e**s
发帖数: 513 | 1 最近一直在想着个问题，想问问有没有人做pcna的。为什么这么重要的一个东西，在
genome里只有一个copy呢？ |
o**i
发帖数: 1165 | 2 2个copy啊 diploid genome里面
基因的表达量和copy number没有关系
【在 e**s 的大作中提到】
: 最近一直在想着个问题，想问问有没有人做pcna的。为什么这么重要的一个东西，在
: genome里只有一个copy呢？
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e**s
发帖数: 513 | 3 但是为什么有的就多copy呢？
【在 o**i 的大作中提到】
: 2个copy啊 diploid genome里面
: 基因的表达量和copy number没有关系
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s******y
发帖数: 28562 | 4 生命不是智能设计的，很多东西都是乱七八糟拼起来的，够用就好。
就像你说的那样，有些特别重要的蛋白居然只有一个拷贝，而一些乱七八糟的
东西反倒是和老军医的传单似的，拷贝贴得到处都是。
Genome 里面多拷贝的东西，要么就是进化上的意外造成的（比方说被转座子
带了过去），要么就是其实有不同功能的。
【在 e**s 的大作中提到】
: 最近一直在想着个问题，想问问有没有人做pcna的。为什么这么重要的一个东西，在
: genome里只有一个copy呢？
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s******r
发帖数: 2876 | 5 智能设计的也可以是补丁摞补丁。
每次改一点，加一点，注销一点。
生命不是智能设计的，很多东西都是乱七八糟拼起来的，够用就好。
就像你说的那样，有些特别重要的蛋白居然只有一个拷贝，而一些乱七八糟的
东西反倒是和老军医的传单似的，拷贝贴得到处都是。
Genome 里面多拷贝的东西，要么就是进化上的意外造成的（比方说被转座子
带了过去），要么就是其实有不同功能的。
【在 s******y 的大作中提到】
: 生命不是智能设计的，很多东西都是乱七八糟拼起来的，够用就好。
: 就像你说的那样，有些特别重要的蛋白居然只有一个拷贝，而一些乱七八糟的
: 东西反倒是和老军医的传单似的，拷贝贴得到处都是。
: Genome 里面多拷贝的东西，要么就是进化上的意外造成的（比方说被转座子
: 带了过去），要么就是其实有不同功能的。
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s******y
发帖数: 28562 | 6 如果上帝是比尔盖茨，估计就会这么搞。呵呵呵
然后在一些被注销的基因(such as the "sleeping beauty")旁边还写上一个*号加上旁批
【在 s******r 的大作中提到】
: 智能设计的也可以是补丁摞补丁。
: 每次改一点，加一点，注销一点。
:
: 生命不是智能设计的，很多东西都是乱七八糟拼起来的，够用就好。
: 就像你说的那样，有些特别重要的蛋白居然只有一个拷贝，而一些乱七八糟的
: 东西反倒是和老军医的传单似的，拷贝贴得到处都是。
: Genome 里面多拷贝的东西，要么就是进化上的意外造成的（比方说被转座子
: 带了过去），要么就是其实有不同功能的。
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e**s
发帖数: 513 | 7 令我最puzzled是，为什么在所有的eukaryotes，pcna都是low copy number.如果是
random的，那总要有高有低吧。pcna也不是dosage sensitive，难道有一个什么原因都
是low copy number么？我查过pcna在chromosome上的位置，也不是固定的。
【在 s******y 的大作中提到】
: 生命不是智能设计的，很多东西都是乱七八糟拼起来的，够用就好。
: 就像你说的那样，有些特别重要的蛋白居然只有一个拷贝，而一些乱七八糟的
: 东西反倒是和老军医的传单似的，拷贝贴得到处都是。
: Genome 里面多拷贝的东西，要么就是进化上的意外造成的（比方说被转座子
: 带了过去），要么就是其实有不同功能的。
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h***l
发帖数: 168 | 8 搞不懂这个问题有什么意义？
p53 还是 single copy呢。。。 |
l***y
发帖数: 4671 | 9 有没有人做这种在进化过程中被 comment 掉后扔进素材库的 gene？觉得是
epigenetics 的一个很好的方向啊。可以用低等生物，给个合适的进化压力，看看素材
库是如何被打开和拣选的。（俺们现在是用 cancer cell，给进化压力，看 evolution
