z****u
发帖数: 1007 | 1 原文
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22773140
美国国家地理网站报道，2010年，美国宇航局天体生物学家在加利福尼亚州莫诺湖富含
砷的沉积物中发现了一种最怪异的生物体，这种被命名为“GFAJ-1”的细菌可以在富砷
少磷的实验室环境中茁壮生存。研究人员在《科学》杂志上发表论文称，这种细菌已经
将砷元素取代磷元素的位置，改写了自己的DNA。然而，近期两项最新研究成果表明，
这一争议性的发现事实上并非如此。
在2010年，“GFAJ-1”细菌的发现曾经引起了人们广泛关注，因为这种怪异的生物
体被认为是已经改写了自己的DNA，其中的神秘元素就是砷。当时，由美国宇航局天体
生物学家费利萨-沃尔夫-西蒙领导的研究团队因此得出结论，“GFAJ-1”细菌肯定已经
将砷写入了自己的DNA物质中，而且取代了磷元素的位置。众所周知，磷是其他所有已
知生物体DNA中的必要元素之一。两年前的发现曾经令天体生物学家们兴奋不已。磷和
砷在化学特性上有相似之处，因此，天体生物学家此前曾经推测，如果这种交换可能的
话，那么在宇宙某个意想不到的地方应该存在系外生命。
然而，在西蒙等人公布研究成果后不久，其他一些研究人员纷纷表示，他们很难复
制西蒙的实验结果。近日，一些批评者终于对西蒙的研究成果给出了正式的否定结论。
两项最新研究发现，这种细菌确实可以存活于2010年实验所描述的环境中，但是当环境
中磷的数量减少到比西蒙的实验中磷的数量还要少时，“GFAJ-1”细菌就已无法生存。
此外，生物学家罗塞马里-莱德菲尔德的最新研究发现，在“GFAJ-1”细菌的DNA中
并没有发现砷的存在。因此，研究人员得出最新结论，这种喜砷生命的生存同样也需要
磷元素，只不过需求量极少而已。
不过，现在工作于美国劳伦斯伯克力国家实验室的西蒙仍然坚持自己的观点。西蒙
认为，最新研究成果只是表示砷并没有在DNA中出现，但并不代表这种生物体从不需要
砷。事实上，这种生物体对砷有极强的抵抗性，它们从环境中吸取砷，这说明砷已经发
生了某种不寻常的事件。西蒙表示，“我们正在致力于寻找砷酸盐究竟在细菌的哪个部
位，而不是它不在哪里。GFAJ-1是如何在如此高浓度的砷中生存的？砷究竟去了哪里？
这将是我们接下来重点研究的课题。”
对于天体生物学家来说，新发现或许令人失望，但这并代表寻找外星生命事业的大
溃败。美国亚历桑那大学基础科学概念超越研究中心天体生物学家保罗-戴维斯鼓励科
学家首先寻找地球上最怪异的生物体，戴维斯认为这些生物体应该不仅仅源自我们生命
之树的不同分枝，也有可能来自完全不同的祖先 |
C*******e
发帖数: 4348 | 2 这次的Science express上面有两片文章啦
http://www.sciencemag.org/content/early/2012/07/06/science.1218
http://www.sciencemag.org/content/early/2012/07/06/science.1219
应该是NASA利益驱动下的产物
我们实验室有个人说认识这个一作，Felisa
现在大家都开玩笑说这个细菌的命名GFAJ-1其实是：
Give Felisa A Job
然后实验室里还有一个人在某次会议里跟一个教授聊天很愉快
后来说到什么然后开玩笑，说如果细菌不用磷而改用砷什么的
然后对方教授脸色大变
说you got be kidding me
后来才知道Felisa是那个教授以前的学生。。。。。。。 |
b****r
发帖数: 17995 | 3 我就一直没搞懂，拿这生物的DNA或者DNA相对应的玩意跑个质谱啥的不就知道怎么回事
了，怎么搞的水变油似的 |
p*****m
发帖数: 7030 | 4 想暴力生化提纯DNA是很困难的 这就是为啥Avery没拿炸药奖的原因啊 呵呵
