t**********8
发帖数: 223 | 1 理论上说，CGH可以发现扩增或缺失的基因，由此找到肿瘤的driver基因，但我们实验
室好几个人做这样的课题，根据CGH的data做function，拿到的都是要死不活的结果。
我查了一下pubmed，类似的课题基本都是发的是比较烂的杂志，好像没几个人用CGH的
方法找到driver基因。我怀疑这些基因copy的gain 或loss，其本身与肿瘤恶性程度无
关，更重要的应该是其上游事件，即引起genomic instability的因素。
有经验的同学请指教，谢谢！ |
w***a
发帖数: 133 | 2 A genes up/down regulated in aCGH result does not equal to its protein
expression.
I guess only 50% of the expanded genes in aCGH really have significant
protein expression. It is what happened to me 2 years ago.
【在 t**********8 的大作中提到】
: 理论上说，CGH可以发现扩增或缺失的基因，由此找到肿瘤的driver基因，但我们实验
: 室好几个人做这样的课题，根据CGH的data做function，拿到的都是要死不活的结果。
: 我查了一下pubmed，类似的课题基本都是发的是比较烂的杂志，好像没几个人用CGH的
: 方法找到driver基因。我怀疑这些基因copy的gain 或loss，其本身与肿瘤恶性程度无
: 关，更重要的应该是其上游事件，即引起genomic instability的因素。
: 有经验的同学请指教，谢谢！
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i*********0
发帖数: 915 | 3 CGH可以发现gene 的扩增或缺失,要是我没有记错的话,传统的cgh的精度是MB以上的,很
难判断那个gene和你的phenotype有关.要是精度好点的,可以做array-cgh, 这个可以
screen一些break point. |
t*d
发帖数: 1290 | 4 CGH 一整就整出几百个candidates，这些candidates 中很有可能存在driver。没有办
法给几百个都做function，所以问题是你怎么从几百到几个？
cytogentics 是很多癌症在临床上用得最多的一种指标之一。所以DNA copy的gain 或
loss，其本身与肿瘤恶性程度肯定有某些关联。
拿着 CGH 数据发好杂志文章的不少，自己再找找。
不用过分迷信技术，但是也不要盲目贬低。一种工具而已嘛。
【在 t**********8 的大作中提到】
: 理论上说，CGH可以发现扩增或缺失的基因，由此找到肿瘤的driver基因，但我们实验
: 室好几个人做这样的课题，根据CGH的data做function，拿到的都是要死不活的结果。
: 我查了一下pubmed，类似的课题基本都是发的是比较烂的杂志，好像没几个人用CGH的
: 方法找到driver基因。我怀疑这些基因copy的gain 或loss，其本身与肿瘤恶性程度无
: 关，更重要的应该是其上游事件，即引起genomic instability的因素。
: 有经验的同学请指教，谢谢！
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t**********8
发帖数: 223 | 5 我做的是一個短臂，上面基因很少，<10个。我已經試了兩個了，雖然其表達（包括
mrna 和蛋白）輿腫瘤負相關，但overexpression對一些腫瘤細胞的常規指標（增殖凋
亡等）沒什麼影響。前幾天看到plos one上一個paper，說的也是我做的這個短臂，用
CGH發現跟腫瘤負相關，但他們認為另一個基因是driver，沒function 實驗，湊了一點
data。之前也有幾個group 在不同的腫瘤中發現這個短臂缺失輿腫瘤相關。
我的感覺是，這個短臂之所以跟disease有關，也許不是由它本身的基因決定的，而是
其upstream的event, 引起genomic instability,所以去找其上面的driver基因，找死
也找不到。
“拿着 CGH 数据发好杂志文章的不少”－－－－－求推薦
【在 t*d 的大作中提到】
: CGH 一整就整出几百个candidates，这些candidates 中很有可能存在driver。没有办
: 法给几百个都做function，所以问题是你怎么从几百到几个？
: cytogentics 是很多癌症在临床上用得最多的一种指标之一。所以DNA copy的gain 或
