W*********n
发帖数: 775 | 1 真核生物的基因 （转录出来的是mRNA），打算看一下调控它的转录因子（
transcription factors）,请问是否它的转录因子结合位点一定在转录起始位点上游？
以我的知识我认为：基因转录出来是mRNA, 所以转录酶是RNA聚合酶II，而 RNA聚合酶
II 的转录因子应该是在上游的（不知道这么说是否正确？）。
因为我的目标基因的翻译起始位点在第二个预测的Exon的中部，第一个Exon（500bp）
和第一个Intron（4500bp）比较长， 所以我想知道分析这个基因的转录因子，应该从
第一个Exon之前分析呢，还是应该从翻译起始位点之前分析？
谢谢！ |
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T*****e
发帖数: 247 | 2 首先，这是个问题。
其次，我列举几种我知道的方法，并稍微评价优缺点。
最后，希望大家补充其它方法。目的是集思广益。
1.找到调控序列（Regulatory elements）
这个可以做promoter bashing，一段一段去掉调控序列中的某一部分。根据剩余部分是
否仍然有表达或者对某个刺激有反应，这样可以推测出Enhancer中哪一段序列是必须的
。这个运气好的话，应该能找出一小段必要的序列。我看有人能找到大概500bp就可以
了，有人能缩小到100bp，还有牛人能缩小到20bp。好吧，那基本离最后的调节序列的
大小不远了。
Pros：思路相对简单，结果相对清楚
Cons：如果调控序列有几个，并且分布不集中，又或者有几个不同的转录因子参与，于
是乎有不同的调控序列且分布分散，那么，很难有干净容易解释的结果。
2.做reporter盲筛
有了Enhancer当然很容易做reporter，从早年的CAT到现在随处可见的luciferase或者
GFP之类的，reporter用的相当普遍。有了reporter想要找转录因子，最简单的就是挨
个试了。过表达或者KD都行。
Pros：rep... 阅读全帖 |
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x********e
发帖数: 35261 | 3 我用玩具矿车打比方给你解释一下吧。转录就是小车(RNA Pol)在轨道(DNA template)
上滑行。你远远地站着往起始位置（promoter）上扔车，如果运气好车掉到轨道上了，
会有一个初始推力让小车沿轨道开始滑行。这就是转录起始。
原核生物转录起始比较简单粗暴。只要有promoter就能稳定转录。真核生物转录的要求
比较高。你扔小车的频率和小车掉到promoter上的概率都比原核中小。所以真核基因用
enhancer作为辅助recruit RNA Pol。1的情况就是不含enhancer的转录：可以转录，但
是水平很低。2.我觉得不是不行，毕竟原核也是用TATA BOX，只是位置比较固定。我猜
hsp之类的promoter如果位置合适可以一试。 |
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W*********n
发帖数: 775 | 4 谢谢！
您说的“ 一般情况下，看看TSS(transcription start site)前后20-50kb就差不多了
。转录起始位点后面的20-50k处，可能包括基因的所有intron 和Exon了，如果在这些
序列中发现转录因子结合位点，也可以认为它们参与了该基因的转录？
我最转录这块了解不多，现在对一个基因的转录调控比较感兴趣，所以想查查看看那些
转录因子调控它。希望专业人士给与指导。 |
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I*******o
发帖数: 49 | 5 【 以下文字转载自 Postdoc 讨论区 】
发信人: ItoMakoto (ItoMakoto), 信区: Postdoc
标 题: 如何研究转录因子的功能？
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Mar 22 23:32:01 2012, 美东)
我现在有一个影响干细胞的转录因子，表达也很特异，请问如何找该基因的下游或者他
的调节子呢？
我想到几点,请大家补充!