【在 b****r 的大作中提到】
: 我就一直没搞懂，拿这生物的DNA或者DNA相对应的玩意跑个质谱啥的不就知道怎么回事
: 了，怎么搞的水变油似的
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l********g
发帖数: 19 | 5 有谁知道她的这个菌株是不是必需依赖砷？培养基里没有砷就不繁殖吗？ |
b*******n
发帖数: 8420 | |
b****r
发帖数: 17995 | 7 难道我们平时提纯DNA不是暴力的吗。我生化比较烂，请科普
【在 p*****m 的大作中提到】
: 想暴力生化提纯DNA是很困难的 这就是为啥Avery没拿炸药奖的原因啊 呵呵
|
n********k
发帖数: 2818 | 8 他应该强调“纯”这个字。是那篇文章的关键点。
【在 b****r 的大作中提到】
: 难道我们平时提纯DNA不是暴力的吗。我生化比较烂，请科普
|
n********k
发帖数: 2818 | 9 原文撤了吗？ 那种解释也行啊？能是一个级别的工作吗？(欺辱)俺不懂哈：））
【在 C*******e 的大作中提到】
: 这次的Science express上面有两片文章啦
: http://www.sciencemag.org/content/early/2012/07/06/science.1218
: http://www.sciencemag.org/content/early/2012/07/06/science.1219
: 应该是NASA利益驱动下的产物
: 我们实验室有个人说认识这个一作，Felisa
: 现在大家都开玩笑说这个细菌的命名GFAJ-1其实是：
: Give Felisa A Job
: 然后实验室里还有一个人在某次会议里跟一个教授聊天很愉快
: 后来说到什么然后开玩笑，说如果细菌不用磷而改用砷什么的
: 然后对方教授脸色大变
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I***a
发帖数: 13467 | 10 那东西发表在CNN上倒是挺合适的，
NASA为了钱，什么也顾不得了， |
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D*a
发帖数: 6830 | 11 那像现在说得这种实验，"lacked the ability to grow in phosphorus-depleted (<0
.3 μM), arsenate-containing medium"
搞一个无磷培养基也那么暴力复杂么、、、
【在 p*****m 的大作中提到】
: 想暴力生化提纯DNA是很困难的 这就是为啥Avery没拿炸药奖的原因啊 呵呵
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k******0
发帖数: 1073 | 12 您给制备一个无磷培养基看看！！
说得过于轻巧了吧。
<0
【在 D*a 的大作中提到】
: 那像现在说得这种实验，"lacked the ability to grow in phosphorus-depleted (<0
: .3 μM), arsenate-containing medium"
: 搞一个无磷培养基也那么暴力复杂么、、、
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y******8
发帖数: 1764 | 13 I still like the original story. Even though, it is probably wrong.
Science should tolerate mistakes, but not frauds.
