t**********8 发帖数: 223 | 1 理论上说,CGH可以发现扩增或缺失的基因,由此找到肿瘤的driver基因,但我们实验
室好几个人做这样的课题,根据CGH的data做function,拿到的都是要死不活的结果。
我查了一下pubmed,类似的课题基本都是发的是比较烂的杂志,好像没几个人用CGH的
方法找到driver基因。我怀疑这些基因copy的gain 或loss,其本身与肿瘤恶性程度无
关,更重要的应该是其上游事件,即引起genomic instability的因素。
有经验的同学请指教,谢谢! |
w***a 发帖数: 133 | 2 A genes up/down regulated in aCGH result does not equal to its protein
expression.
I guess only 50% of the expanded genes in aCGH really have significant
protein expression. It is what happened to me 2 years ago.
【在 t**********8 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 理论上说,CGH可以发现扩增或缺失的基因,由此找到肿瘤的driver基因,但我们实验 : 室好几个人做这样的课题,根据CGH的data做function,拿到的都是要死不活的结果。 : 我查了一下pubmed,类似的课题基本都是发的是比较烂的杂志,好像没几个人用CGH的 : 方法找到driver基因。我怀疑这些基因copy的gain 或loss,其本身与肿瘤恶性程度无 : 关,更重要的应该是其上游事件,即引起genomic instability的因素。 : 有经验的同学请指教,谢谢!
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i*********0 发帖数: 915 | 3 CGH可以发现gene 的扩增或缺失,要是我没有记错的话,传统的cgh的精度是MB以上的,很
难判断那个gene和你的phenotype有关.要是精度好点的,可以做array-cgh, 这个可以
screen一些break point. |
t*d 发帖数: 1290 | 4 CGH 一整就整出几百个candidates,这些candidates 中很有可能存在driver。没有办
法给几百个都做function,所以问题是你怎么从几百到几个?
cytogentics 是很多癌症在临床上用得最多的一种指标之一。所以DNA copy的gain 或
loss,其本身与肿瘤恶性程度肯定有某些关联。
拿着 CGH 数据发好杂志文章的不少,自己再找找。
不用过分迷信技术,但是也不要盲目贬低。一种工具而已嘛。
【在 t**********8 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 理论上说,CGH可以发现扩增或缺失的基因,由此找到肿瘤的driver基因,但我们实验 : 室好几个人做这样的课题,根据CGH的data做function,拿到的都是要死不活的结果。 : 我查了一下pubmed,类似的课题基本都是发的是比较烂的杂志,好像没几个人用CGH的 : 方法找到driver基因。我怀疑这些基因copy的gain 或loss,其本身与肿瘤恶性程度无 : 关,更重要的应该是其上游事件,即引起genomic instability的因素。 : 有经验的同学请指教,谢谢!
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t**********8 发帖数: 223 | 5 我做的是一個短臂,上面基因很少,<10个。我已經試了兩個了,雖然其表達(包括
mrna 和蛋白)輿腫瘤負相關,但overexpression對一些腫瘤細胞的常規指標(增殖凋
亡等)沒什麼影響。前幾天看到plos one上一個paper,說的也是我做的這個短臂,用
CGH發現跟腫瘤負相關,但他們認為另一個基因是driver,沒function 實驗,湊了一點
data。之前也有幾個group 在不同的腫瘤中發現這個短臂缺失輿腫瘤相關。
我的感覺是,這個短臂之所以跟disease有關,也許不是由它本身的基因決定的,而是
其upstream的event, 引起genomic instability,所以去找其上面的driver基因,找死
也找不到。
“拿着 CGH 数据发好杂志文章的不少”-----求推薦
【在 t*d 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : CGH 一整就整出几百个candidates,这些candidates 中很有可能存在driver。没有办 : 法给几百个都做function,所以问题是你怎么从几百到几个? : cytogentics 是很多癌症在临床上用得最多的一种指标之一。所以DNA copy的gain 或 : loss,其本身与肿瘤恶性程度肯定有某些关联。 : 拿着 CGH 数据发好杂志文章的不少,自己再找找。 : 不用过分迷信技术,但是也不要盲目贬低。一种工具而已嘛。
