w***x
发帖数: 265 | |
c**********e
发帖数: 70 | 2 西班牙的这个CRG地理位置真的是太好了，有通道直接到海边，他们去其他地方做报告
，都有一个slide专门炫耀一下，大家还知道其他环境优美的研究所吗？ |
c*********7
发帖数: 148 | |
D*a
发帖数: 6830 | 4 看了看那篇cell。。。
这个，他们说，“Fitness” in this context is similar to that measured in
yeast in either liquid growth or colony growth assays and is an aggregate
property of the population; a defect in fitness could result from many
different causes from changes in brood size, viability, or growth rate, or
other more subtle defects in organism function. (result 第一段末尾)
下面更简化成了fitness = number of animals /remaining food (bacteria)
这个首先存疑。本来在实验室里养了千秋万代的虫子，当然是适应了实验室环境，然后
敲掉一些genes，发现在实验室环境中敲掉的那些基因的虫子比原来的长的慢 。。。而
且长得慢不慢第一代还看不出来，得多传几代。。。额，谁来给我解释下这个实验的意
义？。。。
另外，结合aging people的研究，很多长寿的KO都影响生殖和代谢（进食多少），那么
这些KO是不适应环境的？当然从一个角度说他们虫少力量小，但是顾此失彼阿。关键是
我们人类现在没事生孩子玩的成了个例了。
【在 w***x 的大作中提到】
: 两个年轻PI
: (1)
: http://www.fraserlab.org/
: 刚看到他们的新文
: http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867412000
: (2)
: http://www.crg.es/ben_lehner
: (1)的薄厚，很年轻的样子，文章看着也很不错
: 大家觉得他们的研究有前景否？还是炒作成分居大？
|
b******4
发帖数: 51 | 5 true, and Salk is better
【在 c*********7 的大作中提到】
: 坊间传言，Scripps的环境也很优美？
|
w***x
发帖数: 265 | 6 我觉得这个文章的卖点是
“虫子里做过很多遍genome wide RNAi，每次都发现只有15-20%基因KO是有表型的，
其他貌似是wild type，所以人们以为很多基因是冗余的，或者genetic network具有
robustness，使得表型被掩盖了。总之有不少理论都试图解释为什么那么多KO都是wild type。
现在呢，发现，原先认为KO是wild type表型的那些基因
实际上是会影响phenotype的，只是因为以前screen只看单代，使得KO表型弱的基因的
效应没有充分显现。所以，那些貌似不影响表型的基因很多实际上是有表型的，看上去
dispensable的基因还是很重要的。”
至于用种群数量来衡量，我觉得是从做酵母的人那里继承来的吧。
做酵母的人也是用growth rate来看KO表型的，举个例子：
http://www.sciencemag.org/content/327/5964/425.full
对于fitness，用多代繁衍的数目来衡量还是有一些意义的。长寿的KO我觉得在大多数
生物生存的环境里都是不适应环境的，否则那些生物早都长寿了吧。。。活得长不是终
极标准，后代多才是。。。
有意思的是酵母的genome wide KO在同一实验条件下一般也只有20%有growth表型。所以本文作
者想了个理由来解释为什么虫子里有表型的比例那么高。他们认为酵母的KO在不同条件（比如温度啦
营养供应啦）下，有表型的基因set是不同的。在同一条件下表现出表型的基因数量有限。相比起
来，尽管虫子也是生长在单一环境中的，但是虫子是多细胞生物，每个细胞的微环境不同，所以总会
有一些细胞一些器官组织受到KO的影响，最终体现为繁衍能力的差别。。。
aggregate
rate, or
【在 D*a 的大作中提到】
: 看了看那篇cell。。。
: 这个，他们说，“Fitness” in this context is similar to that measured in
: yeast in either liquid growth or colony growth assays and is an aggregate
: property of the population; a defect in fitness could result from many
: different causes from changes in brood size, viability, or growth rate, or
: other more subtle defects in organism function. (result 第一段末尾)