1: 比较野生型，突变体和超表达的材料的芯片表达谱，可以找出一些下游基因；
2：用诱导系统如GR做芯片，也可以找出一些下游基因；
3：用上面的材料做CHIP-seq
4：已知我研究的这个转录因子A与其他转录因子B互作转录下游基因，然后我比较A和B
的芯片表达谱，找共同的基因；
5：分析CHIP的结果，找出下游基因的motif，然后在全基因组搜索？
6：将前面的实验全部再弄一遍cell specific microarray？
请各位补充，特别是实验设计上，有没有巧妙的设计，我这个维持干细胞的转录因子表
达很特异，也发现了它的一些调控子，该如何继续做呢？ |
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T*****e
发帖数: 247 | 6 这个很有意思啊，坐等高人进来解答。
我先问问楼主，你这个同一个转录因子，你所谓的不同dosage是怎么得出来的？你自己
过表达+KD了？这些外源性的表达和你转录之间的关系，你是用什么方法检测的？
我们先讨论一种简单的情形，有没有可能这个转录因子招募了其他的co-factor？
一种更复杂的情形：你这个转录因子和你的靶基因之间的关系仅仅是单向的调节吗？有
没有可能形成反馈？
又或者，你这个转录因子对其自身有没有反馈调节呢？不论正向或者反向？
最后，对同一个靶基因，不考虑你说的dosage的情况下，有时激活，有时抑制的转录因
子应该不少吧。比如Mef2。下游的phenotype很多啊，自己搜搜吧。
坐等大牛进来分析。 |
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C**1
发帖数: 57 | 7 我敲除一个转运蛋白基因结果导致转录因子A的蛋白表达量比在野生型条件下更高，RNA
－seq 比较野生型与基因敲除株结果显示一些在野生型条件下被转录因子B抑制的基因
其表达在敲除株里进一步被显著抑制。 转录因子A 在B的上游，且相互作用，A在转录
水平上抑制B的表达。有点疑惑的是为什么在野生型已经被转录因子B 抑制的基因要在
敲除这个转运蛋白且大量表达转录因子A的背景下进一步被抑制？这样做的生物学意义
在什么地方？
同时RNA－Seq结果还发现敲除株中出现大量snoRNA 的表达，想怎么去合理解释？望各
位大牛不吝赐教。 |
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h******d
发帖数: 92 | 8 请问一些基础的问题：
独立转录的一个基因，它的转录起始位点有没有可能在它上游基因的终止密码子之前？
它的转录终止位点是否有可能在它下游基因的起始密码子之后？(能不能提供一个或者
几个具体的例子，给个文献什么的)
一般细菌的启动子和终止子有多长？
几个同向的基因，一般它们的基因间距离小于多少bp，我们可以推测它们属于一个转录
本？
一般有什么实验方法证明几个同向的基因属于不属于一个转录本？
非常感谢 |
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V***b
发帖数: 3419 | 9 我现在发现一个蛋白（Nrf1）的mRNA水平在我的癌细胞里是正常细胞的10倍。我该如何
去寻找哪个或者哪些转录因子负责Nrf1的转录调控呢？有几个方案，大家看看行不行：
1. 做Nrf1的promoter序列分析，看看有哪些转录因子可以和这个promoter序列结合。
2. 筛选法：把可能性比较大的转录因子一个个knockdown，然后看哪个负责Nrf1的转录
调控。
3. 钓鱼法：做shRNA screen -- transcript chip
我做这个比较外行，想听听大家的意见。 |
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s******n
发帖数: 47 | 10 请教版上的大侠，
pol III 转录终止信号一般是TTTTT，现在想用U6 promoter drive shRNA 的表达，而
shRNA的最后两个核苷酸是TT， 比如hairpin的seq是这样的-AAxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx-
loop-yyyyyyyyyyyyyyyyyyyyTT-。 现在的问题是转录产物的3‘到底有几个T？ 如果转
录终止信号是TTTTT，那么 转录产物的3‘就可能不是T，因为最后的两个T会被pol III
默认为是转录终止信号的两个TT。
请问大侠，这样的转录产物到底是什么呢？
非常感谢！！ |
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l*******i
发帖数: 153 | 11 非常感谢探讨！赞缜密的思维。我的回复如下
过表达与KD都做了，qPCR/western都显示其表达的变化依赖于这个转录因子的dosage。
现在转录因子的threshhold我已经确定出来
这也是我的解释之一。问题是为什么不同的dosage，招募的co-factor不一样？
