w******e 发帖数: 1187 | 1 测biomarker OE的话,ELISA不够精确?还是ab在lysate里不work?还是
有OE的细胞占整体比重太少?感觉FISH对操作的要求太高啊呵呵
另外请教imaging牛人,为啥还没有nb 软件能代替人眼看FISH、IF image呢?
我哥们前段时间做ctc staining,整天对着显微镜简直要瞎 |
b****r 发帖数: 17995 | 2 biomarker OE是啥,over expression?那和FISH有啥关系啊
fish不是看染色体的吗,怎么和蛋白搅和到一起了,你说的神马俺都看不懂诶
FISH有软件的吧我记得。只是如果只是偶尔用一下,graduate student比软件便宜多了 |
w******e 发帖数: 1187 | 3 nb的FISH可以看RNA还能quantify,从RNA OE推出protein OE。
别问我为啥搞这么间接,我也想知道。估计跟ab不够sensitive不够specific有关吧
【在 b****r 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : biomarker OE是啥,over expression?那和FISH有啥关系啊 : fish不是看染色体的吗,怎么和蛋白搅和到一起了,你说的神马俺都看不懂诶 : FISH有软件的吧我记得。只是如果只是偶尔用一下,graduate student比软件便宜多了
|
t*d 发帖数: 1290 | 4 为什么不 rt-pcr? FISH 看 RNA 比 rt-PCR 好在哪里?
【在 w******e 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : nb的FISH可以看RNA还能quantify,从RNA OE推出protein OE。 : 别问我为啥搞这么间接,我也想知道。估计跟ab不够sensitive不够specific有关吧
|
w******e 发帖数: 1187 | 5 in situ
【在 t*d 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 为什么不 rt-pcr? FISH 看 RNA 比 rt-PCR 好在哪里?
|
s******s 发帖数: 13035 | 6 精确度不是一个数量级的! Realtime能看到每个细胞里面个位数的transcripts?
怎么防止reverse transcription的干扰?就算做dPCR,能够对每一个细胞分开统计?
【在 t*d 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 为什么不 rt-pcr? FISH 看 RNA 比 rt-PCR 好在哪里?
|
w******e 发帖数: 1187 | 7 FISH的好处确实如你所说,可是还是不能回答我的问题——干吗搞这么麻烦?
是sample太heterogenous?还是用ab做ELISA/IHC不够灵敏?还是其他?
另外RNA跟protein copy的corellation有那么好吗?有没有一个generally
applicable rule,比如protein增进X倍RNA平均也增进y倍?
thx
【在 s******s 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 精确度不是一个数量级的! Realtime能看到每个细胞里面个位数的transcripts? : 怎么防止reverse transcription的干扰?就算做dPCR,能够对每一个细胞分开统计?
|
s******s 发帖数: 13035 | 8 RNA和Protein的corellation当然没那么强,不过不管是精度还是效率上
来说, FISH强太多了。想想药厂做screen, 几万个drug也就是100片384孔
板养的细胞,每个孔同时检测五六个marker的表达,就算要换一组基因看
也就换点probe, 多方便啊。
【在 w******e 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : FISH的好处确实如你所说,可是还是不能回答我的问题——干吗搞这么麻烦? : 是sample太heterogenous?还是用ab做ELISA/IHC不够灵敏?还是其他? : 另外RNA跟protein copy的corellation有那么好吗?有没有一个generally : applicable rule,比如protein增进X倍RNA平均也增进y倍? : thx
|
w******e 发帖数: 1187 | 9 多谢指点。同时检测5、6个如何实现?全用不同颜色??@@
【在 s******s 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : RNA和Protein的corellation当然没那么强,不过不管是精度还是效率上 : 来说, FISH强太多了。想想药厂做screen, 几万个drug也就是100片384孔 : 板养的细胞,每个孔同时检测五六个marker的表达,就算要换一组基因看 : 也就换点probe, 多方便啊。
|
s******s 发帖数: 13035 | 10 affimetrix好像现在是4-plex,用不同颜色
那个啥公司来着,我忘了名字了,N-plex的,用不用的barcode,不过要裂解细胞先
【在 w******e 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 多谢指点。同时检测5、6个如何实现?全用不同颜色??@@
|
|
|
w******e 发帖数: 1187 | 11 thx. 那个啥公司,如果是proteomics的话,估计是luminex?号称有100种组合呵呵
【在 s******s 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : affimetrix好像现在是4-plex,用不同颜色 : 那个啥公司来着,我忘了名字了,N-plex的,用不用的barcode,不过要裂解细胞先
|
t*d 发帖数: 1290 | 12 谢谢!
有必要对没一个细胞分开统计么? FISH 可以计算每个细胞里个位数的 transcripts?
我对 FISH 的了解尽限于研究 cytogenetics,看染色体拷贝数的变化。不知道 FISH
还可以检测 RNA 表到量。
【在 s******s 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 精确度不是一个数量级的! Realtime能看到每个细胞里面个位数的transcripts? : 怎么防止reverse transcription的干扰?就算做dPCR,能够对每一个细胞分开统计?
|
c*********r 发帖数: 1312 | 13 我感觉前边几位在讨论RNA的荧光原位杂交,你说的是染色体的荧光原位杂交。
有时候确实需要区别一下这两个不同的实验,同样的名字。。。
【在 t*d 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 谢谢! : 有必要对没一个细胞分开统计么? FISH 可以计算每个细胞里个位数的 transcripts? : 我对 FISH 的了解尽限于研究 cytogenetics,看染色体拷贝数的变化。不知道 FISH : 还可以检测 RNA 表到量。
|
s******s 发帖数: 13035 | 14 nnanostring
【在 w******e 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : thx. 那个啥公司,如果是proteomics的话,估计是luminex?号称有100种组合呵呵
|
s******s 发帖数: 13035 | 15 最新的技术可以。
有没有必要,要看你打算研究什么了。
比如你想看各个细胞间的variation,用realtime就不行了把。
又比如你的细胞是个mixed的population,一起realtime显然不行。
当然你可以说我Flow,但是flow也不能看不同细胞间的相互关系
【在 t*d 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 谢谢! : 有必要对没一个细胞分开统计么? FISH 可以计算每个细胞里个位数的 transcripts? : 我对 FISH 的了解尽限于研究 cytogenetics,看染色体拷贝数的变化。不知道 FISH : 还可以检测 RNA 表到量。
|