I***a 发帖数: 13467 | 1 用两组老鼠作实验,
最后每组取3只,用Q-PCR来检测一些基因表达,
数据平均值差异很显著,但是其中一组viriation 比较大,不能两组一只对一只来比较
(或许这样不对?)
怎么处理呢,可能不再重新做老鼠了。 |
D*a 发帖数: 6830 | |
I***a 发帖数: 13467 | |
A******y 发帖数: 2041 | 4 n=3 for each group in mice? For my model system with expected variance at
20% you need at least 8 for each group. Minimum of 5 of each group is
needed if you think your differences between groups are big.
【在 I***a 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 用两组老鼠作实验, : 最后每组取3只,用Q-PCR来检测一些基因表达, : 数据平均值差异很显著,但是其中一组viriation 比较大,不能两组一只对一只来比较 : (或许这样不对?) : 怎么处理呢,可能不再重新做老鼠了。
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s******y 发帖数: 28562 | 5 才取三只太少了!
【在 I***a 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 用两组老鼠作实验, : 最后每组取3只,用Q-PCR来检测一些基因表达, : 数据平均值差异很显著,但是其中一组viriation 比较大,不能两组一只对一只来比较 : (或许这样不对?) : 怎么处理呢,可能不再重新做老鼠了。
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I***a 发帖数: 13467 | 6 我也知道太少了,
本来是8只,剩下都没有什么表型出来,
我本来是想把表型条件搞清除,再往下做其它的,奈何我不能决定,
算了,数据丢给老板,爱咋整咋整 |
s******s 发帖数: 13035 | 7 差异多大?
【在 I***a 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 用两组老鼠作实验, : 最后每组取3只,用Q-PCR来检测一些基因表达, : 数据平均值差异很显著,但是其中一组viriation 比较大,不能两组一只对一只来比较 : (或许这样不对?) : 怎么处理呢,可能不再重新做老鼠了。
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c**********r 发帖数: 2372 | |
t******k 发帖数: 5617 | 9 一组三只?你当你是michael karine啊。。。 |
b*****o 发帖数: 150 | |
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n********k 发帖数: 2818 | 11 不服是吗,不服看这边,仔细读,比较一下几个图之间的数据,maybe 挺有意思的. N=
2 at some time points, mostly 3 as LZ:))
BTW, this is supposed to be a very important study in the field.
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0896627311004
【在 b*****o 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 3只肯定不够 : 你自己相信么
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n***w 发帖数: 2405 | 12 you cannot use paired test. |
w********y 发帖数: 288 | 13 想就着这个问题讨论一下,比如我们做电生理的,一般 n = 5-10, 看有些生化分子的
跑胶,n = 3 大概就行了,这里lz做老鼠,n = 3 大家都说太少。
笼统地说n取多少要看数据质量,个体差异度大不大。不过是不是不同实验一般会有个
约定俗成的最少重复次数呢?还是完全看统计结果?
欢迎做不同实验的都来说一说。 |
p*****m 发帖数: 7030 | 14 我的习惯是这样的,把data scatterplot出来,用眼睛看能不能看出有区别或者没区别
来,然后再说别的统计分析。如果眼睛看scatterplot看不出啥区别或者不知道看出来
的算不算差别,我是不会做个统计分析说这个significant然后就完事的。
【在 w********y 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 想就着这个问题讨论一下,比如我们做电生理的,一般 n = 5-10, 看有些生化分子的 : 跑胶,n = 3 大概就行了,这里lz做老鼠,n = 3 大家都说太少。 : 笼统地说n取多少要看数据质量,个体差异度大不大。不过是不是不同实验一般会有个 : 约定俗成的最少重复次数呢?还是完全看统计结果? : 欢迎做不同实验的都来说一说。
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r***e 发帖数: 2539 | 15 这个老滑头一般只用三只?哈哈。
【在 t******k 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 一组三只?你当你是michael karine啊。。。
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k****o 发帖数: 589 | 16 Karin的强项还是在Western的图像处理技术这方面。 |
k****o 发帖数: 589 | 17
N=
审稿怎么过的啊,PI有关系?
