j*****u
发帖数: 186 | 1 这篇文章： http://www.nature.com/ng/journal/v37/n8/abs/ng1598.html
里说we used an immunocapturing approach followed by DNA microarray analysis
to generate methylation profiles of all human chromosomes at 80-kb
resolution and for a large set of CpG islands.
这个80kb resolution 什么意思？
现在bisulfite sequencing可以是single nucleotide resolution, 这个80kb
resolution是只能精确到80kb一段DNA的平均methylation值吗？如果这样的话不是太不
精确了？我是不是理解错了？大家讨论下，谢谢 |
s******s
发帖数: 13035 | 2 你的理解正确。就是有/无methylation的区别
05年的paper你还能指望啥？ ChIP-chip，虽然80kb糙了点，不过也过得去了。
analysis
【在 j*****u 的大作中提到】
: 这篇文章： http://www.nature.com/ng/journal/v37/n8/abs/ng1598.html
: 里说we used an immunocapturing approach followed by DNA microarray analysis
: to generate methylation profiles of all human chromosomes at 80-kb
: resolution and for a large set of CpG islands.
: 这个80kb resolution 什么意思？
: 现在bisulfite sequencing可以是single nucleotide resolution, 这个80kb
: resolution是只能精确到80kb一段DNA的平均methylation值吗？如果这样的话不是太不
: 精确了？我是不是理解错了？大家讨论下，谢谢
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s******s
发帖数: 13035 | 3 btw, bisulfite seq就算现在也不是随便一个实验室就能run的。这个需要
的sample和coverage比ChIP/RNA seq高多了。
analysis
【在 j*****u 的大作中提到】
: 这篇文章： http://www.nature.com/ng/journal/v37/n8/abs/ng1598.html
: 里说we used an immunocapturing approach followed by DNA microarray analysis
: to generate methylation profiles of all human chromosomes at 80-kb
: resolution and for a large set of CpG islands.
: 这个80kb resolution 什么意思？
: 现在bisulfite sequencing可以是single nucleotide resolution, 这个80kb
: resolution是只能精确到80kb一段DNA的平均methylation值吗？如果这样的话不是太不
: 精确了？我是不是理解错了？大家讨论下，谢谢
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j*****u
发帖数: 186 | 4 我觉得奇怪的是，80kb的resolution怎么研究CpG island？ CpG island不是几百到几千bp吗？远远小于80kb啊。
【在 s******s 的大作中提到】
: 你的理解正确。就是有/无methylation的区别
: 05年的paper你还能指望啥？ ChIP-chip，虽然80kb糙了点，不过也过得去了。
:
: analysis
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s******s
发帖数: 13035 | 5 read the paper first
几千bp吗？远远小于80kb啊。
【在 j*****u 的大作中提到】
: 我觉得奇怪的是，80kb的resolution怎么研究CpG island？ CpG island不是几百到几千bp吗？远远小于80kb啊。
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j*****u
发帖数: 186 | 6 I read but hard to understand
【在 s******s 的大作中提到】
: read the paper first
:
: 几千bp吗？远远小于80kb啊。
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