T**X
发帖数: 314 | 1 我有n个样本某个miRNA的表达值，以及一大堆其他基因的表达值，要找出之间的相关性
。我想到的是简简单单用prism或者excel找出r,r2然后列个表，我们老板非要我用LOD
值做一个类似曼哈顿plot的一个图，并且为我看了别人的图旦是没告诉我怎末做（明天
我给传上来样本），这种图我以前只在qtl分析的时候看到过，x轴是染色体，他要的图
x轴是"一大堆其他基因"，y轴就是LOD,还有p005p001横线。请知道的同学不吝赐教，谢
谢了，我们老板脾气不好不敢多问，又逼着我赶快下周分析出这个图。叩首！ |
e*****t
发帖数: 642 | 2 我印象中R/qtl可以做这种图，要看你对R了解多少。
不过你这个expression level和lod之间什么关系？
LOD score一般在qtl mapping中才用得到，你是不是指的是eQTL？
你要是你们实验室专门做bioinformatics，你们老板要求还不算过分。否则。。。 |
T**X
发帖数: 314 | 3 谢谢，我今天下载了一个R+qtl，不懂他们的语言，还不会用。我现在觉得lod是我们老
板的口误，可能他GWAS看得太多了。我就是想找一个方便的傻瓜软件或者容易的需要语
句的软件，能够自动曼哈顿plot m个regulator和n个基因之间的相关性p值的负对数。 |
T**X
发帖数: 314 | 4 另外，我们实验室不是bioinfo实验室，但是我们这些钱老经常被要求做一些力所不能
及的事情。很刺激，好痛苦。 |
o********r
发帖数: 775 | 5 LOD应该是linkage analysis的东西吧。。。
【在 T**X 的大作中提到】
: 谢谢，我今天下载了一个R+qtl，不懂他们的语言，还不会用。我现在觉得lod是我们老
: 板的口误，可能他GWAS看得太多了。我就是想找一个方便的傻瓜软件或者容易的需要语
: 句的软件，能够自动曼哈顿plot m个regulator和n个基因之间的相关性p值的负对数。
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A*****n
发帖数: 243 | 6 你可以对于每个基因算其和miRNA的相关系数，或者相关性的p-value，然后把-log10(
pvalue)画在坐标轴上，用R可以考定的，不过你还要知道每个基因的染色体坐标。
LOD
【在 T**X 的大作中提到】
: 我有n个样本某个miRNA的表达值，以及一大堆其他基因的表达值，要找出之间的相关性
: 。我想到的是简简单单用prism或者excel找出r,r2然后列个表，我们老板非要我用LOD
: 值做一个类似曼哈顿plot的一个图，并且为我看了别人的图旦是没告诉我怎末做（明天
: 我给传上来样本），这种图我以前只在qtl分析的时候看到过，x轴是染色体，他要的图
: x轴是"一大堆其他基因"，y轴就是LOD,还有p005p001横线。请知道的同学不吝赐教，谢
: 谢了，我们老板脾气不好不敢多问，又逼着我赶快下周分析出这个图。叩首！
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