【在 n********k 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 不服是吗,不服看这边,仔细读,比较一下几个图之间的数据,maybe 挺有意思的. N= : 2 at some time points, mostly 3 as LZ:)) : BTW, this is supposed to be a very important study in the field. : http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0896627311004
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n********k 发帖数: 2818 | 18 PI有关系?
比小麦同志不差。
在这个领域混,不知道他,就跟不知道我祖师爷或做有些方向不知道P老板或ACHE的祖
师爷一样,是有罪的!
【在 k****o 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : : N= : 审稿怎么过的啊,PI有关系?
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n********k 发帖数: 2818 | 19 case by case, for some analysis, using stereology, N=3 is enough while
increasing N won't increase much of the significance...However typically,
this is not enough for our field...esp when working with mix background
【在 w********y 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 想就着这个问题讨论一下,比如我们做电生理的,一般 n = 5-10, 看有些生化分子的 : 跑胶,n = 3 大概就行了,这里lz做老鼠,n = 3 大家都说太少。 : 笼统地说n取多少要看数据质量,个体差异度大不大。不过是不是不同实验一般会有个 : 约定俗成的最少重复次数呢?还是完全看统计结果? : 欢迎做不同实验的都来说一说。
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n********k 发帖数: 2818 | 20 80% agreement
【在 p*****m 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 我的习惯是这样的,把data scatterplot出来,用眼睛看能不能看出有区别或者没区别 : 来,然后再说别的统计分析。如果眼睛看scatterplot看不出啥区别或者不知道看出来 : 的算不算差别,我是不会做个统计分析说这个significant然后就完事的。
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a*****x 发帖数: 901 | 21 有统计方法算需要多少样品数的。好像是算P value的robustness吧,记不清了
【在 p*****m 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 我的习惯是这样的,把data scatterplot出来,用眼睛看能不能看出有区别或者没区别 : 来,然后再说别的统计分析。如果眼睛看scatterplot看不出啥区别或者不知道看出来 : 的算不算差别,我是不会做个统计分析说这个significant然后就完事的。
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a*****g 发帖数: 543 | 22 power sample analysis:
such as
http://www.quantitativeskills.com/sisa/calculations/samsize.htm
【在 a*****x 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 有统计方法算需要多少样品数的。好像是算P value的robustness吧,记不清了
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l**********1 发帖数: 5204 | 23 sure
2000-2009 nine years no advance within Retraction Cell papers.
Retraction of 'DNA-PKcs is required for activation of innate immunity by
immunostimulatory DNA’
In a recent issue of Cell, the above paper was retracted. The authors stated
that during figure preparation, several loading controls were
inappropriately manipulated. These artificial changes may affected the
credibility and interpretability of the paper. However, the conclusion of
the retracted paper holds true. The authors include Wen-Ming Chu, Xing Gong,
Zhi-Wei Li, Kenji Takabayashi, Hong-Hai Ouyang, Yi Chen, Augusto Lois,
David J. Chen, Gloria C. Li,
@Michael Karin@
and Eyal Raz.
Journal: Cell , February 2009.
//www.ebiomethods.com/news/retraction?pdate=
----
How To Read A Retraction III
Feb 05 2009 Published by physioprof under Conduct of Science, Ethics
posted by
Jimmy February 8, 2009
another interesting aspect of this story. MK (Michael Karin) was a
corresponding author on the 2000 Cell paper but now is not a corresponding
author on the retraction. Why's this?
Another thing. Did you guys notice that in the previous issue of Cell, MK
published an erratum for the Budanov and Karin paper for similar shady image
processing irregularities. Why does th Budanov and Karin paper get to be
corrected but the other paper retracted?
