c*******y
发帖数: 161 | 1 各位朋友，我刚开始接触生物信息，想对两株细菌的全基因组序列和蛋白质序列进行比
对，找出两株细菌之间的差别，有哪位朋友知道什么软件可以解决这个问题，并请说明
一下具体怎么安装、怎么使用?多谢了,我的邮箱g***********[email protected] |
T**********t
发帖数: 1604 | 2 你需要做的这种比对叫multiple sequence alignment
只是比较两个序列的话，用在线工具就可以了，一般都是用clustalw。
http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/
如果需要比较的序列多于500条，就只能用offline版本，上面那个网站也有下载链接的
。 |
c*******y
发帖数: 161 | 3 非常感谢您的回复,我的两个基因组序列有4MB多,估计有上千个基因序列,所以只能用
offline版本,可否告知如何下载,我去网站上看了,不知道在那里能下载这个程序,多谢!
【在 T**********t 的大作中提到】
: 你需要做的这种比对叫multiple sequence alignment
: 只是比较两个序列的话，用在线工具就可以了，一般都是用clustalw。
: http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/
: 如果需要比较的序列多于500条，就只能用offline版本，上面那个网站也有下载链接的
: 。
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e*****t
发帖数: 642 | 4 lz可能刚刚接触genomics。
怎么可有把整个genome和另外一个genome做一次alignment？
genomic的核心就是找genome的不同：1.snp,2.del/insert; 3.structure variation (
CNV).这三个都有不同的软件可以用。
建议开始前先读读genomic的一些入门paper和书，其实开始不能着急，要慢慢看书，后
来上手了就快了。 |
T**********t
发帖数: 1604 | 5 我也不是做genomics的，所以我可能没有仔细想过这个问题。楼上说的三个应用我都是
知其然不知其所以然。。。
不过whole genome alignment还是可以做的吧，那么大size的序列比对用clustalw估计
会比较吃力，但是有专门的tools的，在这里：
http://www.bioperl.org/wiki/Whole_genome_alignment |
c*******y
发帖数: 161 | 6 多谢了!我仔细研究一下.
(
【在 e*****t 的大作中提到】
: lz可能刚刚接触genomics。
: 怎么可有把整个genome和另外一个genome做一次alignment？
: genomic的核心就是找genome的不同：1.snp,2.del/insert; 3.structure variation (
: CNV).这三个都有不同的软件可以用。
: 建议开始前先读读genomic的一些入门paper和书，其实开始不能着急，要慢慢看书，后
: 来上手了就快了。
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