的过程。但愿俺找出来的不是 mutation 啊。。。俺还是觉得 cancer cell 不该靠掷
骰子）
我们这里有一个组在做那种发育时被表达，以后永远不会被表达的 gene/isoform，hyp
是：在发育某个时期，不同的 chromosome 间形成某种空间结构，使得分别 binding
在不同 chromosome 上的 protein 可以形成 complex，从而启动某些基因在某些起至
位置的转录。之后，这种空间三维结构不再有机会出现，相应的 gene 或者 gene 的某
些 transcript 就被安全地 lock 起来不再被表达。之所以要这么费劲地 lock，是因
为否则会有灾难性后果。但是，在某些病理条件下，这些被 lock 的 gene 又被表达了
，于是就杯具了。
这种远程空间构象导致的 epigenetic control 还是挺有意思的，控制的往往是特别关
键的 gene，尤其是那些跟 stem cell/cancer 相关的 gene。好多组用 RNA-seq 找
gene 表达的起至位置在发育过程中的 shifting，但是很少能解释是具体什么机制导致
了这种 shifting（单纯说甲基化啥的肯定不行，得解释为什么那个时刻那个位置发生
了甲基化）。觉得这个方向很有潜力啊。
旁批
【在 s******y 的大作中提到】
: 如果上帝是比尔盖茨，估计就会这么搞。呵呵呵
: 然后在一些被注销的基因(such as the "sleeping beauty")旁边还写上一个*号加上旁批
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s******y
发帖数: 28562 | 10 你说的那个染色体结构的事情我也一直很好奇，关键是生物怎么知道那个地方应该去打开？当然从分子生物的水平上解释我明白（就是某某序列导致某某蛋白例如著名的YY protein跑过来把那个
染色体结构给打开起来）。问题是从宏观进化学上很难解释，因为那些“某某序列”一般
都不是那个基因上的编码序列，而是UTR上的，甚至是和那个基因根本就不相关。所以
生物在进化上怎么做到选择正确的地方打开的？
这个也许在比较进化学上能够得到一些线索，比方说比较一下酵母，鱼，青蛙，老鼠和人是怎么控制某个基因的
evolution
hyp
binding
【在 l***y 的大作中提到】
: 有没有人做这种在进化过程中被 comment 掉后扔进素材库的 gene？觉得是
: epigenetics 的一个很好的方向啊。可以用低等生物，给个合适的进化压力，看看素材
: 库是如何被打开和拣选的。（俺们现在是用 cancer cell，给进化压力，看 evolution
: 的过程。但愿俺找出来的不是 mutation 啊。。。俺还是觉得 cancer cell 不该靠掷
: 骰子）
: 我们这里有一个组在做那种发育时被表达，以后永远不会被表达的 gene/isoform，hyp
: 是：在发育某个时期，不同的 chromosome 间形成某种空间结构，使得分别 binding
: 在不同 chromosome 上的 protein 可以形成 complex，从而启动某些基因在某些起至
: 位置的转录。之后，这种空间三维结构不再有机会出现，相应的 gene 或者 gene 的某
: 些 transcript 就被安全地 lock 起来不再被表达。之所以要这么费劲地 lock，是因
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s******y
发帖数: 28562 | 11 可能是因为拷贝的时候有很高的风险容易出错吧？对于特别重要的基因，
一旦出错就把细胞搞死了。
也许就是因为这样，那些有高拷贝的东西都是无关紧要的东西，或者是老军医的帖子（病毒之类），而重要的东西很少能看到拷贝？
【在 e**s 的大作中提到】
: 令我最puzzled是，为什么在所有的eukaryotes，pcna都是low copy number.如果是
: random的，那总要有高有低吧。pcna也不是dosage sensitive，难道有一个什么原因都
: 是low copy number么？我查过pcna在chromosome上的位置，也不是固定的。
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k****l
发帖数: 279 | 12 基因的表达量和copy number没有关系?
少于一半的基因是这样的吧
【在 o**i 的大作中提到】
: 2个copy啊 diploid genome里面
: 基因的表达量和copy number没有关系
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s******y
发帖数: 28562 | 13 他的意思是在两倍体里面本来就已经有了两个拷贝了，已经够保险了，
没有必要在其他地方再拷一个
【在 k****l 的大作中提到】
: 基因的表达量和copy number没有关系?