这种可能性比较低，除非这个转录因子（A）在不同的dosage下激活了别的转录因子（
比如B），B对A的靶基因起到相反的作用。可惜我们现在的实验不支持这一点，
这种情况下，也只是维持的一个平衡，应该不会出现我的说这种现象吧？
是的，很多转录因子即具有activation，也有repression的作用,但已报道的（据我的
搜索）的，activate与repress的是不同的靶基因；同时激活和抑制同一个靶基因的，
这种情况我暂时没找到相关报道。这也是我发帖探讨的原因。 |
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g***j
发帖数: 40861 | 12 转录的terminator 是不是operon里最后一个stop codon 还是在这个stop codon的外边？
我觉得应该在stop codon外边
如果是这样，那么转录到这个stop codon 停一下，然后再继续转录到terminator吗，
这样就成了两段mRNA,对吗？
还是一直转录到terminator, 也就是转录成一个mRNA。然后，stop codon 到
terminitor 被切掉。或者翻译的时候只翻译到stop codon。
多谢！ |
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l*b
发帖数: 97 | 13 【 以下文字转载自 Overseas 讨论区,原文如下 】
发信人: gjbaby (三八快来了。。。), 信区: Overseas
标 题: [转载] [转录]酸甜苦辣在美国，留学到底为什么？
发信站: The unknown SPACE (Thu Mar 2 21:43:56 2000), WWW转贴
【 以下文字转载自 UniteFamily 讨论区,原文如下 】
发信人: geeyee (hill goose), 信区: UniteFamily
标 题: [转录]酸甜苦辣在美国，留学到底为什么？
发信站: The unknown SPACE (Thu Mar 2 20:36:50 2000) WWW-POST
标 题: [转录]酸甜苦辣在美国，留学到底为什么？
发信站: 华南网木棉站 (Tue Jan 25 23:28:41 2000), 转信
作者 sod (sod)&n
标题 [转录]酸甜苦辣在美国，留学到底为什么？
时间 Wed Jan 12 09:46:52 2000
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h**y
发帖数: 41 | 14 发现一个转录因子，想做些工作。该因子的插入突变导致物种很明显对一种矿质营养元
素的缺乏很敏感（与wild-type比较），GFP 定位表明在核内，理论上该转录因子不大
可能直接调节质膜上的离子通道，一般是通过结合到某些下游基因的启动子区域而调控
下游基因的转录。打算先用芯片先找出哪些基因的表达受影响，不出意外的话，会有一
些靶基因（间接+直接的）出来，怎样才能找到关键的一个或某个基因，而该受影响的
基因就是导致离子吸收或转运出现异常的。 换句话说，怎样pinpoin该转录因子关键下
游靶基因呢？ |
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a********n
发帖数: 844 | 15 我研究的转录因子不是这个，不排除有相似的机理。首先，不排除两个转录因子调控同
一个基因，但具有不同的的结合能力和调控力度，这有可能是DNA element在被调控基
因里并不是perfect，flanking sequence等因素（即某个基因的promoter序列）共同决
定转录因子的结合。其次，两个转录因子是不是同时表达在同一个细胞里边。 |
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W*********n
发帖数: 775 | 16 这里我说的是基因“转录因子结合位点”。 您不是说转录因子结合到染色体A上，也能
调控染色体B上某基因的转录？ |
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v********a
发帖数: 646 | 17 A转录因子结合于B基因的启动子，而促进其表达
现发现A转录因子可以和X基因的编码产物相互作用
1-现在想探讨这种相互作用，是否影响A转录因子对某基因启动子的结合活性？
2-有没有这种可能：X基因的编码产物结合A转录因子，从而削弱其对B基因的启动子结
合？
谢谢 |
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g***j
发帖数: 40861 | 18 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: gshjj (1+1=2), 信区: Biology
标 题: 问个转录方向的基本问题
