r*****y
发帖数: 3406 | 1 哪位做过的大侠给讲讲基本步骤啊
俺现在是有了genome的DNA序列，第一步是蛋白预测
看文献是用critica，generation， glimmer预测，在有手工fix
这些分析都是在哪做的？就在NCBI上找到了Glimmer
另外两个谁用过？是免费的软件么？
还有就是有些文献上讲IMG这个组织给手工curation
谁知道这个组织是咋回事？是免费的还是要给钱？
从来没接触过bioinformation的人在做基因组分析
内牛满面啊 |
w********e
发帖数: 275 | 2 Well, why don't you just run glimmer at first? how are you going to use the
predicted protein sequences? |
r*****y
发帖数: 3406 | 3 其实问题问错了，这些是预测基因的
序列还得等个把月，一个同事在做
俺是准备用Gilmmer了
但是俺老板让俺搞清别的办法怎么回事
他也从来没做过，帮不上什么
蛋白出来后主要是要跟一个同种的发表了的genome比较
能比较出什么来还不知道
这还只是第一步
俺想的是第二步就是预测蛋白了吧
又是一堆不知道，看不懂的软件，郁闷
the
【在 w********e 的大作中提到】
: Well, why don't you just run glimmer at first? how are you going to use the
: predicted protein sequences?
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w********e
发帖数: 275 | 4 for gene prediction, there are many tools. If you don't want to miss any
genes,use ORF finder.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gorf/
I think there should be other versions that allow you to set M as the
starting amino acid of ORF.
To see the difference on genes between two genomes, you can run a orthologs
comparison between two genomes. There are a number of those sites too, just
google.
【在 r*****y 的大作中提到】
: 其实问题问错了，这些是预测基因的
: 序列还得等个把月，一个同事在做
: 俺是准备用Gilmmer了
: 但是俺老板让俺搞清别的办法怎么回事
: 他也从来没做过，帮不上什么
: 蛋白出来后主要是要跟一个同种的发表了的genome比较
: 能比较出什么来还不知道
: 这还只是第一步
: 俺想的是第二步就是预测蛋白了吧
: 又是一堆不知道，看不懂的软件，郁闷
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C*******e
发帖数: 4348 | 5 IMG不是一个组织
是Joint Genome Institute的一个软件
按照对象的不同还分IMG-EDU（education），IMG-ER(expert)之类
http://www.jgi.doe.gov/software/
你在这个链接可以找到
不过你的genome在哪里测的序啊？
要用IMG的话你的序列必须在它的数据库里
如果不是在JGI测的，而且是刚测出来的还没有发表的，估计不在那个数据库里
【在 r*****y 的大作中提到】
: 哪位做过的大侠给讲讲基本步骤啊
: 俺现在是有了genome的DNA序列，第一步是蛋白预测
: 看文献是用critica，generation， glimmer预测，在有手工fix
: 这些分析都是在哪做的？就在NCBI上找到了Glimmer
: 另外两个谁用过？是免费的软件么？
: 还有就是有些文献上讲IMG这个组织给手工curation
: 谁知道这个组织是咋回事？是免费的还是要给钱？
: 从来没接触过bioinformation的人在做基因组分析
: 内牛满面啊
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r*****y
发帖数: 3406 | 6 多谢mm，通过我这几天的研究似乎也发现了这个问题。我的genome是在澳洲本地测的，
没发表，看来用不了IMG在线的分析。现在我的理解是得用critica，glimmer，
genemark之类的预测了之后手动fix。
【在 C*******e 的大作中提到】
: IMG不是一个组织
: 是Joint Genome Institute的一个软件
: 按照对象的不同还分IMG-EDU（education），IMG-ER(expert)之类
: http://www.jgi.doe.gov/software/
: 你在这个链接可以找到
: 不过你的genome在哪里测的序啊？
: 要用IMG的话你的序列必须在它的数据库里
: 如果不是在JGI测的，而且是刚测出来的还没有发表的，估计不在那个数据库里
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r*****y
发帖数: 3406 | 7 Thanks
orthologs
just
【在 w********e 的大作中提到】
: for gene prediction, there are many tools. If you don't want to miss any
: genes,use ORF finder.
: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gorf/
: I think there should be other versions that allow you to set M as the
: starting amino acid of ORF.
: To see the difference on genes between two genomes, you can run a orthologs
: comparison between two genomes. There are a number of those sites too, just
: google.
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r*****y
发帖数: 3406 | |
C*******e
发帖数: 4348 | 9 不客气
还有谢谢你的包子！
【在 r*****y 的大作中提到】
: 多谢mm，通过我这几天的研究似乎也发现了这个问题。我的genome是在澳洲本地测的，
: 没发表，看来用不了IMG在线的分析。现在我的理解是得用critica，glimmer，
: genemark之类的预测了之后手动fix。
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