V***b
发帖数: 3419 | 1 我现在发现一个蛋白（Nrf1）的mRNA水平在我的癌细胞里是正常细胞的10倍。我该如何
去寻找哪个或者哪些转录因子负责Nrf1的转录调控呢？有几个方案，大家看看行不行：
1. 做Nrf1的promoter序列分析，看看有哪些转录因子可以和这个promoter序列结合。
2. 筛选法：把可能性比较大的转录因子一个个knockdown，然后看哪个负责Nrf1的转录
调控。
3. 钓鱼法：做shRNA screen -- transcript chip
我做这个比较外行，想听听大家的意见。 |
t*d
发帖数: 1290 | 2 查文献先。
不行的话，试你列的方法，撞大运去。
【在 V***b 的大作中提到】
: 我现在发现一个蛋白（Nrf1）的mRNA水平在我的癌细胞里是正常细胞的10倍。我该如何
: 去寻找哪个或者哪些转录因子负责Nrf1的转录调控呢？有几个方案，大家看看行不行：
: 1. 做Nrf1的promoter序列分析，看看有哪些转录因子可以和这个promoter序列结合。
: 2. 筛选法：把可能性比较大的转录因子一个个knockdown，然后看哪个负责Nrf1的转录
: 调控。
: 3. 钓鱼法：做shRNA screen -- transcript chip
: 我做这个比较外行，想听听大家的意见。
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d****7
发帖数: 109 | 3 找gene expression array data，看那些TF的expression和你这个有correlation，找
出一些可能性大的，然后用你所说的第2种方法试试
有钱的话直接siRNA screen |
b**********8
发帖数: 349 | 4 我觉得这个有两种思路，
1）构建Nrf1基因的启动子序列截断性报告基因质粒，垂钓出参与调控Nrf1转录的关键
顺式元件，再进一步结合EMSA/ChIP等找出转录因子。这个应该是比较常规的做法，很
多paper尤其是JBC上面的很多paper都用这个套路。
2）做promoter magnetic precipitation (PMP) coupled with mass spectrometry.具
体方法请参考这篇paper，http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=19015635
祝好运。 |
V***b
发帖数: 3419 | 5 多谢。第一个方法有文献参考吗？
【在 b**********8 的大作中提到】
: 我觉得这个有两种思路，
: 1）构建Nrf1基因的启动子序列截断性报告基因质粒，垂钓出参与调控Nrf1转录的关键
: 顺式元件，再进一步结合EMSA/ChIP等找出转录因子。这个应该是比较常规的做法，很
: 多paper尤其是JBC上面的很多paper都用这个套路。
: 2）做promoter magnetic precipitation (PMP) coupled with mass spectrometry.具
: 体方法请参考这篇paper，http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=19015635
: 祝好运。
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b**********8
发帖数: 349 | |
X******n
发帖数: 914 | |