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Jun 8 12:35:08 2016, 美东)
对一个genome， 是大部分转录都朝一个方向呢，还是两个方向转录的差不多一样多？
为啥？ |
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f**********n
发帖数: 29853 | 19 最能稳定转录的还是松下的专业转录机，一盘带子几分钟就转录好了。 |
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a******g
发帖数: 129 | 20 1959-1960年间，RNA聚合酶的发现为转录研究奠定了酶学基础，接下来的问题顺理成章
就是转录是如何被调控的。于是在1961年的cold spring harbor symposia on
quantitative biology会议上，两个法国佬Jacob和Monod根据已知的遗传和生化证据提
出了操纵子模型，其具体内容我不多说了，每本教科书上都有介绍。这个模型最关键之
处在于预测了一个可以和DNA结合的抑制因子。这个因子与DNA的结合阻止了RNA聚合酶
对DNA的识别。同年他们将这篇经典文章发在了JMB上。不过他们的模型实在太领先于时
代了，以至于5年之后，大家才找到这个传说中的抑制因子。1966和67年, Harvard的两
位大拿Walter Gilbert(发明DNA化学测序法和Sanger一起拿1980年Nobel的那位)和Mark
Ptashne（1997年Laskar）先后在大肠和lamba噬菌体中找到了61年Jacob和Monod预测
的抑制因子。此时操纵子模型就不在是模型了，而成为了教科书中的经典理论，而且影
响了以后整个领域。不过原核转录的研究并没有完结，因为 |
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k****o
发帖数: 991 | 21 什么叫转录因子啊？ transcription factor and transcription regulator都是转录
因子吗？
hot |
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a******g
发帖数: 129 | 22 你说得很对，是还有很多问题没解决，但是纯转录研究现在很难拿funding而且也更不
上潮流，所以除了几个大牛可以按自己的兴趣，继续做做意外，很少有人做这个了。不
过我看技术上到没啥大问题，epigenetics用的都可以来做转录。
题。 |
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v*********i
发帖数: 40 | 23 几个转录因子就能把分化细胞扭转为干细胞，那组蛋白修饰、染色体的高级结构在基因
转录中发挥什么作用？是不是微乎其微？
和转录因子是什么关系呢？ |
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h******d
发帖数: 92 | 24 不同的书和学校，翻译很多都不一样。
我大学时学校是转录本，研究生的学校是转录元，其实没差，不过先入为主，习惯性的
翻译成转录本 |
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h***e
发帖数: 146 | 25 独立转录的一个基因，它的转录起始位点有没有可能在它上游基因的终止密码子之前？
它的转录终止位点是否有可能在它下游基因的起始密码子之后？(能不能提供一个或者
几个具体的例子，给个文献什么的)
这两个的答案都是肯定的 都可能的
我见过这样的基因 这说明这两个基因是在一个operon上吧 |
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c***y
发帖数: 615 | 26 转录因子是forkhead family之一, expression construct 来自pCMV (pCMV-TF)。3'-
端序列已测得体外结合这个转录因子，luciferase constructs 来自promega pGL4.12
和 pGL4.24 (pGL4.12-3'DNA and pGL4.24-3'DNA, respectively)。 pGL4.12 无
promoter, pGL4.24有minP 作为promoter。Transfection 的Internal control 是
pGL4.74, HSV-TK-Renilla
control groups: cotransfection of pCMV-TF和pGL4.12; cotransfection of pCMV-
TF和pGL4.24; cotransfection of pGL4.12-3'DNA 和 pCMV; otransfection of pGL4.
