w****u
发帖数: 1078 | 1 最近老板让找一个基因的调控序列，说是promoter在genome上。但是不知道如何来找，
请高手指教！有什么软件或者程序吗？多谢 |
e*****t
发帖数: 642 | 2 你们老板很搞笑。promoter当然在genome上，难不成在protein上？
你先去genbank search一下这个gene promoter，如果有人已经找到，你就不用费时间
了。如果没有，下载这个gene 5‘end的序列，去genomatrix，他们会给你预测。
或者你找到这个gene在别的speices的5 end序列，做一个alignment，很保守的区域应
该是跟gene regulation相关的elements。 |
Z******5
发帖数: 435 | 3 去UCSC genome browser上看看，主要看聚合酶2的峰值位置，组蛋白修饰，转录因子结
合，就大概能猜到启动子位置。再结合RIKN用5'CAP方法找到的转录起始位点位置，如
果是在一起，那就非常准确了。
然后选取三四段不同长度的区域克隆到pGL3 basic载体上，看看活性就知道了。 |
b****r
发帖数: 17995 | |
e*****t
发帖数: 642 | |
w****u
发帖数: 1078 | 6 Thank you for those two replied.
However, I do not know 聚合酶2的峰值位置，组蛋白修饰，转录因子结
合?
2) gene 5‘end的序列 is before which exon? Some literatures said is before
exon1. But my boss thought it is before ATG.
3) also, based on Ensemble transcripts, there are 4 different transcripts.
Every one has different start exon. in this situation, which is correct?
thanks |
b*******n
发帖数: 605 | |
s******s
发帖数: 13035 | 8 nice. 学习了
【在 Z******5 的大作中提到】
: 去UCSC genome browser上看看，主要看聚合酶2的峰值位置，组蛋白修饰，转录因子结
: 合，就大概能猜到启动子位置。再结合RIKN用5'CAP方法找到的转录起始位点位置，如
: 果是在一起，那就非常准确了。
: 然后选取三四段不同长度的区域克隆到pGL3 basic载体上，看看活性就知道了。
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Z******5
发帖数: 435 | 9 1）However, I do not know 聚合酶2的峰值位置，组蛋白修饰，转录因子结合?
A.这个说起来比较复杂。
a. 和转录起始位置相关的一些组蛋白修饰看这篇文献 The mammalian epigenome.
Cell. 2007 Feb 23;128(4):669-81.
b. 聚合酶2的我忘了哪篇文献了，不过很好理解，基因的转录肯定需要聚合酶2的
结合，自然就会有聚合酶2的结合ChIP数据。你可以去UCSC随便找几个熟悉的基因看看
，比如GAPDH等。
c. 转录因子的ChIP在UCSC genome browser上的数据是有限的，现在已经有几十个
转录因子了吧，这个只是参考。还是那句话，找个你熟悉的基因，看看周围的结合情况
就知道了。
d. 再提一下RIKEN的问题，你可以参考下面几篇文献
Cap analysis gene expression for high-throughput analysis of
transcriptional starting point and identification of promoter usage. Proc
Natl Acad Sci U S A. 2003 Dec 23;100(26):15776-81. Epub 2003 Dec 8.
The FANTOM web resource: from mammalian transcriptional landscape to
its dynamic regulation. Genome Biol. 2009;10(4):R40. Epub 2009 Apr 19.
Update of the FANTOM web resource: from mammalian transcriptional
landscape to its dynamic regulation. Nucleic Acids Res. 2011 Jan;39(Database
issue):D856-60. Epub 2010 Nov 12.
值得注意的是，看以上这些数据时，要注意所使用的细胞系，因为基因的表达有组织时
空特异性。
2) gene 5‘end的序列 is before which exon? Some literatures said is before
exon1. But my boss thought it is before ATG.
你说的这个问题我看到过，不过没有仔细想过。ATG前面还有5’UTR的。不过对于一般
的protein coding genes来说，这个5‘UTR就是300bp左右吧，貌似最多也有2kb的（记
不清了，而且应该是极个别现象）。总之不长。
你说的不同的转录本，我估计是在不同组织或发育不同时期所使用的不一样吧。这个你
可以查查或问问，确定你要研究的sample所使用的转录本。或者实在找不到就只好做5'
RACE看转录起始位点了。 （当然这个前提是确定是转录导致的差异，而不是转录后剪
切导致的差异）
3) also, based on Ensemble transcripts, there are 4 different transcripts.
Every one has different start exon. in this situation, which is correct?
thanks
同上 |
Z******5
发帖数: 435 | 10 此外，上面提到的是大致确定promoter和转录起始位点的方法。关于找调控序列/因子
的方法，目前有很多基于序列的预测软件，但是我觉得都不太靠谱。 可信度最高的还
是UCSC上面那些已经做了ChIP的转录因子。要注意的是这种结合也有可能是间接的。
当然，如果你要研究的转录因子还没有这些数据，就只能去做一些基于序列的预测了。
我建议最好再结合功能的推测和GEO上表达的情况的分析会更好一些。 |
x*****7
发帖数: 58 | 11 去 cold spring harbor laboratory mammalian promoter database |
w****u
发帖数: 1078 | 12 Thanks . Where is cold spring harbor laboratory mammalian promoter database.
Could you send the link for that? |
d***y
发帖数: 8536 | 13 强人，学习了。
【在 Z******5 的大作中提到】
: 去UCSC genome browser上看看，主要看聚合酶2的峰值位置，组蛋白修饰，转录因子结
: 合，就大概能猜到启动子位置。再结合RIKN用5'CAP方法找到的转录起始位点位置，如
: 果是在一起，那就非常准确了。
: 然后选取三四段不同长度的区域克隆到pGL3 basic载体上，看看活性就知道了。
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m*****s
发帖数: 2227 | 14 google
promoter database |