Also: you guys should check out the paper by Zhang, Karin, Chu and
colleagues in EMBO Reports, 2005 "Activation of IKK by thymosin 1 requires
the TRAF6 signalling pathway". Tell me if I'm wrong, but doesn't the anti-
IKK blot in Figure 2B look to be the copied directly from the Chu et al 2000
Cell paper that was just retracted? Compare anti-IKK blots from EMBO
reports Figure 2B paper to the 2000 Cell paper Figure 3A. I've run 100s of
gels in my lifetime and bands never come out looking as identical as they do
in the gels published in EMBO reports and Cell.
I suspect something much bigger is going on here but only time will tell.
//scientopia.org/blogs/drugmonkey/2009/02/05/how-to-read-a-retraction-iii/
【在 k****o 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : Karin的强项还是在Western的图像处理技术这方面。
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k****o 发帖数: 589 | 24
你指的应该是power analysis吧,不过这需要pilot experiment才能估值的。
【在 a*****x 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 有统计方法算需要多少样品数的。好像是算P value的robustness吧,记不清了
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g**********t 发帖数: 475 | 25 You can use sequential analysis.
【在 a*****x 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 有统计方法算需要多少样品数的。好像是算P value的robustness吧,记不清了
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l**********1 发帖数: 5204 | 26 En
最好两组中每组有4~5头小鼠 then Power value >80% or 90%
LZ pls refer
//123seminarsonly.com/Seminar-Reports/004/57550518-Sample-Size-and-Power-in-
biomedical-research.pdf
or:
Statistics版 - 麻烦问高手们一个弱智问题
lovemocha
2010-01-18 23:
1知道这里大多是统计学高手,估计这个问题在这里问不太适合
但是我实在是desperate了,查了半天,也没查到一点线索。。所以就来这里碰碰运气
了。。。
是这样:
很多生物学实验,比如说PCR,Western,常规的做法也是几乎所有paper里的做法是:
样本数不少于
3,如果有significance,n=3就行了,如果不到,再加n.
可是,从统计学的观点看,这样应该是不对的吧,应该用sample size analysis 来决
定样本量够不
够的吧。。。。。但是run sample size的话,往往会出一个很惊人的大数值n,这显然
是不实际的,
那怎么才能justify n=3的实验结果呢?
Re:
>
it is fine. these are discovery/pilot studies where you do not control type
I error, you have no idea about the effect size and you do not know power.
getting a nominal p-value is fine, the key thing is whether they can
replicate the similar p-value with the similar number of subjects
sample size analysis is only applicable when there is a clearly defined
hypothesis to confirm.
//www.weiming.info/zhuti/Statistics/31208813/
【在 k****o 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : : 你指的应该是power analysis吧,不过这需要pilot experiment才能估值的。
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h*******o 发帖数: 4884 | 27 嗯, 个人经验, 老鼠 2组对比n=7是最小要求,还的用最松的stats比较
n=3就只能用来做做预实验了 |
y***j 发帖数: 11235 | 28 n=3本身不是问题,样品少的问题已经在算p值的自由度上矫正了。在你不太懂统计的情
况下mann whittney如果显著了问题不大。但是这个方法比较伤power容易假阴性。不显
著坐下normality test 然后welch T检验。
上面有几个人说power的问题,power对于significant的结果没问题,是试验前估计样
品数的,已经做了,而且你也不能再加sample,算他没啥太大意义。
我理解你的问题不是样品数小,而且随机取样问题。我不太知道你全部实验,但是跟据
你说的,光取有表型的,基本上就是选几个差别最大的比。 |
y***j 发帖数: 11235 | 29 啥叫“最松动stats比较”??
不同实验需要的样本数是不一样的。
【在 h*******o 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 嗯, 个人经验, 老鼠 2组对比n=7是最小要求,还的用最松的stats比较 : n=3就只能用来做做预实验了
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h*******o 发帖数: 4884 | 30 这个谁都知道
只是从实际出发,我相信大部分版上作动物的人都知道
n=3做in vivo就算就是2组对比想拿到t-test的significance是基本上不可能的
intra-group的variability太大了.
当然如果有神级别的mouse colony, 效果及其明显的那就另说了......