【在 n********k 的大作中提到】
: 原文撤了吗？ 那种解释也行啊？能是一个级别的工作吗？(欺辱)俺不懂哈：））
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D*a
发帖数: 6830 | 14 这个真不懂啊，不好做就不做，要是我也能这么回答reviewer问题就好了
【在 k******0 的大作中提到】
: 您给制备一个无磷培养基看看！！
: 说得过于轻巧了吧。
:
: <0
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m**z
发帖数: 787 | 15 很难吧，很多试剂和水里面都会有微量磷。别说磷了，要培养及里面没有锌或者铁都是
很难办到的
<0
【在 D*a 的大作中提到】
: 那像现在说得这种实验，"lacked the ability to grow in phosphorus-depleted (<0
: .3 μM), arsenate-containing medium"
: 搞一个无磷培养基也那么暴力复杂么、、、
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s******y
发帖数: 28562 | 16 我的印象中，如果是配植物的培养基的话，绝大部分东西都是无机盐，就比较
容易控制里面到底有什么元素。至于水，如果用那种超纯水就基本可以把磷给
排除掉。
但如果是细菌培养基的话，因为必须得给个有机物质营养来源，要控制没有
磷就会比较麻烦。大部分糖啊氨基酸啊，多多少少都会有磷酸化的成分在里面
【在 m**z 的大作中提到】
: 很难吧，很多试剂和水里面都会有微量磷。别说磷了，要培养及里面没有锌或者铁都是
: 很难办到的
:
: <0
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m**z
发帖数: 787 | 17 Sigma的traceSELECTultra water, for ultratrace analysis, 磷含量是<1ug/L.也就
差不多小于10 nM. 差一个级别的traceSELECT water, 含量就是<10ug/L
别的一般级别的试剂含量可能就更高了。所以这次science文章里面
说<0.3uM,还是比较合理的
【在 s******y 的大作中提到】
: 我的印象中，如果是配植物的培养基的话，绝大部分东西都是无机盐，就比较
: 容易控制里面到底有什么元素。至于水，如果用那种超纯水就基本可以把磷给
: 排除掉。
: 但如果是细菌培养基的话，因为必须得给个有机物质营养来源，要控制没有
: 磷就会比较麻烦。大部分糖啊氨基酸啊，多多少少都会有磷酸化的成分在里面
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C*******e
发帖数: 4348 | 18 正解
这个文章还有当初的新闻发布会
都在要讨论NASA funding cut的当口发生
【在 I***a 的大作中提到】
: 那东西发表在CNN上倒是挺合适的，
: NASA为了钱，什么也顾不得了，
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C*******e
发帖数: 4348 | 19 挑个刺～
还有自养细菌呢
就不需要有机物质营养来源。。。。。
配的培养基也都是无机盐而已
【在 s******y 的大作中提到】
: 我的印象中，如果是配植物的培养基的话，绝大部分东西都是无机盐，就比较
: 容易控制里面到底有什么元素。至于水，如果用那种超纯水就基本可以把磷给
: 排除掉。
: 但如果是细菌培养基的话，因为必须得给个有机物质营养来源，要控制没有
: 磷就会比较麻烦。大部分糖啊氨基酸啊，多多少少都会有磷酸化的成分在里面
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s******y
发帖数: 28562 | 20 NASA 发了火星探测器后，每隔一阵子就蹦出来说找到了火星上有水的铁证，
然后每次进去仔细一看新闻，就又是发现了某种矿物，似乎必须在有水的情况
下才容易形成云云。如此反复好几次，每次都是说某某某某矿物，让人都审美
疲劳了。但是直接的水，倒是从来没有看见过。。。本来还说那个探测器
带了一个检测仪器可以检测水的存在的，偏偏又那么的凑巧，坏什么仪器不好，
就单单坏掉了这个探测器，让人总觉得有什么不对劲。。。
还有这次中国的神九上天顺利对接之后，最高兴的恐怕还不是土共，而是NASA,
对接第二天，我就看到NASA的人迫不及待的出来说，美国不能丧失太空优势，
云云。
【在 C*******e 的大作中提到】
: 正解
: 这个文章还有当初的新闻发布会
: 都在要讨论NASA funding cut的当口发生
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h**********r
发帖数: 671 | 21 异养细菌很多就不需要氨基酸作为有机物质营养来源，不然怎么那么多MSM,BSM培养基
的配方（M9总知道吧）。糖/甘油还是要一些。异样的就都不需要了。
其实很多这些无机盐没有那么纯，不过这也不能当借口。
做微生物的苦逼，没啥好idea的情况下，就想利用人们的猎奇心理～～ |
b****r
发帖数: 17995 | 22 但是DNA里面磷或者砷（假如是骨架成分）那可不是一星半点，根本不应该是不纯能够
解释的
【在 n********k 的大作中提到】
: 他应该强调“纯”这个字。是那篇文章的关键点。
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p*****m
发帖数: 7030 | 23 你再去看看他们的paper 尤其是Fig2A。本质上他们并没有证据说DNA里面的P全部被替
代成As了，他们只是说里面有As（因此提供了一个quantitative difference)。这样不
纯的话问题就大了
【在 b****r 的大作中提到】
: 但是DNA里面磷或者砷（假如是骨架成分）那可不是一星半点，根本不应该是不纯能够
: 解释的
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b****r
发帖数: 17995 | 24 多谢解惑，一直懒没有去看过文章
这么讲起来确实就相当没有 意思了
【在 p*****m 的大作中提到】
: 你再去看看他们的paper 尤其是Fig2A。本质上他们并没有证据说DNA里面的P全部被替
: 代成As了，他们只是说里面有As（因此提供了一个quantitative difference)。这样不
: 纯的话问题就大了
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p*****m
发帖数: 7030 | 25 这个文章我是很不喜欢的 一方面这个NASA的作者本身不是生物学家 对用生物手段证明
自己的观点很不在行（而且更恶劣的是他还很不care），另外一方面，这种reckless的
文章发出来然后被推翻，以后再有真正的惊人发现很多人就不信了 客观上他们不是在
促进科学发展 而是在阻碍。
【在 b****r 的大作中提到】
: 多谢解惑，一直懒没有去看过文章
: 这么讲起来确实就相当没有 意思了
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d********6
发帖数: 76 | 26 I have met one of the authors (from USGS) during a conference and you know
what he said?
