t*****z
发帖数: 1598 | 1 我现在需要学做比较基因组学的研究，检测我们的某个已知序列的细菌基因组，曾经跟
别的哪些基因组有过水平基因转移（HGT)。
我查了些资料，发现现有的方法，一是检测某个基因组中有哪些部分是外来的，但是不
能告诉你它们是哪来的，比如IslandViewer、Mauve等程序。二是对已知的一组数据（
比如十个细菌的基因组）构建网状的进化树，检测它们之间发生过什么遗传材料的交换
，比如SplitTree、PhyloNet等程序。
但是它们都不完全符合我的要求，因为它们无法从单独一个基因组出发，找到别的遗传
材料的提供者。我想要做的是知道它们和谁发生过水平基因转移，最好还要知道是什么
时候发生的（用进化分析来估算时间）。
不知现在有没有好的解决方法呢？谢谢大家赐教！祝新学期愉快 |
C*******e
发帖数: 4348 | |
l**********1
发帖数: 5204 | 3 RE LD
you can try
Monte Carlo simulations:
i.e.
Nucleic Acids Res. 2011 Nov;39(21):e144. Epub 2011 Sep 14.
Towards an accurate identification of mosaic genes and partial horizontal
gene transfers.
htp://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21917854
full text link:
htp://www.info2.uqam.ca/~makarenkov_v/makarenv/Article_NAR_2011.pdf
【在 t*****z 的大作中提到】
: 我现在需要学做比较基因组学的研究，检测我们的某个已知序列的细菌基因组，曾经跟
: 别的哪些基因组有过水平基因转移（HGT)。
: 我查了些资料，发现现有的方法，一是检测某个基因组中有哪些部分是外来的，但是不
: 能告诉你它们是哪来的，比如IslandViewer、Mauve等程序。二是对已知的一组数据（
: 比如十个细菌的基因组）构建网状的进化树，检测它们之间发生过什么遗传材料的交换
: ，比如SplitTree、PhyloNet等程序。
: 但是它们都不完全符合我的要求，因为它们无法从单独一个基因组出发，找到别的遗传
: 材料的提供者。我想要做的是知道它们和谁发生过水平基因转移，最好还要知道是什么
: 时候发生的（用进化分析来估算时间）。
: 不知现在有没有好的解决方法呢？谢谢大家赐教！祝新学期愉快
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K**4
发帖数: 1015 | 4 blast is enough.
【在 t*****z 的大作中提到】
: 我现在需要学做比较基因组学的研究，检测我们的某个已知序列的细菌基因组，曾经跟
: 别的哪些基因组有过水平基因转移（HGT)。
: 我查了些资料，发现现有的方法，一是检测某个基因组中有哪些部分是外来的，但是不
: 能告诉你它们是哪来的，比如IslandViewer、Mauve等程序。二是对已知的一组数据（
: 比如十个细菌的基因组）构建网状的进化树，检测它们之间发生过什么遗传材料的交换
: ，比如SplitTree、PhyloNet等程序。
: 但是它们都不完全符合我的要求，因为它们无法从单独一个基因组出发，找到别的遗传
: 材料的提供者。我想要做的是知道它们和谁发生过水平基因转移，最好还要知道是什么
: 时候发生的（用进化分析来估算时间）。
: 不知现在有没有好的解决方法呢？谢谢大家赐教！祝新学期愉快
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y**********n
发帖数: 478 | 5 进化树方法提供的结果最接近你的问题。但从根本上说你无法确定HGT的提供者（有可
能灭绝了），但定位到某一进化分支是有可以的。 |
t*****z
发帖数: 1598 | 6 谢谢楼上各位的指点！我这些天也读了些别的东西。lotkaeuler11朋友提供的文章我在
学习了。祝大家过年愉快 |
l**********1
发帖数: 5204 | 7 De rien.
【在 t*****z 的大作中提到】
: 谢谢楼上各位的指点！我这些天也读了些别的东西。lotkaeuler11朋友提供的文章我在
: 学习了。祝大家过年愉快
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