c*******y
发帖数: 161 | 1 我目前得到大量微生物同一基因的的DNA序列,可以直接对DNA序列进行比对,得到进化关
系,我发现DNA序列存在着差异,同时我想进一步利用DNA序列进行相关蛋白质的序列比对
. 因为考虑到DNA序列虽然有差异,但是在蛋白质水平上也许未必有差异.请问如何利用
DNA序列进行蛋白质的比对呢?不想一个一个的翻译,觉得太麻烦了,有每没有专用的软件
呢?可以直接把大量的DNA序列转为蛋白质序列进行比对?请了解朋友解释一下,多谢了. |
T**********t
发帖数: 1604 | 2 Jalview可以把cDNA alignment直接translate成protein sequence alignment。 |
c*******y
发帖数: 161 | 3 Jalview是否可以把大量的cDNA alignment直接translate成protein sequence
alignment呢?我有一百多个序列需要转为蛋白质进行比对,不想一个一个的翻译,可否同
时翻译进行比对呢?多谢了!
【在 T**********t 的大作中提到】
: Jalview可以把cDNA alignment直接translate成protein sequence alignment。
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T**********t
发帖数: 1604 | 4 批量translate是可以的。但是我没特别用过这个功能，不知道会不会有frame shift或
者别的问题。你先试试看好了，100多个序列align一下也不用太久。
【在 c*******y 的大作中提到】
: Jalview是否可以把大量的cDNA alignment直接translate成protein sequence
: alignment呢?我有一百多个序列需要转为蛋白质进行比对,不想一个一个的翻译,可否同
: 时翻译进行比对呢?多谢了!
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c*******y
发帖数: 161 | 5 在那里可以下载这个软件呢?可否麻烦你发到我的邮箱里呢?我的邮箱guohuayin1997@
gmail.com
多谢了!
【在 T**********t 的大作中提到】
: 批量translate是可以的。但是我没特别用过这个功能，不知道会不会有frame shift或
: 者别的问题。你先试试看好了，100多个序列align一下也不用太久。
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T**********t
发帖数: 1604 | |
y******e
发帖数: 277 | 7 用MEGA打开DNA序列
可以直接转成protein序列
不过只能in frame的转
不能检测stop codon或者frame shift
因为转换的时候都是从site 0开始翻译
自己写个小程序最方便啦
2 directions, translate from site 0 1 2
看哪一个in frame |
c*******y
发帖数: 161 | 8 非常感谢!我是得到的两个相连基因的部分序列,并不是完整的基因的全部序列,这样的
话,由于转换的时候都是从site 0开始翻译,是不是翻译出来的序列都打乱了呢?有没有
办法进行比较呢?我不会编程.希望能有个好点的解决办法. 多谢了!
【在 y******e 的大作中提到】
: 用MEGA打开DNA序列
: 可以直接转成protein序列
: 不过只能in frame的转
: 不能检测stop codon或者frame shift
: 因为转换的时候都是从site 0开始翻译
: 自己写个小程序最方便啦
: 2 directions, translate from site 0 1 2
: 看哪一个in frame
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