We don't have a Mass spec......
They don't want to face the problem seriously and believe whoever questioned
their projects are actually going against them.
【在 b****r 的大作中提到】
: 我就一直没搞懂，拿这生物的DNA或者DNA相对应的玩意跑个质谱啥的不就知道怎么回事
: 了，怎么搞的水变油似的
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p*****m
发帖数: 7030 | 27 对的 我们这里有faculty去听他们的讲座 直接问他们那个DNA gel怎么保证纯度blabla
人家就是一副我不care我说对就是对的摸样。
不过话说他们文章里还是做了质谱的啊
questioned
【在 d********6 的大作中提到】
: I have met one of the authors (from USGS) during a conference and you know
: what he said?
: We don't have a Mass spec......
: They don't want to face the problem seriously and believe whoever questioned
: their projects are actually going against them.
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D*a
发帖数: 6830 | |
y******8
发帖数: 1764 | 29 我知道有的CNS paper是所有的reviewers都拒了，还是照发不误的。
不过文章的好坏，发出来了更容易知道。
【在 D*a 的大作中提到】
: 应该把reviewer曝光了
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p*****m
发帖数: 7030 | 30 我怀疑当时文章出来没多久就出来在N上质疑的那几个人 八成就是reviewer。。
【在 y******8 的大作中提到】
: 我知道有的CNS paper是所有的reviewers都拒了，还是照发不误的。
: 不过文章的好坏，发出来了更容易知道。
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y******8
发帖数: 1764 | 31 最近在看一些Astrobiology的东西。如果在靠近星系中心的部分有生命，多半是由比较
重的元素组成的。
【在 p*****m 的大作中提到】
: 我怀疑当时文章出来没多久就出来在N上质疑的那几个人 八成就是reviewer。。
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p*****m
发帖数: 7030 | 32 啥原因呢？我猜测因为星系中心一般是年老恒星 聚变终点会是重元素 所以那里重元素
富集。但是这个应该不能推断生命物质一定是重元素组成的吧
【在 y******8 的大作中提到】
: 最近在看一些Astrobiology的东西。如果在靠近星系中心的部分有生命，多半是由比较
: 重的元素组成的。
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f**u
发帖数: 346 | 33 原始文章里说培养基的背景磷含量是3uM,不是0.3
【在 m**z 的大作中提到】
: Sigma的traceSELECTultra water, for ultratrace analysis, 磷含量是<1ug/L.也就
: 差不多小于10 nM. 差一个级别的traceSELECT water, 含量就是<10ug/L
: 别的一般级别的试剂含量可能就更高了。所以这次science文章里面
: 说<0.3uM,还是比较合理的
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m**z
发帖数: 787 | 34 是的，我说的0.3是这次两篇science
【在 f**u 的大作中提到】
: 原始文章里说培养基的背景磷含量是3uM,不是0.3
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