: loss，其本身与肿瘤恶性程度肯定有某些关联。
: 拿着 CGH 数据发好杂志文章的不少，自己再找找。
: 不用过分迷信技术，但是也不要盲目贬低。一种工具而已嘛。
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t*d
发帖数: 1290 | 6 随便给一篇吧：
A genetic screen for candidate tumor suppressors identifies REST. Cell 2005
【在 t**********8 的大作中提到】
: 我做的是一個短臂，上面基因很少，<10个。我已經試了兩個了，雖然其表達（包括
: mrna 和蛋白）輿腫瘤負相關，但overexpression對一些腫瘤細胞的常規指標（增殖凋
: 亡等）沒什麼影響。前幾天看到plos one上一個paper，說的也是我做的這個短臂，用
: CGH發現跟腫瘤負相關，但他們認為另一個基因是driver，沒function 實驗，湊了一點
: data。之前也有幾個group 在不同的腫瘤中發現這個短臂缺失輿腫瘤相關。
: 我的感覺是，這個短臂之所以跟disease有關，也許不是由它本身的基因決定的，而是
: 其upstream的event, 引起genomic instability,所以去找其上面的driver基因，找死
: 也找不到。
: “拿着 CGH 数据发好杂志文章的不少”－－－－－求推薦
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b****r
发帖数: 17995 | 7 我是做遗传的对肿瘤涉及不太多
但是平时还是经常关注思考肿瘤，所以也来评一下吧
平心而论，我觉得就这么根据一点缺失啥的找肿瘤病因很容易进死胡同，不是好方向
肿瘤太复杂了，你用什么做材料？如果是原代肿瘤，里面可能是很多细胞clone的混合
物，可能还有大量的stroma cell，你得到的CGH结果到底是什么意思，是有些clone缺
了，有些clone得了copy的综合结果吗？
再如你说的，大部分肿瘤都有genome instability的问题，可以想象，很多gain/loss
其实都是无关紧要的随机事件，从遗传上来说，你发现的gain/loss很有可能只是和真
正的driver连锁了，然后随着clone增生被一起带到后来的细胞群里
另外，做实验难免都要放到体外来，而体外的环境和体内太不一样了，肿瘤在体内要面
对那么多不同的stress，到体外培养条件下都完全不同了，几乎没有stress，唯一的决
定因素就是细胞的增值速度，你养着养着细胞可能就根本不是一群东西了，你再基于这
个做实验，意义何在呢。也许能发点文章，但是对于领域的贡献又何在，这project本
身能走多远，你又学到了一些什么，在我个人看来都是个疑问号
可能有说的不对的地方大家批评 |
t**********8
发帖数: 223 | 8 "很多gain/loss其实都是无关紧要的随机事件，从遗传上来说，你发现的gain/loss很
有可能只是和真正的driver连锁了"我现在就是充满了这种疑惑。
loss
【在 b****r 的大作中提到】
: 我是做遗传的对肿瘤涉及不太多
: 但是平时还是经常关注思考肿瘤，所以也来评一下吧
: 平心而论，我觉得就这么根据一点缺失啥的找肿瘤病因很容易进死胡同，不是好方向
: 肿瘤太复杂了，你用什么做材料？如果是原代肿瘤，里面可能是很多细胞clone的混合
: 物，可能还有大量的stroma cell，你得到的CGH结果到底是什么意思，是有些clone缺
: 了，有些clone得了copy的综合结果吗？
: 再如你说的，大部分肿瘤都有genome instability的问题，可以想象，很多gain/loss
: 其实都是无关紧要的随机事件，从遗传上来说，你发现的gain/loss很有可能只是和真
: 正的driver连锁了，然后随着clone增生被一起带到后来的细胞群里
: 另外，做实验难免都要放到体外来，而体外的环境和体内太不一样了，肿瘤在体内要面
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Z******5
发帖数: 435 | 9 08年有一篇号称cell年度十佳第一的文章就是用这个技术结合RNAi高通量筛选，一下子
找到了十几个oncogene.
Please cite this article in press as: Zender et al., An Oncogenomics-Based
In Vivo RNAi Screen Identifies Tumor Suppressors in Liver Cancer,
Cell (2008), doi:10.1016/j.cell.2008.09.061 |