: 少于一半的基因是这样的吧
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h***l
发帖数: 168 | 14 这个不光是进化方面的问题，其实也应该从分子生物学方面考虑 -- 所有染色体结构在
细胞周期过程中都是处于动态变化的（比如DNA复制过程，M期到G1早期，转录过程等等
关键点），再结合各种其他蛋白之类的动态变化，就有可能在合适的时间、合适的地点
，适当的分子（们）以合适的浓度的恰到好处的影响局部染色体的结构，进而影响其表
达水平等……
打开？当然从分子生物的水平上解释我明白（就是某某序列导致某某蛋白例如著名的YY
protein跑过来把那个
一般
和人是怎么控制某个基因的
【在 s******y 的大作中提到】
: 你说的那个染色体结构的事情我也一直很好奇，关键是生物怎么知道那个地方应该去打开？当然从分子生物的水平上解释我明白（就是某某序列导致某某蛋白例如著名的YY protein跑过来把那个
: 染色体结构给打开起来）。问题是从宏观进化学上很难解释，因为那些“某某序列”一般
: 都不是那个基因上的编码序列，而是UTR上的，甚至是和那个基因根本就不相关。所以
: 生物在进化上怎么做到选择正确的地方打开的？
: 这个也许在比较进化学上能够得到一些线索，比方说比较一下酵母，鱼，青蛙，老鼠和人是怎么控制某个基因的
:
: evolution
: hyp
: binding
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s******y
发帖数: 28562 | 15 问题是机体怎么知道哪个基因放在什么地方？
YY
【在 h***l 的大作中提到】
: 这个不光是进化方面的问题，其实也应该从分子生物学方面考虑 -- 所有染色体结构在
: 细胞周期过程中都是处于动态变化的（比如DNA复制过程，M期到G1早期，转录过程等等
: 关键点），再结合各种其他蛋白之类的动态变化，就有可能在合适的时间、合适的地点
: ，适当的分子（们）以合适的浓度的恰到好处的影响局部染色体的结构，进而影响其表
: 达水平等……
:
: 打开？当然从分子生物的水平上解释我明白（就是某某序列导致某某蛋白例如著名的YY
: protein跑过来把那个
: 一般
: 和人是怎么控制某个基因的
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z*t
发帖数: 863 | 16 我觉得是扔进素材库的gene不会 contribute to epigenetic inheretance的，因为gene
duplication是进化的动力，sunnyday老军医的帖子往往是结构相似的protein行驶着不
同的function,如果evolution选择了其中某个帖子，就一定会以稳定的形式遗传下去，
而epigenetics inheretance目前已知最多的传递代数大概是50代。这就和进化不关联
了，但这些pool里的gene对遗传稳定的物种适应环境绝对是有作用的。Cancer那个前一
段MGH不是有人找到了chromatin mediated drug resistance么？其实即使你找出
mutation可能更难。。。因为如果你想pin point mutation in cell line evolution
除非你做single cell whole genome sequncing，否则总有问题。。。
你能不能share一下那个group的信息呵呵，so intresting:)
evolution
hyp
binding
【在 l***y 的大作中提到】
: 有没有人做这种在进化过程中被 comment 掉后扔进素材库的 gene？觉得是
: epigenetics 的一个很好的方向啊。可以用低等生物，给个合适的进化压力，看看素材
: 库是如何被打开和拣选的。（俺们现在是用 cancer cell，给进化压力，看 evolution
: 的过程。但愿俺找出来的不是 mutation 啊。。。俺还是觉得 cancer cell 不该靠掷
: 骰子）
: 我们这里有一个组在做那种发育时被表达，以后永远不会被表达的 gene/isoform，hyp
: 是：在发育某个时期，不同的 chromosome 间形成某种空间结构，使得分别 binding
: 在不同 chromosome 上的 protein 可以形成 complex，从而启动某些基因在某些起至
: 位置的转录。之后，这种空间三维结构不再有机会出现，相应的 gene 或者 gene 的某
: 些 transcript 就被安全地 lock 起来不再被表达。之所以要这么费劲地 lock，是因
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z*t
发帖数: 863 | 17 just a known clue，heterochromatin一般都会附着在核膜上，通过对lamin-a的pull-