24-3'DNA 和 pCMV
结果是：in the presence of minP （pGL4.24系列）,转录因子可以提高luc... 阅读全帖 |
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m******5
发帖数: 1383 | 27 谁能分享一个用来体外转录ＲＮＡ探针用的Ｔ７ promoter序列？ 赶进度，想ｐ出来
直接用来转录 |
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c*********r
发帖数: 1312 | 28 如果Forward primer --> reverse primer 的方向和mRNA 5' --> 3'的方向是一致的。
Forward primer: sense probe
Reverse Primer: anti-sense probe
总之，靠近上游的promoter，转录sense Probe；靠近下游的promoter，转录anti-
sense probe。 |
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a*********n
发帖数: 2526 | 29 是不是从一个方向转录的gene的数目要大于相反方向转录的基因数. 从不同方向在同一
个区域转录成两个mRNA的情况是不是很少.
大家莫嘲笑 |
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m***o
发帖数: 272 | 30 做RACE，找到一个alternativesplicing form. 比如从intron5 转录了50bp接着exon6
直到stop codon。这个intron5也有splicing的标识。然后就设计了primer针对intron5
转录的这段做RTpcr，得到很亮的条带。偶尔发现用这个primer直接从genomic里也可以
得到PCR片断。怀疑假gene。但是我现在怎么能知道这个mRNA是splicing form呢，还是
直接从pseudogene转录的呢？ |
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n******e
发帖数: 110 | 31 在做肿瘤RNA测序相关的研究，最近才开始注意到反转录酶的出错率，看了一些文献报
道，觉得这是个大的问题，尤其是在做一些de novo sequence 研究的时候。比如trans
-splicing 和alternative splicing，大多数开始的实验是通过cDNA来作研究的。对于
一两个的transcript到是可以用传统的方法来验证通过cDNA sequence 的结果，可是对
于高通量的测序结果，好像没有人去一个个都验证吧。下面是两篇由反转录酶引起假阳
性的例子。
有没有同学对这方面熟悉的，比如反转录酶的错误率，怎么控制RNA sequence的准确，
希望可以讨论讨论。
1. Houseley, J. and D. Tollervey, Apparent non-canonical trans-splicing is
generated by reverse transcriptase in vitro. PLoS One. 5(8): p. e12271.
2. Zeng, X.C. and S.X. Wang, Evidence that BmTXK beta-B... 阅读全帖 |
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t*****z
发帖数: 1598 | 32 首先，transcription factor指的是蛋白质，不是DNA序列。我想你说的是
transcription factor binding site (TFBS)。
TFBS哪里都可能有，对于一个基因有影响的，通常可以分成两类：增强子（enhancer）
和启动子（promoter），两者的区别是：启动子必须在转录起始位点（TSS）附近，而
增强子的调控作用和它到TSS的距离无关（当然，越远越弱，但不是远了就没作用）。
启动子包含了核心启动子和周边的一些其他TFBS，一般你只要从TSS上数1000bp，下数
500bp，就算基本上肯定包括整个启动子了。
增强子么，上游很远都有可能，甚至在内含子里和下游都有可能。
一般认为编码序列不包含转录调控原件。但是也未必，好像最近有一篇文章说到某个序
列既编码又调控。不过一般而言，编码序列可以无视。 |
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S***A
发帖数: 133 | 33 nod.
