D******9
发帖数: 2665 | 1 最近在做一个研究转录因子的靶基因课题， 用siRNA后48小时， 蛋白只剩了不到10%，
然后用Affimatrix array比较non-target control siRNA knock-down 对照后， 看可
能的靶基因。 结果只有几十个基因变化大于1.5-fold。
是人的primary cell, 大家有啥好建议， 谢谢了。 |
s******s
发帖数: 13035 | 2 没做过。瞎说两句。
你为啥看蛋白，而不是mRNA的最低点？
你这个TF是已知很多靶基因么？会不会本来就只调控几个基因的
有没有ChIP的data?
【在 D******9 的大作中提到】
: 最近在做一个研究转录因子的靶基因课题， 用siRNA后48小时， 蛋白只剩了不到10%，
: 然后用Affimatrix array比较non-target control siRNA knock-down 对照后， 看可
: 能的靶基因。 结果只有几十个基因变化大于1.5-fold。
: 是人的primary cell, 大家有啥好建议， 谢谢了。
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D******9
发帖数: 2665 | 3 因为最后工作的是蛋白， 我也看了mRNA， 有4倍的down-regulation
不知道有啥靶基因， 我已经做了ChIP， 所以想用siRNA结果来证明。
同时在做 KO mice, 但是拿老鼠的结果跟人的比总归不太好。 |
a*****x
发帖数: 901 | 4 1.5 fold好像太小了。是用fibroblast吗？一般我们Affy都能得到几百上千个变化超过
2倍的。
还有一种方法是做KO human cells，比如用Talen. |
M*P
发帖数: 6456 | 5 this is very common. if your TF is stress related, you probably have better
chance to see more genes show higher changes. You can check all the
predicted targets of this TF and see whether there is a systematic
differences between these putative target genes, since most of those target
genes may not show significantly changes if you look at them one by one.
【在 D******9 的大作中提到】
: 最近在做一个研究转录因子的靶基因课题， 用siRNA后48小时， 蛋白只剩了不到10%，
: 然后用Affimatrix array比较non-target control siRNA knock-down 对照后， 看可
: 能的靶基因。 结果只有几十个基因变化大于1.5-fold。
: 是人的primary cell, 大家有啥好建议， 谢谢了。
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c********r
发帖数: 189 | 6 If the TF is stress related, can you treat the cell with stress, and then
analyze the transcriptome changes?
better
target
【在 M*P 的大作中提到】
: this is very common. if your TF is stress related, you probably have better
: chance to see more genes show higher changes. You can check all the
: predicted targets of this TF and see whether there is a systematic
: differences between these putative target genes, since most of those target
: genes may not show significantly changes if you look at them one by one.
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