V***b 发帖数: 3419 | 1 我现在发现一个蛋白(Nrf1)的mRNA水平在我的癌细胞里是正常细胞的10倍。我该如何
去寻找哪个或者哪些转录因子负责Nrf1的转录调控呢?有几个方案,大家看看行不行:
1. 做Nrf1的promoter序列分析,看看有哪些转录因子可以和这个promoter序列结合。
2. 筛选法:把可能性比较大的转录因子一个个knockdown,然后看哪个负责Nrf1的转录
调控。
3. 钓鱼法:做shRNA screen -- transcript chip
我做这个比较外行,想听听大家的意见。 |
t*d 发帖数: 1290 | 2 查文献先。
不行的话,试你列的方法,撞大运去。
【在 V***b 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 我现在发现一个蛋白(Nrf1)的mRNA水平在我的癌细胞里是正常细胞的10倍。我该如何 : 去寻找哪个或者哪些转录因子负责Nrf1的转录调控呢?有几个方案,大家看看行不行: : 1. 做Nrf1的promoter序列分析,看看有哪些转录因子可以和这个promoter序列结合。 : 2. 筛选法:把可能性比较大的转录因子一个个knockdown,然后看哪个负责Nrf1的转录 : 调控。 : 3. 钓鱼法:做shRNA screen -- transcript chip : 我做这个比较外行,想听听大家的意见。
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d****7 发帖数: 109 | 3 找gene expression array data,看那些TF的expression和你这个有correlation,找
出一些可能性大的,然后用你所说的第2种方法试试
有钱的话直接siRNA screen |
b**********8 发帖数: 349 | 4 我觉得这个有两种思路,
1)构建Nrf1基因的启动子序列截断性报告基因质粒,垂钓出参与调控Nrf1转录的关键
顺式元件,再进一步结合EMSA/ChIP等找出转录因子。这个应该是比较常规的做法,很
多paper尤其是JBC上面的很多paper都用这个套路。
2)做promoter magnetic precipitation (PMP) coupled with mass spectrometry.具
体方法请参考这篇paper,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=19015635
祝好运。 |
V***b 发帖数: 3419 | 5 多谢。第一个方法有文献参考吗?
【在 b**********8 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 我觉得这个有两种思路, : 1)构建Nrf1基因的启动子序列截断性报告基因质粒,垂钓出参与调控Nrf1转录的关键 : 顺式元件,再进一步结合EMSA/ChIP等找出转录因子。这个应该是比较常规的做法,很 : 多paper尤其是JBC上面的很多paper都用这个套路。 : 2)做promoter magnetic precipitation (PMP) coupled with mass spectrometry.具 : 体方法请参考这篇paper,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=19015635 : 祝好运。
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b**********8 发帖数: 349 | |
X******n 发帖数: 914 | |