是这机器上面还可以直接插个iphone 来操纵,看来发明者是个jobs饭 lol
【在 m***T 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 你看我说得太多了不是,把商业机密都泄露出来了.........just kidding。 : 这些specs其实已经不是秘密了,在ASHG上已经都说得一清二楚了。它的定位是由它的 : throughput来决定的,Target和其它二代的准备没啥本质上的区别。
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m***T 发帖数: 11058 | 20 你在二代platform象SOLiD和HiSeq上怎么enrich target,在Ion上的道理是一样的。
Jonathan M. Rothberg应该是个Apple饭。我挺佩服它的,弄了几家startup,然后时机
一成熟就卖出去。而且几家公司的影响力都不小。
lol
【在 b****r 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 哦,不好意思开始没看明白,就是说还得要别的target的技术 : 比较搞笑的是这机器上面还可以直接插个iphone 来操纵,看来发明者是个jobs饭 lol
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b****r 发帖数: 17995 | 21 多谢提醒,就说这名字怎么这么耳熟,原来454 和droplet based microfluidics都是
他搞出来的
【在 m***T 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 你在二代platform象SOLiD和HiSeq上怎么enrich target,在Ion上的道理是一样的。 : Jonathan M. Rothberg应该是个Apple饭。我挺佩服它的,弄了几家startup,然后时机 : 一成熟就卖出去。而且几家公司的影响力都不小。 : : lol
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p******n 发帖数: 874 | 22 100M per run, the through put is too low. Now to sequence a human genome
that have enough coverage (30x), the bam file has a size of 100G. |
m***T 发帖数: 11058 | 23 所以它的定位一开始就不是whole genome。有时候并不需要大而全,而是小而精,比如
定位于检测某种疾病,应该是足够了。Ion对于microarray的冲击可能会更大,尤其是
validation或clinical方面。
【在 p******n 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 100M per run, the through put is too low. Now to sequence a human genome : that have enough coverage (30x), the bam file has a size of 100G.
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e****e 发帖数: 3450 | 24 andy fire最近几年给seminar都要放一张isequencer的片子,模仿iphone的
lol
【在 b****r 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 哦,不好意思开始没看明白,就是说还得要别的target的技术 : 比较搞笑的是这机器上面还可以直接插个iphone 来操纵,看来发明者是个jobs饭 lol
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s******y 发帖数: 28562 | 25 wow
【在 s******s 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : $50k, 10-20m/run, 1 day preparation, several hours run, 99% accuracy. : 重要的是,这个是纯粹CHIP上read电信号,没有camera啥事情,这个以后完全IT化了
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