s******s
发帖数: 13035 | 1 $50k, 10-20m/run, 1 day preparation, several hours run， 99% accuracy.
重要的是，这个是纯粹CHIP上read电信号，没有camera啥事情，这个以后完全IT化了 |
j****x
发帖数: 1704 | 2 throughput似乎没太多优势，accuracy可提高的空间还很大。
继续等啊等 |
e*****t
发帖数: 642 | 3 it's 0.5k per run,buddy. |
c*********y
发帖数: 1952 | 4 it is aiming to sell the machine or the seq service? |
b****r
发帖数: 17995 | 5 啥？五百刀一个genome？
一个run啥意思a
【在 e*****t 的大作中提到】
: it's 0.5k per run,buddy.
|
s******s
发帖数: 13035 | 6 life花了$0.7B，所以开始肯定会贵点，这个成本应该很低的。
重要的是，这个scale up完全没有bottle neck， CHIP上多dig
点洞就行了，完全可以想想，这个能够达到intel这种芯片制造
水平能够多恐怖，而且reads长，准确率高。
【在 e*****t 的大作中提到】
: it's 0.5k per run,buddy.
|
y***i
发帖数: 11639 | 7 read有多长？
【在 s******s 的大作中提到】
: life花了$0.7B，所以开始肯定会贵点，这个成本应该很低的。
: 重要的是，这个scale up完全没有bottle neck， CHIP上多dig
: 点洞就行了，完全可以想想，这个能够达到intel这种芯片制造
: 水平能够多恐怖，而且reads长，准确率高。
|
s******s
发帖数: 13035 | 8 没看到，记得以前见到说是100－200，不过也可能记错了。
关键是这玩意不用复杂chemistry, 不用camera，完全就是靠一块芯片，
大家都知道，芯片这玩意要提高density还不是和玩一样。
【在 y***i 的大作中提到】
: read有多长？
|
|
b******n
发帖数: 4225 | 9 我们学校很快有ion torrent的测序服务了
学校测序中心的人说不算人工，成本就$500/run
$250 chip, $250 reagent
100M/run
估计加上人工大概$700左右吧
最重要的还是后面的reads->contig assembly
【在 s******s 的大作中提到】
: $50k, 10-20m/run, 1 day preparation, several hours run， 99% accuracy.
: 重要的是，这个是纯粹CHIP上read电信号，没有camera啥事情，这个以后完全IT化了
|
s******s
发帖数: 13035 | 10 算上prep了没有？这个还是比illumina便宜点
【在 b******n 的大作中提到】
: 我们学校很快有ion torrent的测序服务了
: 学校测序中心的人说不算人工，成本就$500/run
: $250 chip, $250 reagent
: 100M/run
: 估计加上人工大概$700左右吧
: 最重要的还是后面的reads->contig assembly
|
|
|
s******9
发帖数: 283 | 11 Is there any publication on this technology in detail? |
j****x
发帖数: 1704 | 12 降低成本，同时提高通量，这个没问题。
但是所谓“reads长，准确率高”，这个即便是和现有2代测序技术相比，也还有不小的
差距。不过基于电信号而不是camera，理论上提高起来难度不大，空间不小。
【在 s******s 的大作中提到】
: 算上prep了没有？这个还是比illumina便宜点
|
n******7
发帖数: 12463 | 13 3代的几个技术 好像accuracy都还不行阿 |
m***T
发帖数: 11058 | 14 Ion的throughput目前还不高，所以目前定位主要是Target reseq。虽然throughput还
比不上二代，但它的cost，running time及accuracy等等都比较适合于临床，而且data
量小，所以bioinfo方面的hurdle会相对低一些。 |
m***T
发帖数: 11058 | 15 这个应该是没有，前期的prep要另算。但成本也不太高。
【在 s******s 的大作中提到】
: 算上prep了没有？这个还是比illumina便宜点
|
b****r
发帖数: 17995 | 16 请教一下你在哪里看到技术细节的，能给个source吗。
另外你确定是target reseq吗？他是怎么实现这个target的？