保险起见，转录起始位点向上1.5kb足够了。
增强子与距离和方向无关，因为结合它的蛋白可以直接结合转录因子，也就是说可以把
DNA折回来。 |
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i*********0
发帖数: 915 | 34 有没有什么经典的例子呀？
比如说一些转录因子或者转录因子结合蛋白？
或者RNA结合蛋白？
谢谢！ |
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a****o
发帖数: 1786 | 36 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: acroding (闲云野鹤), 信区: Biology
标 题: 转录五十年 II: 操纵子
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Feb 5 21:21:35 2010, 美东)
1959-1960年间，RNA聚合酶的发现为转录研究奠定了酶学基础，接下来的问题顺理成章
就是转录是如何被调控的。于是在1961年的cold spring harbor symposia on
quantitative biology会议上，两个法国佬Jacob和Monod根据已知的遗传和生化证据提
出了操纵子模型，其具体内容我不多说了，每本教科书上都有介绍。这个模型最关键之
处在于预测了一个可以和DNA结合的抑制因子。这个因子与DNA的结合阻止了RNA聚合酶
对DNA的识别。同年他们将这篇经典文章发在了JMB上。不过他们的模型实在太领先于时
代了，以至于5年之后，大家才找到这个传说中的抑制因子。1966和67年, Harvard的两
位大拿Walter Gilbert(发明DNA化学测序法和Sanger一起拿1980年Nobel的那位)和M |
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a****o
发帖数: 1786 | 37 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: acroding (闲云野鹤), 信区: Biology
标 题: 转录五十年III: 真核时代 I: 转录因子
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Feb 6 23:42:08 2010, 美东)
故事终于进入真核时代了，下面将提到的众多人物很多是现在活跃在第一线的非常hot
的PI,板上恐怕也少不了有人在这些人的实验室，所以如果我写的东
西有什么地方不太准确的还请大家多多包涵。
Roeder在69年的Nature paper中报道，从海胆中分离到了三种对盐浓度敏感程度不同的
RNA聚合酶 ，而在大鼠肝脏中有两种这样的活性。这是人们第一次明确的在真核生物中
找到RNA聚合酶。有趣的是这样一篇Nobel级别的文章一开始被Nature给直接咔嚓了。这
是Roeder在一篇访谈中提到的，他当时觉得再找个地方赶快发了，不过最后他的院士老
板William Rutter一个电话搞定了Nature的editor，最终我们在Nature上看到了这篇历
史性的文献。(呵呵，这个怎么说呢，有个大老板就是不一样啊，关键的时候起到的是
一锤 |
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m*****i
发帖数: 1205 | 38 这是从CIA BBS看到的一篇很有意思的评论, 因此转载过来,
真实性不保证 :)
作者: Auxis (富奸+直子=一子~恭喜恭喜) 看板: JapanDrama
标题: [转录]香港专栏--蔡澜评长假(超毒舌~)
时间: Sun Dec 17 09:20:03 2000
^[[1;37m[^[[1;36m本文转录自 ^[[1;33mSMAP ^[[1;36m看板^[[1;37m]^[[m
^[[1;37m[^[[1;36m转录者 ^[[1;33mAuxis ^[[1;36m来自 ^[[1;33m140.116.134.201
^[[1;37m]^[[m
作者: Auxis (富奸+直子=一子~恭喜恭喜) 看板: SMAP
标题: 香港专栏--蔡澜评长假(超毒舌~)
时间: Sun Dec 17 09:19:36 2000
我是在留言版上看到网友转贴的
不知道报纸内容的真正网址
所以贴留言版的网址
http://pub.alxnet.com/guestbook?id=1222738
(如果有人知道真正报导的网址，请告知)
先说一句，这篇很毒~~~~非常非常的毒舌~~~~~~~
只是让 |
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C**********e
发帖数: 23303 | 39 计算机程序复制和信息通讯
都有相应机制保证复制和转录的 100% 准确性