: 下面更简化成了fitness = number of animals /remaining food (bacteria)
: 这个首先存疑。本来在实验室里养了千秋万代的虫子，当然是适应了实验室环境，然后
: 敲掉一些genes，发现在实验室环境中敲掉的那些基因的虫子比原来的长的慢 。。。而
: 且长得慢不慢第一代还看不出来，得多传几代。。。额，谁来给我解释下这个实验的意
|
s******s
发帖数: 13035 | 7 没看过paper，不过就你说的第一点来谈，主要原因是，包括现在所有
的模式生物，都长在完美的恒温，良好湿度，没有天敌，没有传染病寄
生虫，大量food的条件中，其实很可能大量所谓KO没有表型的基因只是
野外生存才有用的
【在 w***x 的大作中提到】
: 我觉得这个文章的卖点是
: “虫子里做过很多遍genome wide RNAi，每次都发现只有15-20%基因KO是有表型的，
: 其他貌似是wild type，所以人们以为很多基因是冗余的，或者genetic network具有
: robustness，使得表型被掩盖了。总之有不少理论都试图解释为什么那么多KO都是wild type。
: 现在呢，发现，原先认为KO是wild type表型的那些基因
: 实际上是会影响phenotype的，只是因为以前screen只看单代，使得KO表型弱的基因的
: 效应没有充分显现。所以，那些貌似不影响表型的基因很多实际上是有表型的，看上去
: dispensable的基因还是很重要的。”
: 至于用种群数量来衡量，我觉得是从做酵母的人那里继承来的吧。
: 做酵母的人也是用growth rate来看KO表型的，举个例子：
|
y******8
发帖数: 1764 | 8 想起一个做果蝇的朋友的故事。
由于种种原因，朋友养的果蝇很久没有换瓶子了。然后发现只有两个株系还有幸存者。
偏生这两个株系都有同一个基因突变。后来就发现这个基因负调控的另一个基因能促进
果蝇活得很长。 |
w***x
发帖数: 265 | 9 是这样的，不过这paper认为此类基因（cryptic variation？）对于lab condition下
的动物仍然是有微妙影响的，通过放大表型依然能察觉。
【在 s******s 的大作中提到】
: 没看过paper，不过就你说的第一点来谈，主要原因是，包括现在所有
: 的模式生物，都长在完美的恒温，良好湿度，没有天敌，没有传染病寄
: 生虫，大量food的条件中，其实很可能大量所谓KO没有表型的基因只是
: 野外生存才有用的
|
y******8
发帖数: 1764 | 10 文章的卖点是有。但是RNAi的off target效应让大多数实验只screen比较直接的表型。
做到个别基因，都必须有多重的正负Controls.
虽然我认同作者的观点，不过具体的实验数据可能没有太大的意义。
wild type。
【在 w***x 的大作中提到】
: 我觉得这个文章的卖点是
: “虫子里做过很多遍genome wide RNAi，每次都发现只有15-20%基因KO是有表型的，
: 其他貌似是wild type，所以人们以为很多基因是冗余的，或者genetic network具有
: robustness，使得表型被掩盖了。总之有不少理论都试图解释为什么那么多KO都是wild type。
: 现在呢，发现，原先认为KO是wild type表型的那些基因
: 实际上是会影响phenotype的，只是因为以前screen只看单代，使得KO表型弱的基因的
: 效应没有充分显现。所以，那些貌似不影响表型的基因很多实际上是有表型的，看上去
: dispensable的基因还是很重要的。”
: 至于用种群数量来衡量，我觉得是从做酵母的人那里继承来的吧。
: 做酵母的人也是用growth rate来看KO表型的，举个例子：
|
D*a
发帖数: 6830 | 11 培养条件这个问题，我倒是觉得，动物的培养恰恰跟人现在处的环境是一样的。
大家也都知道长寿的活不过野外环境，但是我们人现在本身就不是放养的，谁没事生一
个足球队啊。
【在 s******s 的大作中提到】
: 没看过paper，不过就你说的第一点来谈，主要原因是，包括现在所有
: 的模式生物，都长在完美的恒温，良好湿度，没有天敌，没有传染病寄
: 生虫，大量food的条件中，其实很可能大量所谓KO没有表型的基因只是
: 野外生存才有用的
|
l**********1
发帖数: 5204 | 12 Human colony only middle east some colony likes Qatar and UAE are
not same as US and France and other OECD countries/area colony
there 10％ family 没事生一个足球队。
//news.sohu.com/20060411/n242746810.shtml
//sports.sohu.com/20111208/n328262203_1.shtml
【在 D*a 的大作中提到】
: 培养条件这个问题，我倒是觉得，动物的培养恰恰跟人现在处的环境是一样的。
: 大家也都知道长寿的活不过野外环境，但是我们人现在本身就不是放养的，谁没事生一
: 个足球队啊。
|