down就可以知道heterochromatin在不同细胞中的动态变化，其实如果能在转录过程中
看到如DNA DSB repair中的foci，这个问题就好回答多了
打开？当然从分子生物的水平上解释我明白（就是某某序列导致某某蛋白例如著名的YY
protein跑过来把那个
一般
和人是怎么控制某个基因的
【在 s******y 的大作中提到】
: 你说的那个染色体结构的事情我也一直很好奇，关键是生物怎么知道那个地方应该去打开？当然从分子生物的水平上解释我明白（就是某某序列导致某某蛋白例如著名的YY protein跑过来把那个
: 染色体结构给打开起来）。问题是从宏观进化学上很难解释，因为那些“某某序列”一般
: 都不是那个基因上的编码序列，而是UTR上的，甚至是和那个基因根本就不相关。所以
: 生物在进化上怎么做到选择正确的地方打开的？
: 这个也许在比较进化学上能够得到一些线索，比方说比较一下酵母，鱼，青蛙，老鼠和人是怎么控制某个基因的
:
: evolution
: hyp
: binding
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s******y
发帖数: 28562 | 18 这个你说的还是分子生物水平上的答案。
我问的那个问题其实是， 有些特别重要的基因的附近的那些调节性序列，
在一开始是怎么放上去的？因为那些调节性序列和那个基因本身其实没有
直接关系的，为什么那么碰巧那个调节序列就正好放在它旁边？
莫非其实是倒过来，因为那个基因特别重要，然后系统不得不发展出一个蛋白
来设别它旁边的那个序列来控制它，然后那个序列就成了调节序列？
但是要发展出一个调节序列来不是一个特别小的工作量，那么在这个机制出现
之前整个系统岂不就是没有特别好的办法来控制它？
pull-
YY
【在 z*t 的大作中提到】
: just a known clue，heterochromatin一般都会附着在核膜上，通过对lamin-a的pull-
: down就可以知道heterochromatin在不同细胞中的动态变化，其实如果能在转录过程中
: 看到如DNA DSB repair中的foci，这个问题就好回答多了
:
: 打开？当然从分子生物的水平上解释我明白（就是某某序列导致某某蛋白例如著名的YY
: protein跑过来把那个
: 一般
: 和人是怎么控制某个基因的
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l***y
发帖数: 4671 | 19 嗯，嗯，你是对的。素材库里的东西，应该通过 mutation 才能被利用。如果仅通过
epigenetic modification 就能被用上，或者就能影响到别的 gene 的 transcription
，那就不叫做素材库了。
我也很头大 cancer cell，尤其是 cancer cell line 的稳定性。哪怕 sub-cloning，
几代之后 genomics 变化也很大。。。但愿能够找到某几个关键点，然后通过 imaging
或者 FACS 的方式来做 single cell assay，证明 evolution 是有趋势和倾向性的。
gene
evolution
【在 z*t 的大作中提到】
: 我觉得是扔进素材库的gene不会 contribute to epigenetic inheretance的，因为gene
: duplication是进化的动力，sunnyday老军医的帖子往往是结构相似的protein行驶着不
: 同的function,如果evolution选择了其中某个帖子，就一定会以稳定的形式遗传下去，
: 而epigenetics inheretance目前已知最多的传递代数大概是50代。这就和进化不关联
: 了，但这些pool里的gene对遗传稳定的物种适应环境绝对是有作用的。Cancer那个前一
: 段MGH不是有人找到了chromatin mediated drug resistance么？其实即使你找出
: mutation可能更难。。。因为如果你想pin point mutation in cell line evolution
: 除非你做single cell whole genome sequncing，否则总有问题。。。
: 你能不能share一下那个group的信息呵呵，so intresting:)
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z*t
发帖数: 863 | 20 that's cool !!! I think you mean regulatory element evolution, while the
evolution goes the regulatory elements gain or lose,or have new function...