另外,只是比较不同genotype的差别可能要求的n小一点
如果还要看treatment的efficacy, 严格一点的n=15都可能不够...
【在 y***j 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 啥叫“最松动stats比较”?? : 不同实验需要的样本数是不一样的。
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h********n 发帖数: 4079 | 31 8只老鼠只有三只有表型, 然后你准备拿这三只做比较?
【在 I***a 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 我也知道太少了, : 本来是8只,剩下都没有什么表型出来, : 我本来是想把表型条件搞清除,再往下做其它的,奈何我不能决定, : 算了,数据丢给老板,爱咋整咋整
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I***a 发帖数: 13467 | 32 很难做,做了好几轮
以为只是简单检测一下,不知道最终会怎么处理,
【在 h********n 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 8只老鼠只有三只有表型, 然后你准备拿这三只做比较?
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y***j 发帖数: 11235 | 33 我有几年没做小鼠了,但我以前做的实验基本3-4只出显著没有问题。而且是国内做的
,用的隔壁医学院养的可能不太纯的balb/c。
我现在的实验,人!!,n=5能出显著。
你在完全不知道组间差别情况下,只强调variation可能很大来谈需要的n是个误导。
【在 h*******o 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 这个谁都知道 : 只是从实际出发,我相信大部分版上作动物的人都知道 : n=3做in vivo就算就是2组对比想拿到t-test的significance是基本上不可能的 : intra-group的variability太大了. : 当然如果有神级别的mouse colony, 效果及其明显的那就另说了...... : 另外,只是比较不同genotype的差别可能要求的n小一点 : 如果还要看treatment的efficacy, 严格一点的n=15都可能不够...
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h*******o 发帖数: 4884 | 34 你非要抬杠也没办法
做生物, 基本的统计大家也都清楚
我也希望n=5甚至3 就 能出显著,
在我做的这个领域还真挺难
楼主自己都说了,8个老鼠,3个能出表型,
不挑的话n=3能出显著?
【在 y***j 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 我有几年没做小鼠了,但我以前做的实验基本3-4只出显著没有问题。而且是国内做的 : ,用的隔壁医学院养的可能不太纯的balb/c。 : 我现在的实验,人!!,n=5能出显著。 : 你在完全不知道组间差别情况下,只强调variation可能很大来谈需要的n是个误导。
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y***j 发帖数: 11235 | 35 谁抬杠了,我只不过说一个更加普遍的方法,需要的sample size和样品本身的
variation之外与样品之间的预期差别也有关系,不是你说的背景乱n=3就肯定不能用。
你的实践经验只限制于你的领域(组间差别小,组内差别大。),但是不代表其他人一
定适用(至少我的领域不适用,LZ的领域他没有提供太多信息我不知道),但是我说的
是也适用于其他的领域。
另外:不出表型,但是qPCR能检测到某些基因表达区别显著的情况太多了。
【在 h*******o 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 你非要抬杠也没办法 : 做生物, 基本的统计大家也都清楚 : 我也希望n=5甚至3 就 能出显著, : 在我做的这个领域还真挺难 : 楼主自己都说了,8个老鼠,3个能出表型, : 不挑的话n=3能出显著?
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s******y 发帖数: 28562 | 36 条件越简单,重复性越好的实验,需要的N越少(当然不能少于3)。
所以一般生化实验(比方说酶动力曲线啥的),三次就差不多了。
但是涉及到细胞的话,15个是最低值,一般人怎么也得做个50个。
老鼠的话,一般来说,5~10个是最低值了。尤其是那些涉及到生理指数的实验。
【在 w********y 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 想就着这个问题讨论一下,比如我们做电生理的,一般 n = 5-10, 看有些生化分子的 : 跑胶,n = 3 大概就行了,这里lz做老鼠,n = 3 大家都说太少。 : 笼统地说n取多少要看数据质量,个体差异度大不大。不过是不是不同实验一般会有个 : 约定俗成的最少重复次数呢?还是完全看统计结果? : 欢迎做不同实验的都来说一说。
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