生物口能不能通过啥机制 保证DNA复制和转录的100%准确性呢？
谢谢大家 |
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x*********n
发帖数: 25 | 40 不论在中国还是美国，直录（Freshman Admission）还是转录（Transfer Admission）
，会计专业都绝对是一个热门专业。会计专业的课程偏重于市场发展和会计领域的工作
实用性，是一个毕业后很好就业的专业，再加上对本科非商科类专业的学生没有过多限
制，申请美国会计专业的中国学生一直都非常的多。会计专业根据学生的侧重点不同，
分财务会计、审计、财务管理及国际会计等方向。学生主要学习会计、审计、金融、经
济和工商管理方面的基本理论及基本知识，接受会计方法与技巧的基本训练。会计在美
国不仅属于最容易找工作的专业之一，毕业生的起薪也相当的高。今天美国厚仁教育
WholeRen Education 就给大家详细介绍下这个神一样的专业。
美国会计与中国会计有什么不同？
1
课程体系设计的目标不同
国内大学会计专业体系设计的目标主要以传授知识为主，而美国大学的会计专业更强调
培养技能，课程体系的设计要使学生能够学会如何学习、思考和具有创造性。
对文科或普通教育科目重视程度的差异
美国大学会计专业大约有53%的课程是文科或普通教育科目，因为大学会计教育所涵盖
的范围要宽，应包括人... 阅读全帖 |
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a***n
发帖数: 1616 | 41 【 以下文字转载自 Hardware 讨论区 】
【 原文由 adven 所发表 】
是fu**软件问题，
以前的那几版软件默认的给你设了4G的限制，尽管你有大硬盘，
那些shit软件还是要报no enough disk space错！其实就是4G问题！
不管你是用NTFS，还是用FAT32，软件这关不放行！
而且还不提供setting选项让你设置！
真是落后！偶用Ulead Video studio 5.0, Adobe Premiere 6.0，
1394卡自带的软件（2001年买的，可能设计的时候就落后！），还有
Sony Camcorder自带的软件，都不行，NTFS下都还是4G cut断！
后来偶用Ulead Video Studio 6.0就好了，
另外，这个软件还支持转录成Mpeg，呵呵，（Sony自带的也可以，不，是必须Mped）
而且其他烂软件录出来的AVI拖动还有延迟（就是拖动播放要等一会儿才跟上）
UVS6.0录出来的就好，拖哪放哪马上反应。`
还有，其他软件很大，记得UVS5.0有80M，而6.0就只有40M，并且
早期软件很耗软硬件资源，基本上，你转录带子，机 |
|
a***n
发帖数: 1616 | 42 【 以下文字转载自 Hardware 讨论区 】
【 原文由 adven 所发表 】
是fu**软件问题，
以前的那几版软件默认的给你设了4G的限制，尽管你有大硬盘，
那些shit软件还是要报no enough disk space错！其实就是4G问题！
不管你是用NTFS，还是用FAT32，软件这关不放行！
而且还不提供setting选项让你设置！
真是落后！偶用Ulead Video studio 5.0, Adobe Premiere 6.0，
1394卡自带的软件（2001年买的，可能设计的时候就落后！），还有
Sony Camcorder自带的软件，都不行，NTFS下都还是4G cut断！
后来偶用Ulead Video Studio 6.0就好了，
另外，这个软件还支持转录成Mpeg，呵呵，（Sony自带的也可以，不，是必须Mped）
而且其他烂软件录出来的AVI拖动还有延迟（就是拖动播放要等一会儿才跟上）
UVS6.0录出来的就好，拖哪放哪马上反应。`
还有，其他软件很大，记得UVS5.0有80M，而6.0就只有40M，并且
早期软件很耗软硬件资源，基本上，你转录带子，机 |
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c****1
发帖数: 1095 | 43 请教LZ：现在做真核转录还有前途么？还有什么大问题没有解决？
我个人感觉还有很多问题没有搞清楚，但是似乎没有什么好的研究方法来解决这些问题。
请指教!!多谢!! |
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A***g
发帖数: 191 | 44 所在的实验室是一个烧钱的实验室，做几十个转录因子，实验套路大致就是qPCR和
western结合检测不同基因在不同human cell line中的表达，然后挑出表达合适的细胞
系去做siRNA和Chip-seq，目的呢，找出这些转录因子的binding site以及pathway什么
的。
我其实只是一国内小硕在这里做一小技术员，可是目前实验室没有post-doc，所以这些
实验基本上就着落在我和另一技术员身上，她负责做siRNA，其它的实验都我做。
