n***w
发帖数: 2405 | 1 有一些tissue的confocal images, 每张是3个channel,
想知道如何quantify intensity.
试了一下imageJ里set measurements，用mean gray scale，但是不对。
求指点。
非常感谢！ |
s*****j
发帖数: 6435 | 2 split channels first. then measure.
【在 n***w 的大作中提到】
: 有一些tissue的confocal images, 每张是3个channel,
: 想知道如何quantify intensity.
: 试了一下imageJ里set measurements，用mean gray scale，但是不对。
: 求指点。
: 非常感谢！
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m******h
发帖数: 32 | 3 split the channel,
choose 32 or 16bit,
subtract the background,
measure |
D*a
发帖数: 6830 | 4 confocal images出来不都是一张一张的么，3个channels的应该是前期处理过的了吧。
有原始的么，你确定不是叠加了Z之后的。 |
w******y
发帖数: 2504 | 5 现在CONFOCAL出来的IMAGE可以只保存叠加的，然后在IMAGE J里面可以SPLIT 然后分析
的。
【在 D*a 的大作中提到】
: confocal images出来不都是一张一张的么，3个channels的应该是前期处理过的了吧。
: 有原始的么，你确定不是叠加了Z之后的。
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z*******6
发帖数: 679 | 6 就像楼上们说的，split先...
前阵子王同学做fret，我学习了一下imagej，如果你要批量处理，我可以帮忙... |
A********0
发帖数: 3310 | |
G********e
发帖数: 528 | 8 请教一下这位批量高手
怎么选择region of interest？
我想对细胞核内的546频道的信号进行定量，
某位高手叫我用手拿着鼠标描着dapi画的
非常考验美术细胞
有什么绝招吗？
【在 z*******6 的大作中提到】
: 就像楼上们说的，split先...
: 前阵子王同学做fret，我学习了一下imagej，如果你要批量处理，我可以帮忙...
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m******h
发帖数: 32 | 9 1, threshod dapi chanel
2, 用魔术棒选择核区，添加到ROI manage。
3，回到546chanel，重选这个ROI。
4， Ctrl + M。 |
G********e
发帖数: 528 | 10 多谢，我的dapi有点弱，经常核里有黑洞，下次曝光久一点可能就不会
不过即使这样做，批量也挺辛苦的
可能image分析都是很需要人力的
有没有人知道怎么对细胞核不同的区域进行定量分析
比如说一个特定的蛋白喜欢靠在核周边
可不可以把细胞核一步一步shrink，然后对不同的shell进行定量
【在 m******h 的大作中提到】
: 1, threshod dapi chanel
: 2, 用魔术棒选择核区，添加到ROI manage。
: 3，回到546chanel，重选这个ROI。
: 4， Ctrl + M。
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s*****j
发帖数: 6435 | 11 你帖一个 sample image 上来看看.
【在 G********e 的大作中提到】
: 多谢，我的dapi有点弱，经常核里有黑洞，下次曝光久一点可能就不会
: 不过即使这样做，批量也挺辛苦的
: 可能image分析都是很需要人力的
: 有没有人知道怎么对细胞核不同的区域进行定量分析
: 比如说一个特定的蛋白喜欢靠在核周边
: 可不可以把细胞核一步一步shrink，然后对不同的shell进行定量
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G********e
发帖数: 528 | 12 比如说这个文章中的
好像他们自己设计软件来做
http://jcs.biologists.org/content/early/2009/09/22/jcs.052555.f
【在 s*****j 的大作中提到】
: 你帖一个 sample image 上来看看.
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f*c
发帖数: 2726 | 13 那是不是要一个一个地选择并measure? 有没有快速的方法，可以一下子得出一个field
里面的平均intensity?
【在 m******h 的大作中提到】
: 1, threshod dapi chanel
: 2, 用魔术棒选择核区，添加到ROI manage。
: 3，回到546chanel，重选这个ROI。
: 4， Ctrl + M。
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s*****j
发帖数: 6435 | 14 filtering your DAPI signal (mean or median, "Process"->"Filter")
threshold to mask, "Image"->"Adjust"->"threshold"
get rid of holes in DAPI. "Process"->"Binary" -< "Fill Holes"
if needed, watershed to seperate attached DAPI ROI "Process"->"Binary"-?"
watershed"
use partical analyzer to add all DAPI ROIs in the ROI manager "Analyze"->"
Analyze partcles"
use "Process"-"bianry"-> "dilate"/"erode" to get outer region of nuclear.
set parameters in "Process"->"binary"->"options" on how you want to "shrink
" the nuclear.
use "process" -"binary" -"distance map" if you want accurate "shrinked"
region.
【在 G********e 的大作中提到】
: 多谢，我的dapi有点弱，经常核里有黑洞，下次曝光久一点可能就不会
: 不过即使这样做，批量也挺辛苦的
: 可能image分析都是很需要人力的
: 有没有人知道怎么对细胞核不同的区域进行定量分析
: 比如说一个特定的蛋白喜欢靠在核周边
: 可不可以把细胞核一步一步shrink，然后对不同的shell进行定量
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s*****j
发帖数: 6435 | 15 use "Analyze" -> " Analyze particles"
check "add to manager" box.
field
【在 f*c 的大作中提到】
: 那是不是要一个一个地选择并measure? 有没有快速的方法，可以一下子得出一个field
: 里面的平均intensity?
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f*c
发帖数: 2726 | 16 还是不会阿，check "add to manager"之后直接measure吗？"add to manager"有啥用？
【在 s*****j 的大作中提到】
: use "Analyze" -> " Analyze particles"
: check "add to manager" box.
:
: field
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G********e
发帖数: 528 | 17 WOW!
Real expert, and really helpful!
shrink
【在 s*****j 的大作中提到】
: use "Analyze" -> " Analyze particles"
: check "add to manager" box.
:
: field
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G********e
发帖数: 528 | 18 save the ROI to ROI manager
and then apply the saved ROI into other channel?
用？
【在 f*c 的大作中提到】
: 还是不会阿，check "add to manager"之后直接measure吗？"add to manager"有啥用？
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f*c
发帖数: 2726 | 19 貌似可以了，我再折腾折腾，谢谢
【在 s*****j 的大作中提到】
: use "Analyze" -> " Analyze particles"
: check "add to manager" box.
:
: field
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G********e
发帖数: 528 | 20 再赞一下！
顺便再请教一下这种分析需要多少个个体才能比较有说服力
30？50？100？1k？
shrink
【在 s*****j 的大作中提到】
: use "Analyze" -> " Analyze particles"
: check "add to manager" box.
:
: field
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s*****j
发帖数: 6435 | 21 apply the ROIs on raw data channl, check "Show All" box in ROI Manager
there is a Measure" button in ROI manager
use "Analyze"->"Set Measurement" to set what kinds of measurements you need.
you can save the ROIs in "More"->"Save" for future reference. the file
type is xxx.zip. directly drag the .zip file into ImageJ menu window to
open the ROIs.
用？
【在 f*c 的大作中提到】
: 还是不会阿，check "add to manager"之后直接measure吗？"add to manager"有啥用？
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