data
【在 m***T 的大作中提到】
: Ion的throughput目前还不高，所以目前定位主要是Target reseq。虽然throughput还
: 比不上二代，但它的cost，running time及accuracy等等都比较适合于临床，而且data
: 量小，所以bioinfo方面的hurdle会相对低一些。
|
m***T
发帖数: 11058 | 17 从100bp起
【在 s******s 的大作中提到】
: 没看到，记得以前见到说是100－200，不过也可能记错了。
: 关键是这玩意不用复杂chemistry, 不用camera，完全就是靠一块芯片，
: 大家都知道，芯片这玩意要提高density还不是和玩一样。
|
m***T
发帖数: 11058 | 18 你看我说得太多了不是，把商业机密都泄露出来了.........just kidding。
这些specs其实已经不是秘密了，在ASHG上已经都说得一清二楚了。它的定位是由它的
throughput来决定的，Target和其它二代的准备没啥本质上的区别。
【在 b****r 的大作中提到】
: 请教一下你在哪里看到技术细节的，能给个source吗。
: 另外你确定是target reseq吗？他是怎么实现这个target的？
:
: data
|
b****r
发帖数: 17995 | 19 哦，不好意思开始没看明白，就是说还得要别的target的技术
比较搞笑的是这机器上面还可以直接插个iphone 来操纵，看来发明者是个jobs饭 lol
【在 m***T 的大作中提到】
: 你看我说得太多了不是，把商业机密都泄露出来了.........just kidding。
: 这些specs其实已经不是秘密了，在ASHG上已经都说得一清二楚了。它的定位是由它的
: throughput来决定的，Target和其它二代的准备没啥本质上的区别。
|
m***T
发帖数: 11058 | 20 你在二代platform象SOLiD和HiSeq上怎么enrich target，在Ion上的道理是一样的。
Jonathan M. Rothberg应该是个Apple饭。我挺佩服它的，弄了几家startup，然后时机
一成熟就卖出去。而且几家公司的影响力都不小。
lol
【在 b****r 的大作中提到】
: 哦，不好意思开始没看明白，就是说还得要别的target的技术
: 比较搞笑的是这机器上面还可以直接插个iphone 来操纵，看来发明者是个jobs饭 lol
|
|
|
b****r
发帖数: 17995 | 21 多谢提醒，就说这名字怎么这么耳熟，原来454 和droplet based microfluidics都是
他搞出来的
【在 m***T 的大作中提到】
: 你在二代platform象SOLiD和HiSeq上怎么enrich target，在Ion上的道理是一样的。
: Jonathan M. Rothberg应该是个Apple饭。我挺佩服它的，弄了几家startup，然后时机
: 一成熟就卖出去。而且几家公司的影响力都不小。
:
: lol
|
p******n
发帖数: 874 | 22 100M per run, the through put is too low. Now to sequence a human genome
that have enough coverage (30x), the bam file has a size of 100G. |
m***T
发帖数: 11058 | 23 所以它的定位一开始就不是whole genome。有时候并不需要大而全，而是小而精，比如
定位于检测某种疾病，应该是足够了。Ion对于microarray的冲击可能会更大，尤其是
validation或clinical方面。
【在 p******n 的大作中提到】
: 100M per run, the through put is too low. Now to sequence a human genome
: that have enough coverage (30x), the bam file has a size of 100G.
|
e****e
发帖数: 3450 | 24 andy fire最近几年给seminar都要放一张isequencer的片子，模仿iphone的
lol
【在 b****r 的大作中提到】
: 哦，不好意思开始没看明白，就是说还得要别的target的技术
: 比较搞笑的是这机器上面还可以直接插个iphone 来操纵，看来发明者是个jobs饭 lol
|
s******y
发帖数: 28562 | 25 wow
【在 s******s 的大作中提到】
: $50k, 10-20m/run, 1 day preparation, several hours run， 99% accuracy.
: 重要的是，这个是纯粹CHIP上read电信号，没有camera啥事情，这个以后完全IT化了
|
