t**k
发帖数: 16 | 1 碰到麻烦乐， 老板让我研究研究有什么软件能够推测dna和transcription factor结合
的软件，然后替换dna上面 base SNP
to see if the changing of single base will decrease the binding affinity ?
Help ! Thank you ! |
n******u
发帖数: 418 | |
M*******s
发帖数: 108 | 3 如果dock 可以的话 也许可以试一试
不过理论上的 推测没有啥用啊
关键是 即便预测出来 你也要证实啊
不如直接实验验证
ITC就可以了 TF + 正常的 序列 vs TF + mutation的序列 |
M*******s
发帖数: 108 | 4 除了ITC 还有其他实验方法 就比较麻烦了
测定 affinity的 除了显微镜 就是SPR了吧 其他的我想不到 了 |
p****s
发帖数: 3153 | 5 fluorescence anisotropy
【在 M*******s 的大作中提到】
: 除了ITC 还有其他实验方法 就比较麻烦了
: 测定 affinity的 除了显微镜 就是SPR了吧 其他的我想不到 了
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d***y
发帖数: 8536 | |
p**u
发帖数: 138 | 7 http://www.srl.cam.ac.uk/oncology/bio/bioinf.html
you might read the above link. I used one (splicing rainbow) for splicing
factor but no experience about transcription factor. |
c****y
发帖数: 373 | |
i******0
发帖数: 17 | 9 请问这transfac 要收钱不？ 有没有free 的可用？
【在 c****y 的大作中提到】
: 去TRANSFAC，用里面的工具预测
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g*********r
发帖数: 9366 | 10 In this area the prediction is not reliable
nobody trust it
【在 t**k 的大作中提到】
: 碰到麻烦乐， 老板让我研究研究有什么软件能够推测dna和transcription factor结合
: 的软件，然后替换dna上面 base SNP
: to see if the changing of single base will decrease the binding affinity ?
: Help ! Thank you !
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