r******y
发帖数: 21907 | 1 我打算S>F G>A R>A
这样改变后不会对protein有什么影响吗，可以block掉原来的AA的function吧？还有那
里可以找到这种amino acid的替换表？还是两个AA不属于同一类就可以？当然S T Y不
要换成D就好？ |
C*******e
发帖数: 4348 | 2 如果有结构的话还是用coot看一下比较好
用simple mutation的功能键就行
如果没有结构那完全就是在猜
谁也没办法给你准信
【在 r******y 的大作中提到】
: 我打算S>F G>A R>A
: 这样改变后不会对protein有什么影响吗，可以block掉原来的AA的function吧？还有那
: 里可以找到这种amino acid的替换表？还是两个AA不属于同一类就可以？当然S T Y不
: 要换成D就好？
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s******y
发帖数: 28562 | 3 几乎肯定会有影响。
S>F G>A R>A。。。
？这也太极端了，几乎可以肯定会改变蛋白的构像。
【在 r******y 的大作中提到】
: 我打算S>F G>A R>A
: 这样改变后不会对protein有什么影响吗，可以block掉原来的AA的function吧？还有那
: 里可以找到这种amino acid的替换表？还是两个AA不属于同一类就可以？当然S T Y不
: 要换成D就好？
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s********n
发帖数: 2939 | 4 具体得看结构和功能，别人无法给你答案。
【在 r******y 的大作中提到】
: 我打算S>F G>A R>A
: 这样改变后不会对protein有什么影响吗，可以block掉原来的AA的function吧？还有那
: 里可以找到这种amino acid的替换表？还是两个AA不属于同一类就可以？当然S T Y不
: 要换成D就好？
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r******y
发帖数: 21907 | 5 构想影响无所谓了，只要蛋白功能没了就好 那看来这么做也不错。怎么样才不极端呢
？以为这3个是确定了的functional residues
【在 s******y 的大作中提到】
: 几乎肯定会有影响。
: S>F G>A R>A。。。
: ？这也太极端了，几乎可以肯定会改变蛋白的构像。
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s******y
发帖数: 28562 | 6 可是你这样把蛋白构型都变了，很容易就搞出一个沉淀物的，这样很难过
审稿者的关的。
一般来说，S--> M
R--> Q
是比较保险的选择，在大部分情况下能让侧链的功能没了，但是并不改变构型。
但是G比较麻烦，因为这个本来就不是侧链的功能（没有侧链），而是构型的功能。所以我不知道应该变成什么才保险。
当然，如果你完全不关心构型，就算是把蛋白彻底毁了也无所谓，那么你的刚才的选择
也可以。
【在 r******y 的大作中提到】
: 构想影响无所谓了，只要蛋白功能没了就好 那看来这么做也不错。怎么样才不极端呢
: ？以为这3个是确定了的functional residues
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C*******e
发帖数: 4348 | 7 虽然你是前辈是我们的偶像
我还是忍不住说一句
未必“几乎可以肯定会改变蛋白的构像”
蛋白多大，
有没有多聚体形式，
这些基团在哪里，
是不是结合位点或者催化位点？
这些信息都不知道的话没有办法说“肯定”怎么样
如果这个蛋白已经有结构了
在coot里面一看就最清楚直接
【在 s******y 的大作中提到】
: 几乎肯定会有影响。
: S>F G>A R>A。。。
: ？这也太极端了，几乎可以肯定会改变蛋白的构像。
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s******y
发帖数: 28562 | 8 呵呵，我也就是是按照一般规律来讲的，肯定也会有错的时候的嘛，
所以不必对我那么客气。
但是S--> F,在大部分情况下会改变蛋白的折叠方式。这个真的是有点极端了。
R--> A如果是在一个高亲水的岛里（比方旁边有很多亲水集团，导致该区域是一个
felxible loop）变得话倒也无所谓了，变完了还能大致维持构型。
如果周边的亲水性本来就不是那么高，或者这个R是盐桥的一部分，那么变了蛋白的折
叠方式就会改变。
【在 C*******e 的大作中提到】
: 虽然你是前辈是我们的偶像
: 我还是忍不住说一句
: 未必“几乎可以肯定会改变蛋白的构像”
: 蛋白多大，
: 有没有多聚体形式，
: 这些基团在哪里，
: 是不是结合位点或者催化位点？
: 这些信息都不知道的话没有办法说“肯定”怎么样
: 如果这个蛋白已经有结构了
: 在coot里面一看就最清楚直接
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r******y
发帖数: 21907 | 9 我是用来做转基因的，做植物，只是改变guanylyl cyclase的功能，不过如果reviewer
说你构型变了不是因为GC功能没了那就比较麻烦了
以前看到过R>A的，估计对于我们不搞构型只看转基因后植物表型基因表达的没太大关系
所以我不知道应该变成什么才保险。
【在 s******y 的大作中提到】
: 可是你这样把蛋白构型都变了，很容易就搞出一个沉淀物的，这样很难过
: 审稿者的关的。
: 一般来说，S--> M
: R--> Q
: 是比较保险的选择，在大部分情况下能让侧链的功能没了，但是并不改变构型。
: 但是G比较麻烦，因为这个本来就不是侧链的功能（没有侧链），而是构型的功能。所以我不知道应该变成什么才保险。
: 当然，如果你完全不关心构型，就算是把蛋白彻底毁了也无所谓，那么你的刚才的选择
: 也可以。
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s******y
