t*****z 发帖数: 1598 | 1 我现在需要学做比较基因组学的研究,检测我们的某个已知序列的细菌基因组,曾经跟
别的哪些基因组有过水平基因转移(HGT)。
我查了些资料,发现现有的方法,一是检测某个基因组中有哪些部分是外来的,但是不
能告诉你它们是哪来的,比如IslandViewer、Mauve等程序。二是对已知的一组数据(
比如十个细菌的基因组)构建网状的进化树,检测它们之间发生过什么遗传材料的交换
,比如SplitTree、PhyloNet等程序。
但是它们都不完全符合我的要求,因为它们无法从单独一个基因组出发,找到别的遗传
材料的提供者。我想要做的是知道它们和谁发生过水平基因转移,最好还要知道是什么
时候发生的(用进化分析来估算时间)。
不知现在有没有好的解决方法呢?谢谢大家赐教!祝新学期愉快 |
C*******e 发帖数: 4348 | |
l**********1 发帖数: 5204 | 3 RE LD
you can try
Monte Carlo simulations:
i.e.
Nucleic Acids Res. 2011 Nov;39(21):e144. Epub 2011 Sep 14.
Towards an accurate identification of mosaic genes and partial horizontal
gene transfers.
htp://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21917854
full text link:
htp://www.info2.uqam.ca/~makarenkov_v/makarenv/Article_NAR_2011.pdf
【在 t*****z 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 我现在需要学做比较基因组学的研究,检测我们的某个已知序列的细菌基因组,曾经跟 : 别的哪些基因组有过水平基因转移(HGT)。 : 我查了些资料,发现现有的方法,一是检测某个基因组中有哪些部分是外来的,但是不 : 能告诉你它们是哪来的,比如IslandViewer、Mauve等程序。二是对已知的一组数据( : 比如十个细菌的基因组)构建网状的进化树,检测它们之间发生过什么遗传材料的交换 : ,比如SplitTree、PhyloNet等程序。 : 但是它们都不完全符合我的要求,因为它们无法从单独一个基因组出发,找到别的遗传 : 材料的提供者。我想要做的是知道它们和谁发生过水平基因转移,最好还要知道是什么 : 时候发生的(用进化分析来估算时间)。 : 不知现在有没有好的解决方法呢?谢谢大家赐教!祝新学期愉快
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K**4 发帖数: 1015 | 4 blast is enough.
【在 t*****z 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 我现在需要学做比较基因组学的研究,检测我们的某个已知序列的细菌基因组,曾经跟 : 别的哪些基因组有过水平基因转移(HGT)。 : 我查了些资料,发现现有的方法,一是检测某个基因组中有哪些部分是外来的,但是不 : 能告诉你它们是哪来的,比如IslandViewer、Mauve等程序。二是对已知的一组数据( : 比如十个细菌的基因组)构建网状的进化树,检测它们之间发生过什么遗传材料的交换 : ,比如SplitTree、PhyloNet等程序。 : 但是它们都不完全符合我的要求,因为它们无法从单独一个基因组出发,找到别的遗传 : 材料的提供者。我想要做的是知道它们和谁发生过水平基因转移,最好还要知道是什么 : 时候发生的(用进化分析来估算时间)。 : 不知现在有没有好的解决方法呢?谢谢大家赐教!祝新学期愉快
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y**********n 发帖数: 478 | 5 进化树方法提供的结果最接近你的问题。但从根本上说你无法确定HGT的提供者(有可
能灭绝了),但定位到某一进化分支是有可以的。 |
t*****z 发帖数: 1598 | 6 谢谢楼上各位的指点!我这些天也读了些别的东西。lotkaeuler11朋友提供的文章我在
学习了。祝大家过年愉快 |
l**********1 发帖数: 5204 | 7 De rien.
【在 t*****z 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 谢谢楼上各位的指点!我这些天也读了些别的东西。lotkaeuler11朋友提供的文章我在 : 学习了。祝大家过年愉快
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