照着protocol做实验当然没问题啊，遇到不懂的没人问就难办了。可是我成天闷头赶实
验，哪里有空看文献呢，所以就只好跟science脱节了。
做qPCR还好说（其实也有困难，另行发帖请教），我用的是GAPDH作为internal
control来计算相对表达量。可是做western时，我一开始选的是GAPDH做内对照，买的
是Sigma的抗体，做的还挺好的，因为这个GAPDH检测大小是36kd，正好跟我的目的蛋白
50-75kd能分开，我转一张膜，然后剪开就可以同时检测两个抗体。可是老板在我上周
汇报结果时说GAPDH主要在细胞质表达 |
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s******r
发帖数: 2876 | 45 Histon H1 行不行？
所在的实验室是一个烧钱的实验室，做几十个转录因子，实验套路大致就是qPCR和
western结合检测不同基因在不同human cell line中的表达，然后挑出表达合适的细胞
系去做siRNA和Chip-seq，目的呢，找出这些转录因子的binding site以及pathway什么
的。
我其实只是一国内小硕在这里做一小技术员，可是目前实验室没有post-doc，所以这些
实验基本上就着落在我和另一技术员身上，她负责做siRNA，其它的实验都我做。
照着protocol做实验当然没问题啊，遇到不懂的没人问就难办了。可是我成天闷头赶实
验，哪里有空看文献呢，所以就只好跟science脱节了。
做qPCR还好说（其实也有困难，另行发帖请教），我用的是GAPDH作为internal
control来计算相对表达量。可是做western时，我一开始选的是GAPDH做内对照，买的
是Sigma的抗体，做的还挺好的，因为这个GAPDH检测大小是36kd，正好跟我的目的蛋白
50-75kd能分开，我转一张膜，然后剪开就可以同时检测两个抗体。可是老板在我上周
汇报结 |
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C*******e
发帖数: 4348 | 46 一直以为国内“operon”的翻译是“转录元”，原来是“转录本” |
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p****p
发帖数: 3360 | 47 实验和control的DNA constructs具体怎么建的？luciferase assay都有哪些control？
结果怎样？否则不好泛泛而谈。有可能如你所说的转录水平的调控，或者mRNA
processing的。影响mRNA结构/mRNA processing本身也会影响转录。 |
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c***y
发帖数: 615 | 48 又做了一些实验，有了新的结果，所以想再听听意见。
鉴于有些cis-regulatory elements是多个基因共享的，所以同时检测了一下它在
luciferase 5'end 的效应。结果是，无论它在5'end 还是3'end, 都增强luciferase的
表达。
由于这个片段(长约250bp)含有转录因子的consensus(8bp)序列，所以做了个deletion
突变，去掉这个consensus序列。再去检测luciferase的活性，发现如果片段位于
luciferase 5'end, 突变后luciferase活性降低到只有原来的 20%；这应该是个好结果
，因为证明了5'end端的增强基因表达作用确实是由转录因子介导的。
奇怪的是，如果片段位于luciferase 3'end, 突变好像对luciferase的活性没影响。
该怎样这样的矛盾结果？
processing |
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k****o
发帖数: 589 | 49 输入了一段启动子序列进去，得到了一个感兴趣的转录因子的hit。
La = 18.00
La/ = 2.00
Lq = 1.000
Ld = 0.00
Lpv ＝ nc
请问这样的参数是否说明这个转录因子很有可能结合DNA？除了这几个参数外，还有什
么是比较重要的？
周围没人对这特别清楚的，所以上来请教。多谢！ |
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Z******5
发帖数: 435 | 50 制备cDNA方面可以做的改进：
1，最好直接用gene specfic primer做反转录，延长反转录反应的时间；
2，如果不用1，最好用oligo dT；
3，如果非要用随机引物，最好减少引物用量（参考invitrogen SuperScript Ⅲ说明书） |
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