发帖数: 28562 | 10 构型变了GC功能肯定也没了吧？
这个关键看你们要做什么了，如果像我们做生化的需要把蛋白提出来在体外重复的话，
构型变了导致不溶解，下面就没办法继续了。但是你们的情况貌似真的是无所谓？
R>A的做法的确有，看我上面的回帖。
reviewer
关系
【在 r******y 的大作中提到】
: 我是用来做转基因的，做植物，只是改变guanylyl cyclase的功能，不过如果reviewer
: 说你构型变了不是因为GC功能没了那就比较麻烦了
: 以前看到过R>A的，估计对于我们不搞构型只看转基因后植物表型基因表达的没太大关系
:
: 所以我不知道应该变成什么才保险。
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j****x
发帖数: 1704 | 11 搭车问一下，在一个酶的active site，和底物相互作用的关键位点上，M->K这种变化
可能有哪些理化影响？
【在 s******y 的大作中提到】
: 呵呵，我也就是是按照一般规律来讲的，肯定也会有错的时候的嘛，
: 所以不必对我那么客气。
: 但是S--> F,在大部分情况下会改变蛋白的折叠方式。这个真的是有点极端了。
: R--> A如果是在一个高亲水的岛里（比方旁边有很多亲水集团，导致该区域是一个
: felxible loop）变得话倒也无所谓了，变完了还能大致维持构型。
: 如果周边的亲水性本来就不是那么高，或者这个R是盐桥的一部分，那么变了蛋白的折
: 叠方式就会改变。
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r******y
发帖数: 21907 | 12 哈哈，谢谢两位 S>F可能还是太厉害了。那S>A如何？
【在 s******y 的大作中提到】
: 呵呵，我也就是是按照一般规律来讲的，肯定也会有错的时候的嘛，
: 所以不必对我那么客气。
: 但是S--> F,在大部分情况下会改变蛋白的折叠方式。这个真的是有点极端了。
: R--> A如果是在一个高亲水的岛里（比方旁边有很多亲水集团，导致该区域是一个
: felxible loop）变得话倒也无所谓了，变完了还能大致维持构型。
: 如果周边的亲水性本来就不是那么高，或者这个R是盐桥的一部分，那么变了蛋白的折
: 叠方式就会改变。
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r******y
发帖数: 21907 | 13 我们不做生化不需要提蛋白，应该没问题
【在 s******y 的大作中提到】
: 构型变了GC功能肯定也没了吧？
: 这个关键看你们要做什么了，如果像我们做生化的需要把蛋白提出来在体外重复的话，
: 构型变了导致不溶解，下面就没办法继续了。但是你们的情况貌似真的是无所谓？
: R>A的做法的确有，看我上面的回帖。
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: reviewer
: 关系
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p*****m
发帖数: 7030 | 14 你要in vivo做的话，弄个truncation不就完了 吧GC catalytic domain去掉
【在 r******y 的大作中提到】
: 我们不做生化不需要提蛋白，应该没问题
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r******y
发帖数: 21907 | 15 这个实在kinase domain里面，如果影响kinase也不好
【在 p*****m 的大作中提到】
: 你要in vivo做的话，弄个truncation不就完了 吧GC catalytic domain去掉
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p*****m
发帖数: 7030 | 16 I see，这样我看你只能做做mutation，然后用crude extract看看GC和kinase活性分别
有没有影响了吧 否则怎么知道是影响了GC还是Both?
【在 r******y 的大作中提到】
: 这个实在kinase domain里面，如果影响kinase也不好
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r******y
发帖数: 21907 | 17 恩，还得做kinase活性分析 麻烦哪，我们文章要不出去就被别人挤了，急。多谢各位。
【在 p*****m 的大作中提到】
: I see，这样我看你只能做做mutation，然后用crude extract看看GC和kinase活性分别
: 有没有影响了吧 否则怎么知道是影响了GC还是Both?
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s******y
发帖数: 28562 | 18 我的建议是你们设计的时候同时做上几个不同的mutation 选择。
S-> M or A
R-> Q or A
G-> A
一般来说，如果不知道该变成什么，那么就变成A
但是为了保险以见，多设计几套方案，同时去做mutagenesis，然后挑效果最好的一个
来作下续工作。
【在 r******y 的大作中提到】
: 我们不做生化不需要提蛋白，应该没问题
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s******y
发帖数: 28562 | 19 哦，这个影响可能会很大。
首先是电性就变了，如果本来是依靠M 来进行疏水力结合的话，那么变成
K就破坏了那个作用。
【在 j****x 的大作中提到】
: 搭车问一下，在一个酶的active site，和底物相互作用的关键位点上，M->K这种变化
: 可能有哪些理化影响？
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s********n
发帖数: 2939 | 20 如果这些residue在表面的话，这样变一般没问题；如果在内部，可能有问题。所以象
ls说得，最好从结构上来看才保险。 |