I bet it's the system, not a single regulatory element evolve, you have a
way to turn it on while you must have a way to turn it off, the only one
either have on or off way will disappear
【在 s******y 的大作中提到】
: 这个你说的还是分子生物水平上的答案。
: 我问的那个问题其实是， 有些特别重要的基因的附近的那些调节性序列，
: 在一开始是怎么放上去的？因为那些调节性序列和那个基因本身其实没有
: 直接关系的，为什么那么碰巧那个调节序列就正好放在它旁边？
: 莫非其实是倒过来，因为那个基因特别重要，然后系统不得不发展出一个蛋白
: 来设别它旁边的那个序列来控制它，然后那个序列就成了调节序列？
: 但是要发展出一个调节序列来不是一个特别小的工作量，那么在这个机制出现
: 之前整个系统岂不就是没有特别好的办法来控制它？
:
: pull-
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s******y
发帖数: 28562 | 21 你说的有道理。
我应该是把因果关系弄反了
【在 z*t 的大作中提到】
: that's cool !!! I think you mean regulatory element evolution, while the
: evolution goes the regulatory elements gain or lose,or have new function...
: I bet it's the system, not a single regulatory element evolve, you have a
: way to turn it on while you must have a way to turn it off, the only one
: either have on or off way will disappear
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e**s
发帖数: 513 | 22 这个对做copy number evolution的我来说太重要了。
【在 h***l 的大作中提到】
: 搞不懂这个问题有什么意义？
: p53 还是 single copy呢。。。
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e**s
发帖数: 513 | 23 目前的理论好像是说，duplication的动力之一就是防备拷贝的时候出错的。至于多拷
贝的，最有名的就是ribosomal RNA gene了，官方的解释是说，没有translation的第
二轮的amplification，所以学要很多拷贝。
（病毒之类），而重要的东西很少能看到拷贝？
【在 s******y 的大作中提到】
: 可能是因为拷贝的时候有很高的风险容易出错吧？对于特别重要的基因，
: 一旦出错就把细胞搞死了。
: 也许就是因为这样，那些有高拷贝的东西都是无关紧要的东西，或者是老军医的帖子（病毒之类），而重要的东西很少能看到拷贝？
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e**s
发帖数: 513 | 24 pcna在很多单倍体的生物也是一个拷贝的。
【在 s******y 的大作中提到】
: 他的意思是在两倍体里面本来就已经有了两个拷贝了，已经够保险了，
: 没有必要在其他地方再拷一个
|
e**s
发帖数: 513 | 25 关于表达和copy number没有关系的gene,哪里有一个这样的list么？
【在 k****l 的大作中提到】
: 基因的表达量和copy number没有关系?
: 少于一半的基因是这样的吧
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k****l
发帖数: 279 | 26 Molecular Systems Biology 6 Article number: 368 doi:10.1038/msb.2010.19
Published online: 11 May 2010
Citation: Molecular Systems Biology 6:368
A general lack of compensation for gene dosage in yeast
http://www.nature.com/msb/journal/v6/n1/full/msb201019.html
关于酵母的一篇文章
【在 e**s 的大作中提到】
: 关于表达和copy number没有关系的gene,哪里有一个这样的list么？
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s******y
发帖数: 28562 | 27 基因表达的量应该和promoter 的强度的关系更大。
很多非常重要的house keeping gene 其实都只有一个拷贝，比方说beta-tubulin,
alpha-tubulin. 但是它们的表达都非常强。
你说的那个 ribosomal RNA copy number 的官方解释我觉得非常牵强.
一个相关问题就是，其他RNA gene比方说tRNA 是否也是多拷贝？
我觉得更可能的是因为ribosome RNA本身是一个ribozyme, 本身就有一定
的复制功能，所以在早期的时候在基因里面大肆到处贴帖子。后来有些关键
片断缺失了，不能复制了，才安生了下来。
【在 e**s 的大作中提到】
: 目前的理论好像是说，duplication的动力之一就是防备拷贝的时候出错的。至于多拷
: 贝的，最有名的就是ribosomal RNA gene了，官方的解释是说，没有translation的第
: 二轮的amplification，所以学要很多拷贝。
:
: （病毒之类），而重要的东西很少能看到拷贝？
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Z******5
发帖数: 435 | 28 为什么很多重要的基因只有一个拷贝，我觉得也可以从这个角度来看：
这个基因最开始出现应该是只有一个，这个单拷贝已经能够支持其行使正常的功能了。
当出现多于一个拷贝的时候，这个基因表达量的改变可能导致生物体发育出现异常，不
能稳定遗传下去。
这个假设应该可以通过一些knockin的实验来验证吧。 |
