n***w 发帖数: 2405 | 1 有一些tissue的confocal images, 每张是3个channel,
想知道如何quantify intensity.
试了一下imageJ里set measurements,用mean gray scale,但是不对。
求指点。
非常感谢! |
s*****j 发帖数: 6435 | 2 split channels first. then measure.
【在 n***w 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 有一些tissue的confocal images, 每张是3个channel, : 想知道如何quantify intensity. : 试了一下imageJ里set measurements,用mean gray scale,但是不对。 : 求指点。 : 非常感谢!
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m******h 发帖数: 32 | 3 split the channel,
choose 32 or 16bit,
subtract the background,
measure |
D*a 发帖数: 6830 | 4 confocal images出来不都是一张一张的么,3个channels的应该是前期处理过的了吧。
有原始的么,你确定不是叠加了Z之后的。 |
w******y 发帖数: 2504 | 5 现在CONFOCAL出来的IMAGE可以只保存叠加的,然后在IMAGE J里面可以SPLIT 然后分析
的。
【在 D*a 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : confocal images出来不都是一张一张的么,3个channels的应该是前期处理过的了吧。 : 有原始的么,你确定不是叠加了Z之后的。
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z*******6 发帖数: 679 | 6 就像楼上们说的,split先...
前阵子王同学做fret,我学习了一下imagej,如果你要批量处理,我可以帮忙... |
A********0 发帖数: 3310 | |
G********e 发帖数: 528 | 8 请教一下这位批量高手
怎么选择region of interest?
我想对细胞核内的546频道的信号进行定量,
某位高手叫我用手拿着鼠标描着dapi画的
非常考验美术细胞
有什么绝招吗?
【在 z*******6 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 就像楼上们说的,split先... : 前阵子王同学做fret,我学习了一下imagej,如果你要批量处理,我可以帮忙...
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m******h 发帖数: 32 | 9 1, threshod dapi chanel
2, 用魔术棒选择核区,添加到ROI manage。
3,回到546chanel,重选这个ROI。
4, Ctrl + M。 |
G********e 发帖数: 528 | 10 多谢,我的dapi有点弱,经常核里有黑洞,下次曝光久一点可能就不会
不过即使这样做,批量也挺辛苦的
可能image分析都是很需要人力的
有没有人知道怎么对细胞核不同的区域进行定量分析
比如说一个特定的蛋白喜欢靠在核周边
可不可以把细胞核一步一步shrink,然后对不同的shell进行定量
【在 m******h 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 1, threshod dapi chanel : 2, 用魔术棒选择核区,添加到ROI manage。 : 3,回到546chanel,重选这个ROI。 : 4, Ctrl + M。
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s*****j 发帖数: 6435 | 11 你帖一个 sample image 上来看看.
【在 G********e 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 多谢,我的dapi有点弱,经常核里有黑洞,下次曝光久一点可能就不会 : 不过即使这样做,批量也挺辛苦的 : 可能image分析都是很需要人力的 : 有没有人知道怎么对细胞核不同的区域进行定量分析 : 比如说一个特定的蛋白喜欢靠在核周边 : 可不可以把细胞核一步一步shrink,然后对不同的shell进行定量
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G********e 发帖数: 528 | 12 比如说这个文章中的
好像他们自己设计软件来做
http://jcs.biologists.org/content/early/2009/09/22/jcs.052555.f
【在 s*****j 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 你帖一个 sample image 上来看看.
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f*c 发帖数: 2726 | 13 那是不是要一个一个地选择并measure? 有没有快速的方法,可以一下子得出一个field
里面的平均intensity?
【在 m******h 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 1, threshod dapi chanel : 2, 用魔术棒选择核区,添加到ROI manage。 : 3,回到546chanel,重选这个ROI。 : 4, Ctrl + M。
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s*****j 发帖数: 6435 | 14 filtering your DAPI signal (mean or median, "Process"->"Filter")
threshold to mask, "Image"->"Adjust"->"threshold"
get rid of holes in DAPI. "Process"->"Binary" -< "Fill Holes"
if needed, watershed to seperate attached DAPI ROI "Process"->"Binary"-?"
watershed"
use partical analyzer to add all DAPI ROIs in the ROI manager "Analyze"->"
Analyze partcles"
use "Process"-"bianry"-> "dilate"/"erode" to get outer region of nuclear.
set parameters in "Process"->"binary"->"options" on how you want to "shrink
" the nuclear.
use "process" -"binary" -"distance map" if you want accurate "shrinked"
region.
【在 G********e 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 多谢,我的dapi有点弱,经常核里有黑洞,下次曝光久一点可能就不会 : 不过即使这样做,批量也挺辛苦的 : 可能image分析都是很需要人力的 : 有没有人知道怎么对细胞核不同的区域进行定量分析 : 比如说一个特定的蛋白喜欢靠在核周边 : 可不可以把细胞核一步一步shrink,然后对不同的shell进行定量
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s*****j 发帖数: 6435 | 15 use "Analyze" -> " Analyze particles"
check "add to manager" box.
field
【在 f*c 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 那是不是要一个一个地选择并measure? 有没有快速的方法,可以一下子得出一个field : 里面的平均intensity?
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f*c 发帖数: 2726 | 16 还是不会阿,check "add to manager"之后直接measure吗?"add to manager"有啥用?
【在 s*****j 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : use "Analyze" -> " Analyze particles" : check "add to manager" box. : : field
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G********e 发帖数: 528 | 17 WOW!
Real expert, and really helpful!
shrink
【在 s*****j 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : use "Analyze" -> " Analyze particles" : check "add to manager" box. : : field
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G********e 发帖数: 528 | 18 save the ROI to ROI manager
and then apply the saved ROI into other channel?
用?
【在 f*c 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 还是不会阿,check "add to manager"之后直接measure吗?"add to manager"有啥用?
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f*c 发帖数: 2726 | 19 貌似可以了,我再折腾折腾,谢谢
【在 s*****j 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : use "Analyze" -> " Analyze particles" : check "add to manager" box. : : field
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G********e 发帖数: 528 | 20 再赞一下!
顺便再请教一下这种分析需要多少个个体才能比较有说服力
30?50?100?1k?
shrink
【在 s*****j 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : use "Analyze" -> " Analyze particles" : check "add to manager" box. : : field
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s*****j 发帖数: 6435 | 21 apply the ROIs on raw data channl, check "Show All" box in ROI Manager
there is a Measure" button in ROI manager
use "Analyze"->"Set Measurement" to set what kinds of measurements you need.
you can save the ROIs in "More"->"Save" for future reference. the file
type is xxx.zip. directly drag the .zip file into ImageJ menu window to
open the ROIs.
用?
【在 f*c 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 还是不会阿,check "add to manager"之后直接measure吗?"add to manager"有啥用?
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