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t*d 发帖数: 1290 | 6 随便给一篇吧:
A genetic screen for candidate tumor suppressors identifies REST. Cell 2005
【在 t**********8 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 我做的是一個短臂,上面基因很少,<10个。我已經試了兩個了,雖然其表達(包括 : mrna 和蛋白)輿腫瘤負相關,但overexpression對一些腫瘤細胞的常規指標(增殖凋 : 亡等)沒什麼影響。前幾天看到plos one上一個paper,說的也是我做的這個短臂,用 : CGH發現跟腫瘤負相關,但他們認為另一個基因是driver,沒function 實驗,湊了一點 : data。之前也有幾個group 在不同的腫瘤中發現這個短臂缺失輿腫瘤相關。 : 我的感覺是,這個短臂之所以跟disease有關,也許不是由它本身的基因決定的,而是 : 其upstream的event, 引起genomic instability,所以去找其上面的driver基因,找死 : 也找不到。 : “拿着 CGH 数据发好杂志文章的不少”-----求推薦
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b****r 发帖数: 17995 | 7 我是做遗传的对肿瘤涉及不太多
但是平时还是经常关注思考肿瘤,所以也来评一下吧
平心而论,我觉得就这么根据一点缺失啥的找肿瘤病因很容易进死胡同,不是好方向
肿瘤太复杂了,你用什么做材料?如果是原代肿瘤,里面可能是很多细胞clone的混合
物,可能还有大量的stroma cell,你得到的CGH结果到底是什么意思,是有些clone缺
了,有些clone得了copy的综合结果吗?
再如你说的,大部分肿瘤都有genome instability的问题,可以想象,很多gain/loss
其实都是无关紧要的随机事件,从遗传上来说,你发现的gain/loss很有可能只是和真
正的driver连锁了,然后随着clone增生被一起带到后来的细胞群里
另外,做实验难免都要放到体外来,而体外的环境和体内太不一样了,肿瘤在体内要面
对那么多不同的stress,到体外培养条件下都完全不同了,几乎没有stress,唯一的决
定因素就是细胞的增值速度,你养着养着细胞可能就根本不是一群东西了,你再基于这
个做实验,意义何在呢。也许能发点文章,但是对于领域的贡献又何在,这project本
身能走多远,你又学到了一些什么,在我个人看来都是个疑问号
可能有说的不对的地方大家批评 |
t**********8 发帖数: 223 | 8 "很多gain/loss其实都是无关紧要的随机事件,从遗传上来说,你发现的gain/loss很
有可能只是和真正的driver连锁了"我现在就是充满了这种疑惑。
loss
【在 b****r 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 我是做遗传的对肿瘤涉及不太多 : 但是平时还是经常关注思考肿瘤,所以也来评一下吧 : 平心而论,我觉得就这么根据一点缺失啥的找肿瘤病因很容易进死胡同,不是好方向 : 肿瘤太复杂了,你用什么做材料?如果是原代肿瘤,里面可能是很多细胞clone的混合 : 物,可能还有大量的stroma cell,你得到的CGH结果到底是什么意思,是有些clone缺 : 了,有些clone得了copy的综合结果吗? : 再如你说的,大部分肿瘤都有genome instability的问题,可以想象,很多gain/loss : 其实都是无关紧要的随机事件,从遗传上来说,你发现的gain/loss很有可能只是和真 : 正的driver连锁了,然后随着clone增生被一起带到后来的细胞群里 : 另外,做实验难免都要放到体外来,而体外的环境和体内太不一样了,肿瘤在体内要面
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Z******5 发帖数: 435 | 9 08年有一篇号称cell年度十佳第一的文章就是用这个技术结合RNAi高通量筛选,一下子
找到了十几个oncogene.
Please cite this article in press as: Zender et al., An Oncogenomics-Based
In Vivo RNAi Screen Identifies Tumor Suppressors in Liver Cancer,
Cell (2008), doi:10.1016/j.cell.2008.09.061 |