T**X 发帖数: 314 | 1 我有n个样本某个miRNA的表达值,以及一大堆其他基因的表达值,要找出之间的相关性
。我想到的是简简单单用prism或者excel找出r,r2然后列个表,我们老板非要我用LOD
值做一个类似曼哈顿plot的一个图,并且为我看了别人的图旦是没告诉我怎末做(明天
我给传上来样本),这种图我以前只在qtl分析的时候看到过,x轴是染色体,他要的图
x轴是"一大堆其他基因",y轴就是LOD,还有p005p001横线。请知道的同学不吝赐教,谢
谢了,我们老板脾气不好不敢多问,又逼着我赶快下周分析出这个图。叩首! |
e*****t 发帖数: 642 | 2 我印象中R/qtl可以做这种图,要看你对R了解多少。
不过你这个expression level和lod之间什么关系?
LOD score一般在qtl mapping中才用得到,你是不是指的是eQTL?
你要是你们实验室专门做bioinformatics,你们老板要求还不算过分。否则。。。 |
T**X 发帖数: 314 | 3 谢谢,我今天下载了一个R+qtl,不懂他们的语言,还不会用。我现在觉得lod是我们老
板的口误,可能他GWAS看得太多了。我就是想找一个方便的傻瓜软件或者容易的需要语
句的软件,能够自动曼哈顿plot m个regulator和n个基因之间的相关性p值的负对数。 |
T**X 发帖数: 314 | 4 另外,我们实验室不是bioinfo实验室,但是我们这些钱老经常被要求做一些力所不能
及的事情。很刺激,好痛苦。 |
o********r 发帖数: 775 | 5 LOD应该是linkage analysis的东西吧。。。
【在 T**X 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 谢谢,我今天下载了一个R+qtl,不懂他们的语言,还不会用。我现在觉得lod是我们老 : 板的口误,可能他GWAS看得太多了。我就是想找一个方便的傻瓜软件或者容易的需要语 : 句的软件,能够自动曼哈顿plot m个regulator和n个基因之间的相关性p值的负对数。
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A*****n 发帖数: 243 | 6 你可以对于每个基因算其和miRNA的相关系数,或者相关性的p-value,然后把-log10(
pvalue)画在坐标轴上,用R可以考定的,不过你还要知道每个基因的染色体坐标。
LOD
【在 T**X 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 我有n个样本某个miRNA的表达值,以及一大堆其他基因的表达值,要找出之间的相关性 : 。我想到的是简简单单用prism或者excel找出r,r2然后列个表,我们老板非要我用LOD : 值做一个类似曼哈顿plot的一个图,并且为我看了别人的图旦是没告诉我怎末做(明天 : 我给传上来样本),这种图我以前只在qtl分析的时候看到过,x轴是染色体,他要的图 : x轴是"一大堆其他基因",y轴就是LOD,还有p005p001横线。请知道的同学不吝赐教,谢 : 谢了,我们老板脾气不好不敢多问,又逼着我赶快下周分析出这个图。叩首!
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